3W84 | Genus

Total Genus 107

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	107
sequence length	313
structure length	313
Chain Sequence	MCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__858016852710663__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__858016852710663__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3W84/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__858016852710663__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"858016852710663","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3W84/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__858016852710663__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Trypanosoma cruzi
publication title	Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with MII-6-101 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
total genus	107
structure length	313
sequence length	313
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2013-03-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	3w84A02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3w84A01

3GXPA 5F4WA 3VE9A 2G5WA 1KTBA 1W5NA 3SIZA 1TV8A 4M6PA 1Z42A 3DXIA 3LCFA 3C0JA 2AQWA 2OT1A 4I7WA 4R53A 4NJJA 4O18A 5IM51 2UV8G 3KAOA 2FDSA 1KFLA 3O6YX 4IX0A 4YMZA 3SGZA 1W0MA 2B0MA 2NXHA 3G8EA 1VYSX 3CC1A 4NX0A 1OX5A 4DPQA 2HS6A 1GYLA 4MUZA 3S1WA 1FX6A 1AL7A 4XZ9A 2I14A 3G0XA 3W2LA 4ICNA 3TAOA 2X30A 3WJYA 3LLFA 2ISVA 1F74A 1OF6A 4E38A 4A29A 2ZZ7A 4FEZA 1FWRA 2X1TA 1WAUA 3KRZA 5AC7A 5D2TA 2P1FA 3PBVA 4AWUA 3M41A 4JIPA 4JN6A 4M7TA 4QISA 4UFJA 3DBPA 1SFLA 5DBTA 5DXYA 1K7EA 1TMHA 1KFKA 1H5YA 4HIBA 2JKAA 2D73A 3JRKA 1ZFJA 2Z2UA 1F5ZA 1O60A 1AG1O 4LUIA 5DCEA 2GVJA 3O63A 3LTSA 2OCZA 3TR2A 3QRHA 1GZGA 4A22A 5EBUA 1KBIA 1EWEA 1FXQA 4ZQRA 1AMKA 3BLFA 1W5OA 2CFFA 1IXOA 5AHMA 3S1XA 1JCNA 1AL8A 4JDYA 3P74A 4TX9A 1RQHA 1UCWA 1OFEA 1W37A 3PBYA 5FEXA 5LZLA 1H7PA 4LOCA 2QJGA 3HG5A 4UNKA 3V75A 1KM3A 4HSOA 2ZRVA 3WK2A 2ZRXA 3CEUA 3F4WA 5F2IA 4RCXA 1M7PA 1OABA 2Y85A 1TB3A 2A1YA 2ATSA 2CZEA 1I2QA 3VE7A 3W2NA 5T26A 5G2WA 2ZFAA 1W54A 3FYOA 3GDRA 5I3JA 5G4WA 4E2BA 4IMFA 1RPXA 5G5IA 1HO1A 5HR7A 1T8XA 1JUEA 3TE9A 3N2MA 4CNNA 4Y90A 1H1YA 3DFPA 3OVRA 4FNRA 5DXXA 1H60A 3G1HA 3M5YA 4CCDA 1KV5A 5J5DA 3HGOA 5AOUA 5HUOA 1JCXA 3ZS4A 2V81A 3E02A 3ZWSA 2PE4A 4EVZA 5D2WA 1XDMA 1X7FA 1LDCA 3W7MA 1ZAJA 5FI8A 3W7KA 2V82A 2VXNA 1FCQA 2YSWA 3KVJA 3S8HA 5D2VA 3RLUA 3TSMA 1L6WA 1FWNA 3TC6A 4K7YA 1HUVA 1DV7A 2X1RA 4LS0A 4EIVA 4LU0A 2ISWA 3CIWA 2W6RA 3S0CA 