3WJW | Genus

Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	215
structure length	215
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__158720261372516__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__158720261372516__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3WJW/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__158720261372516__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"158720261372516","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3WJW/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__158720261372516__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d036d50bc46f71c1c581a16/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d036d50bc46f71c1c581a16/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d036d50bc46f71c1c581a16/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d036d50bc46f71c1c581a16/pdb.gz): 325 ms

reading 215 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

215 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:214});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Substrate distortion contributes to the catalysis of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	86
structure length	215
sequence length	215
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2013-10-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3wjwA00

3T44A 4O54A 3NQ6A 1S3HA 4XQ6A 1ICPA 3DI1A 3N2XA 1OX5A 4NUWA 3O16A 2FQIA 1L6YA 1A5SA 3GKAA 3ZFHA 3L68A 4B5NA 3PSVA 3NQVA 5F4SA 5TBOA 3VI2A 3I7RA 3TX9A 5BMWA 1E51A 2RDWA 2QCEA 3PM6A 4XBSA 4AHPA 1H7WA 1TPEA 1UJPA 1P0KA 4C1KA 3W1AA 3W1TA 4FEZA 3WK2A 1KTCA 3DXIA 1NFBA 3TIMA 1M7PA 2F7FA 1P1XA 4Z1DA 2ZZ2A 3LCFA 5K9DA 3T55A 4UTKA 4MUZA 3A5VA 2BSLA 4X3ZA 1ADOA 4O4VA 1QNVA 4UXDA 3CTLA 1T96A 4FHAA 2GUUA 2PCQA 2VEIA 1JQXA 2ATMA 4N4PA 3W71A 5D30A 4WOZA 2TPSA 1LYXA 1HUVA 2ISSA 2NX3A 1JVNA 1QOQA 2A7RA 2H3BA 2ISVA 4UFLA 3NEVA 3A5FA 1BEUA 1J5TA 1O5KA 4W9TA 2E5BA 3M43A 4N4QA 4WY0F 5K4ZA 3S5NA 1KBJA 2J6XA 5KMYA 3EX1A 1QPRA 4AXKA 1DV7A 2Q8ZA 2Y7DA 1CW2A 3GDKA 1W54A 3W70A 1I2RA 1ZFJA 1G4EA 1H61A 