3ZJ6A

Crystal of raucaffricine glucosidase in complex with inhibitor
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
501
structure length
469
Chain Sequence
DATRISRSDFPADFIMGTGSSAYQIEGGARDGGRGPSIWDTFTHRRPDMIRGGTNGDVAVDSYHLYKEDVNILKNLGLDAYRFSISWSRVLPGGRLSGGVNKEGINYYNNLIDGLLANGIKPFVTLFHWDVPQALEDEYGGFLSPRIVDDFCEYAELCFWEFGDRVKHWMTLNEPWTFSVHGYATGLYAPGRGRTGNPGTEPYWVTHHLLLAHAAAVELYKNKFQRGQEGQIGISHATQWMEPWDENSASDVEAAARALDFMLGWFMEPITSGDYPKSMKKFVGSRLPKFSPEQSKMLKGSYDFVGLNYYTASYVTNASNFSYNTDIHVTYETDRNGVPIGPQSGSDWLLIYPEGIRKILVYTKKTYNVPLIYVTENGVDDVKNTNLTLSEARKDSMRLKYLQDHIFNVRQAMNDGVNVKGYFAWSLLDNFEWGEGYGVRFGIIHIDYNDNFARYPKDSAVWLMNSFHK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Rauvolfia serpentina
publication title Ligand Structures of Synthetic Deoxa-Pyranosylamines with Raucaffricine and Strictosidine Glucosidases Provide Structural Insights Into Their Binding and Inhibitory Behaviours.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RAUCAFFRICINE-O-BETA-D-GLUCOSIDASE
total genus 177
structure length 469
sequence length 501
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.1.219: Vomilenine glucosyltransferase.
pdb deposition date 2013-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3zj6A00
1J0JA 2WMKA 1TMQA 1D2KA 4CCDA 1H49A 1U2YA 1ZJBA 3BMVA 1VFUA 6A3HA 1UWSA 4HTYA 5A3HA 1RD6A 1UG6A 1VFFA 3GXIA 4FLOA 4HZ7A 4V28A 1E3XA 4J3UA 4ATDA 3G6MA 5CLTA 1G1YA 1B3ZA 2WWDA 3ZT5A 2X0HA 5E09A 3S2CA 4F66A 3ZSSA 1LG1A 1J01A 3MANA 2V5CA 4GIAA 1RPKA 4U33A 3MS8A 3GH5A 1CXLA 1XHGA 1OM0A 1ISWA 1BG9A 3AZTA 4FK9A 4HA1A 4MAVA 2D3LA 4GZEA 2EBNA 1XH2A 3KL5A 1W1YA 1W2VA 1B1YA 1UYQA 1C92A 3VIOA 2WBGA 1VENA 1JYWA 1DTUA 5JUVA 1ISVA 2WCSA 2GJXB 1GJWA 1ITCA 3IK2A 1V02A 1OD0A 3WH5A 1CXIA 4U31A 3L4ZA 2DIJA 5CLWA 1QI5A 