3VIOA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with a new glucopyranosidic product
Total Genus 204
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
204
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNDPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Neotermes koshunensis
total genus 204
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vioA00
1X1NA 4JCLA 1TG7A 4KGJA 4QCEA 1QOXA 3RDKA 1KXHA 1C90A 3CPUA 4MB3A 3VD7A 5IFTA 3VO0A 1PIFA 5JBDA 3GBDA 2XIIA 1B1YA 4WK9A 1QBBA 4CUCA 3BSHA 1GORA 1W2VA 1B9ZA 3PZNA 4UNIA 3WQ5A 4WLCA 1KCKA 4W7VA 4ML4A 4EE9A 1J01A 4TUFA 3ZR5A 2VCBA 2PWGA 5BXRA 1MWOA 1OCQA 3LPFA 1H2JA 2WSPA 2QMJA 3ZT6A 3K4AA 4Z2JA 1UWTA 1HJQA 4UFMA 2ZUTA 1DTUA 1Z32X 3F5KA 1CLVA 4MTVA 2CNCA 1WE5A 3AHVA 3PN8A 4FLSA 3KL5A 2O9PA 3W4RA 1W9VA 2GFTA 3CMGA 4UFLA 1BYAA 2CEQA 1AMYA 3SCVA 2CERA 2JFEX 1US2A 1HL8A 1RP8A 2W91A 2YL9A 4AIEA 1X6NA 3WIJA 4QP0A 5M17A 1BVZA 3NYDA 2A3CA 2WB5A 1JXKA 1HX0A 4IUGA 2J79A 2DH2A 5ABEA 4GI6A 3QHMA 2WANA 1CZ1A 4HMDA 2D3LA 1E0VA 1MQPA 2VRKA 3L4YA 3BAJA 3MSDA 1BGAA 1UUQA 3AHXA 1FP8A 5E09A 4CCEA 1E6PA 5FL0A 2XFRA 4RE3A 1UA3A 1UR9A 2DT3A 3ARUA 3ZQ9A 4F9DA 2J4GA 1CBGA 1DWJM 2Y2WA 5GNXA 4U31A 5HPOA 1JYNA 2WMIB 3CHCA 1JIBA 2D23A 2UY4A 1OB0A 3QHNA 4UZUA 3OGSA 3PHAA 3RPMA 2BXZA 1E4MM 4N42A 3EDKA 5F7UA 5I5RA 2DT0A 1AVAA 5EFFA 1WDRA 2X8RA 1HKIA 3AFBA 5C8BB 2GDVA 1TR1A 5ABFB 3D5HA 3NSMA 1BFNA 2J8GA 1WDSA 5LA0A 1ISXA 2BY2A 1FA2A 4PN2A 1G5AA 1E5JA 2QPUA 3AYRA 2CXGA 3UERA 1GJWA 3WEMA 2DSUA 3T0AA 1C7TA 1XD1A 4M82A 2VZUA 1TVNA 1Q6FA 4W8BA 2BVYA 4TVUA 3BAXA 1U2YA 2F61A 3DHPA 1XC6A 1VEMA 1M01A 1J18A 1W32A 3UR7A 5A6JA 5CPTA 1EDGA 1J11A 1V6UA 3MUIA 2J7BA 3N11A 3IJ7A 4Z2LA 1MW0A 2OLHA 2JF7A 3RILA 3WL1A 5BXTA 3LPPA 3BC9A 1CTNA 4H2CA 5GQBA 1ESWA 