3VPL | Genus

Total Genus 135

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	135
sequence length	324
structure length	324
Chain Sequence	LDGVLVPESGILVSVGQDVDSVNDYASALGTIPAGVTNYVGIVNLDGLNSDADAGAGRNNIAELANAYPTSALVVGVSMNGEVDAVASGRYNANIDTLLNTLAGYDRPVYLRWAYEVDGPWNGHSPSGIVTSFQYVHDRIIALGHQAKISLVWQVASYCPTPGGQLDQWWPGSEYVDWVGLSYFAPQDCNWDRVNEAAQFARSKGKPLFLNESTPQRYQVADLTYSADPAKGTNRQSKTSQQLWDEWFAPYFQFMSDNSDIVKGFTYINADWDSQWRWAAPYNEGYWGDSRVQANALIKSNWQQEIAKGQYINHSETLFETLGY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The crystal structure of a 2-fluoroxylotriosyl complex of the Vibrio sp. AX-4 beta-1,3-xylanase at 1.2 A resolution rcsb
molecule keywords	Beta-1,3-xylanase XYL4
molecule tags	Hydrolase
source organism	Vibrio
total genus	135
structure length	324
sequence length	324
ec nomenclature	ec 3.2.1.32: Endo-1,3-beta-xylanase.
pdb deposition date	2012-03-05

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3vplA00

3W0KA 4OOZA 1W9UA 2Y4SA 1DEDA 2YOCA 3EDJA 1Q6CA 3AXIA 4Z2JA 3W53A 2XM2A 3WL1A 4N0RA 5DO8A 3ARSA 1IZKA 1GQIA 2WKGA 1V0NA 1CGVA 5GNYA 3TTSA 1UKOA 3ALGA 2DT1A 4PTVA 3VKKA 3SCVA 2O9PA 2E40A 3CHCA 1BHGA 1HJUA 5AC4A 3F5KA 2E9LA 3RJXA 2YBTA 3VM7A 3WDHA 1JI2A 4UOQA 1HJWA 4DUVA 1RP8A 2WCGA 1CBGA 1DWHM 1GHRA 1OIFA 4Q22A 1LJYA 1M7XA 4HPGA 1BQCA 3BCFA 1KXHA 1KR1A 2YL5A 1XGZA 5D9MA 2D22A 2DT3A 1HP5A 3AYRA 4MDOA 4YHEA 1VEPA 1CENA 2XHYA 1F4AA 1J11A 2BHYA 1EXPA 4UFHA 1E15A 3AFBA 3WMSA 3BC9A 2WHJA 4PUDA 3B9AA 3TOPA 4M81A 3IANA 5E09A 2ZWYA 3B9EA 1FH8A 3AXHA 5C71A 3AHVA 5FOOA 1CXHA 4W8AA 1CXKA 4UR9A 1WZLA 2J4GA 2VR4A 1PEZA 4MB3A 2WVTA 2VMFA 3AIVA 4AD3A 1OGBA 1QNRA 3K46A 3WENA 5BYWA 3BSGA 4WSKA 4P7NA 2YA1A 3NSMA 4J28A 5CG0A 4OKDA 1PJ9A 3K8MA 1KXTA 3AISA 3BGAA 1OWQA 4E4PA 1EH9A 3ARZA 1J0ZA 4XV0A 1VENA 3EMCA 1C3FA 1CNVA 1UWSA 1TZ7A 1QI3A 4TX6A 3MKKA 3BLKA 4HZ8A 1JZ7A 1JG9A 3W26A 5HXMA 4ML4A 2DIJA 