3W26A

The high-resolution crystal structure of tsxyla, intracellular xylanase from /thermoanaerobacterium saccharolyticum jw/sl-ys485/: the complex of the e146a mutant with xylotriose
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
TIQNDIPDLYSVFKDYFPIGVAVDPSRLNDADPHAQLTAKHFNMLVAENAMKPESLQPTEGNFTFDNADKIVDYAIAHNMKMRGHTLLWHNQVPDWFFQDPSDPSKPASRDLLLQRLRTHITTVLDHFKTKYGSQNPIIGWDVVNAVLDDNGNLRNSKWLQIIGPDYIEKAFEYAHEADPSMKLFINDYNIENNGVKTQAMYDLVKKLKNEGVPINGIGMQMHISINSNIDNIKASIEKLASLGVEIQVTELDMNMNGDVSNDALLKQARLYKQLFDLFKAEKQYITAVVFWGVSDDVSWLSKPNAPLLFDSKLQAKPAYWAIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Thermoanaerobacterium saccharolyticum
publication title Structural and functional analyses of catalytic domain of GH10 xylanase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycoside hydrolase family 10
total genus 117
structure length 324
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2012-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3w26A00
5E0FA 2XVKA 2JFEX 3ZJ6A 3KWXA 2DIEA 2X8RA 3D3AA 1CTNA 3VIPA 2V38A 7CGTA 5BYWA 3W29A 1JFHA 5A94A 5M3WA 1V6XA 5CPQA 4Y7EA 3GNRA 3CZ8A 4ATLA 5D8ZA 4CKQA 1GQIA 5FL0A 1K9TA 4CUCA 1UG6A 2W66A 2MANA 2YIHA 3QOMA 3WF1A 4JKLA 3VD4A 2W62A 2BV9A 4JL2A 2EBNA 1ITXA 2ESCA 2FDMA 2CKRA 4J3VA 4UFLA 1UD3A 1G5AA 3I3EA 3GXMA 4NI3A 4OOUA 1QHOA 3MKKA 3BMVA 5ABFB 3TP4A 1HKKA 1TUXA 5CSUA 2CPUA 1CECA 3BAKA 3EDFA 4CU8A 1MQRA 3VU2A 3L4XA 1I1WA 4PMRA 3ARRA 3THCA 5FIPA 2D3LA 3AHXA 4WIWA 2VX6A 1NM9A 3K46A 5E9AA 5EFDA 1GCYA 4LXFA 1C93A 1VB9A 5AYBA 3SEPA 3WUFA 3N18A 3WKZA 3SIMA 1JZ7A 1HL9A 2DEPA 1VEPA 2BFGA 1OM0A 5D9OA 4M82A 2VX5A 3WDIA 1EDGA 2NSXA 1CBGA 1QW9A 3UG5A 5BROA 1VFOA 1XH1A 4AD0A 2A3EA 3T08A 3QR3A 1JZ2A 1FFRA 2DT2A 2D23A 2DT0A 2WMGA 4Q7NA 3AZTA 3ARSA 2YA1A 1EDTA 2YBUA 3IAQA 3RM4A 3WNLA 2WLZA 3TTSA 1CLVA 3AMCA 4KMQA 1QNQA 2VJXA 5ABEA 4TVUA 4PUEA 1E4IA 1GNXA 