3VIPA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with a new glucopyranosidic product
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNDPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Neotermes koshunensis
total genus 200
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vipA00
2WM0A 4BQ5A 3CMGA 5A95A 2CITA 2DSUA 4GIAA 2D24A 4TTGA 1ISZA 4AZ5A 4A4AA 1KXQA 4W93A 4HA4A 2X0HA 4PYSA 1BAGA 1CXKA 2FHBA 2WMIA 1VFMA 3K46A 3B9AA 2VJXA 4TUFA 1NP0A 2WVVA 1QW8A 3DECA 4M1RA 3AZSA 2CETA 4AZHA 3EDDA 4P7RA 2J7FA 1NWSA 1H09A 2UY4A 4UTFA 5JUVA 3ZT6A 2ZWYA 4LYRA 4JAWA 2PB1A 4D6CA 2PF0A 5AC4A 4YHEA 4PMYA 2DDXA 3DHPA 3AS2A 4J3VA 3AHVA 4TVCA 1LF1A 4ATLA 2QV4A 3FXYA 3LMYA 3AIEA 5DO8A 3SCTA 3AIQA 1H41A 3WNPA 3WFLA 1Q6DA 5JIWA 2DT3A 1UZ1A 3OZOA 3WD0A 1M7XA 4PSPA 3VUPA 3WF1A 2F2HA 3PZTA 2WB5A 2WCGA 1PAMA 3OGRA 1E70M 1PX4A 2VO5A 4S3KA 1G1YA 2D3LA 2VRKA 3DHUA 2ZUSA 3BAIA 3WELA 2BVYA 4QLKA 2Y24A 2Y2WA 1EOMA 3AIVA 2A3HA 3M6DA 3AHXA 2DT2A 3BMVA 5FL1A 1KWGA 3W38A 4D71A 1NOUA 1V0NA 4P7NA 3RIKA 4B15A 1VJSA 1W91A 1J18A 1XHGA 1N82A 2VC9A 3WSUA 2ZX9A 1XGZA 1YQ2A 1VEPA 3OGSA 1GOMA 4P8VA 3S2CA 1J11A 3M7SA 2OYLA 1ODZA 5BRQA 5E6YA 3WEZA 2GDUA 2V38A 4UFMA 3TTOA 3PTKA 3ZSTA 2DIEA 4UOQA 5I3DA 3UCQA 2XVGA 4GKLA 3VIOA 1K9DA 2JFEX 5C71A 6A3HA 4JCMA 2J7GA 4NI3A 1VFUA 4UQ9A 4PUEA 1V3KA 4UQBA 4OIFA 2YA1A 1C3FA 2EEXA 1PJ9A 1EO5A 5A69A 1OM0A 3GZAA 1ZJAA 4K68A 3CZKA 1W1TA 2WHMA 2UY2A 3KE0A 3N04A 3QOKA 1E6QM 1W9XA 1JF6A 4H8VA 2F8QA 4PRWA 1XD1A 2ZXDA 1J0JA 1V6WA 4WSKA 1UZ4A 4HZ7A 1B3XA 3VD7A 4J7RA 2RGLA 4MDOA 4CGTA 2EO7A 2A3EA 3SUVA 1JNDA 3WQ6A 1CXFA 4U5IA 3VX0A 1D3CA 4PMRA 1U33A 3QHMA 1BYDA 1LG2A 2CERA 3PHAA 1NQ6A 1KBBA 2HISA 2XFRA 4U2ZA 4OBSA 4ATDA 4LPCA 2D20A 3UETA 2OYKA 2VZOA 2YL8A 3A6OA 1CPUA 2UY3A 3WDIA 3VIKA 4E8DA 3I3DA 5FD0A 1NWRA 3A4WA 3ARZA 1VJZA 4HMDA 3D3AA 4Z2LA 4MNMA 3ALGA 1UWUA 3OB8A 1E40A 3KEHA 4ZENA 1CBGA 2XYLA 1P6WA 1LL6A 3FW6A 3MSGA 1GVIA 5DT5A 1B0IA 1X1NA 2BY0A 3T0DA 2J75A 