3W9ZA

Crystal structure of dusc
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
314
structure length
290
Chain Sequence
MRVLLAPMEGVLDSLVRELLTEVNDYDLCITEFVRVVDQLLPVKVFHRICPELQNASRTPSGTLVRVQLLGQFPQWLAENAARAVELGSWGVDLNCGCLLKDPELIYQGAKAMREAVPAHLPVSVKVRLGWDSGEKKFEIADAVQQAGATELVVHGRTKEQGYRAEHIDWQAIGDIRQRLNIPVIANGEIWDWQSAQQCMAISGCDAVMIGRGALNIPNLSRVVKYNEPRMPWPEVVALLQKYTRLEHVARIKQWLSYLRKEYDEATELFQHVRVSPDIARAIQAIDIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of dihydrouridine synthase C (DusC) from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA-dihydrouridine synthase C
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli
total genus 105
structure length 290
sequence length 314
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.225.30 Mainly Alpha Up-down Bundle Bacteriocin As-48; Chain A Bacteriocin As-48; Chain A 3w9zA02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3w9zA01
2QDGA 1OX5A 2V5LA 5C2XA 2O7SA 3S8HA 2C6QA 3M5XA 3GDMA 3DU0A 3HGJA 3C4UA 4O1DA 3EWWA 1K8XA 2V2CA 3O6DA 1SPQA 3F03K 4Z1AA 1CX9A 3EKZA 1SO6A 4FF7A 4HNVA 1VYSX 1RR2A 1K3UA 4IOTA 2H8XA 4XWUA 3SR7A 5K4ZA 3ZWTA 3LB0A 2H90A 2OZ0A 4JTUA 5I3GA 3SY5A 3RMJA 3O15A 3LCFA 4AMAA 5DN1A 4TX9A 3CU2A 4PFMA 1FXPA 4FX7A 4LUJA 3NQGA 4PCFA 2NX3A 4JEQA 3TC6A 4R53A 4JR5A 3VI2A 1OX4B 3P67A 3OA3A 4K39A 4HSNA 1NF7A 2QUUA 2RDUA 4CCEA 1WBJA 4O50A 3MW7A 3MBDA 1PCWA 4YL2A 3C2OA 5HINA 2VEPA 1R30A 3EEGA 5EL1A 1KM6A 1C8VA 5D02A 3GIYA 3NQ6A 3WK2A 4Z1DA 1RQBA 1TRDA 3N9SA 4GNJA 2VC6A 4JIPA 5CPMA 3E0IA 3FOKA 3NYZA 1GVRA 3LDVA 4O0KA 5D37A 4JDBA 1F76A 2CW6A 3DENA 4JTHA 1VH7A 1NAL1 3EX4A 1TTJA 3DGRA 4EVZA 5AHNA 3EWZA 3UD6A 3DI0A 1S5TA 3BG3A 3KAOA 3S1WA 3DH7A 3MYPA 1NFBA 4U28A 3TH6A 1R46A 1EPXA 3BW3A 2WSRA 2X1TA 2NWRA 2NX9A 3FS2A 4ZMGA 4DELA 3NQ7A 3MMTA 4RV8A 1UJPA 1AW1A 1Y0EA 5TBOA 3ABRA 3EX6A 2B7NA 3TX9A 4IPIA 4OGZA 3WJXA 2WO5A 3O1NA 3TQKA 4Z1CA 2XFWA 4UTTC 2TYSA 4NXKA 4GE8A 2DJLA 5DY2A 3MP3A 3BO9A 3QFEA 4FNTA 2J6XA 3EKLA 1MEIA 4M7TA 5A8GA 3HIJA 1OYAA 4CQAA 4IPJA 4FXRA 3SECA 2H8ZA 4PODA 4ICNA 3ANYA 1EX5A 4Y90A 