3W2K | Genus

Total Genus 106

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	106
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7894824208087576__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7894824208087576__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3W2K/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7894824208087576__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7894824208087576","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3W2K/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7894824208087576__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Trypanosoma cruzi
publication title	Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with MII-3-165 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
total genus	106
structure length	313
sequence length	313
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2012-11-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	3w2kA02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3w2kA01

1SU5A 2YCEA 4M7SA 4NU7A 2E5BA 5CZTA 3RLVA 1TPWA 1FCVA 2KZHA 4FIRA 3LI0A 4QNEA 1OFAA 5CZJA 3TROA 1KFKA 3TNOA 4O15A 3CM4A 1QFEA 2ZZ3A 3OHIA 3L67A 4O4VA 2EHHA 3QJAA 2G95A 1JULA 3RK8A 4ADTA 2ZZ4A 3W1XA 2E6DA 5F2IA 5CPMA 4XKYB 2TYSA 3PY2A 3NPXA 5KTLA 2WOQA 2EF9A 3GAYA 3W70A 4IOTA 1TPB1 4LS0A 1OABA 3W3OA 3NQ8A 4K6AA 3BG5A 3Q58A 1JJKA 2VEPA 5HNRA 2HSAA 4MY9A 4X9SA 4H3DA 3HG5A 1KM5A 3W83A 5AC6A 1QWGA 1KV5A 4Z0SA 5ABTA 3T55A 3W7MA 3NL5A 2TMDA 1WXJA 1GOXA 1TTIA 3HO8A 2X1TA 3QFEA 1KTNA 3GB6A 4QAIA 4EWND 1YDVA 2PRHA 4FHAA 1H50A 4QSHA 1QCWA 2ZQ0A 3NQEA 4C1KA 1P0KA 2ZRVA 3W7GA 5G1TA 1GVFA 5BOOA 2JKPA 2P1FA 4HPJA 1C8VA 4S2BA 3R89A 4ORMA 1YADA 1LRTA 1GZGA 4WOQA 4L4LA 3U2OA 1OK6A 1HUVA 4UUIA 3U6WA 3QRHA 1JRBA 3W7NA 2R14A 3SGUA 5G1YA 3GYEA 3NQ2A 2WPBA 3VE7A 4I7UA 1IIGA 3HG4A 1XCFA 3EX1A 5LNRA 3QQ0A 5AHIA 5TQLA 3OEXA 2BTMA 3C2FA 4BK9A 3MUXA 3O1NA 1KFLA 1JVNA 3BW2A 3NEVA 2V30A 2VOMA 4LWWA 3TUUA 3L2IA 5U4NA 1I4NA 3W7EA 2ATSA 3A9IA 3MI2A 3LLFA 1UUMA 2EKCA 2NX3A 3QEZA 4MZYA 2C18A 3HJZA 3NQMA 1ZY9A 1AW5A 2CLHA 5CKSA 2FJKA 1I2RA 1Y0EA 3W7JA 1SZNA 