3VPLA

Crystal structure of a 2-fluoroxylotriosyl complex of the vibrio sp. ax-4 beta-1,3-xylanase
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
LDGVLVPESGILVSVGQDVDSVNDYASALGTIPAGVTNYVGIVNLDGLNSDADAGAGRNNIAELANAYPTSALVVGVSMNGEVDAVASGRYNANIDTLLNTLAGYDRPVYLRWAYEVDGPWNGHSPSGIVTSFQYVHDRIIALGHQAKISLVWQVASYCPTPGGQLDQWWPGSEYVDWVGLSYFAPQDCNWDRVNEAAQFARSKGKPLFLNESTPQRYQVADLTYSADPAKGTNRQSKTSQQLWDEWFAPYFQFMSDNSDIVKGFTYINADWDSQWRWAAPYNEGYWGDSRVQANALIKSNWQQEIAKGQYINHSETLFETLGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a 2-fluoroxylotriosyl complex of the Vibrio sp. AX-4 beta-1,3-xylanase at 1.2 A resolution
rcsb
molecule keywords Beta-1,3-xylanase XYL4
molecule tags Hydrolase
source organism Vibrio
total genus 135
structure length 324
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.32: Endo-1,3-beta-xylanase.
pdb deposition date 2012-03-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vplA00
3FXYA 3BAKA 1LG1A 4NRSA 2CYGA 2D22A 3VD9A 1X1NA 3NSNA 4QAWA 2E8ZA 2FHCA 1VB9A 3AZTA 1RH9A 4YHGA 1CGUA 2OWWA 4UR9A 4CU6A 4UNIA 1B30A 1OD0A 5FCZA 2W63A 2J7FA 1VEOA 2XVPA 3GBEA 4U2ZA 5A6SA 1EHNA 3PTKA 4PTWA 4PSRA 4QFUA 2PWHA 2XSAA 1AMYA 3BC9A 1G0CA 4W8BA 1A3HA 5E9AA 2ZXDA 2TAAA 3L2LA 3CZ8A 3RO8A 4OUEA 2QMJA 1TA3B 2WPGA 1MW3A 2D23A 4BQ2A 2J62A 3PZGA 2VQTA 4U33A 3AHXA 1JL8A 4FLQA 1V3KA 2A3CA 2WCSA 3W29A 2WMHA 2ZUVA 2C8NA 2XIIA 1MQPA 2BY3A 3SUUA 3AIWA 4P7OA 5A8MA 1OINA 4FLRA 1EO7A 4AZ7A 4PSPA 2FHFA 2OYLA 3GH4A 4HOZA 4XV0A 3II1A 4C7FA 3U57A 4BS0A 1LG2A 1RP8A 1KBKA 1U30A 3EMZA 5ABFB 4MNJA 1UUQA 2ZWYA 2XIBA 5I6SA 2BY0A 4D71A 1VJSA 4DUXA 1LL4A 1B0IA 1SR0A 3B9AA 3THCA 1C3FA 5HDRA 2WYSA 4PN2A 2DQXA 1E1EA 2XFYA 1ODZA 4MNLA 1XYZA 3SCPA 5A95A 1K9DA 1EXPA 2QHAA 2J8FA 1LWJA 2V3EA 3WNKA 5I5RA 4OBSA 4X0VA 3SCTA 1CXFA 3CIVA 3VDHA 1VFOA 1P6WA 3EMCA 2HVMA 4Y7EA 5A3HA 4CN4A 3LPFA 3WF2A 1UD4A 1H5VA 