3WQ4A

Crystal structure of beta-primeverosidase
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
475
structure length
475
Chain Sequence
SFNRTSFPDGFVFGAASSAYQFEGAAKEGGKGPNIWDTFTHEFPGKISNGSTGDVADDFYHRYKEDVKVLKFIGLDGFRMSISWARVLPRGKLSGGVNKEGIAFYNNVINDLLSKGIQPFITIFHWDLPQALEDEYGGFLSPHIVNDFRDFAELCFKEFGDRVKHWITMNEPWSYSYGGYDAGLLAPGRCSAFMAFCPKGNSGTEPYIVTHNLLLSHAAAVKLYKEKYQAYQKGQIGITLVTYWMIPYSNSKADKDAAQRALDFMYGWFIEPLSFGEYPKSMRRLVGKRLPRFTKEQAMLVKGSFDFLGLNYYIANYVLNVPTSNSVNLSYTTDSLSNQTAFRNGVAIGRPTGVPAFFMYPKGLKDLLVYTKEKYNDPVIYITENGMGDNNNVTTEEGIKDPQRVYFYNQHLLSLKNAIAAGVKVKGYFTWAFLDNFEWLSGYTQRFGIVYVDFKDGLKRYPKHSALWFKKFLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of beta-primeverosidase in complex with disaccharide amidine inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-primeverosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Camellia sinensis
total genus 188
structure length 475
sequence length 475
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.149: Beta-primeverosidase.
pdb deposition date 2014-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wq4A00
1KR0A 2EQDA 1D3CA 4U5KA 3ZR5A 2MANA 4PMYA 1HVQA 2DQXA 3VIOA 5ABHA 1CLXA 2WSPA 4IISA 4DWSD 2XIBA 4W89A 3ARVA 1DWIM 2J25A 3ZIZA 2BY0A 3OLEA 4JL1A 2DSZA 4X0NA 1JYNA 1LL6A 1KGXA 1JF6A 3CZJA 1KB3A 4WJXA 2W5FA 4UFHA 5CGTA 2PB1A 1HJXA 1B0IA 2VZVA 3AMCA 1VJSA 3AZTA 3NJ3A 5GQBA 1PBGA 3KL0A 2AOSA 3EBVA 4UZSA 3AJ7A 2Y2WA 3AHVA 3AIWA 5HNNA 2WMIB 3N1AA 3WDRA 4U2ZA 1PEZA 1QNOA 3OLDA 3EDKA 3QOMA 5CPQA 5IXEA 1V6UA 3BAYA 2DT2A 1V3HA 1GQKA 3KWXA 1E4NA 1KFWA 4P8UA 1MW3A 2OYLA 2GJXA 3WQVA 1C91A 4QCEA 3T09A 1YHTA 3IJ9A 4CN1A 1BHGA 1EXPA 5I6SA 3LPOA 2J8FA 3WD4A 2UY5A 3T2OA 2D20A 4TTGA 1W1PA 3A3HA 2F61A 1LF1A 1CXLA 3N9KA 2J47A 2GDUA 8CGTA 2XGIA 3WMSA 2WSKA 1Y7VA 2J7BA 1B9ZA 2YLLA 2DEPA 3ARQA 1QPKA 1XH1A 3AZSA 3WH6A 4TUFA 3SURA 3UR8A 3VD9A 2Y4SA 1UD8A 2WZHA 2W91A 4HOWA 