3VIPA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with a new glucopyranosidic product
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNDPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Neotermes koshunensis
total genus 200
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vipA00
3WH9A 2PB1A 1W9PA 1HJSA 4FLRA 3MO4A 4PTWA 3W0KA 3LPFA 2XIBA 2EPKX 1PZ3A 4HOZA 5DMYA 1E56A 4OBRA 1GJWA 5M17A 2WKGA 4ZXLA 4QCEA 1CEOA 1UKPA 3BAKA 1LL7A 1JXJA 3CIVA 1CNVA 5F7UA 2UY4A 1WDRA 5JIWA 4UFHA 4V28A 3WY1A 2WCAA 4HU8A 2DT1A 1XH1A 4Z2KA 5A6LA 4ATLA 1UWTA 1L0PA 3WF1A 1O6IA 1A3HA 3SCOA 1R7AA 5A6BD 1GUVA 3D3AA 3IANA 1C8YA 1PIFA 2YBUA 2YDQA 5I3DA 4OBSA 2A3BA 1W3LA 1VEPA 2O9OA 2XIIA 3ZJ7A 1V6WA 2WVUA 3CHEA 2YOCA 2DSZA 3EMZA 3WDRA 3N12A 3WD0A 1TZ7A 3VMNA 1GQKA 3UERA 4ATWA 1GOWA 2PWGA 3SCSA 1H2JA 2VVSA 4MJ4A 4F66A 4UOZA 1G94A 1KCKA 4J27A 4U2YA 2JE8A 1DEDA 1HKIA 1ZJAA 2J7HA 3OGSA 2W66A 3K8LA 1WDQA 2WBKA 2WAGA 2J7BA 3AXHA 5I0DA 4JHZA 5ABHA 1V03A 2JEQA 3WENA 3WL1A 3A4WA 3KL5A 2JF7A 4GO8A 4DM2A 3K4DA 3CZGA 5BYWA 4Q7NA 3RCNA 3VIFA 3VMOA 4PTXA 3WF3A 2ZX7A 1E1FA 2VR5A 4H8HA 3WH5A 3BH4A 1E43A 4QAWA 3SUUA 2ZUNA 4AZHA 2ZUUA 5A6MA 3BAJA 4WSKA 4OOUA 2W4XA 3GBDA 3GDBA 3TP4A 4CUCA 1LF1A 1CXEA 2G3NA 2J8FA 1X6LA 1TFVA 1A47A 5FIPA 2VX7A 5GQBA 3PZUA 2VRQA 3ZR5A 1W3KA 2CESA 1NWUA 4X9YA 3WMBA 3CZKA 1UD8A 1ZJBA 2WVTA 2ZX8A 4EANA 1TG7A 2C7FA 3W6MA 5I2UA 3VGFA 4TX8A 3N17A 5A6AA 1GW1A 4H2CA 5IHRA 3PZOA 1KGUA 4BQ5A 5A1AA 2CITA 1ODUA 3VD9A 4EAMA 1V3JA 3OB8A 1D2KA 2CXGA 1ITCA 2YDRA 4JL1A 3ARUA 4XX6A 4AZ7A 4CU7A 1UR9A 2X2YA 1PIGA 1HKJA 1TUXA 3PTKA 2VUYA 1HVXA 5JBDA 1E73M 3ARSA 2AAAA 2NSXA 2E9LA 3GNOA 4EKJA 1B3ZA 2FH8A 1JNEA 1OIMA 2D0HA 4PMRA 2ZWZA 4H8VA 1UWUA 4QFUA 3W53A 1H4PA 5E6ZA 3VD4A 4GI9A 