3VKJ | Genus

Total Genus 134

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	363
structure length	363
Chain Sequence	IVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__86134772094635__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__86134772094635__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3VKJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__86134772094635__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"86134772094635","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3VKJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__86134772094635__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d034f89f238c47327cde76d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d034f89f238c47327cde76d/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d034f89f238c47327cde76d/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d034f89f238c47327cde76d/pdb.gz): 525 ms

reading 363 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

363 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:362});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Sulfolobus shibatae
publication title	Substrate-Induced Change in the Quaternary Structure of Type 2 Isopentenyl Diphosphate Isomerase from Sulfolobus shibatae. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
total genus	134
structure length	363
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date	2011-11-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3vkjA00

5DBUA 4JTTA 4RJEA 3F1QA 1J5TA 1OFBA 4LVGA 2FDSA 3IIPA 3EWBX 1LORA 1KFBA 4O13A 4HKPA 3PUOA 1T0OA 4FEZA 3LGEA 1FX6A 4MJMA 4TX9A 1TMHA 5KZDA 3P82A 5CZJA 3EX2A 2PE4A 3NO5A 2E68A 3MBDA 4WY0A 3NQEA 2WKJA 3E49A 1R2RA 3UWWA 4WY0B 3DGRA 3M5YA 1V7YA 2W6RA 1OFOA 2VXNA 5DN1A 3T78A 3BW3A 3ANYA 1RQHA 3W7PA 4FB7A 4ZQNA 1FY6A 4LVDA 3TAKA 1LP6A 3N3MA 1QWGA 3SSJA 3FJ6A 5G4WA 3QPYA 1PCKA 1VJIA 3WJZA 4Z0JA 5EL1A 3M16A 1KFCA 3WJSA 1MEIA 