3W22 | Genus

Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	107
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__206783320805358__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__206783320805358__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3W22/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__206783320805358__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"206783320805358","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3W22/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__206783320805358__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Trypanosoma cruzi
publication title	Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with MII-3-125 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
total genus	107
structure length	313
sequence length	313
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2012-11-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	3w22A02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3w22A01

1GEQA 1QOPA 2E6DA 1QCWA 3CB8A 2YX0A 3PM6A 4UFKA 1G67A 2VFFA 2GVLA 3M7WA 3HJZA 4QQ3A 3TNOA 4CQ9A 1W0MA 4HSNA 6TIMA 5AHFA 4MIMA 1OK4A 3IIOA 2VFGA 4K6AA 1KM6A 2CLEA 5BW6A 3G1HA 4CQ8A 3LCWA 2QCFA 1W5NA 1ZENA 3MHFA 3KOFA 2QCCA 5G4WA 3ABOA 5E93A 1KFJA 3HF3A 4UTTA 2RHGA 1F6PA 1ZJIA 4L4LA 4O8RA 1QDSA 2A1YA 4CNPA 4EOUA 3PG8A 2A2IA 3GDTA 1ZALA 4GUJA 2V81A 5AFDA 3EXRA 3ABQA 1I2NA 4GWEA 4CCDA 1XBVA 3UZ5A 3O15A 5DCEA 3S1WA 5EMUA 3QMTA 3F03K 4EVZA 4QM1A 3FKKA 4JD4A 2ZTJA 4LVDA 3GX9A 4NUWA 5HUPA 3NQ6A 4M7SA 1SZFA 4KWWA 3QMSA 3EWYA 4O1BA 4GC4A 2DZPA 4O54A 2WV8A 3STFA 3OEXA 5D2YA 2BWGA 4EF9A 1UUMA 1P0KA 3FKRA 4OHQA 4UFLA 4EF8A 5DCDA 5G2WA 3OVRA 1OJXA 1N55A 5E0KA 2A85A 1FDZA 3DFQA 4O0KA 3HMJG 1XBZA 2NX9A 3P81A 5AHEA 5CGQA 3R13A 4AMAA 3EX2A 3BG5A 1L6WA 1UCWA 1R47A 4UTLA 2FTPA 1QPRA 1SSGA 2Z6JA 2O7SA 3KVMA 3O06A 3M41A 2QCMA 2NXGA 1QAPA 3GDMA 1HL2A 2YSWA 5AC7A 1SO6A 3PY2A 1KM1A 4JYEA 1KBJA 1GYLA 2RKXA 3CLMA 2ZRYA 3IGXA 4RXFA 3QW4B 2FPTA 