5FEZA 2FPYA 3W7KA 2CZEA 4CCDA 3QPYA 1K3UA 4X22A 4N9CA 1IXPA 4FIQA 4MZ8A 4TO8A 2Z2UA 2FPVA 3TC7A 3GYEA 3UWVA 1THFD 2A6NA 3G1FA 2C1HA 5DELA 2R14A 4BI6A 1K8XA 1UBSA 4HIBA 2YFOA 3B05A 1VYSX 1VCGA 4K36A 3N2MA 2CZ5A 4AHOA 1PVNA 2ISWA 5CPLA 5BNKA 3E96A 2TMDA 3GVGA 4TU1A 1OVDA 1W3IA 3USBA 1O60A 3NQMA 4JS3A 2CLEA 4O11A 1KV8A 3KVKA 3M0ZA 4NU7A 1FWTA 3P7YA 3BGGA 2ZDRA 3PUEA 3NL3A 3LHWA 4C1LA 3N9SA 3FKKA 1K7EA 3UWZA 2DZSA 3PUOA 2ZRWA 3HG3A 3KRZA 3MYOA 2ZA2A 1P0NA 1L6SA 4HPXA 3MHUA 2C18A 1XI3A 3L67A 4FF7A 5D2XA 2EAWA 1LBFA 4DO5A 5H91A 2TYSA 1W5OA 1MZHA 3B0VC 1BKSA 5HUPA 3UWUA 4PL1A 3DFSA 3G0XA 3NQCA 1FXPA 4CNNA 2FDSA 4AH7A 3BG9A 1YLVA 3D0CA 2J9ZA 5HJLA 1UUMA 5F2LA 1AW2A 1DOSA 1G67A 4A3UA 1IXOA 1GZGA 4GNJA 3UXDA 2E6FA 3QW3A 1RPXA 4FXSA 4UR8A 4O17A 1VS1A 3OEXA 1O95A 2VEMA 5BW6A 5I3GA 1PCKA 1VQTA 3GIYA 3W7HA 4Y6GA 4P61A 1LTDA 3B8DA 3UPBA 1MXSA 5FF0A 1FCBA 2A1YA 5G5IA 1KFCA 2QEZA 1XXXA 1DJQA 1A50A 3ELFA 1VZWA 4UTLA 4ADSA 2C16A 3I7SA 1Y0EA 5K7JA 1TPUA 3PG8A 1OABA 4JTSA 3W7LA 1OYBA 1RVGA 3HGOA 1EUAA 3U6WA 3NXFA 1D9EA 1FDZA 3F4WA 1VYPX 4QQ3A 4CLMA 2YPIA 3INPA 4IXXA 1I2PA 3A24A 3LTYA 2QR6A 5D05A 4UFKA 3MO7A 4QSHA 3MP3A 1YYAA 2P10A 1EP2A 1QAPA 4A22A 2QCDB 3WJWA 2RH9A 2ZRUA 1EP1A 3C2OA 1JRCA 3EX2A 1QO5A 4JGDA 4DQWA 1ICQA 1VPXA 4XTIA 1GVQA 3UXAA 4FX7A 1TPB1 4PTNA 1FWWA 3LCIA 1TV5A 2G95A 3LRMA 1RR2A 2R94A 2C6QA 5K4XA 4GJ1A 4JD4A 3BPWA 3TROA 4IXHA 1B3OA 1WBJA 4BI5A 2Z1BA 3W7PA 4QNEA 3TW7A 2Y89A 1OX6A 3BW3A 4GC4A 1J2WA 4O10A 4FNUA 1FY6A 1Z41A 1YADA 1XBYA 1FCQA 2NUWA 1GVFA 1OJXA 3S1VA 1FCUA 3HQ1A 3C2VA 4AHQA 3WJZA 4LWWA 5LZLA 3F03K 3TFCA 2FB2A 3GDLA 3DH7A 1H7NA 2X16A 4HPJA 3S42A 5IBXA 3LHZA 3W23A 3W75A 3MHGA 4I7UA 5HR7A 3SW6A 4DBEA 2H8XA 5IBXC 4O0KA 1TRDA 1AW5A 3FS2A 5EPDA 1TREA 1TV8A 2E6DA 3K30A 4NX0A 5HINA 3CHVA 2VENA 5K9CA 3SFKA 5AHEA 3HB9A 3O63A 1LOLA 4GUFA 1JCJA 1F6PA 2I9EA 2DZUA 4NT0A 3C2RA 4XZ9A 5DCBA 1EEPA 1VJIA 4K8HA 2QF7A 4O57A 3SR7A 3I65A 1YPIA 1WV2A 4NJGA 2CLLA 3LCXA 2ZA1A 2Z6JA 4HSOA 3BG5A 3UYCA 3TMQA 2RDTA 3W74A 2Z0IA 5CZ0A 1ZAJA 1DHPA 1CI1A 1WQ5A 3R13A 5D2WA 1KTNA 1YDOA 3RU6A 4XBKA 4LW7A 4AWUA 1PHWA 4NXKA 