3W25A

The high-resolution crystal structure of tsxyla, intracellular xylanase from /thermoanaerobacterium saccharolyticum jw/sl-ys485/: the complex of the e146a mutant with xylobiose
Total Genus 119

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
TIQNDIPDLYSVFKDYFPIGVAVDPSRLNDADPHAQLTAKHFNMLVAENAMKPESLQPTEGNFTFDNADKIVDYAIAHNMKMRGHTLLWHNQVPDWFFQDPSDPSKPASRDLLLQRLRTHITTVLDHFKTKYGSQNPIIGWDVVNAVLDDNGNLRNSKWLQIIGPDYIEKAFEYAHEADPSMKLFINDYNIENNGVKTQAMYDLVKKLKNEGVPINGIGMQMHISINSNIDNIKASIEKLASLGVEIQVTELDMNMNGDVSNDALLKQARLYKQLFDLFKAEKQYITAVVFWGVSDDVSWLSKPNAPLLFDSKLQAKPAYWAIV
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI1 (3-6)3H1 (9-13)TIV1 (14-17)TI2 (13-16)S9 (286-291)S1 (19-23)TIV3 (47-50)AH2 (65-78)TI3 (24-27)TI4 (29-32)3H5 (296-298)AH1 (33-41)3H2 (53-55)TIV5 (90-93)TI5 (49-52)TIV4 (55-58)3H3 (95-98)AH3 (110-132)TII1 (59-62)TVIII1 (57-60)S3 (81-84)S8 (246-255)AH4 (158-163)AH5 (166-178)3H4 (133-135)S5 (183-188)TIV7 (144-147)TI8 (149-152)O1 (155-157)TIV8 (188-191)TI9 (179-182)AH6 (196-211)TI10 (190-193)AH7 (230-242)TI11 (191-194)O2 (213-215)TI12 (225-228)TI13 (282-285)O3 (291-293)TI'1 (256-259)AH8 (262-282)TIV10 (302-305)TI15 (311-314)S2 (44-47)TI6 (100-103)S7 (223-225)TI7 (103-106)AH9 (318-323)S4 (138-145)S6 (217-220)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Thermoanaerobacterium saccharolyticum
publication title Structural and functional analyses of catalytic domain of GH10 xylanase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycoside hydrolase family 10
total genus 119
structure length 324
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2012-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3w25A00
