3VILA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with salicin
Total Genus 201
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
201
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNSPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Neotermes koshunensis
total genus 201
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vilA00
1EQPA 2J79A 3AROA 1W9PA 4NSBA 3VILA 4X9YA 2XHYA 3LPFA 1KBKA 3QOMA 2VX4A 3WBEA 1E6PA 4W5UA 3TP4A 1MYRA 3NUKA 5EFFA 4UFLA 2VQTA 3WF1A 1HX0A 2XPKA 3VKKA 3VMNA 4WK9A 3VIGA 3AHVA 5A8OA 1NOWA 4Y7EA 1GQJA 3SCUA 1MQRA 4HZ8A 2WMJA 2J77A 5AYIA 4YPJA 1BSIA 1LWHA 1MFVA 1EDGA 1J9YA 3QHOA 3CUIA 1DWAM 1QBAA 4PMXA 2FH8A 3PTKA 2WVTA 2WVUA 3L2LA 4WJXA 3RM4A 2VC9A 4R27A 1HIZA 4Z2GA 2BY3A 3AI0A 1JXJA 4CD6A 4AD5A 1X6LA 1W3KA 4LPCA 2ZUTA 4OZOA 3WEOA 3ARUA 2OWXA 1GORA 4P7NA 1UWIA 4B15A 4JL1A 4JAWA 1V3KA 2DDXA 1CWYA 2XGIA 2WWDA 1WDRA 1K9DA 3BAIA 4UOQA 4A4AA 2ZWZA 3CBWA 2Z1KA 3VNYA 2YL6A 1E73M 3MUAA 1KQYA 2WMHA 3PZUA 1E15A 4AD1A 2QV4A 5ABHA 1Q6CA 2VX6A 3CZGA 2GVYA 2BS9A 3IJ9A 2CERA 1AQHA 3U7BA 1XC6A 5F7UA 1QHPA 2CPUA 3AISA 1E71M 3OB8A 1H5VA 1ODUA 4EKJA 1XYFA 4H04A 3CIVA 2D3LA 1V03A 3U5UA 2WCGA 5I77A 3RJYA 1QW9A 3BSHA 4D71A 3BMVA 1UKSA 4JL2A 1BAGA 1OT1A 1J0IA 1JZ5A 5D9PA 1MQQA 3CZ8A 1W1PA 3EDFA 4EAMA 9CGTA 5CPSA 1UZ1A 3W53A 4YHGA 3OLGA 1GUVA 3AMLA 2VR4A 4PMQA 1V6WA 4V28A 4MADA 2J7EA 1ZS2A 1BF2A 2QHAA 1E72M 2EPNA 4EANA 1ISXA 2OYLA 3ZSTA 4D6FA 2WM0A 7TAAA 5A6LA 2OWWA 4P8VA 4PMZA 3RO8A 1JZ4A 3TOPA 5DMYA 1G01A 3MSGA 1J0HA 4EK7A 2WCSA 1ISVA 1X6NA 1N82A 1G9HA 2X2YA 2W63A 4JHOA 4UFJA 1ZJBA 3THDA 5IDIA 1TA3B 2PWGA 1E40A 1V6XA 4D6IA 4UFKA 3AYSA 1UQZA 2J78A 2GDUA 3SUSA 2WC7A 1MXDA 1O6IA 4TTGA 4ATLA 1ITXA 5M3WA 1LJYA 1CECA 4W8LA 2VRQA 4Q22A 2XM2A 5A8PA 1J0YA 