3B9DA 3GNPA 3OGVA 1OINA 5HPCA 2J25A 4JKLA 3E1F1 4PMDA 2Y5EA 5CPSA 1XC6A 4M1RA 2XM1A 3RDKA 3ZMRA 4GIAA 4D6GA 2WSKA 3OLIA 1C8XA 4FF5A 4P8VA 1UUQA 2VTFA 2XVKA 1UR2A 1RD6A 4MPKA 3VX0A 1QI4A 2XFRA 2W66A 4AZCB 1UR0A 5BXRA 2DT2A 3IJ9A 4M24A 5FL0A 4CN1A 3AIRA 1OM0A 3CIVA 3VD4A 1CPUA 4Z2LA 1OD0A 3EDKA 4EKJA 2GJPA 1B3XA 2RGMA 5BCAA 1K9FA 2E8YA 3PTQA 2J77A 3UG5A 1E73M 4D6HA 2XYLA 3VD5A 3CZEA 1ISVA 3CLWA 1TCMA 1E4NA 4UQDA 3THCA 4URIA 1US2A 3HN3A 3U57A 2GFTA 2VJXA 2XSAA 1VFMA 1PX3A 3VVGA 1H11A 1BF2A 5AC5A 2CERA 3T0AA 1QNQA 4LQ1A 1B9ZA 4WLCA 3WEZA 2XIIA 4D6IA 5DT5A 3WUGA 4AD1A 1WNOA 3RIKA 4JFUA 1OGGA 4D1JA 3WNKA 5CGMA 1GHSA 3DC0A 3L4ZA 4ATWA 1WZKA 1EO7A 2WANA 3GNRA 4FLSA 1PIFA 3WF2A 1JDAA 3OZOA 4Z2GA 1US3A 3WH5A 2JALA 1CYGA 2X8RA 5BXTA 2WMFA 3MSDA 1VFOA 3ZO9A 4ACZB 2PBGA 2JEQA 5TD4A 1H1NA 1JDDA 2G3NA 1FP9A 2V3EA 3WUFA 1XH1A 2OWCA 3MU7A 7TAAA 3MMUA 2VRQA 2VRJA 3CPUA 3ZQ9A 3EMQA 3AMCA 5FCZA 3GDBA 5I77A 3WDIA 4J7RA 5BRPA 4H7VA 5JIPA 4A4AA 1BYBA 3UETA 1R7OA 4N42A 4KWUA 1BGAA 1V3IA 1HJXA 1QNPA 2J62A 2EPMX 5CXPA 3AHYA 4CVWA 4AZBA 1UA3A 3FAXA 3JUGA 4GI6A 1UQYA 1HVXA 4JFWA 4MNJA 1W1PA 1XH0A 3NUKA 4WIWA 3FAWA 1E6SM 1AQMA 5GNXA 4F79A 2NT0A 3VM5A 2WVVB 3POHA 3NIYA 1JYVA 1BYDA 3BAJA 4HMEA 1B0IA 3SCUA 3GBEA 3LPFA 3ARYA 1O7AA 4UQ9A 3OLGA 2EBNA 1GJUA 3L4XA 3UR8A 2ZUWA 3D3AA 3WMBA 1V3KA 1HN1A 1JYNA 1W2VA 3PZUA 4IPNB 2Z1SA 1UWUA 3WQ6A 4EK7A 2VCAA 2WPGA 4GINA 2XFFA 4UZSA 3CUGA 4IUGA 1HJQA 3VDBA 4QAWA 5I0DA 1NOUA 4CD8A 1E0VA 3AMKA 2F2HA 3BSHA 4BCEA 2Y8KA 4PYSA 1KXVA 4GI8A 5IHSA 2ZUMA 3WDJA 5I78A 3L2MA 3MUZ1 3VILA 1EHAA 2HISA 1AMYA 1MWOA 1MW3A 1HKKA 4BQ5A 1C8YA 3PZQA 2CKSA 1GW1A 4F8XA 2ZE0A 4A3HA 4AIEA 3AICA 2PWFA 2XWDA 2GVYA 1J9YA 3MV01 1W9XA 1GQLA 1QHZA 3AIQA 3MUIA 2J7CA 3CGTA 3T2PA 4W7VA 5A6KA 2VX5A 3SCQA 4PTMA 2A3AA 1M04A 2ZWZA 3AZTA 1UH3A 1J01A 4NRRA 5M17A 1H41A 1W32A 2G3IA 3GZAA 1TUXA 4ACYA 3U5YA 2VX6A 4DM2A 1UKPA 