3W25A

The high-resolution crystal structure of tsxyla, intracellular xylanase from /thermoanaerobacterium saccharolyticum jw/sl-ys485/: the complex of the e146a mutant with xylobiose
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
TIQNDIPDLYSVFKDYFPIGVAVDPSRLNDADPHAQLTAKHFNMLVAENAMKPESLQPTEGNFTFDNADKIVDYAIAHNMKMRGHTLLWHNQVPDWFFQDPSDPSKPASRDLLLQRLRTHITTVLDHFKTKYGSQNPIIGWDVVNAVLDDNGNLRNSKWLQIIGPDYIEKAFEYAHEADPSMKLFINDYNIENNGVKTQAMYDLVKKLKNEGVPINGIGMQMHISINSNIDNIKASIEKLASLGVEIQVTELDMNMNGDVSNDALLKQARLYKQLFDLFKAEKQYITAVVFWGVSDDVSWLSKPNAPLLFDSKLQAKPAYWAIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional analyses of catalytic domain of GH10 xylanase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycoside hydrolase family 10
molecule tags Hydrolase
source organism Thermoanaerobacterium saccharolyticum
total genus 119
structure length 324
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2012-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3w25A00
1WO2A 4LX4A 5A95A 2PI6A 4LYQA 4W7UA 4XX6A 2CKRA 1G9HA 2BY2A 5E70A 1BGAA 1QI0A 3RCNA 5I23A 3AIRA 4PTVA 1CXFA 2VR4A 2VX6A 1UKPA 5LYRA 3K4AA 1V02A 1VIWA 4UNIA 4P8UA 1ITCA 3AZRA 1NWUA 3W6MA 1NWTA 2D24A 4HMDA 1E0VA 4CKQA 1V0KA 1OGSA 2D20A 4B3KA 1C3FA 3VNYA 2GJPA 1UWRA 2DSWA 3GZAA 1KWGA 2VVNA 1CPUA 1EOKA 3UCQA 1EGZA 2XHYA 4M24A 3ARWA 5C71A 1IZKA 3PZGA 4AIOA 1JZ7A 1ODZA 1DHKA 2G3MA 1Q6EA 6TAAA 4GZJA 3M7SA 3QOMA 2EJ1A 1JI2A 5A6MA 3VM5A 4B9YA 1UR1A 1E15A 1IT0A 1XH2A 4UQCA 2VQUA 2WK2A 4ACYA 1MQPA 3VIPA 1FHDA 1H3GA 4PMRA 3ZSSA 2YDQA 1V0LA 2CBIA 2Y8KA 1XYFA 3EDJA 2XWDA 1EXPA 3PZ9A 1VBRA 5ABFB 2XM2A 1UR9A 4FLSA 3WDQA 3CZGA 1BYAA 3VGDA 4QFUA 3VOCA 3ALGA 1HXJA 2WM0A 5M03A 2AAAA 2UY4A 3WNNA 4ZENA 3L4YA 1BG9A 2VO5A 4PMOA 2ZXDA 3L4UA 3UG5A 4BS0A 4B3LA 5A8PA 3AS0A 4UCFA 3VGGA 4AZ5A 2WVVB 2XVPA 3LPPA 2YDSA 3W25A 4P7QA 2BY1A 2VQTA 2ESCA 2J7DA 2WVUA 