3W7G | Genus

Total Genus 108

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__5992719100561161__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__5992719100561161__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3W7G/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__5992719100561161__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"5992719100561161","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3W7G/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__5992719100561161__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0366af6f4796b0c1da1f9d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0366af6f4796b0c1da1f9d/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0366af6f4796b0c1da1f9d/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0366af6f4796b0c1da1f9d/pdb.gz): 532 ms

reading 313 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

313 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:312});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Trypanosoma cruzi
publication title	Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with MII-5-013 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
total genus	108
structure length	313
sequence length	313
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2013-02-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	3w7gA02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3w7gA01

1EP2A 3VFLA 3NQ2A 3TH6A 3W3OA 2EHHA 1RQBA 2F84A 2GVJA 3G1DA 1ZALA 1AK5A 4N4PA 5CGQA 2V9DA 1TREA 1LLZA 3M6YA 1OX4B 3T40A 1FWTA 3PB2A 4GWEA 1SW3A 2C18A 3B0VC 4XTDA 4JTEA 2YZRA 4LOCA 3TQKA 4N9DA 3CPRA 4NJIA 4O12A 1UASA 4PEKA 2JBMA 3UWZA 5F1VA 3EX6A 2NWSA 3ZFHA 2VC6A 1VCFA 4ZQOA 3O16A 2YCEA 4UNLA 3W86A 4DELA 3MBDA 1I2NA 5DCBA 2GUUA 1F2JA 3QZEA 4ZQNA 3OEXA 5F4SA 3LCWA 1UUMA 4FNQA 1R46A 4HNVA 3UPWA 4ZL1A 2ZZ7A 3M1ZA 3S9YA 1KFEA 2IQTA 3P81A 4MY9A 1SZNA 1X6UA 4Z1CA 3NQ8A 1TTPA 1VS1A 3HOJA 3O1NA 2YGYA 5K3VA 3DI1A 2QDGA 4AF0A 3EXTA 1T99A 2ZCGA 4H3DA 5D32A 5TIMA 4OWGA 3IIOA 4MFDA 3QW4B 1ZFJA 4AWUA 4LWWA 4ORIA 3THAA 1A50A 2Z2UA 