3WJZA

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase d75n mutant from m. thermoautotrophicus complexed with 6-amino-ump
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVANIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title Substrate distortion contributes to the catalysis of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 83
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wjzA00
1F7BA 3TKFA 1LBFA 3NL3A 3TDFA 1U83A 4O4VA 4IGHA 3G0SA 1SR9A 4LVGA 1FDYA 3M44A 1TPDA 5D02A 4RZ4A 3KOFA 4RZ5A 3WK1A 3S42A 3LX9A 4XQ6A 1WA3A 2A5HA 2R8WA 4XUGA 3KFTA 1QFEA 2NXGA 4I7UA 6ALDA 3G24A 4K7VA 4UXDA 1G7VA 4LS2A 3UXDA 2GVLA 3C3NA 3S1XA 5CKSA 3GX9A 2V30A 2Y63A 4FNUA 4N9CA 2NWRA 4UTKA 3PY2A 4UIOA 1VQTA 1XBXA 1T0OA 5HUOA 2A7PA 5KZEA 2CZFA 1MEIA 3PBUA 3I7SA 3RU6A 2EKCA 3CWOX 1K8XA 5FF2A 3LTPA 1F76A 3HPXA 3I6RA 1U5JA 1AW2A 3S5OA 3KVKA 3M5VA 5FEWA 3DH7A 4QNEA 1FDZA 4IX2A 1QO5A 4GXMA 4FNQA 4JS3A 4O16A 3OIXA 1LBMA 2QEZA 3LI1A 4NJIA 3BVJA 3TSBA 1QNVA 2H8ZA 4DBEA 3AO0A 1G69A 3CM4A 3ELFA 1G4TA 1J5TA 2PRMA 1RV8A 4R7JA 3IV3A 3GDLA 4OE7A 1P4CA 1GVFA 2CZDA 4NZFA 3NM1A 3KHJA 1OFRA 4TX9A 1OF6A 5A8GA 3FKRA 3UZJA 2RDTA 3L5AA 3U6WA 4O14A 4MZ8A 3QMSA 1RZMA 1JQXA 3NXFA 3ZS4A 4ORIA 1S5VA 2VEMA 1KA9F 4ONVA 4LTSA 5J5RA 4IMFA 1OFQA 1BWLA 2C6QA 2J88A 3IIOA 4WUIA 1ZHAA 3GNDA 3QM3A 5EMUA 3UYCA 1KM0A 3S8HA 2O7QA 3A5VA 3DXIA 1ZENA 3LV5A 3LBMA 1ZY9A 1O5XA 3IRDA 3S5ZA 2PE4A 3OEXA 4Z1AA 4RR4A 5C54A 2B4GA 1H5YA 4CQ9A 1OJXA 3UNDA 1QCWA 1F5ZA 4P61A 4O15A 3TCEA 1ADOA 1TRIA 5D2YA 3A24A 4BWLC 1QR7A 5F4SA 2OT0A 4DO5A 3DENA 4BR1A 1YXDA 1Y0EA 2ABBA 3W87A 4LV9A 3UQNA 2E6DA 4JX6A 4IMCA 3NQEA 3TFXA 1L6WA 4ORMA 2DZUA 3W22A 4B5NA 2CZ5A 2V2CA 4OHQA 3G3DA 3HGSA 4O1BA 4JICA 4LC8A 1VPXA 1V7YA 1LBLA 2JKEA 2XN1A 4FHAA 1CX9A 1YXCA 3ABQA 3QMRA 2RKXA 1FCBA 5DLCA 5D05A 3C2RA 1ZFJA 5MHBA 4X3ZA 3NPUA 3LGEA 4K39A 1W3TA 2GVGA 3NZRA 2R91A 3SW6A 1KFCA 5KMYA 1OK6A 4EIVA 3C2VA 1HUVA 3IIVA 1QO2A 5D04C 3OBKA 