3VZXA

Crystal structure of pcrb from bacillus subtilis subap. subtilis str. 168
Total Genus 78

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
227
structure length
227
Chain Sequence
MYDVTEWKHVFKLDPNKDLPDEQLEILCESGTDAVIIGGSDGVTEDNVLRMMSKVRRFLVPCVLEVSAIEAIVPGFDLYFIPSVLNSKNADWIVGMHQKAMKEYGELMSMEEIVAEGYCIANPDCKAAALTEADADLNMDDIVAYARVSELLQLPIFYLEYSGVLGDIEAVKKTKAVLETSTLFYGGGIKDAETAKQYAEHADVIVVGNAVYEDFDRALKTVAAVKG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS8 (204-207)AH9 (215-226)S1 (9-13)S3 (62-65)S6 (156-160)AH8 (209-213)TI1 (14-17)TIV1 (40-43)TVIII1 (76-79)S5 (113-120)S4 (78-84)TIV2 (66-69)3H2 (69-71)TI2 (84-87)3H3 (90-92)AH4 (126-131)TII'1 (161-164)TIV3 (122-125)AH5 (139-152)TVIII2 (154-157)S7 (182-186)AH6 (168-177)TVIII3 (202-205)AH7 (192-200)AH1 (22-29)S2 (34-37)AH3 (94-110)TIV4 (178-181)3H1 (4-6)AH2 (45-56)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Bacillus subtilis
publication title Insights into TIM-barrel prenyl transferase mechanisms: crystal structures of PcrB from Bacillus subtilis and Staphylococcus aureus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Heptaprenylglyceryl phosphate synthase
total genus 78
structure length 227
sequence length 227
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.n9: Heptaprenylglyceryl phosphate synthase.
pdb deposition date 2012-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01884 PcrB PcrB family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.390 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel FMN-linked oxidoreductases 3vzxA00