3FNDA 1G01A 5E6YA 5A8NA 1BSIA 3RCNA 4V27A 4PCSA 1E0WA 2BV9A 2D3NA 4NRSA 1W3HA 2XTKA 2O9TA 1TR1A 3NDYA 6TAAA 1UG6A 2BVDA 2V38A 3PZIA 1HL9A 3FHQA 4PN2A 1XD0A 3AOFA 4TOQA 4LGXA 2FHFA 3WF0A 3WNNA 1UD6A 5CJ5A 3K8KA 4W88A 1E72M 4KRTA 4EANA 2CYGA 4CCCA 5A3HA 2QHAA 2VC9A 7A3HA 3VIHA 4BA0A 1VF8A 5DMYA 1DTUA 1UD4A 2WMJA 3ZR5A 1CGUA 2G3MA 2X0YA 3VIJA 1ZBKA 2C8NA 4HMCA 3ZM8A 4HMDA 5I79A 3GXDA 1JGIA 1HKJA 1MFVA 1OGSA 3ZT5A 2WXDM 2VX4A 2J7GA 1Q6DA 5DT7A 3WQWA 2HVMA 1HL8A 3FW6A 4PMOA 1B3ZA 1NOWA 1LWJA 3DHUA 3EDFA 2AMGA 2EPOA 1U2YA 1SR0A 1UWTA 5IHRA 9CGTA 2D1ZA 1G9HA 4U31A 3MO4A 4AWEA 2GDUA 3T2QA 2OYMA 1E6XM 1MFUA 3S6TA 1XCXA 4TX8A 2PWDA 4BQ4A 2DSUA 1UR8A 2A3BA 3MANA 2XUCA 2YDQA 4W84A 5HOSA 3VDAA 4LX4A 3ZOAA 1TE1A 3RMEA 2E4TA 1QW8A 3K4AA 2EXOA 3WNLA 3N13A 4W7WA 3WFLA 4UOZA 1GORA 3GH7A 2DT0A 4YPJA 1UZ4A 4PSRA 1CGYA 5LA0A 3WDQA 3WNOA 3AZRA 3VGEA 4JCLA 1B90A 4U5KA 2BY3A 5C70A 3UG3A 3GM8A 1XSIA 3WD4A 4PRWA 1UH4A 2UY4A 4UFIA 4UZUA 4AY1A 2J7DA 3DYOA 3CUIA 1OB0A 2O9OA 2PI6A 3N11A 2A3CA 4L4PA 2GJXA 3GH5A 1WZAA 2DEPA 3VMPA 3ARPA 3SURA 4XX6A 4D72A 2WHMA 3W6LA 1UR9A 1BFNA 3CBWA 2FGLA 3W24A 5A6SA 2WW5A 1Q4NX 3A3HA 3SCPA 4HTYA 1SFSA 2X09A 2WBKA 1EDGA 3EDEA 1KWGA 2YA2A 3AJ7A 4WKAA 4YHGA 2VVSA 5ABGA 4P7LA 3BAIA 1YQ2A 4OUEA 2XSBA 4D6JA 4GI9A 2WWCA 3I3EA 5EFFA 4MAZA 4BF7A 1W91A 1UH2A 5EBAA 3PZ9A 4OZOA 1MQQA 2DSZA 1I1WA 4W86A 4KGJA 4J3XA 3F4VA 4DWSB 2WC3A 2WZEA 3AI0A 2GK1A 1UWQA 1JD7A 1AVAA 4PTWA 1ZB5A 1FHLA 5D9PA 1KQZA 3W81A 5A8PA 4ZXLA 1WB0A 2V5CA 1J0HA 3ZJ6A 1EOKA 3LPOA 1U33A 3KL3A 2CBIA 5A8MA 2F8QA 5AYIA 2J8GA 3ZJKA 8A3HA 4ATLA 2A3HA 3WH9A 4C7GA 3VO0A 3AMDA 3PHAA 1I75A 1UR1A 1GJWA 1VBUA 1M01A 3L4UA 5FIPA 4GO8A 1FP8A 1ZJAA 2G8ZA 1UR4A 2DH3A 1BVZA 1BG9A 3NJ3A 5E9AA 1FA2A 1QHOA 1QVBA 3BAYA 5FL1A 3W4RA 1LLOA 3SCWA 5CSUA 3VINA 1VFUA 1JXKA 2JEPA 4XZWA 3CO4A 2CKRA 2UY2A 3WSUA 4M29A 3OIHA 3LMYA 4J3VA 1WCGA 3W82A 4HPHA 1QOXA 3IK2A 