3W4RA 1E56A 1AQ0A 2CHOA 1E70M 4GQRA 5A6SA 5DMYA 1MWOA 1W1YA 2YDQA 3W81A 5A6MA 1BYAA 1E9LA 3GH4A 4D72A 2V3GA 4AZCB 1HN1A 4CU8A 4E8CA 4GZJA 4Z2GA 1E0WA 2XM2A 2OSWA 2WHMA 3VIPA 1G01A 1E73M 3WL0A 2E9LA 5A8PA 3ARRA 5A6BD 4PMRA 1UR2A 3MUZ1 1QW9A 3AI0A 2X8RA 1VENA 4UQDA 1UWSA 2ZUTA 1BTCA 4Z2LA 3EYPA 3VM7A 2ZOXA 3VMOA 1CIUA 1UKSA 4RE3A 4JIEA 3T2PA 4DUXA 1I1WA 3VIMA 4MADA 1CLVA 3VO0A 1UD5A 1R85A 2NT0A 1EO7A 5EBAA 3CUHA 4H04A 4AD3A 2XVNA 1V6XA 3WF0A 5E09A 4PUEA 2WAGA 3VGDA 4BQ5A 1UH4A 1GORA 4HU0A 3WDIA 3RO8A 3VX0A 1Q6CA 4MB1A 3RPMA 4H8VA 1I75A 3BMWA 1VEMA 2PWFA 2WHLA 2BVTA 4IPNB 3SCWA 3ZJ6A 1UHVA 1E6PA 2W92A 1NWRA 1B3YA 1M04A 2WCSA 1W9XA 4GI8A 1E15A 3AIEA 4RE2A 3AIVA 2CNCA 2WB5A 1ECEA 1GOOA 5IHRA 3NCOA 3L4VA 3N17A 3SUTA 4QCFA 1NARA 4P8WA 5HXMA 1BLIA 3CLWA 3HN3A 3OZPA 1GQIA 3GDBA 3WFLA 3UCQA 1ISWA 2YA2A 4CKQA 3UETA 3WDJA 3UESA 3W6MA 3ZJ7A 4B9ZA 2QF8A 1VF8A 1KQZA 2W63A 4J7RA 5A8MA 4WKAA 3PTKA 2G3NA 4JKKA 2VVSA 3LPGA 3VGHA 4D6HA 1XC6A 1NOUA 4AZ7A 1R7OA 1GHSA 1SFSA 4QLJA 1XSIA 2J75A 3DHUA 4UOJA 1A47A 1NWSA 3SEPA 3VINA 2VNCA 1GNXA 3AMLA 3KE0A 1BGGA 1SR0A 3MMDA 5C8BB 4DWSC 1CTNA 3BAJA 3VGGA 1UZ1A 4OIFA 3CPUA 1QBBA 3VD5A 5E0FA 2JF7A 1JFXA 2E40A 2G3IA 3WD2A 2JIEA 4W8LA 1GPFA 4GQQA 1E3ZA 1G94A 3ARUA 4MPKA 3O9NA 1EOMA 3OGVA 1ZBCA 3U5UA 3AIUA 2A3BA 3CUFA 1W3JA 3QGVA 4HPGA 1GONA 4OUEA 3VIHA 1KGUA 3WNOA 1KWKA 2ZUMA 1VJZA 1CXHA 4W5UA 3GTNA 3GBEA 2VRQA 4UOQA 1JI1A 4ZFMA 2VQUA 5D8ZA 4OBRA 1XHGA 4AIEA 1HJUA 2XM1A 1MYRA 4N42A 5JBEA 1PIGA 1TFVA 3WH5A 4ZE4A 3RM9A 4JCLA 2NW0A 4AYSA 3SUUA 4NF7A 1HKJA 3BSHA 4MB4A 4A3YA 1K9TA 4W7UA 3AS1A 1P6WA 4FMVA 5A6AA 1V0KA 1HJQA 4YPJA 2ZE0A 4AC1X 5A3HA 1UUQA 2ZICA 4GZIA 4WLCA 3T2QA 2GJPA 3SIMA 2WMIA 1J10A 1E6XM 3LPFA 1MQQA 3AS0A 3OA5A 4BS0A 3WUGA 3WH7A 2PF0A 3FAXA 4X0VA 3A4WA 1RPKA 5CXPA 4UCFA 3HMCA 3CHCA 2CESA 1OT2A 5FCZA 3M07A 4BA0A 1UQZA 1JAEA 4JFTA 2EJ1A 2O92A 3TA9A 1HP5A 3FHQA 1EDQA 5A2CA 3I3BA 3BAXA 