3WSU | Genus

Total Genus 119

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	300
structure length	300
Chain Sequence	GLHVQGGRLLEGNGNDFVMRGVNHAHTWYPGQTRSLADIKALGANTVRVVLSDGHRWTRNGPADVAAVIDRCKANRLICVLEVHDTTGYGEEPAAGTLDHAADYWISLMDVLAGQEDYVIVNIGNEPWGNTDPAGWTAPTIAAVKKLRAAGLAHTLMIDAPNWGQDWQGVMRADARSVYEADPTGNLLFSIHMYSVFDTAAEIDDYLEAFVDAGLPLVIGEFGGPPDQWGDPDEDTMLAAAERLRLGYLAWSWSGNTDPVLDLAIGFDPDRLSGWGQRVFHGVHGIGETSREATVFGKLA

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7751374487185134__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7751374487185134__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3WSU/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7751374487185134__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7751374487185134","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3WSU/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7751374487185134__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptomyces thermolilacinus
publication title	The loop structure of Actinomycete glycoside hydrolase family 5 mannanases governs substrate recognition pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-mannanase
total genus	119
structure length	300
sequence length	300
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-03-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3wsuA00

1M03A 1WB0A 4MB4A 1UOKA 1ISXA 3TONA 3WF2A 4P7QA 2ZUMA 2WPGA 3WBEA 1EOKA 1HJQA 2ZUSA 4MTVA 2W62A 2E40A 3SIMA 1MW3A 4J3UA 1C8XA 2BY0A 3WH9A 4B3KA 2E4TA 1OGBA 4FF5A 3QGVA 4HZ8A 1AQHA 1BYAA 3CIVA 1J0KA 2OSWA 1LF1A 1PX8A 2ZUTA 3GXMA 2EEXA 2IXUA 4GIAA 3AXHA 4XZBA 1JDDA 1H2JA 1WZAA 4E4PA 5A6SA 2DPEA 3IANA 1CXFA 3UCQA 3CTTA 3AZTA 3B9DA 3WDRA 1MXDA 2ZICA 3BMWA 3AHVA 2WVUA 1UQZA 2WAGA 4N0RA 1AMYA 5EFDA 3U7BA 1HVQA 4HA3A 1HKJA 2A3CA 2J75A 1GORA 1IV8A 4UFLA 1KB3A 2EPKX 2WYSA 4E8DA 3WDHA 2XVKA 1GQIA 4PMRA 2WVSA 5A8MA 