3W7R | Genus

Total Genus 142

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	142
sequence length	367
structure length	367
Chain Sequence	MATGDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKHGEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNSHGLSVVEHRLRARQQKQAKLTEDGLPLGVNLGKNKTSVDAAEDYAEGVRVLGPLADYLVVNVSSPNTAGLRSLQGKAELRRLLTKVLQERDGLRRVHRPAVLVKIAPDLTSQDKEDIASVVKELGIDGLIVTNTTVSRPAGLQGALRSETGGLSGKPLRDLSTQTIREMYALTQGRVPIIGVGGVSSGQDALEKIRAGASLVQLYTALTFWGPPVVGKVKRELEALLKEQGFGGVTDAIGADHRR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__284274605443017__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__284274605443017__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3W7R/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__284274605443017__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"284274605443017","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3W7R/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__284274605443017__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0367a0ec7103c97747073f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0367a0ec7103c97747073f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0367a0ec7103c97747073f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0367a0ec7103c97747073f/pdb.gz): 1547 ms

reading 367 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

367 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:366});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Structure of Human dihydroorotate dehydrogenase in complex with mii-4-097 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
total genus	142
structure length	367
sequence length	367
ec nomenclature	ec 1.3.5.2: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date	2013-03-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3w7rA00

2DP3A 1DOSA 3BO9A 5CZSA 1YYAA 2C19A 3B06A 3N2MA 3TUUA 1G6CA 2UV8G 4FNPA 1B4KA 4UTJA 4U28A 2RHGA 2X1TA 3W23A 1X6UA 4M7SA 4HPXA 4RV8A 1CX9A 2YW3A 1F2JA 4UUIA 3L9CA 4JS3A 1BWKA 1I2QA 3G22A 1THFD 3L2IA 3HJZA 4O4VA 1EUNA 1Z42A 5KZEA 2DZSA 1TPB1 4O10A 1ALDA 3TJXA 2B0MA 3IIPA 4XTIA 4O0KA 4O8RA 5HJLA 2WNQA 2NX1A 3EKZA 1GZGA 3SIZA 2EF9A 1FXQA 2CLOA 4PH6A 5H91A 1Z48A 1M6JA 2CLLA 4LRTA 2ZRYA 3NNTA 3DU0A 2X1SA 1RD5A 3VI2A 2ZRZA 1NF0A 2NX9A 3B05A 4WY0A 1Q45A 5CZ0A 3IIOA 2TMDA 3GDTA 5EL1A 3NZRA 3GX9A 1VYSX 3JR2A 3BGJA 3TDFA 4ZQMA 2NV2A 1L6SA 1QWGA 3W7MA 2FTPA 1JULA 2V5BA 4R53A 4FXRA 4O12A 5AHFA 4O17A 5C2XA 3DH7A 3MO7A 1F6KA 1GVSA 1SO5A 2J9YA 3NG3A 4HKPA 3CU2A 2VC6A 1YTDA 3LBMA 3CIXA 2TSYA 1EWDA 2BZNA 2V2DA 3EX1A 3W6YA 2P10A 3I65A 3GR8A 4XZ9A 1EWEA 3TW7A 4LVAA 5L6UA 4ZQRA 3DFPA 3GDMA 1FUYA 1DORA 3OVQA 4X22A 2NXIA 1TV8A 3UPWA 3S8HA 3A24A 3M1ZA 1SU5A 1L6YA 3L5LA 4HNUA 2PRMA 3QC3A 2ALDA 2NXGA 2XN1A 5DY3A 3W7PA 2DORA 2CZDA 3DKLA 5I3KA 2NXHA 4N9CA 4LC6A 5KZMA 4IMEA 3STGA 3W83A 1LBFA 1R2RA 3GK0A 3NAVA 1SW7A 1HFBA 2H90A 2H8ZA 2HTMA 3DFNA 3SGZA 4O16A 5KINA 1P1XA 4DQWA 2PRHA 3WJWA 2FDSA 1SPQA 3W73A 3W1RA 3WJYA 3E96A 3VKJA 4WOQA 4AHQA 3ZS4A 1NF7A 3W2NA 3LCHA 5AN7A 3S0CA 3TAKA 2A85A 4GJ1A 4PC8A 4NJGA 1QO2A 5LNUA 2CLIA 3KRUA 1JQXA 3G18A 3W86A 2QCHA 2ISSA 1ZAHA 4LNYA 2Q8LA 2VKZG 1P0NA 3KFTA 4LUJA 3NQ2A 4GC4A 1YADA 5K2ZA 3DKJA 3VFLA 4ICNA 4NX0A 3MI6A 4FB7A 1VRDA 3EWXA 4O1CA 3I7SA 1TO3A 4FIQA 5CGQA 2VFIA 1YXYA 3FFSA 2A1YA 3QF0A 2YSWA 3M5VA 3BG3A 3QW3A 2ZZ6A 4JIPA 4K39A 4K36A 4MYXA 4EWND 3U2OA 1LOLA 3P82A 1ZNNA 3M41A 4CQ9A 3LHYA 5TBOA 1SO4A 1GG1A 4C1KA 4TMBA 3GR7A 3FYPA 1GWJA 1KLYA 1LTDA 3O15A 4JTSA 5FEPA 3S6DA 3LI1A 1TTJA 3N14A 3H55A 2C0AA 4KFPA 1S5TA 1J4EA 2ZFAA 2E68A 1XFBA 3QJAA 3IGUA 3GNDA 1RZMA 2A21A 3GNNA 3QZEA 1J2WA 2NWRA 3T40A 1LRQA 5LNRA 4KFOA 4X9SA 5AYYA 3Q37A 3W3OA 1RR2A 3CWOX 2XFWA 4Y6GA 3DFOA 3W7HA 1PIIA 2O7SA 4IX0A 4KWWA 3TH6A 2Y7FA 3PUOA 1TJRA 5HNRA 3WK1A 3W1PA 5KTLA 3UXAA 3NQ7A 3CC1A 3MP4A 3G1DA 2Y89A 2E77A 2PCQA 4EOUA 3PAJA 2CW6A 3UD6A 1TSIA 1TREA 3F03K 4BF9A 4XWUA 2C1HA 4DO4A 