3AOFA 2WSPA 1B90A 1XH0A 1UH4A 3MSGA 4WKHA 3G6MA 4PUDA 3EYPA 7A3HA 3SCTA 5FL1A 4NRSA 3O9NA 2IUZA 1FH8A 1VF8A 4U2ZA 3WMCA 3A4WA 3VD7A 3IJ9A 3WFLA 2WM0A 1JYNA 4P8WA 1KCKA 4U31A 1JXJA 2OLHA 3W28A 2AMGA 1OD8A 5BXSA 1Q6CA 2PWGA 4UOJA 4DUWA 2GJRA 2QPUA 4KWUA 2XGBA 5CG0A 1UD5A 4QDMA 2J47A 4FF5A 2DIJA 1J0KA 5I77A 2XIIA 2PF0A 4H7VA 4XV0A 1V08A 1U30A 4PSPA 1MW3A 1W91A 1CENA 1LQ0A 1V03A 4J3UA 3AYSA 1CYGA 1ZU8A 1BGGA 3VIJA 1SMAA 2WNWA 1J0YA 2GJPA 4A3YA 2QV4A 4GQRA 3BAWA 4TVCA 4BZYA 2Y24A 4AZBA 1QNPA 4HTYA 1W9XA 2JIWA 4OZOA 1FP9A 4DUXA 4JFUA 2BNJA 1BYBA 1EHNA 3IJ8A 1KGUA 1JDDA 2GJXA 2CERA 1MW1A 2WVUA 3N12A 5IHRA 1IZKA 3WEOA 3CMGA 4CVUA 1ISYA 4AW7A 1KR1A 1M03A 3MUZ1 1E1FA 1KR0A 2WZHA 2C0HA 1HKMA 5I3DA 1UR1A 1X6NA 3VX0A 4E4PA 4AZ7A 3AIRA 4U5KA 1UOKA 3DHPA 2XM1A 1H2JA 2E40A 1AMYA 2V3GA 3EDEA 1WZMA 5HNNA 3PBGA 4E8CA 2YA2A 4MJ2A 2VUYA 4FLOA 3OGRA 3AMLA 4W5ZA 2WHJA 4DUVA 6A3HA 1E6RA 2EPOA 4JFVA 1CGWA 3DECA 3A4XA 3PZ9A 5A95A 1GW1A 2GK1A 4U2YA 4W8AA 4DM1A 3W82A 1KWKA 5BWFA 1NWTA 2W61A 3PHAA 2OYLA 1JAKA 2ZXAA 4WKFA 3RPMA 2G3IA 4QCFA 3PZUA 4GINA 3M6DA 1B30A 1QBBA 2J77A 5A1AA 3T0DA 2V3FA 5BCAA 1PJ9A 2E3ZA 1ZB5A 2EJ1A 3F5LA 1UWQA 5A3HA 3WL0A 3K4DA 1ZBKA 5KEZA 1V3JA 3J7HA 4W7UA 4RL3A 1AQHA 1HL8A 4Z2HA 3BAYA 4UQAA 1UKSA 3PTMA 4J28A 2D24A 3L2LA 4UFKA 3WELA 1QNSA 1TA3A 5D8WA 1SMDA 3NJ3A 2WZEA 3ZJ8A 3WD3A 4MAVA 1OWQA 3W37A 1LL4A 2YDRA 2Z1SA 1C8YA 5LA2A 1ZL1A 2PBGA 3W25A 3RM9A 3FHAA 2FH6A 1RPKA 3A3HA 4HPGA 1E6QM 1Q4NX 3N15A 3AXIA 2W63A 1OD0A 2UY5A 4J7RA 5C71A 3GNPA 4MTVA 1B3WA 3OA5A 3OZPA 3T0BA 4ZXLA 1HT6A 1UH2A 2X05A 4Z2LA 3WUGA 1KGWA 1UKTA 2WXDM 2E8ZA 3VMOA 1QVBA 4ZENA 1GQLA 1DP0A 4X0NA 5C70A 3DYMA 4PEEA 3WNMA 3IANA 3GXFA 3W53A 4KGLA 4CN6A 4D6GA 4AWEA 2DSUA 4HMCA 3A47A 1WNOA 2CCRA 2J7CA 1LL7A 3AMKA 2ZIDA 3NDYA 2GJXB 3VIIA 4HOXA 1C91A 4B16A 3W27A 3QHOA 3CZLA 4CD8A 1E5JA 2VRKA 1E4NA 2J7DA 2O9PA 4OUEA 1CXLA 1E0WA 1B3YA 