3W0KA

Crystal structure of a glycoside hydrolase
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
MKKYGFNFQWMYVWEEGREPEPPDKKALDFLAETGFNFVRIPVDYRFWTRNFDYFNPDKKVFEYIDLYLRECSARNIHMCLNLHRAPGYCINRNDIERDNLWLDKRAQDGFVYQWELFAKRYKGVSSKFLSFDLVNEPPNIGQYGLTRENHASLIIRTVEAIRKIDPDREIVIDGLGGGNIAMPELAHLGVVHSGRGYQPMALTHYQASWWDGHKGLPEPYYPDLLWQGKVWNKDTLREYYKPWRDLQQKGVNVHIGEFGCFNKTSNDVAIRWFEDVLSLYKEFEWGYSLWNFKGPFGIVEHGRPGAKYEYYRGFKVDRELLDLLVENRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a glycoside hydrolase
rcsb
molecule keywords Bifunctional endomannanase/endoglucanase
molecule tags Hydrolase
source organism Caldanaerobius polysaccharolyticus
total genus 125
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3w0kA00
4B3KA 1J0KA 3PZVA 3AIRA 3EDJA 2YIHA 2V5DA 2ZWZA 2AAAA 2EBNA 4TX6A 4IUGA 2CKRA 2J7EA 3VIMA 4NI3A 4H8UA 4GQQA 1OCQA 1H5VA 3APGA 5D9OA 3EDEA 3SCVA 3WQWA 1Q6DA 3RJYA 1B31A 1C3FA 2F61A 3K4AA 4UFKA 2XWEA 3PHAA 4AZIA 3KL5A 1JD9A 4TVCA 2WZIA 1WKYA 3UR7A 1NOWA 1SMDA 3ARXA 1RP9A 4HOWA 3VIGA 3BAXA 3WNLA 1CIUA 4JFTA 1CGUA 2X8RA 3WBAA 1TA3B 5CGTA 4W7WA 2DGAA 2QLYA 1HKKA 1AVAA 1CGYA 3CZKA 1CENA 1TZ7A 2W61A 2WC4A 4V2XA 2ZUWA 2FH6A 4YN5A 4HU0A 5IDIA 3VIIA 2XYLA 3VMNA 4D6FA 4GXPA 3WDJA 2YLAA 3WQVA 1JG9A 2VZSA 1PIGA 2G3NA 3VD7A 3L2LA 1FHLA 1LL4A 3RCNA 2WZEA 5I2UA 3GNOA 1QW9A 5DO8A 9CGTA 4AZ5A 1CXLA 4LYPA 1HJUA 3LPPA 5IFTA 4DWSA 2WMKA 1JDCA 2XM2A 3AQUA 1BVZA 1K9DA 5EFDA 5BXRA 2E8YA 1LWHA 1UR4A 3CHEA 4BQ3A 1CXEA 4JFVA 2VMFA 1V02E 3FW6A 3VIJA 2EPOA 4U31A 1UKPA 4J3SA 2CBVA 1JNEA 4PTWA 2NW0A 2EPNA 2JEPA 1GQKA 5JIPA 1KQZA 4A3YA 1W2VA 3NSMA 3MMWA 3ZT6A 4J3VA 2UY4A 3AMDA 4J3XA 4P8VA 4P7OA 2J74A 1GNXA 2WW5A 2ZICA 1ISXA 4HPHA 1VEPA 4MNKA 1HVXA 1KCKA 3OLEA 2ZOXA 1MFVA 4HOXA 3AIBA 4PMNA 3II1A 4DUXA 3OBAA 3GXFA 1TCMA 1W3KA 1TFVA 2WWCA 3L2MA 4Z2HA 4FLOA 1LG1A 