1I2PA 2Y70A 4RZ4A 3QQ1A 1AG1O 3PR2A 2YCEA 5FF7A 2J9XA 5HJLA 2YYTA 1X1OA 4UTTC 1LROA 5E93A 5G2HA 3TMQA 1XL9A 2C1HA 3NDOA 3IGUA 2ATSA 1TO3A 3UPWA 4UNLA 3W70A 1OJXA 1XC4A 3CIXA 3GDMA 2X2GA 4GBUA 1H7OA 1MSSA 1GVFA 2WV8A 3IVSA 4IOTA 2P1FA 1C9DA 5LHFA 3L5AA 4R7JA 3W7LA 2V81A 3DI1A 3R12A 3W7JA 3PSVA 1S3HA 4N9CA 2X1TA 4JX6A 5D2VA 1DVJA 1KA9F 3LB0A 4PL2A 5AHMA 3USBA 5FF4A 4IXHA 2GQ8A 1G4TA 3IGSA 3CB8A 1H63A 1ZNNA 1KLYA 3L9CA 1XFBA 1O5XA 4IJBA 2VFGA 4LOCA 2GOUA 4O54A 4JTIA 3KVLA 3G22A 1FBAA 2V8ZA 3GB6A 3SECA 3NL5A 3RF9A 5FF0A 3C2OA 5EMUA 5HWJA 4BFAA 2OX1A 5DCEA 5HWNA 4NJJA 4H4IA 1DJQA 3CTLA 4QITA 4S2CA 4N4PA 1ONRA 4NQ1A 5EKYA 5EYWA 4E2BA 3C6CA 1PCWA 4RCXA 4O1DA 2E6DA 2Z1BA 3EX4A 3MMTA 3LXBA 4GXMA 3DU0A 4ZQCA 1I45A 1NVMA 3PUDA 2NUXA 2ALDA 2A0NA 1XUZA 1GTHA 5IBXA 3ZWTA 3F03K 2ATMA 4WOZA 3NAVA 1ICPA 3WK1A 1TJPA 1K3UA 2Q3RA 4N02A 2QUTA 1AW2A 3W88A 4DPPA 3LHVA 1JUEA 1D9EA 3G3MA 3GZ3A 3M6YA 1SFJA 4LC8A 2JKAA 2QUUA 3E96A 3TA6A 2RFGA 2OJPA 1XBYA 2VC6A 3LV5A 3DI0A 3TU9A 5K9XA 2G97A 5DELA 5AC6A 4FNRA 3GKAA 1T8XA 4AWSA 1QFEA 4JXCA 3QC3A 5DBTA 2ZRYA 4JDYA 1K7XA 3NYZA 4XBKA 3IVUA 1EX5A 4UTKA 1GT8A 5KMYA 1ALDA 2KZHA 4AXKA 2C18A 2E77A 1NEYA 3DZ1A 1NAL1 2E6FA 1S5TA 4KKXA 2FJKA 1OX5A 4K38A 3G1HA 3B0VC 1EP3A 3QZEA 4MZ8A 1JQVA 3FIGA 2YW3A 4PODA 3N34A 1R2SA 4X3ZA 3S1WA 4LVBA 1WOBA 1KM5A 4N6FA 4AHOA 2QJIA 3PF3A 1LZOA 4WXYA 5HUOA 4OGZA 4XZ9A 5ABTA 5F4WA 2JKEA 3W23A 3OVQA 1OFEA 4QIUA 1WOAA 3GAYA 1QNVA 3R8RA 3A22A 1OYBA 3HPSA 4D2JA 1A5AA 2ZYFA 1ICSA 2YYUA 3DFSA 5FESA 5LGZA 1HL2A 3K30A 1UUOA 2QCFA 2ZA1A 4O12A 4CQ9A 3MHUA 3EKZA 4NU7A 4UIOA 3TE9A 3UWYA 3TFCA 1XXXA 3G1VA 3W2LA 3L5LA 2B7QA 1UB3A 1HG3A 5G2WA 1JUKA 2DZWA 3P84A 4FO4A 3W7QA 3DH7A 1G4PA 3KFTA 3CWNA 1ZCOA 3MW7A 2E09A 4NNCA 4ML9A 3TQKA 1YTKA 1PE1A 3TC7A 3UWUA 1KM2A 1JQXA 3KVJA 5KZMA 3HG5A 3N9SA 4NX0A 1FWWA 3CEPA 3DHFA 3SFKA 1CW2A 2GVLA 3KVMA 2C13A 5HWMA 1HO1A 2J9ZA 3FYOA 3N14A 2OZ0A 2CZ5A 3NPVA 1X8FA 3JRKA 1EA0A 4WJEA 4LUIA 3W1RA 3MI3A 4MY1A 4WY0F 4DXVA 