3ZJKA

Crystal structure of ttb-gly f401s mutant
Total Genus 155
50100150200250300350400020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
424
structure length
424
Chain Sequence
EKFLWGVATSAYQIEGATQEDGRGPSIWDAFAQRPGAIRDGSTGEPACDHYRRYEEDIALMQSLGVRAYRFSVAWPRILPEGRGRINPKGLAFYDRLVDRLLASGITPFLTLYHWDLPLALEERGGWRSRETAFAFAEYAEAVARALADRVPFFATLNEPWCSAFLGHWTGEHAPGLRNLEAALRAAHHLLLGHGLAVEALRAAGARRVGIVLNFAPAYGEDPEAVDVADRYHNRFFLDPILGKGYPESPFRDPPPVPILSRDLELVARPLDFLGVNYYAPVRVAPGTGTLPVRYLPPEGPATAMGWEVYPEGLHHLLKRLGREVPWPLYVTENGAAYPDLWTGEAVVEDPERVAYLEAHVEAALRAREEGVDLRGYFVWSLMDNFEWAFGYTRRSGLYYVDFPSQRRIPKRSALWYRERIARA
50100150200250300350400400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH2 (58-69)S1 (9-13)TVIII1 (41-44)S14 (386-388)3H1 (16-18)EMPTYTIV1 (22-25)TI1 (43-46)S2 (73-77)TVIII3 (116-119)S3 (112-118)TIV2 (24-27)AH1 (32-37)TI'1 (25-28)3H5 (393-395)TII1 (39-42)TIV3 (49-52)S15 (402-407)TII'1 (51-54)3H2 (55-57)3H6 (408-410)AH3 (93-109)3H3 (80-82)TI2 (84-87)TVIII2 (82-85)3H4 (131-133)AH5 (135-153)AH4 (124-128)TIV4 (118-121)TIV5 (128-131)AH6 (165-172)AH7 (185-209)O1 (262-264)S4 (158-163)TVIII4 (211-214)TIV6 (162-165)TIV7 (172-175)TIV9 (178-181)AH9 (242-247)AH8 (228-240)S5 (213-220)S6 (223-224)AH11 (316-328)TIV10 (256-259)AH10 (268-273)S7 (278-283)TI4 (308-311)S12 (334-339)AH12 (356-375)TIV11 (293-296)S10 (307-308)S8 (287-291)S9 (298-300)S11 (312-313)O2 (377-379)S13 (379-384)TVIII6 (350-353)TIV12 (347-350)AH13 (417-428)S16 (412-415)TI3 (153-156)TII2 (265-268)TII'2 (395-398)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Thermus thermophilus
publication title Semi-Rational Approach for Converting a Gh1 Beta-Glycosidase Into a Beta-Transglycosidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA GLYCOSIDASE
total genus 155
structure length 424
sequence length 424
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3zjkA00
