3WK1A

Wild-type orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from m. thermoautotrophicus complexed with orotidine 5'-monophosphate ethyl ester
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate distortion contributes to the catalysis of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 88
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wk1A00
5BOOA 3OEXA 1OFDA 4LT9A 4ZQPA 5DCEA 1JJKA 3MI2A 1H62A 1H7RA 4UFLA 5A8GA 2V0TA 3NPVA 3CHVA 2NWSA 3P62A 4I7UA 2RDUA 2TYSA 3P7YA 1KBJA 3E9AA 3TW7A 1AK5A 1Z48A 2VXNA 1QO5A 4LW7A 4YXGA 1DJQA 2QJHA 4IMCA 4O57A 4HNVA 4IX0A 4KFNA 4O50A 3SW6A 5D05A 1F6KA 2W79A 4K37A 4LVFA 5TQLA 1Z42A 4UXDA 1H51A 5D2XA 4JTHA 3EWUA 3TNOA 1ZAJA 3RNDA 3S1UA 1OHLA 4O1DA 3GK0A 5K4XA 1R30A 3EX2A 2QEZA 3QJAA 3B4UA 4AEOA 1F05A 5AN7A 5KITA 4ZL1A 1B3OA 1W5OA 4QQ3A 3M7WA 1XCFA 3W7OA 3M0ZA 1G69A 1TIMA 1TTJA 2TRSA 4TR9A 4QAIA 2QCLA 3BG3A 4M7TA 4BK9A 4NJHA 4CCCA 3P84A 3GDRA 5J5RA 3ABOA 2CFFA 2C3ZA 5D30A 4QNWA 2QJIA 3HQ1A 1FWSA 3KHJA 4Z1AA 2YW4A 5E0KA 1AW5A 1YXDA 5FEPA 5I3KA 2P10A 2ZA3A 2V5BA 3LX9A 2AQWA 1EB3A 4M19A 1IIGA 1GZGA 3B03A 2DZPA 3W1UA 1FX6A 3O63A 1GVRA 2X30A 3G1SA 3EXRA 3Q94A 5LGZA 1OFRA 1VCVA 1E51A 2PRLA 1KFLA 4D2JA 4MIMA 1OFOA 3NQVA 1XXXA 1S5VA 1H7XA 4FO4A 1ME9A 1DORA 3N19B 4E0CA 2EKCA 1SZEA 5F4SA 3SECA 3CC1A 3FYPA 1SQ7A 3R12A 1XBZA 2JGQA 3QM3A 1KTNA 3C0JA 1FXQA 1SUXA 3CLMA 4IUOA 2Y6ZA 3MWAA 3W72A 4OV4A 3G1DA 5EBUA 1EWEA 1YTDA 5HUOA 3UZ5A 4X2RA 3VI2A 2G5WA 2FPYA 5AHMA 5AHNA 3GKAA 3W23A 1O4UA 1R2SA 1UBSA 3NM3A 4QISA 2YSWA 4IJBA 3LTPA 3GLCA 2A7RA 4Z1BA 5BW6A 5IBXC 2TPSA 1D3GA 3WJWA 3NQFA 4K8EA 2J9YA 4FNRA 3VE7A 4AWTA 4Y6GA 2CZEA 2H8ZA 5HULA 3C56A 1QPNA 3UQNA 5CZ0A 2FB2A 2VEPA 3W7QA 3TIMA 3LXCA 5DELA 2DZWA 4H6KA 1PVNA 1B4KA 3R2GA 