3WNPA 4UR9A 3POHA 4F79A 1E15A 4D6JA 4MDPA 1E1EA 1HJSA 2GJRA 2JIEA 2WMFA 4LXFA 4PTMA 4UQAA 3WY1A 4R27A 4U2ZA 9CGTA 4J3XA 3ARUA 4FK9A 4EAMA 3WD1A 1EO7A 3WQ4A 2WM0A 2VVNA 1EDTA 3VGBA 1NWUA 1CPUA 1X6NA 3NJ3A 3UR7A 2WB5A 3VGDA 1UQYA 2WBKA 3CUIA 1JZ8A 2DT0A 1VJSA 1W2VA 3PTMA 1G9HA 3WL1A 1BVNP 1CYGA 2VZSA 5D4YA 1QI3A 1XV8A 5BRQA 1B3XA 3NCOA 5A8NA 4RE4A 1JXJA 1H5VA 3KZSA 4P8WA 1DEDA 2JF6A 1JYWA 5EBAA 4BQ2A 3EDJA 1NOUA 3F5KA 4WKFA 4S3JA 4OBRA 5IXEA 1FFRA 3ARTA 8CGTA 1CGYA 1GOKA 3AS1A 1XH2A 3VDCA 3THCA 1XCWA 4QLLA 4ACZB 1VJZA 1CLVA 1E55A 3ALGA 2XSBA 3UG4A 3UR8A 7CGTA 2YLLA 1K9EA 2DSVA 1NWTA 3VD9A 4C7DA 3SUVA 4E8CA 1TA3A 2WLYA 3II1A 1TCMA 4MNKA 1Q6GA 3BAJA 1HF6A 5JBEA 1V0LA 1HJXA 3SCVA 1G0CA 1G5AA 4P7NA 1XSJA 3HN3A 4UFKA 2GJXB 3EDFA 4AWEA 2DT1A 1J0HA 2YA0A 4IM4A 3B9EA 4AZ5A 3PZ9A 4D6GA 1FP8A 1U2YA 1W3LA 1IZJA 2GSJA 1VFFA 4PRWA 2YL8A 1MWOA 3G6LA 4HOZA 5JBFA 2BY2A 3W4RA 3TTQA 4PUEA 4AD2A 3L4WA 2J7EA 4AZBA 1C93A 4JIEA 2YA1A 4AIOA 2BVDA 1NOWA 1UWSA 3EBVA 5I79A 4U31A 2YJQA 4BA0A 1J11A 3EDEA 2O9OA 3NDYA 4CUCA 3VMOA 2BNJA 3J7HA 2O9PA 1ISYA 4JCLA 3PTQA 5EFFA 2ZX7A 1FP9A 1CNVA 1NWSA 5LA1A 1WE5A 1KWKA 2VX6A 5CLWA 1RP8A 3WDQA 1BFNA 1C3FA 1J18A 2W5FA 4BS0A 3K46A 1E6ZA 4AIEA 2E9BA 1UD5A 1WDQA 4CN6A 2J7CA 4P7OA 1W3KA 4EK7A 4LGXA 2WMKA 2J62A 3W81A 3DYPA 3L4YA 4Q7NA 1CGVA 4PMUA 2J77A 1OT2A 3UG3A 3BLKA 1W1PA 4M81A 5FD0A 3L2LA 1U33A 3TTYA 4V27A 3ARVA 4B16A 4OZOA 4PTVA 4J7RA 4M8UA 2FH6A 1QNPA 5D8ZA 1V02E 4KGJA 4M1RA 3QHNA 1MYRA 3N9KA 2VRKA 3LPPA 4DWSC 3CLWA 1KBBA 3WNKA 3M7SA 1E4LA 1V6VA 3I3BA 3WL0A 3BAIA 1PX4A 1V03A 2QLYA 4CN4A 1E6QM 3AI0A 5A6BD 1UR8A 5A1AA 2ZE0A 2O9RA 4W87A 2J8FA 1K9DA 3SUTA 1F4HA 2FH8A 4TXEA 3CUHA 1BYBA 3MO4A 5ECUA 1RP9A 5DFAA 1OBAA 4PTWA 3WF0A 3OZOA 1GJUA 2XFRA 2RGMA 1W9BM 4HOWA 2DT3A 5EMYA 2VQTA 5BXTA 2HISA 1AQ0A 4M80A 4UNIA 5M17A 3VU2A 2VI0A 1I1XA 1SYTA 4W86A 4URIA 3WSUA 2WVVB 4XZWA 1E4MM 4H8UA 1CIUA 1HJWA 1JFXA 4H8HA 2ZXBA 