3VND | Genus

Total Genus 94

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	267
structure length	259
Chain Sequence	MSNRYQAKFAALKAQDKGAFVPFVTIGDPSPELSLKIIQTLVDNGADALELGFPFSDPLADGPVIQGANLRSLAAGTTSSDCFDIITKVRAQHPDMPIGLLLYANLVFANGIDEFYTKAQAAGVDSVLIADVPVEESAPFSKAAKAHGIAPIFIAPPNADADTLKMVSEQGEGYTYLLSRAGVTPIENILTQLAEFNAPPPLLGFGIAEPEQVRAAIKAGAAGAISGSAVVKIIEAHQHDEATLLAKLAEFTTAMKAAT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__27987209971239__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__27987209971239__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3VND/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__27987209971239__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"27987209971239","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3VND/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__27987209971239__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0353236b155ddeeec93bf0/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0353236b155ddeeec93bf0/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0353236b155ddeeec93bf0/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0353236b155ddeeec93bf0/pdb.gz): 352 ms

reading 259 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

259 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:258});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Shewanella frigidimarina
publication title	Strategy for cold adaptation of the tryptophan synthase alpha subunit from the psychrophile Shewanella frigidimarina K14-2: crystal structure and physicochemical properties pubmed doi rcsb
molecule keywords	Tryptophan synthase alpha chain
total genus	94
structure length	259
sequence length	267
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2012-01-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3vndA00