3MO4A 4OKDA 5A3HA 1CGUA 4W88A 2YBUA 1E3XA 4MNKA 2Z1KA 3BMWA 5LA2A 4OBRA 4CKQA 1DWJM 1ECEA 5DEZA 4AIEA 2CBJA 1M04A 3PTQA 3W4RA 3MUIA 1HJVA 1GJUA 1B3VA 1F4HA 3BAXA 2ZUWA 2WW5A 3ZMRA 4QCFA 3WQWA 5A1AA 1MQPA 1KCLA 1JNEA 2XHYA 2EPLX 5FL0A 1PIFA 3PZQA 3WBEA 1HX0A 1JDCA 1B3ZA 1KBKA 3POCA 2ZICA 1VEOA 4X0NA 1GOQA 1B3YA 2AMGA 1GQJA 1MW1A 3GXIA 2ZWZA 5HXMA 3CUJA 4F79A 4IM4A 2IXVA 1D7FA 3CHEA 1YHTA 2CNCA 1KFWA 4MAZA 4PN2A 5CPTA 3WEMA 1E6XM 1RD6A 3O2LA 4KGJA 3WNNA 1QNOA 2FGZA 1DWGM 2WWCA 4P8WA 5D9OA 1LL7A 3L2MA 1QNPA 3WH6A 1QHPA 3WIJA 1PBGA 1E9LA 4PMXA 3SCRA 5JIPA 1GONA 1SR0A 1UH2A 3PZMA 1JAEA 4W8BA 2GJRA 4JCLA 3RO8A 3W24A 2PWEA 2J4GA 5HBFA 4AYSA 1CECA 2QMKA 1J0YA 1W2PA 2IXUA 2YL6A 3WUEA 3LPOA 3WQ5A 3J7HA 1JD9A 3TTSA 3ARRA 2WC7A 4W7WA 5M17A 2VUYA 1B90A 3RM9A 2VOTA 2BV9A 2J7EA 2E4TA 2Y8KA 1JXKA 2ZOXA 4WKFA 3PTMA 1W1VA 4WJXA 1OD0A 4HA3A 3M07A 3AJ7A 3KL3A 3SCSA 2WHKA 2YL9A 1OGBA 2PBOA 3T0BA 5LYRA 1OGGA 2X0YA 4DM1A 4UFIA 1J12A 1ZS2A 4GQRA 5IDIA 1E6NA 4W8AA 3ARVA 1V0LA 3WFZA 2VX7A 4AWEA 2CIPA 3DYMA 5AY7A 1B31A 3IANA 4IISA 3VPLA 1EXPA 2V5CA 2WMKA 3WEOA 2WANA 4HOWA 2BVDA 4AD5A 3U7VA 5I24A 5EB8A 3VM5A 4HPGA 4Z2KA 3PZUA 1TR1A 1ZB5A 1UWQA 3W27A 1ESWA 2JEPA 4DUXA 3ZJ8A 1SMAA 1V0MA 4CN1A 2O9TA 1GOIA 1TVNA 4GPNA 2WVVB 2DEPA 2ZUTA 1JG9A 2VNCA 1V3IA 1WKYA 4UQCA 5BYWA 5I79A 4MADA 5IXEA 1LQ0A 2BHZA 3ZSSA 1HKMA 4PMUA 2ESCA 2D1ZA 4FMVA 2FH6A 3THCA 3VMPA 3A47A 2XWEA 5DFAA 1GQLA 1WDRA 5M5DA 1OT1A 1BPLB 2PWDA 4NF7A 4ACZA 2E3ZA 5D9MA 1JGIA 4AD3A 4Z2HA 1HF6A 4B9ZA 5E09A 1KCKA 3AYSA 1E6RA 2W63A 4AD0A 3VDCA 1KGXA 3TTYA 1V0KA 2AOSA 1XSKA 3UR7A 1CIUA 2CYGA 2J7DA 3CUGA 4BQ3A 1TZ7A 4CVWA 3FY1A 4UQEA 3A4XA 4GQQA 2YJQA 2Q8XA 5IFPA 1UD2A 1Y7VA 5JBDA 1ISWA 4WF7A 1W1PA 3MKKA 3OLIA 1UD5A 1X6LA 3WF3A 2YLAA 5LA1A 1GOOA 2OWXA 2C8NA 1VB9A 5DT7A 1CTNA 1J0KA 1CWYA 3GNPA 4H04A 1JDDA 2FDMA 2CCRA 1CLVA 4JL2A 1KXHA 3W82A 2J7CA 4W87A 1CEOA 1JIBA 1BSIA 1EDTA 3FNDA 2D0GA 3AMLA 2D3NA 3WDPP 1PPIA 4MB4A 2XSAA 1HJUA 