5A8MA 4P7LA 4UQCA 4EKJA 1KGXA 4AZHA 4B15A 1UHVA 2XVGA 5AC4A 3MMUA 1CXKA 4CU7A 1WZKA 4HA3A 1EA9C 3LPPA 5A8OA 3BLPX 5I2UA 2BHZA 4PMDA 1EXPA 1WDSA 2DT1A 3OLDA 1HJXA 2Y8KA 2J4GA 2WVVA 3W24A 4MB4A 3AXHA 4LX4A 3ECQA 4AD5A 4HP5A 3T0AA 1XCWA 2WB5A 4JFSA 2GK1B 1TMQA 3MUAA 3TOPA 1FH9A 4GZIA 4HMDA 4UNIA 2CEQA 2WMFA 3CHCA 1PX3A 4LPCA 3WQ6A 3VM5A 1GONA 4W93A 2OWXA 1GHRA 2A3HA 3WEZA 1NH6A 2FHFA 4TUFA 1OGSA 1O6IA 1ZBWA 4UQEA 1OSEA 1WE5A 1MYRA 3M07A 4TTGA 5IDIA 2EEXA 4AD3A 2ZUVA 4PN2A 4X9YA 1TA3B 1GOQA 1H4PA 3WQWA 3NDZA 1EGZA 1CXFA 2FHCA 4JHZA 4IUGA 4W89A 3VOCA 5GNYA 2WK2A 4GI6A 3PZNA 3PZIA 1JYWA 1WCGA 1HKIA 4D71A 2XFFA 2TAAA 3APGA 3BAJA 3WD0A 1E6SM 2VCCA 4P7QA 1OGBA 2VR4A 2VZVA 1E15A 1H11A 1VENA 5C8BB 2XTKA 1QHPA 4CCCA 1BFNA 1W9PA 4CCDA 3POCA 2G8ZA 1UZ1A 4OJYA 2VX7A 1G9HA 3BCDA 4MJ4A 1HKJA 3IK2A 3IAPA 3AZSA 5EBAA 4EANA 4NZCA 4V2XA 2ZWYA 3GH7A 3ARXA 1W3HA 1WP6A 1H0IA 5I78A 2PWEA 3N11A 3AICA 2E9BA 2D20A 4UOZA 2WLYA 4DWSA 3SCOA 4Z2IA 4QAWA 3RIKA 1UWUA 3VIGA 1VFFA 5GNZA 4IISA 4AD4A 4MNKA 1EQPA 1G01A 2CBIA 3VGDA 3PTQA 1OB0A 4ZE5A 3AXXA 5A8PA 3WDPP 4J3XA 2GUYA 2V5DA 1WO2A 3JUGA 1MW0A 1M04A 2WBGA 1W2VA 4DWSC 4V28A 1MW2A 1ZBCA 2WWDA 4W7WA 2NT0A 2F61A 2D0HA 1PX8A 2CBJA 3EDKA 2ZXDA 3N9KA 3SCRA 3RDKA 1W1YA 3GH4A 3ZT6A 1KWGA 1CLXA 1KQYA 5BXTA 2ZXQA 4F9JA 3MV11 2QHAA 1D7FA 1J01A 4GO8A 4GQQA 4U3CA 1EOKA 4PMZA 3UERA 3II1A 2O9RA 3U7BA 1V0KA 1B31A 3WF0A 1QI5A 2ZX8A 3WD4A 3WMSA 3L2MA 1U2YA 2PB1A 2XGIA 2XYLA 5A8NA 1N82A 3GBEA 2ZX5A 1JD7A 3RMEA 2VC9A 1F4HA 1BSIA 4TOQA 4FK9A 4UFJA 3NCOA 1QOXA 2WVTA 4L4OA 1W3JA 3VD5A 2F8QA 4UR9A 4W86A 1UKPA 1UWSA 2ZUMA 3GBDA 3WQ5A 1VJSA 1PEZA 5HOSA 2Y2WA 4NF7A 1V6WA 2ZXBA 4W7VA 1OIFA 1ZS2A 3ARZA 3AIEA 3A4AA 3AS0A 2YA0A 4UQ9A 1QNOA 1LL6A 5FD0A 1OT2A 3ZR6A 3WF4A 4HA4A 1Q6EA 4NRRA 3PZGA 4S3JA 1IZJA 2WHLA 3BH4A 1E73M 4M81A 1W3KA 4W5UA 2Z1KA 4ZXOA 1CGUA 1VEMA 2GVYA 5EMYA 3VILA 4UQBA 4J27A 1ZJAA 3MU7A 