3W27A

The high-resolution crystal structure of tsxyla, intracellular xylanase from /thermoanaerobacterium saccharolyticum jw/sl-ys485/: the complex of the e251a mutant with xylobiose
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
TIQNDIPDLYSVFKDYFPIGVAVDPSRLNDADPHAQLTAKHFNMLVAENAMKPESLQPTEGNFTFDNADKIVDYAIAHNMKMRGHTLLWHNQVPDWFFQDPSDPSKPASRDLLLQRLRTHITTVLDHFKTKYGSQNPIIGWDVVNEVLDDNGNLRNSKWLQIIGPDYIEKAFEYAHEADPSMKLFINDYNIENNGVKTQAMYDLVKKLKNEGVPINGIGMQMHISINSNIDNIKASIEKLASLGVEIQVTALDMNMNGDVSNDALLKQARLYKQLFDLFKAEKQYITAVVFWGVSDDVSWLSKPNAPLLFDSKLQAKPAYWAIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional analyses of catalytic domain of GH10 xylanase from Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycoside hydrolase family 10
molecule tags Hydrolase
source organism Thermoanaerobacterium saccharolyticum
total genus 119
structure length 324
sequence length 324
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2012-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3w27A00
2FGZA 3WEOA 1Q6FA 1UWIA 1E72M 3MV11 1E9LA 4OUEA 2E8YA 3GZAA 2CNCA 3WUGA 2J78A 4D71A 2VZSA 1FA2A 1GUVA 1GJUA 2ZXAA 3AHXA 3RM8A 4B9ZA 5A2AA 4WKAA 3VGHA 4WK9A 2DT2A 3ZJ8A 3PZUA 3AIVA 1E6RA 4D6GA 4BZYA 2ZUNA 5FIPA 3NCOA 4QDMA 3IAQA 5LA0A 1ITXA 3KL3A 5A8NA 3AZTA 1E0WA 1H2JA 4TX6A 3W6LA 1UKTA 1DWAM 2VR4A 3ZT7A 4N0RA 4HU0A 4D6DA 3CZLA 4M24A 1JD9A 2CESA 5ABFA 4CU8A 2OWWA 2FHCA 3EDJA 3TTYA 1BHGA 4GZJA 3ZM8A 2ZXDA 3II1A 3QHMA 3WNKA 1E0XA 3QOMA 1MFVA 1XSKA 2XGIA 1H3GA 1QNOA 1U30A 2BXYA 1A47A 1MW1A 3PZOA 1RH9A 1CGUA 4X0NA 3PZMA 1E4IA 1I1WA 2J8FA 2EPOA 4AMCA 2DH2A 3EMZA 3OB8A 1QHZA 1EH9A 3WDHA 1BLIA 1GORA 3BAWA 3D3AA 1BGGA 4CGTA 1SYTA 4UQBA 3N18A 3AS1A 2V3GA 2V3EA 2WHMA 3TA9A 2G3MA 4LX4A 4XZBA 5A6JA 3W82A 1JFHA 3SCVA 2W66A 2JF7A 2YL6A 3AMKA 2VZVA 1YQ2A 1V3JA 4D6IA 2XYLA 5BXSA 1ISWA 4MNJA 2W92A 4OZOA 3ARVA 3AIEA 1GQJA 3WDQA 