3WUBA

The wild type crystal structure of b-1,4-xylanase (xynas9) from streptomyces sp. 9
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
313
structure length
313
Chain Sequence
DTATLGELAEAKGRYFGSATDNPELPDTQYTQILGSEFSQITVGNTMKWQYTEPSRGRFDYTAAEEIVDLAESNGQSVRGHTLVWHNQLPSWVDDVPAGELLGVMRDHITHEVDHFKGRLIHWDVVNEAFEEDGSRRQSVFQQKIGDSYIAEAFKAARAADPDVKLYYNDYNIEGIGPKSDAVYEMVKSFKAQGIPIDGVGMQAHLIAGQVPASLQENIRRFADLGVDVALTELDIRMTLPRTAAKDAQQATDYGAVVEACLVVSRCVGITVWDYTDKYSWVPSVFPGQGAALPWDEDFAKKPAYHAIAAALN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural perspectives of an engineered beta-1,4-xylanase with enhanced thermostability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase A
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces sp.
total genus 129
structure length 313
sequence length 313
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2014-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wubA00
1JZ7A 1UKSA 1NOWA 1UYQA 1UD3A 3CIVA 3TA9A 2J47A 4HA3A 5AC4A 3M07A 3OZOA 4HP5A 3SUSA 1J0YA 4OBSA 1DWAM 2XWDA 1X6LA 3AICA 4LYRA 5BCAA 1UR2A 3WENA 4F79A 2OWXA 4UQ9A 1J9YA 4CCDA 1J0ZA 3SCOA 4GZEA 1I1XA 3LPGA 1B90A 4V2XA 1JNEA 2CBVA 3PZUA 1EOMA 1QNSA 3FAWA 3ZMRA 1CGVA 1XV8A 1EDQA 1JFXA 1G0CA 4R5EA 1KGUA 4LYPA 1WDQA 4JL1A 2WWDA 4AZHA 5D8WA 4K68A 1G94A 1GNXA 2YKKA 3ZSTA 3T2QA 4UFIA 3VNZA 2G41A 2WKGA 5I2UA 1GOOA 2ZIDA 4AC1X 3VGEA 1H09A 3WF2A 3WNNA 1GW1A 1FP9A 1TFVA 4D6EA 3U57A 4UTFA 2E40A 1OIFA 4U3AA 4PMNA 4GI9A 2XVKA 2D20A 5FL0A 4W8LA 3AZSA 2XG9A 2V5CA 2Y2WA 2WSKA 3CLWA 4WSKA 5DFAA 1KBKA 3WF3A 4AD3A 3RCNA 4RE3A 1ODUA 4B3KA 4DUVA 3WDQA 1WDPA 1BQCA 1CGWA 3TP4A 5HPOA 2JALA 1PEZA 1KBBA 3T08A 1X1NA 2O9OA 2CERA 4MB5A 4AMCA 2C7FA 4N0RA 1OCQA 1JYVA 2QMKA 3MV01 2C0HA 2VTFA 1B2YA 3AMCA 1J18A 2EBNA 4OUEA 4WK9A 1KCLA 2WWCA 1BGGA 3BLPX 3PZMA 3K8LA 2UWFA 2NT1A 3EMZA 5FOOA 5I77A 2GK1B 2V3EA 