1X8FA 2B7QA 2YZRA 4IMEA 1EIXA 5D03A 1FDYA 4Q33A 3W7LA 4JTKA 3ZFHA 5HJLA 2FIQA 4N4QA 3TC7A 3W23A 4UFKA 2ZCGA 5D2VA 1LRNA 3IIVA 2QF7A 1WA3A 3FYOA 1GJPA 4O50A 3DFNA 3M16A 1DHPA 5F4XA 2LLEA 1JCYA 4UTKA 1SO4A 2EAWA 1TRIA 5AOUA 4OHQA 3TE9A 5AHEA 5F2LA 4DO4A 2FFCA 5DY3A 3IIXA 5AC7A 2H6RA 3A21A 4IXHA 1FBAA 4JR5A 3WJZA 2YDAA 3I7SA 3WFAA 1YDOA 3WJSA 1I2OA 5BMXA 3C2RA 1TREA 1VS1A 1OYAA 4IX0A 4O1DA 3STFA 3W7PA 3NYZA 1DKWA 1U5JA 1XBVA 4HT3A 1HTIA 1QO2A 3A22A 1JCNA 2QUTA 4PEKA 4HPXA 4DO5A 3VFLA 4NXSA 1H7RA 3P81A 3FA5A 4POCA 1TCDA 1DOSA 3GX9A 3C56A 4JTTA 3BK0A 3NQGA 3C52A 4UTLA 1TPH1 1F74A 3O6DA 4Z1BA 4WD0A 2NV2A 2H90A 4N6FA 2B7OA 5T26A 4ADSA 3NQAA 1KM6A 5C6MA 2ZA3A 2Y7EA 3CWNA 4MOZA 2BZNA 2QDHA 3G8EA 4O13A 3BLIA 2C14A 3B03A 4AH7A 3FS2A 4UTUA 2DJLA 3G22A 1HG3A 5I3HA 3W6YA 4JNMA 4JTEA 3B4UA 2EGZA 3G1DA 4CQ9A 1I2NA 2NWRA 2FB3A 1UASA 3QMTA 4M19A 4HNVA 3G1XA 5DBTA 1W3TA 5BMWA 3G1VA 4QQ3A 3F4NA 2QCEA 4TO8A 4PODA 1QOQA 4AEOA 3SZ8A 3PWAA 4JTUA 4AHPA 4DXVA 4NJGA 4MIMA 4AHQA 5K3VA 2Y63A 4I9AA 4JTGA 5H91A 2BLEA 3QQ1A 4NVTA 4A29A 3O6CA 2E6FA 4PA8A 3UWQA 3MP3A 1S5TA 4JXCA 5LNSA 4FF7A 4G1KA 1FCUA 3EKZA 3M5YA 4LVBA 4MLRA 3MHUA 1Q6QA 5BW6A 1S5WA 1IXNA 2E5CA 1EEPA 4AF0A 4RX0A 3W7RA 3LHTA 3PG8A 3GR7A 3M5ZA 2Y89A 1P1XA 1ZHAA 5EPDA 4M6QA 1IGSA 1N7KA 1XBYA 1W5QA 4NQ1A 1IIHA 4TR9A 4EF9A 3KX6A 3EWWA 3M5XA 2A6LA 4FB7A 1RQEA 2V82A 3N14A 2GPTA 3P80A 1TPC1 2F84A 2WSRA 2NXHA 4JYEA 3JR2A 1A5BA 4OU1A 5D33A 1SW7A 4R34A 1K7XA 3SR7A 5C55A 2CZEA 5C2XA 1XC4A 2WNNA 3TSDA 3GLCA 1D3HA 3IGUA 5AHNA 3EXTA 2VEKA 2NLIA 3KRZA 2NX9A 4XQ6A 5J5RA 1K8YA 3L65A 4Y96A 3KRUA 5FEPA 3W1NA 1JR1A 1QDSA 4UTWC 1FQ0A 4S1FA 4LU0A 4WZHA 3I6RA 3C6CA 3SECA 1TTJA 2W0UA 5LNUA 4K8EA 4I7WA 2ZRWA 2QCLA 3TAOA 5FESA 3LTSA 1PE1A 3W2KA 2D73A 3PBYA 4BR1A 4O14A 5EYWA 2ZZ2A 4EOUA 4KWWA 1VJIA 4WY0B 3HB9A 3O6YX 3K30A 2X1RA 1OX4B 1Q6RA 3KVMA 3HMJG 1GEQA 4NXKA 1PL9A 3EXRA 4GC4A 3E49A 2X1UA 3QPZA 1X1ZA 4O11A 2CLEA 3ABSA 3NZ1A 3OA3A 3LHZA 3LRLA 3O8AA 3TK7A 1OF6A 2QEZA 1FUYA 1GYLA 2A7PA 3IVSA 3HPZA 2RDTA 2WNZA 5SWUA 1TJPA 1WQ5A 1TPVA 4NJHA 3LCXA 1AG1O 1JUKA 3LLDA 1VLIA 1HFBA 3LXAA 2X2GA 4GE8A 4QJ1A 2TRSA 2YX0A 