2WLZA 1BGAA 4HTYA 2DT0A 1AQMA 3VIPA 4V2XA 1FH8A 3AXIA 2JALA 1VF8A 1V0KA 5I24A 3G6MA 3CMGA 5DT7A 2VCCA 5AC4A 2VMFA 4CGTA 1DWFM 1VEOA 1V02A 4J3SA 1VB9A 1W91A 1WDPA 3N11A 3GH5A 4WJXA 2OYLA 4TTGA 5KEZA 1K6AA 3VX0A 3WBAA 1VJSA 2DEPA 1W1TA 1KR1A 5JBFA 1V3HA 3FW6A 5I78A 1GONA 4KWUA 1J0HA 4JCLA 1V3KA 5CG0A 3GXFA 1W9XA 1OT2A 4MNMA 4Z2JA 4CD8A 1IT0A 1TR1A 5E9AA 1LQ0A 4MB5A 5EFDA 2IXUA 1V0NA 1W1VA 3ARRA 4HMEA 5M03A 4GZEA 1EDQA 2GFTA 4M1RA 1W9DM 1WB0A 3WUEA 3G6LA 1CGWA 3OLIA 3WQVA 5FL0A 4QLLA 3OBAA 2VX5A 3W29A 1E4LA 3MU7A 1BYAA 4IPNB 3GXDA 1UH4A 3CZJA 1DWGM 4J3VA 4W7UA 4CCCA 4MDOA 4PUDA 4L4OA 2CEQA 4LX4A 1US2A 1JYWA 1B90A 3VDHA 2CHOA 5CQ1A 2UY3A 3W37A 4IPLA 2WHJA 3A3HA 2QHAA 4WIWA 1WZAA 1KBBA 4F9JA 2XGIA 3CMJA 4D6JA 4D6FA 2GSJA 1MQQA 2ZUTA 3OLGA 4PMVA 1AMYA 2XM1A 3IK2A 3VGBA 4BQ3A 3AROA 3CUIA 1UHVA 3DHPA 4H7VA 4HMCA 3WEOA 4DUWA 2O9TA 3T09A 2XM2A 3IJ9A 3ZOAA 4W89A 4B15A 3RM4A 4CD4A 1MW0A 5D4YA 3WD4A 1W32A 1V6XA 2VZVA 3VIHA 1H5VA 3IJ7A 5GNYA 1KXQA 1RP8A 5CGMA 3AS1A 4A3HA 2J7DA 2W91A 1ZBWA 2J25A 1B2YA 1H09A 2TAAA 3MUAA 3FHQA 1C91A 1MW3A 2PC8A 1KQYA 1GPFA 1Q6FA 2ZXAA 1CPUA 1W9VA 5HDRA 4PMZA 1CTNA 1B9ZA 1V08A 1UOKA 2WANA 1GHSA 1V3IA 3VGGA 1MXGA 4FF5A 1CENA 3VGEA 2V3FA 3UESA 3ZSTA 4EK7A 4P7RA 1J0KA 3MV11 4AIOA 1JZ6A 1UQZA 1UG6A 2J79A 4XUYA 1IZKA 2EBNA 1TVPA 2WXDM 3PZQA 4UQCA 3WUFA 3RM9A 2EO7A 3ARYA 1OCQA 2D20A 4GO9A 5CZKA 4DWSB 1KWGA 4HZ6A 1K9DA 4GQQA 4DWSA 5I6SA 3VIOA 3AFBA 4KRTA 1CYGA 5C71A 3VVGA 3WNOA 2G3JA 1KXHA 2BY0A 1E1EA 2XJ7A 3DYMA 1WO2A 2VL4A 3WD1A 3AIUA 1CLVA 3OGVA 3SCPA 3WDQA 3T2QA 4DUVA 2PI6A 4KH2A 1LG1A 4MPKA 1OT1A 4TVUA 4CU8A 4MJ2A 3DHUA 3WDPP 4AZ5A 1RH9A 3MANA 5E0CA 2W61A 1H3GA 3W24A 2E9MA 3AHZA 3VX1A 1GHRA 1WPCA 2DSWA 2VTFA 5D8ZA 4JZ5A 2W5FA 3ARWA 3TTYA 3SCRA 