5CLWA 3U7VA 3VDBA 4E4PA 4TOQA 5I79A 3AIEA 4PTMA 4FLRA 2ZXQA 3OG2A 1BPLB 4JZ5A 3FW6A 1VBRA 4PMNA 1FP9A 1WZMA 4FLOA 4EE9A 1V0MA 2ZOXA 3NIYA 3TA9A 1J0ZA 2WC3A 1BAGA 1CGTA 2ZIDA 4JKKA 4Q22A 4M56A 4GI9A 5CZKA 1XH1A 4GZJA 4UZSA 4P7RA 2W66A 3BMWA 2JIEA 2YL8A 3I3BA 1PX4A 3T2QA 4P8VA 5GNYA 1CENA 2YDRA 2X0YA 1E4IA 2EXOA 3VX0A 3DYOA 1N82A 4LYPA 1JYWA 1B0IA 4D1JA 3WKZA 4UOZA 2BVTA 4X9YA 4XV0A 2WBKA 3ZSSA 1ISXA 3AS1A 2WK2A 5D9OA 1J0KA 1GQKA 2GJRA 1TR1A 4OIFA 2EPKX 1I1XA 3CIVA 5A3HA 2E8YA 4WSKA 3VKKA 2D0FA 3VIOA 4CU8A 1V0LA 3AIBA 2PBOA 3PZOA 4TTGA 2E9BA 2WVTA 5GNXA 3VPLA 4JIEA 2XVNA 4X0NA 3CHCA 4MPKA 2DIJA 1M01A 4CGTA 2V3FA 1H41A 2WVVA 1MQPA 4KRUA 4AISA 4TVUA 3GXMA 1H2JA 1C7SA 3VO0A 2VCBA 1JXKA 5E6YA 1G1YA 2J78A 3AHZA 3PTKA 2X0HA 1E4LA 1AMYA 4HPGA 3VMOA 1ZBWA 5A6MA 4RL3A 3MSGA 4ACYA 4J7RA 5BCAA 1M53A 2ZWZA 1UD4A 2WPGA 3AIUA 3B9AA 3CHFA 3F4VA 1NWSA 4AZ7A 1VFMA 1E15A 4JAWA 2BY3A 1UR0A 4D6DA 2O9TA 1QBBA 2UY5A 4BZYA 5E0FA 1EO7A 2YL6A 3FN9A 4J3XA 1QNOA 3VGDA 3KL5A 1W1YA 1JZ8A 1C7TA 1LWJA 1OSEA 3KL3A 1GPFA 3POCA 4EANA 3VIFA 2W62A 2DIEA 5BYWA 1DWIM 1C3FA 4MADA 5FL0A 2CBUA 3VGGA 7A3HA 1UWUA 1PPIA 1E6NA 2BVYA 4U5KA 5BXPA 2Q8XA 1HKMA 3WELA 2V3GA 3ZQ9A 4ATWA 5M5DA 3AHXA 5I2UA 2DEPA 1XRVA 1KQZA 3WENA 1HKJA 1XD0A 7CGTA 2VCAA 3GM8A 2RGMA 3SCVA 2C7FA 2WMIA 3W24A 2DT3A 3A6OA 1MYRA 1SR0A 2V3DA 2CPUA 1UKPA 2GJXB 5JUVA 3A3HA 3U57A 2OYLA 1FA2A 2JIWA 3GYCA 2J7GA 5F7UA 4W88A 4Z2GA 1CEOA 4U2ZA 2ESCA 2BXZA 2WYSA 2G3JA 2BVDA 4KH2A 1UH2A 3CHDA 2IUZA 3CPUA 5LA2A 3MKKA 3RIKA 1UZ1A 4TVDA 2Z1SA 3BAKA 1J10A 2A3AA 3DC0A 1UZ4A 1V3KA 3PZUA 2ZUNA 1BGAA 2YBUA 1UUQA 4IM4A 1H09A 1NOUA 3ZSTA 1CGYA 2GUYA 4HMCA 4H8HA 3HJEA 1JZ6A 2WBGA 1E0VA 4YN5A 3VOCA 3WNMA 1ZL1A 3WD2A 3NSNA 2O9RA 1E71M 1E6RA 3OLGA 1NP2A 3W0KA 2W61A 4BQ4A 1HJWA 2VZUA 3SCWA 1V0NA 1UR4A 4AD1A 2XFRA 3ZO9A 3ZT7A 1W91A 5DF0A 1CNVA 2WWDA 3IJ7A 4HOXA 1J0YA 2OWCA 5BXSA 3KWXA 1W9XA 1JYNA 1NOWA 3AZRA 3AYRA 1GQJA 1VBUA 3EDDA 1WDRA 1GOWA 4E8DA 6TAAA 1ITCA 3GXDA 1M7XA 3GXFA 1CGWA 2DSWA 3ARVA 3WEMA 3AS0A 5A2CA 1VEOA 3MMDA 3G6MA 1E73M 4X0VA 2TAAA 1DWFM 1KWGA 1HJUA 4PMZA 1O6IA 3K4AA 1XH2A 3SUUA 3LPOA 2QMKA 1E1FA 1K9TA 2WKGA 3GBDA 2EPLX 4ZE5A 3O2LA 4D6CA 3L4UA 2J7BA 2V38A 4YPJA 