3W72 | Genus

Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	107
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__940377895639855__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__940377895639855__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3W72/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__940377895639855__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"940377895639855","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3W72/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__940377895639855__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d036236ec7103c9774706c1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d036236ec7103c9774706c1/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d036236ec7103c9774706c1/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d036236ec7103c9774706c1/pdb.gz): 752 ms

reading 313 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

313 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:312});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Trypanosoma cruzi
publication title	Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with MII-4-107 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
total genus	107
structure length	313
sequence length	313
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2013-02-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	3w72A02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3w72A01

1L6SA 3I65A 1K8ZA 1TV8A 4O0KA 2H8ZA 4MLRA 5LSMA 5K7JA 3W88A 3P82A 3P67A 5D30A 3NGJA 3PY2A 5CZTA 3M7WA 2YYUA 3JR2A 1ZENA 5F2MA 3S6DA 5I3GA 3KRZA 3L0KA 1H62A 5G1YA 4ADTA 4O28A 2XN0A 3VNDA 4O14A 4H4IA 4FO4A 1Q6LA 3B0VC 2C13A 1UJPA 4K7YA 4GWEA 3DFPA 3PC0A 1NFBA 2V2HA 5F4XA 3EX4A 5FF0A 3PWAA 2A7RA 4WX2A 3TX9A 4ZQRA 2YCEA 4WY0B 3G0UA 4MJMA 4XKYB 1FCVA 3GXTA 3UXDA 3W85A 3NQ8A 4IX2A 2DZTA 3PB2A 4UCGA 1H51A 3KXQA 4TX9A 2PRMA 1LOLA 5EYWA 5CPNA 3SZ8A 1DKWA 4JGDA 5CPOA 1O5KA 2NV2A 3Q37A 3F1QA 4NJGA 1OF6A 5K2ZA 3DHDA 3O05A 3HGSA 3NOEA 4RR4A 3DXIA 4JNMA 5AC6A 3LI0A 1QPRA 3NAVA 1AK5A 1OFPA 4AWTA 5KMYA 3HG3A 3W2NA 2FB2A 4GXMA 2WO5A 5AHIA 5HUPA 2I1OA 3E12A 4WY0F 3EKZA 4FX8A 1H60A 2VXNA 1D9EA 4UFJA 5HINA 1TPUA 1O4UA 4JTFA 1S5VA 3PUDA 3W74A 3TJLA 3I6RA 