3SCTA 2WWDA 3AS1A 3POCA 3DYMA 2WMGA 1ODZA 1CGWA 3BCDA 4PEEA 2DPEA 2E9BA 4XUYA 6A3HA 1WDQA 2VVNA 1QI0A 3N15A 1SMAA 5I23A 3QHOA 3O2LA 4CU7A 2XGBA 1MXDA 5E0CA 2YL9A 2DSVA 2WHLA 5LA2A 4W8BA 1TMQA 1N82A 4JZ5A 4UNIA 3ALFA 1G0CA 3CTTA 3UR7A 1W9DM 4PCTA 4RE4A 4W7UA 4IM4A 2X0HA 1CZ1A 3QOMA 1W9VA 3UEQA 4QP0A 3U7VA 2W63A 1E43A 4AW7A 4U3AA 1CWYA 4H41A 1ISXA 1MQRA 3WBEA 1GVIA 4J3WA 1V3JA 1CLXA 4GZJA 4GO9A 3CMGA 3BAWA 4YN5A 3WD1A 3AIBA 1FOBA 1UKTA 4GKLA 3VOCA 1R86A 4L4OA 1BG4A 3W29A 2FHBA 3ZIZA 3QOKA 1W1TA 1G5AA 1UYQA 1CEOA 1UWRA 1CGXA 4LYPA 4S3JA 1HXJA 1CIUA 1HNYA 4AD4A 1KQYA 4TVDA 2WC7A 2VURA 4CUCA 1JZ8A 1NWUA 5CPQA 3W28A 5AY7A 4MB1A 1V0KA 1B2YA 3VD9A 2ZIDA 1P6WA 1WPCA 2CEQA 4F66A 1J0JA 3W38A 2CHOA 1XSKA 1OIMA 1PPIA 2WK2A 1EIBA 3CUHA 4J3TA 2XGIA 2JF6A 4ZE4A 3UESA 3OGRA 2BVYA 4UFJA 1TA3A 2VZVA 2JFEX 3N12A 2DQXA 4JFVA 5A6JA 4TVCA 1CLVA 2Q8XA 1S46A 5D4YA 1I1XA 3O9NA 5A6MA 1KCKA 2BHZA 3T0DA 4W85A 1C7TA 2BY1A 2ZX9A 5JBDA 2W5FA 3K4DA 1XHGA 2J7EA 4XZBA 2W92A 1UKSA 3WF1A 3KZSA 2O9RA 2V3GA 4MDPA 4WKFA 2W91A 1H4PA 3EBVA 4HA4A 5HBFA 3AS2A 3GXFA 4HOZA 3AHTA 1JIBA 4MTVA 1GPFA 2UWFA 5I5RA 2J8FA 4ZE5A 2Y2WA 2WVSA 2X1IA 1UZ1A 2EPKX 5M3WA 1R87A 3RM4A 4MNMA 1JD9A 1H0IA 1ZS2A 1HIZA 1O6IA 4IISA 3SUTA 4HOXA 3VU2A 3MMDA 1EDTA 4JHZA 2DDXA 3WD3A 5AYBA 5FD0A 4PMUA 1VB9A 5EB8A 1BTCA 3VIPA 2ZUTA 2PWHA 2ZX8A 1W3LA 2BXYA 2CHNA 3MV11 4ZFMA 1JZ3A 1K6AA 3VIIA 5JBFA 2V3DA 3AMLA 3EYPA 1BAGA 2XVGA 5ABEA 4UQCA 1DWGM 2EPLX 4P7OA 1GOQA 1BYCA 5BXSA 3CHFA 1NP2A 1UHVA 3WELA 1NP0A 1ECEA 2D0FA 3HJEA 1J18A 2OSXA 4MNLA 3VPLA 5HDRA 1X6LA 1JFXA 2PWGA 4DUWA 3W37A 1JNDA 1PX8A 1GOWA 5BRQA 2VO5A 4E8DA 4GXPA 5GNZA 4GQQA 1K9TA 1MW1A 1ZU8A 1NARA 2WMIA 2BVTA 3VD3A 3W6MA 5BWFA 1FHDA 1LL7A 2WCAA 3RJYA 1BVNP 2YLAA 3NCOA 4PSPA 1SMDA 4QFUA 1B3YA 1E5NA 4QDMA 3L4YA 5A6BD 4FLRA 1KBBA 2OYKA 1QW9A 2D2OA 1TG7A 1CXFA 1PX4A 4Z2KA 2NW0A 4IPLA 1F4HA 1E6ZA 4B16A 4D6FA 4DWSD 