4WD0A 3LM7A 1W0MA 5A8GA 2OMAA 1EP1A 2DZWA 4MPQA 2QKFA 5FEPA 2FPYA 4Z0SA 4AWUA 1GG1A 5F2LA 2H3DA 4E38A 3TU9A 3E02A 1JCMP 3HGRA 4MYXA 1NFBA 3TNOA 2YDAA 3W6YA 5HUOA 2HS8A 3NL3A 4ZQCA 3F03K 5CSRA 4BWLC 3O05A 2V9DA 2QCDA 1SO5A 1W5NA 1TV7A 2DZXA 3C52A 4FIQA 1C8VA 1KM0A 3HG3A 2P0OA 1X8FA 1YPIA 3LBCA 3F4NA 1V5XA 3HB9A 5FESA 1DKWA 2GVGA 2Z0IA 3H55A 4GUIA 5K9CA 1BWKA 5EBUA 4NXSA 2HMCA 1EEPA 1KFBA 2NX1A 4AXKA 2ALDA 2CLLA 4MY9A 2ZQ0A 5HWMA 4FNUA 3MP4A 4C1LA 3OHIA 3C3NA 4RJEA 1X1OA 3N73A 3S0CA 3GNDA 3MUXA 5K9XA 5DBUA 3MJYA 4RR4A 3W1AA 3QJAA 2X1UA 4HPJA 3NVTA 5D37A 2QCDB 1JCYA 2Y89A 3KVMA 1Q6QA 3HMJG 2G95A 1ZALA 5BRBA 1XL9A 4LC6A 1VQTA 4HN4A 3ZFHA 4A21A 1F6PA 4ORMA 3H54A 1GOXA 4UFMA 4LRSA 3TK7A 2B7PA 3P60A 4NX5A 3DKLA 1VZWA 2WKJA 3G1SA 2OCZA 3N3MA 1TB3A 3NQ8A 3W7HA 2Y85A 4AF0A 3DGRA 1MO0A 1VC4A 2QAFA 3NL2A 3A24A 3DZ1A 4DBEA 1KA9F 2ZTJA 5DXXA 2P10A 3TQ0A 3G3DA 4NVTA 4O19A 2Y62A 5AHLA 4FNRA 2VFGA 3SGUA 5F2GA 4KFPA 3I7QA 5K2ZA 4YWIA 3N19B 1ICPA 5CKSA 5AOUA 1XBVA 5K9DA 4DPPA 3G24A 1LRQA 1KW1A 1JJKA 1KBIA 3S1VA 4PL2A 5FF7A 1GTHA 4JTIA 3M0ZA 2A4AA 3G0SA 4AWSA 2Y6ZA 5DXYA 2TSYA 4UUIA 3JR2A 4LY8A 1K7FA 2ZRYA 3CC1A 3KVLA 4FF7A 2C0AA 1I2QA 5CPOA 1BTMA 1Y0EA 3QW4B 1ZY9A 1ONRA 1B9BA 3GIYA 1HTIA 1T0OA 2WOQA 4LVAA 4DPQA 4IMDA 3IEBA 4PA8A 5BNKA 3N9RA 1F76A 2WQPA 5FF2A 5F4SA 3W7OA 5LNWA 4ZQPA 3W83A 4OU1A 3A21A 4Y96A 1VLIA 4XZ9A 4XKYA 2O7SA 1R46A 2E6YA 4Y8FA 3P81A 3SR7A 2F84A 2CLOA 4JY8A 1D9EA 3BW2A 1L6WA 1A5SA 1W56A 1DOSA 3NA8A 4MOZA 1KTCA 3E9AA 2CLFA 3G1DA 4CQ9A 2Y7DA 2P1FA 1G67A 2QUUA 1DV7A 1SW0A 3A23A 1RQBA 1IGSA 3PBWA 3W2LA 1PS9A 1TREA 3RMJA 1ZNNA 4K8HA 3EX3A 2DJXA 4JR5A 3EX6A 4NU7A 4NQ1A 3LI1A 3LHTA 4ADTA 4DQWA 1FXQA 4OV4A 1I4NA 1FBAA 1XUZA 4U4MA 3PULA 3QZEA 4UFHA 5CZSA 4UTIA 4S1FA 3FFSA 3BLEA 4YL2A 2IQTA 1QFEA 2A6LA 1HO4A 1I2RA 1TPVA 1FWWA 3W7QA 3G22A 2JKEA 4Z1AA 1LOSA 2FFCA 1OK6A 3TX9A 3MYPA 4UFJA 1LP6A 2QJGA 3FA5A 4NJKA 2WSRA 2YGYA 1TPWA 1H7NA 3GDTA 2R94A 3HBLA 3S1WA 5K7JA 1KFLA 1SR9A 3W1NA 1P5BA 4EVZA 1GVFA 2PCQA 4KKXA 3W7MA 3UWYA 4LRTA 1QCWA 3NPVA 4L4LA 2J27A 1AL7A 1TTJA 2QCHA 5AFDA 3GVGA 