3VVG | Genus

Total Genus 143

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	143
sequence length	377
structure length	377
Chain Sequence	QTPTGIYYEVRGDTIYMINVTSGEETPIHLFGVNWFGFETPNHVVHGLWKRNWEDMLLQIKSLGFNAIRLPFCTESVKPGTQPIGIDYSKNPDLRGLDSLQIMEKIIKKAGDLGIFVLLDYHRIGCTHIEPLWYTEDFSEEDFINTWIEVAKRFGKYWNVIGADLKNEPHSVTSPPAAYTDGTGATWGMGNPATDWNLAAERIGKAILKVAPHWLIFVEGTQFTNPKTDSSYKWGYNAWWGGNLMAVKDYPVNLPKNKLVYSPHVYGPDVYNQPYFGPAKGFPDNLPDIWYHHFGYVKLELGYSVVIGEFGGKYGHGGDPRDVIWQNKLVDWMIENKFCDFFYWSWNPDSGDTGGILQDDWTTIWEDKYNNLKRLMD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__568854199218013__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__568854199218013__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3VVG/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__568854199218013__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"568854199218013","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3VVG/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__568854199218013__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03586ff238c47327cde8ab/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03586ff238c47327cde8ab/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism	Pyrococcus horikoshii
publication title	The Crystal Structure of Cellulase-Inhibitor Complex. rcsb
molecule keywords	458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase
total genus	143
structure length	377
sequence length	377
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature
pdb deposition date	2012-07-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3vvgA00

3VD5A 1KGWA 5HDRA 3W28A 1V6XA 1BLIA 4D72A 3FN9A 3VGBA 1US2A 2BVDA 4TTGA 3ARWA 1V3KA 1I1XA 3SCSA 3UETA 3VX1A 2A3CA 2AAAA 4QLJA 3L4UA 2XTKA 1US3A 1PX4A 3B9EA 3J7HA 3RM9A 1GORA 3VDHA 2VZTA 3EDKA 5KZ6A 3WQ8A 4ACZA 1QNPA 1Z32X 3FNDA 4QLLA 3W81A 3OGRA 3EMCA 4URIA 2WCAA 4UOZA 4CCCA 1ITCA 1FFRA 1CGYA 1V3IA 2YL8A 1E1FA 3AI0A 1DWGM 2VO5A 3ARSA 3VGDA 