4W88A 2VZOA 5F7UA 3AMLA 3MUZ1 1E4NA 3VIGA 1W9PA 2VRQA 2D0FA 1VRXA 3RMEA 4PMOA 3AXXA 3PZMA 4DWSA 1US2A 2A3EA 1CXLA 4OBSA 5I6SA 3FAWA 1UWUA 1G01A 2CHOA 4U33A 4X0VA 5A2AA 3W26A 3WH6A 2DSKA 4CVWA 1WDSA 2JF7A 3RM9A 3ZT7A 3VM7A 4ATWA 1WNOA 3W6MA 4J3WA 2UY2A 2ZUUA 3PZOA 4NRRA 1BAGA 4UFMA 3A4AA 2XFFA 1FH8A 1H09A 2OWWA 1UR9A 1V0KA 1CXIA 3SUWA 1ITXA 1PPIA 2DT2A 2VNCA 1UWQA 2VO5A 4GI9A 1QPKA 2BVYA 3ZOAA 4OUEA 1GNXA 1J10A 4F9DA 2QHAA 3L4UA 3T0AA 3EMZA 4LX4A 4UQEA 4YN5A 1CXKA 2VR5A 3O6AA 3BCFA 3W82A 2QPSA 4PBGA 2JFEX 2JE8A 5HPCA 3N1AA 3NSXA 3GBEA 4J3TA 4PN2A 4IPLA 1US3A 3CMGA 3CZKA 5CXPA 1U30A 3WNOA 5HNNA 3UEQA 4HTYA 2WC7A 1JF6A 1HN1A 3AHXA 1XSKA 4W89A 5A6LA 2BXZA 4FMVA 4K68A 3VIKA 1W9UA 4W7VA 4HOXA 4JAWA 4V2XA 3RIKA 1KXQA 3OBAA 4HMEA 1V6UA 1E70M 4Y7EA 4J3SA 1XHGA 4R5EA 1UKPA 3RO8A 4J27A 4D6FA 4TUFA 5GNYA 4GPNA 3NYDA 1ZU8A 3A6OA 1UD6A 5KZ6A 3RDKA 1NH6A 1KXTA 2CESA 4WJXA 4JFWA 2ZX9A 3CPUA 3SCUA 1WCGA 3VIHA 3ZJ7A 1VEMA 1E6XM 2WLZA 3L2MA 4UZSA 2VQUA 4H8VA 1UKQA 5JIWA 1MW0A 2V5CA 1GVYA 2VL4A 2J4GA 5I0DA 4AD4A 2DSWA 5E9AA 2WHLA 4UFJA 2G4FA 3D3AA 2JIWA 1H4PA 4KGLA 2W92A 2WC3A 3WFZA 2WNWA 3GH7A 2E9LA 2OLHA 3WQ8A 1OIMA 2C0HA 4LQ1A 1B1YA 2VX5A 2YOCA 4FLQA 2ESCA 3VILA 1BYCA 4ZFMA 4UCFA 3W27A 4ZENA 4JFTA 4C7FA 1UH2A 5BWFA 1LG1A 2CBIA 2C8NA 2XWDA 3VINA 1FHDA 4CU8A 3GH5A 3K8LA 2B31A 3TOPA 1KBKA 1M7XA 5E6YA 1JIBA 1D2KA 2FGLA 2DSZA 3ARYA 3RJXA 3FW6A 4AZ6A 2VX4A 1B3ZA 1KGXA 1GONA 1CGXA 1EIBA 4MJ4A 1S46A 1H0GA 5ABGA 4CD4A 2V3DA 3AIWA 2EQDA 5D9MA 2VZTA 4HU8A 1UWIA 2D20A 4OJYA 1D3CA 1GUVA 4AC1X 1NARA 3WH7A 2CCRA 2YBTA 3UETA 2J78A 2YDSA 1O7AA 1EA9C 2PBGA 3O2LA 3AQUA 3FNDA 4JCMA 4PUDA 3MKKA 2RGLA 1XD0A 4N42A 3MMUA 4AZIA 4TX8A 1R8LA 4WK9A 2F61A 4MPKA 3VNYA 2DDXA 2VCCA 3ZR5A 3CZLA 5I5RA 2AAAA 4V28A 4H41A 2OSYA 3CZ8A 2YL5A 3PZNA 4Z2HA 1BQCA 2ZUWA 3GXIA 3VO0A 5A69A 3VNZA 4CD8A 3PZIA 1JAKA 2PWDA 1FOBA 1ODZA 2V3GA 1CEOA 4UQCA 4TVDA 5GNZA 5CG0A 2G3MA 4D1IA 2CERA 