3WH8A

Crystal structure of gh1 beta-glucosidase td2f2 isofagomine complex
Total Genus 177

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
439
structure length
437
Chain Sequence
RFPADFVWGAATAAYQIEGAVREDGRGVSIWDTFSHTPGKIADGTTGDVACDSYHRYGEDIGLLNALGMNAYRFSIAWPRIVPLGAGPINQAGLDHYSRMVDALLGAGLQPFVTLYHWDLPQPLEDRLGWGSRATATVFAEYADIVVRQLGDRVTHWATLNEPWCSAMLGYYLGVHAPGHTDLKRGLEASHNLLLGHGLAVQAMRAAAPQPLQIGIVLNLTPTYPASDSPEDVAAARRFDGFVNRWFLDPLAGRGYPQDMLDYYGAAAPQPEDLTQIAAPLDWLGVNYYERMRAVDAPDASLPQAQRLDDPDLPHTADREVYPEGLYDILLRLHNDYPFRPLYITENGCALHDEIAEDGGIHDGQRQAFFEAHLAQLQRALAAGVPLKGYFAWSLLDNFEWAMGLSMRYGICYTNFETLERRIKDSGYWLRDFIAGQ
50100150200250300350400400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Metagenomes
publication title Crystal structure and identification of a key amino acid for glucose tolerance, substrate specificity and transglycosylation activity of metagenomic beta-glucosidase Td2F2
pubmed doi rcsb
molecule keywords beta-glucosidase
total genus 177
structure length 437
sequence length 439
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-08-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wh8A00
1DWHM 4WKAA 5KEZA 3W29A 2ZWYA 2IXVA 2BV9A 2DEPA 1W1PA 4GI8A 3VINA 2D3NA 2XG9A 4HP5A 1CXIA 4UR9A 1GOWA 3CUFA 4YHEA 1JD7A 1B3ZA 1HXJA 3U7VA 2E0PA 1H0GA 2G3MA 1E1FA 2WK2A 1CGTA 1K9EA 1E6ZA 3MSDA 3U7BA 1C93A 3EBVA 1XYFA 1J10A 3BCFA 3VIMA 3RJXA 2DQXA 4EE9A 4CGTA 2HVMA 1WO2A 1HIZA 2ZOXA 1LF1A 2AAAA 1WE5A 3CZKA 3T0BA 5TD4A 3ZJKA 1JXJA 1UR0A 3DC0A 2AOSA 2J79A 3EDDA 4MNMA 5D9NA 1E0XA 2D24A 1E15A 1QPKA 1VJSA 3IJ8A 2WM0A 3T2OA 1BAGA 3CZLA 2O9OA 1GOQA 4UQDA 2PWFA 2XTKA 3UERA 1UR8A 4P8VA 2X09A 3VDHA 4MB1A 4XV0A 1RP8A 1B1YA 3QHNA 1US2A 3LPGA 1Q6DA 3AXXA 3VIHA 1WPCA 5D4YA 4GQQA 5BRQA 3SUVA 2OWXA 4PMQA 4B9YA 5JIPA 2YBTA 2V3DA 3WBEA 3WENA 1W9BM 4U33A 2JEPA 3WEMA 1W2VA 2GJXA 5BXTA 4FLRA 3VD5A 1QVBA 1J0JA 1CIUA 1KFWA 2Y2WA 2XPKA 