4JTSA 1RD5A 4O16A 1TTIA 4FX8A 2X1TA 3W7IA 5CPLA 3GX9A 4RZ5A 1QO5A 4Q33A 5U4NA 1Z44A 3KHJA 1DKWA 2QDHA 1L6YA 4DO4A 4MY1A 3KXQA 3R13A 4FX6M 1XBZA 4O28A 1XXXA 3UWVA 4HN4A 3W23A 2C15A 3PSVA 3EEGA 1KW1A 2RDWA 1F5ZA 1I2QA 1KV8A 3L5LA 3MHFA 3WK1A 4ADTA 3C2RA 3LHYA 2W0UA 1HL2A 4AHQA 5U7SA 4IJBA 2WNZA 4K6AA 1FQ0A 4O11A 4YWIA 2XFWA 4WUIA 1YDOA 3STGA 3TXVA 1K7FA 3LTYA 3IVTA 1W8SA 3OG3A 2YX0A 2WV8A 5I3FA 3CEUA 4Z0JA 3G1FA 2Y6ZA 2EKCA 4LVGA 3N19B 4X2RA 3BLIA 5CPNA 2XN0A 3INPA 3F1QA 3UY7A 3M5XA 3O06A 1Q6QA 1G67A 3C61A 1OF6A 3SFKA 3S8HA 3ABRA 3ZR4A 3TDFA 5FEXA 4NZFA 2H6RA 1JULA 2HTMA 3LBCA 1SO5A 2J88A 1QDSA 3UD6A 1XUZA 1YADA 6ALDA 1Y0EA 4OV9A 5CKSA 2X1SA 3HG2A 3G3DA 5H91A 2YFNA 4BK9A 3S42A 3PBYA 2DU2A 3TC6A 4DBEA 1LM1A 4JX5A 5IBXA 4Y6GA 3MI6A 4FHAA 1G7VA 2RDTA 3S6DA 2B7QA 7TIMA 3R5EA 3K30A 4UR8A 5AYYA 1FDYA 3E12A 4Z0SA 1GVQA 3SECA 1J4EA 2VENA 4Z1BA 2QUTA 3IIPA 3W2UA 3M44A 5DLCA 3PULA 5DY2A 4K7YA 2FB2A 2CU0A 4QQ3A 2Y89A 1IXNA 3HPZA 3EXRA 4OT7A 1SSGA 3STFA 4N6EA 1F6PA 1HO4A 4S1FA 4CLMA 2FIQA 5F2IA 3CTLA 1XFBA 4O53A 3EWYA 4JTTA 4UC5A 4NT0A 1UJPA 4EF8A 1WQ5A 3N9RA 3GXPA 3B8DA 1TV8A 1I2OA 2Y7FA 3H53A 1QOQA 1L6SA 1VYSX 1VR6A 4YL2A 3EX2A 4LUJA 1G4EA 2W6RA 3CIWA 3G0XA 1NF0A 1PCKA 2FPVA 4TMCA 3KAOA 3L65A 3KFTA 1OFAA 1YXCA 1H60A 3N2MA 4O8RA 4PC8A 4UIOA 4QISA 3NQ6A 3TNOA 3FJ6A 5A5WA 1NAL1 2YDAA 3C52A 3CIXA 4EVZA 4XWUA 2WJZA 3M41A 1XBVA 4MLJA 2YW4A 4KFOA 5D2YA 5J5DA 1VHCA 1KFBA 3FKRA 3W7QA 1EX5A 1VGAA 1AG1O 4XQ6A 4HT3A 4JEQA 3EB2A 4IX2A 2ZTJA 1RQHA 3SIZA 3NQEA 3G1VA 3NO5A 3U6WA 3E49A 2H8ZA 1YYAA 1G4SA 3LRLA 1K8YA 1TV5A 4QNWA 8TIMA 3M5ZA 3RU6A 3NPVA 4RX0A 4JXCA 2Z6JA 3NQDA 3LDVA 2FLIA 3N2XA 4BWLA 3TMQA 4FNTA 2ZA2A 4BFAA 4JD4A 3DH7A 3LX9A 3Q58A 4IMFA 1SR9A 1G7UA 4TR9A 2V2CA 3OVPA 5K9CA 2P0OA 3HMJG 2NX3A 2NUYA 3QJAA 4MOZA 2Z1BA 1OFPA 3TJLA 1LP6A 3C4UA 4OU1A 1ZAHA 3W7RA 3W1LA 3HGOA 3TX9A 3UZJA 5K9XA 3L0NA 4UTKA 5LZLA 1A5SA 4JYEA 1Z41A 5I3JA 3A23A 5HUPA 3OA3A 3G1AA 3LHWA 3QM3A 3MMTA 4DPPA 4OQVA 3W1UA 3OBKA 3MO7A 5C2XA 1N7KA 1R47A 1SW7A 2PCQA 3BARA 1S5TA 1YTDA 3E0IA 1UBSA 3W7CA 3GKFA 1JVNA 3PBWA 5DBUA 5E1QA 2PRHA 3LHUA 1C29A 3NM3A 