2D3LA 2OWWA 1CBGA 4H7VA 3ZJ8A 2DGAA 2DQXA 1J18A 3NDYA 3FNDA 1JFXA 3WF3A 5A8PA 2A3EA 1Q6FA 2E8ZA 2G4FA 1QBAA 2E0PA 4AZBA 1UQYA 1EDQA 4CU7A 3LPFA 3OA5A 2CESA 1GVYA 4NRRA 3CZGA 2FH6A 3VD9A 3D3AA 4JL1A 5A8MA 4W8BA 4MB4A 1BG9A 4GQRA 5EB8A 2OWXA 1PIFA 3ZT5A 3M07A 1L0PA 1A47A 4W93A 3FY1A 2HVMA 1H5VA 1ZBCA 2O9PA 5E6ZA 1ISWA 4H8UA 1TG7A 2XTKA 4AZIA 5C8BB 4TTUA 2ZXDA 2CIPA 1WB0A 4AEEA 1JXJA 4DUVA 1BHGA 4AD2A 1KXTA 3WNOA 2J74A 2VVNA 1HJQA 1BTCA 2F2HA 5CSUA 4JKLA 1HJSA 1TE1A 3NJ3A 3UEQA 2XG9A 3HN3A 1B31A 4GIAA 2J7HA 1JD9A 1EIBA 1E3ZA 1EDTA 3I3DA 1JZ4A 3UESA 2OSXA 4JFUA 1UR1A 2JF7A 1CXKA 5C70A 3WQ6A 4NI3A 4HPHA 2FHFA 2XSAA 2WVVB 1E4NA 5LYRA 1WKYA 5LA1A 3FAXA 1JDCA 3TTOA 1L8NA 2BHZA 2Y8KA 2YOCA 1VEPA 4DUWA 1AQHA 3OLDA 1KGUA 1VFUA 1MFUA 1E3XA 1HVXA 4H41A 4PCTA 3WUFA 1O7AA 3OZOA 1E6QM 1G9HA 1FOBA 2WVSA 4D6JA 5ABFA 4IPNB 4R27A 3SCTA 3L2LA 1V6UA 3EYPA 4Q7NA 4W8LA 3WQ5A 3ZJKA 4QFUA 1KQYA 1E72M 2E4TA 1XV8A 4BA0A 1KR1A 1UA7A 1GW1A 4BQ5A 4UFHA 2C8NA 3AZSA 3WQWA 2EQDA 4FLQA 3BLPX 2JF6A 1HIZA 5KZ6A 3WY1A 1DTUA 4PRWA 1OGBA 1LG2A 1MFVA 3T0AA 1QVBA 3WMCA 2WMIB 4P7QA 1E5NA 1E5JA 1QHPA 2PWGA 2BY0A 2ZX7A 3MS8A 3AIVA 3CHEA 3WIJA 4MAZA 2J8GA 4B15A 3M6DA 3VMNA 1BQCA 3ZR6A 2CKRA 2BHUA 4V2XA 3VIPA 4N42A 1X6NA 1G0CA 2PWEA 4EK7A 2VJXA 3I3EA 5M3WA 2VRKA 1ISZA 1HXJA 4W86A 1W3LA 1RPKA 1LG1A 3WDHA 3WQVA 1EDGA 1KFWA 4M82A 3W82A 3THDA 2Y24A 3PZTA 3ARZA 2A3CA 1GOMA 5A95A 3NUKA 3EMCA 3W27A 1W9UA 4IPLA 2BFGA 1KBBA 4LYQA 1C91A 3SCSA 2GSJA 3QOMA 3W38A 3BAWA 4WSJA 2YA1A 1UR2A 3GBEA 1OIMA 3BH4A 1WZLA 3W6LA 4DM2A 1OD0A 2VL4A 3BXWA 2X2YA 2YBTA 1BSIA 4NRSA 3N1AA 4MB5A 4D6FA 1GNXA 2J47A 1JZ5A 1C93A 4AEFA 1E43A 1CPUA 3WBEA 4PTXA 1QI2A 2JEPA 1DWGM 4KMQA 3CUIA 1Q4NX 3JUGA 1GHSA 3A4WA 2EPOA 1XGZA 1MXGA 2UY2A 4U31A 3CZJA 3WQ8A 1HJXA 2JEQA 3POHA 1KXVA 1J9YA 2OSWA 1ZJBA 2GK1A 4U3CA 1U30A 4MNLA 2NT1A 1NQ6A 3ALGA 4CU6A 2F8QA 1UG6A 3IK2A 3RO8A 2Y4SA 2CBJA 2XM2A 1ECEA 3W37A 1CXIA 1WDSA 1V02A 4RE4A 5BROA 3RM4A 3W25A 1JL8A 4U33A 5BWFA 4PTWA 4JFWA 3GNRA 2ZX5A 3MUY1 1JZ2A 5A6SA 4Y7EA 5JBDA 4YHGA 3AIQA 4ATLA 1SMDA 4MNMA 