3WJXA

Wild-type orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from m. thermoautotrophicus complexed with 6-amino-ump
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate distortion contributes to the catalysis of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wjxA00
3W71A 4GE8A 2QCLA 4AF0B 1IXPA 4GUIA 3P82A 2Y70A 4K7VA 4AVFA 4RZ6A 4OGZA 1O5KA 2YXGA 1VR6A 4FXRA 4MZYA 1UASA 3BW4A 1CW2A 3W70A 3S6DA 2EKCA 1ZNNA 1GOXA 1FDJA 1O60A 1A5SA 1QO5A 5BW6A 4ZVJA 3FYPA 1JCMP 1A5BA 3W1AA 3LCXA 3SW6A 4BI7A 4O28A 2HMCA 4GUFA 4TR9A 3GYEA 1RQEA 2QAPA 3NNTA 2A6NA 4HKPA 3EXTA 3CEPA 1YLVA 1FWNA 3TNOA 3JR2A 3OEXA 4MPQA 4FIRA 1BWLA 3W2LA 4OE7A 4N2YA 4XBSA 2ZA1A 4GC4A 4IPJA 4YCPA 5LSMA 1H7NA 3EWXA 3W84A 4CLMA 2E6FA 3R13A 3NVTA 3D0CA 3NQ7A 4A22A 1GQNA 3LLFA 4KWWA 3DFPA 4KFOA 3FA5A 4O52A 2DZUA 1PCKA 4TMBA 4AB4A 1Q6QA 1RQBA 1QOPA 1RR2A 1P5BA 3GDTA 5K4ZA 1A5AA 1OFOA 1TPVA 2ZDRA 3G1SA 1GYLA 4LVBA 1I2RA 3W7LA 1K7FA 4NXKA 3PUDA 6TIMA 4DF2A 3NXFA 3QW3A 4MKNA 3HPSA 5F2MA 1C8VA 2X1UA 2EGZA 3R5EA 4PTNA 5FF0A 2WSRA 1V5XA 1TV5A 4UMBA 2JKEA 3GXPA 1DKWA 1TV7A 4Q33A 1W8SA 4MVAA 4NZJA 1LCOA 1FDZA 4FEZA 3P67A 3WK0A 1AL8A 4N6FA 4PL2A 3NL3A 3WK2A 3EXRA 2E6DA 3NQDA 5HUPA 4JYFA 4UTTC 2BTMA 4UR7A 3W1XA 2ZZ3A 3BW3A 3MI6A 2R14A 2Z1BA 5FEZA 2NLIA 1OK6A 4QIUA 1F2JA 1AMKA 3BLFA 3UNDA 3VCRA 2X1TA 3W7OA 4QAIA 3RLVA 2Y85A 3QM3A 2WV8A 4BWLC 1TCDA 1LP6A 3N34A 3CWOX 3B0UX 3B0VC 4ML9A 3LTSA 2I9EA 2W6RA 1SSDA 4NNBA 4JTLA 2NX3A 2FQIA 4NJHA 4FNPA 1XDLA 3THQA 2J6XA 3NL6A 3FS2A 3W1UA 3P80A 3L68A 4HSOA 3FKRA 4ZQOA 3K30A 1QPQA 2CLHA 5J5DA 2A7PA 5L6UA 3EWYA 1JVNA 3KOFA 4AHOA 1HG3A 4LTSA 2R94A 5LHFA 1W5QA 5FF3A 1J4EA 1O4UA 2Y7EA 5D38A 4LS1A 5LNVA 2Q3OA 4NNCA 5K4XA 1DL3A 4JTFA 2WQPA 2V8ZA 1IXOA 