1KCLA 1NH6A 2WW5A 5EFDA 2GFTA 5EB8A 1B3YA 3ARUA 3LPGA 1G1YA 5A1AA 4W87A 1FHLA 5IFTA 1GQKA 1UA3A 4HZ6A 4PTVA 2DT0A 1TVPA 1CENA 2FH8A 4J3WA 1VB9A 3WUBA 1JZ3A 5I23A 1NM9A 3CUIA 5FKYA 1IZJA 4U2ZA 3MU7A 2ZIDA 1GQLA 2B31A 3OLDA 1JXJA 1UR9A 1W2PA 3WF4A 4RE3A 2BHZA 1JZ4A 1UR2A 2WMKA 4AZ7A 5DT7A 1H49A 2GVYA 2XM2A 1BPLB 3K8KA 1NQ6A 3L2LA 4AEFA 1V3KA 1IT0A 2XVNA 1K6AA 2DQXA 3ARSA 3DYMA 1BGAA 4OOZA 1UWTA 3CUGA 1US3A 1UH4A 2XJ7A 1ZJAA 1CWYA 2BVTA 3FAXA 5F7UA 3THCA 3BC9A 1TMQA 5LA1A 1E70M 2AMGA 1RP8A 2EJ1A 4QFUA 3N15A 3W24A 4J3TA 1CLVA 4UOQA 5I2UA 2VNCA 3B9EA 3CIVA 3RIKA 1LG2A 2AAAA 1TCMA 1C8QA 4P8WA 1Q6CA 1QNQA 2ZWZA 1H0GA 3THDA 1QNSA 5IDIA 2YOCA 1KXHA 3BAXA 4JFSA 5BROA 1DWHM 1NOWA 1WCGA 2AOSA 4BQ4A 4ZXOA 2YA0A 2Y2WA 1CGXA 1KWGA 5A3HA 4CKQA 4PEEA 1BYCA 5GQBA 1C7SA 3L4XA 3DYOA 1G01A 4MAZA 1E6ZA 2BY0A 3QR3A 4AD2A 1XV8A 1WB0A 3M07A 3WMCA 1PZ3A 2WPGA 1HKKA 2X2YA 4ACZB 1MW3A 4TVDA 1TFVA 1EOMA 1QPKA 4MAVA 5E6ZA 4BQ5A 3KL0A 3WNNA 6A3HA 4D6FA 2OLHA 2GK1A 2QV4A 1DWJM 1OWQA 1BVZA 5BRQA 3CZ8A 2WMIB 2VC9A 3VO0A 4XZWA 3VDAA 4RE2A 4L4OA 2OYLA 1GCYA 1WZMA 3J7HA 4FK9A 1HF6A 4AISA 3BXWA 4M1RA 2JEQA 2E9MA 2WAGA 3UETA 2EPNA 3RO8A 3WD2A 2PF0A 4B3LA 4DUWA 4PMXA 3MS8A 2WCAA 2WKGA 1TZ7A 1UWQA 2CEQA 3MMUA 4LYRA 3WD1A 4MJ4A 1HKJA 4DM1A 1HJQA 2WHJA 1QNPA 4UQDA 3ARRA 5BCAA 3AS3A 3WQVA 1W2VA 4Z2GA 5IHRA 3VIOA 5ECUA 1CTNA 1GQIA 4M80A 4CD5A 4D6EA 3WSUA 1KXVA 1GW1A 1WDQA 3W26A 5I77A 4ACYA 5DO8A 3VDBA 1QBBA 2A3BA 1HJWA 3MSDA 3AI0A 3VD5A 4DWSB 5HDRA 5JBEA 2UY5A 1R8LA 1V0KA 2ZOXA 4NF7A 2XVLA 3T2OA 4AD0A 3AHZA 4BA0A 1VEOA 1UKQA 1MQPA 3VMOA 4DM2A 5A8QA 1QBAA 5EBAA 3FXYA 1K9TA 2WLYA 1KGUA 4PTMA 1OBAA 4KGJA 3SUVA 2BHYA 4W5ZA 4UQ9A 3VD3A 1GPFA 2PB1A 3ECQA 3I3DA 4PMZA 3WH9A 2WHKA 5LA2A 2CCRA 3BCFA 1CGTA 3VIFA 2WM0A 1UYQA 2WWCA 1FP8A 2VUYA 4F66A 1AVAA 3RILA 3N1AA 1K9EA 2ZXBA 4DWSC 1M7XA 1SR0A 2F8QA 4JKLA 4TTGA 1XD1A 2CITA 2XUCA 3WQ5A 2VMFA 2IUZA 4CN4A 