3W88A

Structure of trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with sh-1-200
Total Genus 105

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
SMCLKLNLLDHVFANPFMNAAGVLCSTEEDLRCMTASSSGALVSKSCTSAPRDGNPEPRYMAFPLGSINSMGLPNLGFDFYLKYASDLHDYSKKPLFLSISGLSVEENVAMVRRLAPVAQEKGVLLELNLSCPNVPGKPQVAYDFEAMRTYLQQVSLAYGLPFGVKMPPYFDIAHFDTAAAVLNEFPLVKFVTCVNSVGNGLVIDAESESVVIKPKQGFGGLGGKYILPTALANVNAFYRRCPDKLVFGCGGVYSGEDAFLHILAGASMVQVGTALQEEGPGIFTRLEDELLEIMARKGYRTLEEFRGRVKTIE
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYO1 (1-1)3H3 (301-303)S1 (4-6)TIV3 (11-14)S2 (9-11)TIV1 (5-8)S3 (15-17)S16 (267-270)TII1 (18-21)S4 (40-45)TIV4 (20-23)AH1 (26-34)AH2 (76-86)S7 (94-98)TVIII1 (46-49)AH3 (103-120)TIV6 (69-72)S5 (58-61)TIV5 (54-57)3H2 (214-216)S6 (64-67)TI1 (61-64)AH6 (225-239)TIV9 (221-224)AH8 (272-277)TI2 (88-91)TIV7 (89-92)S8 (123-127)S9 (161-164)3H1 (139-141)TII2 (133-136)AH4 (143-157)TI3 (184-187)S10 (187-192)S11 (196-200)AH5 (171-183)TI5 (240-243)S15 (244-248)S14 (217-221)S13 (208-209)TIV8 (203-206)AH7 (254-263)TII3 (304-307)AH9 (280-296)TIV11 (265-268)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism Trypanosoma cruzi
publication title Structure of Trypanosoma cruzi dihydroorotate dehydrogenase in complex with SH-1-200
rcsb
molecule keywords Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
total genus 105
structure length 314
sequence length 314
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date 2013-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01180 DHO_dh Dihydroorotate dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.26.10 Mainly Beta Roll Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 3w88A02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3w88A01