4MJ4A 3VD3A 4W8BA 3CZ8A 4LPCA 1V3LA 2FH6A 5EMYA 3NSXA 4AD2A 3WUBA 2WK2A 2W63A 3K4DA 2J7EA 4M8UA 5HXMA 4UR9A 2DT2A 4BCEA 3L2MA 3POHA 1J18A 2JFEX 3BSHA 3SCTA 3W4RA 3WQVA 5BXRA 3EDFA 3T2PA 4U3AA 5EBAA 3M07A 3GTNA 3WFZA 3CTTA 1JZ4A 2CESA 3DECA 2J7DA 3GZAA 4RL3A 3MUAA 3WEMA 4J3SA 2NT1A 3SCSA 1UQZA 1PIFA 4MB3A 1QW9A 1ECEA 3T2OA 5AC4A 2ZXAA 4GI9A 4MJ2A 1W1PA 3SCVA 3ARXA 4NRRA 1EDQA 2A3HA 3AYRA 5CJ5A 2VMFA 1CDGA 1W1TA 3VIFA 1BYAA 3A4XA 1HL9A 2BHYA 4C7GA 1PX3A 4PMUA 2BVDA 4JFSA 2NT0A 4X0NA 5AYIA 3AIQA 1FFRA 3PZVA 2RGLA 5BXPA 4DUVA 1OD8A 2J77A 4WLCA 1V3KA 2GJXA 2GSJA 2G41A 3O2LA 3PTMA 4FLRA 2E8ZA 5AYBA 1HVXA 5BYWA 3NIYA 4FF5A 2E40A 2TAAA 1AQMA 2BY3A 4MTVA 3VDAA 1C93A 4AZIA 1UKQA 1KB3A 3WDPP 1NP0A 5I5RA 1IV8A 4GI8A 4P7QA 3VGBA 4D6GA 2XWEA 1GPFA 3W82A 1BPLB 3VIPA 3FY1A 2BHUA 4Z2IA 5C8BB 1R7OA 2WMFA 3MMUA 3K4AA 3BSGA 2EEXA 4Z2JA 4LYPA 5JBEA 2Y8KA 1C90A 1PX4A 1UA7A 3IAPA 1L0PA 1SYTA 3ZOAA 5DT7A 3AQUA 5A6MA 5FKYA 4QAWA 4D6CA 5JBDA 4UTFA 4PMYA 4GQQA 2A3AA 4CU7A 1RH9A 2WNWA 4GZIA 2UWFA 3AOFA 3K46A 4D1JA 1VFMA 5A6KA 1HJVA 1E9LA 2OLHA 3EMQA 4Z2LA 1LWJA 2FGZA 4TUFA 3A4WA 4LX4A 3VGFA 3AXHA 2CEQA 2XGIA 4WSJA 1KR1A 3QOKA 4J3VA 1EGZA 1X6LA 1JI1A 3PN8A 3QHOA 4AWEA 1XSIA 4H04A 3AMGA 1FOBA 2ZUWA 3AS1A 3I3DA 1UWTA 3GBDA 1UR4A 1NM9A 1LQ0A 4L4OA 5BRPA 2DSKA 3FN9A 2Y2WA 3ARQA 4GO9A 3VMPA 1DWGM 1KXVA 4TVDA 2GK1B 3W38A 1UR1A 2CXGA 2WVVB 1WKYA 3CUJA 2XPKA 1VBRA 1KGXA 1E6SM 4XX6A 4AZGA 3OLDA 2CERA 1BQCA 5HPOA 2J8GA 3UR7A 1K9FA 3CIVA 1NARA 1ZBCA 3L4XA 4WJXA 1KGWA 2ZUMA 3WF2A 1GW1A 4KGLA 1GNXA 2J4GA 4CN6A 4XZWA 1XYFA 4W5UA 2V3FA 1JF5A 1E6NA 1B30A 3UG3A 4EKJA 3ARPA 3VILA 4ATLA 2DSZA 1S46A 2WZIA 1J0YA 4AIEA 3WH7A 2WPGA 4W5ZA 4WKHA 2FGLA 4U5KA 3GXMA 3SIMA 2JIWA 2XIIA 3WF0A 3W24A 2ZICA 3CUHA 4J28A 1QNSA 1V6YA 1R87A 2CYGA 3VUPA 2YL6A 1WNOA 