3W70 | Genus

Total Genus 101

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	101
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__546203853737789__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__546203853737789__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3W70/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__546203853737789__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"546203853737789","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3W70/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__546203853737789__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0361fc6f4796b0c1da1f23/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0361fc6f4796b0c1da1f23/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0361fc6f4796b0c1da1f23/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0361fc6f4796b0c1da1f23/pdb.gz): 2006 ms

reading 313 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

313 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:312});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Trypanosoma cruzi
publication title	Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with MII-4-095 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
total genus	101
structure length	313
sequence length	313
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2013-02-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	3w70A02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3w70A01

3TQKA 2JKEA 2VEPA 1VPXA 1VHNA 3S5ZA 4JTUA 3TU9A 1K8YA 3CQ0A 3TC6A 1Z41A 4UTHA 2ZBTA 1B57A 4JYEA 3O16A 2Y85A 3UPWA 3STGA 1WXJA 3TUUA 1KLZA 1YYAA 1QFEA 3I7RA 4FNQA 4NUWA 3D0CA 3W70A 4TX9A 1U83A 2WQPA 3KOFA 2ISVA 3O1NA 3M5YA 3G24A 4IX2A 4XWUA 3M0ZA 3P5YA 2ZZ2A 4JYFA 4QITA 2FB3A 2E1DA 3I65A 5EMUA 3HBLA 3FS2A 3GK0A 3B0VC 3PVFA 4JD4A 1Y0EA 2QUTA 2E5DA 1ZNNA 3PULA 2OT1A 4ALDA 1XUUA 3MI6A 2BSLA 4DO5A 2VELA 4UFIA 3DFTA 1OYCA 3MMTA 1M6JA 3W3OA 5FEPA 4FX6M 1Q6RA 7TIMA 1XBVA 4H4IA 1H7OA 1ZAHA 4UFKA 1TTPA 1PVNA 1K03A 3E9AA 1UB3A 3HGSA 3CB8A 1EX5A 5J5DA 4ICNA 1ZHAA 3IGSA 1ZENA 2YPIA 1RQHA 3LV6A 1EEPA 3UWYA 1R46A 2FLIA 3GDRA 2B7NA 3WJYA 3L0KA 2X16A 5AHEA 4OU1A 1A53A 3W7LA 3GXPA 3TJXA 3F4WA 3STFA 1UUOA 2Y62A 5FF7A 4N4PA 4EOUA 5C2XA 3DXIA 2ATMA 3MYOA 4W9TA 3Q2DA 4UUIA 2QDGA 3CM4A 2DZSA 1TPUA 1EPXA 1BKSA 2I1OA 1KFEA 3MWAA 1QWGA 1HFBA 