2ZBTA 4UMAA 4QQ3A 2GJLA 2W0UA 3B05A 3I7RA 3LCIA 1TPB1 3LCLA 4MY1A 4OT7A 4MFDA 4R33A 4RXFA 2CLLA 4H6KA 3KRSA 1QCWA 2E68A 2QF7A 2QCMA 3HG3A 4CQAA 3FLUA 2NXGA 4WX2A 3PSWA 4JGDA 5EBUA 3WK3A 3KFTA 5D37A 3DBPA 4BK9A 1NAL1 3S9YA 3O6DA 3A5FA 3BLIA 1DVJA 4K7YA 3DU0A 5DBUA 1TQJA 3UWYA 3LB0A 1QFEA 3LTPA 3GVGA 3VE9A 3GDKA 3W7QA 3GNDA 5K3VA 2YFOA 2JK2A 3W2MA 4Z1AA 2XN0A 1KFBA 1DHPA 3O1NA 2D73A 1I4NA 3L2IA 3QQ1A 4FNUA 5MHBA 5KZDA 2A21A 2PURA 1F6KA 5F2GA 4UCGA 2ZRZA 3DI0A 5EMUA 3ZS4A 1EP1A 2J9ZA 2FIQA 3P74A 5TQLA 2F84A 3CU2A 2A1YA 1KM3A 2ATSA 1EEPA 1U5JA 1XBYA 3LXCA 3L0NA 4JR5A 4MYXA 1FX6A 3T7VA 1Z48A 4DBDA 4LU0A 4UTKA 2AGKA 1KM2A 2V82A 5I3FA 3STEA 1KLZA 4ZQNA 1SZGA 3WK1A 2YDAA 1KBIA 1AW5A 2QCGA 3HO8A 1JCJA 4JX6A 2E5BA 5C55A 1JCLA 1PL9A 2QCHA 1WV2A 1VH7A 1GVRA 2C16A 3B03A 4HSNA 3BGGA 2IQTA 4JYEA 4LRSA 1O94A 4ZZ9A 3W1TA 3ATYA 4JTIA 1JCXA 1W54A 5F2IA 3HF3A 3LHZA 3ZR4A 3CC1A 1L6SA 3TK7A 4HPJA 1ZFJA 2RH9A 3DZ1A 4N9CA 2A0NA 1BWKA 3GZ3A 4FO4A 3W22A 1KFLA 4K39A 4XWUA 2WPBA 1MEIA 4RZ4A 1YTKA 2V2HA 1AG1O 5HULA 2B7NA 3MO7A 1LRNA 1EX5A 3ABQA 4Z1DA 1PHWA 3S42A 3O07A 3QFEA 2I14A 1SW3A 1ZAHA 1J2WA 3BVJA 4ZQPA 3M47A 1NF7A 4DBEA 5G2WA 1S5TA 3G3DA 1ZY9A 2J9XA 3SFKA 3GIYA 2CLKA 3ELFA 5DCEA 3QPZA 4GUHA 2EPHA 5C6MA 2XN1A 1LLZA 2AQWA 3BV4A 3IIZA 3W6YA 2ZCGA 3RK8A 3KVJA 3QZEA 3AO0A 2ZRXA 5AOUA 3DAQA 3BK0A 3RF9A 3NM3A 2A7RA 3W75A 3MBFA 4AWSA 3TXVA 3OHIA 3TAOA 3IGUA 1B57A 4Y8FA 3N9RA 1JUEA 1Q6RA 3LXAA 5LHEA 4IMCA 1KV5A 2JGQA 1T8XA 3GAKA 3W1QA 1GTHA 1HL2A 1WOAA 3CLMA 5G4EA 4WY0F 4FHAA 3W07A 1PCWA 2GVJA 3TMQA 3NQFA 1ONRA 3A5VA 1SQ7A 3S1XA 3C3NA 5FF7A 2QR6A 1XBXA 3LI1A 3E9AA 4Q32A 3HGRA 5HNRA 1ICSA 3PUEA 3LRLA 5EL1A 1H60A 1YPFA 2PRHA 3B04A 3DFOA 2AAMA 4LVGA 1DBTA 1Z44A 4IXXA 1CI1A 4S1FA 