3W7N | Genus

Total Genus 106

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	106
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__395430270325004__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__395430270325004__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3W7N/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__395430270325004__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"395430270325004","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3W7N/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__395430270325004__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Trypanosoma cruzi
publication title	Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with TT2-3-149 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
total genus	106
structure length	313
sequence length	313
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2013-03-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	3w7nA02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3w7nA01

3EX2A 2FDSA 4ZMGA 2A2IA 4R53A 2JGYA 3MHFA 2E1DA 2V9DA 1EUAA 1O4UA 1K02A 1M7PA 3AO0A 3EKLA 3C2EA 3W73A 1FBAA 1RPXA 1T8XA 2NUXA 4ALDA 3QQ0A 4PFMA 3CIWA 4QNEA 2X1RA 1Y0EA 2W6RA 4N6FA 5KSWA 4N9CA 1XI3A 2W79A 2VOMA 3E49A 3MI6A 4YMZA 5K4ZA 1QPOA 5AHMA 3LHUA 1XL9A 5AYYA 2KZHA 2HTMA 5KITA 1KFCA 3GKFA 3QFEA 3O6DA 3QMSA 1GEQA 4GUHA 4KWVA 3E96A 2CZDA 4XTDA 3LBMA 1KBIA 3KVMA 5HUPA 5ABTA 5DN1A 3QSRA 5D2WA 1PE1A 4N9DA 1SSDA 1G7UA 4B5NA 1H60A 2B7NA 2Y89A 2DJLA 1OFOA 3E02A 5G2HA 1H62A 3PF3A 3R2GA 3KRSA 1YXDA 4BFAA 5L9FA 2ATSA 3OG3A 2I1OA 1GVSA 3FYOA 1ZALA 2ZDRA 3STFA 3GR7A 5HWMA 4DPQA 5HQEA 1GJPA 4JYDA 3E0IA 5KINA 3M16A 3QM3A 3S9YA 3F4WA 1K8XA 2ZTJA 3W1XA 4DF1A 4K7VA 1ICQA 2QUVA 4KKXA 3ZS4A 3O07A 4GFSA 1QCWA 4M5PA 3W6YA 2J24A 4JTLA 4J9JA 2RDUA 3QEZA 4HKPA 1R2RA 5HWJA 1JJKA 3GDTA 5FEZA 4E38A 2A6NA 1EEPA 3QH2A 1XDMA 5CSSA 4LV9A 3GK0A 1WBHA 3W3OA 4QITA 2J88A 3QQ1A 4IMEA 3H53A 4MZ1A 3G0XA 4YXGA 3TA6A 3LGEA 1W54A 1RZMA 1WDWA 