3AHTA

Crystal structure of rice bglu1 e176q mutant in complex with laminaribiose
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
471
structure length
471
Chain Sequence
WLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNQPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title The structural basis of oligosaccharide binding by rice BGlu1 beta-glucosidase
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 195
structure length 471
sequence length 471
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2010-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ahtA00
1QI5A 4CVUA 2QLYA 3UG5A 5BXPA 5BCAA 4HZ8A 1MYRA 3N12A 4MNKA 3SUUA 3AIBA 1WNOA 1I75A 2XWDA 3ZT6A 1OM0A 2J74A 1W1PA 1BLIA 1R85A 1WDQA 4AEFA 4GI8A 1CXEA 4PTWA 1EXPA 3VDHA 1UOKA 1DHKA 2VI0A 2VQTA 2CNCA 1ODZA 3EMZA 3TONA 2WM0A 4GZEA 4LX4A 5CLWA 2O9RA 1VB9A 1G94A 3CZLA 4UFIA 3WH7A 3AOFA 1OSEA 3NUKA 3QOMA 4AD2A 5M17A 3B9EA 3I3DA 3WMSA 2DT1A 2XM1A 1E0XA 1MW1A 3WEOA 4UFKA 4BQ3A 3OGRA 3VD3A 2ZXAA 1FFRA 2ZXDA 1B3ZA 2QPSA 4MJ4A 2WMKA 2DT3A 4M80A 3ARPA 1J0JA 2Y24A 3BLKA 4OOZA 4Z2JA 3WENA 3AROA 3WMBA 4P7OA 5TD4A 3RJXA 3WUBA 2YIHA 1CNVA 5DT5A 1ZJAA 5C70A 2A3BA 5A6KA 1KGUA 3D3AA 3NIYA 2VQUA 1KQYA 4P8XA 3U5YA 4A4AA 1UR4A 2BY1A 3T0AA 3WQ5A 1XYZA 2X2YA 1BVZA 1XH0A 3QHMA 2ZX8A 2Y8KA 3F5JA 3VIPA 1YHTA 1NWSA 3FNDA 5JUVA 1QNQA 5CJ5A 1ZBVA 3EDKA 1S46A 1UD4A 3ZO9A 4E8CA 2YKKA 4PMQA 1H4PA 4U3AA 4B3KA 1JF6A 1GW1A 2O92A 1QNSA 1LL4A 3MMWA 1DTUA 4JZ5A 3W38A 3F5KA 1JDAA 2WMHA 1PBGA 2E40A 4MB1A 1GUVA 1HL9A 1GORA 2PC8A 1UWIA 2JF7A 3EDEA 1V0MA 2WB5A 2J78A 3DECA 2WBKA 3W82A 4B16A 3WKZA 4XX6A 1TG7A 5A8MA 1CDGA 1GZJA 1ZL1A 1WZMA 4B3LA 1QOXA 3EMCA 1BG9A 2XGIA 1QHZA 4J28A 4Z2LA 3FXYA 2VZTA 5I5RA 2XHYA 4ZXLA 3PZUA 1UA7A 5A6AA 4J3SA 4TVUA 3RILA 1Q6GA 2WMIA 4UFLA 6CGTA 3WQWA 