3VDAA 4DWSB 2O9TA 1OD8A 4UFMA 4D1JA 1TG7A 5DF0A 2GJRA 5FKYA 2YDQA 3GXFA 3VD4A 4XX6A 1U30A 1UR2A 3GNRA 3WNOA 3GTNA 3SUUA 3OGSA 1K9EA 3TTQA 3ZJ6A 5KEZA 5HNNA 2O9RA 1JFHA 3KEHA 2D1ZA 1B3VA 4QCFA 2JE8A 4MNLA 4N42A 1E5JA 5HPOA 1YQ2A 3LPGA 4HA3A 1V0KA 2ZUNA 2EBNA 2E9MA 3AIUA 3TTYA 3ZT5A 4M24A 1CGYA 2D20A 2CNCA 1UH3A 3WH7A 5JBEA 3FW6A 2YA0A 3N18A 4AD2A 2QF8A 2XWEA 4Z2JA 1I75A 2ZIDA 3CHEA 1JFXA 1K9TA 4BA0A 5GQBA 2RGLA 2WANA 4D6EA 4WSKA 3BAXA 1D7FA 1CZ1A 3NCOA 1E1EA 1QHOA 1NP0A 4CU7A 1HKIA 3CHCA 1M03A 2JALA 1X1NA 3WQWA 2G3IA 3ZSSA 5IFPA 3W82A 1E6XM 1JI2A 1GOMA 2JF7A 2PWHA 3PHAA 4ML4A 3WD2A 2E9LA 1KWGA 3VGDA 3ARQA 4R5EA 2J7GA 1EIBA 4NRRA 2F2HA 1ITCA 1SYTA 1Q6DA 2WXDM 4LXFA 4UQ9A 4Z2HA 4JFSA 3APGA 3CMGA 3A4XA 2WKLA 3B9AA 2FHFA 4MB5A 1Y7VA 1U2YA 4GPNA 4URIA 1W9UA 1CLXA 2A3HA 4L4PA 4Z2IA 3WDPP 2QLYA 2ZICA 8CGTA 2VZOA 4AZ5A 3ZIZA 1E6SM 3ZJKA 2C7FA 3WNKA 1HJUA 2BHUA 3N13A 1GVYA 4AD4A 2XVKA 4WKAA 1UKPA 4BQ2A 3IAQA 1LL6A 5BCAA 1GCYA 3AMGA 2E8YA 1TE1A 4QDMA 5A2BA 3CHFA 4PTWA 5I79A 2D23A 1DWFM 3N9KA 1HKMA 4QAWA 3VX1A 3VIJA 2ZX9A 3WH8A 1J10A 5BXTA 3RIKA 1SR0A 1UD4A 3CGTA 4JKKA 6A3HA 4RL3A 5JBDA 5D8ZA 3PZTA 2GJXB 4PMOA 1C3FA 1UYQA 2E40A 1JDAA 3FNDA 1W2VA 1EA9C 3OG2A 4Z2KA 3W25A 1A47A 1B9ZA 2Z1SA 3WNPA 4W7WA 2CHOA 1OT2A 2CEQA 2VZSA 3WQVA 3RILA 2FHCA 2XYLA 1OD0A 3F5LA 4AZCB 3THCA 3GXIA 4AEFA 3GXDA 4P8XA 1NWTA 4KGLA 4FLSA 2GK1B 1PEZA 5I0DA 2VCCA 2X05A 1UWUA 1JF6A 2PC8A 3DYOA 1KWKA 4UQCA 1R8LA 2BY1A 4JFVA 4FMVA 4AD0A 4P8WA 2F8QA 2BNJA 3AIVA 1JZ6A 1G0CA 1UWQA 1LG1A 4OOUA 1PX4A 4N0RA 4GZJA 4W5ZA 5GNXA 4MTVA 3VPLA 4J3XA 1SMAA 1GOWA 1JGIA 1GVIA 2G3JA 1KQZA 2CKSA 3K8LA 4P7LA 4IM4A 2CBVA 1UQYA 1JAEA 4W88A 1GNXA 2E9BA 3A4WA 1I1XA 1CXHA 4J3SA 1EOMA 2WVVB 3VIOA 2V5CA 1JI1A 4PEEA 1EDTA 3BC9A 1TR1A 1QNPA 