3DFSA 3TC6A 1H7OA 4HHPA 4NNBA 4ORIA 2FTPA 1UASA 2QDHA 4IX2A 4D2JA 3RU6A 3LI0A 4UFJA 1HO1A 4LV4A 4LU0A 3TMQA 4DO6A 1A53A 2V81A 3TNOA 1SW7A 5D2TA 2EKCA 4UC5A 4A3UA 3WK0A 1D9EA 4IMDA 4UTJA 4A29A 3O05A 3TSBA 3UYCA 2FPTA 2C14A 2ISVA 3NG3A 1MZHA 3TQVA 1M7OA 3TAOA 5EL1A 3MP3A 4R7JA 3INPA 1OX4B 4E2DA 3SIZA 2Y62A 3LTYA 4IOTA 4UMCA 3N2XA 3KAOA 4DPPA 1MO0A 2YZRA 5DBUA 1W5NA 3TQKA 4OGZA 4TIMA 4U28A 5AC6A 2ZRXA 3LX9A 4QISA 1TPWA 3PR2A 3C8FA 5FEWA 1OF6A 4O11A 4Z0JA 3NPUA 4BI5A 3P61A 5C6MA 3C2FA 4O17A 5EY5A 4POCA 3AJXA 3IIZA 1G69A 2ALDA 3W75A 1F76A 3ATYA 2FPYA 1LLZA 1OFEA 4AF0A 1W3IA 1IXQA 4PH6A 3BO9A 1JCYA 4NQ1A 4BK9A 4NZJA 3S8HA 4MY8A 2H8ZA 3IVUA 1DQXA 4IPIA 5HULA 5CPLA 4RCXA 3TC7A 3MW7A 2E5CA 3DI0A 2FPVA 1IIHA 4XQ6A 2A6LA 2ZBTA 1KM5A 3DH7A 1OX4A 3GDRA 4RLIA 1A5CA 1R2TA 3IGXA 1GYNA 1LBLA 4JX6A 4HPJA 2VELA 4IUOA 3S5NA 3CT7A 2ZRVA 4UIOA 4JNMA 4LS1A 2CU0A 1IXOA 5D03A 5AC7A 4NNCA 3R89A 4BI7A 1JUKA 1TCDA 3TW7A 1SZNA 3P84A 1W37A 5EYWA 1QPQA 2YX0A 4O16A 4UMAA 1J2WA 3SY5A 1TPB1 1BEUA 4LW7A 4FNTA 4CLMA 4EOUA 3IV3A 2HMCA 2RKXA 1EX5A 3FIGA 1DBTA 1TTQA 2QCFA 1AG1O 1V7YA 2B7QA 1T96A 4DXVA 2GVLA 2JGQA 3CHVA 3RNDA 1WX0A 4DF2A 2P1FA 1E51A 1L2UA 1VLIA 3EWBX 5H91A 4AAJA 1X1OA 4S2CA 2G97A 4JTHA 2RDTA 1H7PA 2NLIA 2Z0IA 1D3GA 1GVFA 4IQLA 1GOXA 3SJ3A 2ZCGA 5G2WA 4Q33A 1M5WA 1N7KA 2EF9A 5D33A 3NPWA 3R5EA 3UY8A 2YSWA 3LOTA 1KFBA 5D04C 3KVKA 4MZ8A 3CWOX 4FXSA 2O7QA 4N2YA 4WX2A 4AEOA 1FX6A 1IIGA 4UTTA 2E6DA 5E0KA 4N6EA 1FWNA 2ZQ0A 1VC4A 2A4AA 1F6KA 4HNVA 1XM3A 5I3GA 4ICNA 4FXRA 1H63A 3ELFA 3GR8A 3T55A 1FDJA 1KW1A 1ICSA 4P61A 2Y61A 1ZHAA 1LM1A 5DELA 2XN0A 1SO3A 3QJAA 2OMAA 4Q4KA 1ZNNA 1EA0A 3PBVA 5LNSA 2CWNA 1OABA 1DV7A 1WXJA 2VEPA 2WOQA 3NQVA 4MFDA 5LNRA 3W2MA 5BMWA 1DQWA 1GTHA 1RQBA 1SU5A 3C0JA 3THAA 4BWLA 1ZAJA 4NJHA 4FO4A 5HINA 3S5YA 3A24A 4K39A 2PRHA 3TUUA 2OCZA 1XUZA 1SZFA 3O06A 1XBVA 4FNSA 3B04A 3WJWA 2PRMA 1LRNA 2QF7A 3L9CA 1L6WA 3LHTA 3CC1A 3TJXA 3GNDA 4ONVA 4EF8A 1F7BA 1T99A 2NXGA 5G2IA 1VHCA 5FF2A 1W5MA 1P5BA 3MI2A 3MO7A 5HR7A 2V2HA 