2V3DA 4TVDA 1B3WA 1MXGA 5IHSA 3F4VA 5A8MA 8CGTA 1E5JA 3PN8A 5I77A 4JFWA 1E56A 3AHZA 1XRVA 2W66A 1FOBA 2NW0A 2QMJA 1UR0A 5CPQA 1BVZA 4RE2A 3VD4A 3B9EA 1V02A 1KQYA 1EQPA 1UR4A 4AY1A 2CKSA 2QPUA 4FLQA 4OUEA 3ZQ9A 4V2XA 1K9FA 4E4PA 1UR9A 1HJXA 1NARA 2E0PA 3IJ9A 5A94A 1KGUA 1JAKA 1H1NA 1Q6FA 1XCWA 2XVKA 4AD4A 3WKZA 1BGAA 3K8KA 1DWHM 3QGVA 3AIWA 3OZPA 1HP4A 1E4MM 3OLGA 4C7GA 4CU6A 1XD0A 3BLPX 3BCDA 1XCXA 1JF5A 3BH4A 3MUY1 1GCYA 2WSKA 1FH7A 3T2QA 2CBVA 3SCPA 4C7DA 4BCEA 3ZJ7A 4Z2GA 4D6GA 5BRPA 2DSKA 1UUQA 4WK9A 1US2A 5E0CA 1CXEA 3UG5A 1CXLA 3WDQA 4BQ2A 1J0HA 2OSYA 2J8FA 2YL5A 4PTWA 3OBAA 1GW1A 3JUGA 4GINA 3NSMA 1EH9A 3EYPA 4L4PA 4CD8A 4HU8A 1C92A 2WBKA 4X9YA 3APGA 1WZAA 2VURA 4UOJA 3AXHA 1ZBKA 4L4OA 1AMYA 3WMBA 5EMYA 2G41A 3QHNA 1US3A 2ZXQA 4PMNA 1EOKA 1TE1A 2ZUMA 1AQ0A 1MVYA 2DIJA 5C8BB 2VX5A 1CGYA 3D5HA 3ARQA 1VBUA 5D4YA 3ZJ6A 1JD7A 1Q6GA 3WQ4A 3WH9A 1TA3A 2ZX5A 1BYAA 3NJ3A 4WLCA 4RL3A 3FHAA 5ABGA 4CD6A 3S6TA 1E4IA 2QF8A 1QOXA 4D6HA 2X05A 2CESA 1XYZA 3UERA 4HOZA 2D22A 1WPCA 4W89A 5I2UA 1OWQA 3K4AA 4YHGA 1Q6CA 5FOOA 4W8LA 4U2YA 1W3KA 3U57A 3AMGA 1GZJA 1UA3A 3NCOA 3NSXA 1QNSA 1JZ3A 1JYXA 4J3TA 4AZIA 1E0WA 3WMSA 1BFNA 1E0XA 2G4FA 3CPUA 2BHYA 4F9DA 1WZMA 1V02E 5ABFA 2WC4A 2WKGA 6CGTA 4JHOA 4PCSA 3PZ9A 1RP8A 1ZBVA 3RJYA 3AMKA 3AIRA 1CNVA 4GZJA 4PTVA 1JL8A 2XUCA 2V5DA 1AQMA 4AC1X 1NP2A 4W5ZA 4UOZA 4UR9A 2ZXBA 1UWIA 1E72M 1UKTA 4U3CA 5KZ6A 1QVBA 4PUDA 3NSNA 1GHSA 4FK9A 1R7OA 2Y4SA 3K1DA 4UFHA 3W0KA 2BY3A 1VF8A 3SCWA 5A6AA 3VOCA 4W86A 2D0FA 1UWTA 3CTTA 2EPNA 2YIHA 1XSIA 1SMDA 2W67A 3VGEA 2DSVA 1UA7A 2NSXA 2G3JA 5HPCA 5A2BA 1CENA 3AMDA 4CVUA 1JZ2A 2VX6A 2BVTA 3L4XA 2F61A 1JI1A 4H7VA 3VIPA 3VTRA 3CBWA 2YA0A 4PEEA 1G5AA 3VDAA 4AZGA 3QOMA 4MPKA 1LWJA 1E71M 3KWXA 3CLWA 2Y8VA 3PZNA 3F5KA 3W6LA 4UFKA 3HU7A 5JBEA 2WLZA 1E1EA 4A3YA 1MFUA 3MUZ1 1GQIA 4U33A 3SCNA 4GI8A 2PI6A 2VCAA 4YPJA 3VGFA 3N11A 3VIJA 2GK1A 4CN4A 3W37A 2XSBA 7A3HA 4J3WA 3GNRA 4JKLA 3LPPA 1JZ5A 5AYIA 5D9PA 1O6IA 