4PMUA 1HNYA 1ZL1A 5JUVA 1C91A 4GIAA 2VC9A 3WFLA 3CZEA 2WMGA 2CCRA 1UD8A 4DWSB 2ZXBA 4GINA 3CUIA 5I78A 2XFRA 5BRQA 4ZFMA 2OWCA 5M17A 4P8XA 4D6EA 5A6BD 1Z32X 3ARWA 3L4XA 4MB5A 4M82A 3ZJ6A 5CPSA 1L0PA 4TUFA 4B3LA 3AS3A 4ACYA 1DWIM 1VJZA 1L8NA 3VVGA 4DUVA 4V2XA 5GNZA 2WVUA 3OB8A 3MKKA 2ZXQA 4QLLA 2WANA 1OIMA 4M8UA 1G01A 1TVPA 2GJRA 2ZE0A 2E9LA 2VVNA 4JFWA 1GOMA 2E40A 1QNPA 3ALGA 5C71A 2BVDA 3S2CA 2BY1A 3F5LA 3O6AA 4MJ2A 4CD8A 1KGUA 3WDIA 2J78A 1TMQA 1E4IA 3AS2A 3VIOA 3FY1A 1HJSA 1V6VA 3AQUA 1CXIA 4ZENA 5CSUA 1W3KA 3AMDA 3AIUA 3VIJA 4AEEA 2DT2A 3N04A 1NOWA 2VUYA 3ZT7A 4CCEA 1LWHA 1PEZA 4M1RA 5LYRA 2WBGA 2GFTA 1UWSA 3SCOA 1UD2A 2CEQA 3GZAA 4M56A 3VTRA 2QF8A 1KGXA 1ISXA 4OZOA 2GDVA 1HJWA 4B15A 3UG3A 1JFXA 4TX8A 1PIFA 1FFQA 3TTSA 3WDQA 3N15A 5DT7A 5FKYA 1CLVA 2B31A 2WMFA 1XSJA 3FHQA 2Y8KA 3SUWA 5HNNA 4J3VA 1UA7A 2VT0A 3T09A 3L4ZA 2FH8A 2Q8XA 3AZRA 3EDKA 1WE5A 4A3HA 3U5YA 2YIHA 2EO7A 1WZLA 4IPLA 2W92A 1BVZA 4RL3A 3W27A 2PWDA 1BVNP 3EYPA 1E3ZA 4H04A 3VUPA 4C7GA 3B9DA 4ATDA 1JF6A 2XJ7A 3SUVA 2WM0A 2XM1A 1UH4A 3ECQA 3UCQA 3WQ8A 1YHTA 5IFPA 1IZKA 1QHPA 2AMGA 1E55A 3VNZA 2WZEA 1QNRA 3F4VA 3VIHA 2ZOXA 4D1JA 4D6DA 3VX0A 2A3AA 3PBGA 1V03A 3VIFA 3WELA 4DUWA 1JYNA 1TE1A 2EQDA 4V28A 5CG0A 5EFFA 1UKQA 2OWXA 4AZHA 1WZAA 2XHYA 4HPHA 3LPOA 2YL8A 1ZU8A 3AMLA 4PCTA 2GJXA 2ZUMA 3A4XA 1UKOA 3PZOA 1TZ7A 3VGHA 3WQ4A 1WDSA 3VGDA 5KZ6A 3MU7A 4RE2A 1OIFA 3W28A 4ACZB 4P8WA 1QI4A 5A2BA 3ARZA 2WHMA 1UWUA 5CSYA 5FL1A 2WMIB 2V5CA 1GJWA 2W61A 3L2MA 1QNQA 1EHAA 3ALFA 2QMKA 2BFGA 1MFUA 4HOWA 4AZCB 1H3GA 1K9TA 1VIWA 1IT0A 1V0MA 2WVVB 1E73M 5ABHA 5BXSA 4AD4A 2PC8A 2JIEA 4D6JA 1KR1A 1H0GA 1A47A 4CKQA 2YL9A 1PPIA 1ITXA 1KCLA 1YQ2A 5E6YA 4ZXLA 5BRPA 3WEZA 2EBNA 2D20A 3AHYA 1UR1A 1JNDA 4GI8A 1TCMA 2W5FA 2F8QA 5JIWA 3ZR5A 3T0BA 4H2CA 1PAMA 3EDJA 1US3A 3I3BA 3WSUA 3RJYA 4JKMA 1OGGA 1J12A 2UY4A 1C7TA 2V5DA 3SCNA 2E8YA 1GZJA 3WD1A 