4JL1A 3WN6A 3VIOA 3VDAA 1NQ6A 5A6MA 4CU7A 1MWOA 2E9BA 4C7GA 1JGIA 1W9XA 4GI9A 3DHUA 3BAKA 4U3CA 3ARZA 1NM9A 4HMEA 1ZJBA 3PZIA 4LGXA 3WH5A 4OJYA 1HJWA 1EH9A 1H49A 4PTVA 1GHSA 3L4XA 2XGBA 4BQ2A 2GUYA 4AD5A 2J7DA 3T0BA 3VIGA 3BMWA 1W1VA 3AZSA 4UOZA 1I1XA 4IISA 3FHAA 3WY1A 4D6CA 4AD3A 3L4UA 3N04A 2J7CA 1QHOA 2WMIB 4GXPA 2J79A 1E70M 4QLJA 2FHFA 4P8VA 2XFRA 3E1F1 5GNZA 3ZM8A 1ZU8A 5I77A 2YOCA 5HDRA 2DH3A 5CG0A 4H8VA 5DFAA 2YDRA 1XH2A 1W1YA 4AMCA 1DWIM 4AD1A 4DUWA 3OLEA 4IPNB 1V0LA 3I3BA 2G3MA 3B9DA 1CGWA 1E6XM 3WF1A 1G9HA 1BF2A 2Y8VA 1HJVA 1SMAA 3CMJA 3AHZA 1GQIA 3T09A 4HMDA 5CPQA 1HNYA 4L4OA 3IANA 3CMGA 3CPUA 3PBGA 3A6OA 2WHKA 4GO8A 1PJ9A 3BMVA 4BZYA 3L2LA 4XZWA 3GNPA 5I79A 1K9FA 2VRJA 2W67A 1VENA 1G1YA 1BAGA 1PX3A 4TOQA 5E6YA 4ACZA 3IJ9A 4J3TA 5AY7A 4FK9A 1TVNA 1TZ7A 4WJXA 4UQBA 1CGYA 1EOKA 1XSJA 3NYDA 1UH2A 2WVVA 2W66A 1HN1A 5A8NA 1QI2A 4OKDA 1VFFA 5ABGA 3GXFA 4J7RA 2WANA 1W9DM 4CU8A 1UD2A 4PCSA 3WDPP 2QPUA 2YBUA 1DEDA 3W28A 5EBAA 4R5EA 3II1A 3POCA 1VFOA 4ATWA 2J7HA 4W8BA 2DGAA 1IZKA 4BF7A 1J11A 2FH6A 1N82A 1CWYA 4M81A 1O7AA 2J8FA 1HVQA 1L8NA 1BVNP 3RPMA 1A47A 1HP4A 1EHNA 1W9UA 1E9LA 1NP0A 1C3FA 1I1WA 2GDUA 2J7GA 5M03A 3W81A 4HP5A 4CGTA 2EXOA 2YL8A 3U7BA 2WVVB 7A3HA 3VIMA 4D6EA 1JZ6A 2Y2WA 3EDFA 4W8LA 1SYTA 3CZJA 3MUZ1 2XPKA 2WVUA 5D9MA 2WMFA 4LQ1A 4IUGA 1BG4A 3ZJKA 2WCGA 1M53A 5D9PA 1XRVA 5AC5A 1E3XA 1VJSA 2VCBA 1NP2A 4HA4A 3WDQA 2BV9A 2ZXBA 2D20A 3RM9A 4UQDA 3WNPA 4HOWA 3AHXA 1GHRA 2CIPA 4ZEPA 2BHUA 3VIFA 5BXRA 3I3EA 2F8QA 3WBAA 4MAVA 1V0KA 3VMPA 5F7UA 4HA3A 1ISYA 2A3HA 3ARYA 2CBUA 1VRXA 3AIRA 1UWTA 4PMUA 3ARUA 5E09A 2J77A 1ITCA 3GXDA 4V27A 3MKKA 3IK2A 1SR0A 2QV4A 4RE4A 3NSMA 3AZRA 4QFUA 3SUSA 3CUHA 1GJUA 1E4LA 2CKRA 4W86A 1UD3A 1WZKA 3ZSSA 4FLSA 1CXLA 3AI0A 3GNRA 2XFFA 3DC0A 5M5DA 1QI0A 2AMGA 3CLWA 1V3LA 2QMKA 4UTFA 