2GDVA 3U5UA 2VI0A 3K4DA 2DSWA 3EBVA 1UH3A 2OSXA 3U7BA 2ZIDA 3DC0A 4MB1A 1E1FA 3GH5A 1E55A 3EDJA 4RE4A 4BS0A 3NYDA 2W92A 3VIMA 2A3CA 1L0PA 2CKRA 3PZVA 1GVYA 1NWTA 1WAWA 1K9TA 2VX4A 1IZJA 3W25A 1B30A 3GXFA 3F5LA 1W9PA 4W5UA 3SEPA 2Y5EA 3TA9A 4PMDA 3AI0A 2ZUNA 3N12A 3LPFA 1MW2A 1OSEA 3WDJA 5A6KA 3WH7A 3VMOA 3ARWA 2DT1A 4W7UA 4EANA 2EJ1A 1BGGA 4S3JA 4JHZA 1SFSA 1FHLA 2VRJA 1H5VA 2O9RA 1BF2A 1MWOA 5D9NA 3VD9A 3N17A 3ZT7A 4PMZA 3HN3A 3WUBA 3RM4A 4D1IA 2XJ7A 1E4LA 1HP5A 2O92A 4H41A 4CUCA 4D72A 2HVMA 1OBAA 1QI4A 4CCCA 3T08A 1G9HA 5CZKA 1QI2A 3SCVA 2WMGA 3VILA 1EHAA 3CHCA 3DYPA 1UG6A 3SCUA 4AZCA 3AS1A 3AICA 2VR4A 2FH8A 3WUFA 1C7SA 1B1YA 2WXDM 1O7AA 3WL0A 4U5KA 3LPGA 5GNYA 2BHUA 2D2OA 4AEFA 1UYQA 1BYCA 5CPSA 4E8CA 4PTXA 3VIHA 4QAWA 1BHGA 2EBNA 3WD1A 4HMCA 3WL1A 1VAHA 1GHRA 2VZUA 1NM9A 5I78A 1C90A 3ZJKA 4QDMA 5CSUA 1IT0A 1BYBA 3WBAA 5ABHA 4NRSA 3AQUA 3WNMA 4IPLA 1FFQA 2XIIA 1V6YA 2G3NA 3WY1A 4AXNA 2D0HA 2OWCA 1R85A 4Q22A 3VIIA 4QCEA 3WQVA 2OLHA 2EPMX 1W3LA 1J9YA 1WO2A 4CCDA 4D6FA 1U30A 3UESA 4J3XA 2J62A 3BAYA 2WYSA 3WDRA 1WB0A 3EDKA 1QBBA 3SIMA 2J7HA 3WMCA 3ARTA 1BG9A 5CXPA 2VR5A 5E70A 2CPUA 3EDFA 1E6SM 3BCFA 1HVXA 3B8SA 1JFHA 3MMDA 3MMWA 4Z2IA 5AC5A 4M80A 2ZX7A 2WHJA 1QW9A 1V6VA 3WD3A 1I75A 4HOXA 2XGIA 3MMUA 3MU7A 2WMIB 1JZ8A 2WMHA 4ACYA 2J79A 1ZU8A 3AHTA 1H11A 1DWIM 3GBDA 2A3BA 4HZ6A 4X0VA 3PZGA 2VQUA 4AD2A 4UFLA 4CCEA 3VMNA 4E2OA 4R5EA 4EK7A 1LWHA 3THDA 4U31A 3QHOA 3G6MA 1KB3A 1UD8A 2FGLA 1I1XA 3TONA 3ZIZA 1HJWA 2YOCA 4MNJA 1JXJA 4OJYA 4XV0A 3BAKA 2YDSA 3UR8A 2GVYA 3M46A 2WMJA 2MANA 3VNYA 4EAMA 2BS9A 3GTNA 1KWKA 2JALA 2J74A 5EFFA 1MYRA 3KL0A 4AZ6A 5ECUA 3N1AA 1TA3B 2JF6A 3II1A 4V28A 4URIA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WM0 A;  4BQ5 A;  3CMG A;  5A95 A;  2CIT A;  2DSU A;  4GIA A;  2D24 A;  4TTG A;  1ISZ A;  4AZ5 A;  4A4A A;  1KXQ A;  4W93 A;  4HA4 A;  2X0H A;  4PYS A;  1BAG A;  1CXK A;  2FHB A;  2WMI A;  1VFM A;  3K46 A;  3B9A A;  2VJX A;  4TUF