3I7RA 2IQTA 1X6UA 2YR1A 1QO5A 4A21A 2EF9A 5HR7A 1QAPA 1IXQA 4AHQA 2V2CA 1FWRA 1H7NA 3TC6A 5F2MA 1W3NA 4O19A 5AHEA 1TPWA 3G24A 3C2EA 2GJLA 1TRDA 2V5BA 3HJZA 3HGSA 3W7KA 4GFSA 1NF0A 1HO4A 1DBTA 4HPJA 3BV4A 4ZL1A 1L2UA 3A5FA 2JKPA 3WK2A 2VEPA 4LS2A 1VHNA 2DZTA 3RMJA 3DAQA 1CI1A 4O53A 3T55A 4GUGA 2ZZ4A 1L6YA 3CC1A 4MLJA 5AHLA 4GUJA 3BK0A 2WJZA 3L5MA 3W7CA 3NPUA 2FLIA 3DFTA 1Z48A 5AYZA 2HS8A 4RXGA 1DQXA 4OT7A 3NQAA 1GZGA 1EP2A 1O5KA 1ZAHA 4KWWA 2YDAA 2R94A 5G1YA 2E1DA 4FHAA 3I7SA 5HMSA 1TCDA 3C56A 4GE8A 1VH7A 1WYIA 5CPLA 3TSMA 1TTIA 3S5OA 4MFEA 1JCNA 3I65A 5BW6A 4K7YA 1LRTA 2NWSA 2H8ZA 1W0MA 3C8FA 4UTMA 3ZWSA 4MKNA 2ISVA 2NX9A 4I9AA 2CLHA 1KTBA 1TPDA 3P5ZA 1ZFJA 1YXDA 1GEQA 3W1UA 3A21A 1N55A 1FWSA 1XKYA 4MVAA 4LW7A 3IV3A 4P61A 3CHVA 3I7QA 1LOQA 1GYLA 2DORA 4WXZA 4UTUA 2WSYA 4NXKA 1BTMA 5EBUA 1FXPA 3W7OA 1I2QA 4NJHA 4MFDA 5HULA 4HPXA 4C1KA 5AN7A 4UTWC 1W5OA 4UTIA 2R14A 1OFRA 4ZZ9A 3LXCA 7TIMA 1LBLA 1VPXA 3W2KA 4EOUA 4OWGA 1O60A 1EWEA 2NV1A 3A9IA 1TIMA 1Q6QA 1WQ5A 3G1FA 3O05A 4MIMA 2Y7DA 3CIWA 1WBHA 2YPIA 3D0CA 3TROA 3GXTA 4FF7A 2HS6A 3W1XA 4NT0A 1NFBA 3M5XA 1SO5A 1JRBA 4IGHA 3NM1A 4E0CA 2DU2A 4GNJA 1WXJA 3KRUA 5AYYA 3EWYA 5I3KA 2ZCGA 2Q8LA 5BRBA 1XI3A 4RLIA 3MUXA 3O8AA 4O28A 4DO6A 4N6EA 3UWVA 1CX9A 1GVSA 2VFIA 2V2DA 1UBSA 4IMEA 5CGQA 3QW4B 1I4NA 4XKYA 3NL6A 4RK8A 5KZEA 1MXSA 4TMBA 4XKYB 1JCLA 3DKJA 4JTLA 3MHFA 2VFEA 2YZRA 5I3JA 4M5PA 3LXAA 1YXCA 3TH6A 1J4EA 4JICA 3EXSA 3R89A 1P0KA 4O1AA 2ABAA 4O10A 2QAFA 4BF9A 5AOUA 4O0ZA 3G18A 1Z42A 3DXIA 1SR9A 3B04A 5DCDA 4FNPA 3UNDA 2JGQA 1KLZA 1U5JA 3L2IA 3NQ8A 3NL3A 4WOQA 2F84A 4BI5A 1W5PA 2OMAA 5F2LA 3SI9A 2Q3OA 4WD0A 1H5YA 1K8ZA 3ABRA 4NZFA 5LGXA 2BSLA 2D73A 4X9SA 2B7NA 1VS1A 2J88A 4OHQA 5DY2A 1A5CA 1G4EA 3P60A 1C29A 3KXQA 3R13A 4FNSA 1RQEA 3GDLA 4GRSA 2JBMA 1GTEA 2O7SA 5CSSA 3PVFA 1OHLA 5K3VA 2NZLA 3FFSA 2FQIA 4QAIA 3BW2A 5LNVA 2OCZA 4ZQMA 4YCOA 2XN0A 1SZGA 3PC0A 3LCIA 3OG3A 3DKLA 5D2WA 3MP3A 3NOEA 3W2NA 3MYPA 2NXIA 4GJ1A 2NX3A 3DFNA 3E9AA 