5EA9A 1X6UA 2QCGA 5SWUA 5MHBA 5FF3A 2WSRA 5D05A 3NEVA 1H51A 3TR2A 3L68A 1TPEA 3H54A 3EWUA 4NNAA 2DZTA 4QIUA 3T78A 4LC6A 4JICA 2YR1A 3TU9A 3ABOA 2QEZA 3N34A 3NAVA 4UTIA 2FB2A 4NXKA 1ME7A 2CLHA 2BZNA 3NL2A 3KFTA 3W2KA 3HOJA 2QUUA 3PUOA 1VH7A 3WK2A 5LNUA 4AVFA 1Q45A 3FLUA 1F05A 2Y88A 4AHQA 4CNNA 1FWWA 4N9EA 5AHIA 2A1YA 1W5PA 3N73A 1U5JA 3W1UA 2A7NA 3OEXA 3G1SA 3BPWA 5AHLA 1FCVA 2YYUA 5HR6A 1TB3A 2ISSA 2Y7EA 8TIMA 4X2RA 3W2NA 4RZ5A 1YTDA 1RV8A 1NF0A 4IGHA 3DBPA 3B05A 3BG5A 1G7VA 3B06A 3LTPA 3OBKA 1LBFA 1LDCA 2QCLA 2PC4A 1Z44A 2VKZG 4HNUA 2WQPA 4FNPA 4O8RA 3LHVA 2H3BA 5C5YA 3RLVA 4WZHA 2R8WA 5GVJA 3W7DA 4UMBA 2AAMA 3S6DA 3T44A 3GVGA 1PIIA 1ZAIA 2TRSA 3NPXA 2QCDB 2ZZ3A 4TR9A 2OJPA 3LBCA 2QCHA 4PL2A 1R47A 3S5OA 4RK8A 4ZQMA 2WV8A 4DO5A 1QWGA 3BG3A 3LXAA 4WY0F 1R46A 1KLYA 2P0OA 4XTIA 4MKNA 4O1CA 1JCLA 2YGYA 1S5WA 4FNUA 1YPFA 1TPH1 3TXVA 3G18A 2G5WA 1WYIA 1KLZA 3C61A 3W7OA 1OFPA 1Q6OA 4JR5A 5AHFA 4X3ZA 5FF7A 3C56A 2P10A 1KM6A 1KFLA 3GYEA 5C2XA 1MEIA 2YFNA 3NM1A 1VQTA 4MJMA 1Z41A 4MVAA 1T0OA 1OYBA 1OHLA 4RV8A 4MZYA 3EX3A 5I3KA 3M6YA 5EKYA 2BLEA 1OG0A 3W70A 3Q2DA 2VEIA 5DBTA 2C16A 1OFBA 5KZDA 4Y90A 4NJJA 1FUYA 4K8HA 1TPVA 4BF9A 5KZEA 5D2YA 1JCXA 4E0CA 3B0VC 1XBYA 3UZ5A 2FQIA 2YYTA 2PRLA 2WSQA 2V0TA 5BW6A 5DCBA 1ADOA 5BOOA 4Z0SA 4DF0A 1XKYA 3UWVA 2BX7A 1GVOA 5FESA 3ZWTA 4L4MA 3TSMA 4O1AA 2ATMA 2CFFA 4GUIA 3GDMA 3L0GA 3RLUA 1FY6A 4GBUA 3OVRA 1LTDA 3W1PA 1QNVA 3TK7A 4CQAA 3ZWSA 2NUWA 3NQ6A 1HL2A 1THFD 5TBOA 3PVFA 1I2OA 2E5DA 3GNNA 1Q6RA 5K3VA 4FNQA 2JKPA 3NL3A 2V8ZA 3A22A 3W2LA 2C15A 1B4KA 4WY0B 1SZEA 1J5TA 4G1KA 5I3HA 3DFTA 3FJLA 3G3DA 3NM3A 2CLFA 1OYAA 4LVFA 4LVAA 1R2SA 4W9TA 2JK2A 4O19A 3PM6A 5DCEA 2H8XA 4CCEA 3W84A 1UCWA 4Q32A 2CLKA 3HBLA 2HS6A 3LCXA 4IJBA 3DZ1A 2DZUA 3LI1A 3TKFA 1JQXA 2X1TA 1SFLA 4ZQNA 2E5BA 1H50A 2ZZ2A 5K7JA 3CWNA 3P62A 4O0KA 1VCVA 2AQWA 1KV5A 1VS1A 4H3DA 3M5VA 4JX5A 1Z48A 1H61A 1L6YA 4ZL1A 3STEA 4JTFA 4A2RA 1MEHA 1KA9F 3MP4A 3C2VA 4DO4A 5EPDA 4M6PA 4DEFA 1FCBA 2NXHA 3EEGA 4ZVJA 3IIVA 4WY0A 