3VUPA

Beta-1,4-mannanase from the common sea hare aplysia kurodai
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
351
structure length
351
Chain Sequence
RLHIQNGHFVLNGQRVFLSGGNLPWMSYAYDFGDGQWQRNKNRIEPEFKKLHDAGGNSMRLWIHIQGETTPAFNDQGFVTGPDKQGTMLDDMKDLLDTAKKYNILVFPCLWNAAVNQDSHNRLDGLIKDQHKLQSYIDKALKPIVNHVKGHVALGGWDLMNEPEGMMIPDKHNAEKCYDTTALKNSGAGWAGNKYLYQDILRFLNWQADAIKTTDPGALVTMGVWNPKSNTDHFNMNNHYSDHCLRLAGGKQKGVFDFYQFHSYSWQGKWDEVAPFTHQASDYGLHKPIVVGEFWEQDGGGMTITQMFNYVYNHGYAGAWSWHLVQRGDNQRKGITNIKDKTSNGKIPISL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of beta-1,4-mannanase from the common sea hare Aplysia kurodai at 1.05 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-1,4-mannanase
molecule tags Hydrolase
total genus 142
structure length 351
sequence length 351
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vupA00
4X0VA 4IPNB 2WHMA 3QHOA 2YA0A 2OWCA 1E0XA 1NWSA 3CO4A 4PEEA 1DWIM 4KGJA 3VNZA 3S6TA 1LL6A 2CESA 3DHUA 3NJ3A 4H8UA 4JCLA 2IXVA 3WH9A 2EPKX 3WF1A 1E1FA 4V28A 3U5UA 1DWGM 1BQCA 1XYZA 3VMOA 1J9YA 4HA4A 1C8QA 4LXFA 1E4LA 3RILA 1IZJA 4P8UA 4PRWA 1H11A 5CSUA 1US2A 4H8HA 1G0CA 4M56A 1HXJA 2WPGA 4GI8A 2V3FA 3KL3A 2D0FA 3AIBA 1R7OA 1HVQA 1OIMA 4NSBA 4MAZA 3GNOA 2WVTA 5FCZA 2VC9A 3AIVA 2EJ1A 4P7QA 2D0HA 4MDPA 1ISWA 1VJSA 5DEZA 2GFTA 3VGHA 1OSEA 3PZMA 3I3BA 2W63A 4Y7EA 2E9MA 3K46A 3L4WA 1GQKA 2W92A 2XIBA 2CPUA 1CLXA 2XM2A 3ARXA 1JDAA 1VJZA 3CZKA 3FW6A 1FP9A 3W28A 1MWOA 1UR9A 1H3GA 4B9ZA 3ARVA 1PX3A 3GNPA 1NH6A 3RCNA 1B9ZA 4DM1A 3SURA 4ML4A 1ZBVA 1WP6A 3VDAA 5JBEA 4JZ5A 1OT1A 5EFFA 1PZ3A 4D6CA 5I2UA 4NZCA 4WLCA 1TVPA 1L8NA 1CWYA 2XFRA 3VIKA 1EOMA 5ABHA 1ODUA 1BHGA 1ZBKA 1WZAA 2VZVA 4WF7A 3PZQA 3AIUA 2GSJA 2VL4A 1V02E 4N0RA 2WMKA 5E09A 1UUQA 1GQLA 1PJ9A 1CXEA 2VUYA 4J3XA 3CHCA 1E43A 1EDTA 4PTMA 3N11A 3VVGA 3B9DA 1QOXA 4C7GA 3VIPA 1QI0A 2GJXB 2J78A 