3W1TA 3P80A 2YX0A 3C0JA 4O1CA 1HO1A 1LORA 3DKJA 3SGUA 3B04A 4IXHA 3Q2DA 4JY8A 3LCLA 2KZHA 3S5ZA 3V75A 1F6PA 4TR9A 3LI1A 2CLOA 2H3BA 3TU9A 4J9JA 4LUJA 4DO5A 1WBHA 4OV4A 1ZAJA 3E02A 2V0TA 3RLVA 3TXVA 3BLIA 4QNEA 4OBTA 1UCWA 3RNDA 3QSTA 4EF8A 3NQEA 1VRDA 1KFKA 3QH2A 3QYQA 4NZJA 3S5NA 1ZHAA 3GYEA 4DO6A 1K7EA 1SO4A 4NVTA 1BKSA 1RPXA 2E6AA 1LBMA 3E9AA 2TSYA 3LCGA 2CU0A 5J5RA 5K4ZA 4P2VA 2W0UA 3C4UA 3HG5A 4YLWA 3NM3A 5MHBA 1GVOA 3STGA 3OHIA 3ZWTA 5F4SA 5CG7A 5G1TA 3TSDA 2QCCA 2ZZ1A 3B06A 4DELA 5D2TA 4O10A 2Q8LA 5D02A 1FWRA 2YZRA 5LGXA 3TUUA 5C2XA 3VE7A 4N6EA 1FBAA 1UUMA 1TJRA 2O7QA 5ABTA 5KITA 1KM6A 2RHGA 3M9YA 3Q58A 3ZWSA 2VFGA 1O95A 3LGEA 1T8XA 4PA8A 4Q32A 2YW4A 4UFMA 1T96A 4O4WA 1DHPA 1Z44A 3CIXA 4UMCA 4QISA 4WY0A 4AWSA 1SPQA 2DJLA 4MVAA 1FCBA 4XKYA 3EKLA 3KHJA 1H63A 4FNSA 3QPZA 1KBJA 1GYLA 3VCRA 4NT0A 1LBLA 1GT8A 4O16A 5G2HA 4WD0A 5HMSA 3FIGA 1OG0A 3G1XA 4XTDA 1S3HA 2GJLA 2PC4A 3KVKA 1VYSX 3MUXA 4RZ4A 1GVFA 5F2IA 1ZFJA 3ABRA 1SZEA 3W7QA 3NL6A 3HIJA 1AW2A 3LDVA 3LM7A 3W7LA 4BI6A 2Y6ZA 1B3OA 1ZNNA 3C2RA 5EMUA 3T55A 3G0SA 4NX5A 5C54A 4PL2A 4LTSA 3R2GA 3W7IA 3G1HA 4N4QA 1VCGA 4LY8A 4DQWA 2P1FA 2TMDA 1LRQA 3NZ1A 1TPDA 3S9YA 4PL1A 3IV3A 1W0MA 1I2PA 2WV8A 4P61A 3OG3A 4UC5A 4DPQA 1Z41A 3NPVA 4FXRA 2X1TA 1THFD 2ZTKA 2UV8G 1B57A 2CLMA 3QW4B 4FF7A 4K37A 3IIVA 2AGKA 2R8WA 3UY8A 2YDAA 3GR7A 4O15A 3HO8A 1H1YA 1YXCA 4UFHA 3W1PA 5T26A 1I2RA 1J5TA 3FYOA 2RDUA 3PR2A 2JBMA 1BTMA 3DZ1A 1K7XA 1YADA 3E0IA 3AO0A 2Y70A 3I68A 5LKYA 1KW1A 3LLFA 2RFGA 5HWJA 2VFIA 3LCFA 1VGAA 4JXCA 3H55A 2CLKA 3A9IA 2YSWA 1L6YA 2AQWA 4NJKA 4IWWA 1SU5A 3PBYA 3F4NA 2J9XA 4ZVJA 3HMJG 1X7FA 4NUWA 1QNVA 1QO5A 5LNSA 4MIMA 2C6QA 1QCWA 4RK8A 3W7JA 3NPWA 5DXYA 4LU0A 3HPSA 1JCXA 1YXDA 5AHMA 4RCXA 4O8RA 3TAKA 1W5OA 4FIQA 1PS9A 1LOSA 5I3FA 3W22A 1NAL1 4K36A 3UPWA 4O13A 3TROA 5LHFA 1XCFA 4Q4KA 1IGSA 2F84A 1WQ5A 3FKRA 1JUBA 3DFNA 2NXHA 4H3DA 1OX4B 4N2YA 2VEPA 2QF7A 1JUEA 1I4NA 3CQ0A 4I7VA 2JKPA 4MYXA 4MZ1A 1JQVA 5D09A 1RQBA 4N02A 1GQNA 3A5VA 3M47A 3S1UA 1KM4A 3W71A 4A3UA 1H61A 4ORIA 5D2XA 1ICSA 2YYTA 4OV9A 5DCEA 4FX6M 4IUOA 1I2NA 4EOUA 3Q94A 1J4EA 1KM2A 4K8HA 3OBKA 1E51A 3FA5A 3TMLA 1LRNA 1PHQA 2FPVA 2VEIA 3SW6A 3CLMA 3LHWA 2CLFA 1WAUA 3STFA 2V30A 1WA3A 1ZJIA 1TTPA 2ABAA 2VENA 1TIMA 2HSAA 1CI1A 1HO4A 4ZMGA 3GB6A 3SIZA 