3WJZA

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase d75n mutant from m. thermoautotrophicus complexed with 6-amino-ump
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVANIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate distortion contributes to the catalysis of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 83
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wjzA00
4CCCA 3F4WA 3WJXA 2CLOA 2B7NA 3DFNA 4FIRA 4A21A 1VPXA 1PS9A 3HMJG 2CLMA 3EX6A 3RNDA 3BGJA 1X1OA 3CIXA 5CZ0A 3BW3A 3W71A 5EMUA 4JIPA 1G69A 4Y6GA 3IGUA 3P80A 4Q32A 3RMJA 1K7EA 4JTFA 2QEZA 3W7EA 3PBUA 2QAFA 4OV4A 3G1FA 1QFEA 2A0NA 3L5LA 1S5WA 3W7LA 2E6DA 3KRUA 1FX6A 1H60A 5D05A 2FPTA 3CEPA 3GK0A 1HG3A 4LC6A 5EL1A 3BPWA 4DO5A 5BNKA 3TC7A 1XL9A 3GDKA 3KRZA 1GEQA 3Q37A 2FB2A 2F84A 3BW2A 3HG3A 2X1SA 3GR8A 4WJEA 4CLMA 1SO4A 1VS1A 2E5CA 1ICPA 3U8GA 3LHYA 2JGYA 2ZTKA 3GX9A 2QCCA 3NAVA 1AW5A 3CIWA 2V82A 3TU9A 4O0KA 2ZRWA 1SSDA 5LNUA 2XN1A 3W2MA 4ALDA 2CLFA 1WYIA 4MY8A 1LOSA 4EOUA 1WV2A 4UC5A 5G1TA 3QJAA 2J9XA 3FYPA 5GVJA 4O54A 3NM1A 5D38A 3QEZA 2V8ZA 5EA9A 3TFCA 2DZWA 3HBLA 3S0CA 3MJYA 3EWUA 2B4GA 2D73A 3GKAA 1EP1A 3G8RA 1K03A 4LVBA 4EIVA 1AG1O 1KLYA 2ZA2A 4JNMA 1B4EA 2ZQ0A 3G1DA 4RX0A 1UJPA 6TIMA 4JICA 5EKYA 3TSDA 4KFNA 1I2RA 3G1HA 4MKNA 3P8IA 3G22A 1IXPA 3NL3A 3DHDA 3LHTA 2Y7EA 3TMQA 3EXTA 4NJJA 1JQVA 1PVNA 3MI3A 3QFEA 3W7JA 4A29A 1ZAHA 4JX6A 1EB3A 4N4PA 1G67A 2QCMA 1A5AA 3W1PA 3W1LA 3T78A 2QCFA 2VFFA 1VQTA 4JTJA 4Q33A 5I3KA 5D32A 1Q6QA 4O15A 2WSYA 5EYWA 3STGA 5AYYA 1Z48A 1PHQA 1A50A 3TQKA 2I1OA 1D3HA 4IGHA 5L6UA 2O7QA 2QKFA 3IIZA 4R7JA 2FLIA 1SZEA 1H62A 8TIMA 5G4WA 1TTPA 1YADA 4I7WA 1V5XA 1F6KA 3UWWA 2A85A 4J9JA 4TMBA 3PBYA 4OE7A 3C6CA 1Z44A 5K9XA 3P7YA 1M7PA 1I4NA 4I9AA 3MUXA 2RDWA 5AN7A 4Z0JA 1W8SA 1OFEA 5A8GA 3RLUA 4LRSA 1KTCA 3SGZA 4FNTA 5LHFA 2VEMA 1J2WA 1QWGA 3IVTA 4KWVA 1KTBA 2PRLA 2JBMA 3W7RA 3C2EA 3NEVA 1GVSA 4ML9A 2EPHA 4L4MA 4AWTA 2OJPA 