3WK2A

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase k72a mutant from m. thermoautotrophicus complexed with orotidine 5'-monophosphate methyl ester
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFAVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate distortion contributes to the catalysis of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wk2A00
1VR6A 3STFA 2WNZA 4DF2A 3UY7A 5CZJA 1W5PA 4ZQOA 3MW7A 2GVJA 1OX4B 3STGA 3A5VA 3LTSA 1YDOA 1TPWA 1QOPA 3I7QA 3WJWA 3TH6A 2VENA 3B03A 4Z1BA 4NX5A 2CWNA 4QJ1A 1B57A 5GVJA 3UZJA 1TREA 3THQA 2QCNA 5I3HA 1LM1A 2FIQA 4XBKA 1TPC1 4K37A 1EWDA 4HN4A 4RR4A 1G4SA 4WY0F 2EKCA 4O1DA 3W9ZA 2CZDA 4AAJA 3DKJA 1RZMA 1XBYA 3GDKA 4MY1A 2QCGA 3LRMA 3QF0A 3W71A 1W37A 4JEQA 2ZRZA 5LNUA 3W22A 5K9DA 4K39A 3VFLA 1PHQA 3E0IA 4JTIA 3RLUA 2QCFA 1OFOA 1JQXA 1RR2A 1QFEA 2GOUA 1OK4A 3EWUA 1JCLA 4NJGA 1LOLA 2HMCA 1DV7A 4UFKA 1LLZA 1OFDA 2FQIA 3LRLA 4MJZA 3DGRA 1MEIA 4RK8A 1F6KA 1W5OA 3QFEA 1AMKA 4GXMA 2X1RA 2TRSA 4FNUA 4RX0A 3UNDA 3LHZA 4UTWC 3MWAA 3GVGA 3BK0A 1DQWA 3G0UA 3NL3A 4KFNA 4L4LA 3GDMA 1THFD 3VE7A 1SW0A 5KMYA 1OFEA 5J5RA 2QAPA 1OFQA 4O1BA 4WOQA 3OIXA 5AHMA 1OFPA 1EP3A 5CG7A 3RK8A 1L6SA 1RQHA 1O4UA 1ML1A 1YXCA 1WOBA 2YYUA 5AB3A 1SW7A 2JBMA 4UTTC 5KZEA 2YR1A 3CB8A 3MBDA 1FDYA 1SO3A 1GT8A 5TIMA 3MI3A 4WD0A 1W8SA 3QJAA 2C16A 4RXFA 2E6AA 1ZENA 1LP6A 2A21A 1XM3A 3TSMA 3LV6A 1LBFA 1B4KA 3CT7A 4P61A 3W7NA 1FCBA 1CX9A 5DCEA 4CLMA 1KTNA 5CGQA 5FF7A 4HNNA 4FX7A 1CW2A 3NEVA 4FNTA 4WJEA 5MHBA 2YFNA 4FHAA 4JTGA 4UMCA 1LROA 4RKAA 5A8GA 1ZJIA 4CCDA 5CPMA 3U6WA 1WAUA 2HSAA 1ZAJA 1X6UA 2RHGA 1TJRA 2YX0A 1YPIA 4FNSA 3WK3A 3C61A 4O57A 5F1UA 1UASA 3BGGA 4XQ6A 2B0MA 4M6VA 2W0UA 1VS1A 5AYYA 1RQEA 3BW3A 2GQ9A 3ZFHA 2QUTA 2CW6A 3FLUA 3N3MA 3NAVA 3GXNA 3N73A 4A29A 1SZFA 2ISVA 2V0TA 3HG4A 1EIXA 4UFLA 3HF3A 1KFCA 4FX8A 3L0GA 4NJHA 1YPFA 4UTWA 5F1VA 1FWTA 1SSGA 4UFJA 1TSIA 1OFBA 1XL9A 3TU9A 4LVGA 3BG9A 5CPLA 2E5DA 