1QMLA 5D38A 1P0KA 4RLIA 3T7VA 4JEQA 2E5DA 3FJ6A 3NDOA 3W3OA 3KOFA 1OFEA 3OVRA 5CSSA 4IMCA 4JTIA 3NM1A 3UZJA 4ZQOA 3SJ3A 3L65A 1MEHA 1JCYA 3D0CA 2ZRZA 3W2MA 4AHOA 2OJPA 1TV7A 1OK6A 2QUUA 3ANYA 3FJLA 2YFNA 2BXVA 3M0ZA 1OFRA 2DU2A 5CZ0A 1FDJA 3GVGA 4JTSA 3ZFHA 5AYXA 3TR2A 3HG4A 4O17A 2E6YA 1TPH1 1VQTA 3TIMA 5H91A 4WJEA 1NVMA 3L0GA 3SY5A 4AMAA 5HNRA 1LP6A 2VC6A 4QITA 1W1ZA 4GUIA 1F73A 3OIXA 3N9RA 4ADUA 3NPXA 5G4EA 4E2DA 5HJLA 1GYNA 4CQAA 1WV2A 4DPPA 1TJPA 1K8XA 3IGUA 3S8HA 5F1UA 4DF1A 4M6PA 3PBVA 3BVJA 2FFCA 2WSYA 4KFPA 3DHFA 2QR6A 3EB2A 4MKNA 4O53A 1EA0A 4RXFA 4IX0A 1Z42A 4BK9A 4UTJA 1NSJA 3PUOA 1FDZA 4FXSA 1KFCA 2CZEA 1A5SA 3P81A 2OT1A 4UTTC 1OX4A 1Z48A 3HPXA 2H6RA 4JN6A 1R47A 4JY9A 2Z6JA 2AAMA 3CWNA 1TPEA 1C9DA 1XM3A 5U7SA 2BX7A 2PCQA 1X1ZA 4QIUA 1G6CA 1VS1A 5C5YA 2QCMA 4YL2A 3W2LA 1OFDA 2A5HA 3IRDA 3R12A 5CGQA 4LVFA 1H7XA 5F4WA 5TIMA 4O0ZA 1YPFA 1IXQA 2NUYA 2QKFA 3W7HA 2BSLA 2EKCA 1TSIA 2E6DA 2R14A 4FNUA 2X30A 4JYDA 2GPTA 1SFJA 4JTLA 3B8DA 3C8FA 3F03K 5D33A 4ADSA 2ISSA 3W2UA 3UWQA 3G24A 3LHZA 1B4EA 5AYZA 4LS1A 4PEKA 1TPC1 3GX9A 5CKSA 1LYXA 4EIVA 5FEPA 3GIYA 4O12A 1VYRA 5EY5A 3ABQA 3NQDA 3FFSA 5TBOA 1P4CA 4JTHA 2WOQA 3NL5A 4QSHA 4UFKA 1TPVA 3GDKA 3IGXA 1MZHA 5LNUA 1SO3A 1DORA 1QDSA 2RH9A 4K6AA 2A6NA 4K7VA 4WXZA 1M7PA 1TREA 4S2CA 3PAJA 4HT3A 3TQKA 3LHYA 4JIPA 3HPZA 3U6WA 3ABOA 4LT9A 3W2JA 1TTQA 2PE4A 4MFEA 4YCPA 3QEZA 1BWLA 4BWLC 3MP4A 2Q8ZA 4EWND 2ATSA 1LRTA 4MJZA 4Y6GA 2ZRWA 3CEPA 5D32A 1YYAA 5C55A 3WJWA 4BI7A 3IEBA 3GAYA 4CQ8A 5C6MA 1KM0A 1A5AA 1HUVA 3L0NA 3LLDA 4OE7A 1D3GA 5G5IA 5BMXA 4L4MA 1H7NA 2JGYA 3A21A 3M43A 1KFEA 2YW3A 4XBKA 1NF7A 4DBDA 2BWGA 3A23A 4Z1BA 3QM3A 1DJQA 1RR2A 2WNZA 5E93A 5F1VA 4CCCA 1YLVA 1TQJA 1YDOA 2E68A 3W7RA 3S1WA 4GUGA 3CEUA 3PF3A 1G69A 3MP5A 2QCNA 2X1SA 3TE9A 1MO0A 5DCDA 3L5LA 4PC8A 3QMSA 5BNKA 3S5OA 2QUTA 3BGGA 5F2GA 4RZ5A 4Z1DA 3P7YA 1DL3A 3DH7A 1R46A 3IIZA 2Y62A 2NWSA 3BGJA 3BW2A 3NQ6A 4CQ9A 1JRBA 1P0NA 3ZS4A 3B05A 2EPHA 3MMTA 2QUVA 3LBCA 2B7NA 4GE8A 3IVTA 3BLFA 4FB7A 3LXBA 5D05A 2ZZ6A 1BWKA 4XUGA 3MW7A 2FLIA 4FHAA 1OX5A 3PVFA 1A50A 2XN2A 1C8VA 2FB3A 2QDHA 3BO9A 4HSNA 1VH7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W72A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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