5KINA 5H2ZA 2FFCA 1VHCA 1W37A 3LBCA 3W9ZA 1TIMA 1M6JA 4Z1CA 3TE9A 2WNZA 3MHGA 1JULA 5DLCA 4OBTA 3O6YX 4EIVA 1K8ZA 3W3OA 3Q94A 4WXYA 3BLEA 2VXNA 4QNEA 3BO9A 5AB3A 4XKYB 1THFD 2QJIA 5KTLA 1K02A 4N6EA 5FEXA 1PS9A 4O1BA 5AYZA 4FIQA 4E2DA 3P84A 3USBA 2R8WA 3W73A 2RFGA 3FJLA 1W0MA 1FXPA 2CZ5A 4ZQRA 4GBUA 1Q45A 2FB3A 3KRUA 2CZEA 3W76A 3TDFA 2Y61A 2DP3A 4AF0A 1RV8A 3QRHA 2O7SA 3W7MA 1FY6A 4Y96A 4LC8A 1DJNA 1H1ZA 3HQ1A 3A22A 3W1RA 5CPOA 2G5WA 1ZJIA 3CHVA 3CWNA 5A8GA 2XN2A 4WXZA 3T4CA 4ORMA 4DPQA 2NXHA 2VEKA 3W1NA 2F7FA 2C6QA 1XUZA 3TC6A 3WJWA 1ZHAA 4O19A 1TPFA 3QJAA 1SZFA 4TIMA 2KZHA 4I7WA 1OX6A 1ZALA 4JD4A 5CG7A 3L66A 4KKXA 2NX9A 1XXXA 1K7XA 3LTYA 1WOBA 1G6CA 2JBMA 3TR2A 2Y88A 3WJZA 3W2NA 3QW4B 3W7IA 1S5WA 1OYAA 3HG4A 2UV8G 4LT9A 3W7RA 3GDRA 2RDUA 3LXBA 4O18A 2P1FA 5LNUA 3CM4A 2GJNA 3GNNA 1NVMA 4NJKA 4O54A 1VS1A 4UTJA 5E0KA 2CLOA 3G22A 5LGXA 4X2RA 4UXDA 3W1PA 4MJMA 1VYSX 2ZYFA 4RK8A 4EOUA 2GOUA 4L4LA 1JRCA 1LDCA 5D2YA 3G0UA 3B0PA 4O11A 4I9AA 1Q6LA 5DCDA 4RLIA 5D02A 3MJYA 4Y90A 3LM7A 3F1QA 1FBAA 3G3MA 5U7SA 3TC7A 2CLMA 4NZFA 3OBKA 3L21A 5HUOA 3W7CA 3M9YA 3RU6A 2YW3A 3DXIA 1VCGA 1UBSA 2ZTJA 3S5ZA 2Z6JA 3HGJA 1HO1A 2NV2A 3G1VA 2Y7GA 1P0NA 3GDMA 1B3OA 1H61A 8TIMA 4NJGA 4WOZA 1VGAA 2XFWA 3BG9A 4UMCA 3KRZA 2Y89A 1MZHA 4BI5A 3L5MA 3Q37A 1SFLA 1L9WA 3E96A 4WOQA 1B4EA 1W3TA 3NQ6A 3WJSA 4UTUA 3C2VA 3EX2A 5F4WA 4LVFA 2NX1A 3L67A 4DO4A 1JCNA 3NR0A 3MYPA 4RX0A 3GK0A 4AHPA 2TYSA 1KTCA 4LW7A 5F2LA 1W3IA 3QC3A 3OVQA 4CCDA 5J5RA 4YWIA 5KITA 5CZJA 2ABBA 1SO3A 2FTPA 5CPMA 5HMSA 3NOEA 3M7WA 4M6PA 3L65A 5BMXA 3G1AA 3EX3A 2VFEA 1LRTA 1F6PA 1QPNA 4JXCA 3V1PA 1GG1A 5DBTA 1H1YA 1LLWA 2YPIA 1TPC1 1FUYA 3OA3A 3PSVA 4JTUA 4GJ1A 3S0CA 4FNRA 3M5VA 3QPYA 1JJKA 1W56A 1LBFA 1R47A 1G4TA 