1DEDA 2E3ZA 2WVTA 1JDAA 5A8MA 1C8XA 1RP9A 4M56A 3MKKA 1K9DA 3AXIA 5IXEA 4ZXLA 1OWQA 4QLKA 1UWTA 3AIWA 2ZUVA 4AZIA 4DM2A 4B9ZA 1G01A 2VR4A 2JIWA 2OYLA 1W1YA 4XX6A 1E1EA 1V6VA 2J7CA 1GQLA 4QCFA 1V03A 1VRXA 5AY7A 1JF6A 4OJYA 3N18A 4HMDA 3ARUA 1QNOA 3MSGA 1KQZA 1SMDA 2VURA 1M03A 2DT0A 3N11A 3PZNA 2E9LA 4JFWA 4FMVA 4PUEA 1X6NA 4ATWA 3AZTA 5I0DA 2EEXA 1GVIA 2WAGA 4LX4A 1M53A 1G9HA 1ECEA 1GUVA 3W4RA 1L0PA 2WKLA 3SUVA 1PAMA 5A6AA 1QNQA 4FLQA 1LL4A 3WQ4A 1BYAA 1BVZA 2WW5A 3W27A 1UKQA 1JNDA 3T09A 2CNCA 1EDGA 2QLYA 2WHMA 1QHOA 1GOQA 2NW0A 1PBGA 3CZEA 1JZ4A 1YQ2A 3AMGA 3VGDA 5EFFA 2D24A 5I5RA 1OT1A 3PZQA 2O92A 1UKTA 2WLYA 1ZB5A 1TR1A 4RE2A 4AD4A 2GFTA 3U5UA 4D6IA 3RDKA 3NSNA 4UZSA 1V02A 3IJ8A 2VR5A 4CVUA 1R7OA 1XSIA 3VINA 2Q8XA 4D6JA 1AMYA 1JI1A 4P7QA 4PTMA 5FIPA 2J8GA 1QW9A 2WZHA 2W4XA 3GBEA 3U7BA 1YHTA 2BVDA 3WBAA 1CENA 2ZXQA 2ZWYA 1HF6A 1VB9A 4W84A 2ZUSA 5M17A 1LWHA 1J10A 1F4HA 1V0KA 5I23A 3WSUA 4AWEA 3CUJA 3VIFA 3CZKA 1CXFA 3LPFA 4P8VA 1EHNA 3RJXA 1CEOA 1WCGA 1JYNA 2BY1A 3AROA 2WMKA 4U2ZA 1XCWA 3PTMA 5CSYA 4M80A 4BCEA 1HXJA 1UOKA 2VX5A 1J12A 2DSVA 2B31A 4IPNB 2YBTA 1BHGA 1O6IA 4PN2A 2XGIA 1AVAA 4EANA 4CCCA 5CXPA 3FW6A 2VVNA 1R85A 2EQDA 2Y8VA 2GJXB 3AHTA 2YA1A 3ARSA 4P8WA 3UR7A 4WF7A 1C7SA 4YHGA 5GNZA 3A4XA 4P7RA 1OGGA 4MNLA 4HOWA 3VIOA 1V6YA 1V3HA 3B9AA 3UETA 2V3DA 1W1TA 4ACZB 1UR8A 2XPKA 5BXTA 2WBKA 5EB8A 3VUPA 5BRQA 4PMRA 1Q6EA 1ISVA 3WUBA 3SCUA 3IJ7A 1QHZA 2XFYA 3VD9A 2J74A 1HP5A 1UR1A 1U2YA 1KR0A 3EMQA 3TONA 3OLGA 1CBGA 1KXQA 1FH8A 3BAXA 5GNXA 1CPUA 2J79A 3G6MA 1U30A 3WIJA 3RPMA 2VX6A 1ESWA 5ABEA 4E2OA 2VVSA 3CHEA 2V38A 5A2CA 3HU7A 4B16A 3SCSA 1UHVA 3ZJ7A 3GH7A 2VNCA 2XSBA 1HJWA 1EDTA 3VKKA 1EGZA 4LXFA 2XUCA 3CUGA 3W24A 1E6SM 4PUDA 4P7OA 4AD1A 4UOZA 1O7AA 3VGFA 1JYWA 2DH3A 3WH9A 1RPKA 2NSXA 2ZUMA 2XSAA 5DEZA 2D0HA 3OLIA 2FDMA 3MMDA 5KEZA 2VCCA 2O9PA 1XH0A 1W3KA 1BYDA 4AEFA 2EJ1A 5I6SA 