3FFSA 4ZQCA 4HKPA 3DXIA 3THQA 1EA0A 3B4UA 1TYGA 1SFLA 3NEVA 1W54A 3GAKA 4POCA 2V5LA 1D3HA 2TSYA 3E02A 4PA8A 3HGSA 1OFOA 3P74A 1PCWA 3ELFA 3IGXA 3W7EA 3OHIA 4U28A 1KLYA 5EYWA 1WV2A 4IPIA 3H54A 1AW1A 3H55A 3M5YA 3O6CA 3W1TA 3G18A 1GPWA 5K7JA 3TFCA 4Y96A 4AHOA 4X22A 4PFMA 1B3OA 2Q3RA 1QPQA 5HWJA 4RR4A 1KM0A 4XZ9A 4UTMA 2VFGA 5EPDA 4IMEA 2YYTA 3TE9A 3OIXA 3CHVA 4PL1A 4LVDA 4I9AA 4UTWC 2QCDA 3L9CA 3QSTA 1ZENA 3FKKA 2A85A 5FESA 2FFCA 4RXGA 3GNNA 4M6PA 1B4EA 1HUVA 5LSMA 1ME9A 4A29A 4XUGA 5GVJA 2DZUA 2NUXA 1MEIA 2WNQA 2E09A 3DKJA 4WQ6A 3EX3A 3TQVA 1F73A 1ZY9A 4X3ZA 1B4KA 3I6RA 2J6XA 3PAJA 4IOTA 3W1RA 1T8XA 5LNUA 1L6WA 1LBLA 3M43A 1OFEA 3GXNA 1DQXA 3NQMA 3PM6A 4ZMGA 1F74A 1H50A 5EKYA 3USBA 3O63A 4R7JA 1AL8A 5H2ZA 3GDRA 2Y85A 3FYOA 3C6CA 1EWDA 4R33A 3V75A 4DEFA 1XBXA 3L0GA 2E6FA 2Z0IA 4UCGA 3O8AA 3P60A 4S2BA 2A7NA 5I3KA 4EWND 5D2XA 2NWRA 1SUXA 3WFAA 3GDLA 3CU2A 3ABSA 2Q3OA 4E38A 1X1OA 4UTTC 1FCUA 1ICQA 4RLIA 2A5HA 2A6LA 3GR8A 1GEQA 3L68A 3R89A 3HGJA 4JR5A 2QCLA 3PBUA 2ZRXA 4NJKA 6TIMA 1MSSA 1NSJA 4CQ9A 2GVGA 1PHWA 3IVSA 3A9IA 4DPQA 3NQVA 1A5AA 3BLEA 3L2IA 4YLWA 4DO6A 4RK8A 4BWLC 2B4GA 3UY8A 3W7NA 1ZHAA 3O05A 4LC6A 2VFHA 1G4TA 4EF9A 1TRDA 3L67A 2DP3A 3P8JA 1ZAJA 3DHFA 3QSRA 5E93A 4IMGA 2RH9A 1FX6A 5ABTA 2E6AA 4IXHA 3IRDA 1JCJA 1Q6RA 3VE7A 2H3DA 3JRKA 2NXHA 4RJEA 1OFQA 3I7QA 5AC7A 2QUVA 1ONRA 3GR7A 3LCIA 2QEZA 1YXDA 4MLRA 4Z08A 2NUWA 4RV8A 3W2LA 2ZRVA 2C0AA 2CWNA 1JR1A 1JRCA 1LOQA 4E0CA 2PE4A 1OYBA 4KKXA 2X1UA 3O6DA 3KOFA 3TK7A 1TPH1 3UYCA 4NUWA 4GUFA 4JTJA 1H5YA 3BO9A 3TKFA 3IEBA 3DFPA 3G1XA 3CB8A 1W3NA 1JUKA 4HPJA 1GVSA 1H7WA 3C2FA 1SSDA 3WJSA 1VYPX 4QITA 4UXDA 1BWKA 5DXYA 1OF8A 1LRNA 2GOUA 1ME8A 2A7PA 1IGSA 3B05A 4LV9A 3KRSA 4NNCA 4ORMA 3QW3A 3QF0A 3TQ0A 1FWSA 3I68A 4K7VA 5FF3A 4K38A 3MP5A 4I7VA 4JICA 5G4WA 1G4PA 1YLVA 3UZ5A 4NJJA 1R30A 1FWWA 5E0KA 4P2VA 3TJXA 3CWNA 3ZWTA 3BW2A 3LXCA 3G0SA 1TPUA 2Y62A 4CCDA 2OT1A 4WXYA 2ZDRA 3DFSA 1KM3A 1O95A 3ATYA 3G1SA 3RF9A 1O5XA 4WZHA 4JTUA 3UWWA 3FEMA 2O7SA 2VFDA 4K36A 1W3TA 3PC0A 1U83A 1JUBA 3R8RA 4NXKA 2V2HA 1LTDA 3G1HA 3UWQA 1W37A 1HFBA 3GLCA 1W56A 3FLUA 1KBIA 3UPBA 2ZQ0A 