3KWXA 1PZ3A 4JAWA 1WP6A 2WZHA 2GJPA 4CCEA 2VUYA 4U2YA 2CBIA 2J7FA 2BFGA 3NDYA 2FGZA 2DIJA 1M03A 4Q22A 1HF6A 1VIWA 1MFVA 4HA1A 1ZBCA 1Q6EA 4D6DA 2OSXA 3NDZA 3GM8A 2C8NA 4FLRA 3WH6A 4AZCA 4KH2A 3FN9A 2WPGA 2YA2A 2ZX5A 2D1ZA 1W9VA 4W87A 3CH9A 1SFSA 4OIFA 3WQ6A 1E40A 2EPKX 1V3HA 2BS9A 3GTNA 4IPLA 3SUVA 5AYBA 5I3DA 1PIGA 3S2CA 1Z32X 1TE1A 1JZ5A 1E56A 2ZWYA 3AXHA 1OIMA 2XVKA 1JDCA 1JIBA 1UD5A 3D5HA 3WNOA 1NOWA 3WELA 1DWJM 2J8GA 3OB8A 1V6YA 3IJ8A 4WKFA 2VTFA 3FW6A 3OLGA 2GK1A 4MNMA 3LPFA 3KE0A 3BCFA 3WEZA 5EB8A 2IXVA 4XB3A 3WBEA 5CLTA 1NWRA 2YL5A 4UNIA 3DHPA 1ZS2A 2WKLA 5AYIA 2V3EA 4MAZA 4PTXA 1CXFA 3N18A 2C0HA 1XH1A 4LPCA 3WL0A 1M01A 3W53A 4B15A 3W0KA 1DWGM 2Z1SA 1UD6A 1LWJA 3WUEA 2B31A 3FY1A 1PZ2A 4U5IA 1QHPA 2FH8A 4K68A 3VM5A 3WD3A 1CIUA 3QOKA 1W91A 3K46A 1E5NA 1ECEA 1EA9C 5M3WA 4WSKA 1E15A 3SUTA 1PPIA 4ZENA 1E43A 1BPLB 2WK2A 3WFZA 1XSIA 2GK1B 2EJ1A 1J0ZA 4UFHA 3WD1A 4AZHA 1OIFA 3WNKA 1IV8A 3MANA 4P7NA 2CHOA 2FHBA 3G6MA 3IAPA 3SCUA 1P6WA 4OZOA 2CYGA 1E3ZA 3N17A 3WH8A 1GCYA 2RGLA 1J01A 4TXEA 1UQZA 1JD7A 4YPJA 1OB0A 2PBGA 3L4YA 1R8LA 4MDOA 3RJYA 2CBVA 3VGBA 2G4FA 1UZ4A 2J7BA 3OGVA 2DDXA 2X1IA 2VL4A 2WSKA 3VNYA 3VVGA 1IZJA 4TVDA 1E4NA 1C92A 1DWHM 5DEZA 1OGSA 4PMXA 4UOJA 5IFTA 2BVTA 1KXHA 1JI2A 1FP8A 3AS3A 4PMDA 1HKIA 1LG1A 5JBDA 2OYLA 3J7HA 1JAEA 5FKYA 4YN5A 1RP8A 2O9TA 3AMKA 4KGJA 4PYSA 1BYCA 1US3A 4EKJA 1J0YA 4UCFA 3FAWA 1GOWA 2A3AA 1RPKA 4NZCA 3VD5A 1V02A 4EAMA 1KXQA 1JAKA 3UERA 4A3HA 2DSWA 2ZUWA 3WDJA 1UKPA 3VGFA 3OZPA 4PMRA 1Q4NX 1H1NA 1WB0A 3AXIA 3PHAA 1ESWA 3U5UA 2D0HA 1CGTA 2WXDM 4JKKA 2UY3A 4ZXOA 1W9PA 4F79A 4GZIA 1PX8A 4M1RA 3WL1A 4HU0A 3N15A 3SURA 1X1NA 1DWAM 1E6ZA 2EPMX 4GZJA 1E73M 2WC3A 1E6SM 4OBSA 3K8KA 2F61A 2G8ZA 2QF8A 2NT1A 3AMCA 4DM1A 1TA3A 1V6WA 3HN3A 5A94A 4P7LA 4HOXA 2ZICA 2AAAA 3O9NA 1L0PA 4UQ9A 4UZUA 