3W6Y | Genus

Total Genus 105

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__0845070633141574__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__0845070633141574__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3W6Y/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__0845070633141574__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"0845070633141574","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3W6Y/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__0845070633141574__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03618e6f4796b0c1da1f19/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03618e6f4796b0c1da1f19/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03618e6f4796b0c1da1f19/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03618e6f4796b0c1da1f19/pdb.gz): 335 ms

reading 313 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

313 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:312});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Trypanosoma cruzi
publication title	Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with TT2-2-199 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
total genus	105
structure length	313
sequence length	313
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2013-02-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	3w6yA02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3w6yA01

3NNTA 3O6DA 3G1FA 3EX2A 1Q6RA 4RKAA 6TIMA 5BW6A 1SFLA 3F03K 4LU0A 3DENA 3W86A 1OG0A 2VENA 3A23A 4O57A 4DF2A 4NNBA 1EWEA 4N4PA 5GVJA 4LVFA 3RF9A 3LRKA 1K03A 4IMGA 5DCEA 5I3HA 1TSIA 3SY5A 1FX6A 2WSQA 4AVFA 3SI9A 3PR2A 5HR6A 1VYSX 1F73A 5DCBA 3W6YA 1AL7A 3EX1A 5BMXA 4OV4A 1FCVA 3DFPA 3W7QA 2YFOA 2QDGA 1H7WA 4H3DA 1YTKA 4EF9A 2Q3RA 3S1WA 4NJHA 3LHWA 3NO5A 1JR1A 5EY5A 1LORA 1KM2A 4GJ1A 4JTEA 5HQEA 3KVKA 1R47A 4ICNA 1LOLA 4CCDA 2VFGA 1XL9A 2CZFA 3NGJA 3QMRA 1FDJA 3W1NA 2JBMA 1ZENA 4CQ9A 1WOAA 1TB3A 1ONRA 2A7PA 4N4QA 4FB7A 1VZWA 5DY3A 2H90A 1J4EA 3HB9A 4B5NA 1PCKA 1LBLA 2CZDA 4NX5A 3U2OA 4BFAA 4JYDA 3A24A 1OF8A 2C0AA 4JTJA 