3WDR | Genus

Total Genus 118

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	118
sequence length	330
structure length	329
Chain Sequence	QDWNISSSPVTPSPSAGAQKLYSFLVQNFQKKIISGAMTLQGGDESAQTKEPDWLQQNAGHRPALVGLDFFQTGKGEEWYYNDSRFSKQVVNGAKSYWQKGGIPALCWHWRDPSKDTDAFYSPSSGNSATQFDADQAVKSGTAENKAILQDLAVIADQLQDLRDAGVAVLWRPLHEASGKWFWWGYKGADALKKLWKIEFDYFVKERNLNNLIWVFTAGTPIEGIADWYPGDDMVDVIGMDIYATQGDHATQQDYFNQCKSIFKGRKIVAMSECGSVPEPDLAAPWSFFMPWYNNYCIPEGSNPYNSLEFWKKTMSSSLVITLDNMPGW

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural and Biochemical Analyses of Glycoside Hydrolase Family 26 beta-Mannanase from a Symbiotic Protist of the Termite Reticulitermes speratus pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-mannanase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Symbiotic protist of reticulitermes speratus
total genus	118
structure length	329
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date	2013-06-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02156	Glyco_hydro_26	Glycosyl hydrolase family 26

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3wdrA00

2XM1A 1JZ7A 3A4WA 1OT2A 4OIFA 4OBSA 1UKTA 2X2YA 2YBUA 3VKKA 3ZMRA 2WSPA 4ZE4A 3TTYA 3WSUA 3I3EA 1C8YA 3L2LA 3IJ7A 1K6AA 1TA3A 4CCDA 3JUGA 4KWUA 2D2OA 3AS2A 1E56A 5CZKA 1PX8A 5KEZA 2WLYA 1CGXA 1UWIA 1W2VA 1KBKA 1OIFA 1LG2A 4AIUA 3AIBA 3K8KA 1SMDA 5A3HA 4UFJA 1NWRA 3EBVA 5IXEA 3PZQA 2WHJA 2XGIA 4JKKA 2Z1KA 2WWDA 2EQDA 1VBUA 3K46A 1J9YA 3RPMA 2XSBA 4QLLA 1E4NA 2YJQA 4NSBA 1JAEA 1V0NA 3BLPX 1UKQA 3KL0A 4UFLA 1GQIA 1GUVA 1BG9A 4YN5A 1JXKA 5HDRA 1QNQA 4AD1A 4ZXOA 3LPFA 1UQYA 3N17A 1JDAA 3VD5A 3SCTA 8A3HA 4AD5A 1W9PA 5TD4A 1QHPA 3PTQA 3U7BA 4PMUA 1H5VA 1TMQA 5I24A 4XZBA 1VFUA 2ZX6A 3L4YA 2A3EA 2CBJA 1H09A 2WM0A 3KL3A 3N9KA 