1BWKA 3LHVA 4NJIA 1AL8A 2VFIA 1U5JA 4O17A 5LNVA 4JS3A 1R46A 2BX7A 3BLEA 4QAIA 2OX1A 4GUHA 3S5YA 4R53A 4CQ9A 3T4CA 1MXSA 3U2OA 3L9CA 3E96A 4RZ5A 2JKAA 1F73A 3S42A 3W7KA 5G2HA 1C8VA 1GQNA 4UXDA 4IX0A 3HOJA 4QITA 3A5VA 3CLMA 4PFMA 1O94A 3P60A 1YXYA 2W79A 3A5FA 1V7YA 3PS7A 3UWZA 1OX5A 2NWSA 3W2JA 2G97A 3MHUA 3OG3A 3GXPA 2A1YA 3STFA 2ZDRA 2YGYA 3PR2A 2B7PA 3NQ2A 3U6WA 3TX9A 4ZQNA 1QNVA 2OZ0A 3ZWTA 2A5HA 4DPPA 5CSRA 1YTEA 1SPQA 1TV7A 4UUIA 3W84A 2Y88A 4X22A 3R12A 3TE9A 1XBZA 4UTWA 3LCGA 5U7SA 1LBLA 4NVTA 3P61A 2E1DA 5HUPA 5I3IA 4N9CA 1VRDA 1W3TA 4R33A 3IVUA 7TIMA 3QQ1A 1GVRA 3NGJA 2UV8G 3TMLA 2E5DA 3VCRA 3LDVA 2G96A 3PUOA 2Y63A 5F2LA 4HSOA 1ML1A 5D03A 4TU1A 3O8AA 4QNWA 3JS3A 4O8RA 2C18A 3QC3A 2O7SA 4K7YA 5D2XA 4EWND 3HF3A 3NQDA 1NF7A 1ICSA 1UUMA 4K36A 1SUXA 2J24A 2P10A 3W1AA 2QAPA 1OG0A 5K4ZA 1EWDA 1NAL1 3W7QA 3RK8A 1TPUA 1MEHA 1KM4A 2V2HA 1JUKA 5FI8A 4LS2A 1U83A 2DORA 2WSQA 4CCEA 3G1XA 2BZNA 3GIYA 1Y0EA 3S5ZA 3EWYA 4OU1A 1FXPA 3FIGA 3UWYA 3G3MA 2B7QA 5AYXA 4NNAA 1JCJA 2ZA3A 5C54A 1KFCA 1LBFA 1XUUA 4XBKA 1AK5A 1R2RA 3G24A 1NSJA 3LOTA 5CZTA 3QPYA 1EEPA 3KVKA 3LERA 2Y62A 1TPH1 2VKZG 4ZQRA 3UXDA 3V1PA 2C0AA 3PAJA 4JGDA 4MLJA 5F2MA 5HWMA 1SZNA 1KFEA 2Y7GA 5AC7A 3BW4A 3WFAA 3M41A 3LTYA 5DCDA 3LHUA 3P62A 3ANYA 2GQ9A 1B4KA 3SW6A 4LOCA 2ZYFA 5HR7A 4MIMA 1JCMP 1FY6A 1OABA 1RR2A 4P61A 3KRSA 4AH7A 1W31A 3FS2A 1WX0A 4XQ6A 3H55A 2Y70A 1LOQA 3IIOA 4UIOA 2VXNA 5BMXA 5EY5A 3LBMA 1BKSA 3KVLA 4D2JA 1PHWA 1RV8A 1TIMA 1TV8A 2TYSA 4UFJA 3FKKA 3M1ZA 2CFFA 2VC6A 1QPRA 2OT1A 3G18A 4LRTA 1PE1A 3VE9A 4JYFA 1YTKA 4AMAA 1H50A 3W7GA 1DQWA 2NXIA 3DGRA 3H54A 1XBYA 5KZDA 4AWUA 3S1XA 3W1QA 3TFXA 3HGOA 3M44A 4BI5A 3PF3A 4FNQA 1M6JA 3M5YA 4GNJA 4Y8FA 1HTIA 4K8EA 2DJXA 4WQ6A 2OCZA 1OFDA 2CLIA 3DI0A 4ZVJA 1JUEA 3NQCA 3C8FA 2GQAA 3NQAA 3TQVA 5BOOA 3NO5A 3MBFA 4HT3A 3LXAA 2WJZA 4A3UA 2ATMA 4O18A 4O12A 1DHPA 1XDMA 3MWAA 3FOKA 4UTTA 4B5NA 2CLHA 3DKJA 3PSWA 1JUBA 3W7OA 1FWNA 3E9AA 4UCGA 