1OBAA 1UOKA 3TONA 1UWQA 1JZ8A 1HJXA 3AXIA 4ZEPA 1GJUA 3N04A 3RPMA 1OINA 2WM0A 2J7FA 2J7GA 1H1NA 2OYLA 3CZJA 5LYRA 3VNYA 3N11A 3WELA 4M80A 2GK1A 1KGUA 4M82A 2XUCA 3QR3A 5EFDA 2QV4A 2WSPA 3VNZA 3NDYA 3CH9A 3WL1A 3GH7A 1UA3A 3SCOA 1E5JA 2DT1A 3WH8A 2CNCA 4OUEA 2HISA 1M01A 4AZCB 2JALA 1MWOA 3PZIA 1WP6A 1H3GA 3O9NA 3ZT6A 3VDBA 2GDVA 3ZR6A 1E4MM 3B8SA 5I78A 4EANA 1J11A 3N17A 5A2AA 1WDRA 3CHFA 4GPNA 2QPSA 4PMOA 3VD4A 1UD6A 4PCTA 1JD9A 1V02E 3WUFA 4KWUA 1XYZA 2YOCA 3T2QA 2W62A 3CHDA 2CHNA 1UWIA 4PMXA 4B3KA 4H8VA 4P8VA 4PTMA 3FAWA 1V3MA 3WMSA 2ZXBA 2HVMA 1MXGA 4BQ5A 4BQ4A 1NWRA 3RO8A 3UEQA 4RE4A 5A94A 1EO7A 5D9MA 2WLZA 1GHRA 1CZ1A 4N42A 4CKQA 2O9PA 2VCBA 1ZBVA 1CGXA 1RP9A 4P7RA 4PTXA 4HU8A 4GKLA 3E1F1 1ITXA 2VX7A 1GOMA 1NWTA 2ZX9A 1MW3A 7CGTA 1FFQA 3RIKA 3FHAA 1UWUA 1GVIA 4DWSB 1UQYA 2CKSA 5FL0A 3VD5A 1BYDA 1JFHA 4OOUA 4UNIA 1DHKA 2VR4A 8A3HA 1A3HA 2YJQA 5A8NA 5C71A 2VRKA 1GQLA 3CMGA 3TA9A 1N82A 1GOKA 1HF6A 4OIFA 2D24A 1G5AA 2ZX7A 2VT0A 3CUFA 2J78A 3VVGA 3PZTA 5I77A 1HIZA 1US2A 5FOOA 1C3FA 1M7XA 4CD5A 4PUEA 1JNDA 4E8CA 4HOZA 4MNLA 1JDCA 3K8LA 4PEEA 1HNYA 4B3LA 4DM2A 4W8LA 3KWXA 1JXJA 3U5YA 4JFUA 4MAZA 1E72M 1MFUA 3N1AA 3IJ8A 3MKKA 3BH4A 1FH8A 2PC8A 4ZXLA 4BQ2A 2D20A 4WK9A 1UD3A 5HDRA 1OCQA 1VIWA 2A3CA 2Q8XA 1QNQA 3AROA 2VUYA 3BCFA 2YA2A 4URIA 2Y24A 1BYCA 2ESCA 3T0DA 2DT0A 2GVYA 4MNMA 4CGTA 3F5JA 5A1AA 3SUUA 5ABEA 2VJXA 4PMZA 4IPNB 2VQTA 4CCCA 1LL7A 1HJUA 4P7LA 5BWFA 2XTKA 1E15A 3J7HA 4PYSA 2J79A 1HXJA 4HP5A 2E9LA 3SCNA 3EYPA 3MUZ1 4PSRA 4DWSA 3F4VA 2OSXA 3WH6A 3BCDA 1Q6GA 3LPGA 4HA4A 6CGTA 1GVYA 2OSYA 4FLSA 1PJ9A 1KQYA 5ABFB 2WWCA 1JF6A 3WQ5A 2VCCA 4JKMA 3TTOA 3WDHA 3T09A 1V03A 1GQJA 4LYRA 3CO4A 1VAHA 2DQXA 1TZ7A 3B9EA 1JI2A 3WEOA 5AC5A 3ARWA 3AYSA 4N0RA 4NRSA 2YL8A 1UR0A 4M29A 1C7SA 4QLKA 1E6RA 5DMYA 2OSWA 