2D3LA 1E6RA 1JNDA 3EMQA 3WDJA 3M6DA 1NH6A 3MSGA 1ZBWA 4HPGA 4J3XA 4P8XA 4U3AA 3WN6A 5A1AA 3VO0A 1OD8A 2CEQA 5I0DA 5JIPA 3AICA 1EO5A 1HX0A 5C8BB 5I5RA 5A8MA 2EPNA 2RGLA 3T2OA 3G6MA 1SFSA 3VM7A 5FOOA 1E73M 4TVCA 1ISXA 1XV8A 3WELA 1XRVA 2UY4A 4JHZA 3TP4A 3VILA 4BQ2A 5A94A 2EXOA 2WZHA 2WANA 1KXVA 1W1PA 1E6PA 1JG9A 2DIJA 4WSJA 4AISA 1PIFA 3W53A 3WMSA 1J0KA 1R7AA 1UR0A 2E4TA 4AYSA 4IUGA 2Z1SA 1G1YA 4MB5A 2ZUNA 4PTXA 1EIBA 4CUCA 4XX6A 1E6XM 1CENA 2DT2A 3ARYA 3B9EA 2BS9A 3UEQA 3BGAA 4J3VA 1RPKA 2WW5A 4M56A 2X1IA 2ZXAA 1ISVA 5CLTA 3G6LA 3VOCA 4AZGA 4AEFA 4JAWA 3BSGA 2CXGA 1BF2A 5I79A 4PMRA 1V0LA 3OIHA 4JFWA 3N13A 1GW1A 1G0CA 3MS8A 4UOJA 3KZSA 1BQCA 1UKPA 1KCLA 3ARSA 1OIMA 4LQ1A 2YDQA 3HJEA 3PZ9A 3WEZA 2G8ZA 2XJ7A 1DWGM 1US2A 3CUGA 3RCNA 2ZUTA 1W3LA 2WKLA 1WAWA 5AYIA 4AIEA 1KBBA 2CBIA 2XIBA 3ZM8A 2OSYA 3ARUA 5A6AA 1W3KA 2Y8VA 2PWEA 2Y4SA 1X1NA 4C7GA 1JD7A 3DYPA 2BY0A 3EDJA 1RH9A 1TVNA 4LPCA 5FIPA 1D2KA 1U30A 2C7FA 4WJXA 3T09A 1BPLB 2BXZA 2DGAA 2VX6A 5AC5A 1JF5A 1GONA 3VNYA 2GJXA 1EA9C 3U57A 3VVGA 2E8YA 1VJSA 4HTYA 3THCA 1CXHA 1UWUA 3PZVA 4D6CA 3W27A 1C3FA 1OB0A 3PZGA 1JYNA 1LJYA 1JI1A 1BGGA 4CU7A 4N0RA 4UR9A 3W25A 5DEZA 3SCVA 1WZAA 2GDUA 4ATDA 1MFUA 1XCXA 3EDKA 1NARA 3VNZA 1CGWA 5JBEA 6CGTA 1MW2A 4CCEA 3CPUA 2WZEA 1JDCA 1KR0A 1EOMA 3VU2A 1K9EA 2O9OA 5A6SA 4PSRA 4GQRA 4V27A 1UA7A 5IHSA 4JIEA 5I23A 4PUDA 1TA3B 2D3NA 1GQKA 2PC8A 3AIUA 4CVUA 1VEMA 1XHGA 3BAYA 3W24A 1BHGA 1KB3A 2YDRA 3IJ8A 5BCAA 4HPHA 3CZ8A 1AMYA 4ATLA 5BWFA 2XPKA 1UWQA 2D23A 3RO8A 4ZFMA 3RILA 1GVYA 2WYSA 4PMNA 2D20A 1MFVA 3QOKA 1GORA 3UG5A 4UFIA 1H0GA 2JF7A 2DT1A 4JL2A 1W2PA 3W4RA 4KRUA 4UZSA 3BXWA 3AMLA 3ZQ9A 3AIQA 1KXHA 3OLIA 1UZ4A 3DECA 4W5UA 6A3HA 1ODUA 2XHYA 3QOMA 1CBGA 2J75A 2J7GA 1QVBA 4MAZA 1BFNA 1FH7A 4Z2LA 3VGEA 1AVAA 1E55A 1B1YA 