3WK2A

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase k72a mutant from m. thermoautotrophicus complexed with orotidine 5'-monophosphate methyl ester
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFAVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate distortion contributes to the catalysis of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 85
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wk2A00
2WNNA 1PHQA 4JTKA 1K8ZA 1I4NA 2BLEA 4MZYA 3PAJA 3GXPA 1TPB1 1YDNA 3T44A 4E0CA 1G4SA 1QFEA 4UNLA 3RMJA 1XUUA 1OFEA 5LHEA 2LLEA 2J88A 3CT7A 1TYGA 3MI3A 4JY8A 2RDTA 5D09A 1Q6QA 4UFMA 4WOQA 3FYOA 5I3KA 3W74A 3TW7A 1C29A 3G3MA 1WOBA 3QPZA 4MIMA 2YGYA 4OV9A 4KWVA 3LCGA 3NL3A 4I9AA 3L68A 3VCRA 4GC4A 4I7VA 3CLMA 1L9WA 3O63A 1JRBA 4KFOA 1OVDA 3FKRA 3U2OA 3N19B 1V7YA 1KM3A 3DHFA 3PS7A 1LM1A 4OT7A 5LNUA 1XI3A 4DXVA 2Y70A 3QF0A 2W6RA 2VEKA 4HNNA 1VJIA 2QAFA 1M7PA 1SFLA 3PY2A 4JS3A 3LLDA 1KM5A 4LRTA 3S9YA 2DJLA 2GPTA 4XBSA 3MP5A 3KOFA 4GWEA 4K38A 2P1FA 3NM3A 2JGYA 2FPYA 3EWYA 1JR1A 3C2VA 4XWUA 4JIPA 3TAOA 3HB9A 1Q6OA 3KVLA 4XKYB 2Y61A 1GG0A 3HPZA 1LBLA 1MXSA 3F03K 3UPBA 3DGRA 5C54A 2YSWA 3IIZA 1ZY9A 1WBHA 3EWUA 3L0NA 2ATSA 1K8XA 2QJHA 4K8EA 2BTMA 5HNRA 2FIQA 3IVSA 1VGAA 3W7HA 1XBYA 3BPWA 4UTMA 4GFSA 1YYAA 5AYYA 4HNTA 4UMBA 2DZSA 1JULA 3EXRA 1W3NA 3C2OA 1KTCA 3NQGA 4FNQA 3HGOA 2BZNA 3G3DA 3LHYA 3W3OA 1VRDA 1S5VA 1XDLA 4JTGA 4IMFA 2VFGA 5K3VA 2RFGA 3GNDA 5HINA 1G69A 2X30A 3UXDA 1N7KA 3BGGA 1O94A 1TREA 8TIMA 2DP3A 2I14A 4I7UA 1Q6RA 4UUIA 2AGKA 5LSMA 2BWGA 4YCOA 5H2ZA 3LX9A 3NPVA 3S5OA 4POCA 3LCHA 4LVGA 2GJNA 4TX9A 3FS2A 2QUUA 1Q45A 3GDTA 2AAMA 4MUZA 1HFBA 3IVUA 1OX5A 1WQ5A 3CTLA 2OX1A 4ZQRA 4JTIA 4K6AA 5KZDA 5F4XA 2CZDA 1GJPA 4FNSA 1KTBA 2XN0A 4FF7A 3PBWA 5DELA 4Y90A 3TE9A 1QAPA 