1H41A 2IXVA 4PMZA 3CUFA 3JUGA 5KEZA 1JGIA 2UY5A 1E0XA 3K4DA 2WK2A 1GCYA 4TVUA 1JNDA 3CO4A 2XIIA 5HDRA 5A6KA 2O9TA 3AJ7A 1KXHA 3OA5A 1ZBCA 1E3XA 4U5IA 1IZKA 3O9NA 2EPOA 2FHBA 1HT6A 2PWEA 1HKKA 1XH1A 1ZBVA 3AHZA 3WD0A 1KGWA 1E6SM 4WSJA 4A4AA 2CBVA 4W8LA 1XC6A 1QNRA 3POCA 4WLCA 1JF5A 1NP0A 2XVLA 3SCQA 1M04A 1HJVA 3KE0A 3PN8A 4U5KA 5BXPA 3W24A 4UOZA 2PB1A 4MADA 4MDOA 4H7VA 4W7WA 3PZGA 2AMGA 1DTUA 2J7DA 5GPRA 3WFLA 1DWAM 3BC9A 3WEZA 2X1IA 3FN9A 2Z1SA 2XVPA 3VD4A 5BXRA 2DH2A 3WF1A 4JZ5A 2GDUA 1R86A 3SCWA 1ZBKA 2GJXA 5I24A 3T2PA 3VOCA 3ARXA 4P7RA 4D6EA 2D22A 1UA7A 5AYIA 4HA4A 4FLRA 4HA1A 1IT0A 3BSHA 1MFUA 2CIPA 1XSIA 1BPLB 3BLPX 3T0BA 3A4WA 3ZT5A 3PZTA 1GOIA 1VFUA 2W4XA 1CGUA 1Q6EA 5E70A 2CBJA 2G3NA 4AZCA 1EDQA 2VURA 2W67A 4HZ7A 4PMXA 4LYPA 3CGTA 3W0KA 4W84A 1W32A 4WF7A 1MW1A 3VDBA 4TVCA 2WMHA 3ZSTA 5IHSA 1A3HA 1VB9A 1V6XA 1C8YA 2J47A 2GK1A 3CHEA 1UH3A 1V6YA 4B15A 1R85A 4L4OA 4AD5A 2D0GA 4W8AA 2ZX8A 3WNLA 3GTNA 3E1F1 4CCDA 1J0ZA 1PEZA 1WZMA 1HXJA 2WHMA 1OIFA 4GO9A 3QR3A 1JI2A 3VIPA 2ZUVA 3VGFA 4QAWA 3AS3A 4ATLA 3N12A 1CWYA 1KQYA 1FA2A 5C71A 1HNYA 1SFSA 1MQQA 1KXVA 5A6AA 2VZVA 4J3VA 4PMNA 3AHTA 3GNRA 3VM5A 5A6JA 3UERA 1E9LA 3AMGA 3A47A 3WQ6A 2BFGA 5AYBA 5M3WA 2Y8VA 2TAAA 3GNPA 2OYKA 3HU7A 4PSRA 4BCEA 1E0WA 2PC8A 2QMKA 1I1WA 4OOUA 3VIFA 2J79A 3FHQA 3PHAA 3EDDA 5DT5A 4MNMA 4AW7A 4U3AA 1CLXA 4MB3A 1UZ4A 3W25A 2WMGA 1SMAA 5JBDA 4MAZA 4D6IA 3GZAA 3GNOA 1VIWA 5I77A 4JFVA 4JKKA 4W5UA 2J7FA 3VD7A 2C7FA 3B9AA 1NOFA 3HJEA 1D7FA 1BLIA 3IJ9A 5AC4A 1B30A 4MB1A 1K9FA 2QF8A 2WCGA 2VT0A 3ARWA 4X9YA 2G41A 3NUKA 2PF0A 2WC4A 5CSYA 2Y8KA 5BROA 2YL6A 1W1TA 2O92A 2WZHA 1A47A 3PBGA 2EO7A 1MFVA 1PIFA 1RH9A 2WVVA 4GQQA 5CPTA 2QV4A 5ABEA 4IISA 2J7BA 1HIZA 4AIUA 1C90A 4GKLA 3L4XA 3S2CA 4MNLA 4BF7A 5CSUA 1QBBA 3OGVA 3RJYA 3LPGA 2WKLA 1BGAA 4X0NA 2J74A 3EDKA 4W5ZA 3WEMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4HP5 A;  3WQ5 A;  4ATD A;  3N11 A;  