1H5VA 5ABGA 1G0CA 3WUBA 1K9FA 3WQ4A 1JDCA 1KXTA 1W9BM 2VVSA 3AIQA 1NQ6A 4QP0A 1E70M 4W7WA 2AOSA 1F4HA 1W1TA 3VMNA 5D8WA 2Y5EA 4MPKA 1XSJA 6CGTA 3WELA 2DH2A 4F9DA 2W63A 3ARXA 3SCOA 1E4LA 4D6JA 1EDTA 2CCRA 3SEPA 3OGSA 1BAGA 1GOQA 2CEQA 1ZB5A 2YA0A 2CXGA 1Q6GA 2YDRA 4OOZA 2W4XA 2BY0A 3SCRA 4AEFA 1J0JA 1CGYA 1G5AA 3AZSA 5E6YA 1CGWA 4Z2GA 3APGA 3WMSA 1XC6A 4AZBA 1J01A 4BQ2A 4D6HA 2D3LA 2X8RA 1BTCA 2A3BA 4ATLA 4MB1A 2J74A 1U30A 1KQZA 2W66A 3AXXA 2GK1B 4J7RA 1J0ZA 3WNOA 1W2PA 1SYTA 3PZNA 3RIKA 3CUIA 5ABHA 4BCEA 2ZXAA 4AD3A 3WH7A 1LL6A 3QHOA 1E6PA 3D5HA 3IJ9A 3M6DA 4AIUA 1H11A 3EDEA 1V3IA 2XFYA 1E5JA 3M46A 2XSAA 2GVYA 2ZWZA 3BC9A 1IZJA 3PZMA 1E1EA 2ZUUA 1KGXA 2VRQA 3BAWA 4U2ZA 3WL1A 4CN1A 3SUUA 1JDDA 3T2PA 4W85A 2ZX6A 1BHGA 3AIUA 2ZX5A 2J8GA 3L2LA 4GKLA 1GJUA 1WDPA 1BYCA 2E4TA 3IAQA 2V38A 2DQXA 1M03A 3W28A 2X05A 4AZ6A 5IFTA 3MV11 5FL0A 4UFMA 2WNWA 1UD5A 1ECEA 4OKDA 3BMVA 2BHZA 3AMDA 4N0RA 4Y7EA 4GO8A 3F5JA 4JFSA 2X0YA 1J0KA 4L4OA 4PSRA 4J3SA 4UR9A 2V3DA 1US3A 1GQLA 5ABEA 3IJ8A 1XGZA 1GJWA 1B3YA 5D9PA 3F4VA 2F2HA 2QMJA 2ZUVA 1SR0A 1HP4A 4P8WA 4H7VA 3AHZA 3I3DA 4W89A 1NOUA 2WCAA 2WHKA 4CU8A 4R5EA 1QNOA 1UH2A 2FGLA 3ALFA 3BLPX 2PWHA 4HPHA 3U57A 5EFFA 3N17A 3PTMA 4OOUA 3ARZA 4AD2A 1MW0A 2WMGA 1TVNA 4AZCA 3SCNA 4HZ8A 4D72A 3VDBA 2D23A 4PMXA 3WUFA 3ZR5A 5EMYA 1FFRA 2G3JA 3BH4A 1B2YA 1C8QA 1FOBA 3EDDA 4OJYA 3VIOA 4HA3A 4F79A 1CDGA 3ARQA 5AY7A 1W2VA 3AISA 2E0PA 3MUIA 4TVDA 5ECUA 3L4XA 3VDCA 4RE4A 1EA9C 2O92A 4J3WA 1OIMA 1W32A 4QCEA 3OZPA 5JBDA 2BFGA 2PB1A 1G1YA 2WC3A 3CO4A 4P7LA 4AD1A 2EPMX 1J0HA 1FP8A 1UKSA 4E4PA 5DT7A 1KGUA 3NJ3A 2CESA 3UR7A 2D0GA 4JKMA 5BRQA 2OYKA 5ABFA 3KE0A 2VC9A 1UKQA 4JKLA 4KH2A 4PMVA 2OSXA 3SCWA 3WQVA 1GZJA 1C92A 4WJXA 5A6JA 1E56A 2WC4A 1PZ2A 3WBAA 5I2UA 1K9EA 5HOSA 1N82A 1NWRA 2B31A 4X9YA 4QCFA 4EANA 4QLJA 4A3YA 2WHLA 2NT1A 4D6FA 1QOXA 1JZ2A 3AQUA 2XG9A 1UYQA 3AROA 1UA7A 2G8ZA 3KZSA 