1I2RA 4ONVA 1IF2A 5FEPA 3GXNA 3R89A 2J9YA 5BOOA 3A9IA 3H55A 5TQLA 3L2IA 4AWSA 3LBCA 2C6QA 2WKJA 2E5DA 2Y89A 3VCRA 1EUNA 2DZPA 3HOJA 2NWRA 5HUPA 1NF7A 4UTWC 4Z1BA 3NQFA 4XWUA 1QO2A 1JUEA 3G0XA 4MY1A 4A2RA 4AF0A 1WX0A 3BG9A 1K7FA 4PEKA 5LNSA 4NVTA 4LRTA 3OVQA 4I7UA 4JS3A 1GVOA 1IXPA 3UZJA 3NOEA 3A5FA 1L6WA 1W5QA 5CGQA 4U28A 1I2NA 1VLWA 5C2XA 4GRSA 4CNPA 5KTLA 1SUXA 3PWAA 4GUGA 1SFJA 3M5YA 4UTIA 5G2HA 3LRLA 1W5MA 1MZHA 3T7VA 5AFDA 1SZNA 3TMLA 2Y7EA 1BWLA 3IIXA 3BO9A 3O6YX 5T26A 3L21A 4EF8A 4JTTA 3LCHA 4JDBA 1GYNA 3L68A 3EXSA 3MHUA 4RCXA 3TSMA 1TREA 1XM3A 5C6MA 3N2MA 4UMCA 4A2SA 5D2VA 4FF7A 2ZZ1A 2QAFA 3DKJA 3PSVA 3W9ZA 8TIMA 5IM51 4Z1DA 3W76A 3G3MA 1OVDA 2YW3A 1AW5A 4LC8A 3N73A 2ZRWA 1LBFA 1XBXA 5FI8A 1SQ7A 3F4NA 2YDAA 3QC3A 3MMTA 1RZMA 2GUUA 4Z0SA 2ZZ7A 5H91A 2HS8A 1MEHA 4UTJA 4Y96A 1A5BA 3CLMA 2J27A 4JYEA 4HPJA 2B7QA 2FQIA 4RV8A 1HG3A 1OFDA 2EKCA 2J9XA 5CZSA 2VEKA 2E5CA 2YPIA 1ML1A 1QAPA 4R53A 1KFCA 3TK7A 4IMEA 2QDHA 4Y90A 4LVBA 4XKYA 3GZ3A 1F2JA 4GXMA 3OVRA 2ABAA 5EPDA 3QW4B 3O07A 1QWGA 4D2JA 3W2KA 2F84A 4UMBA 4O16A 3HGSA 5F2GA 5HNRA 1TJRA 1G67A 3HIJA 3STEA 1OFBA 1TV5A 4MYAA 3RLUA 3USBA 1AG1O 4N2YA 2NXHA 3TJLA 1YYAA 3DXIA 2OX1A 2NUXA 3I7RA 2WQPA 3ABSA 4W9TA 4Z0JA 3SW6A 3LI1A 1W3NA 1OFOA 1Q6LA 3IIVA 1FCQA 1WQ5A 4UCGA 3QJAA 1SR9A 3NR0A 1WV2A 2CLOA 3TC6A 3C52A 3QF0A 4LUJA 3W7GA 1H50A 3CHVA 2ZRVA 4S2BA 2OCZA 3ZWSA 4GUHA 3THQA 5FF4A 2NLIA 3HG3A 5FF7A 3GNDA 4MUZA 1KM1A 4PTNA 1YPFA 2YYUA 5AYYA 1BKSA 4JX5A 5DXYA 4WOQA 4FNRA 1QCWA 3M7WA 1C8VA 3UQNA 4PCFA 4O52A 3O6CA 3E49A 1QPOA 2OMAA 5CG7A 1KW1A 1MEIA 3I65A 2RDUA 3LX9A 2QJGA 2XFWA 5KSWA 3W7PA 4O53A 4DO6A 1FY6A 3SGZA 1C9DA 3TUUA 4K8EA 4KFNA 3DHDA 4HNVA 2YSWA 2V8ZA 3ZFHA 3KX6A 2QCEA 1E51A 1D9EA 1H62A 1LROA 2FTPA 2Y7GA 2NXGA 5LNVA 3L9CA 1XI3A 3CU2A 2DZTA 4H4IA 2TYSA 3NA8A 3KRUA 1A5CA 3EWBX 3QQ1A 2EPHA 1W37A 1QOPA 2PRHA 1H5YA 2RDWA 3INPA 3CT7A 1DQXA 2GPTA 2BX7A 3F4WA 4IX0A 3CWNA 1GTEA 4NT0A 3HPSA 3EWWA 2VC6A 3L67A 2ZZ6A 3P5ZA 4DO5A 3NQVA 4MOZA 4FNSA 3W7NA 4AEOA 4JTFA 3C2OA 3LBMA 1VRDA 4FX7A 1SPQA 1VCVA 4YCPA 3IIPA 3R5EA 3Q2DA 1U83A 5TBOA 4GFSA 3W1UA 2ZZ2A 1KTBA 1FCBA 