2H90A 3W73A 1WXJA 1MZHA 1KA9F 3TJXA 4UTUA 3KAOA 4NU7A 1RR2A 1D9EA 5D2TA 1IXOA 1FXPA 5DCBA 1XM3A 1FX6A 2PRMA 4HNUA 4OQVA 3WK3A 4Q32A 2Q3RA 3QW3A 1KM1A 2C3ZA 1DL3A 1GOXA 2OT0A 3VI2A 5AC8A 2ATMA 1TTIA 2NUYA 2Y62A 2V2CA 3W7CA 3WJZA 5LNWA 3SGUA 3P7YA 4YXGA 1OK6A 4Y8FA 3KX6A 1B9BA 4RX0A 2HMCA 3OHIA 3HBLA 4K7VA 4XBKA 2YFOA 1AMKA 4YMZA 2QAPA 2ABBA 4EF8A 4K39A 3PUOA 4Z0SA 5GVJA 2H8XA 4UR8A 3OVPA 1GVSA 1X7FA 4WZHA 3W2KA 1RV8A 4JX5A 3R12A 1ZCOA 5FF4A 5K4ZA 2J9YA 3E96A 3UZJA 2YZRA 2WNZA 4LVFA 4TIMA 4JGDA 1YDOA 2QCMA 4UC5A 3IEBA 3TMLA 2NX3A 4O8RA 3KHJA 3W7DA 2B0MA 3R13A 2ZZ4A 4UTHA 1U83A 3S5NA 5KZEA 2EHHA 2B7OA 2FFCA 3W7QA 5K2ZA 3E12A 4NJJA 1VYPX 5D33A 3MMTA 4EVZA 1A53A 4NT0A 2YFNA 4MYXA 4M19A 3GAKA 3A21A 1F74A 4I7WA 2ZRWA 1BWLA 3A23A 1H7XA 1JUEA 1EA0A 4XTDA 2ZQ0A 1A5AA 1TPC1 2Z2UA 2Q3OA 4RR4A 2ISWA 1XC4A 3C3NA 1QO2A 4MY9A 2PE4A 5CPOA 4LVBA 2WO5A 3W1QA 4C1KA 4HN4A 2CFFA 3QMSA 4IMDA 1KFBA 2OZ0A 2KZHA 3G8RA 3NVTA 4MY8A 3L0GA 5D2VA 4AWUA 4FNUA 1AW2A 3S1UA 1VQTA 4UNKA 3AJXA 5C2XA 3TQ0A 3W2LA 3IGSA 4U4MA 1WYIA 3GXTA 1GVRA 3B03A 3MW7A 3BW3A 5LGZA 3MO7A 2Y6ZA 2Z1BA 4M6PA 5FESA 2ZZ2A 1KFJA 4GE8A 3K30A 4IXXA 2QUVA 2VEPA 2OCZA 4LS2A 4P61A 5IM51 3TK7A 2G5WA 1NSJA 5H91A 3W86A 3I7QA 4QNWA 3WJWA 1SSGA 3RU6A 4A2SA 3GDLA 3MHFA 5LNRA 4QAIA 3HPXA 3PC0A 1N8FA 2A7RA 3EEGA 2E6FA 1OF8A 3TU9A 3P84A 4WY0A 1Y0EA 2CW6A 1TPH1 1DHPA 3M9YA 5FF3A 3TQVA 2VFFA 5TQLA 1N55A 1EWEA 1OABA 4JX6A 3B0UX 2X2GA 1LLZA 1TTJA 2NX1A 2CLOA 2CLEA 1QPNA 3RK8A 3KRZA 4O4VA 3BARA 3W7RA 1QMLA 4AXKA 4DEFA 1ME7A 4AEOA 3PWAA 1VZWA 3DHDA 5DBUA 3OVRA 4ZQOA 3CIWA 3WK2A 1JUKA 3G0SA 5G1TA 3W7LA 3TX9A 4AH7A 4GRSA 4AHPA 4XQ6A 5I3JA 2YW3A 1QOQA 4AVFA 1PL9A 1LLWA 1A5SA 1G6CA 2GVLA 3M16A 5CSRA 5AB3A 2CLHA 3HPSA 3BW2A 1V5XA 3TA6A 3NQCA 1YLVA 5EL1A 3Q2DA 1R46A 