4NAFB 4JEJA 3W00A 1VIZA 3VKBA 3VK5A 3W01A 3VZZA 4MM1A 2F6XA 3VKAA 4NAEA 3W02A 3VZXA 3VKDA 2F6UA 4NAFA 4NAEB 3VKCA 3VZYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1M1BA 1LLWA 4UXDA 4DJDC 3RNDA 3Q67A 3D46A 1YNPA 4MVAA 1E3ZA 3HN3A 4I90A 4RDWA 4HSHA 1I2PA 3TJ4A 4HPNA 4UOQA 3WMSA 2GPTA 5F7UA 3AIWA 5AOUA 3W1UA 4QX4A 3PZNA 5DY2A 3WNPA 3AWNA 5FJJA 4FNSA 5CCZA 3OVPA 3ITVA 5L6UA 1TPB1 4H6KA 1I1XA 2AMGA 1QU4A 2VRKA 4GC4A 2WSRA 5C9XA 4GY7A 4ADUA 4AWTA 4HTBA 1RAKA 1WCGA 3G3DA 3QQ0A 4EPBC 1TX2A 4BWLC 3VU2A 4BCEA 3GY1A 1BG9A 4WJEA 3URAA 1IF2A 1LZOA 4AG0A 1TV8A 1TE1A 1HXJA 5C7HA 3E1F1 1XLKA 1DJWA 2WM0A 3T4CA 3QHMA 3ITYA 1ZQ5A 1MQRA 4IXXA 1N7KA 1AH3A 2QHAA 3VILA 3FFSA 4ZB0A 1IT8A 6REQA 5I78A 3SCSA 4GGHA 1TB3A 3B4UA 3L2LA 1JRCA 4IIDA 1UA7A 1C7TA 2OODA 5CPLA 2REQA 1X7FA 3DFPA 2V68A 1XM3A 3R0UA 1MW1A 2VFEA 1QOPA 3WLSA 1JPMA 1RA0A 1W54A 4IG2A 3O8AA 3LNPA 3DKJA 1IEWA 1K8ZA 4Q7NA 1XLHA 4RE4A 1UG6A 3WK1A 1F07A 1AK5A 3EXRA 2FFIA 4MKNA 2WVVA 3MMDA 3QM3A 5JH2A 3HIJA 4MDOA 4YNGA 4I7UA 3B97A 2CEQA 2G5WA 4IISA 3WD0A 4J28A 5ABTA 3GVRA 1JEZA 3S5ZA 3ORWA 3NCOA 4WIWA 2WC3A 4QSHA 2UBPC 4PSPA 2CLHA 4A8NA 1M68A 3GDRA 5GQBA 3QOMA 4MY1A 4X9YA 1IEXA 3NJ3A 3FNDA 1QNRA 5CC6A 2R94A 4TVDA 2HDJA 1UR9A 3EWXA 2WHLA 2G50A 5CC3A 3U5UA 3W2MA 4KS0A 4M51A 3VMOA 2J77A 3AHVA 3GNOA 5DXXA 4XZLX 3UGVA 4BEQA 5DQPA 3MVIA 3CC1A 1EOKA 1KXQA 2F6KA 4UCGA 3W1MA 5LA1A 3MDUA 3NO1A 3KL0A 2VC5A 4AZBA 3BZGA 1W9DM 1MDRA 3WL1A 4AY1A 5D9PA 3M5YA 4KH2A 1LL7A 5KZEA 2PD9A 3WEOA 2DSUA 4GI6A 1FWFC 4O50A 4PN2A 1XLBA 2Z28A 1LLOA 2DT2A 4WDWA 1E3XA 2PLMA 5CBIA 1TZ7A 1UBPC 2PBOA 3IJ8A 5LYRA 4Q6JA 1L0PA 1TWWA 1C8XA 2R6OA 2WNQA 1H1YA 3HFYA 1K3UA 4K68A 1Q5MA 1KQYA 1TIWA 2JKAA 3DENA 5DT5A 4C6NA 4Q32A 4HOWA 3WUFA 3K5XA 4JR5A 1K8CA 3H23A 3CYJA 4DAIA 3S6OA 1OYAA 1CX9A 2ZUVA 2ACRA 3QY6A 3AIEA 4BEUA 3F03K 1XIFA 1JI1A 1TVLA 2X7WA 4AWUA 1HJUA 3BV7A 2ACQA 3LTPA 2DY3A 5AC6A 2A85A 4CN6A 1A5CA 5DXYA 5CXPA 4ZOBA 1FP8A 4JGDA 3FVDA 1U1HA 4HCLA 3UGRA 3RCNA 3TFCA 3UVAA 3H26A 3I6TA 4R3UA 1XDJA 3VIKA 5LNWA 4KIRA 1GW1A 1QWGA 4KRUA 3OA3A 1WE5A 4AXNA 1E72M 3OODA 4NNAA 2HMCA 2AL1A 