1CPUA 4U2YA 5E09A 3ARQA 4AZCA 1M03A 2EO7A 4RE4A 4DWSA 3EMZA 4GO8A 2PBOA 4N42A 3ZJ8A 1VF8A 1B3VA 4CVWA 4GO9A 3VIIA 1PX8A 5FOOA 1H1NA 3OA5A 1BLIA 1JNEA 2W91A 5M03A 3IJ7A 2PF0A 4PTWA 3BSGA 2WZEA 4AD1A 3AHZA 4UQBA 3SIMA 4GIAA 3UR7A 3VIKA 5C70A 1CLVA 1KBBA 4JIEA 3EDJA 4J3UA 5A69A 3K8KA 1JZ6A 1F4HA 1EA9C 1V03A 1ISWA 5KZ6A 1V0MA 1JXKA 1E56A 4D6IA 1KGXA 5DO8A 3GXMA 3CTTA 5FL1A 3VIOA 1WCGA 5C8BB 2VTFA 1UA3A 2QMKA 5DMYA 4PCSA 1JZ2A 2V3FA 3A3HA 4MADA 4HOWA 4LYPA 4CU7A 1J01A 1KXQA 3BC9A 2VZVA 3RM4A 5A8OA 4CCCA 2WMHA 5CZKA 5A6MA 3WFLA 4QP0A 5D9MA 4PUDA 1V02A 2WWDA 2OSWA 4UZUA 1ITCA 4PMRA 5A3HA 1FFRA 1E40A 1OIFA 1QI0A 4JL2A 1W9PA 2A3EA 1MQRA 1HX0A 4U3AA 1CGWA 5JBFA 2WHMA 4TX6A 5I77A 3VU2A 1EOMA 4Z2IA 3BAWA 5I3DA 4HA3A 4WKFA 3ZJ6A 4TVUA 4KWUA 2CPUA 4W93A 4JFSA 4IISA 1FHDA 2CEQA 3W27A 4BQ4A 4PUEA 1FH7A 1OT1A 4W86A 3OZPA 5CSYA 3FN9A 2WKLA 3ARXA 3BXWA 5A8QA 4EAMA 4AD4A 4JHZA 2D0GA 4IPLA 4S3JA 4FK9A 1R87A 3ALGA 4CN1A 3L2MA 2WLYA 1QI2A 2Y8VA 2ZUSA 3EMQA 5ABEA 3CHEA 2DT3A 2VVSA 2WCAA 3K46A 2FH6A 1MXDA 4HZ8A 3SCTA 3VD4A 3KL0A 4B16A 2BY3A 1E4NA 1VEOA 1QNPA 3RM9A 4CCEA 5A6KA 4V27A 3QHOA 3UG3A 1BGGA 4M8UA 2WBGA 4W5UA 2FHBA 1EXPA 2QMJA 4K68A 2VURA 3THCA 3WNMA 3ALFA 1ISVA 2V3EA 2JFEX 2V3GA 1HN1A 2GJPA 3CHFA 1SMAA 1IZKA 4J3WA 3VMPA 4F8XA 5CQ1A 4W87A 3CUHA 1V6WA 1GHRA 1EO7A 2PC8A 4AD5A 3GYCA 2CKSA 3BCDA 2YA1A 4X0NA 3L2LA 4PMZA 4QCFA 3S6TA 4CN4A 2D0HA 1B30A 1W1TA 3OLIA 2DIEA 3CHCA 2RGMA 1HVQA 2QHAA 2BHZA 4AD0A 3CZGA 2UY5A 5BROA 5DEZA 1MW3A 4AIUA 4ATLA 5FIPA 1XD1A 1EH9A 5A6BA 3JUGA 3UG5A 3F4VA 1MYRA 2QV4A 4UQAA 5I78A 3BAIA 2D1ZA 3SCNA 3SCUA 5FKYA 3VGFA 1HF6A 4PMNA 5M17A 3SCSA 4BQ3A 1KGWA 2XFRA 2XWEA 2VI0A 4AD3A 1VB9A 3AS0A 4D71A 3WSUA 3HJEA 1TE1A 1BF2A 5CSUA 1LL6A 5IFTA 3F5KA 1KXHA 3VM7A 2VR4A 4JFVA 4D6FA 1KWKA 3NSMA 2W5FA 2CBIA 1UWSA 1VFOA 3AZTA 4JL1A 4P7LA 2YDSA 4LYRA 3AROA 3VGEA 1HKIA 2VL4A 1CGYA 1OINA 3SCRA 1UR4A 3OBAA 3PBGA 1UZ1A 2WHKA 1DWJM 4UCFA 