1R47A 4ZQMA 2CLEA 4M6PA 4FNPA 1FCVA 1FWWA 3W7KA 4O8RA 3DFOA 3TSDA 1GYNA 4RXFA 2Y62A 4EOUA 1F5ZA 4AWSA 3TMLA 2VEIA 3CU2A 5F2MA 4ZMGA 4N6FA 1I2RA 3YPIA 4JX4A 1QWGA 3NQEA 4UTJA 2IQTA 1LZOA 4S2BA 1XBVA 1ZFJA 3W70A 4CCEA 3LHWA 1U83A 4TMBA 4HHPA 1NFBA 4UTKA 2A85A 3PBUA 1FCUA 3N34A 2WSRA 3QYQA 4A29A 1PCKA 1R2TA 4NXKA 4AMAA 2YXGA 3QSTA 3OHIA 2HS6A 3DKLA 2YW3A 3PUDA 1Y0EA 2ZA2A 4RX0A 5CPLA 5K4ZA 1D3HA 3W2JA 4KWVA 4TIMA 4JDBA 2WQPA 3GNNA 5EL1A 3CB8A 4PCFA 1R2RA 1J2WA 3C2FA 4M5PA 4JNMA 4RZ6A 2DJLA 3W1QA 2WJZA 5BMWA 4NJIA 1W8SA 7TIMA 3W71A 3E02A 4JTJA 5EKYA 3KVLA 2Y7EA 1I8JA 3C2OA 5C54A 1Q45A 1LRTA 1H7NA 3LCGA 3MW7A 3TAKA 1EP2A 3P74A 3O6YX 2ISWA 4LS2A 1TPDA 5CZTA 4YL2A 1OK6A 3G1HA 4HNNA 3BK0A 3NG3A 3FFSA 3HGJA 2JKPA 4DEFA 2YYUA 3HPZA 1QPQA 3G1YA 2VFDA 2Q3OA 1ICQA 2NUWA 3TCEA 3EKZA 3T55A 1FQ0A 1LBFA 2E6YA 3W7JA 2BWGA 1X1ZA 5G1TA 3T7VA 2EHHA 2JK2A 4GUHA 2JBMA 3VKJA 2RH9A 4WUIA 5AC6A 3VNDA 4O1BA 4JIPA 1HTIA 3E0IA 3W7GA 3CWNA 3L0GA 4Q33A 1FWRA 1UCWA 3B04A 2EGZA 1BTMA 1WBJA 5LNUA 2J88A 4P2VA 1GVSA 1CW2A 3PG9A 5D09A 5LZLA 1TJPA 3N73A 2H90A 1AL8A 1YXCA 3M5VA 4K38A 2CWNA 1GVFA 2FPVA 2X1RA 5K9XA 5AHEA 4E38A 4WJEA 3L5AA 2OCZA 4TU1A 4JTLA 1I2PA 3EB2A 1UB3A 3HF3A 3W7HA 3FKKA 5FEZA 4HPJA 1GJPA 3MI6A 2WPBA 3W2KA 1PHQA 1BWLA 4QSHA 1OYBA 2NZLA 4JS3A 1VLIA 2V81A 3G1VA 4MY9A 1WDWA 1S5TA 4WY0F 3I68A 1I2QA 3MP3A 1TQJA 4QITA 5LGXA 2H3DA 4N02A 1GWJA 4O18A 3IEBA 1SU5A 1J4EA 4FF7A 2P1FA 3W88A 1SO5A 2NV2A 3HG5A 2NWRA 3MHFA 1YTKA 4FX7A 2Z2UA 3NL3A 3IVUA 3SSJA 3LOTA 1Q6LA 1H61A 3M47A 1GYLA 3MHGA 3RF9A 1G67A 1WX0A 2QCHA 2PC4A 2V9DA 2OT0A 3CQ0A 2CZFA 4X3ZA 3SFKA 1TPVA 1L2UA 4G1KA 5AC8A 3QF0A 4JYDA 3CM4A 3W76A 1NF0A 1IXOA 1H1YA 4ICNA 1ADOA 2F7FA 4M7SA 1F73A 2FIQA 4JTUA 4AH7A 3MO7A 1A5BA 4GUJA 2BLEA 4JR5A 