3SEPA 2Y24A 2OWCA 1ISYA 1MWOA 5BXPA 1JZ4A 1XGZA 1KGWA 3PZMA 3PZTA 5BWFA 1ZU8A 4J7RA 3T2QA 3WL1A 2BFGA 4IM4A 1E6SM 5A6MA 2XVKA 4CUCA 1E4IA 1H0GA 1R8LA 3AZSA 3VDAA 5CPSA 4XUYA 4H8HA 3DYMA 4P7RA 4D1JA 1KCLA 3MUAA 3OGSA 2Y5EA 1I1XA 3T2PA 1J0YA 4PBGA 1KXTA 1Q6EA 1RP8A 3BH4A 5IHSA 3SCTA 2Z1SA 4ACZA 1P6WA 3ZSSA 1IZJA 5FIPA 4S3KA 2BY3A 2VVSA 2PWFA 1KR1A 2VCBA 2YBUA 1EOMA 1HVQA 1OD8A 5E0CA 4P8UA 2AOSA 5A8PA 2WBKA 3OG2A 2FHFA 3F4VA 3N1AA 4D6IA 3HMCA 2WVVB 4OBRA 1H0IA 2DDXA 3I3BA 1W9BM 1JZ2A 4F66A 4PYSA 3B9EA 5C71A 1UHVA 2J75A 4GIAA 5I5RA 4W85A 5M03A 2VTFA 3SURA 3W37A 4Z2GA 4TTGA 1HL8A 3KL3A 5AYIA 2E40A 3MV01 1LG2A 1W9VA 1B3YA 4JZ5A 3WIJA 3T0AA 1OGGA 2X09A 1ISWA 3OZOA 2J4GA 5E9AA 4TOQA 4UQAA 3WNPA 5ABHA 2GUYA 4AIUA 3EMCA 3WH8A 2CESA 5C8BB 4B16A 3FNDA 2WB5A 4UQ9A 5F7UA 2J78A 2JF6A 3F5KA 2CBUA 3MV11 1W3LA 4GQRA 5FL1A 2GDVA 1CECA 2AMGA 3GXIA 3FXYA 4D6DA 2JIWA 5I77A 3VO0A 4BQ2A 4P7QA 2E4TA 3VDHA 4IPNB 3CIVA 3AHVA 1WDRA 1E55A 1E43A 1SR0A 5A95A 1WZAA 2YL8A 1KR0A 2WMFA 4J3UA 3ZT5A 3W82A 1KXHA 2XSAA 4PEEA 4EANA 3F5JA 1LL6A 4BA0A 3EDKA 3AS3A 2ZXBA 1E0WA 4P8WA 3KWXA 3F5LA 1ZS2A 3CUJA 4AC1X 3TOPA 4KGLA 3N9KA 5A69A 3UESA 4JFSA 2D0GA 5JBFA 1MQQA 1V6UA 3ZT7A 5AC5A 1WCGA 1XHGA 3AIVA 4OKDA 3BMVA 1DWAM 3VM7A 1QVBA 3WUFA 1N82A 1EDGA 3NSNA 1VFUA 2V38A 2F2HA 3KL0A 4GO9A 4GZJA 1BGGA 4PMQA 3NIYA 3HJEA 2CEQA 2WYSA 1W32A 5GNXA 3NJ3A 3K8MA 2BXZA 1KQYA 5AC4A 3GYCA 3UR8A 2EQDA 3AHTA 3SUVA 3K1DA 4CD5A 1LLOA 1DWIM 4ZEPA 2DH3A 3KE0A 1E6ZA 3ARPA 3A47A 4MB4A 3BLKA 3T2OA 2YKKA 2G3JA 2NT0A 1MVYA 1AQ0A 1UWQA 4AZCB 4D1IA 1FHDA 2GDUA 1GOMA 3AMGA 3FN9A 4AD3A 2DSUA 2O9PA 3WD2A 4ATDA 3DYPA 5JIWA 1VJSA 2VRKA 1CDGA 3OLIA 1UG6A 1J0HA 1XCXA 4MNJA 3IJ9A 2QPSA 2GFTA 3AIUA 7A3HA 2DT2A 1HKMA 3CZLA 1VFOA 6TAAA 4OOUA 2GJPA 2IUZA 1KXQA 4GZEA 1JDDA 2A3CA 3ARQA 3AHYA 3ARSA 3QR3A 3WUEA 1B1YA 2DSVA 1HKJA 1UKTA 