3RMJA 2QCHA 3GYEA 4JX5A 2NXIA 1I2QA 1QOQA 4O4WA 5I3GA 2VEKA 2ZCGA 1R47A 4ADSA 4JTKA 3NO5A 4KFNA 1L6SA 3C2OA 3L68A 4NX5A 5A5WA 3STEA 1DKWA 1PIIA 2QAPA 4RJEA 2D73A 3UPBA 3THAA 2Z0IA 2QJHA 4IOTA 1SW3A 2QCEA 3GAYA 2ZZ5A 1K7FA 1I2OA 3P67A 3BG5A 2GQAA 2R14A 3PC0A 3M16A 2I14A 4DELA 3NZ1A 4LV4A 4PCFA 2Y88A 4NZJA 3HF3A 3MYPA 3KVJA 2Y6ZA 3MJYA 2NUYA 2J9YA 3IEBA 5LHEA 4U4MA 1FCQA 3O1NA 5I3FA 5HINA 1UUOA 1ZAIA 4LT9A 3MI3A 4UTLA 1VH7A 1VRDA 5DELA 2TMDA 2GQ9A 4Y96A 5EBUA 2QCNA 4AVFA 1Z41A 3U2OA 5U4NA 3LHUA 5CG7A 3LCWA 5G1YA 3VE7A 4QAIA 3STFA 2ZZ1A 5CZJA 1TPVA 4Y90A 4NU7A 2QKFA 2XFWA 3W7QA 1LROA 4MFDA 2OMAA 1NSJA 4JTLA 4FO4A 2NUWA 4FXSA 5I3HA 4E2DA 3DI1A 4O52A 3VI2A 3MI6A 3SGUA 3O6CA 3MYOA 3LHWA 3D0CA 3W83A 5EL1A 3LTSA 3EWZA 3MMTA 4NJHA 2DJLA 1DJQA 3TIMA 2NV2A 3CC1A 3JR2A 4O8RA 1K8YA 4DEFA 3HMJG 3G1YA 4W9TA 1HG3A 2E6FA 2J9XA 2O7SA 5KSWA 1GPWA 4LRSA 2GPTA 3I65A 1MEWA 3QW3A 1M5WA 4AHQA 1XDLA 3NL6A 5FI8A 4RXGA 1UJPA 2GUUA 2Q3OA 5IBXA 5DXXA 5IBXC 1GOXA 3G8RA 1ZALA 3NR0A 3OVQA 1P5BA 4JIQA 1OFAA 4JTFA 3OA3A 3TC6A 4JTTA 3W88A 2WO5A 4A2RA 2Y85A 1HTIA 3LCXA 3NA8A 1CI1A 1YDVA 4GUHA 2H6RA 5AYXA 4CQ8A 3QPYA 4H6KA 2RDUA 5FEXA 5LGZA 1TPB1 1XCFA 5AC7A 1EX5A 1K7EA 1YADA 1VYPX 2WSRA 3LV6A 2ZRZA 2ATMA 2P0OA 4JYDA 4QQ3A 4ICNA 4R33A 3N34A 3UWYA 5D09A 1M7PA 4GUJA 3G1SA 3O16A 3OVPA 4QNWA 1WBHA 2VENA 1NF0A 3UWWA 3WJXA 3I68A 1GQNA 3B4UA 2B7NA 1KW1A 2C1HA 4XTDA 3BW2A 1FWTA 2ZQ0A 1H7OA 2PCQA 1ZAJA 1TRDA 4M6QA 2G95A 2I1OA 4LUJA 3W7OA 3EX1A 4JY9A 3WJWA 3TUUA 1JJKA 4O0ZA 3GK0A 2CW6A 3UY7A 1KM6A 1K02A 1TTJA 3MI2A 3FFSA 4BK9A 2B0MA 1D3GA 3DAQA 4O1CA 2ZZ7A 5CPOA 1H7PA 3W76A 4UFLA 3FA5A 4YCPA 1KLYA 3MWAA 4LNYA 1SQ7A 4LOCA 4MY1A 3W1MA 4MOZA 1JCYA 2ZA2A 5DN1A 3DZ1A 1BKSA 4Z0JA 4EF9A 2NX3A 1OVDA 1F74A 2A4AA 2X1RA 4UUIA 5TBOA 3LHYA 3HGRA 2BXVA 3P84A 1JRBA 4LC6A 1XKYA 4FNSA 3H53A 3UZ5A 1PHWA 4AH7A 1W54A 1XI3A 5F4XA 1VYRA 4AHOA 4DF1A 1W31A 5L9FA 3B0VC 3S9YA 2YYUA 4A29A 4UR8A 1I2RA 4AXKA 4IMDA 5C5YA 4QISA 4IUOA 