4CCCA 3BPWA 1W3NA 4R53A 1H7RA 1TRIA 4RCXA 5FF2A 2C1HA 2ISSA 2WO5A 2A2IA 1N8FA 1OK4A 2RDTA 1EP3A 3NPUA 3VI2A 1SZEA 4UUIA 4M7TA 3F4WA 4GUJA 4IGHA 1SU5A 5HR7A 1H5YA 4I7VA 2OMAA 2V5BA 4O4WA 3TU9A 2FDSA 3GDLA 3TFCA 3P7YA 1UUOA 2YYTA 4W9TA 4ZQCA 1N55A 3EWBX 4PFMA 1QMLA 5HWJA 1ALDA 1FCVA 1QDSA 3ABSA 3N73A 4JTHA 3HBLA 3STCA 1WYIA 1ME8A 4NNAA 3A23A 1F76A 3A9IA 4YMZA 2HS6A 4HT3A 5AC7A 2ZRYA 4DF1A 3W23A 4JTSA 3C8FA 3ZFHA 1H7PA 5BOOA 3FEMA 3TQ0A 2E1DA 2P10A 4UTLA 4ZL1A 5D33A 3OIXA 4DXVA 3FJ6A 1MEHA 2VEMA 3NQMA 2GQ8A 4Z0JA 1MEWA 2QCEA 2QDGA 4ORIA 3QMTA 1TPWA 1KW1A 3NM1A 3MI3A 3OVPA 3C2EA 3N19B 5ABTA 1QO2A 2C13A 3N3MA 1XFBA 3THAA 3W7DA 4O4VA 3BW2A 1ZENA 3U8GA 3IV3A 2HS8A 1KTBA 5CPNA 4C1KA 4NX0A 3G1FA 2QCDB 3EXSA 3UY8A 2DJXA 5G4WA 3VNDA 3GKFA 3HGOA 3W1MA 2J24A 1H7OA 3W86A 4NJJA 4PEKA 3CIWA 1SR9A 4DO6A 1VYRA 2VENA 2YCEA 5KZEA 3F03K 1HTIA 4JTJA 3N14A 1RD5A 1TPEA 3CB8A 3B06A 2NV1A 4HNTA 3ANYA 1OFRA 3PB0A 3MUXA 3LERA 2FPTA 2H3DA 2ZZ5A 2ABAA 1H62A 4CNPA 3TA6A 1GVOA 1TTJA 1G4EA 4QJ1A 2O7QA 3EWUA 4M5PA 4X9SA 1ZAJA 3UPWA 3LDVA 3ATZA 2YYUA 1GVSA 3PULA 1C9DA 4N02A 3SGZA 2BX7A 4LS0A 3MHFA 5D05A 3W7KA 2V2CA 3B4UA 4FB7A 1J5TA 4WZHA 3QMRA 1XKYA 3C4UA 1OG0A 3WJYA 4BI6A 1BKSA 4O57A 4GRSA 4K6AA 3LHWA 1YYAA 4WD0A 5CZ0A 3DFNA 3JS3A 4PA8A 3I65A 5TIMA 2WJZA 4XTDA 4FX6M 2TSYA 5LZLA 3T78A 1XCFA 5FEPA 3CT7A 2A7NA 4LC6A 5I3GA 5LNWA 2VEIA 1TO3A 2JGYA 1Z41A 5EYWA 2Q3RA 5L9FA 4LNYA 4CCEA 3SECA 5AFDA 3IRDA 1JR1A 1WDWA 3RNDA 4WJEA 1JCYA 3W7JA 1O95A 2GVLA 3KX6A 3O6CA 3LGEA 2X16A 2QCFA 1X6UA 3NQEA 3N9SA 1YTEA 5IBXA 2QUTA 4MY8A 3HB9A 2C14A 1M7PA 3PR2A 3RMJA 3TJLA 2ALDA 2DZWA 3G8RA 2X30A 4JX4A 1M7OA 4I7UA 2CZFA 4M6QA 2VKZG 4HPXA 3T55A 2DJLA 3LHVA 1GVFA 1H7XA 4DPPA 1JUBA 1FWSA 1PV8A 2A4AA 3M43A 