3LHWA 3QH2A 3G1FA 1DJNA 3HBLA 1W56A 4N9EA 3UXAA 1ZJIA 5C5YA 2ZA1A 4WOZA 4N2YA 1LZOA 2J9YA 3G1SA 3UWYA 1WYIA 3E96A 3P84A 1T96A 4DQWA 1R30A 2VFHA 1TSIA 5CZSA 3P61A 2ZTKA 5EKYA 4AAJA 1X7FA 3NR0A 1G6CA 4WJEA 2E6AA 1KM3A 6TIMA 3L66A 1QNVA 4O12A 4GXMA 2PE4A 3NAVA 2QCGA 3FYPA 1SR9A 2Y7DA 2DZVA 3HOJA 1TTPA 3OG3A 2V0TA 4UNKA 2ZZ7A 3TQKA 4PTNA 3B0VC 1K3UA 3GDMA 4L4MA 4LTSA 4FNTA 1F6PA 3T7VA 4O1CA 1PHQA 4BFAA 2GVLA 3PAJA 2W79A 4PCFA 4JTLA 1L6WA 2ABAA 5D2YA 1W5PA 3MHGA 3IRDA 5CG7A 1RPXA 3O16A 2V5LA 2ZRXA 3W1LA 4RZ5A 2CW6A 4K7VA 4W9TA 1FDJA 2RFGA 4A22A 1EPXA 1FWRA 3NPUA 1FWTA 3DKLA 4H4IA 3NVTA 1V7YA 3PSWA 1ZALA 1JRCA 3T4CA 3UPBA 5LHFA 3P60A 3LHYA 3NDOA 4FEZA 1PCKA 3BPWA 3HPSA 3M41A 4ORIA 3TMQA 2DU2A 2QCDA 2WV8A 3M6YA 3DFSA 3EEGA 1JQXA 1N55A 1UB3A 1G4TA 2Y88A 2BSLA 5A5WA 1TPUA 1NF7A 1D9EA 1NF0A 4K7YA 3LCFA 3NL3A 2VXNA 3TW7A 1PCWA 1Q45A 1D3GA 1THFD 1GVOA 2VEMA 3BLEA 3TW6A 2NX1A 5KSWA 5EBUA 2VC6A 2XFWA 2NUYA 3EWBX 4YMZA 1AW2A 3TJXA 1YXYA 3PBWA 3BW3A 2H3BA 4OT7A 4NZJA 1IF2A 3EX3A 2DORA 4LS2A 3B8DA 3DH7A 1YTKA 3M0ZA 2FLIA 4TMBA 4WUIA 3R8RA 1OFOA 3USBA 3UZ5A 1G4PA 5G4EA 4RZ6A 4UR7A 1LORA 4HSOA 5HR7A 3QW3A 2O7SA 3T44A 5AC8A 2QCMA 3ABRA 3E02A 5F4SA 4AF0B 4CNOA 4LV4A 2JKAA 3OBKA 4Y9AA 1EP1A 2ZZ6A 2VEIA 1O95A 1TPFA 5HMSA 3CIXA 3KHJA 1KFJA 1SQ7A 3MWAA 3W71A 2QJHA 3RU6A 5AHMA 3NQDA 2E5DA 1H7WA 3ELFA 3M47A 1B4KA 4JIQA 2Y61A 3SJ3A 3BVJA 2Z2UA 1FXPA 3MI6A 1EX5A 1EP2A 1KLZA 2O7QA 3INPA 4J9JA 4RJEA 3L5AA 5FEXA 3PVFA 2FPYA 1XM3A 2WJZA 4UR8A 1QPNA 3B04A 1TIMA 5IM51 3DI0A 3DBPA 1FWSA 3IV3A 5CPNA 1JCXA 3WK0A 1BEUA 4LT9A 2A7NA 1VCFA 1EA0A 2VELA 2YFNA 3G3MA 1M6JA 1OK4A 1W1ZA 4JYFA 3W22A 3VKJA 4HSNA 5D37A 1LBLA 4YXGA 1XL9A 1YTEA 1LDCA 1UJPA 3W72A 1OFRA 1SO5A 3QF0A 1A5SA 4CCEA 2C3ZA 1TPEA 3A5VA 4JYDA 1VPXA 4JICA 1OX6A 3LXBA 5K7JA 1F7BA 2DJXA 2GVJA 2Q3OA 3FJLA 4E2BA 2YPIA 3W1TA 5HWNA 3BGJA 3NOEA 3P5ZA 1I8JA 3LCLA 3T78A 3C3NA 4IMFA 1XUZA 4RXGA 1AMKA 1W5MA 2Z1BA 3G1HA 3LBCA 5FF0A 3A5FA 4Z1CA 4JY8A 4R53A 3ZWTA 2VENA 2NUWA 1ICSA 2DZUA 2HS8A 3LCIA 1F5ZA 4UTWA 4Z0JA 2P0OA 1SSDA 3LHVA 3MYPA 3L5MA 3W75A 1X6UA 3M44A 3LCHA 3SY5A 3ABQA 5CPOA 5I3KA 1K8XA 2GOUA 3LCGA 