A;  1NP0 A;  2WVV A;  1QW8 A;  3DEC A;  4M1R A;  3AZS A;  2CET A;  4AZH A;  3EDD A;  4P7R A;  2J7F A;  1NWS A;  1H09 A;  2UY4 A;  4UTF A;  5JUV A;  3ZT6 A;  2ZWY A;  4LYR A;  4JAW A;  2PB1 A;  4D6C A;  2PF0 A;  5AC4 A;  4YHE A;  4PMY A;  2DDX A;  3DHP A;  3AS2 A;  4J3V A;  3AHV A;  4TVC A;  1LF1 A;  4ATL A;  2QV4 A;  3FXY A;  3LMY A;  3AIE A;  5DO8 A;  3SCT A;  3AIQ A;  1H41 A;  3WNP A;  3WFL A;  1Q6D A;  5JIW A;  2DT3 A;  1UZ1 A;  3OZO A;  3WD0 A;  1M7X A;  4PSP A;  3VUP A;  3WF1 A;  2F2H A;  3PZT A;  2WB5 A;  2WCG A;  1PAM A;  3OGR A;  1E70 M;  1PX4 A;  2VO5 A;  4S3K A;  1G1Y A;  2D3L A;  2VRK A;  3DHU A;  2ZUS A;  3BAI A;  3WEL A;  2BVY A;  4QLK A;  2Y24 A;  2Y2W A;  1EOM A;  3AIV A;  2A3H A;  3M6D A;  3AHX A;  2DT2 A;  3BMV A;  5FL1 A;  1KWG A;  3W38 A;  4D71 A;  1NOU A;  1V0N A;  4P7N A;  3RIK A;  4B15 A;  1VJS A;  1W91 A;  1J18 A;  1XHG A;  1N82 A;  2VC9 A;  3WSU A;  2ZX9 A;  1XGZ A;  1YQ2 A;  1VEP A;  3OGS A;  1GOM A;  4P8V A;  3S2C A;  1J11 A;  3M7S A;  2OYL A;  1ODZ A;  5BRQ A;  5E6Y A;  3WEZ A;  2GDU A;  2V38 A;  4UFM A;  3TTO A;  3PTK A;  3ZST A;  2DIE A;  4UOQ A;  5I3D A;  3UCQ A;  2XVG A;  4GKL A;  3VIO A;  1K9D A;  2JFE X;  5C71 A;  6A3H A;  4JCM A;  2J7G A;  4NI3 A;  1VFU A;  4UQ9 A;  4PUE A;  1V3K A;  4UQB A;  4OIF A;  2YA1 A;  1C3F A;  2EEX A;  1PJ9 A;  1EO5 A;  5A69 A;  1OM0 A;  3GZA A;  1ZJA A;  4K68 A;  3CZK A;  1W1T A;  2WHM A;  2UY2 A;  3KE0 A;  3N04 A;  3QOK A;  1E6Q M;  1W9X A;  1JF6 A;  4H8V A;  2F8Q A;  4PRW A;  1XD1 A;  2ZXD A;  1J0J A;  1V6W A;  4WSK A;  1UZ4 A;  4HZ7 A;  1B3X A;  3VD7 A;  4J7R A;  2RGL A;  4MDO A;  4CGT A;  2EO7 A;  2A3E A;  3SUV A;  1JND A;  3WQ6 A;  1CXF A;  4U5I A;  3VX0 A;  1D3C A;  4PMR A;  1U33 A;  3QHM A;  1BYD A;  1LG2 A;  2CER A;  3PHA A;  1NQ6 A;  1KBB A;  2HIS A;  2XFR A;  4U2Z A;  4OBS A;  4ATD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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