2YFNA 4PC8A 4AAJA 1RQBA 3F4WA 1W37A 3MJYA 5CSRA 1JUBA 3HMJG 4K6AA 1OK6A 2NUWA 1GVRA 3GYEA 2VFHA 3F4NA 1B57A 2C14A 1QMLA 3G1XA 3E02A 3MP5A 4BWLA 4DF2A 1KM0A 3NR0A 4RV8A 3I6RA 3NQDA 2E6YA 2W79A 4ONVA 3UQNA 1VLWA 1DHPA 5K4XA 3GNDA 8TIMA 2YX0A 1S5WA 3HG2A 1A5SA 4UNKA 1TV7A 1WBJA 1L6SA 3OBKA 2HTMA 3LRMA 3UPBA 5LKYA 3FKRA 2JK2A 3HIJA 1RV8A 3E12A 5I3FA 3DENA 1KM1A 4HHPA 3S1VA 1M5WA 2A7RA 3LHUA 3G8EA 5HUPA 5LHEA 1TYGA 4DPQA 1LOLA 4Z1CA 4ICNA 5CZ0A 2H3DA 2NXGA 4LWWA 1F73A 5MHBA 1JJKA 5HQEA 3QSTA 5BMWA 2QCGA 1EPXA 1UASA 2G5WA 5AFDA 3O6DA 4E2DA 3W2MA 1KBIA 1I2NA 3P62A 4LVFA 3YPIA 2PRHA 4JX5A 3P67A 1P4CA 3QYQA 4GUIA 3G3DA 4LUJA 3L67A 1O94A 1K8YA 3GK0A 4K8HA 1G7UA 3LERA 1OYAA 2BZNA 3QMSA 1GYNA 3S1UA 3BVJA 1SO4A 2BXVA 3NGJA 1WAUA 3EX3A 3HQ1A 5DY3A 1DJNA 2B7OA 4O8RA 4O4VA 5G4EA 5DXYA 3DFQA 3M44A 4LRSA 4UFLA 3P8JA 3GAKA 3EKLA 4N9BA 3LRLA 1E51A 3KX6A 4KWVA 1QOPA 1H7RA 3C3NA 4CCCA 3UY7A 1LLWA 2PRLA 1JCYA 4ADUA 2DZVA 5F4SA 4FNQA 3RFAA 4A2RA 3HGJA 3TCEA 2RKXA 3LTPA 5FF3A 5DCBA 4I7UA 3LLFA 3N2XA 1N8FA 1LOSA 4YLWA 3FLUA 5IBXC 1TB3A 2R8WA 2G96A 3Q2DA 4Y96A 3NVTA 4IMCA 4M19A 1EP1A 3NG3A 4Y6GA 1TPEA 1F2JA 1D3HA 4GWEA 5D32A 4E38A 3HBLA 3WFAA 4HSNA 3GXPA 3GR8A 4XWUA 1N7KA 1XUUA 2DJXA 3OEXA 3QJAA 3TNOA 4LS1A 1Q6OA 5CKSA 1FUYA 1ME9A 2A4AA 4UR8A 1KFJA 4TU1A 2BLEA 4G1KA 1FCVA 4L4MA 1W56A 4KFPA 3L66A 1KFLA 1KFEA 4FXRA 3LRKA 2GQAA 3G1DA 4N2YA 3IIOA 1M7OA 3AJXA 2VFDA 1YPIA 3O07A 3OA3A 4A2SA 5AC8A 4X22A 4DEFA 5AHNA 1KM3A 1Q6RA 3SR7A 3STGA 3G0UA 1DOSA 2A7PA 4MZYA 1VCVA 4RKAA 1AL7A 2B4GA 3PS7A 1B4KA 1JULA 2AGKA 3KAOA 4UFIA 3FS2A 4UMBA 3N2MA 5U4NA 2Y61A 2C3ZA 4MYXA 4AWTA 3GLCA 2RDUA 3BLFA 3CEUA 4YMZA 3S5NA 3O15A 5HINA 4R34A 2GQ9A 5F1VA 3Q58A 3V75A 3P81A 4ORIA 3W1NA 5AHFA 3WJWA 4HSOA 4S1FA 2ZZ3A 2JGYA 2NWRA 4UR7A 3QH2A 2VFFA 3W22A 4DF1A 2CLLA 3ABOA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3VKJA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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