4LYPA 1B3YA 2YBTA 2W5FA 1QI3A 2JEPA 1OWQA 4ZE5A 1WDRA 4WF7A 1H41A 2OWXA 3ZOAA 4TX8A 2VNCA 2D2OA 4CD4A 2D3LA 4GI6A 4F8XA 2YDSA 3NSXA 4PN2A 1J10A 1X6NA 2G3IA 5HBFA 4JHOA 2ZUUA 4DWSD 1UWSA 2V5DA 4ZFMA 1C7TA 4GIAA 1JXJA 3CBWA 2DH2A 2W63A 4OOUA 3G6LA 3PZGA 3ALGA 1TA3B 4M29A 2WLYA 8CGTA 4B9ZA 5EFDA 4H7VA 3VOCA 2BY2A 2VRQA 3ZQ9A 3DYPA 5CGTA 2IXUA 4ACYA 1VBRA 1E6QM 4Y7EA 4CVWA 1MQRA 1E0VA 3AIWA 4J27A 3ARVA 3BCDA 3GXMA 1W32A 3OG2A 3VINA 2WMJA 3AHTA 1E1FA 2VJXA 3SCWA 1GONA 1BFNA 2CXGA 3PZNA 3PZTA 3WDHA 4P7RA 1XV8A 3MSDA 3W26A 1B1YA 5A2BA 1B30A 5E6ZA 3VTRA 3DYOA 2UWFA 3WMCA 1Y7VA 5FIPA 2ESCA 4AISA 1WAWA 3L4TA 3AJ7A 1V02E 3SUWA 3W29A 4PTMA 3TOPA 4NF7A 2YLAA 5I6SA 4EANA 3BAYA 2XIIA 1DWFM 1V3JA 2YDQA 4PBGA 3MMDA 1WZAA 2AOSA 3VX1A 5A95A 1JNDA 3MUIA 2MANA 3VDCA 4ATDA 5ABFA 4D71A 1OT2A 2J7EA 2DT0A 1UR2A 4F9JA 5BROA 1KR1A 3S6TA 4OUEA 3AIQA 3W4RA 5LYRA 1U33A 3OLDA 1W3KA 4ZE4A 4TTUA 5A8OA 4LYQA 5D9NA 2VURA 1CLVA 1B90A 1BQCA 1QNRA 2XFYA 4JFUA 2XVPA 3L4WA 3PZMA 4F9DA 1CENA 3AMDA 1HJUA 3HU7A 3ZMRA 4YHGA 1V3IA 1JYXA 4CD5A 3BAWA 3A3HA 2J4GA 2VZUA 4WK9A 4D1IA 1CYGA 2BNJA 2XWEA 5HPCA 2WVTA 3UG3A 1EQCA 3UESA 5FD0A 1JD9A 5ABFB 3HMCA 3CIVA 3B9AA 3TTOA 3SCQA 1LG2A 1GVIA 5IHRA 3IAQA 2XVGA 1E4MM 1EIBA 3JUGA 4U31A 2VCAA 5BXTA 1GOQA 3AIVA 4UQAA 1OINA 1AQMA 4MB3A 5I24A 3T2OA 2VOTA 1K9TA 5DO8A 2EEXA 1EQPA 4UQCA 3THDA 2DSKA 4AY1A 2EQDA 1C90A 1KXTA 3SCPA 1CGXA 5D9OA 2FDMA 3OLIA 5CXPA 2RGMA 1WDPA 1UH3A 3CZKA 1C7SA 2CERA 2ZE0A 3KL3A 3KL0A 4DWSA 4D6JA 3ARWA 5JBFA 5C8BB 3NJ3A 4H41A 4HPHA 5I23A 3OGSA 3KEHA 3PN8A 3WUGA 7TAAA 2VX4A 4ACZB 1B3XA 2BVYA 4D6FA 4QCEA 1HXJA 4ATLA 2PWFA 4JIEA 3A4WA 3CHDA 4D6IA 1GOOA 2V5CA 1W9BM 5DF0A 3EBVA 4PCTA 1HKJA 5IXEA 2OSYA 3WF3A 4D6GA 4N42A 2CPUA 3K4AA 5FL0A 4PSRA 1JXKA 3MV01 5CGMA 1V03A 1QW9A 5E0CA 1CGUA 1W1TA 1JZ7A 2FHCA 