1JULA 4X2RA 1GVFA 3W1RA 2PCQA 1I2NA 4ICNA 1YXDA 3WJZA 3PG9A 4DO4A 4IMGA 4FO4A 2BTMA 2Z1BA 4JICA 4LV9A 2DZSA 4UTHA 1AW1A 4UTTA 4J9JA 1VHNA 1TMHA 1PE1A 4NNAA 3M44A 2ABBA 3TJXA 1DORA 2QUVA 1G7UA 2PE4A 1J4EA 1XDMA 3IIOA 3CHVA 4ADTA 1JCNA 4LS1A 1NF0A 4JGDA 3D0CA 2WSRA 3GB6A 1PS9A 3NNTA 2V8ZA 3UXAA 4UTMA 1C9DA 4N4PA 3IVSA 3W1UA 1FX6A 5CKSA 3BARA 3MP5A 3N14A 4GUIA 5BRBA 3G3MA 4LC6A 2V2HA 4AXKA 3WJXA 3BPWA 3U2OA 2NV1A 3NQ2A 4O4VA 3QPZA 4IJBA 4OT7A 4TX9A 1LDCA 5LHEA 4ZQMA 2X16A 2GUUA 1ICSA 3LERA 4YXGA 1LLWA 3KRUA 4RCXA 5AFDA 1P0KA 3O6YX 3G18A 3NPVA 2NLIA 5IM51 3L66A 4DO6A 4E38A 6ALDA 3W1QA 1HFBA 4S1FA 4MLJA 3W7CA 3W2JA 2A85A 5D03A 2FB2A 4UCGA 2J9YA 2X30A 1GVOA 3NZRA 2XFWA 2KZHA 3W3OA 5DY2A 2QJIA 5AOUA 5D02A 3QM3A 4DPQA 1HO4A 4LS0A 1HUVA 1SO4A 3IGSA 3AO0A 5F2IA 1TTQA 4GUGA 4MZ8A 3EB2A 3W85A 3T4CA 4R34A 4I7UA 2V2CA 1UBSA 4O18A 2A7PA 3NPUA 5I3FA 1Z44A 4O8RA 4AH7A 1UJPA 3LHVA 5DXXA 1RPXA 1K7XA 4O13A 5E0KA 1SW3A 3G3DA 4JNMA 1VLIA 4NX0A 4S2CA 3DXIA 4Z1CA 1Q3NA 3L21A 1OVDA 1JRBA 1QPQA 2OT0A 3NQEA 3INPA 2A6NA 1KBJA 4QSHA 3G8RA 2CLEA 4EWND 3R5EA 4Z0JA 1JCJA 1KM1A 2J88A 3USBA 1OX5A 1M7PA 1VPXA 5CZ0A 2VFIA 1IXPA 3FJ6A 3W07A 2QDHA 4WX2A 1F6PA 2Y63A 1XBXA 5G2IA 1PCWA 2Y7EA 1QDSA 2PC4A 3SJ3A 1UB3A 3M5ZA 4O10A 3MUXA 4ZL1A 4KWWA 2TYSA 2VFFA 3MP4A 3W1TA 3PULA 3NO5A 5AHIA 4RZ4A 2A0NA 1G6CA 3KVJA 3T55A 3BVJA 3B06A 1J2WA 3H53A 5KTLA 1I8JA 1KFLA 3L5LA 1EEPA 3LOTA 3NDOA 1I45A 4M7SA 1ME8A 3NQMA 4XTIA 4MKNA 3O6DA 3HGJA 1GJPA 3LI1A 3W87A 4GRSA 5I3JA 1T0OA 3TSBA 4HKPA 1MZHA 1KTCA 5F4WA 3HG2A 3PF3A 3NOEA 3RF9A 1KW1A 1DBTA 2NZLA 1WYIA 5F4XA 3W7HA 5C2XA 1BWLA 1A50A 2YDAA 1Z41A 1FWNA 2JKAA 4RZ5A 4LRSA 5G5IA 2YXGA 3LXAA 3GDRA 2Z6JA 4Y9AA 3M6YA 3PSVA 3CIXA 3DKLA 4A21A 1B3OA 1FCVA 4P2VA 4OV4A 2WOQA 3GKAA 3PSWA 4IXXA 4LS2A 3SIZA 1WDWA 2DORA 4BI5A 2BLEA 3L0KA 4BI6A 3PVFA 1DOSA 2NX3A 4AF0B 4AWTA 2X1UA 3I68A 3O06A 3LBCA 4AB4A 1BTMA 1OF8A 3G1AA 5HNRA 3NQGA 4IX0A 4S2BA 1PL9A 3CIWA 