3NSMA 1OSEA 4EE9A 3OLGA 4GZIA 1UZ1A 1KXHA 1KQZA 1JDCA 3WFZA 3ZM8A 1XSJA 2DH2A 1TA3A 4GO9A 3MU7A 2ZXBA 4AZGA 4TUFA 3B9AA 4K68A 2J4GA 3BC9A 4Z2JA 4AEFA 2OSWA 2EPKX 1EHAA 1E5NA 2E3ZA 3WQ4A 3JUGA 4H8VA 4HPGA 3GXDA 3PZMA 3ZT5A 1CIUA 1J0KA 2O9PA 4DUVA 5IFTA 2EQDA 3WEZA 2QHAA 5EMYA 4PMZA 3GZAA 4A3HA 1X6NA 3K1DA 1WCGA 5E0CA 5C8BB 3OG2A 3U7BA 3WNOA 3IAPA 3VNYA 4ZENA 3GXMA 1PJ9A 4E4PA 2BFGA 1FH8A 1VFUA 2W66A 4CCDA 4N42A 1BSIA 1J0IA 4FLRA 1BPLB 1OD8A 3CH9A 1LG1A 4F66A 2ZUTA 3U7VA 5JBEA 4TX8A 4A4AA 1JAKA 4P7QA 3VO0A 4WIWA 3W0KA 5D9PA 2DT0A 2YL6A 2QV4A 4X0NA 3T08A 2BVYA 1XGZA 1W9XA 3SCQA 1B2YA 2PWFA 3BAWA 3DECA 2OWXA 1HXJA 1JAEA 2WC3A 1UD5A 4MPKA 3KL3A 2XSBA 1VBRA 4ATWA 3BAKA 3O6AA 3NSNA 4KWUA 3THCA 2ZXQA 1B30A 1HF6A 4ZEPA 1BVZA 3WUFA 4AWEA 1LF1A 1NOFA 1RD6A 1WDPA 4J3SA 1HJSA 2DIEA 1HJUA 3NYDA 1W3HA 3AMGA 2FHCA 1C93A 4OUEA 1FH9A 1V08A 4MJ2A 4AD3A 1UQZA 1JYVA 4J27A 1H09A 3DYMA 4FLOA 1FH7A 2HVMA 4UFJA 2BHZA 2G4FA 4FF5A 3CHCA 4M56A 4PYSA 2YL9A 2VTFA 1BYDA 2E40A 3PZIA 2EPMX 1HL8A 4EK7A 1BF2A 3IJ9A 3PTMA 1Y7VA 4HOWA 2YIHA 1E5JA 1J9YA 1M03A 1E6ZA 1KR1A 3VIKA 4KRUA 4D6GA 4E8CA 4RE2A 3LPGA 5BXPA 2ZUSA 4KMQA 3AIVA 5A6SA 3BLPX 2DSUA 4CVUA 4JFUA 6CGTA 4UQEA 3WBEA 1PZ3A 1C8QA 2WK2A 3DHUA 4PMQA 4W85A 2WCGA 4JKKA 3TTYA 4Z2KA 3UERA 3QHOA 1OGSA 4DUXA 3KEHA 2YKKA 1D2KA 2V5CA 4L4PA 4OKDA 1E4MM 1MYRA 3KZSA 2WLYA 4PMXA 3SEPA 2DSZA 4Z2LA 4UCFA 3VUPA 5I24A 4BF7A 1QI4A 1B3ZA 3TTQA 4HMDA 3WDRA 3OA5A 4WSKA 2EEXA 2GSJA 2VZOA 2CXGA 1BGAA 1UWRA 3CUGA 3W25A 1H49A 2O9RA 2WVVB 3O2LA 1BHGA 3AS3A 3GNRA 5LA0A 3GBDA 5CG0A 2GDVA 1KFWA 4PUEA 4V28A 2BY3A 1IZJA 1V6YA 3QHNA 1OBAA 3O9NA 3OLIA 2F8QA 4MADA 5CGTA 5I79A 4XZBA 5BROA 4QLKA 1GNXA 2D24A 1UD2A 2VX4A 3CMJA 3APGA 3BSGA 4CD4A 1J0YA 4WSJA 3SCPA 2YBUA 2D0FA 1KCLA 3KE0A 2FHFA 5CXPA 1E0XA 1FFQA 4W86A 2C7FA 3U57A 2XUCA 1HKIA 4UOQA 1MQRA 3AICA 4HMCA 2ZUNA 3BH4A 1CBGA 4YN5A 3CUHA 5A2BA 1ZL1A 1UKSA 3GH7A 5BRPA 1UD8A 2W62A 3POCA 2OWCA 4FLSA 4UQAA 3AMKA 4JKMA 2XFRA 2CBVA 4BA0A 4HPHA 2J7EA 1C90A 5FD0A 5BXTA 