5BWFA 4UQAA 2PF0A 3W53A 4M56A 1V03A 4PSPA 3WENA 5BROA 3N11A 1EQCA 4P7NA 3WF3A 1DEDA 1QI3A 4MB3A 1BQCA 3JUGA 1VF8A 4WLCA 1VB9A 1TG7A 3F5KA 1J18A 1DWFM 2VCBA 4ZE5A 2W61A 2ZX7A 2VMFA 4BQ3A 2EQDA 1TZ7A 2BVTA 2V3FA 1LJYA 2JALA 2J25A 1CECA 1H2JA 1LQ0A 1PIFA 3PZVA 3QGVA 4AXNA 3A4AA 1S46A 4IISA 4YHEA 2CYGA 2VOTA 1V3JA 3GBDA 3GXIA 2ZUNA 5CG0A 1BYDA 1MW1A 1OBAA 1W9UA 2JIWA 2O9RA 5LA0A 4F66A 1V3HA 4HOZA 2YBTA 3AHXA 1HKKA 2VRKA 1EOMA 3WQ5A 3WDHA 4H8UA 3T2QA 1CWYA 4W8LA 3W24A 2XVNA 3WFLA 3TTYA 4JCMA 5HPOA 4C7GA 2JF7A 1UUQA 3HU7A 3AXHA 1EIBA 1JZ6A 3BCDA 4HTYA 4XV0A 1ZU8A 5CSUA 3FAWA 2E40A 4KGJA 4TX6A 3VMPA 4PCTA 1RP8A 1JFXA 2PWDA 1FFQA 3SUTA 4KRTA 3PZQA 3PZUA 3WUEA 4W93A 4GZEA 1V0NA 4YHGA 1E40A 1UWTA 1XD1A 1KXHA 3VIIA 1VRXA 2D22A 3BAXA 2X09A 4WK9A 1HJUA 1XH0A 3NDYA 3T09A 2ZXQA 2VX4A 2AMGA 5I77A 3MMDA 2W5FA 3PTKA 2WYSA 1UOKA 3ZM8A 1VJSA 3MU7A 3WF1A 3AHYA 3WQ8A 5E0FA 3S6TA 4UTFA 1NM9A 3NSMA 3UETA 4N42A 2YLLA 3MMUA 1VFUA 1PIGA 1UD6A 4JZ5A 3WF0A 1QBAA 4E2OA 2VX7A 3W26A 3NSNA 3SCQA 1Y7VA 3S2CA 1BYBA 1KGWA 3MUY1 2WZIA 1GOOA 3OG2A 2QF8A 2G4FA 1W9PA 2XUCA 1V3LA 1XRVA 4HOWA 1OIFA 3LPGA 4F8XA 4P8XA 4A4AA 4OBSA 1U2YA 1JZ8A 1F4AA 2XGIA 1LWJA 3SCVA 2ZUSA 3CUJA 4Q7NA 5DT5A 3PHAA 4CD8A 1C7TA 2VL4A 2VCCA 3UG3A 5IHRA 5E09A 2CBVA 5GNYA 3VIHA 1UD8A 2G3NA 1WAWA 3B9EA 4QLKA 1QNSA 4AD0A 5M5DA 2ZE0A 3II1A 4K68A 3GH7A 1UWUA 3CUGA 4CN6A 3RJYA 2BS9A 2IXVA 3ZMRA 4EK7A 2WZEA 1CIUA 2YIHA 1XCWA 1J11A 1GUVA 3AMGA 3CHCA 1KQYA 4TUFA 1VBUA 3AXIA 5GPRA 4H2CA 2WMHA 3DYMA 4YPJA 3SUVA 3AYRA 5I5RA 4H8HA 4JCLA 4GI6A 1E3XA 2WMIB 4OBRA 3A4WA 2VZOA 4J3VA 1KBKA 4DUWA 5DF0A 2YA2A 3WD2A 4CCDA 3CUFA 2IUZA 3QHNA 4P8VA 4DWSD 3VMOA 3WQ6A 2X2YA 4CGTA 4PTXA 5A6BA 2PBGA 2A3CA 3QOKA 1TFVA 1DP0A 4AZCB 3WNKA 1SFSA 5JBEA 1KCLA 3I3EA 1EQPA 2FH6A 5A1AA 1QNQA 3WF4A 2ZXBA 3B9AA 3AOFA 1G01A 2CPUA 4P7OA 2NT0A 1JXKA 4UQEA 2FH8A 5KEZA 3GNRA 4PBGA 1UWIA 1QPKA 4HMCA 1CLXA 