4DM2 A;  1H0I A;  5ABF A;  4PTX A;  1MQP A;  5D8W A;  2VX7 A;  6TAA A;  1C7S A;  2UY4 A;  4W85 A;  3SCT A;  1W9X A;  5GQB A;  3WQV A;  5GNX A;  4PYS A;  4PMY A;  5M03 A;  1G94 A;  5TD4 A;  3AS2 A;  3CUG A;  2D3N A;  4CD6 A;  1QHZ A;  3U57 A;  1P6W A;  3AMK A;  2BHY A;  3M46 A;  1WO2 A;  3AZS A;  3OG2 A;  4DUX A;  1JYV A;  4RL3 A;  2WAN A;  1UKS A;  1ZBW A;  1E0V A;  4FLO A;  2XM1 A;  3D5H A;  2CET A;  1QI0 A;  2J7G A;  2XM2 A;  4Z2I A;  3ZR6 A;  1UUQ A;  5I78 A;  1W2P A;  2D1Z A;  3FAX A;  3BAX A;  1Y7V A;  1MQR A;  1XRV A;  4ACY A;  2VZU A;  1GHR A;  2OYM A;  1ITC A;  5JIP A;  1J0I A;  4B9Y A;  5A6M A;  2XTK A;  3WMB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1K70 A;  2IPF A;  4L56 A;  3VYL A;  5DXX A;  2WPG A;  4WGX A;  4Q8M A;  1OYB A;  2QUL A;  8XIM A;  3TYA A;  3HPX A;  1YYA A;  4MHB A;  3URN A;  2O4Q A;  1C8X A;  4V1Y A;  5EPD A;  1PE1 A;  1EGM A;  2GQ3 A;  1AQH A;  2V0T A;  5A8G A;  3EPM A;  4IIB A;  3VKC A;  1P6C A;  5G1M A;  2EEX A;  3H53 A;  4GVG A;  2Z26 A;  1H2J A;  1OEP A;  1DQX A;  4PL2 A;  1FWG C;  5F4W A;  3IAN A;  4ZQR A;  1V51 A;  3EWB X;  3IWP A;  5DCE A;  1XLH A;  3WDR A;  2ZIC A;  3CPG A;  3BMW A;  1QR7 A;  3NM1 A;  2WAG A;  4N0R A;  1AMY A;  4HA3 A;  1S2C A;  3G3D A;  2J75 A;  4UFL A;  1KB3 A;  1TPW A;  3VZY A;  2HQA A;  4Q6J A;  2XVK A;  4PMR A;  3E96 A;  3LUT A;  1RJQ A;  3CPR A;  4UR9 A;  3MBD A;  4D6J A;  3BO9 A;  2GJR A;  2WMF A;  2ZBT A;  3LD5 A;  2X16 A;  3L0K A;  3KP1 A;  4GH3 A;  4UQA A;  1W1B 1;  3Q45 A;  4R27 A;  3SI9 A;  3ARU A;  5XIN A;  1Z89 A;  3M5V A;  3VKJ A;  4HT3 A;  1NWU A;  3UWQ A;  3A64 A;  4U4M A;  3CUI A;  4CQB A;  4H9V A;  2BB0 A;  3CV6 A;  3TLL A;  5D4Y A;  3QZE A;  2DY3 A;  5BRQ A;  4REQ B;  1B3X A; 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3WSUA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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