1PVNA 1JJKA 1VPXA 3IIVA 3QSRA 3GKFA 2ZRUA 4BI7A 2FB3A 4OWGA 5D2TA 2TRSA 4NU7A 5HWJA 1H7WA 4IJBA 2ABAA 2W0UA 3BGGA 1NSJA 4W9TA 2GQAA 2YFNA 4IOTA 2C13A 1WX0A 3TROA 1O5KA 3PB0A 4KWVA 1JCJA 5LGXA 4P61A 4JTGA 1TTPA 1XBYA 2HS8A 3MP3A 1T8XA 4O1BA 3L66A 4QNEA 3UWVA 3NYZA 3MHGA 1V7YA 4O4WA 2NUYA 3CEPA 1K02A 8TIMA 3C2OA 2Z6JA 4LS0A 4O11A 1EEPA 1MEIA 5DY2A 1VLIA 1UJPA 2TPSA 4YXGA 5KSWA 1AL7A 2RDWA 4HNTA 1OX6A 3G1FA 4K8HA 1ME9A 3HPXA 3IVTA 4IQLA 3G3MA 2ZRWA 1H1YA 2QR6A 3LM7A 1H60A 1W5PA 4S2CA 3PBYA 4WXYA 3HOJA 4OGZA 3TX9A 2V82A 4CNNA 5LHEA 1LORA 2CLEA 1H7PA 1DKWA 3UPBA 2H3BA 3W71A 2Y62A 4HNNA 5BOOA 4IXHA 1UUMA 4GWEA 1TPEA 2FPVA 1JQVA 3PG8A 5AB3A 3FLUA 3IIXA 4JNMA 4WOZA 3PR2A 4N4QA 4MFEA 3RFAA 4UR8A 1J5TA 3QMRA 3N2XA 2VFEA 4CCEA 3HMJG 5LNWA 1YDOA 5HUPA 5CPMA 2GPTA 3GYEA 4K6AA 1W3IA 4AXKA 3E12A 4IPJA 2WQPA 5FEWA 3W7JA 3TAOA 1OVDA 3OBKA 4ZQNA 1FY6A 3QRHA 2NX3A 1RPXA 3R13A 1N7KA 3LV5A 3GB6A 3UWYA 3TA6A 1S5VA 1GPWA 5CPNA 4BWLA 3L67A 2ZZ2A 1G7VA 1I2OA 4AMAA 4WX2A 4JTEA 3OG3A 2AGKA 4B5NA 5MHBA 4RCXA 4K38A 5IBXC 4XBSA 4FO4A 4K8EA 2DJXA 4YWIA 2E1DA 2BX7A 3M43A 3MP5A 5LGZA 5E1QA 4JTHA 1UUOA 4UTIA 4IGHA 1K7EA 3W1MA 3GDKA 5FF2A 3IIZA 5CSSA 3W1LA 1GQNA 2V30A 2YPIA 2O7QA 3ATYA 1SZNA 3TQKA 3W1NA 4JTFA 1TCDA 1G4SA 4L4LA 4LVBA 5EPDA 4GRSA 3HG3A 4JTKA 1GTEA 2XN2A 1PS9A 1Q6RA 1ZALA 3E0IA 1VCGA 3DI0A 1WDWA 1KV8A 2EKCA 3C4UA 3UNDA 2A7RA 4O1DA 3NL5A 4UFHA 3QMTA 1OFBA 5D37A 4I7UA 3UZ5A 3BK0A 1TPDA 3PBVA 3LHUA 2HSAA 5D30A 1LBLA 5LNSA 2Q3OA 3BLFA 4N9DA 1LDCA 5AC6A 3IVSA 1SZEA 4UXDA 2GOUA 3W7NA 1AW2A 4PFMA 4WD0A 1Q3NA 3T7VA 4R33A 3I6RA 1H7XA 5F2IA 2JKPA 1S5WA 5BMXA 2V2CA 1WAUA 4LVDA 4ALDA 1EB3A 3UYCA 2QUVA 2P1FA 3CT7A 4ZQOA 1YPFA 1GVQA 1LLZA 1RQEA 3OEXA 3VNDA 1AK5A 3QPYA 4P2VA 1XUZA 2G5WA 2EGZA 3B03A 1JUKA 2CWNA 3OVPA 2QCGA 3KOFA 5FF7A 3NPWA 1GYNA 5F4WA 3DI1A 1QDSA 1SO3A 1AW1A 1KM5A 4JY8A 1CW2A 4UTWC 5BNKA 3ATZA 2ZTKA 2HS6A 3O1NA 3PB2A 1PCWA 3BW3A 3O6CA 5BMWA 1VYRA 2CLHA 5KMYA 2FIQA 3N3MA 1PHWA 5LHFA 3P62A 4RZ4A 4E2DA 