2GK1B 4AIOA 4DUXA 4J28A 2CYGA 1C92A 4JFUA 1SFSA 1IZJA 3WKZA 4FLQA 3A4WA 2Y5EA 1W1VA 5A2CA 3LMYA 4HPHA 4QCEA 1LL7A 3AYRA 4N0RA 3W25A 3LPOA 2VCBA 2X0HA 5CLWA 2DT0A 4V28A 4AZBA 3UETA 4A3HA 1KR0A 5AC4A 3FAXA 1XSJA 2WMFA 4AZHA 4J3VA 3SUTA 4P7NA 1M01A 2O9TA 1HVXA 1XC6A 3A4XA 4QLJA 4AEFA 2E40A 1CENA 3L4XA 1K9DA 1GQKA 5ECUA 3I3EA 3II1A 1EQCA 2CKRA 2NT1A 2WHLA 1QBAA 2YOCA 4ZFMA 2A3BA 3CGTA 1SR0A 2VCAA 3OLGA 4H8VA 1PX3A 2QPSA 3CMJA 4U2ZA 2QPUA 1W9UA 2D0FA 4R5EA 1B9ZA 1ISYA 1V02E 2CBJA 1BG4A 1ZB5A 3ARPA 4BF7A 3KWXA 3GBDA 1Q6EA 5F7UA 3ZOAA 3T2QA 3ARZA 4A4AA 2WNWA 3SCQA 1CGUA 3AZRA 4GINA 2J7GA 4JKMA 2CERA 5CPTA 4GZEA 1BYDA 5D8WA 4GXPA 1DTUA 2BNJA 2XYLA 1BYAA 4OIFA 3VX0A 2NW0A 3OLEA 4MTVA 4AZ5A 1KQYA 3VGHA 2OWCA 1JYVA 3W81A 1C90A 3WF1A 2XVLA 1LL4A 1EDTA 4M29A 3CBWA 4GI9A 2Y24A 5EFDA 5I24A 1UR9A 4F66A 3CZJA 2WHJA 1EIBA 3W28A 4DUWA 1JAKA 2AMGA 4W8AA 4MJ2A 3WY1A 1JGIA 1MW2A 5JUVA 1DWFM 2X1IA 2ZUNA 4D6JA 5E6ZA 3WL1A 4UOJA 1C7SA 1EO5A 1ZS2A 2HISA 3WUBA 1GQJA 2F2HA 1XD0A 1H11A 3AMGA 1OD0A 2WMIA 1C8QA 1UH3A 2XVKA 1E43A 4E8CA 3ZJ7A 1CYGA 2BY1A 1W3LA 4Z2KA 4ML4A 4BQ2A 4DM2A 4L4PA 1AVAA 4PMOA 2ESCA 3WH5A 3IAPA 4PMVA 3ARYA 3MS8A 5HPOA 1GW1A 3PN8A 1ITXA 2XIBA 5E9AA 2WC7A 2CXGA 1D3CA 3BAYA 2DSZA 4ZE5A 3RO8A 1GVIA 1SMDA 1UWIA 2CETA 2J7DA 4OOZA 3AIWA 1EGZA 1UYQA 1ZL1A 2E4TA 1R7OA 4C7FA 4PTXA 1ZBVA 3TTOA 4UQ9A 3ZMRA 3BH4A 4P8UA 4OZOA 5I2UA 3HU7A 2PBGA 4EK7A 3F5JA 2DSKA 1NWRA 1XSKA 4UOZA 3FW6A 4OBSA 4TTGA 3VIFA 1KBKA 1HT6A 3K1DA 2Q8XA 1GOKA 3RDKA 5BRPA 2EEXA 5I23A 1JZ5A 2XUCA 4U5KA 5HOSA 2E3ZA 2WLZA 3TTYA 3VGGA 3MKKA 2ZX5A 5DF0A 2EPOA 3HN3A 5FD0A 1JZ3A 7A3HA 1CZ1A 4OUEA 4E4PA 4OOUA 3LPFA 5IHSA 1WB0A 3T0AA 3PZUA 1GHSA 3ARWA 4DWSC 2VX4A 2VZUA 1UD8A 3VILA 3B8SA 5EBAA 1RH9A 2WCSA 1JD9A 1UD6A 2WSKA 3MO4A 1C8XA 3WEOA 1M04A 3WDQA 2VO5A 1JYWA 3J7HA 2W63A 3TP4A 3SEPA 4UFLA 4GKLA 3PTMA 4W7VA 1TR1A 1X6NA 1WDRA 3BAJA 4ZXOA 4HPGA 5BXRA 4JFWA 5A95A 1B0IA 3A47A 3OLDA 