5H2ZA 2QCHA 4GWEA 2TPSA 3LBMA 3OA3A 3NZ1A 2FPVA 3E9AA 5K3VA 4D2JA 4WZHA 3C4UA 3TNOA 3W7MA 2TMDA 1TQXA 2O7SA 4O12A 1ZAIA 4HT3A 2E5CA 3B04A 3W1PA 1F7BA 4JTTA 3TQKA 1VYSX 1H1YA 3LCIA 4K38A 1KFBA 4PA8A 2ZRUA 3W7EA 2PRLA 2JGYA 3P84A 1XI3A 4YLWA 4IQLA 1MXSA 1TV7A 3H55A 4AHQA 4LVDA 1IGSA 4EOUA 5G1TA 3M1ZA 5F4SA 3DBPA 3TX9A 2ZQ0A 3T78A 3A5FA 2G95A 3DFSA 3QMTA 1MEHA 1V5XA 3P8JA 3QEZA 1VQTA 4QQ3A 1ZNNA 4OBTA 2RFGA 1ZHAA 3Q58A 1KLZA 4KWVA 1DHPA 2Q8LA 3ELFA 5HINA 3GXTA 3V1PA 4N9EA 5EL1A 2ATSA 4POCA 3TCEA 1JUEA 3GX9A 4PL2A 5EY5A 1ICPA 3BV4A 3EX4A 4JY8A 3EEGA 1QR7A 3TDFA 1OYBA 1NSJA 4YCOA 1SZNA 1IXNA 4WQ6A 4DO5A 1J5TA 5I3KA 3QW4B 1QOQA 1H50A 1SFLA 3LTYA 3O07A 3R13A 2XN0A 4ADSA 2ZZ1A 3DFNA 4UTLA 2E6FA 2B7OA 1L2UA 4IWWA 4X3ZA 5HQEA 3OEXA 3FFSA 1QO2A 2W79A 4MFDA 3O15A 4FX6M 5ABTA 2H8ZA 2NXHA 3W7IA 2FTPA 1P4CA 3SW6A 3MBFA 1LBMA 2E1DA 1Z48A 4AWUA 1OFAA 4LVBA 1O5XA 5C55A 3GXPA 1A53A 2C6QA 3UWUA 3HQ1A 2WSYA 1PIIA 1WBJA 2E5BA 2XN2A 5FF3A 5D33A 3OG3A 3FIGA 1LYXA 2ZCGA 4Q4KA 4U28A 1ME9A 3PBYA 2OCZA 2FDSA 4MLRA 4NUWA 4M6QA 2EGZA 2V2DA 2RDUA 2DJXA 4N6EA 3I65A 3RNDA 2WQPA 4XKYB 2C15A 5AYXA 2G5WA 3TIMA 3THAA 1IIGA 3TQVA 1GVRA 5IBXC 4IGHA 1P0NA 1X1OA 2ZA1A 1IXQA 1U5JA 3OHIA 2FLIA 4LV4A 1TV8A 3FJLA 4PODA 2CLIA 3W75A 3DU0A 3UY8A 3LLFA 1XUUA 3L2IA 1LOSA 3NXFA 2B7NA 5F2GA 2C1HA 4OHQA 3PUEA 2FFCA 3HGRA 5E1QA 1EUAA 3LI0A 3LB0A 3WJSA 1N7KA 3LCFA 1W56A 2NX1A 2ZA2A 2CLKA 4U4MA 5DELA 5LGZA 3MI6A 3MI2A 4YWIA 3LDVA 3E02A 1BWKA 2C19A 2YW3A 2Q3RA 3HB9A 5TBOA 2R91A 4DBEA 3IV3A 4M19A 4WY0B 3M7WA 2ZRXA 2Y7FA 1TPH1 4HNUA 3G22A 3IVUA 1K02A 5AN7A 4O1AA 1M6JA 2ZRYA 2QUUA 2A7RA 4O1CA 3UPWA 4IOTA 5DBUA 3HJZA 4ALDA 4MVAA 3HGOA 3GNDA 2V82A 4MZ1A 1ALDA 4PCFA 3SI9A 1H1ZA 1GVQA 2C0AA 1JRCA 1JJKA 1X1ZA 3TR2A 2YSWA 3W7KA 1JVNA 4O50A 1D9EA 2NUYA 1TYGA 3K30A 2AGKA 2C3ZA 2RH9A 4LOCA 4JTKA 2QDGA 3FOKA 2F84A 4K8EA 1C29A 1OYAA 2FPTA 3ATYA 4PEKA 5IBXA 1OFRA 3L5MA 3UWWA 4NVTA 4CCCA 3EX6A 1FXQA 