5K3VA 2WV8A 2B7NA 5L9FA 3MMTA 4X3ZA 4ZQCA 1QAPA 3SECA 2JBMA 1FCQA 1SSDA 2CLMA 3TFCA 3NEVA 1T0OA 4N02A 4FNTA 3KAOA 1LP6A 1JUEA 3W2JA 3DZ1A 2ZDRA 2C18A 1X1OA 3TR2A 4RZ5A 1LOQA 4OBTA 5I3IA 3CTLA 4IXXA 2A6LA 2NV1A 1G67A 3VE9A 4EF9A 1XI3A 1GYLA 5IBXA 2B7QA 4LV4A 2CU0A 3FIGA 1OHLA 4WXZA 1KTCA 2E6FA 1LZOA 2DZVA 4NZJA 1SZFA 1UBSA 2NUWA 1W31A 1TRDA 1HG3A 4O28A 3STFA 1K7FA 4M7TA 2Z1BA 1TPWA 2FPYA 3C52A 4LRSA 4ONVA 3W7RA 5GVJA 3B0VC 2ZZ1A 5G4WA 3WK2A 2QCDA 3LXAA 3QM3A 5I3HA 5J5DA 5EBUA 3HG2A 4UTMA 4N6EA 3S1UA 1GVRA 3SGUA 1DL3A 4GE8A 3NQ8A 4HNVA 1H1ZA 1ME8A 1YPIA 4RJEA 4FHAA 1GTHA 4HHPA 1O4UA 1L2UA 2F84A 4N6FA 3IRDA 2V8ZA 4UIOA 2OMAA 1P4CA 3RU6A 1X1ZA 3PULA 1IGSA 3S1XA 3T78A 5LNVA 1T99A 2YGYA 3E9AA 5D2YA 1I2NA 1OYBA 4JXCA 3MHFA 3KRSA 4YL2A 3PG9A 1KM0A 2Y63A 4IX2A 1MZHA 4XKYA 3B4UA 1KBJA 4UFIA 2B7OA 5J5RA 3W74A 3NQDA 3W7OA 3B0PA 3K30A 3W1QA 1N55A 3GLCA 4FNUA 4NZFA 3MUXA 1OK4A 1AL8A 4FNSA 2E6YA 3QSTA 1W1ZA 2QF7A 3KVJA 4AF0A 1SQ7A 4A21A 4IMGA 3A9IA 1VHNA 3SSJA 2ZA2A 4O57A 3IEBA 4GUJA 3THAA 4CLMA 3O6DA 4K7YA 3W70A 3DENA 4JN6A 3WK0A 1W8SA 1FWSA 3LHVA 5U7SA 1P0KA 2KZHA 3W7LA 2A4AA 1FDJA 3NPXA 3C2EA 5AHIA 1FQ0A 2Z2UA 2FPTA 4ZZ9A 4X2RA 5G5IA 1TTIA 3R8RA 2ZZ5A 3LXBA 5D03A 1I2RA 2H8XA 5F1VA 4DF2A 3FKRA 3TNOA 3IVUA 4A2RA 1IXNA 1B9BA 2E5BA 1JCYA 1ZY9A 3AJXA 1F76A 2F7FA 1HL2A 1I2PA 4YMZA 1NFBA 4JYEA 3EEGA 3LCFA 4LV9A 3TQVA 1KM3A 5EMUA 3W7KA 1JCXA 3S5NA 4JX6A 2QDHA 4LS1A 5EKYA 1IXQA 2WSQA 4TIMA 3LDVA 4PL2A 2P0OA 3A5FA 4FXSA 3ZWTA 4O15A 4JD4A 3HG5A 2Y7EA 1WBJA 3ZFHA 2OT1A 3I68A 2E5CA 5FEXA 4QIUA 1K3UA 1KV5A 5CKSA 3TQ0A 1EIXA 4M6PA 3NGJA 3KXQA 1QO5A 4DO6A 4JTTA 2R8WA 3S5OA 2Y7DA 1JCNA 1YTKA 2R94A 1JCMP 3NZ1A 1FWRA 3INPA 3EWUA 2H3DA 4U4MA 3CM4A 5D04C 5EY5A 3WJSA 1SW3A 3W2KA 2DZUA 1VYPX 1SFLA 3W7EA 3T55A 1MEWA 1KA9F 3BW4A 3PVFA 4GUHA 4A29A 1EP1A 4IWWA 3BG9A 3B0UX 2YZRA 1G4TA 4HN4A 5FF4A 3O6YX 3NL3A 3VE7A 5HWNA 1FCVA 3NR0A 4O13A 3E02A 3G0XA 1R47A 4GFSA 1FXPA 2BWGA 2I1OA 1FDZA 1A50A 4LC8A 3NQCA 1XBZA 2C3ZA 