3MUXA 4S2BA 3DFSA 4BWLC 5D05A 1LBMA 3GB6A 3VNDA 1ME9A 1KLYA 5EA9A 2TRSA 1X6UA 5AHFA 1VS1A 4O4WA 1H7WA 4O1DA 3TSMA 4GUFA 3W07A 3PG8A 4MVAA 5HQEA 3CPRA 4UMCA 3LXAA 1BKSA 3PB2A 2X16A 3S5ZA 3QRHA 3TH6A 1MEIA 3QJAA 4IX0A 3TV8A 3W1UA 1JUBA 5F2GA 4Y6GA 4UFJA 1PCKA 3TR2A 3W85A 4YL2A 3GR8A 2ZZ7A 1F6KA 1AK5A 1SZEA 3NOEA 4AF0A 3BV4A 4PTNA 4TMCA 1DQWA 3B8DA 3P82A 5DN1A 1QPQA 4ZQPA 3NNTA 1LOLA 1GVQA 2A1YA 3W1TA 3NM1A 3L5AA 3NDOA 1TPEA 3ZWTA 1VLIA 3U8GA 3DH7A 4DO5A 3PB0A 1I2QA 3GDRA 4FNPA 4N6FA 4Q4KA 3TFXA 1VYSX 3W83A 2J9ZA 4LS0A 3C61A 1VHNA 2Y7GA 4NX5A 1EP3A 3TJLA 5KSWA 3BW4A 4O16A 2PURA 1P5BA 2C0AA 4FIRA 1F05A 4S1FA 1GYNA 4JTJA 2C6QA 1NF7A 3I7SA 3N73A 4LU0A 4OHQA 3KFTA 2DJXA 1L6YA 3W7EA 4AMAA 4FEZA 3LHTA 3LCLA 1QOPA 1RVGA 3ELFA 2ZA3A 2WKJA 5K9CA 5D2WA 4LV9A 3HG2A 3L0KA 5DY3A 4O1AA 2QCHA 3QQ0A 3UNDA 1J5TA 3PG9A 2RDWA 1EIXA 5F2IA 3LI0A 4UMAA 5FF0A 3R89A 3B0VC 3INPA 3E0IA 1XUZA 2ZBTA 3O6YX 1W5OA 2A7PA 4Z08A 1G7VA 5DXXA 3MBDA 2QCLA 3LI1A 3G22A 3LCXA 4WOZA 1GPWA 2RKXA 3DXIA 3TMQA 4R34A 4OWGA 3T7VA 1E51A 2GQ9A 3GIYA 4OBTA 4IMEA 2O7QA 3DKJA 4OU1A 3C52A 1ONRA 4HKPA 1FCVA 1WOAA 3M43A 5SWUA 3E02A 4MZ1A 3UY8A 4FX7A 4PC8A 4PEKA 2A0NA 3C2EA 3I68A 5KZMA 4UTKA 3RLUA 3TNOA 4RK8A 5CKSA 5BW6A 2TPSA 5HR6A 4DF0A 2B7PA 2CZ5A 4HNVA 1VHCA 3SZ8A 1YXYA 5TBOA 1S3HA 3M5VA 4LT9A 1NFBA 3D0CA 4RXFA 2HS8A 1PS9A 1OK4A 3JRKA 3A9IA 4RLIA 3W87A 4JTSA 4FNRA 3W7IA 4AWSA 1DORA 3PM6A 1FWTA 4UFLA 3BO9A 4GUJA 2G97A 3MHUA 2WSQA 4JTHA 3KVJA 1IIGA 1H61A 4CCDA 2Y89A 1TTPA 3EX1A 3WJXA 3H53A 4AB4A 2A7NA 5HUOA 1G4EA 3P74A 3QM3A 4RV8A 1PV8A 4A22A 3NL6A 3SSJA 3LRLA 4RZ5A 4MY1A 5A5WA 1R2SA 2E6DA 3STEA 2F84A 3FFSA 2DZPA 3QMRA 4IOTA 4JTEA 4J9JA 4DQWA 2NV1A 1P1XA 3EWZA 3QZEA 1Z44A 4L4MA 3CIXA 2VEMA 3Q94A 1EX5A 1SO4A 4DBEA 1FUYA 3O05A 3S42A 1O5KA 