7TIMA 1SO6A 4JN6A 1SZGA 1WBHA 3NQ8A 3UWZA 3DH7A 1LBLA 3E12A 4XWUA 4FXSA 3HOJA 3L65A 2ABAA 5LSMA 3N2MA 5HWJA 3C2RA 5EKYA 3JRKA 3GR8A 4NJIA 3C56A 3CLMA 1UUOA 4QM1A 3FYOA 4N02A 3C3NA 5D09A 4CCEA 4Z1AA 3MO7A 3EWZA 4ZMGA 5HR7A 1K7FA 1TCDA 2AQWA 5D2YA 2OMAA 3SSJA 3BW2A 1GWJA 2VEPA 2GQAA 4JYDA 2GVGA 2DZTA 3M5XA 1OYCA 3KFTA 2BXVA 4C1KA 3Q2DA 1NEYA 4LY8A 5CPNA 5KINA 1DJQA 4JX6A 4Y90A 4JDBA 1L9WA 1Y0EA 1WQ5A 4UMAA 3KVKA 4LUJA 4GJ1A 4O54A 3SFKA 2QCDB 4R53A 4UNKA 1FDJA 3ZS4A 2J6XA 5FEXA 3GYEA 3BW4A 2FPYA 4UIOA 4A2RA 3MHGA 4UUIA 3T44A 2R94A 1YTKA 3OBKA 4DBDA 5LNSA 4O15A 2JGQA 3CEUA 1AK5A 3EXTA 4UR7A 1AL8A 4JTLA 3F1QA 1PCKA 3PS7A 4JS3A 2WO5A 3NL6A 4UTIA 1H62A 5U7SA 1Q45A 2EPHA 1VYPX 3CC1A 3NR0A 1PV8A 1WXJA 3DFOA 4OGZA 1VGAA 2NUWA 1TPDA 1W5NA 4GFSA 2PRHA 4K7VA 4R33A 4Y8FA 1GQNA 4CNNA 5LHFA 1YYAA 4NJJA 4NXSA 2WPBA 3GZ3A 1VLWA 3S5YA 1F5ZA 3DI1A 3DFQA 4HIBA 3NG3A 3QC3A 4HNVA 5K9XA 4E2BA 3LHWA 4TIMA 5DXYA 3STCA 2VOMA 3TW6A 3GIYA 3G0SA 2NUXA 3WK1A 2DZPA 4AEOA 1L6WA 3W73A 1YXYA 4IMCA 5FEWA 2D73A 1QMLA 4PL1A 4LNYA 1N8FA 4WXZA 3PAJA 2QAFA 2J24A 4ML9A 3B8DA 3TW7A 5LNVA 3N2XA 3L5AA 1KFJA 4JY9A 5BOOA 1NVMA 2RKXA 3NQ7A 2YFOA 2O7QA 4FIQA 4UR8A 1W3IA 3WFAA 3L67A 2HS8A 1R47A 5D2VA 4IMDA 4IXHA 2JKPA 4OU1A 3W72A 4QAIA 4HHPA 1O60A 2WJZA 3BG5A 3A24A 1EP2A 1W3NA 4NT0A 4E0CA 3E96A 2DZWA 5K7JA 3LCXA 3MHUA 1ZFJA 1KM6A 5G4EA 1XXXA 3CQ0A 1W5MA 2LLEA 3S0CA 2A6LA 4DPPA 4MPQA 5KITA 3TMLA 4MFEA 3W1AA 2XN1A 1EA0A 4B5NA 1KTBA 1PVNA 3LM7A 1TV5A 3HGSA 2QJHA 1T99A 2OZ0A 4JYFA 4Q32A 1N55A 2A2IA 1XUZA 2IQTA 1JUBA 3ANYA 3PR2A 5U4NA 3L68A 5HJLA 3W7PA 3CWOX 1H63A 5DN1A 5FF4A 3S42A 3NQDA 1VC4A 3BLIA 3KVMA 4HSOA 5D38A 3S1XA 2YCEA 1DJNA 2ZZ4A 4H4IA 1G4TA 5AHEA 1XFBA 1XC4A 4IPIA 1K3UA 4AMAA 4KKXA 4UFMA 2X1SA 4HPJA 1KM5A 5TQLA 3TXZA 1D3GA 1FY6A 2DZUA 3UXDA 1OJXA 4MOZA 1O94A 3CU2A 3M47A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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