4LNYA 3ABSA 3TXZA 1P4CA 4NXSA 3P67A 4WZHA 1QOQA 3G1FA 5KTLA 3IGSA 4MY8A 1W8SA 1GG0A 2JBMA 4K8EA 2XFWA 2IQTA 1G4TA 3W9ZA 1W3NA 2YX0A 1KM5A 5LHFA 4YWIA 3UZJA 1VC4A 2TYSA 4Z0SA 1QO2A 1YTEA 1J5TA 5G2HA 3TK7A 3EXRA 5D38A 4NJKA 3CHVA 3CWOX 1TPDA 4A3UA 1PL9A 3QQ0A 4Z1CA 2GPTA 3DAQA 1P0NA 4LTSA 1SQ7A 4RK8A 4UMAA 4BFAA 5HWMA 3QJAA 4QJ1A 2DZVA 3DKLA 4HN4A 3S5ZA 3O06A 2V0TA 3Q2DA 3N9SA 4NJHA 5G4EA 2R14A 2ZZ5A 3BARA 2V2DA 1TTQA 3C61A 2QAFA 4JDBA 4NT0A 1TTIA 4JY8A 2E68A 1EP3A 1H7WA 3BW3A 3E12A 3DU0A 1Y0EA 4UTMA 4OV9A 3QM3A 1S5WA 1Z41A 3EX1A 4FF7A 1OFQA 2NUWA 4GWEA 1VH7A 2TPSA 3L0KA 5FESA 3UPWA 4FNUA 1GPWA 4M6VA 4K6AA 4H6KA 3G8RA 1K8ZA 1FWSA 1MEWA 3NA8A 2A2IA 3IIPA 4TR9A 5U4NA 1LBFA 2E5CA 4TO8A 2HMCA 4WY0A 4O8RA 1QDSA 3NL2A 4MVAA 1NFBA 1FY6A 2E09A 4O16A 4O53A 3C2EA 3Q58A 5DELA 4O0KA 2Y63A 3NQEA 5A5WA 2H3BA 3MI6A 1ZHAA 2J6XA 5I3IA 2P10A 4O54A 2CWNA 3G1AA 1JCJA 1FCVA 4ZL1A 3LHWA 6TIMA 3LRKA 4DF0A 1CW2A 4ZVJA 1GTHA 3CB8A 3IVTA 2PCQA 3LGEA 1PE1A 5HUPA 3WK3A 3W7NA 1JQXA 1W3TA 3W1AA 2FPTA 3O1NA 3FKRA 3UD6A 2J9YA 1I2RA 4LV4A 3AJXA 3GNNA 3P8JA 4L4LA 4C1LA 2E6DA 2WSQA 3L0GA 5D02A 2BSLA 3C4UA 3PM6A 3MP3A 1P1XA 3NZ1A 1W5PA 3I68A 2Y6ZA 3OA3A 3DH7A 3UWQA 2ATMA 5FEZA 1FCUA 2EHHA 3W86A 4KWVA 4UFKA 3BGJA 3W73A 3M43A 5D05A 3DFNA 2X1SA 2Y88A 4MY1A 3Q94A 4N9EA 3LDVA 1XBXA 2YPIA 2F7FA 1VR6A 4MYAA 3W1QA 1TTPA 4GUJA 3W85A 3STGA 4ALDA 1N55A 4UFMA 3O07A 3N19B 3NQGA 2ZZ4A 1SZFA 4BWLC 4X2RA 2ZA1A 3CIXA 4BK9A 3S42A 1PHWA 4GRSA 1G4SA 3VCRA 3QZEA 1KFEA 4M7SA 4UMBA 4IJBA 1VYPX 2NV2A 4R34A 5LSMA 1M7OA 3E49A 4XQ6A 3W22A 3L21A 3LXBA 4BWLA 4DEFA 1SFJA 1WBHA 2WJZA 3W1NA 1TREA 4RXFA 3T7VA 3LX9A 5TBOA 3EB2A 4JY9A 2H90A 2O7SA 2RDUA 1FWTA 1TTJA 2Y7GA 2ZDRA 2ZZ6A 1K7XA 3LCIA 5EL1A 3NL5A 2PC4A 1OFRA 1TV7A 1HO4A 3DFOA 3L2IA 4PODA 1F6KA 1ZJIA 5LNUA 1TRDA 4Y96A 1H7OA 3Q37A 3PG8A 3IRDA 3B0PA 3NQDA 4IPJA 3HMJG 3NXFA 1OX4A 1ME9A 1PCWA 1TPUA 3BW4A 1OFAA 1FDYA 2ABBA 1UJPA 3UPBA 4CCCA 2NX9A 1SSDA 3HB9A 2JKEA 1XUUA 3U6WA 4EF9A 1KTNA 1TPH1 3R2GA 3QYQA 4Z0JA 4DF2A 4MYXA 4AVFA 1IXQA 3IV3A 4RZ5A 2A5HA 1FDZA 2VOMA 4LC6A 1X6UA 2GOUA 3E96A 4JTGA 4XKYA 1Q6OA 5L6UA 2J24A 5DCBA 3UXAA 5AYZA 3W1TA 1VJIA 3UWUA 2WKJA 4I7UA 5CSRA 1SR9A 3M6YA 1YDNA 4UTUA 2NWRA 4GUIA 4KFPA 2VELA 1IGSA 3MWAA 1JRCA 4PTNA 3SI9A 3W2KA 4K37A 3GIYA 4AAJA 2JKPA 4WXZA 4DBDA 1UUMA 1R46A 3EXSA 4CLMA 3LI0A 1IF2A 2RFGA 3BW2A 3LERA 4WOZA 1DBTA 5FF3A 4RZ6A 2VEKA 4DO6A 2JGQA 5F2MA 1JVNA 3TU9A 4I7VA 1VYRA 4QAIA 2GUUA 4OU1A 3T4CA 4DXVA 4NNCA 5LKYA 4FNTA 1F7BA 1T99A 2G96A 