5AHLA 4QAIA 4HNUA 2BLEA 5AOUA 1QFEA 1RR2A 1P4CA 3TROA 1OX4A 3DKLA 4M5PA 2JGYA 3NL3A 4LS0A 1VQTA 4RCXA 3STEA 3C2OA 5AC6A 2XN2A 3EXSA 1NVMA 1SZGA 4IGHA 4KFPA 5CZJA 1M5WA 1TJRA 3W71A 4UNKA 1GG0A 5CZSA 4JNMA 2J27A 4O4VA 1I45A 2CZ5A 2FDSA 4PTNA 3S5OA 2QAPA 4TU1A 3SGZA 2ISWA 2V82A 1OYAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4ZB0 A;  3KWS A;  2CET A;  5HAT A;  1F76 A;  3N14 A;  3M7S A;  1QR7 A;  2GJN A;  3ZT6 A;  4I9J A;  2GDV A;  4Q4R A;  4E2D A;  3M7W A;  3QR3 A;  1NEY A;  1GQK A;  1B31 A;  4TO8 A;  4GY1 A;  1US2 A;  1H09 A;  3AXH A;  4LRS A;  4IXX A;  5CC3 A;  4HOZ A;  3AHY A;  3T0D A;  3E9A A;  4OV4 A;  1DPM A;  1KM5 A;  3P5Y A;  4F79 A;  3MI3 A;  1TPV A;  3ITC A;  2EQD A;  2ZRY A;  4NP7 A;  4NZ1 A;  4ADU A;  4ERA A;  2EBN A;  1XII A;  5EMU A;  3TA6 A;  1EJV C;  4JFV A;  4RW3 A;  4F4R A;  2ZFA A;  3PN8 A;  3A64 A;  1GK8 A;  5M03 A;  4H9M A;  3RDK A;  2HMC A;  4M7S A;  2I7G A;  3NSX A;  2W66 A;  3SRF A;  4I9T A;  3EWB X;  3JZU A;  4ATW A;  5FEW A;  3ONC A;  4IQJ A;  3OZP A;  5CSY A;  3WNP A;  4OIF A;  2IKI A;  2VX6 A;  3SAZ A;  3QEZ A;  3WFL A;  1KQZ A;  4RV3 A;  1J5T A;  3LER A;  4AHP A;  1JCX A;  3ARV A;  5TNV A;  3UJ2 A;  3E2V A;  1ODZ A;  2CW6 A;  2I57 A;  2WVT A;  2FTY A;  5E5C A;  1ZB5 A;  3CGT A;  4P8W A;  5CPM A;  2OZ0 A;  3QHM A;  1KTN A;  1XDM A;  1FFQ A;  2XWD A;  3E1F 1;  4OOU A;  2Q8Z A;  3N12 A;  4AMA A;  1LLW A;  4UFL A;  3N3M A;  4ZQR A;  3S9I A;  3QLD A;  4MWA D;  4WKA A;  1JJK A;  4NNA A;  2DT2 A;  2PF0 A;  1FH8 A;  1V7Y A;  2C19 A;  1THF D;  5LA0 A;  5BZA A;  2HNE A;  4UQB A;  3GNO A;  1OG6 A;  4C6N A;  1P0K A;  3E0W A;  4ZB5 A;  3P84 A;  4H41 A;  1HJU A;  5FAC A;  1BPL B;  3LPO A;  1LOL A;  4AH7 A;  4LUT B;  4L9Y A;  4JX4 A;  4UUI A;  1B3V A;  2J62 A;  4OBT A;  3LGE A;  2WZM A;  5BOE A;  2YXX A;  1V7A A;  5E9X A;  3KVJ A;  1PAM A;  4IIE A;  4AB4 A;  4F2T A;  1OT1 A;  2X2G A;  3WQ5 A;  2PUR A;  2WVV A;  2BTM A;  1OX5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W7GA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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