3HG5A 1OFRA 4FF7A 1SSGA 4OV4A 2NX1A 1MEWA 3LV6A 2ABBA 2WO5A 1QFEA 2GOUA 2B4GA 1VPXA 3M9YA 1PVNA 2I14A 1FWTA 5D37A 3EWXA 5KMYA 4RZ6A 3LRKA 5LGXA 1XBZA 1TV5A 3D0CA 6TIMA 2EPHA 5J5RA 3VE9A 3OIXA 5FF0A 3UQNA 1XCFA 3EB2A 4AWTA 5LZLA 3K30A 1VYRA 5LKYA 1WA3A 3LV5A 3LHZA 4TMBA 2ZRYA 1I45A 4UCGA 4HSOA 4FX6M 3F4NA 3CQ0A 1KFKA 1OFAA 4LC8A 3NO5A 4O1BA 3UNDA 5KZMA 3M7WA 3QF0A 1O60A 2Y6ZA 5D2VA 4R33A 4NX5A 1I8JA 4YLWA 3P67A 2GJLA 2F84A 3LLDA 3EXTA 3O15A 3HGRA 3GDLA 3DFPA 2VFFA 3BLEA 4LOCA 1KFEA 1PHQA 1CI1A 2BTMA 3W72A 5BMXA 2ISWA 4K38A 5AYZA 3W7RA 1YADA 5LNWA 2ZZ1A 3QPZA 5K9XA 4JEQA 5C55A 5DY2A 3EKZA 4DELA 1OF8A 2C19A 1O5XA 4O0ZA 3EX6A 2W0UA 4K7YA 2CW6A 5E1QA 4AB4A 2DZSA 5AHNA 4PA8A 1DOSA 3W7EA 3G8RA 4CQ8A 2CLIA 2B7OA 1K7XA 1U83A 2LLEA 2YDAA 3S5ZA 4MLJA 3GZ3A 1TPUA 1RVGA 2WNZA 4Y9AA 4O53A 4FIRA 3NZRA 4KFNA 4JDYA 1UUMA 3N9RA 5F2IA 5F2MA 4JTEA 3LTSA 2V5LA 1VJIA 3S1WA 4JTSA 3FFSA 2OT1A 5DXYA 1VHNA 2ZFAA 1EB3A 3VFLA 1GQNA 1EP3A 1F5ZA 4KFPA 5CGQA 5I3JA 4CQ9A 4OU1A 2VC6A 5G1YA 5K9CA 2Z1BA 4GUFA 1FDZA 5F2LA 1GG1A 1QAPA 3TW6A 1VYPX 1TMHA 4N9BA 4RXGA 2D73A 2ZA2A 3QRHA 3HGSA 5AFDA 1JVNA 1WOBA 4JIQA 4OBTA 2NWRA 4PC8A 1W1ZA 2DZXA 1W5QA 4EVZA 2EAWA 2Q3RA 3W1RA 3GDKA 3RFAA 4O28A 1GPWA 4UR8A 1XC4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4QAI A;  3W1L A;  4H8H A;  3BCJ A;  4Z1C A;  3BGG A;  4LEQ A;  3PUD A;  2XSB A;  3T40 A;  1P6B A;  4LF2 A;  2G3I A;  2QR6 A;  1W1A 1;  2WPG A;  2J77 A;  3EWZ A;  4HNT A;  1EGM A;  9RUB A;  4HNL A;  3ZJK A;  2D2G A;  2HSA A;  1YNY A;  1M7J A;  3T4W A;  4E2O A;  3DYM A;  3V0S A;  1V03 A;  3SEC A;  1K7F A;  2WM1 A;  2WZM A;  3ALG A;  2O7S A;  4D72 A;  4DBS A;  2GDV A;  3DU0 A;  3HGJ A;  2Z6I A;  4XG1 A;  3P74 A;  3A6O A;  3V18 A;  3W6M A;  3K8L A;  4C6B A;  2WAG A;  2PDJ A;  1H1Y A;  3VNJ A;  3L2I A;  3BGJ A;  1WQ5 A;  5E5C A;  3UD6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W7NA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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