3ZWSA 1W5PA 3L65A 3BGJA 2QCNA 3GK0A 3W7NA 5DBUA 3QQ0A 2CLKA 2WNQA 3E49A 3MJYA 4KKXA 4UCGA 4Z1CA 1UASA 2BXVA 1KM4A 3HO8A 5EKYA 4JY8A 3BO9A 3W87A 3PY2A 2DZTA 2PURA 2RFGA 5AHNA 2NUXA 2QCDA 2YW3A 2JKAA 3LCGA 2GVLA 1JCNA 3PBWA 5LKYA 3EWWA 3EKZA 5DXYA 1H7PA 1SFJA 1EWDA 3DHDA 5DCDA 1I45A 1GT8A 5BOOA 1GG0A 3W1LA 4WOQA 3MI2A 2JGYA 3KRUA 3ABSA 4IMDA 4OV4A 3OVRA 4ADUA 2HS6A 1A53A 4UTMA 4UFHA 1W8SA 3M5ZA 4RV8A 4FNSA 1GWJA 4GBUA 3RK8A 4O4WA 3ABRA 3ATZA 4LRSA 1KM1A 4UIOA 4MVAA 2JK2A 5C55A 3BG3A 3LI0A 4AF0B 3HPXA 3IGXA 1JJKA 2ZBTA 3DHFA 4Q32A 3TU9A 3IVSA 1D3GA 3STCA 3EWYA 1RD5A 3M47A 5TQLA 3TSBA 3PWAA 4ZMGA 3DBPA 3M16A 5LSMA 1SW7A 2DZVA 1X1ZA 1XDLA 1P4CA 4IMFA 3G3MA 4IWWA 3LX9A 4KFPA 1X8FA 4L4LA 2V82A 3LLFA 1R46A 1HFBA 3WJSA 3M41A 3P5ZA 3M6YA 3MHFA 4YLWA 1YTEA 4CCCA 2J27A 5AC6A 1YTDA 3KRSA 2NXIA 3Q37A 3PF3A 3SIZA 2WSYA 4MYAA 4UTHA 4WD0A 1X7FA 4JX5A 2VEKA 3NNTA 4GUJA 5E93A 4E2DA 2B7QA 2V81A 5C54A 1KM5A 1UUOA 3HJZA 4LVDA 4O19A 3HMJG 3L0NA 3GNDA 3W9ZA 3C61A 2O7QA 3L21A 3TQ0A 4KFNA 3G1XA 1PS9A 4UTJA 2YSWA 3O6YX 3KXQA 2V5LA 1P5BA 3IV3A 3KOFA 2R91A 2ZZ6A 3PVFA 4IPIA 1UCWA 3DFPA 4O1BA 4E38A 2QCHA 4Z1BA 4O1AA 5I3IA 4NJKA 1M6JA 1NVMA 1Q6OA 2DJLA 1LCOA 3G8RA 5EYWA 1B4KA 1TPWA 3R5EA 3TAKA 1JQVA 1XDMA 1TSIA 5F1VA 1ZAIA 3HBLA 3SZ8A 3KVJA 1YTKA 1V5XA 5FESA 1F74A 4M6QA 5G2WA 1QO2A 4LS1A 5HWMA 3T4CA 4PC8A 4ORIA 2IQTA 2H6RA 2DP3A 5AHMA 1PV8A 3OG3A 5AC8A 3BLIA 2ZYFA 3STEA 2GJNA 1Q6QA 3NDOA 1ZCOA 2Y85A 4S1FA 4QIUA 3A22A 4HHPA 3W1NA 3CWNA 4HNVA 2BLEA 2A7NA 2QCGA 5A8GA 4HKPA 2EHHA 4AF0A 3NL5A 1G4PA 3JRKA 2EKCA 4R33A 4N9BA 3DAQA 3HF3A 4PFMA 3W88A 3RMJA 2VFIA 3TSDA 4N2YA 1B4EA 1IF2A 1IIGA 1PHQA 4XTDA 3T40A 4YCPA 2D73A 3NL6A 2NX1A 4K7VA 3W7OA 1FQ0A 1QFEA 2X1TA 4UC5A 3I7QA 3KHJA 4RZ5A 2W6RA 3LHUA 3LXCA 3W1XA 3EX6A 1MEIA 3EWZA 1JCLA 4R7JA 1JCXA 3W2UA 1DQXA 3W84A 3TC6A 3A9IA 4BWLA 1IXNA 5D32A 5SWUA 2XN2A 4BWLC 2RKXA 1G6CA 4ZQMA 4I7VA 3P82A 1GQNA 3QJAA 1OHLA 1OYAA 2A21A 3GR7A 2WNNA 3VKJA 1W5QA 1XKYA 1KV5A 3NPXA 2NX9A 2A4AA 3IRDA 2LLEA 3OHIA 5TIMA 1FBAA 1PE1A 3I6RA 1NSJA 3P61A 3PC0A 3EWBX 4FIRA 3LBCA 3LHYA 4L4MA 1LM1A 3W72A 4P2VA 5G2IA 3STFA 