2X2YA 1E4LA 1TZ7A 4KWUA 1OSEA 2J7DA 1JDCA 1VFMA 2WYSA 4UFMA 4AD2A 4ATLA 5I24A 4JHOA 2WB5A 4M8UA 3ARXA 2BY3A 1XC6A 1VENA 2G4FA 1PPIA 4OOUA 4UQEA 2VO5A 2WHLA 3DYMA 1ZBCA 4KH2A 5E0FA 3VIPA 4E8DA 3MV11 3MUAA 3CHFA 2XFRA 1I1WA 2BXZA 1WZLA 1ZBKA 3M7SA 1ISYA 4MB4A 5D9PA 3ZIZA 4HOZA 3WF4A 2A3AA 4FF5A 3T2PA 3VOCA 1E15A 2XVLA 3II1A 4HOXA 3VDHA 4RL3A 1ZBVA 2WMFA 3F5JA 4AXNA 2ZXAA 1LL7A 1UD4A 3GXIA 4ACYA 3BCDA 2D23A 3W28A 4A3HA 4UFKA 1EH9A 4WJXA 3CUIA 4QAWA 1WB0A 2DSWA 3U7VA 1C91A 1GZJA 6A3HA 1UD5A 2WCAA 3T2OA 4MJ2A 4JCMA 3KL3A 3KL0A 1OM0A 2JEQA 4KMQA 3VTRA 4JCLA 3WKZA 1HP4A 5A6SA 1H1NA 5JBFA 1QNPA 4Z2JA 1B1YA 1VBRA 3AOFA 1DWGM 5I78A 2DH2A 5A8QA 3QGVA 3ZJ8A 1XD0A 3N9KA 4MDPA 1V3JA 5EBAA 4CN6A 3CHDA 3AHZA 2WVUA 2BHZA 2J77A 1XSJA 3VD4A 1EQPA 3T0DA 3J7HA 1LG2A 3A47A 3UR8A 3FAXA 1N82A 3BAWA 2HISA 4J3XA 5CPQA 3HMCA 4FLOA 3WD2A 3THDA 3AS1A 4BA0A 4TX8A 5JIWA 2Y4SA 3VD5A 3FHQA 2W61A 2XVGA 4UQAA 4D72A 3OGSA 4H8UA 2DSZA 2VMFA 4BQ4A 2W92A 1I75A 3ZR5A 1WZMA 4TXEA 1OGBA 3UCQA 3SIMA 3BCFA 1KXHA 3RMEA 3WDIA 1QI3A 3ARTA 3L4XA 3VM5A 1UR0A 3ZJ6A 2GVYA 2JIEA 3VX1A 2ZOXA 5BXRA 2BVTA 4AIEA 1SR0A 1E0VA 5CJ5A 1B3VA 2VX7A 5CZKA 4WKAA 3BSHA 2E8ZA 3B9DA 2OWWA 3NSMA 1GOMA 5BYWA 2G3IA 3K1DA 1H2JA 4CD4A 1WDRA 4PTVA 4DUWA 2G3JA 2QPUA 3MUZ1 2TAAA 2E8YA 4CGTA 1KB3A 1QI0A 1SMAA 3N15A 2EPNA 2F2HA 2J7GA 4PBGA 4EKJA 1MW3A 1MQQA 3T0AA 3MMUA 2WANA 5A94A 1UKOA 1B30A 1W91A 2XHYA 1XCXA 2EXOA 2PWGA 2OYKA 1OBAA 3CUFA 4J3SA 3EDDA 4U33A 2X05A 2Z1KA 4D6DA 1UKPA 2GJPA 2J7BA 3AMKA 2G3MA 4HU8A 1ZU8A 1W1PA 2AOSA 1PX4A 1LF1A 1FHLA 2PWHA 3WFLA 1H0GA 2ZE0A 2YJQA 4EE9A 1E43A 3W25A 3PZTA 1TVPA 1GOKA 2VZOA 4NZCA 4CN4A 4M81A 4TOQA 2J62A 2J75A 4ZENA 4F66A 1JDDA 1RH9A 3OG2A 4AY1A 2AMGA 4FLRA 1ISWA 3WNLA 1FH9A 3WH8A 1E0XA 4AZ6A 1TMQA 3DYPA 3NYDA 2WZEA 1MQRA 1HJVA 4OOZA 3A4WA 1KCKA 5IDIA 3VGBA 1JFHA 3OB8A 1OD0A 4IM4A 3W26A 3CZGA 1EXPA 3JUGA 4X0VA 1JGIA 