1ITXA 4WKFA 1PIFA 4U31A 3UG4A 4XZWA 1W1VA 2ZE0A 3BLKA 2FDMA 1JZ2A 2JIEA 1G9HA 3ARZA 1JL8A 3RJXA 3ARPA 1PEZA 1C91A 2J25A 1U33A 3W53A 1OWQA 6TAAA 3WNKA 3PZVA 1V3LA 1OT2A 2HISA 4HMEA 1KR0A 2X09A 4XB3A 4B9ZA 2WMKA 3VMNA 1L8NA 1WP6A 2WVVA 1JF6A 1CZ1A 2VR4A 3B8SA 1CNVA 1AQ0A 1NP2A 3VIGA 1JXKA 1MW0A 2WANA 2JF7A 1E43A 2A3HA 4UNIA 1TZ7A 3N1AA 1XC6A 1DWAM 2GJRA 3D3AA 2MANA 1U30A 2BY0A 2VUYA 2G3NA 4NI3A 5GNZA 3PZOA 3FHQA 5IFPA 1RH9A 1UA7A 1B31A 1GOWA 4Q7NA 4H8UA 4PSRA 5HXMA 2J74A 2Q8XA 3VIJA 1L0PA 2RGMA 1E9LA 2CYGA 3AXHA 4W5UA 3SCVA 2G8ZA 1GHSA 4YHGA 5M3WA 3S2CA 1GHRA 2XHYA 1A3HA 4PUDA 1HKKA 7CGTA 1QI0A 2D1ZA 3GBEA 1Q6DA 1DP0A 1V02E 2DDXA 4PTXA 3WMBA 1V6UA 1ZBKA 4MB4A 1JFHA 4R27A 4CGTA 3WSUA 3TP4A 1GPFA 5E6YA 2VZVA 4AZHA 3AJ7A 4NSBA 4UFMA 4LGXA 2UY2A 1W1PA 1FHDA 1NM9A 4J3TA 1WZLA 1EH9A 3WF3A 2AMGA 3SUSA 2UY4A 3VIFA 2QPSA 1BTCA 1JZ3A 3L4TA 3A4AA 1LJYA 4W7WA 4U2YA 1W32A 3AXIA 1VB9A 2CITA 3CLWA 3WNLA 1S46A 3ALGA 4AYSA 5FL1A 3FXYA 3AYSA 3TTOA 1W9BM 1MFUA 1XSKA 1UG6A 1PBGA 2VZSA 4U5KA 4M81A 2DGAA 3SCNA 3BCFA 3WY1A 3S6TA 3GDBA 2V38A 5A2AA 1ZBWA 2CHOA 4GINA 3CZEA 3ARYA 1XRVA 4Z2IA 4B9YA 1UA3A 3UG3A 2VL4A 3NIYA 4LPCA 3FW6A 4MAZA 3MSDA 2X0YA 4LYRA 3GH4A 4MNMA 1NWUA 1GOMA 4P7OA 1FA2A 3AROA 3N17A 3K4DA 3SCTA 1JDDA 1VEMA 1CGXA 2DSKA 5JIPA 2BY1A 3MS8A 2YA0A 3VM5A 4UQBA 2WMJA 1C8YA 3WMCA 5DT5A 2D0HA 3WD0A 1AMYA 4HA1A 2VVNA 3WD2A 3WF1A 1QNQA 4WJXA 4MNLA 3UESA 3OGSA 5CLTA 1CENA 4PTWA 2J7CA 4IPLA 3ZT6A 4PMDA 1AQHA 1M53A 4PMOA 1V3JA 4B16A 2VR5A 1JDAA 1JYNA 4JIEA 4CN4A 4QDMA 4W84A 1BYBA 3VPLA 4FK9A 4HTYA 4ZE4A 5ABEA 2WHLA 5JBDA 1J0JA 4PMUA 3LPFA 2FH6A 1BYAA 2ZUUA 2PBGA 3VKKA 2ZUVA 1JZ8A 1AVAA 2CBIA 2BS9A 2WSKA 2YBTA 4OJYA 3DC0A 3NDYA 5EBAA 2Y24A 1V03A 2YL5A 2WZHA 2UWFA 5AY7A 2V3DA 1TVPA 4B3KA 3POHA 2OLHA 3MUZ1 3ZMRA 4R5EA 5FIPA 2NT0A 1WNOA 1O6IA 3AHXA 4AXNA 6A3HA 1E4NA 3AIEA 4N0RA 2ZUWA 1NARA 1W1YA 1QNRA 3ECQA 1W2VA 2BVTA 1H4PA 5FOOA 4NRSA 3AIRA 4D6JA 4C7FA 3AZTA 3CPUA 1GQIA 3CZGA 4AIUA 2ZICA 2WW5A 5ABGA 3CO4A 2O92A 3VOCA 3N9KA 