4TTUA 5IFTA 2DSVA 2XFRA 3VIKA 1J0HA 4PTMA 2YDSA 2VX4A 3FN9A 3KL0A 2VQUA 4P8VA 1ODUA 2Q8XA 4MADA 1NP2A 4J3WA 1F4AA 4A4AA 1E4LA 3MSDA 1V0MA 1E43A 5CPTA 4DWSB 4LGXA 3KE0A 1JDCA 1H3GA 2BVDA 1KXHA 2XPKA 2BHYA 4H8HA 3W38A 1V02E 1ESWA 1OINA 1QI3A 3S2CA 3BCFA 4BS0A 3EDDA 1W9UA 2PWDA 4C7DA 1EHAA 4D6FA 1JAEA 1TFVA 2XFYA 3OZOA 4RE3A 4PSRA 2NW0A 5IFPA 4BF7A 3PZMA 2YL6A 1D2KA 4DWSD 2X09A 1DWJM 2V3EA 2FHBA 4AEEA 2WAGA 2C8NA 5D9PA 1FA2A 3CZGA 3GXDA 1LG2A 2O92A 4B3KA 2C7FA 3AISA 1BPLB 1ECEA 5AY7A 1PPIA 3WBAA 1OIMA 3ZQ9A 5A6AA 2BY0A 2EPNA 5DFAA 5AC5A 2RGLA 3WDRA 3ZJKA 5CGMA 2ZUSA 4AC1X 4ACYA 1TVNA 1JG9A 3OLGA 5HPCA 2OYKA 4V27A 2VOTA 1CWYA 3VGEA 1O7AA 1UR9A 3SURA 1EIBA 3FW6A 1JF5A 3SUSA 1L8NA 2XIBA 1KBBA 4ZFMA 1M7XA 2J62A 1X1NA 4S3KA 1WZLA 1UA3A 2OSYA 4WSJA 5JBEA 4MAZA 1W1PA 4UFIA 3ZSSA 4Z2JA 3BSHA 1MWOA 1C92A 1BG4A 1HVXA 3TTYA 2DSZA 4P8XA 5A6JA 3O6AA 1H1NA 3G6LA 3ZSTA 1V6VA 3GNOA 3WL1A 2YL8A 4CN4A 2BVTA 1NWSA 3NUKA 4XUYA 1WDRA 5D9MA 4L4PA 1SYTA 3I3BA 4RE4A 2WHMA 2FGZA 3SCWA 1JZ3A 3AHVA 1EO7A 4P7NA 4TX6A 1E71M 2DGAA 3WSUA 3AMGA 2XHYA 2BY3A 4J3TA 1DHKA 1UA7A 4PMUA 3SUUA 4M8UA 3N04A 2G3NA 2YLLA 1OCQA 4PYSA 4U5IA 2BHUA 3WF3A 3T2QA 1CXIA 2XM2A 3AMDA 1LWJA 4HZ8A 3ZMRA 4QFUA 2XG9A 3VGFA 2QMKA 2WMKA 3WH7A 2X1IA 3AS1A 5I5RA 2QF8A 4W88A 2RGMA 4ML4A 5A2BA 3AIWA 5E6ZA 2DT3A 2WZIA 2ZX6A 3ARTA 2OSXA 4A3HA 2CHOA 4OBRA 1HXJA 4TXEA 4Z2GA 3UCQA 1V0NA 4JFTA 1GOIA 4E2OA 4MB1A 3UETA 1JFXA 2G4FA 3S6TA 3EMZA 2J8GA 1Z32X 1V6YA 3L4TA 1BVZA 1JYXA 1R8LA 3NYDA 4F9DA 4PMYA 2VTFA 4GI8A 5CZKA 3HMCA 1QPKA 3KEHA 1H41A 3THDA 1V3IA 2DPEA 2ZOXA 2OSWA 3FHQA 5ABHA 4EK7A 3BC9A 1EH9A 1QW8A 2VL4A 3AIVA 5M5DA 1HJSA 1V3KA 2CKSA 1Q6DA 3SCPA 4E8DA 4WKAA 1JXKA 3QHNA 1PBGA 1R7OA 1WZAA 2J7BA 1UQYA 4PCTA 4YPJA 1TZ7A 4WJXA 1DWIM 3VVGA 1XD0A 1V3HA 1W1VA 4M80A 4D1JA 3CZJA 1UD2A 5LYRA 5E0CA 4M29A 2WKLA 2D0GA 3VDAA 4QCEA 4P8UA 1B9ZA 3ALGA 3SCSA 3WN6A 3GYCA 2ZUWA 