1Q6DA 2ZWZA 1KWKA 1W9VA 3E1F1 4OIFA 3GNPA 2E4TA 1W9XA 4L4PA 1H41A 4TVDA 2CETA 5E9AA 4U5IA 1GCYA 3AYRA 4YPJA 1PJ9A 2BS9A 2VT0A 3NCOA 2WLZA 3ARZA 1CGYA 3ECQA 4M82A 3ALFA 4A3YA 4F9JA 5E6YA 5EFDA 5A1AA 4JFUA 1UWQA 2OSYA 3A3HA 1B3YA 1GONA 1HJSA 4W86A 1V02E 2D1ZA 1H3GA 1HIZA 1E5JA 1HKKA 4WIWA 4AZGA 3F5LA 3WUFA 4GI8A 2BV9A 3WQ5A 5BRPA 1W9DM 3AZRA 4W87A 2GDVA 3APGA 1E56A 3VPLA 4DWSD 4ZE4A 4U2YA 3SCWA 5A69A 3OGRA 1H5VA 1M7XA 4J3UA 3BMVA 1BTCA 1EO5A 2FH8A 3GNRA 4D6HA 3GXFA 1JAEA 4AEEA 3CZLA 1E6ZA 3GTNA 2PC8A 2CPUA 5DT5A 4H2CA 4M24A 2OSWA 3WEZA 3AIQA 3M6DA 1A47A 4GO9A 3WQVA 1QPKA 2X0YA 2VRQA 1JG9A 5A6KA 5CSUA 3W82A 1JAKA 3A4AA 2W5FA 3GNOA 4UQCA 3OGVA 1E3ZA 1QW8A 2YLLA 5IFPA 2V3GA 2EPMX 5I79A 4AD5A 3WNPA 2BHYA 4AIUA 3HJEA 3WF0A 1E73M 2XM2A 3ZT7A 2PWFA 2YA2A 1E6QM 1GJUA 5GNYA 2GSJA 3VU2A 1MFUA 3AMLA 3F5KA 1W2PA 4Z2KA 2VJXA 1WZAA 1GVYA 5BROA 2VZUA 1CIUA 4AW7A 4PMXA 3CO4A 2VUYA 3MSDA 1E4IA 1NOFA 2CITA 3AXXA 3AMDA 3VILA 4TVUA 4KRUA 3CH9A 4LPCA 1CGUA 1HJQA 4MADA 1BYCA 1E4NA 3A6OA 1EA9C 4PTWA 2RGLA 4W89A 1H0IA 1CXLA 1W1VA 2ZXDA 3VD3A 3WH7A 1PIFA 5A6MA 1JL8A 2DT1A 2ZUTA 1DP0A 3CMJA 1BG4A 1HL9A 1JZ2A 1UQYA 5E0CA 3ZJKA 1C3FA 1FFRA 5D4YA 2J8FA 1B3ZA 3BSGA 4XZWA 1BLIA 2F61A 1CYGA 2OYMA 1W9UA 1B0IA 3AIUA 2VCBA 5A6LA 1DWIM 4W5ZA 4QLLA 1UH2A 5M03A 1H49A 5LYRA 4PMVA 1E0WA 1CXKA 4NRSA 3NJ3A 4CD8A 1JF5A 3EDEA 4UNIA 3VIIA 4W7VA 1UR4A 4J28A 5CQ1A 1GQIA 1LQ0A 2BXYA 2WHJA 2XWEA 4PSPA 2XGBA 3ZOAA 3MUIA 3SCVA 1WPCA 2J7HA 2C8NA 3MUY1 4D1IA 3QOKA 1TCMA 3SUWA 2XTKA 4C7DA 4GZJA 4XB3A 6CGTA 2VRKA 2JEPA 3QHOA 3WQWA 3OLEA 3NSXA 1SFSA 4BQ3A 3W53A 5A8NA 1XYFA 4UFLA 4MPKA 4MDOA 3FN9A 1NWTA 1ZBWA 5CPSA 1ISZA 3SURA 3ARQA 1M04A 4DWSA 1K9EA 3BXWA 1OB0A 4UQBA 1LJYA 4YHEA 4DM1A 4GIAA 1CTNA 2ZX9A 4JKKA 5CGMA 3TOPA 4JHZA 1V3LA 1UH3A 1ODZA 2CBIA 2QV4A 3DECA 3G6LA 3O9NA 4MTVA 5D9NA 4Q7NA 2Y5EA 4QP0A 4D6GA 1KWGA 5A2AA 2PB1A 4PMZA 4ML4A 