4Z2GA 5KEZA 1JD9A 1UG6A 2XPKA 6A3HA 2J79A 3WDJA 3NIYA 5E70A 5CLWA 4KH2A 3QHNA 5A6MA 3OIHA 2DPEA 2NT0A 2VCCA 3ZSTA 1B90A 1E6NA 4AIUA 4X9YA 1OD8A 7CGTA 1CGWA 4ML4A 4U31A 1LJYA 1V3HA 1CGTA 2XGBA 1J11A 3NDYA 4UFJA 1E4NA 2ZXAA 1CBGA 4D6HA 1OB0A 2WVTA 2VL4A 3KL0A 3WH8A 1K9FA 4HU8A 1E40A 4UFMA 3MSDA 1LL7A 1UD5A 1J0YA 1ECEA 3IK2A 2AAAA 1HL9A 3WUBA 4F9JA 2X2YA 3APGA 1GCYA 4AW7A 2PF0A 1NP0A 5IFTA 1LL6A 4TOQA 3RIKA 5JIPA 1JGIA 3RJXA 3VGGA 4P7NA 1Q4NX 1SMDA 3FN9A 4AD2A 1GVIA 1UKSA 4KRUA 4D1IA 1BSIA 1ITCA 4EAMA 1FHLA 3I3DA 3ARTA 1H49A 4WLCA 1XH2A 2PWGA 2VX6A 1BYAA 3QHMA 2BY2A 1KCKA 2DT1A 5E09A 4JHOA 3O2LA 3CGTA 4N0RA 3GYCA 1CXLA 1Q6DA 2F61A 2VZVA 4WK9A 1CYGA 1W3LA 2CXGA 4RE4A 1W9XA 2Y24A 3SCQA 4AISA 3RMEA 4W84A 4B9YA 2VZUA 4TVCA 3AI0A 3NSMA 1UKPA 3SCUA 3G6MA 3BH4A 1XH1A 1E6PA 2X1IA 3FHAA 1EOKA 2WLZA 1QI2A 2WSKA 1UH2A 1J18A 5AC4A 2WMJA 1PX4A 4YN5A 4TXEA 4CD5A 2OSYA 3WH9A 3CPUA 1CWYA 1HN1A 3EDEA 3VDCA 4R5EA 5C8BB 1UHVA 4WJXA 4E4PA 3PZVA 1HL8A 1B1YA 1KQYA 5BWFA 5A8OA 2A3EA 3TONA 2D3LA 4GPNA 2J75A 3WQWA 2EPOA 4LYPA 3THDA 4H8HA 3KWXA 2ZX7A 3ZT6A 4J28A 1ISWA 3CMJA 4HMEA 2ZIDA 2W91A 4QLKA 2DSWA 3N11A 4WSJA 4A3YA 1JI1A 3AHTA 1TR1A 4JKKA 5E0FA 5A8NA 3A3HA 5A6AA 4JL2A 5D8WA 3OA5A 1CENA 1TA3A 3DYOA 2V3GA 3SUSA 2E4TA 3W37A 4AWEA 4K68A 3L4YA 1TFVA 3OLIA 2D1ZA 1HT6A 3CHFA 4P7LA 3GXMA 1CNVA 1DEDA 3IANA 1XD0A 3K8MA 2PWEA 1UQYA 1BPLB 4EK7A 4J3TA 4UTFA 4Z2LA 1S46A 1CGXA 3VD4A 1BFNA 2XYLA 4HP5A 1NWSA 1OCQA 3POCA 1JDAA 1HJUA 2WMKA 1FHDA 2Y4SA 4NF7A 1H09A 2YKKA 5CJ5A 1J0IA 4Q7NA 3OLEA 5HXMA 4KWUA 4JCMA 3ARYA 3M7SA 3VGEA 4DM2A 1FH9A 4DM1A 1KR0A 3IJ9A 2JIWA 4TTGA 1HVXA 2VX4A 5CGMA 3GH5A 5EFDA 3VIKA 1WDPA 2NSXA 3UG5A 1JZ5A 1BAGA 1KXTA 2VX7A 3WIJA 2ZX5A 5HPOA 5BXTA 1EQCA 5A6JA 4CUCA 1D3CA 2VNCA 3T2QA 1OT1A 1XYFA 3WD4A 4PUDA 5DT5A 3GXFA 5A6KA 1V02E 1ZBCA 4R27A 4EANA 4JKLA 2WWDA 1JYVA 4MDOA 4H7VA 1C7SA 1UD6A 3NDZA 1ZJBA 