1F4HA 2C0HA 3EDDA 1MQQA 3WMCA 1H41A 1XRVA 3A3HA 3WQ6A 4W8AA 3MSGA 1V0LA 1ZL1A 5A8OA 2CIPA 3FAXA 2XHYA 3ARZA 1GUVA 5ABHA 3MMWA 2X05A 5CQ1A 1UHVA 2BHZA 2G4FA 4UFLA 1AMYA 1XGZA 5JIPA 5A6AA 5CZKA 1M03A 2WC7A 5CGMA 3K8KA 1NP2A 3I3EA 1OIFA 3WD4A 2X8RA 1B90A 1LWHA 4E4PA 3BAXA 1CYGA 4WIWA 4AZHA 4UFJA 4DWSD 3VO0A 1K9EA 1Q6EA 3L4YA 3WD2A 3N18A 3WDRA 4UQAA 3QOMA 3CZEA 3BLKA 2CHOA 1KCLA 2XVLA 4IUGA 3WQWA 3ZQ9A 2V3GA 4P8UA 1KXQA 4HPHA 1LLOA 5D8WA 2WHJA 3WMBA 2ZX6A 5M5DA 3VIHA 4BZYA 2YDSA 2J7CA 5ABFA 3PTQA 4B15A 2QPUA 1GOQA 3SCRA 1H0IA 3EBVA 4JCMA 5E0CA 3MUY1 1MFVA 3AS3A 1DWAM 2OYKA 2BY2A 1ZS2A 4AIOA 3VMOA 3EMZA 3ECQA 1GQIA 4LQ1A 5ABGA 2D22A 3ARTA 1Z32X 2CKRA 2DH2A 4YHGA 1LL6A 2DT3A 2VTFA 2GDUA 5E6YA 2WVTA 4AEFA 1E6ZA 1OB0A 3ARRA 1V0MA 2W91A 3KZSA 3FHQA 1O7AA 2BY0A 3PZOA 4M56A 3II1A 2WCGA 3AXXA 2X2YA 3VU2A 2DIEA 3F5LA 4JZ5A 3VIMA 1GZJA 4RE3A 1ODZA 2YA0A 2D23A 5I3DA 2YDRA 4JCLA 1KBKA 3RILA 1BLIA 4GXPA 4X9YA 4CD6A 2O9TA 1Y7VA 1E56A 5M3WA 4MNKA 2BFGA 1EO5A 5JBFA 1HX0A 2VURA 3SUVA 5GNZA 3OZOA 4CU6A 5BROA 3BMWA 1CEOA 2X09A 3WBAA 4JL1A 4ACYA 1E4IA 4KRTA 2IXUA 3SCQA 1QI2A 1V08A 4UFIA 3UETA 3PBGA 1K9TA 1CIUA 4MPKA 5GQBA 4Z2GA 2E4TA 1FH9A 3KE0A 4W84A 1JAEA 1JG9A 4PMVA 4GZJA 1CENA 4HOXA 1E0XA 3SUTA 3GXDA 2IUZA 3W6MA 1A47A 2WMJA 3WQ4A 4R5EA 2W67A 4HPGA 5I0DA 4P7OA 1PIGA 1FH7A 4U3CA 1XCXA 3MSDA 3U5UA 4ZXOA 1C8QA 2VOTA 5DO8A 1J0ZA 4W86A 3DYMA 4HZ8A 1VEMA 2WVSA 3MV11 1AVAA 5A8QA 2V3EA 1OWQA 3S6TA 2ZE0A 1W32A 2WW5A 4Q7NA 4AD1A 1M04A 2PWDA 3FNDA 4OZOA 3AMKA 4A3YA 4CD7A 1JYNA 3AIRA 3BGAA 2W92A 5LA2A 1E4NA 3W53A 2D0GA 4Y7EA 1UH2A 1DWJM 5I24A 2JEQA 1R8LA 5D9NA 4C7FA 1C8XA 4AW7A 1HKMA 2ZIDA 3CLWA 4W7WA 3WDJA 1W9PA 5HNNA 1WO2A 1JZ6A 1B2YA 3W81A 1UKPA 4K68A 1QI4A 4PRWA 1G01A 2O9OA 1I1XA 1CNVA 2YL5A 4PTVA 3WD3A 2EJ1A 2PWGA 2VZVA 4D6FA 