4Z2JA 1E4NA 1QNPA 3W6MA 3BCDA 4PMOA 1K9FA 3M6DA 2BNJA 3EMZA 2OSYA 1NH6A 3WEOA 1SYTA 5A6BD 3VPLA 4XB3A 1VB9A 3UERA 4MJ2A 3L4YA 2D0HA 5JBEA 1UA3A 3WFZA 3WDIA 2Y2WA 3AIEA 4UOJA 1G1YA 3PTMA 4W5ZA 2PWDA 2IXVA 1EQPA 3I3DA 2DIJA 4MJ4A 2WHJA 3ARZA 1WDQA 3VGBA 5A6SA 3BAYA 1GJWA 1H09A 5BRPA 3W27A 3GXDA 5DFAA 4OZOA 2EPLX 3WMCA 3GH7A 3SIMA 2WKLA 2D22A 3LMYA 4UFLA 1ZB5A 1HP4A 2G4FA 5A6LA 3M7SA 1H1NA 2YDSA 5M3WA 3NYDA 1CGTA 4XX6A 4AZBA 2OSXA 4UTFA 1EDQA 4X0VA 1R7AA 3CUHA 5CGMA 3WH5A 3CGTA 2PI6A 3OLGA 4OJYA 4M56A 4X9YA 1XRVA 3PZGA 4RE3A 1FH9A 3OZPA 5AYBA 3WMBA 2PC8A 5LA0A 3AJ7A 3T09A 4HA4A 1NARA 3N04A 1A47A 5A6BA 4HZ6A 2Q8XA 1V6YA 3BXWA 2GK1A 2GSJA 3A6OA 1WDSA 1E9LA 4W7UA 1TR1A 4UFHA 3ARTA 4W89A 1V08A 2BVDA 1DWGM 4KGJA 2W92A 2VT0A 4WKFA 1Q6CA 3OLDA 4AZHA 1CYGA 5I3DA 1MQRA 1UUQA 5CPTA 2OLHA 3VGEA 1E72M 5ABFA 2CPUA 1OT1A 4F9JA 2WKGA 1GQJA 2X05A 1JYVA 2VQUA 3CBWA 1QOXA 1G01A 2VI0A 2J8FA 4D6HA 3D3AA 1KB3A 1S46A 2IXUA 2E9LA 3CH9A 2VR5A 3SCQA 1JYWA 4RE2A 1AMYA 1HN1A 1ECEA 1W9DM 4MB1A 1F4HA 3MANA 5EB8A 3AICA 1HL9A 3ZJKA 5JBDA 2V3EA 1NWRA 3UETA 5GNZA 1G9HA 4ML4A 1XYZA 1US2A 3ZJ6A 4DM2A 3WFLA 1CEOA 2CETA 3L4UA 1PJ9A 3WENA 4AZ7A 1DP0A 2PWEA 3MUIA 3PZUA 2J7HA 3N15A 1Z32X 3GNPA 4FK9A 1TA3A 2YDQA 2D3NA 4J3TA 3WY1A 2J79A 2WM0A 1BHGA 5D9MA 3WH6A 4AMCA 2WWDA 1E3XA 3QHNA 5A8NA 1KWKA 3ZM8A 1J01A 5E6ZA 3TONA 1XC6A 2WHMA 1B3VA 3QGVA 4M1RA 4LQ1A 4OUEA 1XYFA 5GQBA 1EHAA 1GOIA 1PX8A 2E0PA 2VJXA 2D3LA 1CWYA 2YLLA 2BY2A 3AOFA 3CUFA 4IISA 1B30A 1BG9A 3ZMRA 2GVYA 4LYQA 3WH9A 3B9DA 1ISZA 1DTUA 2NSXA 1KWGA 2CYGA 4YPJA 1BYBA 3KZSA 1UD2A 5D8ZA 2GJXB 1E5NA 4D6JA 1EIBA 4D72A 1NWUA 3LPGA 2YOCA 1CLVA 1OIFA 3WD0A 1VF8A 4U5KA 5I24A 2ZUVA 4U3CA 1QHPA 2VURA 4UOQA 8CGTA 1NOUA 2RGMA 2W5FA 3CLWA 3CMGA 3IAPA 5HNNA 4RL3A 1DWHM 1LJYA 1FFQA 1UD3A 5DEZA 4U5IA 2BHZA 4DWSC 2XSBA 3AIQA 1GHRA 4C7GA 3BAJA 