3W1P | Genus

Total Genus 109

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	109
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__023981672746081__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__023981672746081__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3W1P/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__023981672746081__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"023981672746081","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3W1P/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__023981672746081__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d035c0fec7103c97747060b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d035c0fec7103c97747060b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d035c0fec7103c97747060b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d035c0fec7103c97747060b/pdb.gz): 1553 ms

reading 313 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

313 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:312});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Trypanosoma cruzi
publication title	Crystal structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with 5-ethenyl-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydropyrimidine-4-carboxylic acid rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
total genus	109
structure length	313
sequence length	313
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2012-11-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	3w1pA02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3w1pA01

1B4EA 2E6YA 3R13A 4MJZA 2NXIA 2A7RA 3LTPA 4EVZA 1FX6A 5DCEA 1N55A 1UCWA 3S5ZA 3S0CA 5AC8A 3R89A 1SZGA 4UTHA 4JICA 1TYGA 3LTYA 1QAPA 3P62A 2ZA2A 4TMBA 6TIMA 2YFNA 4WY0A 2GVGA 1UUOA 5D33A 2WOQA 3O63A 5CKSA 2OT1A 2V2DA 3L0KA 2UV8G 4M7TA 3W7KA 1PE1A 1PCKA 4TX9A 3M6YA 4RZ4A 4RLIA 1BEUA 3PBYA 3MYOA 3ABOA 4Y9AA 2C6QA 3GX9A 5K4ZA 4N6EA 4UR8A 2DP3A 2YZRA 4HKPA 