1XD1A 2PWEA 5EB8A 2PI6A 1GCYA 5KZ6A 2BVYA 4CN4A 3WF4A 3NSNA 4TOQA 2B31A 4HMEA 3ZT7A 1BG4A 2E8YA 4PCSA 2BXZA 3AHXA 4TXEA 2WAGA 4HA3A 3VTRA 5E0FA 1TG7A 4M24A 1H0GA 1TA3A 1UR9A 1HN1A 2O9RA 1CBGA 1MYRA 1E0VA 4PMQA 4ZENA 3RDKA 5M17A 4CU8A 2J47A 2Y5EA 4E8DA 2WVUA 1Q6DA 1WAWA 1WE5A 4QP0A 3VIKA 2WSKA 3DYPA 2Z1SA 4X0VA 1W9UA 2O92A 1PEZA 4EAMA 2VR5A 3HU7A 3PZGA 2ZXQA 1DP0A 3EDKA 1EQPA 2EPLX 1TVPA 4FMVA 1J0HA 3KL0A 3WSUA 1L8NA 3G6LA 3WDQA 3CUGA 4UQDA 4AC1X 4FLQA 4AEEA 3U57A 1BGGA 3GM8A 1JDDA 3AFBA 1WB0A 1QHOA 3PZNA 1W9XA 4MB5A 1HKKA 5TD4A 3A47A 1H2JA 4CUCA 5M03A 1C8YA 3IJ9A 4JL2A 4D6EA 4UQ9A 1EIBA 1OGGA 3NSMA 4U2ZA 7A3HA 4OJYA 3SUSA 1BGAA 5CPSA 1JIBA 1MVYA 1XD0A 3CZKA 4V2XA 4AD0A 4NF7A 2IXVA 5A69A 7TAAA 4CVWA 5KEZA 2EPNA 3TTSA 3VD9A 2WZHA 1J12A 3DHPA 2OYMA 3QGVA 8CGTA 2AMGA 1EOKA 1QI0A 1H11A 3OG2A 2DEPA 1UH4A 2G3MA 4PSPA 1UD5A 1OT2A 4WKAA 5DEZA 1QOXA 1CLVA 2J7BA 2VZOA 1V6WA 3O6AA 5IFTA 1W3HA 3AIWA 1W9VA 1TE1A 1PZ2A 2WHLA 3AHTA 3VGDA 1W3JA 2Z1KA 2VX6A 4MDPA 3WKZA 1W9DM 3A6OA 3JUGA 4UOJA 1V3HA 1CGYA 2EPKX 2EPMX 2D0FA 1E0WA 4F9DA 1WZKA 1UD2A 1ZBKA 1LG2A 2F61A 3NDZA 3ARYA 4J3XA 3WF3A 1HKJA 1MW1A 3ZMRA 4J7RA 4TVCA 3GBEA 2A3EA 2Y8VA 1SFSA 4F8XA 1AQHA 3EMCA 4PBGA 2D2OA 1RP8A 2WLYA 2OWCA 2XSAA 3MUIA 5I23A 3LMYA 4XUYA 1YHTA 2PWFA 2V38A 5GPRA 1UR2A 1WCGA 1CGUA 3AIEA 1BAGA 4AXNA 3MV01 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1J0J A;  2WMK A;  1TMQ A;  1D2K A;  4CCD A;  1H49 A;  1U2Y A;  1ZJB A;  3BMV A;  1VFU A;  6A3H A;  1UWS A;  4HTY A;  5A3H A;  1RD6 A;  1UG6 A;  1VFF A;  3GXI A;  4FLO A;  4HZ7 A;  4V28 A;  1E3X A;  4J3U A;  4ATD A;  3G6M A;  5CLT A;  1G1Y A;  1B3Z A;  2WWD A;  3ZT5 A;  2X0H A;  5E09 A;  3S2C A;  4F66 A;  3ZSS A;  1LG1 A;  1J01 A;  3MAN A;  2V5C A;  4GIA A;  1RPK A;  4U33 A;  3MS8 A;  