2ZXAA 1KQZA 2IXUA 1W9XA 5GNXA 1F4AA 3CHEA 4TX8A 4AEEA 1EDQA 1UH3A 2XFRA 4NRSA 4AC1X 1EHAA 3WUGA 1Q6GA 3GZAA 3K8KA 2XVPA 4J7RA 4W87A 5CSYA 2ZUSA 3BMVA 1XYZA 2WNWA 3PTKA 1E56A 1TVNA 4M81A 2D22A 2BFGA 1K6AA 1LL7A 3T09A 3GDBA 2QHAA 3WQVA 3RO8A 1KQYA 3CHFA 3WD4A 3AIRA 3ZSSA 3FN9A 5A1AA 4U3CA 3NIYA 1TCMA 4E4PA 3UEQA 4MDPA 3RMEA 1L0PA 4FLSA 1ISYA 3WY1A 3F5KA 5FCZA 4N0RA 2E9MA 4QLJA 1IV8A 2F61A 4KH2A 1LLOA 2JIWA 2PB1A 4P8XA 1DWIM 5CLWA 2WLYA 4HA1A 5D8WA 3T2PA 1XHGA 4JFWA 1AQHA 1RP9A 3WFLA 4D1JA 3CUHA 2ZWYA 4D6CA 2VZTA 1H49A 1B90A 2QMJA 5TD4A 2Y8KA 4B3LA 1Y7VA 4MNMA 4CCCA 1ISZA 2G3JA 1VAHA 4FMVA 3A47A 4CN4A 4UFKA 3DHUA 1EO5A 2DH3A 3ZSTA 4B16A 3FXYA 2J8GA 2ZXBA 5BXPA 1FOBA 3VMPA 4J3XA 1GOKA 5ECUA 2W63A 1V6XA 1EH9A 4U2ZA 1BAGA 1QOXA 2VQUA 1V02A 5CGTA 4F8XA 2DSZA 2OSWA 2BNJA 4AD1A 4B3KA 2E0PA 1MFVA 3BC9A 4AZ6A 2VZSA 1WZAA 2WKLA 1VFUA 1VEMA 3IJ9A 3ZJKA 4UQEA 3CGTA 5AYIA 3T0AA 1I75A 3DYOA 4JHZA 4AZ5A 2CCRA 5I0DA 3VNZA 3KEHA 2FHCA 4JCMA 4W5UA 1E1FA 2ZUNA 1HP4A 3ARTA 2GJXA 3BAIA 3WNKA 1UZ4A 5E9AA 3VD3A 3WUBA 1CXHA 1BG9A 3UR8A 3RILA 2G41A 1SYTA 4HOZA 3FY1A 3S2CA 1NP2A 5D9OA 3AXXA 3EYPA 1UWUA 1V3MA 1QHPA 3SEPA 2WMKA 4AIUA 1EOKA 3SCRA 1MQRA 3AYSA 4CN1A 3VTRA 4P8VA 2YKKA 3TTSA 4UFMA 1OINA 1WO2A 4CUCA 2V3GA 5E6ZA 4WLCA 1B9ZA 3DECA 3NDYA 3GH4A 1HIZA 1E40A 4IM4A 2VC9A 3IANA 1PBGA 2ZWZA 5FL0A 3BGAA 4FLOA 3VOCA 1JNEA 5CPTA 3MU7A 4UR9A 5CLTA 3W6LA 2G3MA 2FGZA 3GM8A 3QHMA 1TR1A 1XGZA 2A3BA 4HZ7A 3ZIZA 1GVIA 2W5FA 1ITXA 3T2OA 3TP4A 2ZUMA 2GUYA 1X1NA 2HVMA 2WKGA 2GK1A 2VZOA 5A6AA 1JD9A 1CLXA 1C7SA 1E4LA 7TAAA 3WL0A 3W38A 2WLZA 1KXTA 4LYPA 2J75A 1ZS2A 1PZ2A 1HJXA 2Y4SA 3VUPA 4AY1A 4QP0A 3CHCA 2WMGA 1BYAA 5GNYA 4P7QA 4W8LA 3WNMA 4XV0A 4W85A 1W2PA 3GBEA 2E4TA 5LYRA 2RGLA 3AS3A 1C3FA 1ZJBA 1E4IA 1UKSA 1WDPA 2BVYA 4J3TA 1WZKA 4X0NA 4PMQA 1UD5A 1JZ3A 4PUEA 2XFYA 2EQDA 2WBKA 2XG9A 2DT0A 2DQXA 1PZ3A 3PN8A 1W9PA 5I23A 1UZ1A 1FP9A 3UCQA 3HMCA 1XSJA 5GNZA 1ODUA 4JCLA 1B3ZA 1CLVA 5A6KA 3AHVA 4IPLA 1UR0A 5BXRA 4WSKA 3N15A 3SCWA 1E6ZA 1J01A 5DT7A 