5TQLA 2DZWA 1LBMA 1TV5A 2Z2UA 3NZRA 3IGXA 1OX6A 4GRSA 3ZWTA 4OBTA 4DBDA 2R8WA 3GXPA 1LRTA 2VKZG 3N14A 3T40A 5KTLA 1K03A 2B7OA 4AHOA 1XXXA 2EAWA 2BZNA 3RNDA 2ABAA 4NX5A 5I3KA 3LCLA 1IGSA 3MI3A 3G22A 3O6CA 4HN4A 5TBOA 5BMWA 1OJXA 3N34A 4MIMA 4OV4A 3LLFA 4HSNA 3UQNA 5D09A 1GOXA 3BARA 3ZS4A 5F2GA 3PWAA 4WUIA 1XI3A 2TPSA 4WOZA 4KWWA 3P60A 1SZFA 2GVLA 1TTIA 1H7NA 2ISSA 1G7VA 3TH6A 1HO1A 3TK7A 1XBZA 4AHQA 4JR5A 5BRBA 4UTWC 1KBJA 4AWUA 3ELFA 2W0UA 4UFIA 1Y0EA 2Z6JA 3GK0A 2I9EA 4QNEA 2A6NA 3G1YA 3K30A 4AXKA 2ZTKA 1G4TA 3UZ5A 5FF3A 1HG3A 3UNDA 3KAOA 2DZXA 4G1KA 3M5YA 1YLVA 3P67A 4JIPA 5AB3A 3I6RA 4BFAA 5KZDA 4N6FA 3P7YA 1ZAIA 3UWUA 1EUAA 3FYPA 4JTKA 3P80A 2FB3A 4MLJA 1FDYA 1ADOA 1A50A 3I7QA 5LSMA 5CGQA 3W87A 3GZ3A 1L6WA 3PUDA 4AEOA 3F4NA 2ZZ3A 4MZ1A 2NUYA 4M6PA 3C2EA 4PTNA 3MHUA 4MUZA 1J5TA 4ALDA 5K3VA 2JBMA 3DU0A 4X2RA 3W73A 2F7FA 3UXAA 2HS8A 2C14A 4JX4A 2V2CA 3LHTA 3EB2A 1LBFA 2DJXA 1ME7A 5LGXA 4FX8A 1VCGA 4NU7A 1KFLA 2A21A 3LCFA 2VC6A 2A4AA 2ZTJA 3LCIA 3MBFA 4UCGA 3O05A 1GVRA 3CWNA 3RK8A 2E09A 5C5YA 5KINA 3W1RA 4X9SA 4E38A 2J9ZA 4YXGA 4OQVA 3GDTA 4O8RA 1VS1A 3FJLA 2NX1A 3WJSA 4O52A 1SW3A 5FF4A 3NAVA 3MUXA 1OHLA 1LOLA 1H60A 4LV4A 2YDAA 1DQWA 5D30A 3DI0A 1OX4B 1BKSA 3DFTA 4ONVA 1XBXA 3EX6A 2EHHA 4GE8A 3PB0A 3QSRA 2J88A 2PE4A 1QWGA 1WBHA 5DXYA 4N4PA 4WZHA 3LM7A 2B7PA 4IJBA 4UTJA 3E9AA 1KV5A 1L6SA 1H5YA 1TREA 1GT8A 3GDKA 4HPJA 2B7NA 3H55A 5I3IA 4Y8FA 3TC6A 5G1YA 4LWWA 1JCXA 1H1ZA 3UY8A 3E49A 1VLIA 4MYXA 4MKNA 2ZZ5A 1QPQA 3W1MA 3HMJG 5U7SA 5HWMA 4UMCA 1C29A 1ZFJA 4BI7A 2QR6A 5FESA 4LVAA 4GUHA 2WPBA 2H6RA 1TPVA 3ANYA 2TMDA 3RLUA 3TA6A 3BG3A 3B04A 2BX7A 4JYEA 4ZL1A 4L4MA 4PL1A 1TV7A 2A1YA 2WSQA 3F4WA 2VFDA 3UWVA 3DFQA 3NNTA 1ZAJA 2GJLA 3UWYA 3TNOA 4N4QA 3TQ0A 3N9SA 1B9BA 2B4GA 3HG4A 1WAUA 2CZ5A 3PS7A 4OT7A 3JR2A 3CTLA 3W7MA 3FOKA 1AW1A 1ZALA 2VEMA 1W3IA 1H1YA 2XN1A 3MI2A 3NQ8A 2G5WA 2CWNA 2BWGA 1DJQA 1PCWA 2P0OA 2RHGA 4JTSA 3W85A 3MW7A 3QPYA 3M41A 5SWUA 1VYSX 2C18A 2Q3OA 3C2RA 2QCDA 1O94A 1KM3A 3EWXA 4K38A 