5AHMA 2G5WA 2BSLA 4O18A 1ZJIA 1TPUA 2ZRWA 3C6CA 1F5ZA 1ZAJA 3P82A 5EKYA 2CLKA 4Y90A 4E38A 4YCOA 3TSDA 3MWAA 2V0TA 5EMUA 5K2ZA 1L2UA 3STFA 5D37A 2NUWA 1A5SA 1SO4A 5F2IA 4AAJA 3CEPA 4Y8FA 3GVGA 3HGSA 4UC5A 5L6UA 5FF0A 2QJIA 5D09A 3C56A 3QPYA 2NLIA 5A8GA 3B06A 1JCLA 1I2QA 3W7NA 1GPWA 1H7WA 2BLEA 3UXAA 1H62A 3LM7A 4O13A 3MBDA 3JR2A 1W3NA 2C18A 3PBYA 5FF2A 3M44A 4MY8A 3OBKA 1O60A 2V5LA 4Z1BA 4UR8A 3ZS4A 3MHUA 1SW0A 4AVFA 4ZQRA 4MJMA 3GKAA 2J24A 4NZFA 1FCUA 1KTBA 2ALDA 3MHFA 4LV9A 1PCKA 1KTNA 3L5MA 2J88A 1A53A 3R8RA 1W0MA 1F76A 4UFLA 3LERA 5DLCA 5G2HA 5K9XA 3M1ZA 2Y7FA 3WK3A 3W75A 1KFKA 3P74A 2NZLA 1FBAA 5K4XA 4FNUA 5TQLA 1EP1A 1VJIA 4UFKA 3A21A 4ZL1A 8TIMA 3G1FA 1QFEA 4O11A 5HUPA 3W7LA 3L5LA 4NXSA 1JUKA 3GDTA 1MO0A 1I2RA 2V81A 4UTJA 4LC8A 4JDBA 4QIUA 4O0ZA 1YPIA 3TSMA 1S3HA 3HG4A 3HG3A 3Q94A 3OVRA 2X1UA 3TDFA 1GVSA 1W5QA 3QQ0A 3Q58A 4JY9A 3G8RA 4O15A 1XBXA 1K8ZA 4LW7A 3LCWA 1LBFA 4PL2A 3TKFA 2DZUA 1DL3A 3IVSA 4MY1A 1SO3A 3W7KA 3M5ZA 3W87A 1KM2A 2TMDA 3RMJA 4UFMA 3LBMA 2CW6A 3G1SA 1R30A 4UNLA 1XCFA 3HIJA 1FDZA 3NXFA 3GDKA 4EF8A 5CKSA 3W76A 5AHEA 1VLWA 3UYCA 4G1KA 1RQBA 5K3VA 4ADUA 5BNKA 3BG9A 4BWLC 1RR2A 3O6YX 1FCQA 1SO5A 2V82A 1DVJA 2C15A 4XKYB 1DORA 2VFIA 3B05A 3QC3A 3F1QA 4AHOA 2HS8A 4MLRA 4NU7A 1W3IA 1GG0A 1I45A 1VYPX 3F4NA 4UFHA 3VE7A 3CHVA 4NVTA 1F6KA 1DOSA 1B57A 1A5BA 3G0UA 2PURA 3G1VA 3W2UA 3CWOX 2Y88A 3IGSA 5C55A 5HR7A 4NQ1A 2FB2A 2O7QA 1P0KA 1YXCA 1TV5A 1W56A 1PHQA 2A6NA 3MI2A 2WPBA 3WFAA 3GIYA 2DZTA 1VC4A 2VEKA 5E1QA 4P2VA 5GVJA 1JRCA 1JVNA 5MHBA 1LYXA 4FF7A 2G95A 4FEZA 2O7SA 4JTSA 5F2MA 4X9SA 4DF1A 3KXQA 3MYOA 1TPFA 3R2GA 3MP3A 3FFSA 1W5MA 4IPJA 2Y70A 5KZDA 3LHYA 3GZ3A 4YL2A 6TIMA 2HS6A 3LHZA 3LB0A 4GUGA 1XI3A 1P1XA 1QR7A 1W5PA 4XKYA 4LVDA 1SO6A 3O16A 3TIMA 5TIMA 1YDNA 1VYRA 4I7UA 1K7FA 4K6AA 2VFEA 3UWQA 3NL3A 4LVFA 2RDUA 4YLWA 3RLUA 3M43A 1OFAA 2OX1A 1P5BA 