2O9PA 1CEOA 4ZE5A 1XH1A 1VEOA 2WVTA 2YJQA 4KGJA 3WH9A 1UD6A 5AY7A 3WELA 1HL9A 1UD8A 4CVWA 1G0CA 4JFSA 3QR3A 1CPUA 2XGBA 3WN6A 2OYLA 3W0KA 1C92A 2J25A 2ZX8A 1BVNP 4PMYA 1QI4A 1MFUA 2GFTA 3G6LA 4GI6A 1UG6A 3MUZ1 3MUIA 4M29A 4NRRA 5IHSA 1W1PA 4JZ5A 1B2YA 5C8BB 3FHAA 1UUQA 8A3HA 5DF0A 2WAGA 3A4AA 3ALGA 5M17A 3OLIA 3WIJA 4LXFA 1OT2A 1WZMA 2OYKA 3WDHA 1DP0A 1GNXA 1CNVA 2ESCA 2GJXB 3THDA 2WHMA 1KXQA 3VGFA 2CKRA 3PZOA 3W25A 1W9VA 5BRPA 3N13A 1GONA 3PZGA 2X0HA 1QNSA 2VNCA 3WMCA 1JFXA 3F5LA 1UWIA 2TAAA 1K9FA 3RJYA 1OB0A 1VFOA 3CZKA 4UNIA 3K1DA 1P6WA 4P7NA 3PZTA 2A3EA 1WZLA 1NH6A 1BGAA 1DWAM 3AXHA 4H8UA 4B15A 1UD4A 4XZWA 5CXPA 2EPNA 3N11A 1BGGA 1DWFM 3SUUA 1HKMA 2HISA 3WMBA 4MPKA 3VM5A 1JF6A 1CGWA 3O9NA 2YDRA 4Q7NA 4S3JA 5JBFA 5BYWA 1E6RA 1HVXA 4CD5A 1MXDA 4D6HA 3VIJA 1H0IA 2DSKA 4W7VA 1WP6A 5DO8A 1S46A 2X2YA 3SCTA 3QHNA 3KL5A 1W3LA 3WQWA 1DTUA 2GK1B 1HKIA 2GDVA 2BY0A 2QV4A 1B3VA 3VD9A 3K4DA 3FAWA 4CCDA 3N17A 1KGUA 3FW6A 2W62A 1BSIA 4R27A 4GZEA 1HN1A 3ZJ7A 3TOPA 4J3WA 2FH8A 2OWXA 2WCGA 1JG9A 3ZO9A 2XHYA 3GXFA 3EDFA 1KWKA 4UOQA 2X8RA 4OUEA 2EBNA 3RM9A 7CGTA 1JZ7A 1BF2A 1XSKA 3J7HA 3ARYA 3MKKA 4EKJA 1HL8A 3AXIA 3BAXA 4PMXA 1SFSA 4WSJA 3VDCA 4DM2A 1GOOA 1FH7A 4RE2A 4UQDA 1PX8A 3APGA 2YBTA 1HJWA 3I3BA 2VZVA 1JD7A 2BS9A 4JL1A 1E3ZA 4DM1A 1H2JA 4W8AA 3HN3A 1Q6FA 2E40A 1W1VA 1J11A 3HU7A 2YL8A 1D2KA 4U2YA 5KEZA 5LA1A 1W9BM 4AWEA 3GH7A 2JEQA 1FP8A 2JE8A 4DWSA 3ZQ9A 2DSUA 3TTQA 1Q6CA 1UYQA 1ISXA 4BA0A 2YA2A 2J7GA 4JKKA 2DGAA 1FH9A 1US3A 1L8NA 3L4WA 3PBGA 1H09A 2XYLA 4PTVA 1PIFA 1UOKA 3TTYA 3CUFA 5A95A 4LPCA 2VR4A 1OD0A 4H41A 4CU8A 2PWEA 4UQAA 4YN5A 1BG4A 1GPFA 2W91A 5CZKA 3UESA 4X0VA 3PZUA 1LF1A 1CGYA 2XVGA 1GQKA 1MWOA 1PJ9A 3QOMA 1W1TA 2WC3A 3S6TA 1TG7A 2XWEA 3L4VA 1GHRA 5E0CA 4M24A 1KCLA 3CUIA 1V6WA 3BAYA 3CZLA 2EXOA 1VEPA 2VX4A 4J3SA 1CTNA 5EB8A 3L2MA 4TTGA 4RE4A 3GXMA 2X1IA 4RL3A 2YIHA 