1FFQA 3NSNA 3W53A 2YA0A 1PPIA 3F5LA 3T0DA 1TCMA 3FHQA 1UD5A 2OSYA 4P8XA 3SURA 3WDIA 1CXLA 3K8MA 1GUVA 3CO4A 3MMWA 1CXEA 3TOPA 3WUGA 2PWGA 4Z2LA 1Q6CA 3AI0A 3EDKA 4ATWA 3AHXA 4RE3A 3TONA 4CD6A 1D7FA 3AHYA 1K9TA 2BHYA 3MSGA 5GNZA 2WC4A 2W62A 8CGTA 1ODZA 2VR5A 3RIKA 2G3NA 1JI1A 3K8LA 2YLLA 1ODUA 3T09A 1PIFA 3MMUA 1KR1A 4UFIA 2TAAA 4TX8A 3WQVA 5ABFA 3I3BA 1J0YA 3NJ3A 5HNNA 4CD7A 5CXPA 1KQZA 2BVDA 3PZVA 2FHCA 3THDA 3WIJA 5BXPA 1B3XA 3QOMA 3AS2A 2W4XA 4HMDA 2Y4SA 2J47A 5E6YA 7TAAA 2J7BA 5A8MA 4CU8A 8A3HA 2WKGA 2BY0A 3A4AA 5E70A 3TTQA 2F61A 1XH2A 3NDYA 1BYBA 3WQ4A 4F79A 3QR3A 4HTYA 1TVPA 1XRVA 1KWGA 5EFFA 1CXHA 3FAWA 4JHOA 3WMSA 1W9VA 4H7VA 5AYIA 3SUUA 3ZSTA 4JZ5A 3OG2A 1V3JA 3EDEA 1QNOA 3QOKA 2XFFA 4W89A 2A3AA 2J78A 2WWCA 4NF7A 3D5HA 3WF4A 1J0KA 1HJVA 3OB8A 1KCKA 1CLXA 3ZT5A 3WH6A 3WF3A 3WH9A 5DT7A 3EDFA 3GZAA 2ZUVA 1XYZA 4MPKA 4QLKA 4JCMA 4J7RA 3WFZA 2WVSA 5LA1A 1OB0A 2WC3A 4B15A 2VQUA 3WD0A 4BS0A 3VNZA 2DSUA 1E6RA 3EYPA 3QHMA 4F9DA 2UY3A 1SYTA 1JFHA 1TA3B 3ZM8A 1MFVA 1KCLA 4JCLA 4H41A 2ZUMA 3VX1A 6CGTA 1CECA 1AQHA 2JIWA 2VZSA 5A6SA 3N17A 1V6VA 3DYMA 2VCCA 4IM4A 1FH8A 1W2PA 3GH5A 2EBNA 1JDDA 1W91A 2DT1A 4ACZA 4Z2GA 1BHGA 5CPQA 1H41A 4W7WA 1BG9A 1QI5A 1F4AA 1WP6A 1JNDA 1UKPA 4CN6A 1KXTA 3CUJA 1UWRA 3ZSSA 3UEQA 2ZX7A 1QNRA 3ECQA 3OIHA 1E6QM 1DHKA 1RPKA 5JBEA 4PSRA 2DDXA 1TMQA 3AOFA 1G1YA 1WDSA 2VX6A 2YL8A 1R85A 1GVYA 1QHZA 3IAQA 3WDPP 4WJXA 3W0KA 1NARA 3DYPA 3VMNA 1JDCA 5IHRA 3W38A 4FLSA 4YPJA 3M7SA 4MNLA 4LGXA 3RJYA 4MAZA 4IUGA 3W6MA 1PZ3A 4IPNB 4FF5A 1FP9A 2DH3A 4BQ5A 4H8UA 3WF2A 3WELA 1PJ9A 1G01A 4UNIA 1BVZA 2JF7A 5FL0A 1HP5A 4AXNA 3KL3A 4UFJA 1QNQA 1HNYA 1E72M 2IUZA 3CZ8A 3W26A 3BLPX 4HMCA 2XVGA 5HPCA 2G4FA 1X6LA 4KH2A 3AQUA 4RL3A 1OD8A 5IXEA 4UTFA 1UWQA 1VEPA 1GNXA 1UKOA 2VOTA 4Q22A 4WIWA 1IV8A 2J74A 4JKKA 1UH4A 2EPNA 3N1AA 2W66A 1JZ4A 3VM5A 3AS1A 1TZ7A 2E8ZA 1LJYA 4FMVA 1OIMA 2CBVA 3M07A 1NH6A 2Z1SA 4PMXA 3W37A 2CBUA 2BHUA 