3L4ZA 1KGXA 1CXFA 1ZBKA 4IPNB 1JL8A 2DSWA 2XGBA 2WSKA 3VIPA 5LYRA 1W32A 2RGMA 3SCOA 3RJYA 2GJRA 3WEZA 4OOUA 5BYWA 1G5AA 2VRQA 3S2CA 2W67A 5A6KA 4UFJA 1NP2A 4HPGA 3SCRA 1UWRA 3APGA 4JL1A 4AIEA 4BF7A 3T08A 2VI0A 2Y5EA 3PN8A 4CN6A 1V3MA 1MW2A 1GVIA 4ML4A 5I5RA 3VD7A 2EXOA 5CGMA 4AZCB 3AIWA 3FW6A 5CG0A 2GJXA 1CXHA 3N11A 1CXIA 4QCFA 5HBFA 4V27A 2VO5A 5I79A 5AC4A 3FAWA 4UCFA 4GI6A 3VX1A 2XSAA 3ALGA 1WE5A 4M8UA 3WDRA 3QHNA 8A3HA 3KL5A 3WFLA 2YL9A 3VKKA 5A69A 2YIHA 2X0YA 1M04A 3CUJA 2BVDA 2J7HA 5CSYA 4L4PA 3SCQA 1B31A 1EHAA 1E6SM 1V6YA 1VIWA 5AY7A 1W91A 1QOXA 4K68A 5BWFA 1XD0A 2OSWA 3UR8A 4J28A 2E4TA 4LGXA 4JFWA 4D72A 3F4VA 4RE4A 1KQYA 4PSPA 1PBGA 1KB3A 2VT0A 3CPUA 3U57A 3BAJA 3MMWA 1VJSA 3JUGA 3PBGA 4EE9A 1BVNP 1EXPA 1X1NA 1GONA 3G6MA 3SCUA 1UHVA 4QCEA 2XWDA 3VIMA 2X0HA 1ZJBA 3B8SA 4H7VA 4PMNA 1V6XA 4M56A 1ZBCA 2WVTA 4Z2LA 4J3VA 4TXEA 1BG4A 2DIJA 4W85A 2D0HA 3WQ6A 3EDDA 5E70A 1LL4A 2W63A 1QVBA 2D3LA 4EKJA 1TUXA 3W53A 2WANA 3MANA 1D3CA 1R85A 3WBAA 2GSJA 1XRVA 2PBGA 3GNRA 3VNZA 3W25A 2WVVB 2UY2A 5CLWA 5TD4A 3AIUA 5CZKA 2YL5A 1W1TA 3IJ9A 4PCSA 4GXPA 4M81A 3K8MA 4XB3A 4UOJA 4LQ1A 4WKHA 3CH9A 3WF3A 5FCZA 5A94A 3AISA 3M6DA 1SMAA 5CPSA 3POHA 3SEPA 3SUWA 3PZ9A 3CHEA 3N9KA 3GDBA 4ZE4A 4GZEA 1BG9A 1EA9C 3AMGA 3WD0A 2G3IA 5FL1A 4HMEA 3MUY1 3L2MA 1LWHA 1WDRA 1E43A 1UQZA 4W8LA 4WJXA 1AQMA 2Y8VA 3TTOA 3EMQA 1CBGA 5C71A 1W9PA 1S46A 1CIUA 4H8UA 2E9LA 3WF1A 3VDCA 3GH5A 4F9DA 2V5DA 3AHVA 2JF6A 2D2OA 4AZHA 1UKSA 4IPLA 1BYAA 1V02A 4XX6A 6TAAA 3L4WA 1CDGA 1EGZA 4AD3A 2D3NA 1B3WA 1OINA 3DECA 2DSUA 1R87A 3WEMA 1OIFA 3A3HA 4JAWA 3UESA 1B0IA 3FHQA 1UD3A 3GH7A 2J4GA 1HT6A 3OIHA 3RJXA 1H09A 1J9YA 3CZKA 3AZRA 5HNNA 1VEMA 1ZBWA 4MDPA 2A3HA 3BLPX 1V6VA 1H4PA 4OKDA 1HJXA 3MSGA 2ZUTA 2ZX8A 1KFWA 4PYSA 3NJ3A 3T0AA 3N17A 2NT0A 1GJWA 1QI4A 3E1F1 8CGTA 1KQZA 1TA3B 1Y7VA 4CCDA 3DC0A 4MNLA 1V6UA 4JCMA 2WMFA 3TTQA 4B16A 1C8XA 1DWIM 1VENA 