2W92A 2Q8XA 4W8BA 5A2BA 5ABFA 1HJSA 2J7BA 1AQ0A 3GTNA 4V27A 1JAKA 3A6OA 1WKYA 1U33A 4OOZA 1PAMA 4CGTA 4QCFA 3AIQA 5E6YA 1OCQA 3T0BA 5I78A 1VB9A 1UD3A 3CO4A 1V08A 3SURA 4YHEA 2Z1KA 3OB8A 4DWSC 1XC6A 1KB3A 2ZUWA 2YDQA 3WSUA 3WBEA 4MAVA 5A69A 1WDQA 5IFPA 3VIHA 3ARWA 5A6BD 4M80A 4OOUA 4H2CA 4D72A 3AYRA 3I3DA 2ZUVA 4MAZA 1DHKA 4JKLA 3WH5A 1F4HA 4AISA 3AROA 1SMAA 1ZBVA 2IUZA 1JZ8A 1W3HA 1BPLB 5F7UA 1CXLA 2XVLA 1E5JA 3MMWA 3W27A 4HOWA 3BAJA 5JUVA 4TX6A 4PMNA 2B31A 3AI0A 5A6MA 1H4PA 1UKOA 2D3LA 3LPFA 1J0YA 3M6DA 1MW0A 5BRQA 4MJ4A 1V0KA 3ZR5A 3W29A 1K9DA 2BHZA 3MS8A 4A4AA 3VD5A 1JI2A 3SUTA 1BFNA 1H41A 2BY2A 2V38A 1QI0A 5A2AA 1ZJAA 2WHKA 1OD8A 2DDXA 1GOWA 1JZ5A 3AHTA 3VGDA 1QHZA 1GZJA 3VX1A 1GHSA 2XIBA 1GQLA 1E0VA 4WJXA 4D6DA 1W2VA 4TVDA 4TVUA 3QGVA 3CZGA 3UERA 2WVUA 4OBRA 4W89A 1FFRA 1V3KA 3AZTA 4P7LA 4UOZA 2E3ZA 5LA0A 1J9YA 1R7AA 4JFTA 3K8LA 1ISVA 4MB5A 3VMNA 1UH4A 5AYBA 1V6YA 2D0GA 4J3VA 3WQ6A 1HX0A 5EMYA 1W3JA 1CGVA 1GJUA 2PWFA 2EPMX 1YQ2A 2DT3A 4DWSB 4PSRA 2D20A 1KBBA 5CPSA 1CDGA 1J0HA 1ISWA 2PC8A 4BQ2A 1GQJA 1NWTA 1E72M 3ZR6A 1NOWA 3ECQA 4J27A 1J0IA 1ODZA 3VIMA 5E09A 1V0MA 2CBJA 5BROA 4UFJA 2EPOA 4AD4A 1NQ6A 4DUVA 3SCSA 4F9DA 1BVZA 1J0JA 2GJPA 1QNPA 2PWHA 4LX4A 2V5DA 4P8UA 2WMHA 2MANA 3RM4A 9CGTA 1EHNA 3EMQA 1V0LA 4A3YA 2A3CA 3EDJA 3WDIA 1WNOA 1JIBA 1OIMA 4PCSA 3VD4A 2X09A 1TVPA 3ZMRA 1RH9A 5EBAA 2D2OA 2XUCA 4JFUA 2BY3A 4TXEA 2WWDA 1QI2A 2D3NA 3JUGA 3FNDA 1OSEA 2IXVA 4ATDA 3A3HA 1UH2A 4DUXA 4W88A 1CXFA 1CENA 3W53A 2GDUA 2EJ1A 1KWGA 2O92A 1E6SM 3SCQA 5D9MA 5ABFB 4B9ZA 1PIGA 3UG3A 1UR9A 3HJEA 3CZ8A 4IPNB 4B9YA 1WPCA 5A8QA 3OA5A 1QNRA 3W24A 4C7GA 1GQIA 1R87A 2G3IA 4PBGA 1UR4A 5JIPA 4CD7A 4URIA 1E6QM 1PEZA 2J7FA 4J3UA 1VJZA 4CVUA 3VIGA 2J47A 3B9AA 5A8MA 1V6VA 1ZBCA 1CGUA 2ZOXA 1JZ2A 1R7OA 1Z32X 1XCWA 2WZEA 4GIAA 4QLLA 5HNNA 4UQBA 4BCEA 2VX6A 3N12A 4PMZA 4AEFA 5A2CA 5HOSA 2Y2WA 