2WLYA 2V5CA 3N18A 2OWXA 1J12A 4PEEA 1I1XA 3RM4A 1UD4A 4EKJA 2JEPA 3RJXA 3DECA 3PBGA 3VD9A 1JD9A 3ARPA 3OBAA 1XCXA 3N04A 4CU6A 3GYCA 2C7FA 3VIFA 3PN8A 4JKKA 4MB5A 3NUKA 1E5NA 1VENA 1CXKA 4H8VA 3VVGA 1WE5A 3BXWA 3T08A 1VAHA 2IXUA 1BLIA 1GCYA 3VTRA 1BFNA 3A3HA 5BYWA 4XZWA 2UY2A 5KZ6A 3K4DA 2RGMA 3FW6A 1JI1A 2V3EA 1E4IA 5DMYA 4J28A 3L2MA 4AYSA 1PX3A 1GOWA 3ARUA 3CZKA 1OD8A 1QW9A 3T0BA 4P7RA 3WBEA 2WMFA 4YN5A 4AW7A 2BV9A 5GNZA 4DWSC 5FKYA 3TONA 5I0DA 3CIVA 4GO9A 1CXHA 4J27A 5EBAA 3OLEA 1AQHA 5E6ZA 7TAAA 4FF5A 3WY1A 4E8DA 4UFHA 2A3EA 3GM8A 5BXSA 1WDQA 3ARSA 1W3LA 4WSKA 1UA3A 2DEPA 3KL5A 2CERA 3DYPA 5FOOA 3VGHA 4Z2JA 3KL3A 1ISZA 5IDIA 3ZIZA 4MJ4A 3RILA 1HKMA 4MDPA 4IUGA 2PWGA 1CXLA 1WDRA 7CGTA 1V02E 1FHLA 2Z1KA 4LQ1A 1CBGA 1JIBA 3VINA 2XVKA 2DGAA 5BCAA 2VRJA 4GINA 1JYNA 2OSWA 3WDJA 4FLRA 4Z2LA 4U33A 5A6SA 1M01A 1J0IA 1UKTA 4NZCA 5I3DA 4MNJA 1OM0A 3TTSA 4QDMA 3MS8A 4M82A 4D6IA 4M29A 3EDKA 2XFFA 3AIWA 2CNCA 3UESA 3ECQA 4RE2A 2C0HA 1G94A 2CHOA 1UWSA 2C8NA 1TA3B 4JFTA 3GTNA 3OLGA 5GQBA 2DSKA 3K1DA 2WXDM 5BXTA 3K8KA 5CLWA 2VCAA 3CPUA 1V3KA 1I75A 2WC7A 1NWSA 1E6RA 1OINA 2WW5A 1BVNP 4V28A 2VI0A 3DYOA 4OZOA 1D3CA 1V3MA 1R8LA 1J0YA 4C7FA 1HNYA 1JYXA 3TOPA 2OWCA 1C8YA 1PBGA 1B90A 4RL3A 3N15A 3ZJKA 1E6ZA 1JNEA 1H41A 2XIBA 1XSIA 1EO7A 3K46A 5C8BB 2VZTA 2WAGA 3WD4A 3WMBA 1HJXA 4DM2A 4OIFA 3THCA 5A94A 2VZVA 3L4ZA 5A8OA 4GIAA 1H49A 3VD5A 4CCEA 4XUYA 1FA2A 3UG4A 1B3WA 8CGTA 1ODUA 2J75A 3EMQA 4JHZA 1UWQA 4EAMA 1LG2A 3MKKA 2XJ7A 4JFVA 5CPSA 1FH8A 9CGTA 1H09A 1FP9A 2VZUA 4L4PA 2WMIA 4J3TA 3MMWA 1PAMA 3SUSA 1EHNA 1EH9A 3AMCA 2DDXA 2XWEA 3MSGA 2WSKA 3UERA 1HIZA 3TP4A 3LMYA 4KWUA 3WDIA 2WPGA 4PN2A 1MQRA 3SCPA 1TE1A 3T0AA 1OGGA 1B3XA 3CHEA 3ZQ9A 3MUZ1 4AD5A 1C7SA 1HVQA 2EPLX 1KXQA 3RO8A 1CGVA 3BAKA 2WMJA 2YLAA 3CLWA 5IHSA 3GH5A 5DEZA 1EDQA 2GUYA 1X6NA 2D3NA 2GSJA 1OWQA 3L4VA 4GI9A 1Q6DA 4W5ZA 4DUXA 4HP5A 1GVIA 1L8NA 1MVYA 