4D1JA 1XHGA 4H8VA 2J25A 3AHYA 1HJUA 2VL4A 2JF7A 1OINA 4HU0A 2X8RA 2ZX7A 3PTQA 4L4OA 3UG5A 3N13A 3WFZA 4DWSB 5BXPA 3GH5A 1R86A 4MB1A 4TTGA 2CESA 3TTQA 3VX0A 2GDUA 3WMCA 1XSKA 4PMYA 3ARVA 3EDFA 5C8BB 1HKJA 2WMIA 4UFJA 3ZM8A 2DT3A 1L8NA 1UWRA 4JFSA 1LL6A 1WAWA 3L2MA 1D2KA 2WMJA 2WNWA 1ITCA 3BLKA 3VDBA 1Z32X 3U5YA 2GJRA 8CGTA 5LA1A 1MXGA 1QI5A 3AIBA 2VX4A 1GHSA 3PZGA 1DWHM 5CG0A 3AHVA 5DMYA 3VIJA 1V6XA 1TA3A 4WLCA 3NIYA 1G1YA 2CYGA 1UUQA 3AI0A 5ECUA 4OZOA 1VJZA 1TG7A 1JZ3A 2XVNA 2JF6A 1RD6A 1CWYA 4D71A 1GOIA 2VOTA 2WMIB 3AFBA 2W66A 1OGSA 4PYSA 1V0MA 3VIHA 3GM8A 4J7RA 4C7FA 3WNOA 1KGWA 3WQ6A 3WDRA 3RILA 5JBEA 4J3WA 1RP8A 2CHOA 4HA1A 2DPEA 1IZJA 4PRWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JZ7 A;  1UKS A;  1NOW A;  1UYQ A;  1UD3 A;  3CIV A;  3TA9 A;  2J47 A;  4HA3 A;  5AC4 A;  3M07 A;  3OZO A;  4HP5 A;  3SUS A;  1J0Y A;  4OBS A;  1DWA M;  2XWD A;  1X6L A;  3AIC A;  4LYR A;  5BCA A;  1UR2 A;  3WEN A;  4F79 A;  2OWX A;  4UQ9 A;  1J9Y A;  4CCD A;  1J0Z A;  3SCO A;  4GZE A;  1I1X A;  3LPG A;  1B90 A;  4V2X A;  1JNE A;  2CBV A;  3PZU A;  1EOM A;  1QNS A;  3FAW A;  3ZMR A;  1CGV A;  1XV8 A;  1EDQ A;  1JFX A;  1G0C A;  4R5E A;  1KGU A;  4LYP A;  1WDQ A;  4JL1 A;  2WWD A;  4AZH A;  5D8W A;  4K68 A;  1G94 A;  1GNX A;  2YKK A;  3ZST A;  3T2Q A;  4UFI A;  3VNZ A;  2G41 A;  2WKG A;  5I2U A;  1GOO A;  2ZID A;  4AC1 X;  3VGE A;  1H09 A;  3WF2 A;  3WNN A;  1GW1 A;  1FP9 A;  1TFV A;  4D6E A;  3U57 A;  4UTF A;  2E40 A;  1OIF A;  4U3A A;  4PMN A;  4GI9 A;  2XVK A;  2D20 A;  5FL0 A;  4W8L A;  3AZS A;  2XG9 A;  2V5C A;  2Y2W A;  2WSK A;  3CLW A;  4WSK A;  5DFA A;  1KBK A;  3WF3 A;  4AD3 A;  3RCN A;  4RE3 A;  1ODU A;  4B3K A;  4DUV A;  3WDQ A;  1WDP A;  1BQC A;  1CGW A;  3TP4 A;  5HPO A;  2JAL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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