3RM8A 2BY3A 5A94A 1E0XA 4PTWA 2XFYA 3AYSA 3T0DA 2WMKA 1CDGA 2B31A 2V3FA 2X2YA 3WDPP 5D9OA 5TD4A 1QHPA 1XD1A 2OLHA 3TTQA 2FGZA 2IUZA 1MW1A 3POHA 4JHZA 1F4AA 3W28A 1UG6A 1WE5A 3VOCA 1HT6A 1W2VA 1BYBA 4PTMA 2VVNA 1CNVA 3ARYA 3W53A 2YDRA 3IJ7A 4PN2A 3RJXA 2V5DA 1KBKA 1HP4A 3N18A 1H11A 2ZXQA 1UA3A 3KL5A 1JZ2A 4K68A 3K8LA 1ZJAA 2BVYA 3PZGA 3VU2A 3VTRA 2EO7A 2IXVA 1M03A 2A3EA 1GOIA 3NUKA 4E8DA 3W37A 5E70A 2DT0A 2CKSA 1JIBA 3PZOA 1H2JA 4GI6A 3AMDA 3AISA 1TR1A 2VJXA 4U3AA 2JF6A 1PJ9A 4DM2A 1E6SM 2XGBA 2VC9A 1JNDA 1D2KA 5GNZA 2G4FA 1JD9A 1K6AA 1VRXA 5A1AA 3PZMA 4QDMA 1LLOA 2ZUWA 3RJYA 4HTYA 3VIKA 3NIYA 3LPPA 1HL9A 3EMQA 5BXRA 1N82A 4D6IA 3F5JA 1GOWA 3GXIA 1LG2A 5KEZA 5E6ZA 5M03A 1C8XA 1NOFA 2VUYA 2WBGA 2CBJA 4KRUA 3WL1A 1CXIA 4URIA 2GVYA 1XYZA 3TTSA 3TONA 3CZLA 5LA2A 3OBAA 4CN6A 4AD4A 5CGMA 4PCTA 3PZQA 3MV01 1UR1A 2XVPA 2WK2A 5CQ1A 3SCUA 4MNLA 3U7VA 1EQCA 5FL0A 3VGBA 4HU8A 1JZ3A 2YOCA 3GXFA 1RH9A 4YHEA 1H3GA 1V08A 3AOFA 4PMQA 5JUVA 4F66A 4MNJA 3WELA 2WPGA 1UR9A 1LWJA 1WZLA 3TP4A 1AQHA 2BHZA 2YL5A 1W9BM 4IUGA 5FIPA 1AVAA 4KH2A 2YA0A 3ZSSA 3L4TA 1FHLA 4JL2A 1C3FA 1C7TA 2FGLA 2D0HA 4QFUA 1B2YA 1E4LA 2EPLX 1GQJA 2ZUNA 2BVDA 5D9NA 5BCAA 1WDSA 1EDTA 1V3KA 3HJEA 1W9UA 4W5ZA 2CBIA 1GZJA 1DP0A 4PEEA 2WZIA 4W93A 3A6OA 2XUCA 4F9DA 5BRQA 2J7DA 4M80A 4H7VA 1R8LA 3WF1A 2E3ZA 2DH3A 1UR0A 3CHEA 2G3JA 3CMJA 1W1VA 3W38A 4PMNA 3EDFA 1TG7A 2Z1KA 2WVUA 1SMDA 2VURA 1CGUA 1O7AA 1BVNP 1M53A 2CPUA 2XSAA 4MTVA 3AICA 3FY1A 1OSEA 1J0IA 3GZAA 2CXGA 3PZTA 4M24A 2G3MA 3ZJKA 1KGWA 1Q6EA 1CZ1A 1JDCA 1GOKA 2ZIDA 5A69A 1E72M 1XCXA 1WNOA 4PCSA 2Y5EA 2E4TA 3SUSA 1US2A 4PMZA 1GOMA 1R86A 2JE8A 3JUGA 1AMYA 1ITCA 2WLYA 2G41A 3VILA 2VMFA 3W26A 2XWDA 3WF3A 7A3HA 5BXSA 3K8KA 1Q6FA 3N15A 3CBWA 3VX1A 1W9PA 5F7UA 3WQ8A 5AC4A 1XGZA 3RDKA 1FOBA 1XSKA 5I3DA 2XFRA 3PZUA 3ZT5A 2E9MA 3PZ9A 1SYTA 4HA4A 4X9YA 3MSGA 1DWGM 2Y24A 4UNIA 4LXFA 4S3JA 4HMCA 3M7SA 6CGTA 1GUVA 2XFFA 