1PX3A 1JZ3A 3VD5A 4JFSA 4DWSA 1UR4A 4LX4A 1FP8A 3KL5A 5DFAA 3N1AA 1Y7VA 1CGVA 1V6YA 3WUEA 4PBGA 1QI5A 3N17A 3D3AA 4PTVA 3DYMA 1CECA 3MMUA 4JFTA 4NI3A 1J0JA 1B2YA 3UESA 1J10A 4PMZA 1BLIA 1C92A 1FP9A 4XZBA 3VMOA 4BCEA 4P8UA 4CU7A 1XD1A 4FLSA 3PHAA 2ZUTA 1E70M 2ZUSA 3POHA 3F5JA 3PZNA 4XZWA 4ATLA 4UFIA 3WNLA 1NP2A 2D3NA 2EPNA 2DIEA 1ESWA 1ZBVA 1RD6A 3SCSA 1G94A 3CLWA 4W85A 3NJ3A 2J7GA 1E6QM 4P7RA 4M80A 4DWSD 2BHZA 2EJ1A 3AXHA 3QOMA 4UQCA 3SCRA 1CLXA 1W1TA 4UOQA 1H0IA 2WZHA 3K46A 3KE0A 1KWGA 1JZ7A 4H8UA 1WP6A 1PJ9A 1VRXA 3DHUA 2YA2A 2YBUA 1CPUA 3PZUA 4JFUA 3OG2A 4AZBA 5JBFA 3ZIZA 3ARPA 1R85A 3WMBA 3WH5A 2WBKA 4UQDA 1UD3A 1UZ1A 3WUGA 5A8QA 4XX6A 1BGAA 1J0HA 5E6ZA 2WB5A 4AZIA 1XSIA 2DT3A 5BCAA 1CXKA 2GK1A 4AIOA 2WHJA 1E5NA 3LMYA 1VAHA 1NWUA 2J8GA 3CHCA 2EPLX 4QP0A 4E8DA 5I79A 1BTCA 3OZOA 2G8ZA 3BAYA 1HVQA 5AYIA 4HZ7A 4A4AA 1HXJA 2QV4A 2CHOA 2FHBA 3WNOA 1WDRA 4BF7A 4IISA 1V0LA 1MW2A 3AS1A 3VM5A 3PTQA 2CKRA 3WFZA 2D0HA 3RM8A 1BHGA 2O9PA 2O92A 1H41A 3WQ6A 4GQQA 1X6NA 4GKLA 2JFEX 1GONA 1E56A 1BG9A 1E9LA 1W32A 4JCLA 2YLAA 2J74A 3OLDA 1JYWA 2FH6A 3N18A 5M03A 1M7XA 2IUZA 1CTNA 2JEQA 3W26A 1DP0A 3HU7A 3FAWA 2XTKA 4FK9A 8A3HA 1E72M 2D0GA 2DIJA 5D4YA 1QVBA 5CPQA 5A69A 1E6ZA 3WL0A 3WF0A 1GVYA 3T2PA 2V3FA 3AMKA 4OOZA 5AC5A 2F2HA 4IUGA 1BGGA 4CN6A 3WQVA 2WCAA 1HF6A 5CXPA 4ACZA 4W5ZA 2Z1SA 1B3XA 5D9OA 2XFFA 2XVLA 1CIUA 1QW8A 4PUEA 3AOFA 4AC1X 3PZMA 3BCFA 3LPGA 2O9OA 2VRKA 1W91A 3CUJA 1OWQA 4LXFA 3ARQA 4J3XA 9CGTA 4OJYA 5LA2A 2WVVA 3UEQA 2J25A 4PCSA 3NYDA 2Y5EA 1E5JA 5HPCA 3K8LA 4PMYA 4IPNB 1ISYA 3O9NA 4WKHA 3VKKA 4TVUA 4M29A 4GI9A 1GOOA 3OLGA 4JFVA 3T08A 3W6MA 2ZX6A 4UQAA 4NZCA 4BQ4A 4WF7A 1D7FA 3CHEA 4GO9A 1V3IA 5DEZA 4M24A 3OGSA 4HA3A 4AYSA 1FFRA 4JZ5A 3BAJA 3FAXA 4UQBA 4W8AA 1ZBWA 3VU2A 2OLHA 3DC0A 2PBOA 3WF4A 1F4AA 2CBVA 1E0XA 2J47A 3IAQA 4MADA 3ARRA 3DHPA 3VX1A 3AMCA 1MW1A 3EDFA 2GSJA 5FOOA 