2DPEA 5F2MA 3NO5A 5LNSA 4ERGA 4MAZA 3AQUA 5FACA 2V5DA 2FZNA 4UWMA 2V30A 2CC0A 4IPNB 2A2IA 2NXGA 5DN1A 3AZRA 4FR6A 3CT2A 1QBAA 1ZJBA 4JQ4A 3W70A 3GYEA 3VIGA 2Q02A 4J35A 5IDZA 1E4MM 1ECEA 4NZCA 1JUKA 4FXFA 4BQ4A 3PG8A 3VDCA 1PWMA 1XH0A 3IV3A 2YBUA 3PNZA 1NIUA 2GUYA 4CQBA 4W8BA 2GLKA 4MM1A 2NUWA 3G1HA 3GZ3A 2P50A 3S1UA 4F66A 4DN1A 2PDIA 1RBLA 4D6GA 1N8FA 4GIEA 1CXHA 3TCSA 3RXZA 4H2CA 3U2OA 3B03A 3U57A 3URQA 2F2HA 2VI0A 2OEKA 2VTFA 4UBPC 3L4ZA 1TTQA 3ME3A 5CC7A 4O0ZA 5DMNA 1WDQA 1AD1A 1E1EA 4NQ1A 3GXNA 1G4SA 2ZZ2A 4HSNA 4Q4KA 3DHDA 2HBXA 3L12A 5HWMA 1PXGA 2J6XA 4WX2A 2BGNE 1ZB5A 4RV3A 4KBXA 2WK2A 4HYVA 4A22A 5C9RA 2VC7A 4KGLA 2XYLA 1R2SA 1FKXA 3G18A 4W7UA 2CLMA 1H1NA 1UD2A 4UC5A 1AQ0A 2GJXA 4XUYA 1E71M 1MXDA 1A5BA 3O07A 3KBVA 2ZFAA 1VHCA 4H8NA 3TEVA 4E8DA 1G01A 2GGJA 4KT2A 5I3HA 2VGGA 3WF0A 3NSMA 4W7WA 4WXZA 1LWIA 1IZKA 1ZBVA 2A5HA 2F6XA 1VCVA 1S3HA 3IIOA 3U2ZA 5CZSA 2J79A 2J66A 3TJIA 3QSTA 4DPQA 2A1YA 1XKJA 2NQZA 4QG9A 3TMLA 4A4AA 1TVNA 3P93A 1GKPA 4KESA 1H3GA 3QPYA 5T9CE 2Q09A 4I8YA 2A3HA 3H2NA 4Y8FA 5CBBA 1BTMA 3TIMA 1PL9A 1PJ9A 4I9TA 2XIBA 4IF2A 3NZPA 4XUGA 1XCFA 1F7BA 2WMKA 4TV5A 2XWDA 1TJRA 6REQB 2GOKA 3W1RA 1R86A 4XWUA 4PBEA 3W85A 1J96A 1ZALA 5IHRA 3NQ2A 3TJXA 4GINA 2PP3A 3F4DA 5GJMA 4CUCA 2REQB 2CIPA 3VI2A 1FQ0A 1JNDA 3T07A 2FVKA 1L2QA 1UH2A 1JJKA 4HHPA 4IG2B 4ADTA 5DCDA 1WO2A 4O28A 1JZ4A 2P5NA 1LG2A 1OWQA 3UCDA 2GJLA 4OOZA 1QW8A 2WJFA 4IX2A 3FJLA 4WXYA 3KLLA 3NL2A 3LBOA 3W07A 2ZZ4A 4Z2LA 3VM5A 2GVYA 4UMAA 1DWIM 2EXOA 5IOBA 2WCAA 2IMRA 4JTAA 1OF8A 3F5JA 1G5AA 2IKHA 3MTWA 4PTNA 3LB0A 1FWTA 4XBKA 2NW0A 3TP4A 1QDSA 3WUBA 4ATWA 3U48A 2Y61A 3L21A 4S3AA 4W86A 3OG2A 3GC5A 3FGCA 3NQEA 4TMBA 2DSZA 1KM1A 1NDWA 4F48A 4FOUA 4O8AA 1ISYA 1UR4A 2OQYA 3FAWA 4OZOA 3UESA 3QV7A 4Z1AA 4HZ8A 4Q7IA 4DEFA 5EMKA 3ABSA 3M7WA 1BLIA 4INFA 1TCMA 1EA9C 1ZCOA 3EX2A 4KCUA 1DXFA 