3QH2A 4MLJA 1F74A 3I6RA 3M6YA 1KV8A 3SR7A 4FXSA 1RQHA 1L2UA 4CQ9A 4JTEA 2YX0A 4XKYA 2CU0A 4J9JA 2GUUA 2Y63A 5HR6A 3LHTA 2ATMA 4HIBA 1SW7A 3MMTA 3NPWA 1EPXA 6ALDA 4BFAA 4UFLA 3WFAA 2OZ0A 5I3IA 4HNNA 4JS3A 3C61A 2PRLA 2X1SA 1SO4A 4UTMA 1MXSA 2E5CA 4XUGA 3KVLA 3SY5A 4O1AA 3MP5A 3IVSA 1YDNA 4P2VA 3GAYA 3NYZA 1QPRA 4HNUA 3E12A 3NGJA 3MP3A 3QSTA 1A50A 3UPBA 3NQ2A 1WAUA 1DQWA 3GKAA 1TREA 2DZVA 5CZTA 3TAKA 5K9DA 5CPLA 1FXQA 2QKFA 4NX5A 3O15A 5HINA 3PG8A 4YXGA 5AN7A 3VE7A 5GVJA 4CNOA 3PWAA 1TTPA 1Q3NA 1ZAIA 4UFKA 3PAJA 2H6RA 1ME9A 1UJPA 1W5NA 3ABRA 2E5DA 4AMAA 4OQVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GE8 A;  4BF5 A;  2VZT A;  4GUI A;  2Y8U A;  5I3D A;  1Q2S A;  3P82 A;  2Y70 A;  1R3T A;  1AOD A;  4AVF A;  4XBJ A;  3SAZ A;  4E8G A;  1S2C A;  3WBE A;  3E5P A;  3HMC A;  3C0L A;  1QNQ A;  1I9C B;  2A3L A;  2OWW A;  3LEN A;  3WDP P;  1GOX A;  3KCL A;  5BW6 A;  4XD3 A;  2IQD A;  3ITT A;  2WAN A;  2YDS A;  2PDY A;  1JIB A;  5T9C E;  1CB2 A;  1MDL A;  1J9Y A;  2J79 A;  4NI8 A;  1XSK A;  3U5Y A;  1EDT A;  5I5R A;  7A3H A;  8CGT A;  3UVI A;  2INE A;  4L9X A;  1D8W A;  2VRK A;  1YBQ B;  2P0I A;  3W84 A;  4E4P A;  2OZT A;  1CIU A;  2E6F A;  3NVT A;  1XLF A;  1V6V A;  3VOJ A;  1W9D M;  2EJA A;  4A22 A;  4KRT A;  3VUS A;  4KFO A;  3FA5 A;  2D2G A;  4O52 A;  3WKZ A;  4QGC A;  4B5S A;  4E3T A;  1RQB A;  1P5B A;  2WK2 A;  3UA4 A;  2ZDR A;  1A5N C;  1GYL A;  3W7L A;  3MY9 A;  4PFH A;  3FEQ A;  1A5M C;  4GI9 A;  3CUI A;  2QS8 A;  2PB1 A;  4MKN A;  4DJE C;  4W5Z A;  5JVL A;  2X1U A;  3ERP A;  1V5X A;  3CZG A;  4DLF A;  2MUC A;  1DKW A;  4AIU A;  4V1X A;  1W8S A;  3M0Y A;  1FDZ A;  4FEZ A;  3TCS A;  3QKZ A; 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