4JKMA 4QLKA 3B8SA 1K9FA 2J7FA 2VRQA 1M53A 3ZSTA 1TCMA 1KGXA 3AJ7A 4UQBA 3BCFA 1XYFA 3WDJA 1KWGA 3THDA 2E8ZA 5A6SA 1UZ1A 3GXDA 3PTKA 1GOMA 4PSPA 4PMVA 4F8XA 2ZXQA 1Q6DA 3RIKA 1E0WA 1JZ2A 7CGTA 1WZAA 4LX4A 3ARSA 1F4HA 3ARWA 3WQ4A 4BQ5A 2W66A 4PUDA 3T08A 1NM9A 1EH9A 4NI3A 1UD8A 2C7FA 3SUTA 1K9EA 2D22A 1A3HA 4R27A 2VX4A 1CXFA 3CUGA 3W0KA 1E55A 1J0YA 2VZSA 1LWHA 2GK1B 1ZB5A 3RM8A 3PZIA 2TAAA 1JYXA 2QMKA 4P7OA 1WZKA 4CU8A 1C3FA 3WL0A 1JZ5A 1TE1A 4IPNB 2A3EA 3N1AA 4W5UA 1XHGA 1SMAA 1V3JA 4GZIA 1CGYA 1CIUA 2FDMA 4MJ4A 1PX3A 3WBAA 1GOIA 1NWSA 4GO9A 1ZU8A 4C7DA 3WENA 1NWRA 1HN1A 3L4WA 3AI0A 2JIWA 4UCFA 4J28A 2B31A 4M56A 1OGGA 2BHUA 2GJRA 2DPEA 5I79A 1H0GA 1VEPA 2AAAA 3ZT7A 2EQDA 2DT2A 1HKMA 3AMLA 4K68A 1C91A 2E9LA 2GJXA 3CUHA 4JFSA 2VR5A 3L4UA 4R5EA 2CBVA 2Y24A 4AZGA 1W2PA 3PBGA 4ATDA 3KEHA 3CO4A 1FOBA 1DEDA 1M7XA 2VCCA 3CZLA 4CD4A 2WHKA 4RE2A 2ZXDA 1JFHA 1YHTA 2A3BA 3CMJA 1MW1A 3A4AA 3WKZA 5AYBA 1AQMA 4D6DA 2XYLA 4NRSA 4AD5A 1ECEA 1V0NA 1GHRA 2ZX7A 3AIUA 4TTGA 5ECUA 4JL1A 1V03A 5IDIA 1B3XA 5KEZA 4AZBA 1J12A 4HOZA 4PMUA 2G3NA 5A8QA 1KXQA 2YIHA 1WPCA 1MXDA 3M46A 5CSUA 4H8VA 3VIPA 1IV8A 1GCYA 4DUWA 2WVUA 4BCEA 3SUWA 5I77A 2V38A 1ITXA 3D3AA 3WNOA 1UHVA 7TAAA 4B3KA 1JZ8A 2WKLA 5A2BA 2WWDA 1GVIA 1J0IA 1CXLA 4PTMA 3WQ8A 4H8HA 2BV9A 3OA5A 3QR3A 2QF8A 1VJZA 2BNJA 4M29A 4HZ7A 3S2CA 1RP9A 1J0JA 4PMDA 4F79A 3BH4A 4H8UA 5GNZA 1CXHA 4J3XA 2Y5EA 1G94A 1C93A 1L8NA 2J74A 2XGIA 3O6AA 4BQ2A 6CGTA 1A47A 2J62A 3K4DA 3AMKA 1JZ7A 1DWIM 1GOOA 4BF7A 3TTQA 1EGZA 5EB8A 2QHAA 5A6LA 5M5DA 1VBRA 3AQUA 1UR4A 1GNXA 4QAWA 2ZUUA 1H3GA 2WHMA 3RJXA 3W28A 1EDTA 5IHSA 2WMJA 2XWEA 4U3AA 1KXVA 1GVYA 1XD0A 4A4AA 4GQRA 4OOUA 4KGLA 4CN6A 2RGMA 1K9DA 4YHGA 1BG4A 2G4FA 3UESA 2J7CA 3A3HA 1WZLA 3JUGA 4FMVA 2JE8A 2X05A 1I1XA 3MSGA 