3AROA 1ITCA 4K68A 2BHYA 2FHBA 3GNRA 2OYKA 2G8ZA 1RH9A 4MADA 5D4YA 3WF2A 4PUDA 4LPCA 1WZLA 4UOZA 1CXIA 5KZ6A 1D3CA 1WP6A 1V0NA 3CTTA 2PBGA 5E09A 3VIHA 1OM0A 2DSZA 2YL5A 5I23A 2XFRA 3BSHA 4JHOA 1QI4A 1JYXA 1HJXA 5LA2A 4HMCA 2A3AA 3PZ9A 1PZ2A 1JFHA 3PZOA 3UG3A 3CMJA 3AYSA 2YA1A 4W8AA 4H04A 1UR0A 1VJZA 2CHNA 3WNKA 3FAXA 2XVPA 3WF1A 1FFRA 4GPNA 1VAHA 3AFBA 2VC9A 4NSBA 1V6VA 4PMVA 1U33A 2ZX8A 1TVNA 1BSIA 4AEEA 2XFFA 1E4MM 4EK7A 2WC7A 2J8GA 1QI2A 2W67A 3MMUA 3GH5A 3WNMA 2VRJA 3SCUA 4QLLA 2B31A 1JI1A 3WD1A 3VD4A 1E5JA 1IZKA 1TVPA 3MSDA 1QPKA 3WNNA 5IXEA 1F4AA 4TXEA 4M81A 3VILA 2RGLA 5CSUA 1CGVA 2DPEA 3B9AA 4F9DA 5A8MA 1GOKA 2UWFA 1KBKA 1KXVA 2XPKA 1GOWA 1ISVA 1UKOA 3FHAA 1K9EA 3GBDA 3ALFA 1BGAA 3D5HA 1CGWA 3WEZA 5CG0A 2WVVA 3W29A 2XHYA 1JZ3A 2JIEA 4R27A 1LF1A 3WDQA 2O9RA 2G41A 5TD4A 1E0XA 5A1AA 4M24A 1BYCA 5DMYA 2DT1A 4KMQA 3WUGA 5E70A 3AMCA 4U33A 4CU7A 1L8NA 3K46A 1HF6A 1YQ2A 5A6AA 2YL6A 3BMWA 4AY1A 3RO8A 4CCDA 1M03A 4CN6A 5GPRA 3BGAA 3WQ8A 2J7CA 4QAWA 1W1TA 3WMSA 4BS0A 3K8LA 1J0IA 1YHTA 1QI3A 4UQDA 1ZL1A 1V0LA 4MAVA 2QMKA 3K8KA 1KGUA 4CN1A 2XG9A 4P8XA 5D8WA 4P7NA 4PRWA 5A8QA 5BCAA 2VO5A 1WZMA 4BF7A 1BFNA 3WQ4A 1EXPA 4HTYA 2UY3A 1DEDA 2CERA 4Z2KA 2C7FA 4A4AA 1XCWA 1W9PA 4NRRA 4W5UA 2WNWA 1BLIA 4BQ4A 4UFIA 5JUVA 1GOOA 4JL1A 1C8QA 1GOQA 7CGTA 1FH7A 2XVNA 1ZBVA 2YA2A 1E3ZA 4JCMA 1XH0A 3RILA 2J7DA 3LPOA 2JALA 1NP2A 4AEFA 4E8CA 3N11A 1OBAA 4ZE4A 1MQPA 4PMYA 4J28A 2BXYA 3CHDA 2YDRA 4ZE5A 1I1WA 8A3HA 1ZBCA 3O6AA 2BHUA 4N42A 3TTYA 5BRQA 1GVYA 1GJUA 4D6GA 3MS8A 4UFMA 2VOTA 3IANA 3A3HA 2J7FA 4D6EA 4V27A 2V5CA 1NP0A 1JZ5A 2VZTA 3WKZA 2O92A 3S6TA 3GH4A 1J18A 5DT5A 3VMOA 1QBAA 3CO4A 3W4RA 4CD4A 3PTKA 1E6RA 2WXDM 3AZTA 4MB5A 4AZCA 1V6XA 1BTCA 3QHMA 2ZIDA 3PZIA 4W84A 2OSWA 3L4XA 2Y8VA 4PCTA 4B15A 5IHRA 2BS9A 3ALGA 5E0FA 3ZQ9A 1ZJAA 1VBRA 5HBFA 2BVYA 2W62A 5HDRA 