4Z2IA 5D9NA 5A6LA 1HVQA 1BLIA 1C93A 2JE8A 4W5UA 5ECUA 3TP4A 3CZ8A 4H2CA 1EDQA 2VNCA 2YIHA 4P7QA 1B3WA 5BROA 4W8LA 4F9DA 1QHPA 3OLEA 3QR3A 5IXEA 1U30A 3FY1A 3B8SA 3L4WA 3VGDA 1CXLA 1L8NA 1TA3B 3SUWA 1EGZA 3ZSSA 1E1EA 1GCYA 2BY2A 1V3HA 1ZJBA 2XG9A 4CKQA 3ARUA 4AIOA 3VNYA 1EOMA 1HJSA 5A95A 2UY5A 3VGFA 4PMVA 2ZUSA 5LA1A 4WJXA 4AZIA 1B31A 3AS0A 4UCFA 4X0NA 2VCBA 4AC1X 2A3EA 2F61A 4PMYA 5D8ZA 1XCWA 4C7FA 1PAMA 1PZ3A 5IDIA 1HT6A 1RP9A 1AQHA 2FDMA 1QI2A 3IAQA 4MB5A 1C7SA 1ITCA 3ZT7A 3F5JA 4J3UA 3CZLA 4FLQA 1NOFA 2WB5A 4ATDA 1TVNA 2VRKA 4HU8A 1V08A 3WNPA 3EMZA 3WUEA 4BQ2A 1KGWA 1QNSA 1V0LA 3SIMA 1YHTA 5DFAA 4CVUA 2C0HA 1NWSA 4HP5A 2ZUVA 2PB1A 1GOOA 4R27A 1E71M 1DHKA 1XD1A 1E6QM 2ZX5A 1ZBCA 4TVUA 5A6AA 4JIEA 4W87A 5HNNA 5CPTA 4JL1A 1KB3A 1AQ0A 4CD5A 3CZGA 1WP6A 1XYFA 1NWTA 1V3MA 3PZTA 1OSEA 1R85A 3VIKA 3WFZA 3N18A 4D6DA 1E6PA 3GXIA 2YBUA 4HZ7A 4WSJA 1VBRA 1XRVA 4OIFA 1V0MA 3NSNA 1V3LA 3WQ5A 3J7HA 5EFDA 4CN6A 1JFHA 1PIGA 2YDSA 2WAGA 4LYRA 1UD8A 1ITXA 3WKZA 4D6CA 3CUJA 1E5JA 1CXEA 1UWIA 1W9PA 3U7BA 1V6VA 4HZ6A 4TTGA 2ZX6A 1GNXA 4K68A 4DM1A 2ZXBA 1J10A 1WDSA 3CH9A 4E8CA 3MS8A 1Y7VA 5DEZA 4KGLA 1VIWA 3IJ8A 3GXMA 4CD6A 3ZSTA 1OT2A 3OLDA 3WIJA 4P8XA 4WKHA 5M5DA 4KRUA 3THDA 4F9JA 1GVYA 2ZXAA 4U2ZA 3CUFA 4RL3A 3CHDA 2D20A 1H3GA 4ZXOA 5CLWA 1KXQA 3GH4A 4C7DA 3WD0A 3ARQA 4JKKA 3HMCA 1JDCA 2OLHA 4PMRA 2XJ7A 4EAMA 3M07A 2OWXA 2J79A 2J78A 2J7HA 2PC8A 3WF4A 1DWFM 1HJVA 3AHZA 4JL2A 1B3VA 3PZVA 1D7FA 4NZCA 3OB8A 1KWKA 3BMWA 3MUAA 3SCNA 4DUXA 3ARTA 5JUVA 2VZSA 2V5DA 2PBOA 5D9OA 2CESA 4CD7A 4NF7A 2VL4A 3G6MA 4QLLA 5CZKA 3UCQA 4PMZA 2QPUA 4H8UA 1J12A 1JXJA 4HOWA 3K8LA 2J74A 4B3LA 1FH9A 4QCFA 3WD2A 1E56A 3VGBA 3D5HA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3VPLA

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Structure visualization

Chord Diagram

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