4X9SA 1H1YA 1ZNNA 3BLEA 3HPSA 4LVBA 3I68A 2E6AA 1NAL1 1FDJA 1EB3A 1TIMA 4QJ1A 3W22A 3LI1A 1QPQA 4IGHA 4M7SA 3TNOA 1GOXA 2CU0A 4OWGA 1B9BA 4KFOA 3G8EA 2GVJA 3E0IA 4UTWA 4Y90A 1HG3A 1G4TA 1PL9A 2GQ8A 2WOQA 4A29A 2GPTA 4DPQA 3L2IA 2E09A 1SO5A 3L66A 3R89A 4UTWC 3LV5A 3LTPA 1OFOA 1JR1A 4H6KA 3PR2A 1H7OA 1LORA 1W0MA 4WJEA 1OFRA 3W1MA 4FNQA 2ZRZA 1GVRA 2W0UA 5K3VA 3B06A 1KM2A 2VFHA 1DORA 2ZRXA 3NQAA 1GYNA 4NZJA 5BMXA 3R12A 5CPOA 3LCWA 1VR6A 1VLWA 1LDCA 4ZQOA 4XKYB 4LS2A 4LNYA 1O5XA 3AO0A 4S2BA 2CWNA 4TMBA 5DXXA 2YFNA 4BF9A 2JBMA 1MO0A 2ZTJA 3S1WA 4JTIA 4RX0A 4MPQA 4A2SA 4M7TA 2JKEA 3G0SA 5BRBA 2OT1A 3MP4A 4WQ6A 4LT9A 4LVAA 1BWKA 1OFDA 4Z08A 3W2NA 5AOUA 5HUOA 2DZPA 3GXTA 1T8XA 3LCLA 3HG5A 1FWSA 2WQPA 3GAYA 4IX0A 1ONRA 3VFLA 5CGQA 1KFLA 3WFAA 2H90A 1TPVA 1H5YA 3C4UA 3HGRA 3N9RA 4AB4A 3GXPA 4LUJA 2V2DA 4UFMA 5GVJA 4CQ9A 1SW0A 3NO5A 1O4UA 4UFIA 4E0CA 2QCMA 1XUZA 1KM3A 3EXSA 4CQAA 1KM6A 4IUOA 1Z42A 4MJZA 1TQJA 5C2XA 3PBYA 1W5NA 4OU1A 4O0ZA 5FEWA 1ALDA 1QOPA 1QMLA 2QJHA 2ZCGA 2J9XA 1RQEA 1TQXA 1C9DA 4TMCA 3MWAA 2F84A 1GYLA 1ML1A 1VRDA 4HSNA 3BLFA 3MUXA 1VCFA 2CLMA 2YGYA 5IM51 4DF0A 1F7BA 3NPWA 1I4NA 3NZ1A 4XUGA 1MSSA 3G18A 1OFAA 2VFEA 4OQVA 3LHVA 3O6DA 4N02A 1LRNA 2VFDA 1AG1O 5AFDA 1T99A 3PB2A 3TJLA 3CQ0A 3EX4A 1H50A 1CX9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HP5 A;  4LAK A;  1XPY A;  5G1T A;  4AG0 A;  3G0U A;  3LG3 A;  3GZ3 A;  3BW4 A;  4QS5 A;  2JEQ A;  2PDK A;  3UZ5 A;  4LAN A;  1IIH A;  3AIQ A;  4PYS A;  1AMK A;  3OVG A;  3PZM A;  2YLL A;  1ZHA A;  4DY1 A;  2VCA A;  3M7S A;  2QDD A;  1KFE A;  4Z0J A;  3GDB A;  3MVI A;  1ZPT A;  3RIL A;  4U28 A;  3CPR A;  3MW7 A;  5H8P A;  3NQD A;  4G7E B;  2DJX A;  3OA5 A;  2Q8X A;  4Z2L A;  1JUK A;  2OQL A;  5C9R A;  3WLI A;  4KIE A;  1GJP A;  4H9T A;  2EJ1 A;  2BX7 A;  2DW7 A;  4J3W A;  3UZZ A;  2XVN A;  3DFO A;  4AWT A;  5A95 A;  1KLZ A;  4IMC A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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3WJWA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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