4RXGA 2ISSA 2VFIA 1JQXA 5D38A 4MVAA 2V30A 3ABSA 1H61A 2ZCGA 3NL2A 2C0AA 5AYXA 2CLLA 4OHQA 5TIMA 5FF0A 1YTEA 3BG9A 1GJPA 3W2JA 4NVTA 1UASA 4OT7A 5CKSA 2JBMA 3MI3A 2NUYA 3NZ1A 3W1UA 3KOFA 1W54A 2CFFA 3LCWA 1R47A 4A3UA 3W2NA 3PSWA 1QDSA 2ABAA 1SFLA 3M6YA 3SZ8A 3W1MA 3W7KA 3S5YA 3TJXA 4RKAA 1XM3A 5T26A 5FF4A 2VFDA 2A7RA 2Y7GA 2E68A 5FI8A 3S5NA 2CLKA 1DQXA 4L4MA 1C9DA 1QAPA 3LOTA 4K36A 3MYOA 3LCLA 1ZENA 1Z44A 3G1HA 3S42A 1LLWA 1TSIA 4MJZA 4UFHA 2V8ZA 1TMHA 1NVMA 2J24A 1TPC1 1VPXA 1IF2A 1QOPA 1OF8A 3LCIA 3E96A 3P82A 1XC4A 4TMCA 3CHVA 4RXFA 3D0CA 1B3OA 3MWAA 3F1QA 4IX0A 4UTUA 3TFXA 3NVTA 2ZRZA 3TMQA 1B9BA 2NLIA 3NQEA 3O05A 1LZOA 3NAVA 1H7WA 3LTSA 1O4UA 3UY7A 1YXCA 1PE1A 4M19A 1QCWA 4S2CA 3U6WA 2H3DA 1B4KA 3P84A 3L0GA 1K7FA 3PC0A 1G7UA 3M5VA 2QCEA 3DFTA 3NQCA 4QITA 5AB3A 3O8AA 3L0KA 2PURA 1A5AA 1TTPA 3FJLA 3UNDA 4O13A 4R7JA 2NXGA 5DELA 3B0VC 1H7XA 4R33A 3TDFA 3QRHA 3MI6A 1SSDA 1GTEA 3ATZA 2CLIA 5F2MA 2QCLA 4GC4A 3UXDA 4N9DA 1XUUA 5HJLA 3OG3A 3HGOA 1CW2A 1F6KA 3DFNA 5G2WA 1QPNA 1GPWA 4A2SA 1ICSA 5D32A 4BI7A 3F4WA 3KVMA 3LLFA 2UV8G 2E6AA 3W74A 5FEPA 3MJYA 1YADA 1BWKA 1HG3A 3TR2A 2Y61A 1G6CA 1J5TA 3QM3A 1SO4A 1W3IA 4ZQPA 3UPBA 5MHBA 1LM1A 3M7WA 3DFSA 4UMBA 1QR7A 5BOOA 4IMEA 3WK1A 2EHHA 3G0XA 2FB3A 2A7NA 3RLVA 2NX1A 1M5WA 2QR6A 4MY1A 3HMJG 4AWTA 2QAPA 4JTFA 3W72A 1GZGA 2GVLA 4YCPA 1KLYA 1QMLA 1XDMA 1GG1A 4QJ1A 3KRSA 4QNWA 5F4SA 2B4GA 1ICQA 1Z48A 1AMKA 3PUDA 4UXDA 4OWGA 3PB2A 2HMCA 1VLIA 5HWJA 3N2MA 4NJKA 1YDOA 2QCGA 4JYDA 2IQTA 4WJEA 3P5ZA 1J2WA 3PWAA 4ORIA 3QPZA 3LHUA 5K9CA 5CPLA 2C19A 2E5BA 2EPHA 4I9AA 4CCDA 2ZYFA 1H60A 5CPOA 3HO8A 4HSOA 5DY3A 2ZDRA 3L5MA 3GKAA 3A5FA 3V1PA 1TPWA 2J9XA 4AWUA 4S1FA 4XKYB 2ZRXA 3PF3A 1S5WA 1XBVA 4O1BA 1FWTA 1W5MA 1X1ZA 4JIQA 1OVDA 3P8JA 3A21A 3TAOA 3LCGA 4MZYA 3NPWA 3P7YA 4RX0A 3UXAA 1ZAHA 4DO6A 1VJIA 3W85A 4FX6M 5HWMA 1TYGA 3FKRA 1DKWA 5G4WA 5D2YA 1O94A 3E02A 3RNDA 1F73A 5I3KA 5U4NA 2F84A 1P4CA 3BLFA 3GVGA 2QCHA 4NZFA 2E6YA 4XQ6A 3TNOA 5FF7A 3TXZA 3S5ZA 2ISVA 4O54A 1ME7A 3HJZA 1XKYA 3F4NA 3NQAA 1H1YA 1BTMA 1JULA 3G0UA 3QMRA 4M5PA 1LCOA 3W23A 