2EPKX 1GQLA 3GDBA 1KQYA 3WF0A 2DSVA 4HA1A 4C7DA 1LL4A 2XTKA 4KRTA 5A8QA 3CZJA 3WD3A 4KMQA 2WHMA 2A3CA 1OINA 3RMEA 4PBGA 1OWQA 2V5CA 4DM2A 3AZSA 4JCMA 5D9MA 3WMBA 2F8QA 4W8AA 1I1WA 3B8SA 3WF2A 3W38A 3NYDA 3FN9A 1E72M 3VX1A 1KR1A 2FDMA 1TCMA 2D22A 1OCQA 4UQCA 3VD7A 2WNWA 2DDXA 5ABFA 3WKZA 2J7HA 1RP8A 4AZ6A 3J7HA 1JZ2A 3FNDA 2ZUSA 4J3SA 3OLDA 5LYRA 1JFHA 4YHGA 1DP0A 3O2LA 1G5AA 1CZ1A 1VFOA 3N11A 4TTUA 1NP0A 2OLHA 2JFEX 4CGTA 3RM8A 2V3EA 5LA0A 4CD7A 2VZTA 1NWUA 3LPOA 2WAGA 1JZ8A 1QNOA 2QV4A 2XUCA 4MB1A 2WSKA 1CXFA 1JI2A 1YQ2A 3CZLA 2CHNA 1KGXA 2YLAA 1J10A 4OJYA 5F7UA 1HJSA 1JF6A 2FGZA 1TVPA 4X0VA 4GO8A 5A2BA 5A8OA 4W86A 2W92A 2JALA 3GNOA 2X0YA 1FP8A 1AQMA 1U33A 4HMCA 1HF6A 1QW9A 5CJ5A 5A8NA 4PEEA 2A3HA 5EFFA 5LA1A 1E4LA 4GIAA 2RGMA 4GZJA 4FLOA 1J0ZA 1W32A 2XVLA 3W28A 1FFRA 3TONA 1MQQA 4XZWA 1CXIA 2BNJA 3VMNA 4M29A 3PZMA 3VGGA 7TAAA 1MXGA 2W63A 1JYXA 4GPNA 1X6LA 3F4VA 1KWGA 1AQ0A 4D6GA 3VIFA 5E70A 4ZENA 3ZIZA 4PMDA 4HU0A 1G01A 2AMGA 2VTFA 5FD0A 2OWXA 1CEOA 3SUSA 3AOFA 4AD4A 2YA0A 3I3BA 1E71M 5CSYA 1XSKA 2GJXB 2J4GA 2BHYA 1V6XA 1BGAA 5JIWA 4MB4A 2ZXDA 1WE5A 2PBGA 3MMWA 2UY3A 3MANA 1GCYA 2Y24A 2IXUA 2DT3A 3WQ8A 3AZTA 2BXYA 5HOSA 3ARRA 4N42A 2UY2A 3LMYA 3AMKA 3WH7A 1ZBCA 3K4DA 1X6NA 2WC3A 2VNCA 4UOQA 5CXPA 2WPGA 3VM5A 1EQPA 4E8CA 4MNLA 1PZ3A 3ZJ8A 3NUKA 4FF5A 1JZ3A 1UD6A 2J8FA 2YLLA 4U3CA 4YHEA 1MXDA 3OLGA 1AQHA 1Q6DA 4GZIA 1W9DM 1XD1A 2WVUA 3WMCA 3GH5A 2VVSA 3CUJA 4C7FA 2ZUMA 1ISYA 4MTVA 2WHLA 1XH2A 3AXIA 4BA0A 2ZOXA 2JEQA 1GVIA 4W84A 2VR4A 4PN2A 2ZXBA 5CPTA 3M7SA 5BXTA 1ECEA 2YL9A 1ODZA 4B16A 4XB3A 1UZ1A 4UQAA 3ZOAA 2CBVA 4PMVA 5BYWA 3TTQA 3QR3A 3WNPA 1EO7A 4A3HA 1BYDA 1O7AA 2JF6A 4X9YA 3T2QA 2GUYA 1OM0A 1HKJA 3POCA 1LQ0A 1Q4NX 4U33A 3VMOA 1E5JA 1KGWA 3OA5A 4RE2A 1G9HA 4ZEPA 3VDHA 4NZCA 5GNZA 2VZUA 