3GH5 A;  1CXL A;  1XHG A;  1OM0 A;  1ISW A;  1BG9 A;  3AZT A;  4FK9 A;  4HA1 A;  4MAV A;  2D3L A;  4GZE A;  2EBN A;  1XH2 A;  3KL5 A;  1W1Y A;  1W2V A;  1B1Y A;  1UYQ A;  1C92 A;  3VIO A;  2WBG A;  1VEN A;  1JYW A;  1DTU A;  5JUV A;  1ISV A;  2WCS A;  2GJX B;  1GJW A;  1ITC A;  3IK2 A;  1V02 A;  1OD0 A;  3WH5 A;  1CXI A;  4U31 A;  3L4Z A;  2DIJ A;  5CLW A;  1QI5 A;  4MJ4 A;  3VD3 A;  4W8B A;  3CZ8 A;  4LPC A;  1V3L A;  2FH6 A;  5EMY A;  3NSX A;  4AD2 A;  3WUB A;  2WK2 A;  2W63 A;  3K4D A;  2J7E A;  4M8U A;  5HXM A;  4UR9 A;  2DT2 A;  4BCE A;  3L2M A;  3POH A;  1J18 A;  2JFE X;  3BSH A;  3SCT A;  3W4R A;  3WQV A;  5BXR A;  3EDF A;  3T2P A;  4U3A A;  5EBA A;  3M07 A;  3GTN A;  3WFZ A;  3CTT A;  1JZ4 A;  2CES A;  3DEC A;  2J7D A;  3GZA A;  4RL3 A;  3MUA A;  3WEM A;  4J3S A;  2NT1 A;  3SCS A;  1UQZ A;  1PIF A;  4MB3 A;  1QW9 A;  1ECE A;  3T2O A;  5AC4 A;  2ZXA A;  4GI9 A;  4MJ2 A;  1W1P A;  3SCV A;  3ARX A;  4NRR A;  1EDQ A;  2A3H A;  3AYR A;  5CJ5 A;  2VMF A;  1CDG A;  1W1T A;  3VIF A;  1BYA A;  3A4X A;  1HL9 A;  2BHY A;  4C7G A;  1PX3 A;  4PMU A;  2BVD A;  4JFS A;  2NT0 A;  4X0N A;  5AYI A;  3AIQ A;  1FFR A;  3PZV A;  2RGL A;  5BXP A;  4DUV A;  1OD8 A;  2J77 A;  4WLC A;  1V3K A;  2GJX A;  2GSJ A;  2G41 A;  3O2L A;  3PTM A;  4FLR A;  2E8Z A;  5AYB A;  1HVX A;  5BYW A;  3NIY A;  4FF5 A;  2E40 A;  2TAA A;  1AQM A;  2BY3 A;  4MTV A;  3VDA A;  1C93 A;  4AZI A;  1UKQ A;  1KB3 A;  3WDP P;  1NP0 A;  5I5R A;  1IV8 A;  4GI8 A;  4P7Q A;  3VGB A;  4D6G A;  2XWE A;  1GPF A;  3W82 A;  1BPL B;  3VIP A;  3FY1 A;  2BHU A;  4Z2I A;  5C8B B;  1R7O A;  2WMF A;  3MMU A;  3K4A A;  3BSG A;  2EEX A;  4Z2J A;  4LYP A;  5JBE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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