3L67A 1SZFA 3NQFA 3LHYA 3RU6A 3W85A 1H7WA 1UJPA 2ISSA 3W74A 1LBMA 5FEWA 2ZZ6A 5AC8A 2YFOA 3ZR4A 3NL5A 1MZHA 3QSRA 4JIPA 4JNMA 1WA3A 3W1UA 2O7QA 3LHTA 2PRMA 4JS3A 1PS9A 1MXSA 3GXNA 4RZ4A 1KM2A 1W37A 3TR2A 3N9RA 3IGXA 1RR2A 2FPTA 3LI0A 5LHFA 3STCA 4GE8A 1YXYA 3QW4B 2VFDA 4BF9A 4HPJA 2C1HA 4IQLA 5G5IA 1SO4A 1VLWA 3S5NA 3JR2A 3HMJG 3W2JA 3Q37A 2XFWA 2H6RA 1TYGA 3H53A 1TV7A 3W7RA 4Y6GA 1TCDA 2BXVA 4ZQNA 3PC0A 5LNRA 2VFGA 3FEMA 3CIWA 1KV8A 1OFRA 3O05A 4GBUA 4ZQPA 3P80A 1G67A 3W7DA 3L68A 4Y96A 2DJLA 1SO5A 2ZA3A 4UTKA 3S5YA 5EL1A 3W1QA 5T26A 4RJEA 5DXYA 2NX3A 1WQ5A 4X22A 2E09A 1LRNA 2B0MA 8TIMA 4IOTA 2GQ9A 3CU2A 4MFEA 1NFBA 1GQNA 3W1AA 4UFJA 4UFMA 4DPPA 5L6UA 2Y7DA 2DZUA 5D38A 1X7FA 1W5PA 4JGDA 2ISWA 3WK1A 4M19A 3PSWA 3WK0A 3PUDA 1IF2A 3FOKA 3I7SA 4M6QA 1F7BA 3UY8A 1OFAA 5CPMA 3CEPA 3NPXA 2B4GA 3EB2A 3QJAA 1X6UA 3BK0A 5G1TA 4AHOA 3MYPA 1R2SA 5K7JA 2RKXA 3G3DA 4FNSA 3BLFA 3LLDA 4MVAA 4UFHA 3EKLA 1K02A 2GOUA 1SZNA 4I7WA 4X3ZA 3EKZA 3DZ1A 5TQLA 2DP3A 1OX4A 3SW6A 3TCEA 1VZWA 5G2HA 1LBFA 4ORMA 1F5ZA 1GPWA 4L4LA 4LWWA 4K8HA 4CNOA 4IMGA 1TV8A 1TIMA 5G2WA 3IV3A 3DFQA 3W22A 3VCRA 4GUGA 5HNRA 1M7PA 2H8ZA 4TR9A 3TSMA 1KV5A 2V82A 2J6XA 4K7YA 3C56A 2FQIA 3B8DA 4O17A 5E0KA 4EIVA 2NUXA 4KFPA 3W6YA 3UXDA 2YW4A 3PB0A 4OV4A 4O14A 5ABTA 3QQ1A 1U5JA 3RLUA 1FY6A 4ZL1A 2ZA2A 3S9YA 3G0XA 3MHGA 1FDYA 3B0PA 4FO4A 3KXQA 4UR7A 3THAA 1AW1A 2ZRYA 2CZ5A 1H51A 1ME7A 5HUPA 1QDSA 1UUMA 4Z1BA 2B7OA 2X1TA 1QO2A 3E02A 3QM3A 2GPTA 1G4EA 4LNYA 2TMDA 4O1BA 1ADOA 4BWLA 1YTKA 5KINA 3NM1A 4XQ6A 5DCDA 4ADUA 1W3IA 5J5RA 2J27A 1TPDA 1I45A 4JICA 2A4AA 4MFDA 3RLVA 3GAYA 1G4TA 3TA6A 5CKSA 3HG2A 5HR7A 1K8ZA 3GX9A 1KM5A 2V8ZA 1G7UA 3GR8A 3AO0A 3UWZA 1LOLA 2EAWA 3MBFA 3C2EA 3G1HA 2JKAA 3C2RA 3WFAA 1F05A 4HPXA 4YLWA 4JX4A 4ZMGA 4I7UA 2OMAA 2A7RA 4MLJA 3R8RA 4GUFA 3S1WA 2Z6JA 2YXGA 3MW7A 4P61A 1FUYA 3O63A 1H63A 5HULA 4BR1A 3NZRA 1RV8A 3NPWA 5U7SA 3WJZA 4LVFA 4JTTA 3FA5A 1SUXA 1TMHA 3GLCA 5CG7A 1D3GA 3KRUA 3M1ZA 1JCJA 1ME8A 2R8WA 4TO8A 3THQA 1TPB1 3QW3A 1F2JA 1XXXA 1J4EA 3A23A 2CLMA 3GYEA 1IIGA 1SFLA 2RHGA 1H1ZA 1VGAA 2C0AA 3S1VA 3TNOA 1DL3A 1R47A 3BG5A 3VFLA 1AMKA 4MZYA 3TC7A 5D2VA 1HO4A 3GZ3A 1XDLA 3MP4A 1AL8A 2OZ0A 3LB0A 3LTYA 1L6SA 1XBYA 4IXHA 4M6VA 3W7OA 3T40A 4UXDA 3LXAA 1H60A 2F84A 1S3HA 1I2QA 1XM3A 3G1YA 3NNTA 4PH6A 4JTSA 2HSAA 3NM3A 4G1KA 3ABQA 4GNJA 5F4SA 4NZJA 2WSRA 4HNNA 3L5AA 1LLWA 1H7NA 4DO6A 5CZ0A 3SECA 4BI7A 