4AW7A 4GINA 4UTFA 3U5UA 5DT7A 5LA0A 5JIPA 4PMXA 3RDKA 3MV01 2WLYA 5A8NA 1XYZA 5C71A 4GO9A 4RE2A 1QHZA 3N15A 2YIHA 2FHCA 2CETA 3GDBA 3W53A 1BYCA 2QMJA 3EMZA 3WD1A 1H11A 2HISA 2W5FA 4LQ1A 5BXRA 1QNRA 4W7VA 4OOZA 3AMLA 2VX7A 1U33A 3AHVA 1EQPA 5ABEA 2FGLA 3MU7A 5BRQA 2WB5A 4XZWA 4J3TA 3AXXA 1W2VA 1MW1A 3AS3A 3UCQA 1VJSA 2PBGA 2YDQA 2YDSA 1LF1A 1OT2A 4HU8A 4CN4A 2Z1KA 4PUDA 2X1IA 1BLIA 1QI3A 1UH3A 3WF2A 4UQBA 3K8KA 2XWEA 1GONA 3CZKA 1K6AA 1B30A 3AIWA 2DT1A 2DSUA 2QHAA 3K8LA 3PZVA 1B3XA 3DHUA 3PZGA 4OKDA 3BSGA 2BXYA 4EKJA 3BMVA 3VIMA 5FKYA 2DH3A 4LGXA 5A6BD 3BGAA 1US2A 2FH8A 4UFJA 2CBIA 4FK9A 2GJPA 4XB3A 4AZCA 2J77A 2VQTA 1EOKA 1Q6DA 3PZNA 2ZX9A 1XCWA 3WNLA 1JDDA 1UA3A 3RJYA 2XGIA 2W63A 4TX6A 2V5CA 4BQ2A 4GPNA 4UFKA 4CN1A 1OM0A 3WL1A 6A3HA 4D6IA 1J11A 1WO2A 4C7GA 3WH8A 5IXEA 3AICA 3ARRA 3BCDA 1ZU8A 2XYLA 2YJQA 4UQ9A 1MW2A 1CTNA 1UD3A 5ABFB 4HTYA 4KRTA 2VC9A 4KGLA 4DWSC 3AMKA 3T08A 1VENA 3AMDA 5HDRA 3N18A 1K9DA 2OYKA 5A2AA 3EMQA 1CXHA 1UH4A 4ML4A 3FHAA 4TXEA 4AYSA 4HZ8A 3U7BA 1E0XA 3CUGA 3VU2A 2DT0A 2EPMX 3WEZA 4KWUA 1UWRA 1FHLA 3VIHA 1CXLA 2G3IA 1OINA 3BLKA 1UQZA 2GDVA 5D9PA 5JIWA 1TVNA 1KWKA 2VRQA 4M81A 1W1PA 1GORA 3NYDA 4AZ6A 1J0JA 5CSYA 3AHYA 2XVLA 3OIHA 2DH2A 1BF2A 1U2YA 3ZIZA 1V08A 1XYFA 1H0IA 4HA4A 4CCCA 4PTVA 1UKTA 1PZ2A 3NSXA 2E40A 2E9MA 3GH7A 4UFIA 5D9MA 2ZXAA 2UY4A 1X1NA 3VD3A 3CO4A 1HL8A 3OGVA 5DMYA 2DSKA 3MV11 1V03A 3WL0A 4AIOA 3RILA 1BFNA 1DWHM 1HJVA 4GI6A 2WMKA 1V3LA 4PYSA 2OLHA 1CLVA 4WF7A 3N12A 3N13A 3OBAA 1GOOA 1MXDA 1V6YA 3UETA 3GTNA 3VIKA 2AAAA 1W3KA 3WNKA 1XCXA 3E1F1 3K4DA 1JNDA 3AMCA 1QOXA 1VAHA 4AMCA 3L4ZA 3S6TA 1BGGA 2WKLA 1IZJA 3AYSA 5EFDA 3W4RA 5M17A 1ZBVA 8A3HA 1WDQA 3UG5A 1JYVA 1VJZA 5A6AA 5E09A 2CXGA 2ZUTA 1US3A 3MANA 2BV9A 4CD4A 3PZQA 3QOKA 3TOPA 2DT2A 2CERA 2QPSA 4UR9A 4CUCA 2DPEA 4MB3A 4MDOA 3VILA 4LYRA 3GH5A 2WC7A 1W9BM 4TVCA 5D4YA 2GK1B 5FL1A 2WHMA 3AJ7A 5EFFA 1C92A 2XWDA 1HT6A 2XM1A 3VNZA 1NM9A 4WIWA 5HPOA 1JFHA 2WLZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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