3QYQA 3FKKA 1RZMA 4FB7A 1SSDA 3M5XA 5DY2A 3W1LA 1I45A 2VFHA 4ZMGA 3LV5A 3GX9A 3TAOA 3L66A 2QCGA 3GR8A 3BV4A 4FNPA 2G97A 4OQVA 4EF9A 3B0UX 1GPWA 5E1QA 3EWXA 3RNDA 4EIVA 3MMTA 4GBUA 4IJBA 4JX5A 3USBA 1M6JA 1W3NA 2V2DA 4BWLA 4RXGA 1TTIA 3O63A 3ABSA 4XBSA 5LZLA 3TROA 3FYPA 5DLCA 4XQ6A 4UR8A 2DZUA 3NQEA 3MHGA 2JK2A 5G1TA 4LVDA 3W72A 4FNTA 3WJWA 3T40A 4JTLA 3W9ZA 4O1DA 5H91A 1N7KA 4L4MA 3B0PA 1O60A 1TO3A 5I3KA 4Z1BA 3E96A 3DFSA 3PB2A 1W54A 3M44A 1TPEA 1WDWA 4QJ1A 3M43A 3SFKA 3K30A 3O6CA 3HOJA 5KZEA 3W2JA 3TFCA 3W73A 1WBJA 4O4VA 1UCWA 3HIJA 5G4EA 1EPXA 2CZEA 4CQAA 4HPXA 1I8JA 1EB3A 1IXNA 1KLYA 4AMAA 4UTWC 1H62A 4O12A 1LBMA 3G1AA 3O15A 3M5VA 5C54A 3FLUA 2ZRUA 1H5YA 3TSDA 3UWUA 1Z44A 1BWLA 1JULA 4UMAA 3V1PA 1PVNA 2Y70A 5TIMA 3RFAA 4NJIA 5D2TA 3W1RA 4P2VA 1IIHA 4DF0A 4EOUA 3HGSA 4QNWA 1TV5A 3UWVA 3W70A 2C18A 2WO5A 3HGJA 1SFJA 2QAPA 2PRHA 3TQVA 1ZHAA 2DZTA 1LROA 4NT0A 5KZDA 2PC4A 3N34A 5LSMA 1KV5A 1UJPA 2YR1A 3NDOA 4PODA 5DCDA 3BK0A 3LCLA 3TKFA 2G96A 4QM1A 5AHMA 1VYPX 2XN0A 5EKYA 3TUUA 3NPWA 3GR7A 3IGSA 1XCFA 3W7IA 3VKJA 4H6KA 1P4CA 3I7SA 3TJLA 3G8RA 4M7TA 5D2YA 1FCQA 1WOAA 5LGZA 1VCVA 5CPLA 1YTKA 5CGQA 2QEZA 5G5IA 4JYEA 1ICSA 3NXFA 1H1YA 4FO4A 1JUEA 3SGZA 3TR2A 2ZZ1A 1X6UA 2ZCGA 4O53A 4XUGA 1YDOA 1SO6A 3C2OA 1OYAA 3C2RA 4N6FA 3OVRA 3UWWA 3CIXA 4UMCA 5EL1A 3W1PA 4WOZA 2B7OA 4FNSA 3U8GA 2VEMA 3S1UA 2BX7A 1ZFJA 2ISSA 2XN1A 4Q33A 1QOPA 1G4PA 4QITA 1RVGA 2ZA1A 3S5NA 4BI7A 4WXYA 3THQA 3RU6A 2QDHA 4N4PA 5D38A 1WBHA 8TIMA 3LX9A 5HUPA 4BI5A 3O07A 3LRLA 1OFPA 2RDWA 3JRKA 3W2NA 3DH7A 7TIMA 1FDJA 3LXBA 4E2BA 3GDLA 4R7JA 1W5PA 3IGUA 3L5AA 4JX6A 3EXTA 3QRHA 5G2IA 2YFOA 2D73A 3SW6A 4DO4A 2FPVA 4IXXA 5AHEA 3LHZA 3LTPA 3MBDA 5AYZA 3MHUA 4POCA 1EP3A 3W75A 5AHFA 3DFPA 4O11A 2JBMA 1K03A 3BVJA 2AAMA 2GPTA 2WV8A 3EX2A 4UNLA 2WSQA 3NQFA 4ADSA 5G2WA 3M16A 1OX6A 1N55A 4EWND 4NNBA 1H63A 5D30A 4LNYA 1QOQA 5D03A 3W07A 3PBYA 4LVBA 1CI1A 3G18A 4N2YA 2W6RA 4K37A 3NQ2A 2NUYA 1WQ5A 4JTEA 4QQ3A 5DCBA 2VC6A 1XC4A 3VE9A 