3A6OA 2WSPA 4PUEA 1WPCA 4DM1A 3WUBA 2V5DA 2DIEA 4KMQA 1LWJA 3FAWA 4DUWA 2G41A 2YDRA 4A3HA 3UEQA 3PBGA 3KE0A 3T2PA 4AW7A 4YHEA 3O2LA 2D0GA 1C7TA 2D24A 4IISA 2CBJA 2CIPA 1W9DM 3NDYA 2W4XA 3A4AA 1EGZA 5KZ6A 1VF8A 4GO8A 1H11A 2YL9A 2ESCA 4MDPA 2ZWYA 1HP4A 4MNMA 5CQ1A 1ZJAA 3II1A 2QMKA 1V3IA 4JFWA 3BAJA 3WD4A 4CD5A 4ZFMA 2CITA 3W0KA 3FY1A 5JUVA 3N17A 1ODZA 4QFUA 5A8MA 4BZYA 2W66A 2J7CA 3UR7A 1V0NA 4PN2A 1W3JA 3FN9A 3UR8A 4E2OA 1XSKA 2O9OA 4H8VA 4ZXLA 4PMUA 4LYPA 1VENA 5A6KA 2WSKA 1WZLA 2J7BA 3RMEA 4AMCA 3MSDA 2PWFA 4P8UA 5HDRA 3BGAA 3EDEA 1QI3A 4JKMA 1GQIA 2AOSA 5E70A 3AICA 1EHAA 4B3KA 1VJSA 3CTTA 3I3BA 4DUVA 5A6BA 5E6YA 3CZLA 4GZIA 2ZUWA 1H1NA 1TVPA 1GJUA 1WDPA 5DO8A 3ZOAA 3L4YA 3G6MA 5GPRA 1GQLA 1XD0A 2OYMA 2YDSA 5BYWA 4HZ7A 1Q6GA 4XZWA 3MANA 1L0PA 5AC5A 1PPIA 3DECA 3OIHA 3U57A 4PUDA 3GBEA 3NSMA 3AJ7A 1VIWA 3ZT7A 1JYNA 2AMGA 2YIHA 3S6TA 4BCEA 2YOCA 4U5KA 5LYRA 2J7FA 1J18A 2WHJA 5DT5A 3L4WA 1C8QA 4ZENA 5LA1A 5I3DA 2A3AA 4BQ5A 3VDBA 1NWRA 1BFNA 3WBAA 3RM9A 1HJSA 4TTUA 4FLRA 4JFTA 5CSYA 2UY3A 4BS0A 4CGTA 3WEMA 3BAYA 1OGBA 4HZ6A 1UKOA 1GOOA 4JIEA 3WMSA 3DYMA 3IJ8A 2WPGA 3UG3A 3UESA 3WN6A 1OBAA 3CZKA 2EPMX 2DSKA 1HNYA 3GH4A 2XSBA 5HBFA 1CXFA 1IZKA 2ZUSA 2VJXA 2ZXAA 3CUGA 3WFZA 1D2KA 1BHGA 1RP9A 2CETA 4AIUA 1UD6A 1G1YA 3NIYA 5CJ5A 4CUCA 4CD8A 1OINA 3FHQA 5GNZA 3ZR5A 4A3YA 2J47A 1YHTA 4PBGA 1PIGA 5D9OA 3WELA 1DP0A 3N04A 4RE2A 5DFAA 4W7UA 4CCEA 1TA3A 3WDRA 4AC1X 3AMKA 3EBVA 1HJQA 2VVSA 2PB1A 4HPGA 3NDZA 5DT7A 3VD9A 1XRVA 4PMYA 4U2YA 4ATDA 6TAAA 1M7XA 2OSWA 3VDCA 2DPEA 2QPUA 2ZOXA 1W3HA 3VM5A 4DWSA 3MMDA 2W5FA 4CVWA 3UERA 1BQCA 2VO5A 3PZMA 3KWXA 4J3UA 5HOSA 1JXKA 4F8XA 2XFYA 2DH3A 1HP5A 3OLEA 4YN5A 4U3AA 2BVYA 1GQKA 5FD0A 4GXPA 4ATWA 2DEPA 4U33A 2CXGA 4PTVA 4AWEA 2XTKA 5ABFB 1BYCA 