3SUUA 4CVWA 4P7NA 3UERA 3K1DA 4LYPA 4HA3A 4TOQA 3CO4A 1VFFA 1XHGA 5AYBA 3IK2A 4W93A 3WQ8A 1OB0A 2VURA 5A95A 3PTMA 1UA7A 1MQQA 2WVSA 1NWTA 1HN1A 1GNXA 3EBVA 3GNPA 4WF7A 2G4FA 3RPMA 4BS0A 1WP6A 2D23A 2OWXA 3UG4A 1JI1A 2WCGA 4YPJA 4AW7A 1W9DM 2WZIA 2VZOA 2UWFA 1C92A 4LPCA 1JI2A 1N82A 3GTNA 3PZVA 3PTKA 3W28A 4CUCA 1ZU8A 2YJQA 2ZX6A 1O6IA 3MKKA 1QI0A 3EMCA 3T2QA 3NUKA 4LYQA 5JUVA 1QHPA 3W29A 1C7TA 3ZT6A 2VVSA 1VBUA 3OGVA 2D0GA 1V3IA 3MV01 4UNIA 2CBUA 5JIWA 2VOTA 1HKIA 3CGTA 4BCEA 1PIGA 1W3HA 3DHUA 3BH4A 3CUFA 4KWUA 1LJYA 1VBRA 3U7VA 4Z2IA 5JIPA 1VRXA 1XGZA 1EDQA 3RDKA 1RD6A 3WF2A 2MANA 5A6MA 1PJ9A 2WZHA 1UR4A 2YDRA 4HOXA 1JIBA 1UD4A 4PTWA 3IJ7A 1KXQA 3HMCA 5JBFA 1E1FA 2X8RA 4J3UA 4W5UA 2VX7A 4FF5A 2J47A 3DYPA 4PMQA 2CYGA 5BXPA 2DEPA 3BMVA 3CZJA 1C91A 4AZ6A 3IANA 3KEHA 3OGRA 4ZXLA 2Q8XA 4OIFA 4CN1A 1ISVA 2BXZA 1ZL1A 1HL8A 4PCTA 4MNKA 1XYZA 3HJEA 2A3AA 3VINA 3SCSA 1PX4A 3MUAA 6CGTA 4UQCA 5A8OA 2PI6A 1V0LA 4IM4A 4GKLA 4U3CA 4ATLA 4C7GA 4JFTA 2PWDA 1W9UA 1E4MM 4AEEA 1LLOA 3L4TA 3BSHA 2ZUVA 2ZUUA 3M46A 3PZGA 1CYGA 2J7FA 2VQUA 3O2LA 5E9AA 2XIIA 3QOKA 1GOOA 3AXIA 1JGIA 1V0MA 4UZSA 1B3ZA 1FH8A 3NSNA 4J27A 4U5KA 5D9NA 3OZOA 4ATWA 1OIMA 1C3FA 1F4HA 2E3ZA 3TONA 3CZGA 1KR0A 5I24A 1HX0A 1UD2A 4XV0A 3PZTA 5GPRA 2OYKA 1GOQA 1VEPA 1US2A 1J01A 2QMKA 2QPUA 2WVUA 1IZKA 1FFQA 1B3VA 4HMCA 3NSXA 1GHSA 2EQDA 2CBJA 3QGVA 4PRWA 5I6SA 1UR8A 2YLLA 1X6NA 1HP4A 1BYDA 1J0KA 1SFSA 3A4AA 1G9HA 2GJPA 1XH1A 1XCWA 3TTSA 3WY1A 1KXTA 2XIBA 1B3XA 3CMJA 1OT2A 2Y4SA 1UR0A 1PAMA 1XH2A 3NSMA 1CLXA 1BAGA 4GPNA 2E40A 2Z1KA 1DWFM 3QHOA 3UG5A 2WMIA 4HP5A 2RGLA 1CXKA 5A6SA 3GXIA 1ODZA 1CGYA 1MQRA 1A3HA 4D6JA 3VIHA 3VX0A 2X1IA 1FOBA 5GNZA 2C8NA 5ABEA 3DHPA 2XHYA 4HTYA 3WFZA 3PTQA 3VNYA 2E0PA 4AIOA 2CXGA 4JFVA 1CPUA 2J7GA 3WDJA 1R7OA 2WKLA 1JAKA 2Y8KA 3PZNA 4CD6A 4KH2A 2FHBA 3U5UA 1GOMA 4MB4A 1NWRA 1WNOA 2EBNA 1H1NA 1JNEA 5A6LA 3WUEA 4Z2KA 5E09A 4NI3A 