3DFOA 4U4MA 3EEGA 1QR7A 3CT7A 3FKRA 2EGZA 1Z48A 5C5YA 3P74A 1M5WA 3M41A 2NUYA 3IIPA 4ZQMA 3IIVA 3FYPA 2C3ZA 1I2RA 2QAPA 3IEBA 2C16A 1VS1A 4OT7A 3IGUA 1JUKA 3BG9A 2TSYA 5AB3A 5HWNA 1OFPA 1MSSA 3UY7A 2WSYA 3PBVA 3G1XA 4POCA 2YCEA 1RZMA 1I4NA 4MZ8A 3V75A 2NXGA 4ZQOA 2CZDA 4HSOA 2ZA1A 1VQTA 3I7QA 3L0GA 5LZLA 1LROA 2QCLA 2ZRXA 4BK9A 1Z44A 3IIXA 1KFBA 3HGOA 5HUOA 3RMJA 5K2ZA 1XKYA 1JRCA 3TIMA 2J88A 1GWJA 4WD0A 3HO8A 3QF0A 3TMQA 1FCUA 1YDNA 1QNVA 2NLIA 4MY8A 3W1TA 2A7NA 3N2MA 4OV9A 3W7PA 3HQ1A 3LCFA 3EX4A 4UCGA 4MZ1A 4HNUA 1N8FA 5G2IA 3IRDA 3UWQA 3JRKA 1JQXA 2VFIA 1A5AA 1OK4A 3NVTA 4JDBA 1R2RA 2ZFAA 3QRHA 2FPVA 2H3BA 2QDHA 3MBDA 4R34A 1GT8A 4O12A 4WY0B 4RXGA 3G18A 4HSNA 1KLYA 1VYSX 1SO6A 3WK3A 3PB2A 3M47A 4NXKA 4UNLA 1YDOA 3KAOA 4N9CA 1OG0A 3EWZA 1JQVA 3G1AA 5DY2A 3DFSA 2A5HA 1B9BA 1GEQA 1JCYA 1XDMA 1KFLA 1T99A 2JKPA 3FIGA 1PV8A 3N19B 5LGZA 1NAL1 3W75A 3DFNA 5LKYA 3W07A 1V5XA 4AHQA 1KW1A 2FFCA 1XBXA 3W1LA 4GRSA 2Y7GA 1FXQA 2GVGA 3L21A 5AN7A 4JTJA 4Y9AA 3OVRA 1QOQA 4K6AA 1TJRA 2FIQA 4Z08A 1PIIA 4BFAA 3P61A 4KFNA 3INPA 1QO5A 4S2BA 1H5YA 2P10A 4JTKA 5AYXA 2E6YA 5TBOA 4NJGA 2HS6A 5AHLA 3W7HA 1TTIA 4AH7A 2E5CA 3EX3A 4Z1CA 4O19A 1Q45A 4QJ1A 3VE7A 1K8XA 1FDZA 5FESA 2ZZ1A 4TMBA 1FXPA 5I3KA 4BWLC 1LYXA 3G22A 2A1YA 1LOSA 5EYWA 3FKKA 1UBSA 1XI3A 1GYNA 2WJZA 3S5OA 4N9EA 4IMCA 1TPFA 2DU2A 3PWAA 1QPRA 1SZGA 2XN1A 4ZQCA 1DORA 4AXKA 2WSQA 5H91A 1DQXA 1W3TA 3S8HA 1ICPA 1G4PA 4LTSA 5LHEA 3C8FA 4O16A 4MYAA 1EA0A 1FWTA 1QPOA 2Q8ZA 3SJ3A 3R89A 2NWSA 4J9JA 5AYYA 1YLVA 2Y7EA 1QOPA 1DOSA 3C3NA 3B06A 4HNTA 3T44A 1OF6A 3PBYA 5F4XA 1YPFA 3QC3A 3LCIA 5D2WA 2YR1A 1W3NA 3W7NA 1GVOA 2RDUA 3LCWA 1NF0A 3N9SA 4D2JA 2TPSA 5D2YA 4A2RA 4DBEA 1OHLA 3BGJA 4RCXA 1GG1A 1YADA 2Y61A 5LNWA 3S42A 1ZAJA 3GNNA 5C55A 4UMAA 1C29A 4JTIA 4UC5A 4RKAA 3SGZA 1WV2A 3CWOX 1DV7A 4K38A 5E93A 1SFJA 4RR4A 2ZRUA 3U6WA 3A22A 5CZTA 1IXPA 2DZPA 4NQ1A 2NXHA 4JIQA 3M9YA 3W1MA 4YMZA 3P8IA 1OFBA 1X8FA 1EUNA 3QPZA 1XFBA 4UTJA 3UWUA 3NYZA 1Q6LA 3PUOA 4O1AA 3W7MA 3PAJA 4IWWA 2ABAA 4AF0A 2V2CA 3MHFA 1R2TA 3A21A 1PHWA 3GDMA 4LV9A 3CPRA 4EWND 4O54A 3A5FA 3W7CA 1ZJIA 1FCVA 2QUVA 3NQAA 2PRHA 4WXYA 5HINA 1F6PA 2WNZA 3W2KA 1KM1A 4LUIA 2FB2A 3G0SA 2NUWA 1QMLA 1CW2A 3G1FA 4CQAA 5U4NA 4RLIA 4MY9A 3KVLA 4O4VA 2QCFA 3UPBA 3DU0A 4NU7A 5E1QA 2GUUA 2HS8A 2E6FA 3KVMA 2FJKA 1ZAIA 3DKLA 4TIMA 1FWRA 1XCFA 3HG5A 4K8EA 2ABBA 2QCMA 1FDJA 3LM7A 1WOAA 4RXFA 