1OFEA 4ZQMA 2FFCA 1TQXA 2CZEA 1QMLA 1QPOA 2DU2A 3MP5A 4JY8A 2Z6JA 3NNTA 3ZWTA 4G1KA 4K36A 1H7NA 1LOLA 1H60A 4HPJA 5FESA 4O19A 5HULA 5FEPA 4UMAA 3U8GA 5KZDA 5H91A 3FJ6A 4WZHA 3HGJA 3IVUA 4DPPA 2ZBTA 1F2JA 2E77A 4N4PA 5CPMA 2VXNA 2C13A 3CIWA 3L0NA 3DGRA 1X1OA 3TXVA 4UMCA 5C6MA 1M6JA 3C0JA 4O53A 5LNRA 1P0KA 3W1AA 3C2FA 4LVBA 3VFLA 3LOTA 1LRQA 3GXNA 1FY6A 4HSOA 3NDOA 2QUTA 3ANYA 1W8SA 3BLEA 1IXQA 4Q32A 1OHLA 5K9CA 1SFLA 2GJNA 4ZZ9A 1NVMA 1L2UA 3B04A 5I3JA 3I7QA 1KBJA 2YX0A 3MP3A 1VCGA 5ABTA 1MSSA 4ZQOA 4LUIA 3W2KA 3W85A 3O6DA 3TW7A 3SIZA 3W7IA 3HPSA 4UFJA 1W37A 4UCGA 4CLMA 2QCLA 1JUBA 3PAJA 1N7KA 5F2LA 3DKLA 1DJNA 4GRSA 3TAKA 2RFGA 2HS6A 2CU0A 1XBYA 3W23A 1G7UA 1W5PA 1ZAHA 3W7RA 1HO1A 1I4NA 1YPIA 1Q45A 2QDGA 2FTPA 1KM1A 3L66A 3EWXA 4FEZA 4M7TA 1S3HA 1RVGA 5FEZA 3W9ZA 5DY2A 2E6AA 1GVOA 4YCOA 1PE1A 2A6LA 5F2MA 1Q6LA 3CHVA 1YYAA 5HWMA 5HNRA 3W1LA 2BLEA 3SY5A 5I3IA 3GB6A 2J9ZA 4XTIA 4Q4KA 4CNOA 3NQ2A 1VHCA 2DZVA 1HO4A 2C3ZA 2B7QA 5G1TA 3UWZA 2AQWA 3P7YA 3NL5A 5BW6A 4S1FA 2LLEA 1BWKA 1UUMA 1ALDA 5F1UA 1PL9A 2F7FA 3DHFA 1OF8A 3R12A 1FBAA 3KRSA 4JTGA 1MO0A 2Y61A 1FWNA 1VCFA 3LTYA 3SECA 5D2XA 2Q3RA 4FX8A 3EX2A 1OFBA 3BG3A 3TROA 2GQ8A 1JCNA 4M5PA 5DY3A 1TSIA 4Z1CA 2UV8G 1TTIA 2WNNA 1N55A 2BSLA 3SSJA 3VE9A 4UR7A 5U7SA 1KTCA 2FB2A 3G8EA 4UTTC 3TQKA 2C0AA 1OX6A 4RZ6A 4O12A 4C1KA 4JTHA 2XN0A 3L9CA 3E49A 5KINA 3STGA 4BF9A 2IQTA 1JR1A 1R2TA 3W7LA 4JNMA 4OWGA 1G4EA 1JVNA 4NNCA 4WY0F 4O10A 3STCA 4LRTA 3QEZA 1A5CA 1RQEA 3O07A 5DCBA 1X1ZA 3CB8A 3N9SA 2EPHA 4FX6M 4X2RA 1WYIA 2H90A 2OX1A 2V8ZA 4NQ1A 5C2XA 1AG1O 5C55A 4FX7A 5LHFA 2HMCA 1LDCA 3JS3A 3CPRA 2R94A 1TPFA 3C52A 4FF7A 4BI6A 4M6VA 4UNLA 3NGJA 3CWNA 4JDBA 3NYZA 3HG3A 3L21A 1P0NA 4CCCA 1YTDA 2Z1BA 4O50A 4AWUA 4IPIA 4JR5A 4AAJA 3C56A 3V1PA 1ME7A 1W5MA 2E6YA 2B7OA 5SWUA 4X9SA 2C19A 4XBSA 4O13A 4PODA 1DQXA 3DI0A 3CEPA 1LRTA 3N19B 4AWTA 2H8XA 3LHZA 1E51A 3ZR4A 1FQ0A 3W7NA 4AHPA 2J24A 4JTSA 2YZRA 2TPSA 4CCEA 1I2PA 2G5WA 4BWLA 3EXTA 