5LGZA 3HG3A 3STEA 1KM5A 4FHAA 1WOAA 1P5BA 1CI1A 3I7SA 1JRCA 4KFNA 4FNUA 4O1AA 3N9RA 4IX2A 1O5XA 2XN1A 1KM1A 4IXXA 4XBSA 1LBFA 4IMFA 1TPH1 2NUWA 5EKYA 2Q3OA 2R8WA 3I6RA 3OHIA 3R2GA 2QKFA 4EWND 4UTJA 3U8GA 1LOQA 4M6PA 4N6FA 2FB2A 3SI9A 4M6VA 3ZR4A 4NNCA 1KFBA 1GYLA 3V75A 4K37A 4Z0JA 5AC7A 4PA8A 3TE9A 1RZMA 4UFJA 1N7KA 2Y7DA 2ZRWA 2TMDA 3BPWA 5G1YA 1X8FA 3B4UA 1IXOA 4A22A 1ZHAA 1EP1A 3SIZA 1ZFJA 2PRHA 5F4WA 5F4XA 3W70A 1OFEA 1F74A 4GBUA 3O63A 1H1ZA 4DF2A 1PCKA 1ZNNA 1OX6A 3BGGA 1F5ZA 4AWSA 3LXBA 2DORA 4Y8FA 1W31A 4NX0A 4KKXA 1VCFA 4YLWA 1DJNA 4FEZA 3N3MA 1FDYA 1SW0A 1ML1A 3GDTA 2D73A 3B0PA 2WKJA 3GK0A 3R12A 3PG8A 2WNZA 2P10A 2X1RA 2KZHA 4LS0A 3UWZA 4ZQOA 2EAWA 1G67A 4NJHA 2G97A 3LHYA 4I7UA 2WV8A 4GUGA 3NQ8A 2YZRA 3UYCA 5IM51 3EB2A 2WSYA 3MO7A 1SR9A 3IVSA 5EMUA 1OFRA 1DOSA 4L4LA 1QO2A 4LC8A 3NL6A 1VYRA 4JTKA 3S1UA 3KHJA 2ZA1A 1RV8A 3HPSA 3I65A 2ZQ0A 1W5PA 2RDTA 2J9ZA 3QSTA 4DBDA 3NGJA 3UQNA 2PRLA 1F7BA 2GQAA 4YCOA 2GQ8A 2X30A 4JDYA 3NQ2A 1PHWA 2TRSA 1OFDA 3UWYA 2Z1BA 2PE4A 3PY2A 3OVPA 1QNVA 5G2IA 1P1XA 1P0KA 3N19B 3W1LA 3W86A 1S5VA 2E6FA 4LVDA 6TIMA 1EP3A 4O52A 4ZQRA 1GT8A 3G3DA 3W1XA 1O5KA 4E38A 4O28A 1KFCA 3T4CA 3BG5A 2NZLA 2QCFA 2EKCA 1UBSA 3RF9A 2FTPA 2YSWA 1B57A 1XDLA 3W1AA 4JN6A 3DKLA 3TK7A 5G4EA 3QMTA 4QSHA 3QQ1A 1TTIA 4UNLA 5DBTA 5DXXA 3G1VA 1OFQA 2A6LA 4UFMA 3ABOA 3E49A 1LRNA 1IIHA 1T8XA 4DXVA 2FPYA 5A5WA 4QQ3A 5AHFA 3L5LA 3STGA 3W75A 4JY9A 1MZHA 4MFEA 5BMWA 1QPOA 1GWJA 2DJXA 1OYCA 4GUHA 3SGZA 1ZALA 2V2DA 3EXTA 3TAKA 3TC7A 3PUOA 4OBTA 1OFBA 4MLJA 1JUEA 1A5SA 2QCDB 3SSJA 1I2PA 5BW6A 3I7QA 3BW2A 3IEBA 1NEYA 3O07A 4UR7A 2JKAA 1I2OA 3W88A 4Y6GA 1Z41A 2B7OA 1ZAJA 3IVUA 4O12A 1GVOA 1ZY9A 3UZJA 3KXQA 1JJKA 4UTIA 3H53A 1HFBA 1TV5A 3IGUA 1KTBA 1SZEA 4K6AA 3TQ0A 4WOZA 3FJ6A 3P8IA 3QEZA 2Z6IA 4AF0B 3GNNA 1EEPA 2LLEA 5AHEA 1HTIA 5LNWA 4PTNA 3T55A 1TPVA 3WJSA 4WX2A 1IXNA 4MUZA 3INPA 3CM4A 4BF9A 3GKFA 4NJIA 1WX0A 2JK2A 3MI2A 3VKJA 2VEIA 5DXYA 4Y96A 4O16A 3CB8A 1SW3A 4J9JA 1D9EA 4AHQA 4RZ5A 3EXSA 3R5EA 1H7PA 2YW4A 3Q2DA 4GWEA 3JR2A 2OT1A 1OFPA 5D03A 1Q6OA 5SWUA 4UTHA 3ZWSA 