3OGRA 4F79A 4Q7NA 4CN6A 1PAMA 4RE4A 4HOZA 2O92A 1UA7A 2AAAA 2ZXQA 1KR0A 2ZXDA 1V3HA 4CU6A 4HOXA 5D4YA 2ZX5A 1FP8A 3T09A 4D6DA 5ABEA 2VX7A 1VFUA 3EDKA 2WMFA 4PTMA 4DWSC 4W8AA 1I1WA 4UZUA 2VURA 2WNWA 4ZE5A 2X0HA 4QLJA 2OYKA 4PCTA 1B30A 4MB1A 2XWDA 2OSYA 1H0GA 1BGGA 3BCDA 4TX6A 3WQ4A 3F5JA 1OIMA 3DYPA 5M03A 3AIWA 3POHA 5E6ZA 3BAKA 4S3KA 3W29A 3ZM8A 4W8BA 5EMYA 1VAHA 4WLCA 2NT0A 2VZVA 3W27A 1FH8A 1CENA 4J3WA 1XCWA 3OLDA 4FLQA 4X0NA 1CXKA 1J12A 2G4FA 1LG2A 3WSUA 4W86A 2BXZA 1KGUA 1V6YA 2CBUA 2E4TA 3AS2A 3SUVA 3WMCA 2OWCA 3WQ5A 1JAKA 5E0FA 1W9XA 1UKTA 1JZ2A 5BXPA 3L4UA 1LF1A 3VGFA 3PZGA 4D72A 3AZTA 2JEPA 5CPQA 3WIJA 4HP5A 2B31A 1WAWA 3BXWA 1E0XA 5FIPA 2GJXA 1ZL1A 2Y8VA 5JBFA 2CBIA 2PBOA 4H7VA 1NQ6A 3D5HA 4M29A 3W38A 2DT1A 4CN1A 4P7OA 2VCBA 4JZ5A 4TXEA 4B3LA 1HL9A 3ZR6A 5A2AA 2WMIB 3WKZA 1BLIA 1W3LA 4GQRA 2DGAA 2NW0A 3BMWA 5A8QA 4M56A 4NZCA 5TD4A 3DC0A 2FHBA 3L4XA 4FF5A 3ARWA 5IHSA 1WZKA 2NT1A 4AZCA 1ECEA 4W89A 3AFBA 2WMKA 1BPLB 1KB3A 3IANA 3JUGA 3WF2A 3ZO9A 3T2OA 2WKGA 1GZJA 1W32A 1EO5A 2J62A 1J0JA 4MDOA 4PSPA 1V02A 3SEPA 1GW1A 1UZ4A 2ZX8A 1QI5A 2J8FA 5BXRA 1ZBVA 3AHZA 3U5YA 3WUFA 2VRKA 1E6ZA 2BHZA 1JG9A 1UH2A 2D2OA 1UR9A 3CO4A 1NWSA 1VEOA 3WNMA 3W6LA 2DSUA 3VINA 4B9YA 4HMDA 4WSJA 1IV8A 3PTQA 3IAPA 5I23A 2W91A 4MPKA 2C0HA 3DHPA 3I3DA 1Q6FA 1PX8A 4BQ3A 1MFUA 1G94A 3GBDA 1OM0A 1QVBA 3QHMA 2CCRA 3VGHA 3AMDA 1MW0A 1E6NA 1QPKA 3VD3A 3SCTA 1SMDA 2VL4A 1KXHA 4PTXA 3B9DA 2D0FA 1QOXA 3AHXA 2WVVA 4QP0A 1M01A 1JYWA 1E0WA 1NOFA 3QOKA 1OGSA 3PZQA 1FA2A 4MB3A 4E4PA 2J74A 5CPTA 3NSXA 1IT0A 1CEOA 4IUGA 2FH6A 2VT0A 5AY7A 4PMRA 1C7SA 1WO2A 1ZB5A 4AIEA 5EFDA 3VIKA 1OSEA 4HTYA 1Z32X 3MUIA 1JDDA 2WC4A 1MQPA 4AEEA 1CNVA 1MW1A 1ZU8A 3IJ7A 3VO0A 4D6GA 1LQ0A 1WDSA 3HJEA 4PSRA 2WBKA 2XFFA 4XUYA 5CSUA 