3WMCA 4AZBA 5CPTA 3BMWA 2XWDA 1Y7VA 4B16A 1EQPA 1LG2A 1LL4A 2CBUA 3NDYA 1E0XA 3L4UA 1HJVA 1E9LA 1KCLA 4BCEA 2WCSA 3TA9A 1JFHA 1UA3A 4AYSA 3THDA 4Z2GA 1UWRA 3T2OA 4CD7A 1WAWA 3F5LA 4P7LA 4D1JA 4AIEA 8CGTA 1B3XA 4V27A 1KWKA 1J0JA 3QHNA 3CUGA 2ZX9A 4GXPA 5C70A 1EA9C 4PEEA 2YA1A 1XCXA 2BHYA 3NSMA 3U5YA 2XFRA 2Z1SA 2ZXQA 5FKYA 3WQ8A 4PUEA 2XVNA 1BHGA 3AHTA 1M03A 1ISWA 4W85A 2CETA 2XPKA 3BXWA 1QBBA 1BG4A 1XSJA 1GJUA 4PSPA 5JBEA 1HIZA 1N82A 2IXVA 1V02E 3AZRA 1MQPA 2Y24A 2WPGA 1G5AA 3ALGA 2GJPA 4W7VA 1NOWA 3AS3A 1H11A 3OGRA 3CZEA 3GNPA 2BVTA 1ZS2A 1PPIA 1UR4A 1JZ8A 4AZCB 2BXYA 2BY2A 3KL0A 2WWCA 4HPHA 4RL3A 4AZCA 1LWHA 4UZSA 3VUPA 3NCOA 2OWXA 3EDKA 1M53A 2XUCA 1E6XM 2XFFA 3FNDA 3N1AA 3NIYA 3WH6A 5E70A 1QNOA 4OIFA 3CHDA 5EFFA 3ZJ6A 2FHFA 1OWQA 3WNPA 1GOOA 2GUYA 4B3LA 1QNSA 2MANA 3ZT5A 2GK1B 3AIEA 3ARPA 1HVQA 5ABFB 2V5CA 1US3A 2V3EA 3CLWA 3RDKA 1HJWA 4UQEA 2GK1A 2CKRA 2FHCA 3RMEA 5ABFA 2JFEX 3WUBA 1JDAA 3K4AA 2D0FA 4ML4A 3BCFA 4M56A 4GQRA 3MV01 2CBJA 1XYFA 1XYZA 8A3HA 1SFSA 1CLXA 4AMCA 1WDSA 1VENA 5ABGA 6TAAA 5CSUA 4X0VA 1WZMA 1XRVA 4DWSC 4E4PA 1F4HA 2E9BA 4GPNA 1QI4A 1XC6A 5A95A 4ZENA 3ARVA 3AHXA 5JUVA 1BYCA 1FP9A 2YL8A 2VZTA 1SMAA 4UFJA 1QHPA 1J0ZA 4PMDA 4W5UA 3AHYA 3VINA 3WEZA 4N42A 3BAXA 1S46A 1YHTA 3L4XA 5C8BB 1C7TA 3AI0A 3L4TA 1FHLA 1BVNP 3HU7A 4WKFA 2D0GA 2PWDA 3SCVA 2J7FA 3MKKA 1VAHA 3AMDA 1JZ3A 5DT5A 4CD6A 2C0HA 2Y5EA 2Y8KA 4Z2LA 4BQ4A 1CDGA 2O92A 4Q22A 4CVWA 3PZGA 1K9TA 3KWXA 3SCTA 1XV8A 4NRSA 3B8SA 3FXYA 1J01A 2NT1A 2HISA 1E6NA 4J3XA 4R27A 1Q6CA 4A4AA 2ESCA 3CH9A 1CGYA 1ECEA 1MFVA 3QOMA 3PHAA 2G41A 4L4PA 1E4MM 3PZTA 1C92A 3ZSSA 4M29A 3OLEA 3VM5A 4AIUA 4N0RA 3CUFA 4CKQA 1AQHA 6CGTA 3APGA 5HPCA 1BGGA 3VDCA 2CPUA 4PMYA 4NF7A 1RPKA 4MNJA 4M81A 4B9ZA 1JL8A 1QHZA 