3O07A 3ZWSA 1GVFA 3CIWA 3GLCA 1Q45A 5U4NA 1GYNA 5DELA 1HO1A 4D2JA 4RV8A 3W07A 2Y7DA 3W22A 1M7OA 5D04C 3LLFA 2ZRUA 1SSDA 1FXQA 3QMRA 3P80A 1SZFA 3M6YA 4UMAA 2B0MA 4XQ6A 5FF3A 2Q8LA 1HFBA 3G0SA 2Z6JA 4GUHA 1V5XA 3W1MA 1Y0EA 1KM6A 5DN1A 2LLEA 1IXQA 4RZ6A 3UXDA 2BTMA 4OE7A 3LHVA 2WNZA 3U2OA 2JBMA 1XDMA 2WOQA 3I65A 5CPMA 1Z48A 4AB4A 3C8FA 4JX5A 4LU0A 3BG5A 3R89A 3LCHA 2YGYA 5G4EA 4UCGA 5D2TA 3RU6A 3L65A 5H91A 4DF0A 2YXGA 4FX8A 1B3OA 2KZHA 1PL9A 1H50A 2B4GA 3B0UX 1H7PA 2HTMA 4JGDA 2QCDB 4PFMA 1Z41A 5D02A 1T8XA 3A22A 2VEPA 2ABBA 3G1AA 4FNPA 5D2YA 4A3UA 5AYXA 4FB7A 3PUDA 1DQWA 3N3MA 1DQXA 3EEGA 5I3JA 4AMAA 3W7GA 1QO5A 3F03K 1I2PA 4TMBA 4RZ5A 1R2TA 4AWUA 3NAVA 5LKYA 1WOBA 3HB9A 5EBUA 2YFNA 3SIZA 4OV9A 5C6MA 1G4SA 4UTWA 3R13A 2R8WA 3TV8A 5CGQA 4IWWA 1VHNA 1TSIA 1UUOA 5DCDA 3QPZA 3PB2A 2NUYA 3W7PA 3DHDA 2Y7EA 5AOUA 4LY8A 2VELA 2ZZ6A 3I6RA 4GNJA 4WXZA 3W74A 3CU2A 1FXPA 5CPOA 3V1PA 4ONVA 5LNRA 4H3DA 3C0JA 4KWVA 2XN2A 4JYFA 2QCFA 1MXSA 1KA9F 1EPXA 3DAQA 1RVGA 1KM1A 3NQ6A 3CM4A 4JIQA 3L5AA 3LRKA 1XUUA 2QCDA 4JTTA 1OFQA 4N2YA 1W31A 4UTLA 1FWWA 3KFTA 3GK0A 1SR9A 2X16A 3LTPA 2ISWA 3W7QA 4I9AA 1PVNA 1ZFJA 1KM3A 4K8HA 4X22A 3Q37A 2X1RA 3TAKA 1KFJA 1TREA 4RJEA 1VS1A 5AYYA 2B7OA 4JXCA 1XBZA 3HG5A 1QOPA 4O12A 3BG3A 3NQAA 3STGA 1FUYA 3SZ8A 4DO5A 3LOTA 4DQWA 3C52A 4CCDA 2F84A 5DY3A 1YDVA 3W1RA 1GT8A 3W7JA 3E96A 3FJ6A 1Z44A 1EEPA 3DFOA 3BGJA 2FIQA 5LNWA 3NGJA 1GQNA 4O53A 3BW4A 2FQIA 1THFD 1TQJA 2RH9A 1MEWA 2EPHA 2OT0A 3G3MA 3EWZA 2CLHA 2ZA1A 1LM1A 4UNKA 3DI0A 4BFAA 3UWZA 1VPXA 1UCWA 4TMCA 3N2XA 3NQMA 5HNRA 4IMEA 1GVOA 4NJGA 3IIVA 1JQXA 3SGZA 2ZRYA 2V2CA 4JY8A 2R91A 3EXSA 2CLLA 4U28A 1VR6A 4AEOA 1ME8A 3C2RA 3MBFA 4BR1A 2ZBTA 4K7YA 4J9JA 2BWGA 5CPNA 1LZOA 4CNOA 4YCPA 4MKNA 4IXXA 2ZZ1A 1W5OA 4HT3A 1JUEA 5F2LA 2PCQA 3LCFA 5HUOA 2NXIA 5CSRA 3C2FA 1LOQA 1WBHA 3W83A 