4IPIA 4PEKA 1RPXA 3LHUA 3S1XA 1AMKA 3L0KA 1XBXA 1KM0A 4JIQA 3WJZA 3O07A 3C8FA 1YXYA 5G2WA 2QUVA 1ZALA 3KVKA 4UMAA 3W75A 2EAWA 4EF8A 5CSSA 4HKPA 3WK2A 2E5BA 5EPDA 5HQEA 3B0PA 1JCMP 1A53A 4IGHA 2DORA 1RQBA 1M6JA 2WSQA 3CWOX 4Q4KA 3RLVA 4UTWC 1KLYA 3N14A 1WV2A 3G3DA 3W1XA 3TU9A 3PC0A 1TRDA 2BSLA 2RFGA 1LRNA 4M6VA 2AAMA 2ALDA 2GUUA 3TR2A 2QCCA 4RLIA 3GAYA 4IMFA 1TRIA 3Q37A 3M9YA 3QMSA 5FI8A 3NNTA 1Z44A 1PS9A 4LC8A 3GVGA 1EX5A 3UYCA 4GWEA 2PCQA 1FWNA 4DPPA 1FDZA 1OVDA 1P0NA 1ONRA 3TA6A 2WOQA 5BMXA 2HTMA 5G2IA 4P61A 2OT1A 1JCJA 2G97A 3BG9A 3KVJA 3FOKA 5F1VA 1TPWA 3IGSA 4ADTA 3W7LA 2NV1A 4FIRA 4NVTA 1C29A 5FF2A 1GPWA 4J9JA 2ZTKA 5CPNA 3TE9A 3KFTA 3LRMA 2V8ZA 1GTHA 2H6RA 3EX4A 3QRHA 4XBKA 3P60A 1BKSA 2P0OA 1M7PA 2E6FA 4AXKA 3V75A 1QDSA 5BRBA 5FF7A 4I7WA 1V5XA 4IOTA 4MPQA 3NR0A 1VH7A 1M5WA 4MFDA 3STGA 3BW3A 5D33A 4YLWA 5G2HA 5LHEA 1O5KA 1MXSA 2GPTA 1QO2A 2DZVA 3WK1A 1JVNA 1IIHA 1U5JA 3S5YA 4JTEA 3CEUA 3GX9A 5AFDA 4UFIA 1N7KA 4YMZA 1DHPA 3WFAA 3IVSA 3EXSA 2J24A 4ALDA 3TQVA 4WD0A 3LCXA 4DO5A 2YCEA 3A24A 3C52A 3L68A 3MP5A 3UWUA 3MP4A 5IBXA 5K9CA 8TIMA 4NQ1A 1FDYA 4R33A 3MJYA 5G5IA 4KKXA 3QQ1A 3EX1A 2ZQ0A 1JQXA 3G1FA 1TV8A 2QR6A 4KFPA 1TPB1 4UC5A 3THAA 3EWWA 4RK8A 5D38A 3NQCA 1D9EA 2ABBA 2WNZA 5DCBA 3UY8A 1GQNA 3TX9A 4O17A 5LNRA 4DBEA 3Q2DA 1AL7A 4JXCA 1I2OA 4LC6A 1XI3A 3QW3A 2DZXA 3LBMA 5K3VA 4O12A 4O28A 1H5YA 5C5YA 3L9CA 4QIUA 3CTLA 4IMDA 3GXNA 1Q3NA 3R5EA 4H4IA 1HO4A 3S1WA 3A5FA 3N3MA 4CLMA 1ZJIA 1KM4A 5G1YA 4ZQNA 1PL9A 4ML9A 4BF9A 4O4WA 4DELA 3GYEA 2R14A 3VE9A 2VFGA 3LDVA 4UTTC 1AW2A 1LBLA 1EPXA 1PV8A 5AYZA 3SGZA 5MHBA 4N9BA 3NQGA 2X1UA 1W3NA 1F6PA 4CNPA 2RDWA 4EWND 2VKZG 1OX6A 2QAPA 4MY1A 1EUAA 3WJXA 1GVQA 1XDLA 1VYSX 1RD5A 3SR7A 2ZZ5A 3PBYA 4RCXA 1G6CA 2FQIA 3BPWA 2ZRXA 