1DWHM 4JFWA 3WIJA 1V3LA 1I1XA 5IHSA 1WZLA 4AXNA 4J7RA 4AEFA 5FCZA 2W67A 3W82A 1HL9A 4HP5A 3O2LA 2QV4A 1PX8A 2DGAA 2BY3A 4XV0A 2WWDA 1G01A 1ODZA 7A3HA 4JL2A 2ZICA 3OLDA 3K46A 3WQ4A 4BZYA 4DWSD 5A6JA 1CXHA 3WN6A 2WZIA 4W86A 4M8UA 3N9KA 1BLIA 3WNMA 1TE1A 2J7GA 1VIWA 1UKOA 2G3IA 2XGBA 3RJXA 3NYDA 3I3DA 1GOKA 1DWJM 3WQ5A 4Z2IA 3VIMA 2VO5A 4W84A 1NARA 4BQ2A 2ZIDA 3WL0A 1MW1A 1QNRA 3SCUA 1BF2A 4C7DA 1BSIA 1WE5A 5EMYA 1HX0A 4QLKA 3UEQA 3ARZA 3VILA 4EE9A 2DDXA 2ZUWA 3T0AA 5CPQA 2D22A 3RPMA 3U57A 1U30A 2O9PA 3W28A 1EOKA 1HP4A 4P7QA 3EDDA 2YL6A 2PBGA 4UZUA 3N04A 1PZ2A 5E6YA 4MNKA 1FP8A 4IM4A 3UG5A 3MMUA 2XVKA 4J3UA 5BRPA 2E8YA 2OWWA 4P8WA 4CCEA 3UR8A 2G4FA 4TX6A 4MADA 4BS0A 2CNCA 4FLOA 4J3WA 2YL9A 1H49A 4LQ1A 3AS2A 4TVCA 3ZT6A 4ZE4A 3N18A 3AYRA 2J47A 3LPPA 1ZL1A 4D6IA 1GNXA 1MVYA 1C8XA 1J11A 1XD0A 1GVYA 4JCMA 4YHGA 1E4NA 3W26A 1BFNA 1WCGA 4W93A 3GTNA 4Y7EA 1VBUA 1R87A 2WVVB 3WDIA 4UOJA 4JAWA 3POHA 3LPOA 5JIPA 1UH2A 4P7OA 1GVIA 2WVVA 1QNQA 4YN5A 3CUJA 1AQ0A 2VC9A 1DP0A 1J10A 5A3HA 1LWJA 7TAAA 4HU0A 4Z2HA 3SUTA 5D9MA 1UKSA 2XYLA 4XZBA 1GOMA 1PBGA 3A4AA 4LYRA 1EXPA 1VFFA 3F5JA 1ISZA 1J0IA 5CPSA 3WNLA 3BSGA 2Y8VA 3VOCA 3DYOA 3B9AA 4HA3A 2WM0A 4JFUA 3MSGA 1JZ2A 2WHLA 4UFKA 5ECUA 4LGXA 3N15A 1KBKA 5DEZA 1E71M 3L4WA 2E40A 3PZIA 1JIBA 4PTVA 3RJYA 1E3ZA 3AHVA 5LA0A 3MMDA 2CIPA 1Z32X 2Q8XA 3FAXA 3W25A 1Q6GA 2D23A 3KE0A 3OZOA 2VZOA 2DQXA 2CERA 1WNOA 4GI8A 3ZQ9A 3BAWA 1L8NA 3WMSA 2IUZA 4NSBA 4XZWA 1NOFA 3VD7A 3TTQA 1VRXA 3LPGA 1GQJA 3EYPA 2OYMA 2WC7A 2D3NA 5GNZA 4HZ7A 5DF0A 1JYXA 3PTQA 3AIBA 2X05A 1KXVA 5IFPA 2WVSA 5CSYA 1AVAA 3HMCA 3WELA 1NM9A 4U5IA 4JFVA 3BMVA 1W9BM 3E1F1 1FA2A 1GCYA 5BXRA 3K1DA 5CJ5A 2X09A 1ZU8A 3VD3A 2CKSA 3W81A 2XTKA 2WBGA 4JFTA 1J9YA 1QI2A 2BXZA 2OWCA 3WFLA 