4LXFA 4DWSB 5BRPA 4NI3A 4P8UA 4RL3A 3RCNA 4C7FA 3WNLA 1KBBA 3OIHA 1V0NA 1J18A 3EDDA 3BXWA 2W4XA 5E70A 2PWGA 5HXMA 1TUXA 1E71M 3AQUA 5KZ6A 5I78A 5EFFA 3W25A 1NOUA 3BAXA 2VZOA 1UHVA 2BHYA 2XM2A 2F2HA 2E9LA 2EPNA 3QHNA 1H3GA 4MNJA 4BQ4A 1MXDA 2D0FA 3MMUA 1MXGA 3BAJA 3LPGA 2W92A 2X05A 2WHJA 2BXYA 2PBOA 4BQ5A 4H04A 4QLLA 4BCEA 3BSGA 2ZWZA 3ALFA 9CGTA 1GJWA 1RD6A 4NSBA 1UKTA 2CEQA 3ZR5A 4D1JA 4UOQA 5D8WA 3N1AA 1H2JA 1UH4A 2DSZA 1DP0A 1D7FA 4CN6A 3WDIA 1J0HA 1LLOA 2XJ7A 1QVBA 1XD0A 3U57A 1WO2A 4WLCA 2VMFA 3CO4A 5GPRA 4AEEA 2WKGA 3PZ9A 1UR9A 1TFVA 3F4VA 3MSGA 1JYNA 2XSBA 1SMDA 3MU7A 1ISZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QI5 A;  4CVU A;  2QLY A;  3UG5 A;  5BXP A;  5BCA A;  4HZ8 A;  1MYR A;  3N12 A;  4MNK A;  3SUU A;  3AIB A;  1WNO A;  1I75 A;  2XWD A;  3ZT6 A;  1OM0 A;  2J74 A;  1W1P A;  1BLI A;  1R85 A;  1WDQ A;  4AEF A;  4GI8 A;  1CXE A;  4PTW A;  1EXP A;  3VDH A;  1UOK A;  1DHK A;  2VI0 A;  2VQT A;  2CNC A;  1ODZ A;  3EMZ A;  3TON A;  2WM0 A;  4GZE A;  4LX4 A;  5CLW A;  2O9R A;  1VB9 A;  1G94 A;  3CZL A;  4UFI A;  3WH7 A;  3AOF A;  1OSE A;  3NUK A;  3QOM A;  4AD2 A;  5M17 A;  3B9E A;  3I3D A;  3WMS A;  2DT1 A;  2XM1 A;  1E0X A;  1MW1 A;  3WEO A;  4UFK A;  4BQ3 A;  3OGR A;  3VD3 A;  2ZXA A;  1FFR A;  2ZXD A;  1B3Z A;  2QPS A;  4MJ4 A;  2WMK A;  2DT3 A;  4M80 A;  3ARP A;  1J0J A;  2Y24 A;  3BLK A;  4OOZ A;  4Z2J A;  3WEN A;  3ARO A;  3WMB A;  4P7O A;  5TD4 A;  3RJX A;  3WUB A;  2YIH A;  1CNV A;  5DT5 A;  1ZJA A;  5C70 A;  2A3B A;  5A6K A;  1KGU A;  3D3A A;  3NIY A;  2VQU A;  1KQY A;  4P8X A;  3U5Y A;  4A4A A;  1UR4 A;  2BY1 A;  3T0A A;  3WQ5 A;  1XYZ A;  2X2Y A;  1BVZ A;  1XH0 A;  3QHM A;  2ZX8 A;  2Y8K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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