3LTPA 5F1UA 2FB2A 4OE7A 3CM4A 2CLIA 2R91A 2A21A 2I1OA 3NQVA 4NJIA 4Z1CA 4JNMA 1IGSA 3QPYA 3PBYA 4IWWA 3A5VA 1H7RA 2NXGA 5DY2A 2NUXA 3O07A 3Q37A 1GEQA 1X1OA 1KFCA 2FTPA 1Q3NA 2H3DA 5E93A 3UPWA 3LRMA 3GDMA 4JXCA 4CNOA 4QIUA 4QSHA 3QEZA 3NQAA 2ZFAA 3MYPA 4FO4A 1GWJA 4E2DA 2QKFA 3NR0A 2QJGA 2YR1A 3EKZA 3W2UA 5FEXA 3NYZA 1VCFA 4ZQMA 5J5RA 4H3DA 3GZ3A 5CZJA 2QDHA 4ADUA 3P80A 4DO6A 3GK0A 2VFEA 3OA3A 2EF9A 4TO8A 2CWNA 2E5CA 2WPBA 3LOTA 2GQAA 4E2BA 4WX2A 2ALDA 3TC6A 1SZGA 1F7BA 4WY0B 3L5MA 1QPOA 3LBMA 3W1AA 3C2FA 3RNDA 2GOUA 3FJLA 5BMWA 2QCFA 2V2HA 4LC8A 3TSDA 4TU1A 2PRLA 4IPIA 4MLJA 1R47A 3CB8A 4FX6M 4UTJA 4FXRA 4PH6A 5AC7A 3C8FA 3TIMA 1TO3A 1EUNA 5KMYA 5HWNA 2PCQA 4MFDA 3W75A 4ADTA 1TCDA 3HGJA 3OG3A 1KM6A 2E6YA 3LGEA 2XFWA 4ZVJA 1PVNA 3EKLA 1OFBA 2E5DA 4XTIA 2EGZA 1HG3A 1OYBA 1RQBA 2Y7FA 3L66A 5KINA 1FQ0A 3KRSA 4YCPA 4Z1DA 5AYZA 3O1NA 4UXDA 1G4PA 1CI1A 3M5ZA 1OF6A 4BWLA 5F2LA 1RD5A 4MFEA 1DVJA 4HPJA 4O54A 3W9ZA 1CW2A 3OEXA 2A85A 4IXHA 4FB7A 2WV8A 1LCOA 3IRDA 4EWND 2E09A 4R7JA 1EPXA 4PODA 1FXQA 3LXCA 4BFAA 4N6EA 3T4CA 3USBA 5D2YA 3PF3A 3PUEA 5LNVA 4JTUA 4OV4A 1BEUA 3MI2A 1KBJA 2I9EA 2FPVA 2CZFA 4Y9AA 1FWNA 3SI9A 3FA5A 3Q58A 4NJGA 1XXXA 3NG3A 5AOUA 2JKAA 4RZ6A 3R8RA 4NJHA 3SIZA 1TB3A 3PUDA 3PULA 4O15A 5HJLA 3E49A 3HG5A 4IQLA 2QCEA 5T26A 4RCXA 4H4IA 4KKXA 2ZCGA 3HOJA 3STGA 4CNNA 1TRDA 3W23A 1C8VA 1MSSA 1GZGA 2C14A 4MKNA 5K9XA 3UYCA 1TPVA 3FEMA 5G2HA 3MBFA 3NQFA 2Q8ZA 3AO0A 1H5YA 5AHMA 4Y96A 5FEWA 4KFPA 1T99A 2E6AA 3LTSA 2V2DA 3HIJA 4JTFA 2Y88A 5C55A 1GYLA 2QCNA 2ZRXA 1YTKA 2GVJA 1EP2A 2ZA2A 4X9SA 4XZ9A 1J4EA 4WD0A 1W5PA 3SECA 4LUIA 3ABRA 1GTHA 1TPUA 5LGXA 1H1YA 3BK0A 3ATZA 1IXPA 3W70A 2YXGA 4GXMA 3UQNA 1TQJA 1SU5A 1Q6LA 2NV2A 3DBPA 4NNAA 4RZ4A 6TIMA 2VEIA 4R33A 4X2RA 1TV8A 1FWWA 2GVGA 3EWWA 1XDMA 