1UOKA 3GBEA 4HOWA 1E0VA 4H8VA 4QLKA 2VX5A 4H8HA 1O7AA 1PIFA 4AY1A 2XG9A 5D9PA 3OGSA 1NWUA 1OGSA 3ARXA 4MJ2A 3S6TA 4DWSA 3CHDA 4WLCA 3OA5A 2Y24A 3WQWA 1CECA 1QI2A 3ZR6A 2CERA 5FOOA 4CVUA 4GI9A 4TX8A 5BXTA 2FH6A 1JYWA 2CBIA 3ZT5A 4UFLA 3EYPA 2WMJA 1GVYA 1VJZA 2NSXA 1XSJA 3CBWA 3BLKA 4NZCA 4YN5A 2DGAA 9CGTA 1DP0A 4MB3A 3WDPP 3OLIA 3TOPA 3A4XA 5CLTA 2WBKA 2GJXB 3M7SA 1BYBA 1OD8A 1BTCA 3AFBA 1JYXA 3EDFA 3N12A 3VGBA 5CJ5A 1IV8A 4JKKA 2WLZA 1PEZA 4UTFA 2X05A 4MNMA 4E4PA 2XFRA 4DUVA 4JKMA 4JL2A 2ZUMA 3RM9A 2YL8A 1UD6A 4D6HA 1JD7A 1OCQA 2ZX5A 3GXFA 1VFMA 3AHTA 1UWSA 2WYSA 1BF2A 2BFGA 4D6CA 1TR1A 1K9FA 3POCA 4MPKA 1UKOA 3CHCA 1W3KA 3WIJA 3VIJA 3WH7A 3HU7A 4PSRA 3MMDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FGZ A;  3WEO A;  1Q6F A;  1UWI A;  1E72 M;  3MV1 1;  1E9L A;  4OUE A;  2E8Y A;  3GZA A;  2CNC A;  3WUG A;  2J78 A;  4D71 A;  2VZS A;  1FA2 A;  1GUV A;  1GJU A;  2ZXA A;  3AHX A;  3RM8 A;  4B9Z A;  5A2A A;  4WKA A;  3VGH A;  4WK9 A;  2DT2 A;  3ZJ8 A;  3PZU A;  3AIV A;  1E6R A;  4D6G A;  4BZY A;  2ZUN A;  5FIP A;  3NCO A;  4QDM A;  3IAQ A;  5LA0 A;  1ITX A;  3KL3 A;  5A8N A;  3AZT A;  1E0W A;  1H2J A;  4TX6 A;  3W6L A;  1UKT A;  1DWA M;  2VR4 A;  3ZT7 A;  4N0R A;  4HU0 A;  4D6D A;  3CZL A;  4M24 A;  1JD9 A;  2CES A;  5ABF A;  4CU8 A;  2OWW A;  2FHC A;  3EDJ A;  3TTY A;  1BHG A;  4GZJ A;  3ZM8 A;  2ZXD A;  3II1 A;  3QHM A;  3WNK A;  1E0X A;  3QOM A;  1MFV A;  1XSK A;  2XGI A;  1H3G A;  1QNO A;  1U30 A;  2BXY A;  1A47 A;  1MW1 A;  3PZO A;  1RH9 A;  1CGU A;  4X0N A;  3PZM A;  1E4I A;  1I1W A;  2J8F A;  2EPO A;  4AMC A;  2DH2 A;  3EMZ A;  3OB8 A;  1QHZ A;  1EH9 A;  3WDH A;  1BLI A;  1GOR A;  3BAW A;  3D3A A;  1BGG A;  4CGT A;  1SYT A;  4UQB A;  3N18 A;  3AS1 A;  2V3G A;  2V3E A;  2WHM A;  3TA9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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