2X8RA 3BLKA 4TTGA 1UQZA 3BAXA 1OIFA 2YLLA 5CLWA 4JKMA 4UQDA 1JD7A 2C0HA 1B3ZA 8A3HA 1NOUA 1WDQA 2WBKA 4L4OA 5D9MA 4ZE4A 3PZOA 5CPTA 1E9LA 1FH8A 4XZBA 3OZPA 2QMJA 2ZUUA 3BAKA 3WMBA 2YL9A 1FH7A 3SCUA 3PTKA 4XX6A 3NSNA 3POCA 2D24A 4KGLA 4U2ZA 3MKKA 1E4IA 1RP9A 3PTMA 5AYIA 4CD6A 3SCOA 3VTRA 1M7XA 4JFTA 5BRPA 1TA3A 2VURA 3WUEA 3RJXA 3T09A 1PZ2A 3VMPA 3W37A 1B3WA 1UYQA 4OBRA 4J3WA 4OBSA 2JF6A 4AZGA 2PBGA 3VIGA 1QI5A 3T2QA 4KRUA 4MADA 3THDA 7A3HA 1XV8A 1JG9A 1ZBCA 1AVAA 1GQJA 2QPUA 3VX1A 2VQTA 4CU6A 1V3KA 3CUFA 4DWSA 3LPPA 4M8UA 1XSJA 3RM8A 2XSAA 1W3KA 1G01A 2WZIA 1Q6CA 5FL0A 3U5YA 2NSXA 3W6LA 1R8LA 2WMJA 1PEZA 2WZHA 3JUGA 2DIJA 3G6LA 3GXIA 4JKLA 2CCRA 4P7RA 2PWDA 3GXMA 3AHYA 3W38A 5CLTA 4UFIA 1UKSA 3OLDA 3WL1A 4KWUA 1LL4A 5FOOA 2GVYA 1HT6A 1NWRA 3WF0A 1D3CA 2WC4A 3BMWA 2ZX9A 3QOKA 4UOJA 4UFMA 1W9DM 3PN8A 3O2LA 3KZSA 1BYDA 2VI0A 3WDIA 4X0NA 2FGZA 2WAGA 2WCSA 3K8MA 4ZXLA 1VEOA 1E1EA 1TE1A 2B31A 4HU8A 3F5LA 3VIOA 2UY5A 2BVYA 3L4VA 1US3A 3WSUA 2BHUA 2G41A 4D6GA 2GK1A 4TVDA 4W5UA 1UHVA 2XM1A 4PUDA 2VRJA 3W24A 3D3AA 2J79A 1ESWA 4C7FA 5TD4A 4ATDA 3WH7A 1IZKA 2Y8VA 5C71A 2D20A 2J7CA 5A6SA 1M04A 3WH8A 2CITA 1I1WA 1VFOA 2A3CA 3K4DA 1W3HA 4AMCA 2DQXA 3OG2A 4S3KA 3VOCA 1WKYA 3VX0A 1EA9C 2XVGA 1NP0A 3M7SA 3CIVA 4LYPA 1V6WA 1HKMA 3BAWA 1X6NA 1CYGA 5DT5A 5GQBA 4PMQA 2PF0A 3KWXA 3WY1A 1HNYA 1OBAA 1DWHM 4MB1A 1EO7A 2YL6A 4GINA 2C7FA 3ALGA 3NDZA 4CCDA 4RE2A 4HMEA 3ZOAA 5EFDA 4BQ2A 3OA5A 4DWSC 4JFSA 1QBAA 2ZUMA 3A4AA 2VZSA 2ZUTA 4HZ8A 1PIGA 5M3WA 2UWFA 2JEQA 2Q8XA 4UOQA 4J3SA 1HJQA 4AEEA 2QF8A 4PMXA 3AMLA 4A3YA 4AZCB 3ZM8A 2WNWA 1MW2A 3F5KA 1NARA 2WWCA 1LG1A 2XG9A 1BYBA 4D6EA 2WHLA 3T08A 3HU7A 2WLZA 3PZTA 4QLKA 3O6AA 3ZJ8A 3BCDA 3ALFA 2O9PA 3EBVA 4QLLA 3GNRA 3WFLA 2VCCA 1G9HA 4UQBA 1K9TA 3ARWA 1V3LA 1E70M 1CECA 1UKTA 2ZX6A 4MJ4A 1GOIA 4A4AA 2Y5EA 5A3HA 3IJ9A 1W9VA 3OLEA 4ZEPA 4HPGA 5E6ZA 2ZXDA 