3QH2A 2NUYA 5K4XA 5KZMA 1H7RA 3MHFA 4L4MA 3NL6A 3QW4B 4AF0A 3QC3A 1U83A 2QCDA 2JGYA 2E5DA 1ME8A 3B06A 3NEVA 3B0UX 4ADTA 1OHLA 2DU2A 3PB0A 2E5BA 4MLRA 1L2UA 4Y6GA 4UTLA 3QEZA 3HF3A 2QCFA 4K39A 1GJPA 3INPA 3P61A 1GVRA 2A7PA 3TW7A 5D03A 1VLIA 3LHTA 2ABAA 2QDGA 4UXDA 1NVMA 3WJSA 1YPFA 4IXXA 3GXNA 3PSWA 4FX7A 2JK2A 3TSDA 1CI1A 1R30A 2W79A 4UFHA 3NPWA 4N2YA 1D3HA 1J4EA 5KITA 1C9DA 1XL9A 4LS2A 1JUKA 5BMXA 3A5VA 4O57A 1QO5A 3L0NA 1XC4A 4PL1A 1DQXA 1H62A 3SSJA 4O13A 4O4WA 3FKKA 5HQEA 4O15A 3SW6A 3PBWA 3UWWA 3MO7A 2QKFA 1DVJA 5CPOA 2ZZ3A 3EX6A 1DORA 2GJNA 3KX6A 5I3HA 2CZDA 2Y89A 3EX2A 3NGJA 1QOPA 1WXJA 4LVDA 3LOTA 2RDWA 3G0SA 4UCGA 1K8XA 4O11A 4IGHA 4UTKA 2YW4A 3IEBA 1BTMA 1K8YA 2GVLA 1X8FA 4ONVA 1W3IA 1SPQA 3GR8A 5BNKA 3NYZA 3D0CA 1SW0A 4P61A 3W72A 4X9SA 3LRMA 1P0KA 2YCEA 3W1UA 4JGDA 1ALDA 4LVFA 1E51A 1G6CA 5EA9A 2XN1A 4FO4A 3QSTA 3QF0A 4Q33A 1KLYA 3G1YA 3N14A 1QCWA 4FIQA 3NQ8A 5TIMA 3TQ0A 4UR8A 1TPFA 5AHFA 3W7QA 3TMQA 2V2CA 3BK0A 3VKJA 4RLIA 1Q6QA 4HSNA 4O1DA 2ZTJA 3DFSA 2QJHA 3ANYA 4LC8A 1ZENA 1RR2A 2YYTA 3WK1A 4KFOA 2DZXA 1OG0A 3PWAA 3GR7A 4JTJA 2VC6A 4O4VA 1LBMA 1GWJA 1ME7A 4M6QA 3DENA 1NAL1 1WDWA 1WBJA 1JQVA 1JCLA 3T78A 3IIXA 3NQCA 5U7SA 3UWVA 1VHNA 3HGRA 4S2BA 1YDOA 3A5FA 3GYEA 4RX0A 2V30A 1A50A 3B04A 4JD4A 4JTIA 3R8RA 3MP4A 4CNOA 3C52A 1DKWA 4KWWA 5BRBA 2WSYA 2E6AA 2H8ZA 1KV8A 4MKNA 1OFPA 2VFFA 2Y7DA 4ZQOA 1EUNA 1QNVA 4W9TA 3EWYA 3WJZA 3CTLA 2NLIA 3W75A 4NVTA 3LCGA 1I45A 3NM3A 1F6PA 2ZBTA 1BWLA 3MW7A 3P62A 3QQ1A 1O4UA 1WOAA 4HHPA 4QITA 1VRDA 4GXMA 3G18A 5IBXC 3L68A 3R12A 4LV9A 3LTYA 3TQKA 1H61A 3W7PA 1KFCA 3HG2A 3UYCA 1W31A 1XUZA 2NWSA 1KFBA 2FB3A 1VS1A 3DHFA 5IBXA 2PURA 3CM4A 3TXVA 4FNQA 3OBKA 1NEYA 3ABQA 3NZRA 1XXXA 3UWYA 3DHDA 4PL2A 1ZAIA 2C0AA 2CLKA 3QMTA 1M6JA 4OGZA 2WNZA 1ONRA 3SY5A 1AK5A 4ADSA 1X1OA 5C2XA 1U5JA 1XKYA 5EY5A 2Z0IA 3M0ZA 4QNEA 1V7YA 2Q8ZA 4RR4A 4CQAA 1WOBA 3QW3A 1TJPA 3HPZA 2HTMA 1B4KA 3W7GA 2O7QA 3STCA 1FXPA 1EB3A 3KVMA 2X2GA 3W83A 1WV2A 5AFDA 3S9YA 3NPUA 2EAWA 4EWND 1ICPA 3GAYA 1GVOA 4Q4KA 3HG3A 3QSRA 1G7VA 5KINA 1DJQA 3O16A 1SSGA 1FQ0A 4E0CA 2AGKA 4LT9A 1PHQA 3EWUA 5CKSA 3GK0A 1KFJA 2QCHA 3W23A 1RQEA 3HQ1A 3M1ZA 1A5AA 3I65A 3N34A 4XTIA 4ZQPA 3GXTA 3P8IA 3KRUA 4PCFA 2A0NA 3WJXA 3EX4A 3KVKA 4QNWA 3TX9A 2PRHA 2QCEA 4MY9A 3GKAA 5HR6A 1F2JA 1SZNA 2B7PA 3L9CA 3TNOA 4DQWA 3T40A 4BI5A 3F03K 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3W84A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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