4O1DA 5AYZA 1TB3A 2YX0A 3M9YA 4IUOA 4PA8A 5K9DA 1FWTA 2VEKA 4CCDA 3DKLA 1MSSA 4D2JA 5LNWA 4HNTA 3IRDA 3LCHA 1MZHA 5C2XA 2TSYA 3NQEA 2ABBA 4BR1A 4UTTA 3NXFA 5FF2A 3QQ1A 3G24A 1YXDA 1YXYA 1VYPX 1G7UA 1GJPA 4LRSA 2ZZ7A 5D2XA 1GZGA 3QC3A 4KFPA 1MXSA 2HS6A 3C3NA 4UXDA 3O8AA 2C0AA 3PG9A 2QKFA 2V9DA 2NZLA 4LVGA 4K39A 3UWWA 5LGZA 3NQAA 1YPIA 1EWDA 1AW2A 4GUIA 3PSWA 3TMQA 4I7UA 5DELA 2X16A 2A5HA 1DV7A 3BW3A 3MO7A 2NUWA 5F1UA 4E2DA 3LXCA 4NXSA 3CM4A 2D73A 1SO6A 3NQ7A 3W7RA 1PL9A 1BWLA 1FCVA 4FB7A 1GG1A 4JN6A 3Q58A 2QUVA 1TSIA 3T44A 3BPWA 4UNKA 1TQJA 2JGQA 2EGZA 4GWEA 1IF2A 4JDBA 2OZ0A 1SSGA 4NVTA 2FPVA 4UTWA 4AAJA 3M7WA 4POCA 1GVQA 4UFKA 8TIMA 2A85A 1SO5A 3QQ0A 5HNRA 1K7EA 4MY8A 5AYYA 2AGKA 4JTFA 3W7IA 1N8FA 1QCWA 2OMAA 1JUBA 4O4VA 4DO6A 2NV2A 3L5LA 2V0TA 1B4KA 1NFBA 3NPXA 1GG0A 2PRMA 1XFBA 4LUIA 1WV2A 4IMFA 3B06A 1JQXA 1H50A 1Z44A 1FBAA 3QZEA 1BWKA 1LORA 2R91A 2V82A 3A5VA 3YPIA 1XDLA 2WSYA 1AK5A 3HG2A 3DBPA 4O1CA 1OYBA 1QO5A 1KV8A 2DZUA 4N9CA 1L2UA 4GNJA 5L9FA 3LXAA 4ORIA 2C19A 1SW7A 4W9TA 2CLIA 4IPJA 1VH7A 3BW2A 5D03A 1T8XA 4MVAA 3ABQA 5AHNA 1MO0A 3P82A 4O57A 1SZEA 4LUJA 2PURA 1W5NA 3M47A 2X1UA 1VLWA 1XBYA 3WK3A 3LLDA 1P0NA 5BOOA 4NZJA 4I7VA 3NO5A 1JCNA 4GFSA 3W2MA 3RLVA 3PM6A 3SW6A 1I2OA 1W37A 2FB2A 4GJ1A 4WXYA 1SW0A 3HGRA 3W7DA 2C15A 4UC5A 4GUFA 4ZMGA 3W7PA 3IIPA 1F6KA 4LC6A 2E68A 4QQ3A 1WOAA 3SIZA 5E1QA 3FS2A 1FQ0A 3FYOA 2YW3A 3M5ZA 2RKXA 4WY0F 4IXHA 5CPMA 4ADTA 3UPBA 1YTEA 1F2JA 3LBMA 3TJXA 4IWWA 1NF7A 1SSDA 1T99A 3ATYA 3WK2A 2J6XA 3GDMA 4UR7A 3PBVA 2BTMA 1ZCOA 1EX5A 4P61A 1EB3A 3ZFHA 1T96A 4ML9A 2A0NA 3GR8A 1EA0A 4AH7A 3NG3A 4UFLA 1NVMA 1DJNA 4QITA 2VFEA 3EX3A 3AJXA 4O17A 3HQ1A 3VE9A 1CI1A 3S8HA 3DENA 4EWND 4UMBA 3P81A 3QW3A 3TAOA 1SO3A 2DZTA 4HSOA 4JS3A 4M6QA 5LHEA 3W7GA 4Y6GA 1LLZA 4UTKA 3HG5A 3CEPA 3OG3A 2ZFAA 3FEMA 3MHFA 4O50A 2E5CA 3ABRA 1GTEA 1FDZA 1ICSA 3L0GA 3DZ1A 5HQEA 4CQ8A 4FNTA 4QM1A 5FEXA 4PH6A 3KXQA 5HINA 1K8YA 3NL2A 3HO8A 2QCCA 4QJ1A 3P8JA 3MP5A 3Q37A 3W74A 2CLMA 3EKZA 5C54A 4UTIA 1HUVA 