4ONVA 3LRKA 1KFLA 3WJXA 1LORA 5BMXA 1MXSA 1VLWA 3G3MA 1VRDA 5HQEA 3E96A 3FJ6A 2NXIA 3W73A 3KVKA 2A7RA 1Y0EA 3NA8A 4AF0A 1KV5A 1SZEA 1OFRA 3LGEA 3EWUA 1LRNA 3QC3A 4WY0A 2C18A 1DJNA 3PUOA 2DJXA 2ISSA 2ZZ6A 3W1AA 3W7QA 4ZQPA 3HPXA 4FHAA 3EX4A 3GNDA 5FEXA 3C6CA 2X1RA 4DPPA 4DF0A 4HNUA 1TV7A 1D9EA 3IV3A 4UR8A 1PS9A 3W7CA 4FNPA 2PC4A 1KLYA 3YPIA 1F73A 3NL2A 1I2QA 3G8RA 3LI1A 5DLCA 5DY2A 4MPQA 3JRKA 5J5RA 4RZ4A 2ZZ2A 1XM3A 4RX0A 2ZCGA 3NG3A 3D0CA 5AHIA 1RD5A 3M5YA 4Z1DA 1B4KA 5AHMA 2Y7EA 2BLEA 3NQDA 4JTKA 1SFLA 2H8XA 4OBTA 3EX6A 6ALDA 1TPDA 3GXTA 2BZNA 2Q3OA 2B7PA 3N9RA 1Q6RA 1I8JA 3QYQA 1QMLA 1WDWA 4WXYA 3Q37A 3L66A 4ZMGA 4M19A 2IQTA 2E68A 2VEMA 4UTMA 3VFLA 3KRSA 4N6FA 3LCIA 3OVPA 4MLRA 3INPA 2Y6ZA 3PR2A 5BRBA 4CCCA 1G7UA 4NQ1A 2NV1A 5D05A 4OU1A 3GKAA 5AB3A 1FCBA 1JQVA 3G0SA 1M6JA 2WNZA 2ZZ3A 2FDSA 1X6UA 2Y88A 3W2LA 4ADTA 5D2WA 1ZAHA 1QR7A 2QCDB 5DXXA 1VC4A 2YYUA 2I1OA 5C5YA 4A2RA 3W1UA 1O4UA 1OHLA 2CLMA 3L9CA 4JTHA 4UR7A 1G7VA 1LOLA 5K7JA 2CLHA 4LU0A 4Y6GA 4FXSA 1LZOA 1DKWA 1K8XA 5FEZA 1RR2A 1SPQA 4O16A 1H62A 3L5AA 2Y7DA 3B0PA 3ATZA 2ATSA 3G3DA 2VOMA 1Z48A 1B9BA 3PG9A 4UMCA 2B0MA 4JTGA 3P84A 1LOQA 4MKNA 1H5YA 1U83A 3C2EA 3KVLA 3TH6A 4TU1A 3UD6A 4TR9A 3GDRA 3P7YA 3TK7A 4ZZ9A 4K36A 2FB2A 1G4SA 1W3NA 3BLIA 3A21A 1L6YA 3W7GA 3G24A 3LCGA 2BX7A 3M43A 4BR1A 1D3GA 3NM3A 4AHQA 3UXDA 1F05A 1WOBA 3NQ7A 4NT0A 5HULA 5G1TA 4PCFA 3P8IA 3HGOA 2Y61A 1OG0A 1VCVA 3WFAA 1KV8A 2VEIA 1LDCA 2GOUA 2QCEA 3NPWA 4WXZA 2YFNA 1W31A 3G1AA 3QEZA 1NF7A 3L68A 3DKJA 3MP4A 1TQXA 4O28A 1KLZA 4M6VA 1OF8A 4PODA 3HGSA 1NAL1 2WNQA 4K38A 4A29A 3TV8A 3KX6A 3LLFA 3TFCA 3LXAA 5EA9A 1K02A 4NXSA 3EWZA 2YYTA 1T99A 4GFSA 3FJLA 3LXCA 4YL2A 3DFNA 3EWBX 2RH9A 4X9SA 1S5WA 2V30A 3U2OA 4RKAA 2B7NA 3ELFA 4JTEA 5EY5A 2ZZ4A 1RPXA 1OX5A 1VQTA 1I2OA 3LHUA 5CZSA 1G4EA 1LROA 2UV8G 1FWNA 5HR7A 1HTIA 4NJIA 1ZAIA 4YXGA 3MO7A 1HFBA 2KZHA 1R46A 3MBDA 1GPWA 4WX2A 1ZHAA 3GR8A 3NQ2A 3EB2A 4I7UA 2HS6A 3MW7A 4MJZA 1SFJA 4ZVJA 1TJRA 5CZ0A 1GT8A 3P5YA 4DBDA 4NJJA 3MP3A 1YXDA 