1EGZA 3OIHA 3VIIA 1J12A 5A6LA 1LL6A 4MB4A 1ZL1A 2ZX7A 3WEMA 2E9LA 1XD1A 1UWQA 3GBDA 4HPHA 1BYDA 1LJYA 1J0KA 1E4NA 2FGLA 2CPUA 4KMQA 5CG0A 1TE1A 5I24A 4Z2JA 2WSKA 3WKZA 3VGBA 3AZRA 3WL1A 3SUWA 4BS0A 2O9RA 5FKYA 2XM1A 2YOCA 2CESA 3NUKA 5DFAA 1HJVA 5DT5A 1D7FA 1VFFA 4GKLA 4M82A 3VIKA 1WDSA 1WCGA 3T2QA 3NJ3A 2UY5A 4KRUA 4F9JA 1XH2A 1QVBA 2G4FA 4PTWA 3T0DA 4U31A 5HXMA 5ABHA 3NSNA 1Q6EA 1PX4A 1TUXA 2ZE0A 2DIEA 3BSGA 1BQCA 3UG4A 1UQYA 5A94A 2AMGA 2UY2A 1V3LA 1ZBWA 1LG1A 2YDSA 1CBGA 1QHOA 2C7FA 4H7VA 4P8WA 4W7UA 2DT2A 2CHOA 3WUEA 4PMVA 5M5DA 2J74A 4JHOA 4V2XA 3VGHA 1VRXA 2WWCA 2QLYA 1LWHA 5IDIA 1KCKA 3TONA 1N82A 3LPPA 1CGTA 1OGBA 4WK9A 2WMIA 4MNLA 2E8ZA 1Q6DA 2W66A 2BY1A 4UFIA 2WANA 5JIWA 4MDOA 3KZSA 5M3WA 4MB1A 4X9YA 4Q22A 4ZEPA 3VM7A 3CLWA 1NOFA 1VBRA 4WIWA 4ZENA 1K9EA 2G3NA 5LA2A 3PTMA 3L4ZA 4H04A 3VGEA 4V28A 3AIBA 3CMJA 4EE9A 1J0ZA 3EBVA 5FOOA 3MUAA 5IXEA 2E8YA 4LQ1A 4YHGA 3BAWA 1R85A 2CEQA 4UQ9A 4TOQA 3D3AA 3AMKA 1HJUA 2VT0A 2Z1SA 1W9DM 1JYVA 4HP5A 2NT1A 2YLAA 4K68A 4DUWA 1M04A 4AD5A 1B3WA 1M53A 3BCFA 2NW0A 1UA3A 1H1NA 3GXIA 4PCTA 5M03A 1H5VA 4HU0A 3WQ8A 3G6MA 4H8HA 4MADA 3WQ4A 1G1YA 4AZHA 3ALFA 4R5EA 1W1YA 2GSJA 1KGXA 1H11A 4TUFA 1BLIA 1TZ7A 2DPEA 1BHGA 3SCOA 2W4XA 2X0YA 1HKKA 1NWUA 2WVVA 1LG2A 2O9TA 3BXWA 1KR1A 4AMCA 1CECA 4H8VA 4CU7A 4JAWA 1UR1A 1HF6A 2YBUA 5I79A 2YL5A 3OLDA 3T08A 2CIPA 5I6SA 3VDAA 3CTTA 1EXPA 1B3YA 4D6IA 1EDTA 3MSDA 3U7BA 1G5AA 1GUVA 3CHDA 3VILA 1O7AA 1CWYA 1JAEA 3AOFA 4PTMA 3MSGA 3WF1A 4W84A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZXA A;  1KQZ A;  2IXU A;  1W9X A;  5GNX A;  1F4A A;  3CHE A;  4TX8 A;  4AEE A;  1EDQ A;  1UH3 A;  2XFR A;  4NRS A;  4AC1 X;  1EHA A;  3WUG A;  1Q6G A;  3GZA A;  3K8K A;  2XVP A;  4J7R A;  4W87 A;  5CSY A;  2ZUS A;  3BMV A;  1XYZ A;  2WNW A;  3PTK A;  1E56 A;  1TVN A;  4M81 A;  2D22 A;  2BFG A;  1K6A A;  1LL7 A;  