1DKWA 4ALDA 1SO3A 3S1WA 4FHAA 2BSLA 2NLIA 5HUPA 5FI8A 3KVMA 2A6NA 1L6WA 1WAUA 3DFNA 1QO5A 5AN7A 1FWSA 3LXBA 1TPDA 3C0JA 4MJMA 1JQXA 4JDYA 1UASA 2FDSA 1K03A 2C13A 1SO5A 3LLFA 1LZOA 1TJRA 1SPQA 3QSRA 1A5CA 4ONVA 3EX3A 1TV5A 4FXSA 4JTLA 1TPFA 1O95A 3EXTA 4M5PA 3N9RA 5KTLA 4JYEA 1YPFA 4UCGA 3W71A 2FQIA 4A21A 1L6SA 2C19A 4EF9A 3LBCA 4K8HA 5D2XA 3NO5A 1KM2A 4JTTA 3G1YA 3P5ZA 3V1PA 1KTNA 1YXCA 1I2PA 3B0PA 1H7NA 5CPLA 4UIOA 1FBAA 3CQ0A 1THFD 3S6DA 1OX6A 3B06A 3FIGA 1W56A 5BMXA 3WJYA 4O13A 3EWBX 3ANYA 1TIMA 3NPUA 3GXNA 3M0ZA 3MI6A 1QR7A 4HSNA 5AHIA 2YYTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PHQ A;  1UD2 A;  1POK A;  1K8Z A;  2BLE A;  4MZY A;  4JFT A;  1JNE A;  3GXP A;  4W7V A;  4QJ5 B;  1QFE A;  5TF0 A;  3GG8 A;  3K5X A;  3NXL A;  3RMJ A;  1XUU A;  5LHE A;  2LLE A;  3MI3 A;  1FKW A;  2J66 A;  4JY8 A;  2RDT A;  5I3K A;  4S3B A;  3TW7 A;  4Q4M A;  4MIM A;  1EL3 A;  5DF0 A;  4HK7 A;  4OV9 A;  2QVH A;  3NL3 A;  4I9A A;  5KEZ A;  4NSB A;  2IUZ A;  3O63 A;  4KFO A;  3DER A;  3AFB A;  3U2O A;  1EO7 A;  1KM3 A;  3B8U A;  5LNU A;  4MAD A;  4QG6 A;  1XLF A;  3EDF A;  3AIC A;  3ZO9 A;  2DJL A;  1Q13 A;  4JIH A;  2DFA A;  3NM3 A;  4WKH A;  4C60 A;  3VUP A;  1EF2 A;  4XWU A;  2XFF A;  2GK1 A;  3KVL A;  3CAK A;  3FAW A;  3ERP A;  5CLW A;  1AH0 A;  4XKY B;  1PKN A;  3F03 K;  1MFU A;  3BWW A;  3BZG A;  4C6N A;  5MKG A;  2MUC A;  3SRD A;  1KGX A;  1D7K A;  2ATS A;  1VGA A;  3RLH A;  1XBY A;  2VGF A;  5AYY A;  3VKK A;  1JUL A;  1DWG M;  1KTC A;  3G3D A;  3LHY A;  4C6Q A;  4V1Y A;  4WKF A;  3RO8 A;  4HMD A;  3LZ3 A;  4JTG A;  1TV2 A;  3N15 A;  4Q4R A;  2GGG A;  4M80 A;  2OEL A;  1CGY A;  5HIN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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