3WDPP 3CZLA 1C8XA 2VURA 4CN1A 5CZKA 1JNEA 2YA1A 4F66A 2DGAA 4ZE4A 1VFMA 4W7UA 1D2KA 5I0DA 1E6SM 3MMDA 2J4GA 1XHGA 3OGVA 2WKLA 2XUCA 7TAAA 1JAKA 4MNMA 2G41A 2YA0A 2W66A 4J3SA 1GQKA 1BG4A 3BSGA 2E9BA 1JZ6A 1QI3A 4W86A 4W88A 2Y2WA 2WC4A 5JBEA 2IXUA 1JZ8A 1UH3A 4HPGA 3GNRA 1U2YA 2QPUA 4KMQA 3A47A 1R7AA 4PTXA 4CCDA 1EO5A 4UFHA 3KEHA 2ZUNA 1PBGA 4E8CA 4W7VA 4MB1A 1ISZA 3W53A 5D9NA 4JL1A 4WKAA 3VDBA 4LGXA 1Q6GA 3WDRA 3MUY1 2VR5A 1QHZA 4UOJA 1I1XA 4U5IA 4AD0A 3K4DA 1H4PA 3L4VA 3CHDA 3FW6A 3CTTA 4GZIA 1JZ2A 1C8QA 1CXHA 1W9BM 4PMVA 1XRVA 2J7CA 2VO5A 2DH3A 4HMDA 3OBAA 3BXWA 5GNXA 3A6OA 4AZ6A 3UR7A 1EIBA 4RE3A 1UZ4A 5CQ1A 1EA9C 2WNWA 3BAWA 1DWGM 2WWCA 1ZJAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FXY A;  3BAK A;  1LG1 A;  4NRS A;  2CYG A;  2D22 A;  3VD9 A;  1X1N A;  3NSN A;  4QAW A;  2E8Z A;  2FHC A;  1VB9 A;  3AZT A;  1RH9 A;  4YHG A;  1CGU A;  2OWW A;  4UR9 A;  4CU6 A;  4UNI A;  1B30 A;  1OD0 A;  5FCZ A;  2W63 A;  2J7F A;  1VEO A;  2XVP A;  3GBE A;  4U2Z A;  5A6S A;  1EHN A;  3PTK A;  4PTW A;  4PSR A;  4QFU A;  2PWH A;  2XSA A;  1AMY A;  3BC9 A;  1G0C A;  4W8B A;  1A3H A;  5E9A A;  2ZXD A;  2TAA A;  3L2L A;  3CZ8 A;  3RO8 A;  4OUE A;  2QMJ A;  1TA3 B;  2WPG A;  1MW3 A;  2D23 A;  4BQ2 A;  2J62 A;  3PZG A;  2VQT A;  4U33 A;  3AHX A;  1JL8 A;  4FLQ A;  1V3K A;  2A3C A;  2WCS A;  3W29 A;  2WMH A;  2ZUV A;  2C8N A;  2XII A;  1MQP A;  2BY3 A;  3SUU A;  3AIW A;  4P7O A;  5A8M A;  1OIN A;  4FLR A;  1EO7 A;  4AZ7 A;  4PSP A;  2FHF A;  2OYL A;  3GH4 A;  4HOZ A;  4XV0 A;  3II1 A;  4C7F A;  3U57 A;  4BS0 A;  1LG2 A;  1RP8 A;  1KBK A;  1U30 A;  3EMZ A;  5ABF B;  4MNJ A;  1UUQ A;  2ZWY A;  2XIB A;  5I6S A;  2BY0 A;  4D71 A;  1VJS A;  4DUX A;  1LL4 A;  1B0I A;  1SR0 A;  3B9A A;  3THC A;  1C3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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