4O4WA 3L0NA 1WYIA 4HNUA 3NQ8A 5KTLA 1AK5A 4E2BA 5HWNA 2BX7A 1OK4A 2Y85A 2WNNA 3CT7A 4FX7A 3S5OA 4MFDA 1KFBA 4HSOA 5TBOA 2R14A 2OJPA 2CZ5A 2NV2A 2VEIA 5BOOA 2J6XA 1CW2A 4LS0A 3W6YA 2DZSA 1GYLA 4JX4A 1YXYA 2E1DA 3T44A 4HKPA 4GE8A 2EKCA 3P7YA 2JK2A 4FNRA 5DXYA 1I8JA 1I2OA 3FOKA 3W3OA 1OVDA 3MO7A 3OIXA 2X1SA 4XZ9A 4IMCA 5G1TA 5G4WA 3THQA 3GXPA 1TIMA 2QDGA 3CIXA 4UTTA 2V5BA 4DPQA 1HUVA 1OABA 3AJXA 1F05A 1UBSA 3NQFA 2ZA3A 4AWTA 3ABQA 1H5YA 3QW4B 5AB3A 5AHIA 1NVMA 2Y63A 4S2BA 1QO2A 4GWEA 1SZGA 2A21A 4NZJA 3NR0A 1FWSA 3G1YA 5CG7A 3EKLA 2E6AA 1O4UA 4A22A 1TYGA 1QPQA 3E12A 3G22A 1T0OA 3ATYA 1L6WA 1XUZA 3IVUA 1HG3A 1KBJA 2EGZA 4YXGA 3I68A 1GVRA 2A7PA 1SFLA 2PRHA 5CPLA 2C6QA 4JR5A 3L0KA 2GQ8A 3G3DA 1YLVA 1TPEA 1X8FA 1HL2A 3L68A 1NFBA 3NZ1A 3SECA 5H2ZA 4IMDA 3P84A 5KINA 2YW4A 3O6DA 2C19A 3G0XA 1TJPA 1P0NA 2QCHA 1SZEA 1GWJA 3L2IA 3PF3A 4KKXA 4ADSA 3LRMA 3WJZA 2V2HA 3W72A 3VE9A 2NUXA 4OGZA 5LZLA 2WSYA 3BK0A 1BEUA 4JICA 4N4QA 3QF0A 1J4EA 3M5XA 2YX0A 1OYAA 4JD4A 2GJNA 1M6JA 1ZNNA 4JTHA 1YTKA 1TPH1 3NQVA 2QDHA 3G8EA 3M7WA 5F4WA 4NJIA 3W2NA 1OFDA 3EWXA 3LCIA 4ICNA 4DPPA 2Y62A 1GOXA 1W5NA 1M5WA 2I9EA 1FWTA 3UNDA 4NNAA 2B7PA 1G4PA 3UZ5A 4IGHA 5KMYA 3CLMA 4MPQA 2VC6A 3OVQA 4WQ6A 1EX5A 1C9DA 1FDJA 3KRUA 1KFCA 4LUJA 2C1HA 3S5NA 3DGRA 4X2RA 3WJSA 3LGEA 3TXVA 3A24A 1UUMA 3W84A 1JCXA 3NEVA 1Q6OA 5D03A 7TIMA 2DU2A 4Q32A 4JTEA 3SW6A 3IIXA 2ZDRA 1YXDA 2CLFA 4DF2A 4LV4A 3P62A 2WKJA 4H6KA 3Q2DA 3TX9A 4N6FA 3OA3A 2Z1BA 4N9BA 1GTEA 2DORA 2CZFA 1GJPA 3QMSA 4LNYA 3PWAA 5FEPA 1LBMA 3W7CA 2FB3A 1T96A 3PG9A 3TW7A 1AMKA 4U4MA 2I14A 1LRQA 3S6DA 3NPVA 1LBLA 4AXKA 4O54A 3W2MA 2NXGA 3NO5A 3EX2A 1DV7A 3THAA 3MJYA 2NX9A 2J9ZA 3L0GA 2TRSA 3SJ3A 2WSQA 2W79A 1EUAA 1R2RA 3CEUA 4W9TA 5EPDA 3DFQA 5DCEA 4FIRA 1K7EA 1AL7A 2H8XA 3W1QA 1D3HA 1LRNA 4EF9A 4WZHA 3TSBA 3EWBX 3BW2A 2V2DA 