4JAWA 5A6MA 3ARZA 2A3AA 4HOWA 2WVSA 4JFVA 2VRQA 5A8QA 1UD5A 3M6DA 4CU7A 3PBGA 1EDQA 3FAXA 3UERA 3W29A 4WKAA 3BH4A 1MFVA 1TCMA 4DWSD 2WC7A 2D3NA 3J7HA 1BG4A 3GXFA 1OWQA 4QCEA 2E0PA 1JAEA 1AQMA 2X0HA 3AZRA 1C7SA 1WE5A 2ZUVA 1B90A 3LMYA 4WK9A 4W88A 1C92A 1JDDA 2XTKA 2PC8A 2D1ZA 4W8BA 4UFJA 1J0JA 4GPNA 3WF3A 3CUJA 2VR4A 4D1IA 1CLVA 4PTXA 3ZSTA 1V6UA 1E15A 1BG9A 3VGGA 3CUIA 3L4YA 4QCFA 1MXGA 3CZJA 3ZJ6A 2EQDA 4P7NA 3A47A 4XV0A 1EQPA 2DDXA 1CXFA 2XFFA 3EYPA 3FAWA 1HP5A 1BSIA 4PTWA 2CBUA 5M5DA 4R27A 4Q7NA 3SIMA 3U7VA 1CGUA 1HL9A 2YBTA 4GZJA 3PZGA 4AZ6A 1K6AA 4LQ1A 3ZJ7A 4HPHA 3SEPA 4BQ5A 3WEMA 2WMGA 4AZBA 1HF6A 2GJXA 5D8ZA 4B15A 2JF7A 3VGEA 4GO9A 2YL8A 3U7BA 2F61A 2BY2A 4U5IA 3CHFA 3QGVA 1MYRA 4D1JA 5A94A 1JI2A 1GVIA 1QHPA 1LG2A 6TAAA 4EAMA 3AQUA 5DMYA 3W25A 1PX4A 4H04A 4W5ZA 4M82A 3WD0A 1JI1A 4W93A 1HKIA 3FY1A 4QAWA 1GOQA 4PSPA 4W7VA 2OSYA 3K4AA 4W84A 4GKLA 1VFFA 4M1RA 1UH4A 2OWXA 3NIYA 1PAMA 3DECA 1CIUA 4AZHA 3SCNA 1EDGA 2J74A 1S46A 4M24A 1GOKA 2W5FA 3CZEA 1QHOA 2TAAA 3GTNA 3L2MA 4FLSA 1DTUA 2BHYA 3TOPA 2X1IA 4QLJA 5AC4A 4JL2A 2CNCA 4DUXA 3MUIA 1M03A 1LLOA 4J27A 3NSXA 1K9FA 1C8YA 3MMWA 2E8ZA 2EPOA 2VOTA 1QI3A 5JBFA 1H49A 3AJ7A 2WANA 3CHEA 1B3VA 5BWFA 4CVWA 1ISVA 1RP8A 1SMAA 1GJWA 2WVUA 1D2KA 1V02A 4HZ7A 4HA3A 4TTUA 1KBKA 1VFMA 3SUVA 2E9LA 1JIBA 5I23A 1J11A 2HVMA 1HVXA 2Y8KA 3FHAA 4CGTA 3GXDA 2QHAA 4P8VA 4LGXA 1JNEA 3OZOA 2ZX5A 4RE3A 3CMJA 1AMYA 5GNZA 4MNKA 3TTYA 4HTYA 4GO8A 1R7AA 6CGTA 1DEDA 4PBGA 1B30A 5IFPA 5CXPA 4UTFA 1WZKA 1OGSA 4Z2KA 1FA2A 1AQHA 3ECQA 2YA1A 4MTVA 4D6HA 2YDQA 4B3LA 1B3YA 1BF2A 1YQ2A 2G3NA 4XUYA 1QI4A 3NCOA 3F4VA 4DUWA 1W2PA 2BVTA 1B2YA 1EHAA 2ZXBA 4P8XA 1H41A 3CZ8A 2XVPA 3VGFA 1E73M 1E3ZA 3ZJKA 2EEXA 4AISA 2CETA 5DO8A 1JFXA 3WMCA 5A1AA 3AHTA 2GDUA 3AMGA 3AZSA 7CGTA 2VX5A 5KEZA 1JF5A 2VTFA 5IDIA 2FHCA 2O9RA 4NRSA 1E6QM 5FIPA 4FLOA 2J7GA 4R5EA 3AZTA 