2E1DA 5JIWA 1VPQA 1UKSA 4UCFA 1NY1A 2V67A 4NRSA 3RRAA 3SRKA 1W9UA 1AUSL 2D0HA 4JTIA 4MNMA 4CD4A 1BGGA 3HBLA 4ZOAA 4LUTB 3BSHA 5GJNA 3GUWA 4GVHA 2V2DA 4TTUA 3S5YA 4X0NA 3WK3A 3N18A 1OJXA 3W2KA 2V63A 3CHFA 3VNZA 3IIXA 5K4XA 2XVGA 3HG4A 4FAMA 1WDPA 1HVXA 4CCDA 4GUGA 4WY0A 4C5YA 3QFWA 3AMDA 1G7VA 2JIWA 3ARZA 5HATA 2G4FA 1YDVA 1FXQA 1HP5A 4N0RA 3EEGA 5XIMA 1OGGA 6CGTA 1CCWB 2ZE3A 2V5LA 2VDIA 4JTEA 2GVEA 3WQOA 1FBAA 3DBPA 1AW1A 2ATSA 3CQIA 3CXOA 2DFAA 3GKAA 4IUGA 1RR2A 1NVMA 3OA5A 3IS4A 4ZOCA 3LEPA 3AIBA 1O95A 2GZXA 4PEEA 3T4WA 2HS8A 1EXPA 1E0WA 3VDBA 3N2TA 2XGBA 1PHQA 3MI6A 3SUVA 1HZYA 2E8YA 4DRSA 1EDTA 1MWOA 4Y9AA 3IJIA 4AZIA 2HXTA 3TYAA 3H4GA 4JTKA 2QUVA 3LMYA 3NWRA 2WV8A 3VA8A 1G6CA 4Q4MA 3EWWA 1FOBA 4W8AA 3TYCA 1UOZA 3FKKA 3TTOA 4N42A 4LF1A 4UIOA 1TV3A 6PTDA 4GI9A 1V6YA 1W5MA 2VELA 3GR8A 2GDQA 3NYZA 2XFYA 4IGMA 1NP2A 3WJZA 4BF9A 1DJIA 1US3A 3PZ9A 4L64A 3FHQA 1TWZA 4C1LA 2C0AA 4S3FA 1HO4A 2HROA 1HKIA 3RDKA 1KM3A 4F2TA 4RZ5A 1QPQA 4GZ7A 1DTNA 4CD8A 1K03A 2C15A 3E96A 3S2MA 1BF6A 2WNNA 2HSAA 4RE3A 3J7HA 2P3ZA 3FA3A 3B0UX 4M6PA 3L23A 2ZCGA 2A79A 1VEMA 2PP1A 2WMIA 4NIRA 4GI8A 3I3DA 4AFYA 2G3IA 2XISA 2XZ9A 3UG3A 1TJ1A 2QVHA 1KFEA 4REQA 4OE7A 3EOUA 3RM4A 3EWYA 4ZB2A 2XU2A 3KHDA 4Y96A 4TQTA 2GJNA 5AYZA 3LI0A 3GTNA 2E77A 4JQ2A 3XIMA 2Y70A 1F3TA 1JZ6A 4C91A 4YHEA 1Q6QA 4AEOA 3HJZA 1UUQA 1YNQA 3M6YA 4P7NA 2JE8A 2UWFA 1EJVC 4KETA 3S2NA 3DYOA 3M0MA 4P8UA 5LIYX 5HMFA 1CGUA 5FJUA 4WKAA 3K4AA 5I5RA 2QF8A 3SCUA 1EJSC 5AHEA 4O1CA 3LPGA 1BVZA 1Y7VA 5LSMA 1RK6A 1B3WA 3ZVIA 4AY8A 4GYPA 4ZO9A 1ZAJA 5I3GA 4LUJA 3PPGA 4MZYA 4MFEA 3ZJ7A 1IXNA 3WF3A 2QV4A 2JKEA 4QISA 2GJXB 1FUYA 3MWAA 4D6JA 4PC8A 5D8WA 3OZOA 1MSSA 4YWIA 2NVDA 2B7QA 4X22A 5CAKA 4DI8A 1A0EA 1W1PA 2PDKA 2XUCA 4O15A 2EPNA 1C92A 1KRMA 1JDAA 1KO0A 3WH8A 4J27A 1ITXA 1R3VA 4ADSA 4H9TA 3FDKA 1DKWA 5TD4A 4NASA 4NZ5A 1K8XA 