4WUIA 4GJ1A 4N9DA 2CFFA 1IF2A 3IRDA 1HTIA 3B03A 1E51A 3LCXA 1XL9A 5C2XA 3QSTA 5FEZA 2ATSA 1WXJA 3LXAA 4JTIA 1OX4B 3KHJA 4L4LA 3VI2A 1TRIA 5F1UA 2CLIA 3N9RA 3C2OA 2ZRVA 1TQXA 1LLWA 3S0CA 2FJKA 2JKPA 4MJZA 3I7SA 5HWJA 1FCBA 1VRDA 2HSAA 4OV4A 5LNUA 2JGQA 2OT1A 4NNBA 4O4VA 3JRKA 5HJLA 3N34A 3U6WA 3I7QA 3WK0A 2CWNA 1L6YA 2Z0IA 3T78A 2AAMA 2CLEA 3E0IA 4NT0A 4AWSA 4DO4A 1H60A 4JYEA 3KRZA 5BRBA 4I7VA 2FFCA 4TU1A 1OG0A 3TC7A 3PR2A 2X1TA 1VQTA 2XFWA 5E0KA 1VGAA 3LHUA 5FF7A 2C14A 3HOJA 4TX9A 5FF4A 3STCA 5F2GA 3NA8A 5DXXA 1AG1O 2EAWA 3A5VA 3C4UA 5HULA 5KSWA 2XN0A 4Z1DA 1U83A 1B9BA 1G69A 2A6LA 3T7VA 1H7NA 2Y6ZA 5D2WA 4O52A 1I2NA 4K39A 2YYUA 4JX6A 1DBTA 4Y9AA 1KV8A 4ZQNA 3OG3A 3TA6A 3NL5A 1ICPA 5HMSA 1OX4A 4IOTA 3GAKA 5D2XA 1EIXA 1GEQA 4UIOA 3W88A 1SFJA 3W7HA 3W7IA 3SI9A 4WOZA 4IQLA 3U8GA 4LRSA 1B4KA 3K30A 3NZRA 4M19A 4MUZA 1OYBA 4MOZA 4UTWC 1JULA 2E77A 1IGSA 3SFKA 5AN7A 2QF7A 3G1DA 2B7NA 2FPVA 4IMGA 3WJYA 3GXTA 1AW2A 3PAJA 4DBEA 2WNQA 2CLMA 4O57A 3TJLA 3TR2A 2WSRA 4ZMGA 1LOLA 3HBLA 4UMCA 1SZNA 3TCEA 3E9AA 2C13A 3LCLA 1SQ7A 3BW3A 1VCFA 5D38A 2GJLA 3W86A 4CQ9A 3DI1A 2JKEA 3INPA 5HR6A 4AHPA 3C61A 4FHAA 4A2RA 4RLIA 1W37A 2E5CA 2RHGA 4OBTA 3FKRA 5I3FA 3C3NA 3MP4A 4UTMA 2QAPA 2F7FA 4LVBA 3TW6A 1NF0A 5HWMA 1TJRA 3LX9A 5C5YA 1X1ZA 3HPXA 1LRTA 3B8DA 1L6SA 3NQGA 2Y89A 3QYQA 2QCNA 4JTGA 4GC4A 1YYAA 2VFDA 2YW3A 3KX6A 2PRLA 3UQNA 4HHPA 4JTKA 3SSJA 3W2JA 1GVQA 1JJKA 3W9ZA 2ZCGA 5DY2A 4ORMA 1VCGA 3CB8A 1KW1A 2YZRA 5IBXA 1QPNA 5I3GA 3FA5A 5K7JA 3DENA 5K4ZA 4OWGA 1TV8A 2E09A 4ZVJA 1OFOA 4E0CA 1AW5A 5D2VA 1K02A 1XXXA 1VHCA 1WAUA 4LC6A 3IVTA 2VFHA 3VKJA 2PRMA 4RR4A 4JTFA 4QSHA 3QM3A 3S1VA 4JTJA 2E5BA 5BMWA 4O1AA 2RKXA 4IX2A 3S1XA 4L4MA 4NJHA 2VXNA 5BW6A 3I7RA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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