1W37A 4RJEA 5HWNA 1UUMA 1U5JA 3Q94A 5KSWA 4UTTA 1XFBA 3HG5A 1IIGA 5AYYA 1LBLA 4QIUA 1ZCOA 4E2BA 4DBEA 3FLUA 1BWLA 3LLDA 4O18A 4POCA 3O16A 2CLOA 3T7VA 1EUAA 1JUBA 4X9SA 2I14A 3G1AA 1I2NA 1LP6A 4RK8A 4Q4KA 2JKPA 3B05A 3GNDA 4FNPA 3S9YA 2VEMA 1H5YA 2ZFAA 3W7JA 2BZNA 3EXRA 4CLMA 1J4EA 3S5OA 2QCMA 1XI3A 3WJYA 2Y88A 1TV8A 3NM1A 1LRTA 1VC4A 2YX0A 4LT9A 1ZJIA 2Y7FA 4WY0A 3S1XA 4UC5A 1OK4A 1FXQA 1VRDA 3VNDA 3DZ1A 4R34A 3FA5A 4X22A 5LGXA 2QJGA 1JVNA 4S2BA 3C0JA 3R13A 3LRKA 3CLMA 4NJJA 1A53A 1Z42A 4HNNA 1AL7A 1K7EA 4JTTA 2DZUA 4ZQNA 2FPVA 3C8FA 4I7WA 5L6UA 1TB3A 4LW7A 3TA6A 4A29A 1Q3NA 3GB6A 1JCNA 4OV4A 4ADUA 3NDOA 4WY0F 5CPNA 1G4EA 3CIXA 1LORA 3TCEA 3CWOX 3W7HA 4ZL1A 1D3GA 3TW7A 3NO5A 5C55A 1BKSA 2QAFA 2J27A 3CTLA 4JNMA 2VFFA 2C15A 4E0CA 5LSMA 2CLHA 3T44A 3M41A 3W7PA 3ZFHA 3N73A 3OVQA 3BGJA 3GXNA 3G8EA 1OK6A 1X7FA 2VENA 2W0UA 4FIRA 3STFA 4TR9A 1NF0A 3W7GA 1IXPA 1B4EA 1EP2A 1TPEA 2I1OA 1FWWA 3PG9A 3W7QA 3NOEA 4AHOA 2X2GA 1M7PA 2YYUA 3U2OA 4UMAA 4Q33A 5IBXC 3USBA 2QCCA 3JRKA 3A9IA 2E09A 1SO3A 2RDWA 4MJMA 3CPRA 3TW6A 4OE7A 4BWLC 2Y62A 2DU2A 4ZQCA 2WOQA 2YW3A 1OX4A 1GQNA 1KA9F 1GEQA 1LRQA 4XBKA 4NZJA 4N6EA 1QWGA 1L6WA 1KM3A 5F2LA 4PH6A 4HHPA 3PBUA 2QCDA 4KFPA 2V82A 1KV8A 2RH9A 2BXVA 1D3HA 4W9TA 3WJZA 1H7OA 4G1KA 3L68A 2QCNA 4N9CA 3DFQA 4IUOA 4P61A 4QAIA 2QUVA 3TIMA 3G1FA 4LNYA 4ADSA 3PUEA 4LVBA 4FXSA 4UTKA 2YYTA 4YXGA 2CZ5A 4UTWA 4OV9A 1EWEA 1FCBA 2ZBTA 3H54A 2DP3A 3PVFA 4UTWC 3EX1A 4UUIA 3NEVA 2GJNA 1G7VA 4LC6A 1AW2A 2Y70A 3GAYA 3H55A 3MBFA 1MEHA 2WNQA 3LM7A 3FFSA 4O17A 4O14A 3W7RA 5HMSA 1DORA 4LRTA 2FLIA 4ADTA 3CQ0A 2DZWA 1I4NA 5K4XA 4BI6A 2P0OA 4BK9A 1JCLA 1WBHA 2HS6A 3LXAA 1SZFA 1SO5A 2A4AA 3PULA 3W7CA 1DQWA 4WUIA 1VCVA 4MKNA 1XUZA 1VZWA 3OBKA 1LTDA 2VFEA 3NQFA 3LHTA 2GVGA 3M1ZA 1C29A 1RQEA 2FJKA 3PSVA 3W2KA 4A2RA 5TQLA 1YTKA 4MY9A 5C6MA 3WK3A 3NA8A 3PBYA 4Z08A 4IMCA 3L0NA 4AB4A 2CLEA 5D2TA 1SZGA 4KFOA 1KM2A 5EBUA 4NXSA 1KFKA 5AOUA 3TJLA 1ALDA 1VS1A 2C14A 5AC8A 4O19A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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