3G6LA 2BHYA 2NT1A 1E6QM 4KGLA 1GW1A 5I79A 3QHOA 1WPCA 1FH7A 4CCDA 1JZ8A 2ZXAA 2QV4A 1MFUA 3MMUA 3BXWA 5BRPA 2BS9A 3WEMA 4YN5A 5IFTA 1X1NA 2JEQA 3PTQA 4CGTA 1PX4A 3FNDA 4U5IA 4MB5A 1C90A 1ISXA 1W2PA 1QW8A 1EQPA 4CN4A 1ODZA 2BNJA 1Q6DA 5AYBA 3WBAA 2ZWZA 1KCKA 3AXXA 4HZ7A 2J62A 4BQ2A 2VZTA 3AS3A 3B8SA 1QOXA 1K9FA 2D3LA 4B16A 1JFHA 3AHXA 3GM8A 1UKQA 1VFFA 3WF4A 5FOOA 1H1NA 4QAWA 2J74A 1WZMA 2A3HA 3W25A 4KGJA 4AZHA 1S46A 1J0JA 1VEPA 5JBFA 3CZGA 4U31A 5JIPA 3KL3A 5A8QA 1WB0A 1TVNA 4OOUA 1CXFA 3ZOAA 2X09A 1WP6A 3CZEA 1F4HA 3FHAA 4PRWA 2OWWA 2ZUSA 3AROA 2J4GA 1BYDA 1J11A 4PMXA 3U7BA 4UFLA 2UY2A 3J7HA 4MB3A 1KR1A 2E8ZA 1Z32X 3KEHA 1XYFA 3SCQA 4WF7A 2QPSA 3VIJA 2HVMA 4JAWA 3BAWA 1JI2A 4LQ1A 5C71A 4V27A 2JEPA 1UA7A 1WKYA 3I3DA 1XH0A 4AD0A 2W4XA 5CPTA 5A2BA 2ZXBA 2WXDM 4FLSA 1EHNA 1JL8A 1UR8A 2JIWA 4AY1A 3ECQA 4D6DA 3VPLA 1WO2A 3DYOA 3IJ8A 1E1EA 3IAQA 2OSXA 3T08A 1UKPA 3MO4A 1ITXA 1QNQA 5EB8A 1V0MA 3BAKA 3CZ8A 4P8VA 4BQ3A 2WBKA 2WMHA 2OYKA 1V6YA 3NDZA 2TAAA 4M1RA 2Q8XA 4AW7A 4JFWA 1JDDA 4UQBA 1PAMA 2GJRA 4Y7EA 1L0PA 1UR4A 4P7OA 1TCMA 4R5EA 4OOZA 4MJ4A 4F8XA 5ABEA 2D0GA 1QI2A 1MXGA 4Z2KA 4AZ6A 4FLOA 5BWFA 1HKMA 1PZ3A 4HA3A 4C7GA 4D6FA 4NRSA 4TOQA 1H5VA 4M8UA 1IV8A 1XRVA 4GI9A 1G9HA 4EAMA 5CLTA 3WQ6A 2YL9A 3PTMA 2BV9A 2PBGA 2EPOA 1U2YA 3GNOA 5JIWA 2VCCA 4AIOA 2DPEA 1OIMA 1BG9A 2D2OA 2J7EA 2V3EA 3B9EA 1CXKA 1DTUA 5AC5A 3PN8A 1LWHA 5LA1A 4JHOA 3O2LA 1E5JA 1UD4A 1VIWA 1WAWA 2A3CA 1V3IA 1JG9A 1NP0A 3MS8A 3AIBA 4PMDA 5CJ5A 4UFIA 4DUWA 1VFUA 5I77A 1QNRA 5DO8A 3UEQA 4QLLA 1CXEA 1BYCA 4BCEA 3B9DA 1J0ZA 2YL6A 1V02E 3WENA 4B9YA 1UQYA 1ISZA 4AXNA 1CEOA 1HXJA 3AMGA 4UQ9A 3WNMA 1BF2A 2PWGA 2VRJA 4IPLA 4P7LA 1W9VA 4LYQA 3ZSTA 1JAKA 1GHRA 2WHJA 5CPSA 4ZENA 1QI4A 1W9DM 2A3AA 2FHBA 2YA1A 4CU7A 2CCRA 1CPUA 2WW5A 3GXMA 3VNZA 4DUVA 3VD3A 1B3ZA 3GH5A 3L4UA 1GJWA 2WMFA 3IAPA 2DSVA 1V3LA 4A3HA 2UY4A 1NWUA 3NSNA 3VIFA 4H41A 2CBVA 1ZBVA 3SCSA 4ATDA 4WKHA 