4LOCA 4X2RA 2EPHA 3BLIA 3W83A 1AW5A 2ZTKA 4PFMA 2C13A 3G8EA 1OK6A 5BRBA 4RZ5A 2J9XA 5F4WA 3E96A 3G1VA 2RH9A 2JGYA 3P84A 4Q32A 1TPVA 1IXOA 1KM3A 2QEZA 5AHMA 1OVDA 2X1SA 5D03A 3HPSA 1EWEA 3PS7A 3NL3A 5D09A 1W1ZA 3HPZA 5KZMA 4RV8A 2CLOA 2XN2A 4HHPA 3PY2A 4UTUA 4QAIA 1OFEA 3TQVA 4JXCA 2E6DA 4O52A 5I3JA 1B4KA 4O50A 3QYQA 1YTDA 1T96A 3ATYA 4UTWA 3EXSA 5K3VA 1ZFJA 3LOTA 3ANYA 1VC4A 2W79A 3NPUA 2RDTA 4S1FA 4RZ6A 3SFKA 5DY3A 1SR9A 4O13A 4JY9A 1KFKA 1NVMA 1H50A 3W88A 3VE9A 1P5BA 5K4ZA 1FWNA 1KTBA 3NOEA 1TRIA 5D05A 1A5BA 1AG1O 3A5VA 1WX0A 2ZRZA 3TMLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4PMQ A;  4FSA A;  1WNO A;  1VFO A;  1LDC A;  3STE A;  4D6D A;  2AKZ A;  4JDY A;  3HF3 A;  2JQX A;  8XIA A;  1OAD A;  3QHO A;  3GXT A;  4MOZ A;  1F3W A;  1KGU A;  3KVK A;  1JGI A;  1I1W A;  3R0K A;  1KBB A;  1OWQ A;  1VPQ A;  4DZI A;  1DVJ A;  2Z24 A;  4PTN A;  3TNB A;  3CXO A;  2VKZ G;  4LYQ A;  3ZST A;  4CUC A;  2JIE A;  4GG9 A;  3KVJ A;  1JCM P;  2YX0 A;  2Q09 A;  3NGF A;  2ZOX A;  4LV4 A;  3IJ9 A;  3DC8 A;  4AY7 A;  3AHT A;  3TAK A;  2CPU A;  4JTQ A;  4WKA A;  2XH4 A;  1RK5 A;  3EWC A;  4ZTY A;  3WZ0 E;  4CN4 A;  4MAD A;  4IIE A;  1Z9A A;  1VEM A;  1K3U A;  1BLI A;  4ADS A;  2BBF A;  2OFJ A;  3O06 A;  4GGH A;  4GWE A;  1UUQ A;  2Y89 A;  1AJZ A;  2O9O A;  2EF9 A;  2J7D A;  3KBN A;  2DFA A;  4S3A A;  2WMJ A;  2GJP A;  3AHZ A;  3KHD A;  3CS2 A;  3WLI A;  1GKP A;  1LOR A;  4AST A;  4PMJ A;  3UGV A;  2ALD A;  2OOD A;  1CB7 B;  3AI0 A;  1XYZ A;  4YWI A;  1VPY A;  5FJT A;  5D9O A;  4JNY A;  2O7S A;  1Z6K A;  2YL6 A;  4GX9 A;  4GJ1 A;  4EPE C;  2QCG A;  3GVW A;  2HBV A;  2PAJ A;  1PUD A;  2X2Y A;  4GPN A;  4DAF A;  5HR6 A;  3PZN A;  1FCB A;  2ZRW A;  1TQJ A;  2LLE A;  4PBE A;  1OFQ A;  3H22 A;  2WJD A;  1OYA A;  1M68 A;  1GVS A;  3KM8 A;  1EZW A;  4GQG A;  3QMT A;  1J0Z A;  1SPQ A;  1XLB A;  2WC4 A;  2FGB A;  1QVB A;  3ARS A;  3BPW A;  3WNN A;  3NWR A;  3QTP A;  4DF1 A;  3LPP A;  4ROP A;  3IAQ A;  2BHU A;  5CBB A;  3WJX A;  3IJQ A;  4OGZ A;  3TFX A;  3PSV A;  4IFK B;  1S2V A;  4HU0 A;  3BW2 A;  1A3W A;  4ATD A;  3ARP A;  2Y1H A;  4QJ4 B;  3EA3 A;  3K4W A;  2XSA A;  4J40 A;  4B5N A;  4DF0 A;  2BGS A;  3LA4 A;  1VYR A;  2ZE0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W70A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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