4UTTC 6ALDA 1XDMA 3GXTA 1O95A 4NX0A 1JJKA 2BLEA 1R46A 5AHLA 3GKAA 4ZQPA 1Q6LA 2GPTA 3U6WA 1I2PA 2CU0A 2GVJA 4R33A 1H63A 2IQTA 3W7EA 1SO4A 1LLWA 3NOEA 4KWVA 1LOSA 3R2GA 5CZTA 2YYUA 3I7SA 3W86A 3W2NA 1GQNA 1QMLA 3PB2A 1TO3A 5CPNA 2A6LA 1EEPA 1OK4A 4JTJA 5K4XA 4KKXA 5CZSA 3HF3A 2RDUA 1WX0A 2WNQA 2Y88A 3QMTA 2JKEA 4A29A 3EXTA 4EF8A 1LROA 3N73A 4PC8A 4LOCA 1U83A 4CCCA 3QRHA 2Q8LA 1V7YA 4M19A 3VI2A 3S1XA 3NZ1A 1LZOA 2WO5A 2NXGA 3PY2A 1I2QA 3NGJA 3KRUA 3KVJA 4O12A 2C13A 3QFEA 4NJHA 4QISA 2WSRA 3L5MA 2H8XA 4A21A 2GQAA 3G0SA 4DQWA 4TIMA 4GXMA 3GVGA 1AMKA 5EKYA 4CNOA 3A24A 1OYCA 3W7QA 2FLIA 2RDWA 5KZEA 1KFCA 3QPZA 5CZ0A 5D04C 3W1LA 5E93A 1G4PA 4XTDA 3PUOA 5D2WA 3ZWSA 1I4NA 1I8JA 3IGUA 3BG5A 1LDCA 3IV3A 4FNPA 4AWTA 1KTCA 2OCZA 1ZHAA 1VQTA 3BG9A 3D0CA 3W7HA 3GDRA 2ZRVA 1OF6A 4HNUA 1LP6A 2Y6ZA 3S5NA 4WOQA 3BLIA 5EPDA 3EXRA 1WYIA 4ORMA 3W7CA 2H3DA 3FA5A 3LV6A 3KVLA 3N2MA 4K6AA 3WJYA 4RCXA 4RR4A 3PF3A 4NJGA 3W3OA 2FFCA 4E0CA 2W6RA 3NPWA 3W70A 3M0ZA 4FNQA 5HUOA 3L66A 3VKJA 3FLUA 3KVMA 4UTMA 1NSJA 2NLIA 5EL1A 1DL3A 1EP1A 1UB3A 3G0XA 1SR9A 3THQA 4XKYA 4Y96A 3GR7A 4JY8A 3G1SA 3CEUA 3W7OA 3TIMA 1KM6A 5K9CA 3O6YX 5EA9A 3LX9A 3CIWA 1W54A 4A2SA 2QCFA 3G3MA 3EWUA 4ZVJA 1A5AA 1KM4A 4LC8A 2AAMA 4UMAA 2VFIA 1H7OA 5CPOA 5C6MA 3A22A 1JVNA 4ZQNA 5KSWA 3DXIA 2ZZ1A 3TMLA 5AC7A 3RFAA 3STGA 3QW4B 5A5WA 2ZCGA 3IVTA 1T0OA 3C2VA 3R5EA 1DOSA 1F73A 2WKJA 3OA3A 4AHPA 3BO9A 3CLMA 5AOUA 2X2GA 5GVJA 5KZMA 3BLFA 1AW5A 2Y63A 4OV9A 3UWZA 5HMSA 2BXVA 1Q6OA 3IIZA 3S42A 1RQEA 4O4WA 1DBTA 3NA8A 4Z1BA 3FIGA 1TPWA 4JX5A 3F03K 3I7RA 1SFLA 1KTNA 3L2IA 1R2TA 2VFGA 4O13A 1A53A 4Y90A 1JUKA 5H2ZA 3T55A 4K8EA 4RX0A 1JRCA 2QDGA 5F1VA 1H7WA 4IGHA 3QYQA 3WK0A 1V5XA 2RFGA 4OE7A 4NJJA 1K3UA 4ZQMA 2WNZA 1WQ5A 3T4CA 5FEZA 4LNYA 3E12A 1OX5A 3LI0A 1KM1A 5AN7A 4A22A 3BVJA 4LY8A 5FEPA 1ZAHA 3QEZA 5HWNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W1PA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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