4GNJA 2CU0A 4I7VA 4BFAA 5DCDA 4WQ6A 5I3FA 2E6AA 3O6DA 5FF3A 4JTKA 3O06A 2WSYA 2Y63A 3S9YA 3CIWA 2YFNA 1H60A 1W3TA 5DN1A 3OIXA 3ZR4A 3MHUA 3P81A 1SW0A 3BG5A 3UWQA 3I6RA 1W5QA 3PM6A 1VJIA 3S5ZA 1KM3A 3H55A 3GAKA 3GXTA 3FKRA 5AC7A 3L0NA 2QF7A 2XN1A 4NJGA 5TIMA 1DOSA 1FCBA 2D73A 3ABRA 4HIBA 1ZNNA 1X8FA 1IGSA 4M6QA 3W7CA 1TO3A 4U4MA 5SWUA 1L6YA 1LTDA 1LCOA 3QSRA 3ZWTA 1O5XA 4BR1A 3HGRA 5ABTA 4DO6A 4XTDA 5D32A 2Y7FA 3M6YA 5CSRA 1LRQA 4LV9A 1MZHA 3CEPA 3DU0A 1HG3A 3PBVA 4HSOA 4LUIA 1A5CA 3NZRA 2BTMA 1XDMA 2G95A 2QKFA 3N9SA 5HWNA 2DZSA 1JRBA 5DLCA 3W22A 2A4AA 1GOXA 2WNNA 4OGZA 3LM7A 4NJKA 2YGYA 5CZJA 4GUIA 4JTFA 1OF6A 4LRTA 1SW7A 3T78A 3G24A 5DBUA 3M5XA 1DJNA 3C61A 1G4PA 1W3IA 2OMAA 1JUEA 1G7VA 1Q6RA 1QNVA 4XUGA 2QAFA 2ABAA 5LSMA 1K7FA 4LVDA 3F4NA 3FJLA 2VEMA 4YCOA 3I7QA 2JGYA 3KX6A 3TROA 1B4EA 3G8EA 2WKJA 5KZDA 4MFEA 3C2EA 3STEA 1SZNA 5C6MA 2E77A 3LV6A 3ZS4A 3HG4A 2ZRWA 2H3BA 3U8GA 3SIZA 1GT8A 3A21A 5D03A 4OT7A 3UWWA 1LROA 2FFCA 5DY2A 1TPH1 3DHDA 3GR8A 4CNOA 2E6DA 3DBPA 1AW1A 3ELFA 4HSNA 1KFBA 3WJYA 5HNRA 4ONVA 1VZWA 5D02A 4XQ6A 5I3HA 1KW1A 4HNUA 3QMTA 1TMHA 3LLFA 2ZYFA 5LNSA 3W2LA 4FXRA 5D2TA 3FA5A 3M1ZA 2J6XA 2Q3RA 2CLOA 4N6EA 4YWIA 2BXVA 3EWBX 2C0AA 1OX4B 3FYOA 3P8JA 3QW4B 1THFD 3PULA 4O10A 3TUUA 5H2ZA 1ZAIA 2C14A 3ABQA 2TMDA 3G1XA 3LI0A 3JS3A 2QCGA 3B8DA 4FNSA 3TAOA 2XN0A 3NPUA 1DBTA 3W86A 1EWDA 1OYAA 4GJ1A 3QEZA 3BARA 2DZTA 4FNQA 2GQ8A 3NYZA 1L6SA 4EVZA 5I3IA 3EX6A 4UNKA 4DF1A 2E5DA 1WOAA 2J9XA 3RMJA 5AYXA 2C19A 1RQEA 2ZZ6A 4CQ8A 3TQKA 3TFXA 4MZYA 2UV8G 4H3DA 3UWZA 3NM1A 1W1ZA 4IWWA 3KRSA 3O05A 4NU7A 2Y70A 4Z1DA 3LCHA 3MBFA 1ME8A 3BLIA 5L9FA 2CW6A 1K8ZA 4UTWA 3GDKA 4Y90A 2C13A 4LUJA 1VCGA 1VHNA 5FF0A 1OK4A 2GVGA 2YDAA 3QH2A 3SI9A 1TTPA 4MUZA 4FB7A 4WXZA 1VHCA 