2Z0IA 3DENA 3NZRA 5LZLA 1TV8A 1WBHA 4UNLA 3UWZA 4JGDA 1P0NA 2FPYA 4FX7A 1A50A 3M6YA 4JICA 1K7FA 3KVJA 4MFEA 5TBOA 4KWVA 1SW0A 3MWAA 4N2YA 2QCHA 2PURA 2PCQA 4LY8A 3TAKA 4UFHA 4WQ6A 3CU2A 2QAFA 5KZDA 3VKJA 3DFSA 3W86A 1H50A 2A6LA 5F1VA 1UB3A 2QAPA 5H2ZA 2AGKA 3PUDA 3L2IA 1DORA 3CT7A 1H7RA 2A5HA 3NPUA 1Q6QA 3W7LA 3W88A 2CFFA 4O14A 1M7PA 4O57A 3TW6A 3FYOA 3M44A 1KM3A 3O6DA 1XUZA 3FOKA 2OJPA 3W7EA 3W6YA 4O13A 4QNEA 1FQ0A 3NNTA 3OVQA 1PV8A 2TPSA 4MOZA 7TIMA 4HT3A 3B0VC 3PBVA 2QCLA 2I14A 4JTTA 4JN6A 4YMZA 1ZCOA 3NGJA 5CG7A 1TIMA 1TMHA 4IPJA 3TFXA 1ZAJA 1VR6A 2PRLA 2QJGA 4ADSA 3QPYA 3GDLA 1WV2A 2Z6IA 1ML1A 4OWGA 1TTJA 5DBUA 1V7YA 2H90A 3W1XA 3NEVA 3G18A 4LV4A 1W54A 2FPVA 1VGAA 3HQ1A 3LM7A 4AWUA 2W6RA 1XBXA 4FNQA 4CLMA 4JS3A 1VZWA 1XBYA 3LX9A 1MO0A 4UTIA 3TC6A 3TKFA 4ZQOA 4M5PA 1MZHA 2C19A 3HPZA 4ZQCA 5HMSA 5I3IA 5F2LA 3STEA 5F2MA 3HG2A 1EP2A 1R2TA 2A21A 2O7QA 4HHPA 5ABTA 2PE4A 1HO4A 1RVGA 2X1SA 4HN4A 5KSWA 2B7QA 3TU9A 4LOCA 3FYPA 1AG1O 1YPFA 3I6RA 4O0ZA 5TQLA 3ATYA 2JK2A 4K7VA 1OX4B 5FF2A 2VC6A 1W5PA 4Z1BA 4AVFA 4FIRA 4NXKA 4LVGA 3BG3A 3VE7A 1H7OA 2G96A 1KW1A 4FNUA 4O17A 2ABAA 3W1RA 2CZFA 2JKAA 2V2CA 4IMDA 3GYEA 4IMGA 4HNNA 1F5ZA 3TQKA 1OFOA 3LBCA 3Q2DA 4JDBA 2R91A 4O4VA 4FEZA 1LBLA 5AN7A 5LHEA 4GJ1A 1SQ7A 2J27A 2QJHA 4QISA 2Y7GA 3UY7A 5D09A 2CLKA 4E2DA 3S9YA 3F4NA 3UYCA 5D33A 3R5EA 1G69A 1ZY9A 2X30A 4EWND 1ICPA 5LGXA 4ALDA 3R12A 3P8JA 3A24A 3LV6A 4DPQA 2WO5A 3BPWA 1VS1A 4IX0A 4UTWC 2VEKA 3W7PA 3T7VA 4M7TA 4XTDA 2X2GA 4JTLA 4AWTA 4Z1CA 5CKSA 2NZLA 3N14A 3PBUA 3W7JA 5E1QA 3S5YA 2FLIA 1LBFA 2RFGA 1KM4A 1TSIA 1VHCA 3W70A 1M7OA 3QF0A 3LOTA 2WSQA 1X1OA 2DORA 1C9DA 4LW7A 4MYXA 2VFDA 3T40A 5LNWA 5HNRA 1YXCA 1B4EA 4FX8A 1LLWA 1YXYA 4LNYA 3DI1A 4JTFA 2YGYA 1JRCA 3WK3A 2V9DA 5DN1A 5IBXA 4PC8A 3IRDA 1EIXA 3W9ZA 5IM51 4B5NA 4XZ9A 1YDVA 2Y62A 1DQXA 3CEUA 2NWRA 1GYNA 1JVNA 1ME9A 3GR7A 1TPVA 5K9XA 2ZRXA 4WJEA 5HWNA 1RZMA 1TRIA 3W7KA 2NUXA 3P82A 4O15A 3BVJA 4XKYB 3W1QA 3P67A 4BK9A 2NUYA 1P1XA 3K30A 4NVTA 3NVTA 4GBUA 1W8SA 