4B3LA 2ZX9A 1UH3A 4J3UA 2EPOA 2ZICA 4FLSA 5HXMA 3VX0A 1JYVA 1UR2A 2OSXA 1WZKA 2QF8A 2WMFA 5E09A 3AMDA 1B90A 4BF7A 3AIWA 3FY1A 1I75A 4HZ6A 3EYPA 5A95A 3GNRA 3A6OA 1DTUA 2BV9A 3I3DA 3CMJA 2VZSA 2Y8KA 3WD2A 2VC9A 5ABFB 5JUVA 1V6UA 5CLWA 4PSPA 3W29A 1M04A 3WQ5A 2W66A 3WEOA 4DUWA 2BHZA 2F61A 2WK2A 1CXKA 3WDQA 1QI0A 1TZ7A 1YHTA 4K68A 9CGTA 3WQWA 1A3HA 3GBEA 4QLJA 4TXEA 1IZKA 1O6IA 4LXFA 2W4XA 3VIGA 3NSXA 1V03A 2D24A 3CUFA 5ABGA 3OG2A 1B3VA 3CZEA 3WH5A 3UR8A 3A4AA 5CPSA 3WQ4A 2ZX8A 2GJRA 1ZJAA 3ARWA 4WKAA 2CESA 1W9XA 2YBTA 2E9BA 4Q7NA 4R5EA 1NP2A 5FL1A 1KFWA 2BY3A 1HKKA 1B31A 3NIYA 4HP5A 1US3A 4TVUA 1Q6EA 3MSDA 4E2OA 6TAAA 1CXEA 3VDAA 1HL8A 3VTRA 3QHNA 4H8HA 5HNNA 2O92A 1E3ZA 4OBRA 4AD0A 4D1IA 1KQZA 3F5KA 1EHAA 1RD6A 2W61A 4P7LA 1LLOA 1IV8A 1WB0A 1VEPA 1BSIA 2JIEA 2CITA 3WNMA 1UA3A 3ARPA 1E3XA 2QMKA 3AROA 2PI6A 4U2ZA 1EDQA 2G3IA 1K9DA 4FLQA 3GH4A 2XG9A 2VX7A 3EDDA 4J3WA 4LYPA 2VURA 1NOFA 5E6ZA 3DHUA 1HN1A 1FFQA 3II1A 1UD4A 3BMVA 3UG3A 2J79A 1WCGA 3VGFA 1HL9A 2NT1A 3IJ9A 3NSNA 1E6ZA 1QW8A 1JZ5A 1H0IA 4W7WA 4WK9A 5HPOA 1B9ZA 2G4FA 1GPFA 2ZWZA 4NRRA 2Y5EA 5D9PA 5CGMA 5EFDA 1E6NA 3WFLA 1KXTA 4UFKA 1CLVA 1WPCA 3N15A 4ACZA 2V3GA 5GQBA 1JAKA 2PF0A 2WMGA 4AZBA 1M03A 4W89A 3TA9A 4AEEA 3FHQA 4HMEA 5DF0A 2IXVA 2BFGA 3S6TA 1VIWA 3VINA 1H11A 4PTMA 4J28A 1VB9A 4OZOA 1I1XA 3WQ6A 3BMWA 3POHA 4IPLA 2BY1A 3SUTA 2WVVA 4OUEA 3QHMA 3UCQA 1HKIA 2D0FA 4H41A 1C90A 4MJ4A 3BH4A 3AHTA 3VIMA 3SURA 3D5HA 3ARVA 4LGXA 3MMDA 4JKLA 1W1YA 4HOZA 5FL0A 1E0XA 3RIKA 1NWSA 4P7QA 1ZU8A 4KGJA 1QOXA 2YL8A 1QNRA 1WKYA 3CHDA 2VT0A 5BRQA 3WDPP 2CERA 3CHCA 2G3JA 1CTNA 2VQUA 2E9MA 4Z2GA 3U5YA 1VEOA 1J0JA 3AS0A 4NI3A 1GZJA 1UR9A 1H4PA 1E4IA 1V08A 2VCBA 3ALFA 4ML4A 1W9BM 3BLKA 1DWAM 1UWRA 3VPLA 2W5FA 2DSWA 4WKFA 4UFMA 4LX4A 4UQDA 1MQRA 3AYSA 2J7EA 