2IXUA 3SUVA 2HISA 2WMJA 3W6LA 3DYPA 1JIBA 5BXPA 4UQDA 3SUWA 4WK9A 2VQTA 5I0DA 3CUJA 3TTQA 3WEMA 4QLJA 3ARVA 4D6EA 1VJZA 4D6DA 1HN1A 2PBOA 4W8LA 1VBUA 4AIOA 1GOKA 4D6IA 5DT7A 3U57A 3UG3A 3AS3A 2VI0A 1S46A 3AZRA 4UFHA 2FGLA 1IV8A 3MANA 3B9DA 3VD3A 3ARQA 1H0GA 1NOWA 1LWHA 5HDRA 3T09A 5GPRA 1R87A 3KZSA 2YL5A 4HU0A 1M01A 1JNEA 2ZUNA 5JIWA 3EMCA 2G3MA 1J0ZA 1B3XA 1E72M 1IT0A 4HZ7A 2D0FA 4C7FA 4W84A 1KCLA 3WENA 2XSAA 2DH3A 1J18A 2G41A 1XHGA 2EPMX 5AYIA 5HPOA 1UYQA 1V6UA 4LQ1A 4PTVA 2BY1A 1B3ZA 1E0VA 2CXGA 3RJYA 5BXRA 3UESA 1BYAA 3GDBA 3WBEA 1E6NA 5A6SA 2XWEA 1PX4A 1UR2A 3D5HA 1R86A 1QBAA 3OLEA 3VX1A 1EOMA 2J8FA 4ACZA 1GVYA 3U5UA 4BQ5A 1NWRA 1RH9A 2YBTA 2FH8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5E0F A;  2XVK A;  2JFE X;  3ZJ6 A;  3KWX A;  2DIE A;  2X8R A;  3D3A A;  1CTN A;  3VIP A;  2V38 A;  7CGT A;  5BYW A;  3W29 A;  1JFH A;  5A94 A;  5M3W A;  1V6X A;  5CPQ A;  4Y7E A;  3GNR A;  3CZ8 A;  4ATL A;  5D8Z A;  4CKQ A;  1GQI A;  5FL0 A;  1K9T A;  4CUC A;  1UG6 A;  2W66 A;  2MAN A;  2YIH A;  3QOM A;  3WF1 A;  4JKL A;  3VD4 A;  2W62 A;  2BV9 A;  4JL2 A;  2EBN A;  1ITX A;  2ESC A;  2FDM A;  2CKR A;  4J3V A;  4UFL A;  1UD3 A;  1G5A A;  3I3E A;  3GXM A;  4NI3 A;  4OOU A;  1QHO A;  3MKK A;  3BMV A;  5ABF B;  3TP4 A;  1HKK A;  1TUX A;  5CSU A;  2CPU A;  1CEC A;  3BAK A;  3EDF A;  4CU8 A;  1MQR A;  3VU2 A;  3L4X A;  1I1W A;  4PMR A;  3ARR A;  3THC A;  5FIP A;  2D3L A;  3AHX A;  4WIW A;  2VX6 A;  1NM9 A;  3K46 A;  5E9A A;  5EFD A;  1GCY A;  4LXF A;  1C93 A;  1VB9 A;  5AYB A;  3SEP A;  3WUF A;  3N18 A;  3WKZ A;  3SIM A;  1JZ7 A;  1HL9 A;  2DEP A;  1VEP A;  2BFG A;  1OM0 A;  5D9O A;  4M82 A;  2VX5 A;  3WDI A;  1EDG A;  2NSX A;  1CBG A;  1QW9 A;  3UG5 A;  5BRO A;  1VFO A;  1XH1 A;  4AD0 A;  2A3E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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