3NXFA 1H1ZA 2ZYFA 1QPRA 1UUMA 3QZEA 2E77A 3KVLA 2ZZ5A 3PBVA 3H54A 2FIQA 3IRDA 1LP6A 4UNLA 1TO3A 1OX4A 2FB2A 1GJPA 1RQEA 1X6UA 1G7UA 3DAQA 1OFRA 1AMKA 3W73A 3OBKA 3RMJA 5D2YA 3HO8A 4NXSA 3TXZA 1ICPA 3GX9A 1TTQA 3SFKA 1VCFA 5EL1A 2H8XA 3TNOA 3B06A 4JDYA 5D2TA 1YDOA 2WNNA 3QPYA 5KZEA 2HMCA 1QDSA 1K8XA 1DVJA 5K2ZA 1TPVA 4IMDA 1LZOA 1B4KA 1EPXA 1F6PA 1FXPA 2E1DA 1PHQA 3EWZA 2YFNA 3NQ8A 3Q94A 3N34A 3LTPA 2O7QA 1R2SA 4O1AA 5FF0A 3CWOX 2ZZ4A 1ZY9A 2CLMA 3UZ5A 4OGZA 5A8GA 4QNWA 2Z6JA 1QNVA 1NF0A 3QRHA 3T44A 4RX0A 1FDYA 3MI6A 3W2JA 4MLRA 3A21A 1X8FA 3UWZA 3C2FA 4JIPA 4DELA 4DQWA 2QEZA 2FB3A 1GG0A 3DFQA 4O19A 1VCGA 4S1FA 1RD5A 3RU6A 1W3IA 4UTTC 1UUOA 1TTJA 4OU1A 4FNTA 5HMSA 4POCA 3C2VA 3LTYA 2HTMA 1JQXA 1F74A 3I7SA 3SIZA 2VEPA 1SO5A 3UYCA 4HNTA 1AL8A 5D37A 1UASA 2A5HA 4ZZ9A 4WY0A 5I3JA 2CWNA 1ZHAA 1P5BA 5KZDA 1DORA 3ABOA 3WJZA 2QUUA 3AJXA 1UBSA 3C2RA 3Q58A 2BTMA 1NAL1 1ZAHA 4IMFA 1WOBA 3GB6A 4RJEA 3TIMA 4WZHA 1SW0A 4UFIA 5EMUA 3MO7A 3VE9A 3G18A 2RHGA 2WOQA 2C14A 2TMDA 5E1QA 1FWWA 4TIMA 3TCEA 5C54A 4UTMA 3O05A 5AN7A 1IIGA 3BGJA 1THFD 2FPTA 4ADUA 2BZNA 3MP5A 3L5AA 3EWYA 6ALDA 4JYFA 3EKZA 4MFEA 5HR7A 1YTEA 1M7OA 2V2CA 4O0KA 3QSRA 3T4CA 1GT8A 2RDTA 3RLVA 3MI3A 1L2UA 4JTGA 4PFMA 4O17A 2JGQA 2AAMA 1T96A 2DORA 1LDCA 3KFTA 4LTSA 5DBUA 1ME9A 3UWUA 1Z42A 4RZ6A 4U4MA 2QCMA 2TPSA 3C3NA 4TMCA 1A53A 4ORIA 2Y63A 4LS1A 1GOXA 4LS0A 1VQTA 4LT9A 4ZQPA 3UNDA 3FJLA 5G2IA 2C15A 4CNOA 4JTHA 1LOSA 3G3DA 1ME7A 3P61A 3HPXA 4GUJA 4LOCA 4ZVJA 5U4NA 2C16A 3GKAA 2E6AA 3ABRA 4YCOA 3OA3A 1H63A 3W83A 4GWEA 4QITA 3BG3A 1HTIA 1VC4A 1WA3A 5F2IA 3HBLA 5LGZA 2XN2A 2X16A 4O13A 4JXCA 1GZGA 2Y70A 4GNJA 3HG2A 3QSTA 5DELA 5TIMA 3KHJA 5KZMA 1WXJA 3TA6A 3W1RA 3W72A 2GJNA 3ZS4A 2X1TA 1SZFA 3NL6A 5HUOA 3HGRA 4WQ6A 2EF9A 5LZLA 4LC6A 1VHCA 5F1VA 3B05A 1FXQA 2DP3A 4KFOA 3W71A 1XC4A 2ZDRA 3W1XA 1KFLA 3S5ZA 1YXCA 3IVTA 2B7PA 3KAOA 4Y8FA 3TROA 4DXVA 4CQAA 3NPWA 1TPC1 1F05A 2Z0IA 5G2WA 3PSWA 4IJBA 1O4UA 4YXGA 4ALDA 4NJIA 2WNQA 3LV5A 5AHLA 2Z1BA 4FEZA 4K8HA 3UWVA 3LCXA 3TU9A 4FIQA 4Y6GA 3S6DA 3UWYA 3SZ8A 3ABQA 1TPFA 3W7EA 3G22A 3W88A 2YYTA 3G1AA 3W1LA 1DJNA 1X7FA 