4GZIA 1UYQA 4JKMA 1CTNA 4CGTA 2ZX5A 3CZEA 3VNZA 5BROA 1X6LA 1W9UA 1AQHA 3VD5A 1V0KA 4Y7EA 1V0MA 4F79A 1DWFM 3U7BA 1BQCA 2VX4A 2QV4A 1JAEA 1UH4A 1TUXA 2E3ZA 4W86A 4U2ZA 2YJQA 3UCQA 5DT7A 1EHNA 2QMJA 5D9PA 4AIOA 5CXPA 2OWWA 3OA5A 4H2CA 1HJSA 3POCA 1OD0A 1X6NA 3W28A 4WLCA 5CPQA 3O2LA 3VX1A 3AHZA 5D9NA 3BC9A 1B9ZA 5CZKA 1D7FA 2FGLA 3W25A 1E4LA 3VM5A 1V3MA 3WL0A 1B2YA 3MUZ1 2ZE0A 1JFXA 2OYMA 1PX3A 3CZGA 1ZJBA 1XSJA 2WHLA 4H41A 1CPUA 1ZBWA 1E6NA 4ZXOA 3ARRA 2ZXDA 3FY1A 2OYLA 3VDCA 3WF4A 4CKQA 3G6MA 4MDPA 3VDBA 2WSKA 1C93A 1BPLB 4CCCA 3T0BA 1V3HA 4J27A 1Q6GA 2VZOA 1TG7A 4B9YA 2W66A 1J10A 4OOZA 2WMJA 4GKLA 2WHKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B3K A;  1J0K A;  3PZV A;  3AIR A;  3EDJ A;  2YIH A;  2V5D A;  2ZWZ A;  2AAA A;  2EBN A;  4TX6 A;  4IUG A;  2CKR A;  2J7E A;  3VIM A;  4NI3 A;  4H8U A;  4GQQ A;  1OCQ A;  1H5V A;  3APG A;  5D9O A;  3EDE A;  3SCV A;  3WQW A;  1Q6D A;  3RJY A;  1B31 A;  1C3F A;  2F61 A;  3K4A A;  4UFK A;  2XWE A;  3PHA A;  4AZI A;  3KL5 A;  1JD9 A;  4TVC A;  2WZI A;  1WKY A;  3UR7 A;  1NOW A;  1SMD A;  3ARX A;  1RP9 A;  4HOW A;  3VIG A;  3BAX A;  3WNL A;  1CIU A;  4JFT A;  1CGU A;  2X8R A;  3WBA A;  1TA3 B;  5CGT A;  4W7W A;  2DGA A;  2QLY A;  1HKK A;  1AVA A;  1CGY A;  3CZK A;  1CEN A;  1TZ7 A;  2W61 A;  2WC4 A;  4V2X A;  2ZUW A;  2FH6 A;  4YN5 A;  4HU0 A;  5IDI A;  3VII A;  2XYL A;  3VMN A;  4D6F A;  4GXP A;  3WDJ A;  2YLA A;  3WQV A;  1JG9 A;  2VZS A;  1PIG A;  2G3N A;  3VD7 A;  3L2L A;  1FHL A;  1LL4 A;  3RCN A;  2WZE A;  5I2U A;  3GNO A;  1QW9 A;  5DO8 A;  9CGT A;  4AZ5 A;  1CXL A;  4LYP A;  1HJU A;  3LPP A;  5IFT A;  4DWS A;  2WMK A;  1JDC A;  2XM2 A;  3AQU A;  1BVZ A;  1K9D A;  5EFD A;  5BXR A;  2E8Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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