1CEOA 4P8VA 4Z2IA 3BAWA 4LYQA 3N18A 1WB0A 3SIMA 3WBEA 2ZUMA 3SUUA 4PEEA 4W87A 4P7NA 2E9BA 2YLAA 2VX7A 2J7GA 3AS0A 4XZWA 4PMRA 3OIHA 3AIRA 4M24A 5CXPA 4E2OA 1DWGM 1MVYA 3IK2A 1EQPA 4A3HA 3AICA 1XCWA 1XRVA 3NDYA 2YDSA 3EMCA 5C70A 4E4PA 5BRQA 3BLPX 1XGZA 3THCA 1ZJAA 4D6IA 1B30A 5HDRA 3AHTA 2PWHA 2NW0A 1WP6A 4UFIA 3WH8A 5CPSA 3ARTA 4EK7A 3T2OA 3MMDA 1OGSA 3WMCA 2VZVA 3ARQA 5DMYA 1LWJA 3L4VA 1GOKA 1VB9A 1GONA 1LG2A 1US3A 4PCSA 1ISWA 2IXUA 2DEPA 3OZPA 2EXOA 1JZ4A 2OSYA 4C7GA 3AS3A 5A8NA 3AXIA 2W62A 2GJPA 6TAAA 5A69A 1UD3A 1BVNP 2XWDA 3LPGA 3RJYA 3EDDA 3T2QA 4B9YA 1ZS2A 3AMGA 5CJ5A 1NP2A 8CGTA 1EHNA 2D0HA 2E3ZA 1GUVA 4FLRA 4MB4A 4LQ1A 1WNOA 3BAYA 3GNRA 4AEEA 1QNQA 3BSGA 5FOOA 1PZ2A 2E0PA 4HA3A 4J3TA 5E70A 4AZCA 1C92A 2F8QA 1EO7A 2WVVA 3GXMA 5AY7A 5I0DA 1V6WA 4H41A 3MV11 4FF5A 3WF0A 2WHJA 4PTVA 5CGMA 3AISA 1BAGA 2J75A 1CNVA 4B16A 2ZX5A 3WNMA 3AHYA 1PPIA 1NWUA 2YA1A 1LQ0A 3GH4A 4CCCA 4PMYA 2DSKA 1UG6A 5C71A 1XYZA 2FHFA 3GNOA 1W3LA 2FGLA 1J0KA 3EMQA 1WCGA 2E8YA 1HL9A 4AEFA 5I2UA 1QNPA 3MMWA 4UR9A 2OYLA 5DEZA 4YHEA 4DM1A 3U7BA 2VR4A 3CTTA 5BROA 3ZIZA 1NWTA 5A6AA 1GZJA 1QHOA 1PJ9A 4JKKA 3BCDA 2XGBA 4E8CA 7A3HA 1Q6EA 2VL4A 1JZ3A 1MQRA 4S3JA 1DHKA 4J27A 3F4VA 1H11A 4HOWA 1V3MA 3OLGA 1ZL1A 4QFUA 5A8PA 1KBKA 4GXPA 1JGIA 5BXSA 1FFRA 3FN9A 1WDPA 1GPFA 1JXJA 2YL8A 1ISVA 1E6SM 1QNRA 1VRXA 1LL7A 1D7FA 3AZTA 3L2MA 3EMZA 1X6LA 2EPMX 3POCA 1W9DM 2ZUSA 3VIMA 1J0HA 3CLWA 2YLLA 1UD2A 5AYIA 5I3DA 3FAWA 4UOQA 1V6VA 1NH6A 2VUYA 1KBBA 2XM1A 3AXXA 3CHEA 4U3CA 4CVWA 3VD9A 3FHAA 1GQLA 1H49A 1NQ6A 2YA0A 4AD3A 5DF0A 3GXIA 2DDXA 4HA4A 4CCDA 2CESA 2GJXB 1CYGA 2IXVA 4UQEA 5BCAA 1OBAA 3A4WA 1HP5A 1H1NA 2BVDA 3RM4A 3ZO9A 1E6NA 3UCQA 4FK9A 4ZFMA 2J25A 2WHLA 4AIUA 1HJVA 5FKYA 2QLYA 2OWXA 1E40A 2C0HA 5CG0A 1Q6GA 