1TFVA 2YJQA 2J47A 2O9OA 4U31A 2JIEA 2PWHA 5I0DA 3B8SA 3AHVA 3WQWA 1FHDA 2ZUNA 1EQCA 3CHDA 3FN9A 3OLGA 1MQQA 5I78A 4QFUA 2GDVA 1QPKA 4YN5A 1QNQA 1FOBA 2J7EA 3W0KA 2O9TA 1R85A 2DSUA 1XH2A 1G1YA 1TZ7A 3VM5A 1ITXA 3WBAA 2ZX8A 1UR2A 1E0WA 5BXTA 2XVNA 1V3HA 3DHPA 4AWEA 1NP2A 4WSJA 2BHZA 3FXYA 3PTQA 5BXPA 1MW0A 1XD1A 2WLYA 1EH9A 5LA0A 1HL8A 3VUPA 3RM4A 6A3HA 4WKHA 4PYSA 2CIPA 4U5KA 1JL8A 1MFUA 3WQ8A 3ZR6A 3WF2A 5JUVA 5DFAA 1F4HA 1A3HA 2OLHA 2VVNA 1CGXA 1GOMA 3VIMA 1V6YA 1JXJA 1G5AA 3VIHA 2OYMA 1VBUA 5E9AA 1GHSA 1WO2A 3GBDA 1O7AA 1XD0A 2XPKA 1V3MA 1FHLA 4PMDA 4D6FA 5LYRA 2YKKA 1WZMA 3BAIA 3AIRA 2GJPA 1OCQA 2CBVA 1VIWA 2J4GA 3HN3A 2Y4SA 4MB4A 3CUGA 8CGTA 1RPKA 4CN1A 4HMDA 1UOKA 2MANA 1R87A 1XHGA 1MQPA 5ABFA 1JAKA 1BAGA 4H7VA 2DT1A 4MNLA 4B9YA 2W61A 1UKQA 1VEPA 4TVCA 1VEMA 3AI0A 1D7FA 2ZE0A 3QR3A 1KQZA 1XC6A 1J18A 4UQ9A 4HU0A 1QNSA 2JE8A 3KEHA 3VINA 2DIEA 1X1NA 3WEOA 4B16A 5ECUA 1UWQA 2VRKA 2OSWA 2CHNA 4AW7A 2A3EA 2W66A 5CG0A 5AC5A 2Z1SA 2WHJA 4M81A 4BQ4A 5BXSA 2E40A 4MAVA 3W81A 2BY1A 4JHOA 4B3KA 1IV8A 1O6IA 2WVVA 2WXDM 2E9BA 4Q22A 4YPJA 4M29A 2ZWYA 3S2CA 1J01A 1CDGA 2BFGA 3BLPX 3PZVA 3RDKA 1WZLA 4EKJA 3AOFA 2WCGA 1QBBA 5BXRA 2FHBA 1KQYA 3ARUA 3FNDA 1J0IA 2X05A 3SUWA 2E8YA 1UWIA 3MV11 3CPUA 1XYFA 4HA1A 1GORA 5A2CA 1JDCA 2VX7A 1ECEA 1QVBA 3WIJA 3IJ7A 3OLIA 3BCFA 2BVDA 1V0LA 1HKJA 3MSGA 2EXOA 4ZE5A 3DYPA 3I3EA 1JYNA 1CZ1A 2DSKA 1MQRA 4IPLA 2C8NA 3A3HA 2X0YA 2NT1A 4X9YA 4GXPA 2W91A 4AIEA 2WCAA 2ZICA 3AROA 4U2YA 1BGAA 3CZLA 3THCA 1LQ0A 4JHZA 2BNJA 4UFHA 3UEQA 1JF6A 3A6OA 1EIBA 2HISA 1Z32X 3VIIA 2DT2A 3BXWA 2VNCA 2WC3A 3AFBA 4F8XA 2VT0A 1ZJAA 3OIHA 3ARPA 4PTVA 4U3AA 1GNXA 1KXVA 3OBAA 3N17A 2EPNA 4WIWA 4HOXA 4AD2A 1FP8A 1A47A 1B3XA 5HPCA 4ACYA 4W8AA 3AMKA 2EO7A 1JD9A 2G3MA 3WN6A 5I6SA 4P7LA 3WD2A 2V5CA 1EHNA 5HXMA 5CGMA 4LYQA 1XRVA 3A4XA 4HP5A 4K68A 3IANA 3L4UA 2W4XA 4PUEA 2WMFA 