3GXPA 4M19A 5DBTA 2WPBA 3QW4B 2J9ZA 3NQEA 4IMFA 4UTKA 2OT0A 3CEUA 5HUOA 2V81A 3W85A 4BK9A 3UWWA 1DVJA 4TU1A 5CSRA 4PA8A 1FWTA 3FEMA 4Q33A 3B04A 4UFMA 3HIJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3VII A;  4EKJ A;  4PRR A;  4F2B A;  1IF2 A;  4UNL A;  1MDL A;  1IT0 A;  4B4F A;  4HSO A;  3RND A;  4Z1D A;  3UJ2 A;  3NJ3 A;  5E6Y A;  1IEW A;  3B9E A;  1ZEN A;  2DH2 A;  3A4J A;  5GNZ A;  3WLJ A;  1A0D A;  3HO8 A;  3N2C A;  5AOU A;  7TIM A;  3P5Y A;  3GBE A;  1RHC A;  1OX5 A;  4RDV A;  4HJF A;  1BG4 A;  3EOU A;  4NNA A;  3LPF A;  3G3D A;  4AY8 A;  4CKQ A;  3SZ8 A;  4E5T A;  4PMR A;  3T1G A;  5K9X A;  1GVF A;  3A12 A;  3H4G A;  5HNT A;  3QN3 A;  5U4N A;  4DJE D;  3KL0 A;  1A5B A;  4CD7 A;  4D9P A;  5D09 A;  3BAR A;  3NQG A;  3FXG A;  1PUD A;  1EOK A;  3M5X A;  3VAB A;  2BNJ A;  5ABE A;  3B8D A;  1ZFJ A;  3PUD A;  1QPN A;  2PDN A;  1UD3 A;  4LF1 A;  3KE0 A;  2BDQ A;  3MJM A;  2E28 A;  1K8X A;  1UKT A;  3LRM A;  2PLJ A;  4Q7B A;  5HXM A;  2HMC A;  1VCF A;  3ES8 A;  4UCG A;  2ZZ4 A;  1CGY A;  1O60 A;  3ZT7 A;  3P8J A;  4C5Z A;  3E2S A;  2J13 A;  2WK2 A;  3U2C A;  3M16 A;  1VHC A;  4LEF A;  4A8N A;  4YTU A;  4HOX A;  4XBJ A;  2PF0 A;  4OOU A;  4QXI A;  1BRL B;  1X1N A;  3G8R A;  4XUY A;  4JQA A;  1VFT A;  1TUX A;  3DGR A;  3F1Q A;  4G1K A;  4CU7 A;  4WCJ A;  1ZJH A;  3GW3 A;  1A4L A;  2AOS A;  3PZU A;  4DNM A;  1WYI A;  3GR4 A;  5CZT A;  1V6Y A;  3QQ0 A;  1AG1 O;  3GG7 A;  1UWR A;  3SUV A;  1XKY A;  4W7V A;  3RAO A;  1ODU A;  3U48 A;  1TG7 A;  4KEU A;  3G1R A;  3ZR4 A;  3I6E A;  4LH8 A;  1X7F A;  3VGE A;  2QIW A;  3DGB A;  1L6W A;  3NSM A;  4HPN A;  3UET A;  4BI6 A;  4XZH A;  3W01 A;  2FVM A;  2J4G A;  3UA4 A;  1FCB A;  4GKL A;  1WXZ A;  3C2F A;  3EPO A;  3IWP A;  1VC4 A;  2PPG A;  1MXD A;  4LUS B;  3P3B A;  1U83 A;  2FJK A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W7RA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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