1J0HA 2X8RA 3NIYA 1M53A 4AW7A 1UD3A 4GPNA 3SUSA 1B3WA 3CZEA 2WW5A 3DECA 1WZLA 2J75A 1QHPA 1UQYA 4Q7NA 2J7CA 5JIWA 3AISA 1W9DM 3GH4A 3K4DA 2BXYA 1G9HA 1W3KA 5BWFA 1BTCA 2IXUA 3N15A 1EDGA 1PIGA 2WBKA 5DFAA 2CCRA 3PZIA 2WXDM 2ZE0A 2XM1A 5LYRA 3W6LA 3NSXA 2VZOA 3BMVA 1P6WA 3GXFA 2VQTA 4AC1X 1B31A 1UR1A 2FHFA 5DT5A 2BVYA 2C0HA 2XSAA 1E6SM 1E55A 4PMUA 2XVNA 3NUKA 2VT0A 4M56A 4M81A 5CJ5A 3GDBA 2EPLX 1CBGA 3WNOA 3VKKA 4W7UA 1UH2A 1Z32X 2EQDA 3K4AA 3RPMA 3SCOA 4UFKA 1ISXA 4D6CA 3L4ZA 4NRSA 4AZ6A 1H2JA 4ZEPA 3N13A 2PWEA 1YHTA 2DGAA 1UG6A 2G41A 1OGSA 2E8YA 4HMEA 1LG1A 2GFTA 2GJXB 1GOOA 4TVDA 4P7RA 4U5IA 3I3DA 1E3ZA 1UHVA 1WZMA 2YKKA 5JBDA 4D1JA 2X0YA 1Q4NX 3CLWA 1KB3A 1CGVA 2PB1A 1E6NA 4AZCB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DWH M;  4WKA A;  5KEZ A;  3W29 A;  2ZWY A;  2IXV A;  2BV9 A;  2DEP A;  1W1P A;  4GI8 A;  3VIN A;  2D3N A;  2XG9 A;  4HP5 A;  1CXI A;  4UR9 A;  1GOW A;  3CUF A;  4YHE A;  1JD7 A;  1B3Z A;  1HXJ A;  3U7V A;  2E0P A;  1H0G A;  2G3M A;  1E1F A;  2WK2 A;  1CGT A;  1K9E A;  1E6Z A;  3MSD A;  3U7B A;  1C93 A;  3EBV A;  1XYF A;  1J10 A;  3BCF A;  3VIM A;  3RJX A;  2DQX A;  4EE9 A;  4CGT A;  2HVM A;  1WO2 A;  1HIZ A;  2ZOX A;  1LF1 A;  2AAA A;  1WE5 A;  3CZK A;  3T0B A;  5TD4 A;  3ZJK A;  1JXJ A;  1UR0 A;  3DC0 A;  2AOS A;  2J79 A;  3EDD A;  4MNM A;  5D9N A;  1E0X A;  2D24 A;  1E15 A;  1QPK A;  1VJS A;  3IJ8 A;  2WM0 A;  3T2O A;  1BAG A;  3CZL A;  2O9O A;  1GOQ A;  4UQD A;  2PWF A;  2XTK A;  3UER A;  1UR8 A;  4P8V A;  2X09 A;  3VDH A;  4MB1 A;  4XV0 A;  1RP8 A;  1B1Y A;  3QHN A;  1US2 A;  3LPG A;  1Q6D A;  3AXX A;  3VIH A;  1WPC A;  5D4Y A;  4GQQ A;  5BRQ A;  3SUV A;  2OWX A;  4PMQ A;  4B9Y A;  5JIP A;  2YBT A;  2V3D A;  3WBE A;  3WEN A;  1W9B M;  4U33 A;  2JEP A;  3WEM A;  1W2V A;  2GJX A;  5BXT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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