2FHBA 3VPLA 4HU0A 1E6SM 1UR8A 3NCOA 5CSYA 1GQKA 2EBNA 1K6AA 1QI5A 1BVZA 2J7BA 2DT2A 1V0MA 4RE3A 4CD4A 1JAKA 4TVUA 1TCMA 4NRRA 5D8ZA 3CZLA 5A69A 3CZEA 3WL0A 4E8CA 2VNCA 2QPUA 3F5LA 5JBFA 3OGVA 4BA0A 2W62A 1D2KA 1GW1A 2WANA 3FAXA 1M04A 4TTGA 4PYSA 1UD2A 2G3IA 3VUPA 5A2AA 4AZ7A 4U3CA 1B31A 4W8BA 1GQIA 5A3HA 5LA2A 3A47A 3AHTA 3ZJ7A 3N9KA 5CPQA 1R7OA 4WKFA 1DWGM 1ISYA 1VFMA 1QHZA 1CNVA 3GXMA 2YL9A 2QMKA 4F9JA 5CJ5A 1OD0A 2WCSA 3J7HA 5M17A 5D4YA 1X1NA 4XB3A 4BQ5A 3W6LA 3AJ7A 2D1ZA 3FHQA 1WNOA 4LYRA 3OLIA 5A6KA 1WKYA 4MAVA 4PCSA 3HMCA 2WBGA 3EBVA 3GH4A 3VGFA 2G41A 4ACZA 2XTKA 3GDBA 1VEOA 2XYLA 3IAPA 3WUGA 4TTUA 3UEQA 3N12A 1JZ4A 5CXPA 3WH6A 4Q22A 4WIWA 1E6QM 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WO2 A;  4LX4 A;  5A95 A;  2PI6 A;  4LYQ A;  4W7U A;  4XX6 A;  2CKR A;  1G9H A;  2BY2 A;  5E70 A;  1BGA A;  1QI0 A;  3RCN A;  5I23 A;  3AIR A;  4PTV A;  1CXF A;  2VR4 A;  2VX6 A;  1UKP A;  5LYR A;  3K4A A;  1V02 A;  1VIW A;  4UNI A;  4P8U A;  1ITC A;  3AZR A;  1NWU A;  3W6M A;  1NWT A;  2D24 A;  4HMD A;  1E0V A;  4CKQ A;  1V0K A;  1OGS A;  2D20 A;  4B3K A;  1C3F A;  3VNY A;  2GJP A;  1UWR A;  2DSW A;  3GZA A;  1KWG A;  2VVN A;  1CPU A;  1EOK A;  3UCQ A;  1EGZ A;  2XHY A;  4M24 A;  3ARW A;  5C71 A;  1IZK A;  3PZG A;  4AIO A;  1JZ7 A;  1ODZ A;  1DHK A;  2G3M A;  1Q6E A;  6TAA A;  4GZJ A;  3M7S A;  3QOM A;  2EJ1 A;  1JI2 A;  5A6M A;  3VM5 A;  4B9Y A;  1UR1 A;  1E15 A;  1IT0 A;  1XH2 A;  4UQC A;  2VQU A;  2WK2 A;  4ACY A;  1MQP A;  3VIP A;  1FHD A;  1H3G A;  4PMR A;  3ZSS A;  2YDQ A;  1V0L A;  2CBI A;  2Y8K A;  1XYF A;  3EDJ A;  2XWD A;  1EXP A;  3PZ9 A;  1VBR A;  5ABF B;  2XM2 A;  1UR9 A;  4FLS A;  3WDQ A;  3CZG A;  1BYA A;  3VGD A;  4QFU A;  3VOC A;  3ALG A;  1HXJ A;  2WM0 A;  5M03 A;  2AAA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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