3ABRA 1TREA 4UTWC 3PULA 4MZ1A 5AHNA 1W54A 2E09A 3E02A 4JTTA 5CZJA 3CTLA 2Y6ZA 3INPA 2CWNA 1SZGA 1W5MA 3HB9A 3UQNA 1YTDA 2A6LA 3P84A 1JR1A 3MI6A 5D33A 4JTHA 4FX8A 3WJWA 4NNBA 1LBMA 4DBEA 1KLZA 4LC8A 3M47A 4ADUA 4IXXA 5A5WA 5DXXA 2ISWA 2QR6A 4JN6A 4NJKA 4DELA 2Z2UA 4TIMA 2E6FA 3F1QA 4O16A 1TYGA 4IOTA 5CKSA 1CX9A 5LNSA 3PG9A 5AHMA 3DENA 4C1LA 1F7BA 4JIQA 1HFBA 3OEXA 3VNDA 3HJZA 5K3VA 3NQ8A 2ZCGA 2A7PA 2HSAA 3KHJA 1O5XA 3TK7A 2YX0A 3SI9A 3NR0A 2XFWA 1ZCOA 1ZJIA 4KKXA 3L2IA 5DELA 3GNDA 1LP6A 4WOQA 4IMDA 3G1VA 2JKEA 2VFGA 4K8HA 1UCWA 3SY5A 1X1ZA 3SGUA 5D04C 1PV8A 3KXQA 4PCFA 1F05A 2CZ5A 2PCQA 1L6SA 3GR7A 5G2IA 4FX7A 3W9ZA 4JDYA 1O5KA 1F6PA 3BLFA 4AF0A 1KV8A 2DJLA 1L9WA 3PBWA 1FCUA 1S5VA 2YW4A 3EWWA 3TCEA 2NUWA 1TPEA 1N55A 3NM3A 2Z0IA 5MHBA 3LI0A 1FCQA 3O6DA 1I2PA 3IIVA 1DQXA 2RDUA 2XN0A 1T99A 3FJ6A 2H3DA 2A7RA 3LTPA 2EHHA 4XUGA 1TPB1 1ZENA 3EWXA 2FTPA 5D2VA 3GYEA 4TX9A 5HR6A 3N19B 3QMTA 1EA0A 2QDHA 1PIIA 3QH2A 2PRHA 4WY0B 4H3DA 3GDRA 1EP3A 5I3HA 4O4WA 3O07A 1VH7A 1LTDA 3LTSA 4GE8A 4PH6A 1KBIA 3BVJA 3EWZA 4MYXA 2YW3A 1I2NA 2F7FA 1TTQA 1WBJA 4OWGA 2P0OA 3MP5A 4LW7A 3MP4A 4ORMA 4S2CA 1LDCA 1M5WA 3KX6A 4GXMA 3O6CA 2CU0A 2I14A 1XDLA 1PCKA 5D02A 4NJHA 4ZQMA 1GWJA 4YWIA 4BI7A 4E2DA 1P5BA 2B7OA 3W2UA 1KM5A 3OHIA 2VELA 4KFOA 4K38A 2Y7FA 1YPFA 1H7NA 5G4EA 4JY8A 4IMEA 4JDBA 3GAYA 3LM7A 3A24A 1K7XA 3W70A 2RKXA 2DU2A 3ABSA 1N7KA 5F1VA 3BO9A 1ZAIA 3WJZA 3TW7A 1VZWA 1GJPA 2C6QA 4OGZA 1I8JA 4UR7A 4UTTC 3TKFA 4JY9A 4MJMA 3N34A 3KOFA 2VEPA 3WK3A 1ZNNA 3PUDA 2OT0A 4DF0A 1H7WA 4DBDA 3M9YA 2C13A 4H6KA 3BV4A 2DP3A 5LKYA 4P2VA 2WNNA 3W76A 2QDGA 4UMCA 1SO6A 4X9SA 4HHPA 4AB4A 1C9DA 3M5VA 4NXKA 2FDSA 4DF2A 4HN4A 3O1NA 1SU5A 2JKPA 3NQEA 3EXRA 5AHEA 3PVFA 3LGEA 1FCBA 1Z41A 3TROA 4PTNA 1TPDA 4LVAA 4DEFA 1T0OA 4TR9A 4HNNA 2YZRA 4O1AA 3IV3A 1O4UA 4MZYA 3HO8A 4JX5A 3NYZA 4YMZA 1RD5A 2WNQA 1QOQA 4RK8A 3TJXA 4M6QA 1KM1A 2FFCA 3FJLA 1SFJA 4EVZA 2NZLA 3F4NA 5HMSA 3C52A 3M5XA 1YDVA 