1OABA 5K4ZA 3GR8A 1JCXA 3TX9A 4PFMA 2QJGA 2J6XA 5G2HA 2QDHA 4RKAA 1WOAA 3PBYA 3VKJA 1GVSA 3SJ3A 3IIZA 3FJLA 1RPXA 1EWEA 1TREA 3G1AA 4JTUA 4BFAA 1GT8A 1VR6A 1KFBA 1A50A 1GEQA 1W5QA 1AL8A 1J4EA 3JRKA 3NPXA 1Z48A 1K3UA 1EP1A 4ZQRA 1XDMA 3MHUA 1W56A 1EUNA 4CNPA 4UNKA 1K8ZA 4JTIA 4QITA 2ZA1A 4Y6GA 5AYYA 2QUVA 3O8AA 1YLVA 3F4WA 3TH6A 2V5BA 1LTDA 3PBWA 4XWUA 3TFCA 1D3HA 2EAWA 4IMEA 3W7PA 3CU2A 3LCGA 3NQVA 1A5SA 1OG0A 1GZGA 4A22A 2W6RA 4O17A 1HL2A 2VFHA 2V2HA 3R2GA 4WY0A 3CEUA 2HSAA 5LGXA 4JX4A 4NJJA 4DF2A 4JN6A 4FNTA 1B4KA 3G1DA 3HGOA 1H50A 3NL2A 1JUEA 1TYGA 2OCZA 3TK7A 3TU9A 3ZFHA 1THFD 3OVRA 3LLDA 3O05A 1MEHA 3PSVA 3R5EA 2ZA3A 4O57A 2X2GA 4DBDA 1KM2A 2BTMA 5K9DA 3G0UA 5LKYA 4Y8FA 2ZZ6A 3PSWA 5EPDA 2G97A 1YPFA 2ZTJA 4DXVA 5IM51 2FB3A 5HQEA 1ICQA 3P61A 1T8XA 2X1UA 4JD4A 3G0XA 4OV9A 1NF7A 1XUZA 1WV2A 3H54A 1OFPA 1VGAA 4IQLA 3EXSA 3UD6A 3RLUA 1QOPA 2WOQA 4WXZA 1GYLA 5E1QA 3NQGA 3FYPA 3LB0A 5FF4A 3GNNA 1JCMP 1SU5A 2B7PA 3LXCA 3NQMA 4S2CA 3KRZA 1S5TA 3C8FA 5KZMA 5F4WA 3HOJA 3W7MA 1JQVA 2ISSA 3PUDA 3TE9A 3TW6A 5BOOA 2V9DA 5EYWA 5AHMA 1W3IA 3W3OA 4AEOA 2VFGA 1LM1A 2NUXA 3PVFA 5HR6A 5E93A 3QYQA 3LCIA 3M41A 1G67A 3GVGA 4C1LA 3V75A 1A5BA 1XC4A 2CLOA 2A7RA 4WOQA 5DXYA 1EA0A 1C29A 3QH2A 5F2IA 1GWJA 2H3DA 1GG1A 4N6FA 1XL9A 2FQIA 3G1HA 4NXSA 4DO4A 2QCFA 1I2NA 1F05A 2YR1A 3PS7A 1I45A 3Q37A 1SZNA 3NQ6A 1PCWA 3HG4A 3QZEA 4UTUA 4N2YA 2VFIA 3C6CA 2FPTA 1DORA 3FOKA 4FXRA 1R2RA 4LY8A 4N9BA 2QAFA 4MUZA 3DFOA 3MHFA 4DF0A 3BGJA 2EHHA 2Q8ZA 2JKPA 4AMAA 3G18A 4K38A 2RDWA 3BPWA 3W7GA 3TA6A 2QJIA 1ICSA 2Z6IA 4MKNA 3M47A 1NAL1 2V0TA 2X16A 5AC6A 3HG2A 2VC6A 1EIXA 1TCDA 3W07A 3M7WA 1S5WA 2ZRVA 1RQHA 5D2VA 3TV8A 2DZXA 5DCDA 3YPIA 1L6YA 5HWNA 2QR6A 1TPUA 3TJLA 3NVTA 3AJXA 4UTWA 3F4NA 2A7NA 2ZRWA 4UTWC 2Q8LA 4TMCA 3SFKA 3PM6A 3CIXA 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 1KTB A;  1HFB A;  4PA8 A;  2CLM A;  4MYA A;  4GJ1 A;  3QW4 B;  1DBT A;  1H1Y A;  3T7V A;  2ZZ3 A;  3HIJ A;  4OQV