4WSKA 3SCNA 3AS2A 2J7HA 2RGLA 4Z2HA 1UD2A 1TVPA 4M29A 1B3XA 4J3UA 3PBGA 1VFMA 3WD1A 4GIAA 1ZBKA 3CHFA 2ZWYA 5LA0A 5CG0A 3RIKA 3NYDA 3FXYA 4JFUA 5HBFA 3MMWA 1CGYA 4M81A 5BYWA 2ZX5A 4ZXOA 1MVYA 1BGAA 2BXZA 3GNPA 4S3KA 2W62A 1H0GA 3BH4A 3L4YA 1MW0A 2EBNA 2J78A 3K8MA 3POCA 5A6BA 2DIJA 4CCEA 2FHCA 4D6EA 3S6TA 3VD4A 1UKTA 1QNSA 3UG5A 1DWJM 1BG4A 5JBDA 3WY1A 1UZ4A 2V3DA 4CD6A 1H49A 1VBUA 3QHMA 1TE1A 4B15A 2VI0A 3ARPA 4OBSA 3WDHA 3WEOA 4BZYA 2FHFA 1B31A 2OYMA 2BXYA 3SCVA 3WDQA 5FD0A 1E6ZA 1U33A 1HF6A 1MFVA 1UYQA 4HA1A 2PWHA 4LYRA 1FFQA 1GCYA 3RM4A 1KXVA 3WSUA 4AEFA 2D23A 5D9MA 4ZE5A 1VFOA 4D1JA 4XV0A 8A3HA 1I1XA 4CVUA 2RGMA 2W66A 5E9AA 5FKYA 2PWDA 3AMKA 3F5KA 4D71A 3ARXA 2CERA 4C7DA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KR0 A;  2EQD A;  1D3C A;  4U5K A;  3ZR5 A;  2MAN A;  4PMY A;  1HVQ A;  2DQX A;  3VIO A;  5ABH A;  1CLX A;  2WSP A;  4IIS A;  4DWS D;  2XIB A;  4W89 A;  3ARV A;  1DWI M;  2J25 A;  3ZIZ A;  2BY0 A;  3OLE A;  4JL1 A;  2DSZ A;  4X0N A;  1JYN A;  1LL6 A;  1KGX A;  1JF6 A;  3CZJ A;  1KB3 A;  4WJX A;  2W5F A;  4UFH A;  5CGT A;  2PB1 A;  1HJX A;  1B0I A;  2VZV A;  3AMC A;  1VJS A;  3AZT A;  3NJ3 A;  5GQB A;  1PBG A;  3KL0 A;  2AOS A;  3EBV A;  4UZS A;  3AJ7 A;  2Y2W A;  3AHV A;  3AIW A;  5HNN A;  2WMI B;  3N1A A;  3WDR A;  4U2Z A;  1PEZ A;  1QNO A;  3OLD A;  3EDK A;  3QOM A;  5CPQ A;  5IXE A;  1V6U A;  3BAY A;  2DT2 A;  1V3H A;  1GQK A;  3KWX A;  1E4N A;  1KFW A;  4P8U A;  1MW3 A;  2OYL A;  2GJX A;  3WQV A;  1C91 A;  4QCE A;  3T09 A;  1YHT A;  3IJ9 A;  4CN1 A;  1BHG A;  1EXP A;  5I6S A;  3LPO A;  2J8F A;  3WD4 A;  2UY5 A;  3T2O A;  2D20 A;  4TTG A;  1W1P A;  3A3H A;  2F61 A;  1LF1 A;  1CXL A;  3N9K A;  2J47 A;  2GDU A;  8CGT A;  2XGI A;  3WMS A;  2WSK A;  1Y7V A;  2J7B A;  1B9Z A;  2YLL A;  2DEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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