3KL3A 4LPCA 1XCXA 1VIWA 1E4IA 2OSXA 4MNLA 1ISYA 3IANA 4P7RA 3VINA 2W67A 1UKOA 1HIZA 4GKLA 4HU0A 1MW3A 4J3SA 2WK2A 2AOSA 3MS8A 3PZVA 3CZ8A 2WKGA 4YN5A 1EDQA 2YBUA 1JF6A 2EJ1A 1ODZA 2UWFA 3VDAA 3K8MA 3WDHA 4AY1A 5ABGA 5I24A 1ZBCA 1G0CA 1BF2A 1NOWA 1OIMA 1UWQA 2WYSA 4H04A 2G3JA 2FH6A 2UY5A 2XVKA 3PTMA 4AD0A 1OD0A 4DWSB 2WC4A 3BAIA 1UWRA 1O6IA 4GIAA 5DFAA 4L4PA 3W29A 2BHZA 5HXMA 3NUKA 2CIPA 4B15A 3WEOA 2CPUA 3AIEA 3W26A 4GZEA 4JIEA 4AWEA 1D2KA 4J7RA 4GINA 3IJ8A 4S3KA 3VDBA 3O9NA 3PZTA 4CN4A 2VQTA 4W93A 4BZYA 1I75A 3WNPA 2WZHA 4LYRA 1PX4A 4TXEA 2J47A 4D1IA 4CD8A 1BYCA 4ATWA 3IJ9A 3M7SA 2EPKX 1TA3A 3W24A 4U2YA 1ZBVA 3MMUA 4PMQA 3W27A 4D6EA 1C7SA 1E3XA 2JEQA 3TTSA 3VIKA 1SR0A 4D71A 1QW9A 2ZUWA 5IFPA 3WY1A 1B0IA 2C8NA 9CGTA 1W9XA 4JHZA 2WNWA 2ESCA 4PTWA 1V3IA 1YQ2A 3A47A 4W7UA 3OLEA 5A6BD 1EOMA 1B2YA 2O9RA 2VJXA 3VGFA 1CPUA 3BXWA 2PI6A 2BY1A 2WZIA 1GJUA 4MPKA 1DWFM 1AQ0A 1W1YA 1WO2A 4PMXA 4LXFA 5AC4A 3GH5A 4XZBA 2OSWA 3G6MA 3UG3A 5IXEA 3FHQA 2VCAA 4AW7A 1BYDA 1C8YA 5A8MA 1UWIA 4ZENA 2DIJA 1TUXA 2YBTA 2YL6A 3NCOA 4CVUA 2XVGA 5HPCA 1OM0A 3VU2A 4JZ5A 2HISA 2ZE0A 4OJYA 3MANA 1JDAA 1HVXA 3VX1A 4XX6A 5D8WA 3T0BA 2VVNA 2DIEA 1E4NA 4WKHA 3FW6A 1KQZA 3SEPA 4MNJA 4OKDA 3WF1A 4W88A 3SCTA 1H0IA 1QPKA 1KXTA 1OSEA 3AMCA 4BQ4A 1B90A 2JF6A 1E3ZA 1EQCA 3ALFA 2V3DA 1DWHM 1VFOA 5BRPA 1MQQA 2DH3A 3DHUA 1OWQA 4OIFA 2ZUNA 1CGUA 2D0FA 1KB3A 3BGAA 3VKKA 4AMCA 5E9AA 3UR8A 3WDRA 4NSBA 1DP0A 2WW5A 3GH7A 1VJSA 1J9YA 1GOQA 2VVSA 3CZEA 3I3DA 3SURA 4MDOA 2E4TA 3VD3A 4HPGA 1VF8A 4UQ9A 5DT5A 3U7VA 1SFSA 3EDJA 5JIPA 1OD8A 2ZX6A 4WF7A 2RGLA 1XSJA 4E8DA 4CU6A 4UFJA 2W61A 3OGVA 3GM8A 4XV0A 1JG9A 3ZM8A 4OZOA 1TMQA 3EDFA 1EA9C 1V0MA 4DWSA 2GSJA 3BAKA 4Q22A 1LJYA 4AC1X 2V3EA 5CLWA 1JZ6A 4KH2A 2PB1A 3WF2A 1E6ZA 5EBAA 1KFWA 