1NOUA 2D3NA 1LLOA 1E43A 4HU0A 2ZE0A 1UR8A 4U3CA 5IXEA 1QI0A 4EE9A 1QNOA 2EPKX 1B0IA 1KBBA 4E8CA 1JNEA 5BWFA 3MMWA 4PMVA 2UY4A 1TCMA 5DEZA 3CPUA 1UWSA 2W67A 4C7GA 4F9JA 3ARPA 3AXIA 2X09A 8A3HA 4M81A 3WF0A 3F4VA 2D22A 2TAAA 4MJ4A 3K8KA 2JIWA 4C7FA 1C8YA 4UQAA 3MKKA 5ABGA 2C8NA 2YLAA 3VIMA 3WH9A 1F4HA 4IPNB 4J3TA 1EOKA 4AZGA 4TVUA 2VZTA 2ZUVA 5I6SA 1UG6A 1ESWA 4W85A 3VNZA 1RD6A 1HJVA 2WW5A 5CLTA 5A95A 4CU8A 4HMEA 4TOQA 1UKQA 3AIQA 4H2CA 1V02E 2NSXA 1GPFA 4GZEA 1CGUA 4JHZA 1UR1A 3DHUA 3GYCA 3WH6A 3MS8A 1HVXA 4DM2A 5M17A 3SCOA 1EDQA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EQP A;  2J79 A;  3ARO A;  1W9P A;  4NSB A;  3VIL A;  4X9Y A;  2XHY A;  3LPF A;  1KBK A;  3QOM A;  2VX4 A;  3WBE A;  1E6P A;  4W5U A;  3TP4 A;  1MYR A;  3NUK A;  5EFF A;  4UFL A;  2VQT A;  3WF1 A;  1HX0 A;  2XPK A;  3VKK A;  3VMN A;  4WK9 A;  3VIG A;  3AHV A;  5A8O A;  1NOW A;  4Y7E A;  1GQJ A;  3SCU A;  1MQR A;  4HZ8 A;  2WMJ A;  2J77 A;  5AYI A;  4YPJ A;  1BSI A;  1LWH A;  1MFV A;  1EDG A;  1J9Y A;  3QHO A;  3CUI A;  1DWA M;  1QBA A;  4PMX A;  2FH8 A;  3PTK A;  2WVT A;  2WVU A;  3L2L A;  4WJX A;  3RM4 A;  2VC9 A;  4R27 A;  1HIZ A;  4Z2G A;  2BY3 A;  3AI0 A;  1JXJ A;  4CD6 A;  4AD5 A;  1X6L A;  1W3K A;  4LPC A;  2ZUT A;  4OZO A;  3WEO A;  3ARU A;  2OWX A;  1GOR A;  4P7N A;  1UWI A;  4B15 A;  4JL1 A;  4JAW A;  1V3K A;  2DDX A;  1CWY A;  2XGI A;  2WWD A;  1WDR A;  1K9D A;  3BAI A;  4UOQ A;  4A4A A;  2ZWZ A;  3CBW A;  2Z1K A;  3VNY A;  2YL6 A;  1E73 M;  3MUA A;  1KQY A;  2WMH A;  3PZU A;  1E15 A;  4AD1 A;  2QV4 A;  5ABH A;  1Q6C A;  2VX6 A;  3CZG A;  2GVY A;  2BS9 A;  3IJ9 A;  2CER A;  1AQH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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