1HL2A 1PVNA 4MJMA 4MVAA 4M6PA 4HHPA 2TPSA 4MFEA 3W1AA 2OX1A 3R13A 1YDNA 1LBMA 4GRSA 3SW6A 3E0IA 4DEFA 1OX5A 4A2RA 2V8ZA 2A2IA 2DZSA 3L5LA 4JY9A 4E2DA 1OHLA 1TMHA 1KW1A 4RV8A 5GVJA 3STGA 3W1RA 3GNDA 3VCRA 1ME7A 1R2RA 3BLFA 5DLCA 3G18A 1L2UA 4BWLC 4N4PA 4LW7A 4K37A 1WX0A 2ZZ1A 5KZMA 2HTMA 2NXIA 5E1QA 1VH7A 3LRMA 4NX0A 3UWUA 1DQXA 1VHNA 3NQCA 5KZDA 2G5WA 4GWEA 2WQPA 4GUHA 3TXZA 3W2LA 2H8XA 4LRTA 1ME9A 4RR4A 2J27A 3TFCA 3DFTA 1EP3A 2C13A 5I3GA 4AWUA 3KVLA 1LM1A 3LX9A 3P82A 3IGXA 3G24A 3C61A 4CLMA 3W1UA 3W1QA 4N9BA 3THQA 3FEMA 1W5NA 3W2NA 1KM1A 5IBXA 1JCJA 3WK3A 3DHDA 1S3HA 1X1OA 2DP3A 3UWZA 4YL2A 2OJPA 4Y90A 1WBJA 4AWTA 3B06A 3ABOA 3MHFA 4CQAA 3CLMA 5LNWA 1FWNA 1XI3A 3W1PA 3JRKA 4DPPA 1GTHA 5LSMA 2DZPA 1TV5A 1RV8A 5HQEA 1Q6LA 2AAMA 4QM1A 5E0KA 2Y62A 1MO0A 4EVZA 3CIWA 3PM6A 3W88A 4WXZA 1KFCA 4MLJA 2A21A 1MEWA 3B05A 3IVUA 1H61A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SR7 A;  1WZA A;  4QJ3 B;  4KIR A;  2WNN A;  3VCC A;  3QKZ A;  3WDQ A;  2ZXQ A;  2D2O A;  4X9Y A;  1VKF A;  4A3Q A;  4XQ6 A;  5J5R A;  4WJX A;  1O5R A;  1RBA A;  3PNU A;  5E09 A;  3SEC A;  4S23 A;  1LG1 A;  2PBO A;  4I7W A;  4M24 A;  2ZRW A;  4E8G A;  3KUM A;  3GVR A;  3AFB A;  4AC7 C;  3UG5 A;  4ICC X;  3W2K A;  2D73 A;  3LGD A;  5D4Y A;  5EYW A;  3QLD A;  2YB4 A;  4WY0 B;  3HB9 A;  4N0R A;  2X1R A;  2P53 A;  2CBU A;  1B2Y A;  3ORW A;  3HMJ G;  4NXK A;  1FWE C;  3E49 A;  3OZY A;  2Z25 A;  3ZXW A;  2X1U A;  3QPZ A;  1X1Z A;  1FKX A;  5G1M A;  4O11 A;  1B1Y A;  4PUW A;  2CLE A;  3ABS A;  2CIP A;  3LRL A;  1Q7Z A;  4K3Z A;  2CZV A;  1Q4N X;  2V5J A;  1NWU A;  1WB0 A;  1EZ2 A;  1RA0 A;  1FUY A;  3N13 A;  3OZO A;  1EJ7 L;  1BVN P;  2YDR A;  5HAT A;  2RDT A;  1E9Z B;  2W61 A;  4US6 A;  1TJP A;  1WQ5 A;  1XIB A;  3PZM A;  4NJH A;  1M7J A;  2ZE3 A;  3AHX A;  1SJB A;  1VLI A;  4YPJ A;  3UR8 A;  2EJ1 A;  3LHW A;  3B0X A;  3G1F A;  3CUZ A;  3MUC A;  4N9E A;  4ECL A;  5C5Y A;  2FGB A;  4WOZ A;  3ZLG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W2KA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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