2W67A 2XWEA 4HOXA 2EPLX 4D6CA 3VGHA 3A6OA 3AOFA 3WDQA 4UQ9A 1OGBA 1MXGA 4QCFA 1GVIA 1E1EA 5M03A 3GTNA 1DTUA 4GQRA 3VD9A 3WD4A 3T09A 3T2QA 2WVUA 4DWSC 1C92A 1UZ4A 3CIVA 1CXKA 1E56A 3MMUA 1UOKA 2D23A 2JEQA 3CHEA 3WD3A 2V3GA 3CMGA 1J0HA 2JF6A 1KBKA 5IDIA 4JFSA 1E6NA 1J11A 5A6LA 3ZJ8A 2CBJA 3PZUA 2VRQA 1E72M 5C71A 2J79A 5E09A 1CGTA 4BZYA 2PC8A 1UKOA 3AS1A 2VRJA 4JFVA 1EDGA 5AC4A 1OIFA 2XPKA 3ZR6A 4UTFA 2VRKA 3A4WA 1H5VA 3N11A 2F61A 2W4XA 1E6RA 1PPIA 2DSWA 2X1IA 4PN2A 4MAVA 5IHRA 1OT1A 1YQ2A 1HP4A 4DUWA 3WENA 1CLXA 1XHGA 2XVPA 3I3DA 4D1IA 4DM2A 1OM0A 1B1YA 3AMCA 1OGGA 1UWTA 4TTUA 2WPGA 1GZJA 1WDRA 2WMIB 2XM2A 1PX8A 4W8AA 1QBBA 3NJ3A 4D6IA 3AS0A 2JEPA 2WB5A 4JFWA 4DWSD 4BQ2A 5CSYA 1HN1A 2DT3A 3T0DA 4HA4A 2J8FA 2ZWZA 1HX0A 4IUGA 3ZR5A 1ISXA 1R87A 5DO8A 3KWXA 2XVLA 4KGLA 2EPNA 3RPMA 1BG9A 1IT0A 3VGGA 1R86A 2E4TA 1MW3A 1JFXA 1GUVA 3WQWA 1K9FA 3OLDA 2FGLA 3WQ5A 5DT7A 3AIBA 4D6EA 2ZX7A 4CU8A 3QOMA 2VX6A 2WNWA 5BRQA 2ZXDA 4H04A 5BXSA 4AD4A 4FLQA 3SUUA 2BHUA 1ZU8A 2E8YA 3GM8A 3T0BA 1UD6A 3TTSA 3GXIA 1E0WA 2QMKA 4PEEA 3OZPA 4UR9A 3BGAA 3T0AA 5D8ZA 2XJ7A 3WN6A 3MMDA 2JIWA 1B3WA 1C8XA 1HP5A 5EFFA 1TG7A 4PMVA 1UD3A 2CCRA 2XWDA 3F5LA 3OBAA 3VTRA 2IXVA 1NWSA 3L2MA 1UUQA 4CD5A 1XYZA 3CHDA 1UR2A 1VFFA 1XH1A 3AXXA 1W3KA 3IAQA 1LL4A 2NSXA 3CZ8A 5ABHA 2XVNA 4NZCA 1HVQA 5A8NA 4UQDA 4PCSA 3I3EA 5A6BA 4MJ4A 3VD7A 4CN1A 4H2CA 1D7FA 1HNYA 1CXFA 5LA1A 3FAWA 1M01A 5CGMA 4AEEA 1JIBA 1QVBA 1W9PA 2QPUA 3ALFA 4QFUA 2B31A 3WELA 1K9DA 1VJZA 2WC4A 4QAWA 3W27A 2WSPA 1ZS2A 2D20A 3W24A 1K9EA 5JBFA 1GCYA 1KXTA 2J8GA 4IPNB 2ZX8A 3PZGA 4IM4A 4MB1A 3W37A 3EMQA 2GUYA 4BQ3A 1R7AA 4C7GA 2WMIA 3VMPA 3WH9A 3W6LA 1MVYA 4LX4A 3BCDA 1B0IA 1XYFA 3MMWA 4AD0A 3HU7A 3K8KA 3ZJ7A 2X8RA 2WHKA 2A3AA 3AS2A 2CIPA 1E6SM 4J3UA 2WZEA 1QBAA 2Y4SA 2XSAA 4GXPA 5LYRA 4A3YA 4CCEA 4FMVA 1UH4A 1ZBCA 5D9MA 8A3HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3VVGA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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