A;  3PUE A;  2YW3 A;  1K03 A;  1XUU A;  3BAR A;  5CZS A;  1OFD A;  1MZH A;  3W2L A;  2HS8 A;  3S1U A;  1Q6O A;  3C4U A;  5H2Z A;  2X1S A;  2FPV A;  2DZP A;  4QM1 A;  5GVJ A;  2NXH A;  4M7S A;  4FIQ A;  1I8J A;  1DV7 A;  1WOB A;  1JRC A;  2ZZ2 A;  3IIP A;  1H62 A;  4M19 A;  4JYF A;  3R89 A;  3W2J A;  3A5F A;  2Y62 A;  4U28 A;  1ICP A;  2RH9 A;  3P8J A;  1Z42 A;  3M0Z A;  2PC4 A;  1QWG A;  3LRM A;  2CLH A;  1SSD A;  4H3D A;  1AK5 A;  5HUP A;  4LVD A;  1FX6 A;  4QIU A;  1ONR A;  4O28 A;  2PRL A;  4ZVJ A;  1IIG A;  2ZRY A;  3LHV A;  1DQW A;  4UTH A;  3EB2 A;  3B03 A;  4GBU A;  1FWS A;  1B4E A;  2WQP A;  4ZQN A;  1GTH A;  4PL1 A;  3LCL A;  4I9A A;  2CLE A;  5DBT A;  2DZT A;  3GDT A;  3W7K A;  4HN4 A;  4KFO A;  3O63 A;  1RR2 A;  3IGU A;  1Z44 A;  3QPZ A;  4L4L A;  1VLW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4MNJ A;  1XF0 A;  3TQP A;  1U22 A;  4O4V A;  4H00 A;  4LVG A;  4JFU A;  3D47 A;  4HOW A;  4RZ4 A;  1A80 A;  1JXK A;  1O68 A;  2GSJ A;  1E3Z A;  1UZH A;  4YYC A;  1WXZ A;  4H8H A;  1TIW A;  1CGW A;  1EGM A;  4D8L A;  1P0D A;  2NQL A;  4IQE A;  4JQA A;  2GVL A;  5AYI A;  4RDZ A;  2D3N A;  1A0D A;  4R9X A;  5CKS A;  2VM8 A;  1K1D A;  2V30 A;  2Y63 A;  4FNU A;  1ZBW A;  3ES7 A;  3FJ4 A;  2EO7 A;  5HUO A;  2WLZ A;  2A7P A;  3G2G A;  3ZLG A;  3SAD A;  1GOK A;  1MEI A;  3PBU A;  3I7S A;  3UZZ A;  4RPP A;  2OEM A;  1K8X A;  1F76 A;  1CXE A;  3S5O A;  1JD9 A;  5FEW A;  3VO0 A;  4O16 A;  3NZP A;  2DIJ A;  4B2D D;  1LBM A;  3LI1 A;  1GW1 A;  4D1I A;  1A47 A;  2BVY A;  2XVN A;  3IAC A;  3WLL A;  4L9Y A;  2D24 A;  3CM4 A;  3ELF A;  1RV8 A;  3IV3 A;  1WCG A;  3NM1 A;  3KHJ A;  3S6T A;  1OFR A;  3BLL A;  1A49 A;  4PBE A;  1OF6 A;  4U10 A;  3VGB A;  3FKR A;  2RDT A;  3L5A A;  1GOM A;  4O14 A;  3QOK A;  3WEZ A;  4H9M A;  4DAF A;  1KC7 A;  3NXF A;  2UY4 A;  1LUC B;  4ONV A;  4LTS A;  1J93 A;  4WUI A;  1FFQ A; 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