2J9YA 3DBPA 2DZVA 4JNMA 3T4CA 5D02A 1IXPA 1H7PA 1JUEA 5TIMA 3FLUA 1QOQA 3HGJA 3EX3A 4GUIA 2GUUA 4O1CA 1IF2A 4ZL1A 2JGQA 3LHZA 2J88A 4UC5A 3C0JA 4Y9AA 3TE9A 2ZA3A 4MLJA 4NJGA 4C1LA 3H54A 1QPQA 5BMWA 2I9EA 3SFKA 4UTKA 3H53A 1VCGA 2WNNA 4JY8A 1TO3A 1ICQA 1Q6LA 4AEOA 1B57A 4WUIA 4XBKA 2P10A 2CLOA 5L9FA 1C29A 3RK8A 2GPTA 4PA8A 1OFDA 2VFEA 4GXMA 4AH7A 4FIQA 3W23A 2QJIA 5AC8A 1EUNA 5KZMA 3VCRA 1O5XA 4HNVA 3HB9A 3SIZA 3IIXA 2NWSA 2X1UA 4IUOA 4DO6A 3GLCA 5LNVA 3GAKA 1SZNA 3N34A 1F76A 1OK6A 4XQ6A 2E5BA 2ZZ1A 3IGUA 3DU0A 3LHVA 4KKXA 1J5TA 1TB3A 1AL7A 3W84A 3P61A 4LVFA 3KHJA 1OYBA 1K8ZA 1KTNA 2V82A 1WX0A 1BEUA 2GQ8A 3DI0A 2JBMA 4NZFA 3JS3A 4DO4A 5F2IA 1FX6A 4EIVA 5D2VA 2W0UA 3AO0A 1MSSA 4OT7A 1GOXA 3TR2A 3C3NA 3BK0A 4MZ1A 2ZTKA 4N4QA 1E51A 3M47A 2QF7A 4FO4A 4O10A 1W56A 4K8HA 3W07A 3UZJA 1FWTA 3A5FA 3IIZA 1U5JA 2ZZ5A 3C8FA 1AK5A 4JEQA 2WOQA 3BGJA 4JYDA 4ZQMA 1K8YA 4MVAA 1OYAA 1XL9A 3G1SA 3G0UA 3LB0A 2NUWA 4YCOA 1GTEA 1NVMA 4RV8A 5AYZA 3S42A 2C16A 1VCFA 4JTIA 2G5WA 4XBSA 4A21A 4NZJA 1M5WA 1UASA 3MYOA 5LNSA 2Y70A 1O60A 1H7WA 4P2VA 3USBA 1W3TA 4BI6A 1GVOA 1WYIA 3CWNA 2ABBA 4JXCA 2CLIA 3RU6A 3A22A 5F1UA 1OFEA 4R7JA 1EP3A 3WJSA 3UWQA 3HBLA 4JYFA 3CPRA 2QUUA 4N9BA 3MBFA 3EWXA 4JTSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5CPN A;  2G50 A;  1B3V A;  3NQM A;  3NTY A;  1GVR A;  3UG5 A;  2Y85 A;  3CS2 A;  2QV4 A;  1MI3 A;  3VNI A;  4RDZ A;  1SR0 A;  4MUZ A;  4PUJ A;  4LSB A;  4XO6 A;  4LUI A;  1OFP A;  3RM4 A;  5D30 A;  4UTF A;  1XLL A;  2GK1 A;  3F2C A;  1A3H A;  2VHL A;  1TWW A;  5DRC A;  1DIE A;  3NGF A;  3E6E A;  4H2H A;  4AD5 A;  2Y7F A;  5FSD C;  1FWR A;  5DCB A;  1RQE A;  3MHG A;  4H83 A;  3W7I A;  4S2C A;  3N9K A;  4Q4P A;  2B7O A;  3QR3 A;  4V33 A;  3CAQ A;  4K1W A;  1VPX A;  1U33 A;  4K2S A;  3TA9 A;  1K3U A;  4XWU A;  1N7K A;  5E9X A;  3AS0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W22A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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