2VOMA 3IV3A 3H53A 1A53A 4IX0A 2JKAA 4BFAA 4AHPA 1RR2A 3PUEA 3IVUA 4JEQA 1GQNA 3QH2A 3DAQA 1XDLA 2C6QA 3SZ8A 4GUFA 3TMLA 3LXCA 3R13A 5LNVA 1K02A 2QCEA 5C5YA 1H7OA 4IMGA 3NL5A 5F2IA 4DO6A 2Y7FA 1LYXA 3INPA 4PTNA 3O8AA 4M5PA 3P61A 5AYXA 1H61A 1WAUA 3CTLA 3HPSA 3GAKA 1SZFA 3BW4A 4MUZA 2FDSA 1JRCA 1KFCA 2QUTA 3B8DA 3GB6A 3IVSA 4LU0A 1GVOA 1S3HA 3MI2A 3QMTA 5TBOA 4BR1A 5DELA 1XKYA 3EB2A 3HPZA 1Z42A 1MEHA 3THAA 2HS6A 3NPXA 1OJXA 1SW7A 3KRUA 3HO8A 1QNVA 3LHVA 1DQWA 1YYAA 1VPXA 1TPB1 3EWZA 5D02A 1OG0A 1G69A 1DQXA 5AC6A 4MLRA 1LRTA 3NL6A 3NNTA 1NSJA 2DZPA 1QMLA 4UTWA 4MZ1A 4NZJA 4OGZA 1FQ0A 5D2XA 4JNMA 2DJLA 1S5WA 1VLWA 2NXHA 1VR6A 1E51A 1SUXA 2LLEA 1KFEA 2G5WA 3W71A 1H7RA 5HINA 3QPZA 4LV9A 3BPWA 5E0KA 3HQ1A 3W86A 2GVLA 4IGHA 2A1YA 2V0TA 1JRBA 3LV6A 3KVKA 5D2WA 3STFA 2UV8G 3T78A 4HSOA 1WYIA 4GNJA 2C14A 5LNUA 3BARA 2RDTA 1LCOA 1J4EA 3KHJA 4HNNA 3Q94A 2NUWA 4LS0A 3UZ5A 3UXAA 5U4NA 4NJJA 5BMWA 2QCFA 3FJ6A 3W7NA 3NYZA 2O7QA 4JTFA 4NUWA 3ABOA 3EWWA 3YPIA 2YYUA 3QQ0A 4MIMA 1I2NA 4O54A 1Q6RA 1OVDA 3CWNA 4FXSA 3HF3A 1WV2A 4JN6A 4YLWA 5HR7A 2FB2A 4N4QA 2X1TA 3BLFA 3QEZA 1ML1A 1TQJA 4TIMA 1YLVA 2NXGA 1OYBA 3C2EA 4TO8A 3M1ZA 4ZL1A 2JKPA 3TXZA 3PB0A 2V82A 4M19A 3IIOA 3PSVA 3G1HA 5TQLA 4ONVA 3N2MA 4KFOA 1H7XA 3P62A 4N9EA 2E6FA 4AB4A 3EX4A 5MHBA 4JDBA 3LCIA 4O0KA 3GDRA 5I3HA 1TRDA 4P61A 1OFAA 2R8WA 4QISA 4LVGA 3PF3A 2EPHA 1TIMA 1M5WA 4JS3A 2X1RA 5DY3A 3OVQA 1H60A 1IIGA 5HMSA 4IXHA 3PUDA 4A2RA 2ZDRA 1YXYA 1U83A 1UUMA 4S2CA 4FX8A 1IXPA 2V2CA 3G3MA 5D05A 3GYEA 3NQ6A 4PL1A 4FXRA 1M7PA 2R14A 3QSRA 1JUBA 1RQHA 1L2UA 3DU0A 1EWDA 3LHYA 4LUJA 4DELA 1W3TA 4RCXA 2WSYA 2XFWA 3CWOX 4DF2A 1P1XA 1QO5A 2YFNA 4LTSA 1EWEA 1OK4A 2GOUA 4JIPA 4CNPA 5J5DA 2F7FA 3F4WA 4TMCA 2J24A 3B4UA 2QCNA 3LERA 3FIGA 4RZ6A 2PE4A 3DFQA 2J88A 3RLUA 4OWGA 3MBFA 4N9DA 3L68A 4JICA 5L9FA 1LORA 4QIUA 4Y6GA 1HFBA 3P8JA 4UFIA 3W1UA 1QPNA 3KFTA 2YSWA 1ZCOA 2A7RA 1P0NA 4HT3A 3GZ3A 4BF9A 5I3IA 4IMCA 3L0GA 3SECA 2QR6A 3L5MA 2YCEA 3TJXA 4H4IA 3O6DA 4O13A 