5J5DA 3OVPA 4NXSA 4OHQA 3WK3A 4UR7A 3BW2A 1FWTA 3BLEA 1TJRA 4NJJA 5U4NA 3TMQA 3THQA 3TH6A 1HL2A 3UXAA 3GDLA 4OBTA 3TW6A 3BVJA 4MKNA 3EEGA 3W2UA 3HG2A 4JTIA 1NSJA 3W7PA 3HGSA 5KZEA 1LM1A 4FHAA 3DI0A 1TV5A 3DAQA 4B5NA 3WJSA 1SSDA 2ZRUA 1KTCA 5EMUA 3W73A 1IXNA 1GVOA 4GUFA 1QR7A 3DKJA 4ZQCA 2I9EA 3G22A 3A9IA 2Y7DA 4NNAA 4JICA 3PWAA 3W87A 2ZRVA 5F2IA 4O14A 2BX7A 2ZZ4A 4Z0SA 3VFLA 3M43A 4PTNA 2NUYA 2XN2A 4RZ4A 2C18A 4R7JA 4JX5A 6ALDA 1OJXA 3W7IA 5HINA 3H54A 4WX2A 1DQXA 5FEXA 1PCWA 5D04C 5BNKA 4WZHA 3W3OA 4AHPA 1JUBA 3N2XA 3B06A 3V1PA 1K03A 1K8XA 1YLVA 2R8WA 2FJKA 4ZQOA 2WO5A 1ML1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OEX A;  1WKD A;  3K4A A;  3T09 A;  4LT9 A;  3HFY A;  3AC0 A;  1VEO A;  5DCE A;  3MZ2 A;  2V0T A;  3NPV A;  3B8U A;  3F7J A;  4W8L A;  3WLS A;  4I7U A;  2RDU A;  4AD3 A;  2IQD A;  2EG7 A;  1KBJ A;  3E9A A;  1VB9 A;  3MDU A;  4H7V A;  4TXE A;  3ZM8 A;  4LW7 A;  1M1B A;  1BF6 A;  4KFN A;  4O50 A;  3URB A;  3WNL A;  5FSD C;  5D05 A;  4EX4 A;  5M5D A;  4ZXO A;  3W26 A;  4LVF A;  3BLO A;  4IFR A;  1Z42 A;  4UXD A;  2POD A;  5D2X A;  3SCO A;  1KWK A;  3S1U A;  1VBH A;  1H41 A;  1KD0 A;  5DO8 A;  2QEZ A;  3QJA A;  3IAR A;  1DJG A;  5KIT A;  4YHE A;  4KWS A;  4US5 D;  3NXL A;  4JHM A;  3BG3 A;  4NJH A;  3EDF A;  2CFF A;  1JNE A;  1DXI A;  2QJI A;  2Y8U A;  1FWS A;  2FTW A;  4CU8 A;  2Y0F A;  1TE1 A;  4KPL A;  5C8B B;  1UP0 A;  1NEL A;  5E0C A;  3H4W A;  1AQH A;  3P0W A;  3WF2 A;  1R6W A;  3QV9 A;  2BY0 A;  4C7D A;  4Q6J A;  2OGJ A;  1CIU A;  1VEM A;  1EYW A;  1YHT A;  3OW1 A;  1QAT A;  1H2J A;  3EXR A;  3A9B A;  3LZ5 A;  2VEF A;  3AIW A;  1KFL A;  3E0F A;  1HVX A;  3CUG A;  1OFO A;  4HOX A;  5I23 A; 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