4JKLA 3L4XA 1QI4A 2GVYA 2J77A 3KE0A 4JFTA 3MU7A 4N0RA 3MUZ1 3G6LA 1CXEA 1WZMA 3VNYA 2CETA 3VILA 4P7QA 1XSIA 3W53A 3W82A 1LL6A 4F9JA 1W1VA 5BWFA 1TFVA 1KCLA 2BY0A 2VURA 2WMGA 2CBUA 4AZCB 2WVVB 1G9HA 5EFDA 1UR1A 3HN3A 4ZEPA 4UOJA 2YDQA 3AS2A 1QBAA 2XFFA 2VI0A 3UG5A 3OB8A 1LL4A 3NSNA 2WVTA 2Y8VA 4CD5A 4JFVA 3U5YA 2YJQA 1QW8A 4Z2HA 2CHNA 4B3LA 4M80A 3GNPA 1CWYA 3L2LA 4M8UA 1JAKA 2VX6A 2DSZA 1R87A 2UY3A 3A4XA 3GTNA 4D6HA 5I6SA 2VT0A 1IZJA 4CN1A 1MFVA 1RH9A 4ZXOA 1B31A 3ARRA 5A2AA 1C8QA 1FP9A 1XSKA 1K9TA 5FCZA 3TOPA 4NF7A 4UQDA 4B9ZA 1NP0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1X1N A;  4JCL A;  1TG7 A;  4KGJ A;  4QCE A;  1QOX A;  3RDK A;  1KXH A;  1C90 A;  3CPU A;  4MB3 A;  3VD7 A;  5IFT A;  3VO0 A;  1PIF A;  5JBD A;  3GBD A;  2XII A;  1B1Y A;  4WK9 A;  1QBB A;  4CUC A;  3BSH A;  1GOR A;  1W2V A;  1B9Z A;  3PZN A;  4UNI A;  3WQ5 A;  4WLC A;  1KCK A;  4W7V A;  4ML4 A;  4EE9 A;  1J01 A;  4TUF A;  3ZR5 A;  2VCB A;  2PWG A;  5BXR A;  1MWO A;  1OCQ A;  3LPF A;  1H2J A;  2WSP A;  2QMJ A;  3ZT6 A;  3K4A A;  4Z2J A;  1UWT A;  1HJQ A;  4UFM A;  2ZUT A;  1DTU A;  1Z32 X;  3F5K A;  1CLV A;  4MTV A;  2CNC A;  1WE5 A;  3AHV A;  3PN8 A;  4FLS A;  3KL5 A;  2O9P A;  3W4R A;  1W9V A;  2GFT A;  3CMG A;  4UFL A;  1BYA A;  2CEQ A;  1AMY A;  3SCV A;  2CER A;  2JFE X;  1US2 A;  1HL8 A;  1RP8 A;  2W91 A;  2YL9 A;  4AIE A;  1X6N A;  3WIJ A;  4QP0 A;  5M17 A;  1BVZ A;  3NYD A;  2A3C A;  2WB5 A;  1JXK A;  1HX0 A;  4IUG A;  2J79 A;  2DH2 A;  5ABE A;  4GI6 A;  3QHM A;  2WAN A;  1CZ1 A;  4HMD A;  2D3L A;  1E0V A;  1MQP A;  2VRK A;  3L4Y A;  3BAJ A;  3MSD A;  1BGA A;  1UUQ A;  3AHX A;  1FP8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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