2A3AA 3OA5A 5HNNA 4PMNA 3GBEA 4PBGA 3M6DA 4A3YA 2VZUA 5TD4A 3CGTA 4XB3A 1GOIA 1KB3A 2D3LA 1Q6EA 2J77A 3II1A 1QHOA 2DT3A 4LYQA 3B9DA 4ZE5A 1CZ1A 3B9EA 1H41A 1H0GA 3WBEA 1BQCA 1C3FA 3CHCA 1GQLA 2PWFA 2WMJA 4MB4A 2WMKA 3ZM8A 5I5RA 4U33A 4OJYA 1DTUA 4UFMA 1XSIA 1JZ7A 3A47A 5EB8A 3SEPA 2BY1A 2D24A 2BFGA 5A2BA 5E0FA 3U7VA 3VMPA 2X0HA 4P8UA 1BAGA 3KL3A 2XVPA 1B3VA 2QMKA 3EBVA 3GM8A 1BYBA 3MS8A 4BA0A 1EDTA 1GOQA 4H8UA 3WH8A 4AD5A 1D7FA 1VFOA 4GIAA 2WMFA 5LA2A 3VU2A 1ESWA 3A6OA 4NRRA 1EDGA 1V6YA 2WMIB 2V3DA 1G9HA 5LA1A 1QBAA 4AW7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WH9 A;  2PB1 A;  1W9P A;  1HJS A;  4FLR A;  3MO4 A;  4PTW A;  3W0K A;  3LPF A;  2XIB A;  2EPK X;  1PZ3 A;  4HOZ A;  5DMY A;  1E56 A;  4OBR A;  1GJW A;  5M17 A;  2WKG A;  4ZXL A;  4QCE A;  1CEO A;  1UKP A;  3BAK A;  1LL7 A;  1JXJ A;  3CIV A;  1CNV A;  5F7U A;  2UY4 A;  1WDR A;  5JIW A;  4UFH A;  4V28 A;  3WY1 A;  2WCA A;  4HU8 A;  2DT1 A;  1XH1 A;  4Z2K A;  5A6L A;  4ATL A;  1UWT A;  1L0P A;  3WF1 A;  1O6I A;  1A3H A;  3SCO A;  1R7A A;  5A6B D;  1GUV A;  3D3A A;  3IAN A;  1C8Y A;  1PIF A;  2YBU A;  2YDQ A;  5I3D A;  4OBS A;  2A3B A;  1W3L A;  1VEP A;  2O9O A;  2XII A;  3ZJ7 A;  1V6W A;  2WVU A;  3CHE A;  2YOC A;  2DSZ A;  3EMZ A;  3WDR A;  3N12 A;  3WD0 A;  1TZ7 A;  3VMN A;  1GQK A;  3UER A;  4ATW A;  1GOW A;  2PWG A;  3SCS A;  1H2J A;  2VVS A;  4MJ4 A;  4F66 A;  4UOZ A;  1G94 A;  1KCK A;  4J27 A;  4U2Y A;  2JE8 A;  1DED A;  1HKI A;  1ZJA A;  2J7H A;  3OGS A;  2W66 A;  3K8L A;  1WDQ A;  2WBK A;  2WAG A;  2J7B A;  3AXH A;  5I0D A;  4JHZ A;  5ABH A;  1V03 A;  2JEQ A;  3WEN A;  3WL1 A;  3A4W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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