4MPQA 4L4LA 5LGXA 2CZDA 3L68A 3LV6A 1G7VA 2V5LA 3MO7A 1OF6A 2ABBA 1DKWA 2TSYA 2NX1A 5FF7A 2A21A 1JCXA 2ZRZA 1P4CA 3AJXA 3VI2A 1GT8A 3KVMA 2FIQA 2YFNA 1EWEA 2W6RA 3BG5A 5FEXA 2ZRUA 1OX4B 5C55A 3NOEA 4N6EA 3P67A 5AHIA 5DLCA 1TV5A 1WOAA 4Z1CA 4JTEA 3GXTA 1IIGA 3F03K 4RR4A 4O13A 2Q3RA 3GVGA 2BTMA 1UBSA 2WSRA 4X2RA 1G7UA 2X1TA 3PB0A 3TIMA 5K9DA 1XFBA 4XWUA 3NQ6A 3TR2A 4BR1A 4UFKA 2YFOA 4FXSA 3R5EA 1QCWA 1ZAJA 1A5BA 1Q6LA 2ZRYA 4GBUA 4Z1BA 3BARA 4NU7A 1KBJA 3G0UA 1O60A 1W5PA 1TRIA 1LOLA 4BK9A 1LLWA 5HWNA 3W1UA 5G1YA 3HG2A 2B0MA 1NEYA 1FDJA 4Q4KA 4Z08A 4UMBA 1C29A 2NV1A 1IXOA 4JTIA 4FXRA 4NX0A 2V2DA 3M7WA 2CW6A 5HULA 1HUVA 3W7IA 4UTLA 2CLLA 5F1UA 2WKJA 4MYAA 1NVMA 4FEZA 4O19A 4O1BA 4OT7A 5F4WA 3QYQA 1JQXA 1W5OA 1KFKA 2YCEA 4E0CA 4NZFA 1SZFA 5LNWA 4ZZ9A 5BW6A 4HNVA 1I45A 2V2CA 3KFTA 3DXIA 5AHLA 3LLDA 1OJXA 1FCVA 4GUFA 3N14A 3FLUA 3W22A 2JK2A 4M5PA 2LLEA 5D30A 4LVGA 3SFKA 1MEWA 4IXHA 5K4XA 2RH9A 1FQ0A 1NFBA 3DKLA 3EKZA 1VJIA 3DFQA 4IX2A 4RXGA 3O15A 1ME9A 4KFPA 4O11A 3BK0A 1FDYA 1IIHA 3N2XA 1VLWA 4MLRA 3C2RA 3TW6A 4BFAA 1JRBA 3O05A 1GTEA 1ZHAA 1GVOA 2H3BA 1TJRA 4UFMA 1R2TA 3C2OA 3W7MA 2A7NA 4HIBA 3C2VA 3JRKA 3W73A 3QMRA 1EPXA 1TPVA 1T8XA 4O52A 5AB3A 1VYRA 4EF9A 1B9BA 5HJLA 3P5ZA 3G1SA 3TA6A 1LRTA 4XKYA 4LVDA 2C15A 3NPXA 3NQVA 2GJLA 1DVJA 1FWTA 1SR9A 3EX1A 3R8RA 4LS0A 2H8ZA 3C56A 2W0UA 3PB2A 4U4MA 4JYDA 5D2WA 3DFSA 1XBVA 4HKPA 1I2OA 4RZ4A 3NXFA 3WJSA 2WQPA 3P8JA 4XZ9A 3CWOX 3ABQA 5KTLA 1FWWA 3KVJA 2EF9A 3LRMA 1D9EA 4FIQA 2C14A 3DHFA 3DBPA 1XXXA 1TTJA 3LCLA 2KZHA 4PODA 1SO3A 3CT7A 2ZRXA 1W1ZA 3A9IA 4U28A 1K8ZA 2QJIA 1IF2A 4AXKA 1L2UA 2E77A 2ZZ2A 1LORA 1QPOA 4QJ1A 4QM1A 3TNOA 5DCEA 3S1VA 2HS6A 5AHFA 2V30A 3GLCA 4NNCA 3LB0A 4XTDA 4YCOA 4M19A 4I7UA 3UY7A 1SW0A 2X1UA 1FBAA 4LU0A 5E0KA 2NV2A 1WDWA 2VEIA 2V9DA 5FF4A 1IXQA 1ME8A 1P1XA 1FDZA 3VKJA 1XUZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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