3CGTA 3O1NA 2BY0A 2RUSA 1GZJA 4FMVA 2V69A 3ZOAA 1BYCA 3UCQA 3ZM8A 1D7FA 5EMJA 4UFIA 3P5ZA 4D6FA 4JCLA 2PODA 1BSIA 3VNYA 5L9FA 3BG3A 3WJSA 3LM3A 4FNQA 3OGSA 2Y2WA 2QQ6A 1QOXA 3G8RA 4M8UA 2RHGA 3GNPA 5I02A 3F5KA 1J8VA 2E6AA 3E0IA 1I4NA 1JXJA 1NOWA 3PHAA 4OV4A 1XIJA 4YWSA 4QS6A 1J4EA 5CG0A 3HG2A 1BQGA 3AIUA 3AHYA 4CQDA 4GX9A 3GIPA 1E1CA 4ZTYA 1YXDA 4AAJA 4N2YA 2RJHA 3IAQA 3W71A 3KWXA 5A3HA 4N9CA 3M16A 3N9SA 4JYFA 1TMQA 3IGUA 2DZPA 2BASA 2CWNA 1S2CA 4TX6A 4XAZA 3RPTA 4B5NA 3TQVA 3CZ8A 5EMMA 1FY6A 4YVPA 5T9BG 3O16A 1OFAA 1WP6A 4L4LA 1A5NC 3TXZA 3WQDA 2EF9A 1JCNA 2D1ZA 4IGNA 3VABA 1E0UA 4C5ZA 2Y63A 1ITUA 2INEA 3SQLA 3W7RA 5A8QA 1UASA 3FGCB 4X2RA 5LXXA 2F9RA 2ACSA 4DYJA 3SAZA 4F0LA 5CSUA 1VFUA 1VBGA 3GS6A 2QCDB 5FF3A 1REQA 3E5PA 5HMSA 3DH7A 3B0YA 5A6KA 5ABFA 1OHLA 4TU1A 2JK2A 3POCA 3EB4A 4BF5A 1DJQA 2I56A 5JUVA 1DE5A 4B5VA 3CUZA 3JRKA 3W27A 2XJ7A 4W84A 4D1JA 2ISFA 3T8QA 4NZFA 4FR1A 5HR6A 1R5YA 3KCJA 1X39A 7ODCA 2F6UA 2PTYA 2Y0FA 3VKCA 4N9EA 4JN6A 4AIEA 4NI8A 1UYQA 2OJPA 1QWKA 4KQNA 3KVJA 2XFWA 4I9AA 4WY0B 3ITTA 3OP2A 1SO4A 4B3ZA 4JKLA 3NEVA 2ZX5A 4WD0A 2OOFA 2D69A 4M1RA 3USZA 4ZFMA 3WN6A 4A8LA 1ELSA 3BOLA 3C2FA 4G1KA 3B9NA 4TV6A 3WLTA 4MG4A 1I2QA 2PDQA 4WRHA 1QUMA 1FWRA 1R30A 3A4WA 3EGJA 1M7OA 3UWVA 3W7IA 2R1LA 3ZT6A 1PHWA 2C0HA 3GWQA 1MUMA 4U10A 3U4AA 4MB4A 3AS3A 3LCGA 5AHFA 4DO4A 3BAWA 3N29A 3DFOA 1O5QA 3W6MA 4NSBA 3E0WA 3NNTA 4ORMA 1V6WA 4UFJA 1CLXA 2JALA 3PB2A 2HVOA 3FCPA 4IMDA 1Q2SA 3TFXA 3MMTA 4LCQA 3MYOA 3T7VA 1Q45A 3SM0A 2B7NA 1B31A 4FK9A 3FHAA 3MMUA 3H2FA 2BY1A 3GG0A 3KFTA 5HULA 2XZ7A 3C2EA 3W1QA 2FTYA 2J9ZA 4ZXOA 4GK8A 4QE5A 1DJGA 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4NAFB 4JEJA 3W00A 1VIZA 3VKBA 3VK5A 3W01A 3VZZA 4MM1A 2F6XA 3VKAA 4NAEA 3W02A 3VZXA 3VKDA 2F6UA 4NAFA 4NAEB 3VKCA 3VZYA
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