3KE0A 1MW1A 4DWSD 1BG4A 2HISA 1VFFA 4CD8A 3SCQA 1KXQA 3IK2A 3SIMA 1NM9A 1UD3A 1UOKA 3OLEA 1UQZA 1Q6GA 3FAWA 2G3MA 2GSJA 5M03A 4AMCA 1K9FA 3QGVA 3EDEA 4PMZA 1XSJA 4D6FA 1BYAA 4H8VA 1ZBVA 1GJWA 3L4VA 4CD4A 1MQPA 3RJXA 3PZUA 2E9LA 1CGTA 1V3IA 4AD2A 2VO5A 2J7CA 2D0GA 3WH8A 4YPJA 3DC0A 5A6LA 3MUAA 1WDQA 2CNCA 3ZJKA 4JFTA 3WQVA 3AS3A 1E6SM 3VMPA 3SCWA 5A2AA 1GOWA 2UY5A 3PHAA 2WCSA 3SUVA 3WY1A 3ZJ7A 1W9UA 4QCFA 2YA2A 1JXJA 2WBKA 4ATWA 4MADA 4S3JA 1JDDA 3SEPA 2DQXA 1LL7A 3UG4A 2BVYA 3W81A 1ISZA 3CGTA 1B3WA 1QI4A 1W91A 2PWGA 2YOCA 3N18A 2GK1A 2WMJA 5D4YA 3T0DA 2J25A 5C71A 3VIOA 1ZB5A 2Y2WA 4MDPA 2WWCA 3VGDA 3EMZA 3RDKA 1WDRA 4FK9A 1VF8A 1GOIA 4MNMA 1R87A 3WFZA 4UZUA 1WDSA 2MANA 5GPRA 2OSWA 4W93A 2WBGA 5GNYA 1DWIM 1PPIA 4U2YA 1P6WA 1S46A 4M82A 4BZYA 4HA3A 4J7RA 1E40A 2G3NA 2GJPA 1CIUA 3AMCA 2DH2A 3CZKA 3WNNA 3CHFA 3CMGA 1BVZA 4HZ8A 5BXPA 2CPUA 4W7VA 1F4AA 5DT7A 1BYCA 3CUHA 1QNSA 1B3ZA 2YIHA 5IDIA 1J11A 3O9NA 3GZAA 1QPKA 4J27A 2DSUA 2PWFA 3NDYA 1PBGA 2NW0A 1EDGA 2X0HA 3LPGA 2JE8A 3L2MA 4J3TA 1CGYA 4GKLA 4E4PA 3B9AA 1E9LA 1R85A 2DPEA 1LG1A 1C8XA 2YL5A 3SCOA 4H04A 5D8WA 1R7OA 4PMYA 3ECQA 2FH8A 4D6DA 1UR4A 2J78A 4Q22A 4W85A 3IAQA 4F9JA 2VR5A 1MW0A 2WMIA 5HBFA 1W9VA 3GXIA 4AZIA 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1BLIA 5LA2A 1ZJBA 4Y7EA 1V3JA 3VD3A 2J47A 2D1ZA 2NSXA 1UD2A 1CNVA 4D6IA 1R86A 5E9AA 1J0HA 3AISA 1KGUA 1L0PA 3GYCA 1DWJM 1PX3A 3CUIA 5E0CA 4CKQA 1VBRA 3GBDA 1PEZA 1FH9A 4MDOA 2ZUWA 4Z2IA 4M1RA 1Q6FA 3ARTA 5KZ6A 4UCFA 1XH1A 4GQQA 1BTCA 2DSKA 4QFUA 4UOZA 4F66A 3AYRA 3PTMA 5A6MA 3TOPA 3WBAA 1GOMA 4HOWA 1GOQA 4DWSA 1E0WA 1JL8A 2CETA 2ZX7A 5E6YA 1E1FA 1WZMA 1DWHM 1HVXA 2GK1B 5AYBA 4AZCA 3B9DA 1W1VA 2WB5A 4GZEA 5AY7A 1H3GA 3T0BA 3UETA 2GDVA 1M01A 3BAIA 3LPPA 1HJXA 2AAAA 1CGUA 1FOBA 4PMOA 5ABHA 