4OKDA 1WNOA 2BXYA 4Z2LA 3VU2A 3UR7A 5I77A 3EDEA 1KXHA 3CTTA 1XH0A 4CCEA 1F4AA 4MB3A 4MJ2A 4UFKA 3VIJA 2YLAA 1CXHA 3WQ4A 1V3JA 3WH6A 5CQ1A 7TAAA 3IK2A 1BVNP 4PN2A 4UCFA 2WKLA 1UWUA 1UR1A 3WDJA 1LJYA 4F66A 2GJRA 1KGWA 2Z1KA 3AS0A 4H2CA 1CPUA 1BYAA 3TP4A 1W9PA 4PMVA 1LF1A 3U57A 3WMSA 2XUCA 1J0KA 2OYLA 5E0FA 4J3UA 1HJUA 1OM0A 2XHYA 4URIA 1KXQA 1V6XA 4HOZA 2E4TA 1UR8A 3W6MA 2XYLA 3PHAA 4PMUA 2WKGA 3VDCA 1ISZA 4CD7A 5I24A 1H0GA 3N13A 1TG7A 3CBWA 4W7UA 4J7RA 5ABEA 1G94A 3MU7A 2BY3A 2VX4A 4PCTA 3ZT6A 1DWFM 2VZOA 2CXGA 3WD3A 4ATWA 2JALA 2BY0A 2J7BA 1DP0A 2X09A 1C90A 4HZ6A 2VCBA 1BGGA 1J0YA 2CKSA 5LA2A 2J8FA 1QNPA 1HJWA 2RGLA 3POHA 3B9EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4X0V A;  4IPN B;  2WHM A;  3QHO A;  2YA0 A;  2OWC A;  1E0X A;  1NWS A;  3CO4 A;  4PEE A;  1DWI M;  4KGJ A;  3VNZ A;  3S6T A;  1LL6 A;  2CES A;  3DHU A;  3NJ3 A;  4H8U A;  4JCL A;  2IXV A;  3WH9 A;  2EPK X;  3WF1 A;  1E1F A;  4V28 A;  3U5U A;  1DWG M;  1BQC A;  1XYZ A;  3VMO A;  1J9Y A;  4HA4 A;  1C8Q A;  4LXF A;  1E4L A;  3RIL A;  1IZJ A;  4P8U A;  4PRW A;  1H11 A;  5CSU A;  1US2 A;  4H8H A;  1G0C A;  4M56 A;  1HXJ A;  2WPG A;  4GI8 A;  2V3F A;  3KL3 A;  2D0F A;  3AIB A;  1R7O A;  1HVQ A;  1OIM A;  4NSB A;  4MAZ A;  3GNO A;  2WVT A;  5FCZ A;  2VC9 A;  3AIV A;  2EJ1 A;  4P7Q A;  2D0H A;  4MDP A;  1ISW A;  1VJS A;  5DEZ A;  2GFT A;  3VGH A;  1OSE A;  3PZM A;  3I3B A;  2W63 A;  4Y7E A;  2E9M A;  3K46 A;  3L4W A;  1GQK A;  2W92 A;  2XIB A;  2CPU A;  1CLX A;  2XM2 A;  3ARX A;  1JDA A;  1VJZ A;  3CZK A;  3FW6 A;  1FP9 A;  3W28 A;  1MWO A;  1UR9 A;  1H3G A;  4B9Z A;  3ARV A;  1PX3 A;  3GNP A;  1NH6 A;  3RCN A;  1B9Z A;  4DM1 A;  3SUR A;  4ML4 A;  1ZBV A;  1WP6 A;  3VDA A;  5JBE A;  4JZ5 A;  1OT1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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