4AF0B 4A22A 1I2QA 3KRSA 2E6YA 3O15A 1JRBA 1AW1A 1PCWA 4JD4A 3IIZA 1H1YA 4R34A 4AHQA 1W5PA 1ADOA 3WK2A 3NPXA 4O1CA 1XBYA 2OT0A 2VFFA 3PY2A 1KV8A 4M19A 4AHPA 4MZ1A 4Z08A 4BI7A 3NYZA 4P2VA 2C3ZA 2Y61A 2QKFA 3ELFA 2KZHA 2DZUA 4IXXA 4Y9AA 4UFMA 2Y85A 1KFBA 1O94A 1KM4A 2W0UA 2ZA3A 5K9XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1K9T A;  1I1W A;  2EG8 A;  4I7W A;  2FTW A;  3PAO A;  4K1G A;  4F0S A;  4MFD A;  3GNN A;  1UR1 A;  3WYZ A;  4QDM A;  2YL9 A;  5BU9 A;  5EFF A;  3QOK A;  3IV3 A;  4GNK B;  3L0G A;  4XUG A;  2G37 A;  2CFF A;  2XIN A;  4JHO A;  1DIE A;  1ZAI A;  3LGD A;  3T8Q A;  1EQC A;  3K46 A;  4IL2 A;  1EHN A;  3BCF A;  4CNU A;  3FKK A;  2INZ A;  3DBP A;  4XIM A;  2WJE A;  1S46 A;  4NRR A;  5I23 A;  3IAC A;  4JN6 A;  1XDM A;  2OXN A;  3MMD A;  4H1Z A;  2EG6 A;  3V5O A;  4B4F A;  4DZH A;  4ERG A;  1BVZ A;  4CVU A;  4QP0 A;  3MDW A;  2E09 A;  1GVF A;  2ZBT A;  5DY2 A;  1KWK A;  2VEL A;  3EB3 A;  3SCN A;  1R3T A;  4Z2K A;  4RLI A;  1JCX A;  1TJ2 A;  1UBP C;  1YDV A;  3P8I A;  2NXI A;  3CUX A;  3IAP A;  4G7F A;  3BLK A;  2QMK A;  1JUK A;  1UCW A;  5BRO A;  4AIO A;  1UWU A;  1O7A A;  5XIA A;  2V5L A;  1UQZ A;  1N7K A;  3VGD A;  4S2C A;  4E3T A;  3LXB A;  1IE7 C;  3TWB A;  4GIY A;  3LPP A;  1JI1 A;  4JY9 A;  2OLA A;  5D9M A;  2XG9 A;  5AC5 A;  1W3K A;  1XBV A;  1B54 A;  1C8Q A;  2ZQ0 A;  1A5K C;  2P1F A;  4LV9 A;  5E0C A;  3W02 A;  4ENL A;  4P8W A;  1Y7V A;  2E28 A;  1O1Z A;  3NPV A;  5JBE A;  4AH7 A;  4M5P A;  5KIN A;  3BAJ A;  5FD0 A;  1YTD A;  3O63 A;  3U48 A;  4QAI A;  1L6S A;  4IID A;  1MFV A;  4AWU A;  1GW1 A;  2OLH A;  3EOE A;  4IIS A;  3WJY A;  1Q6C A;  4C6E A;  5HDR A;  5CSU A;  1OK4 A;  1GVQ A;  4F79 A;  3WL0 A;  4A8I A;  1ZAL A;  2O7S A;  2PC4 A;  1UWT A;  1GKQ A;  1XSI A;  2BGN E;  3ARR A;  3EB2 A;  3FFS A;  5JMU A;  4HSH A;  5DF0 A;  1W54 A;  2BXV A;  4TR9 A;  4HPX A;  4GC4 A;  2VRK A;  2R6O A;  4FXR A;  2YXG A;  4N9B A;  4AHO A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W6YA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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