2AGKA 3S42A 1LZOA 3NEVA 3PVFA 3NQDA 3S9YA 3ABRA 5HULA 3ABQA 3CB8A 4IPJA 1O5KA 4Y90A 1O94A 3NPUA 4H3DA 2QF7A 5I3JA 5HNRA 3DFNA 4UTHA 2DZVA 3EWBX 1OX5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3GYC A;  1DIO A;  3BSH A;  4JYF A;  4PMR A;  3QQ1 A;  4IPL A;  3ZMR A;  2PWD A;  3OZP A;  1P0E A;  2CLE A;  3FND A;  1BKS A;  2BGQ A;  2NVD A;  1HP5 A;  1MSS A;  2Z6I A;  3QQW A;  3E49 A;  3SN4 A;  2OX1 A;  3IVT A;  3GXP A;  1K9F A;  1HX0 A;  4Q4Q A;  1QI3 A;  5C8B B;  4R9X A;  3W85 A;  1JPH A;  4PUN A;  4H1Z A;  4UQE A;  1XFB A;  4FLQ A;  4UXD A;  5DMM A;  4GI6 A;  3NO5 A;  1I1X A;  4O17 A;  1QNS A;  5J5R A;  5DF0 A;  4UMB A;  4H6Q A;  4A22 A;  4ML4 A;  3CZK A;  3V75 A;  3BE7 A;  3QLD A;  3LTY A;  2BOE X;  3BW3 A;  4B4F A;  5CPN A;  4ACZ A;  2BXY A;  1P7T B;  1RH9 A;  3WQG A;  3ZO9 A;  1UZH A;  3W7L A;  3QY6 A;  3L4V A;  4GRS A;  4O0Q A;  2BG5 A;  3MZ2 A;  3EDK A;  3L67 A;  1JYW A;  5M1T A;  5KIT A;  1W1Z A;  5CPT A;  5DML A;  5FOO A;  3OPS A;  2DGA A;  4I3G A;  3BLD A;  5EML A;  2GJR A;  3WY1 A;  4RLI A;  3ISI X;  1UR4 A;  4NIL A;  3BGA A;  4FA3 A;  1QBB A;  3NAV A;  2RDX A;  4XZM X;  1FXP A;  2ZX9 A;  5G4W A;  2OFJ A;  3OYZ A;  3CAS A;  2E1W A;  1XXX A;  4YN5 A;  1RPK A;  4ZZ9 A;  3WN6 A;  2I9U A;  5I03 A;  1ICQ A;  2REQ A;  4N02 A;  3S4T A;  4F0H A;  4LXF A;  1MUM A;  5HWN A;  1UAS A;  1LT8 A;  1U5H A;  1E6P A;  2BSL A;  5A69 A;  3UR8 A;  4FAM A;  1U22 A;  3WJY A;  3LU2 A;  4M3P A;  1DJI A;  3SIM A;  1U1H A;  2WCA A;  1J2W A;  3LXA A;  5AVH A;  1YTD A;  3E0L A;  3ERP A;  1WKF A;  1ZP4 A;  3SAD A;  4AD4 A;  4MJZ A;  2WLY A;  4GBD A;  3TQK A;  2VD9 A;  3CV2 A;  4OUI A;  1N8F A;  5JBE A;  1LDC A;  5DO8 A;  3IIV A;  3BZG A;  4Y9M A;  2ZA3 A;  4PH6 A;  2OX4 A;  2WMG A;  5GNX A;  3FGC B;  4XD3 A;  3WUE A;  3N2C A;  1A5B A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3VNDA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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