3L4WA 4QP0A 4D6JA 3ZT6A 4PRWA 4AZ7A 3WIJA 5EBAA 5GNXA 1LL6A 3WF3A 3GXFA 4CD5A 1NWTA 1HJWA 5A6BA 2OWCA 5BXSA 2BHUA 3FW6A 1V0KA 1V3MA 4HA4A 1FHLA 2WKGA 1OBAA 1E15A 3KWXA 1XH0A 4RL3A 3SCNA 4B3KA 3DHPA 3WNLA 1TR1A 2W67A 2XFRA 3OB8A 4UQ9A 4M81A 4MAVA 1ITCA 1JGIA 2GFTA 4A4AA 1SR0A 5A69A 3OGRA 5BROA 1C91A 1JIBA 4F9DA 1MYRA 4V28A 3AMGA 2J62A 1UG6A 3GXMA 1V3KA 2NT0A 4W87A 3A47A 5ECUA 3WH6A 2B31A 1ZBKA 2VJXA 3WF1A 3U7VA 4IISA 2WVTA 1HT6A 1QBBA 3M07A 2W62A 2WMIB 3RM4A 1NQ6A 3KL5A 1OGBA 4AWEA 3MV11 2J77A 4CN6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3W6M A;  4M80 A;  1QHZ A;  4ZXL A;  2X09 A;  2FHB A;  3TTO A;  1HXJ A;  8CGT A;  1G94 A;  2VRJ A;  5DT5 A;  4B9Z A;  1C7T A;  4CU6 A;  4JCL A;  3EDF A;  5I77 A;  1NOW A;  1MVY A;  4R27 A;  1CEC A;  1WNO A;  3BAW A;  3T2P A;  2FGL A;  2A3A A;  2AOS A;  4QCE A;  3WBE A;  4EAM A;  5DFA A;  4W5Z A;  2VI0 A;  4HZ7 A;  3T0A A;  2OWW A;  1WZL A;  2ESC A;  1QI5 A;  3THD A;  2XVG A;  3AQU A;  4LYQ A;  3WUF A;  1KCK A;  4PTV A;  4XV0 A;  3OBA A;  4BS0 A;  1HJV A;  3OGV A;  3PN8 A;  2GVY A;  2A3B A;  3RJY A;  3ZR5 A;  3MKK A;  5CGT A;  4P7R A;  1H2J A;  2QPS A;  4AIO A;  1UKS A;  3FHA A;  4W8L A;  1E4M M;  4Z2H A;  1V3H A;  1W1T A;  5CG0 A;  5EB8 A;  3F5J A;  1QHO A;  2ZUV A;  1XCW A;  1B0I A;  4PUE A;  2ZID A;  1V6V A;  3CLW A;  3QHO A;  2E8Z A;  4MNK A;  1UD5 A;  3AFB A;  1QBA A;  4CN1 A;  1GJU A;  5I2U A;  4IM4 A;  1ESW A;  3IAN A;  2PWH A;  1CPU A;  1J0Y A;  4GI6 A;  3ZSS A;  4AW7 A;  1KWK A;  2QMJ A;  1E6Q M;  2V3F A;  4HMD A;  2CKR A;  4BCE A;  1JZ6 A;  4BQ3 A;  5HPC A;  1J0I A;  3VIH A;  4TX6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3WDRA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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