3T09 A;  3GDB A;  2QHA A;  3WQV A;  3RO8 A;  1KQY A;  3CHF A;  3WD4 A;  3AIR A;  3ZSS A;  3FN9 A;  5A1A A;  4U3C A;  3NIY A;  1TCM A;  4E4P A;  3UEQ A;  4MDP A;  3RME A;  1L0P A;  4FLS A;  1ISY A;  3WY1 A;  3F5K A;  5FCZ A;  4N0R A;  2E9M A;  4QLJ A;  1IV8 A;  2F61 A;  4KH2 A;  1LLO A;  2JIW A;  2PB1 A;  4P8X A;  1DWI M;  5CLW A;  2WLY A;  4HA1 A;  5D8W A;  3T2P A;  1XHG A;  4JFW A;  1AQH A;  1RP9 A;  3WFL A;  4D1J A;  3CUH A;  2ZWY A;  4D6C A;  2VZT A;  1H49 A;  1B90 A;  2QMJ A;  5TD4 A;  2Y8K A;  4B3L A;  1Y7V A;  4MNM A;  4CCC A;  1ISZ A;  2G3J A;  1VAH A;  4FMV A;  3A47 A;  4CN4 A;  4UFK A;  3DHU A;  1EO5 A;  2DH3 A;  3ZST A;  4B16 A;  3FXY A;  2J8G A;  2ZXB A;  5BXP A;  1FOB A;  3VMP A;  4J3X A;  1GOK A;  5ECU A;  2W63 A;  1V6X A;  1EH9 A;  4U2Z A;  1BAG A;  1QOX A;  2VQU A;  1V02 A;  5CGT A;  4F8X A;  2DSZ A;  2OSW A;  2BNJ A;  4AD1 A;  4B3K A;  2E0P A;  1MFV A;  3BC9 A;  4AZ6 A;  2VZS A;  1WZA A;  2WKL A;  1VFU A;  1VEM A;  3IJ9 A;  3ZJK A;  4UQE A;  3CGT A;  5AYI A;  3T0A A;  1I75 A;  3DYO A;  4JHZ A;  4AZ5 A;  2CCR A;  5I0D A;  3VNZ A;  3KEH A;  2FHC A;  4JCM A;  4W5U A;  1E1F A;  2ZUN A;  1HP4 A;  3ART A;  2GJX A;  3BAI A;  3WNK A;  1UZ4 A;  5E9A A;  3VD3 A;  3WUB A;  1CXH A;  1BG9 A;  3UR8 A;  3RIL A;  2G41 A;  1SYT A;  4HOZ A;  3FY1 A;  3S2C A;  1NP2 A;  5D9O A;  3AXX A;  3EYP A;  1UWU A;  1V3M A;  1QHP A;  3SEP A;  2WMK A;  4AIU A;  1EOK A;  3SCR A;  1MQR A;  3AYS A;  4CN1 A;  3VTR A;  4P8V A;  2YKK A;  3TTS A;  4UFM A;  1OIN A;  1WO2 A;  4CUC A;  2V3G A;  5E6Z A;  4WLC A;  1B9Z A;  3DEC A;  3NDY A;  3GH4 A;  1HIZ A;  1E40 A;  4IM4 A;  2VC9 A;  3IAN A;  1PBG A;  2ZWZ A;  5FL0 A;  3BGA A;  4FLO A;  3VOC A;  1JNE A;  5CPT A;  3MU7 A;  4UR9 A;  5CLT A;  3W6L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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