3AI0A

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with para-nitrophenyl-beta-d-glucopyranoside
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNDPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-glucosidase
publication title Structural and functional analysis of three beta-glucosidases from bacterium Clostridium cellulovorans, fungus Trichoderma reesei and termite Neotermes koshunensis
pubmed doi rcsb
source organism Neotermes koshunensis
total genus 198
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2010-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ai0A00
1UR9A 1EGZA 1I1WA 1GVYA 4FMVA 4W86A 3ARVA 3N11A 1XH1A 1YHTA 1JGIA 3PZGA 1CYGA 3WN6A 2CKSA 2BY1A 1Q4NX 4C7DA 3IJ9A 1FHDA 2WW5A 3CHEA 4PSRA 4WSJA 3VX1A 3A47A 2XSBA 3FY1A 4MJ2A 3MANA 1M04A 4HPGA 1W3KA 4GPNA 4BQ2A 1V6VA 1BYAA 2ZX7A 2XSAA 2J7BA 4OBRA 1NWUA 1E6NA 1KWGA 3SCNA 3PTKA 4WJXA 1XD0A 4AZCB 3GM8A 5JBDA 4AEFA 5FL1A 4D72A 3KL0A 2BS9A 1J11A 1E6SM 1H0GA 3FN9A 2OYKA 1NWRA 3WQWA 1FP9A 3ARRA 4WK9A 1AQ0A 2QMKA 1JDAA 1UHVA 4QFUA 3BAIA 3RDKA 2V3DA 3VX0A 1KXQA 2WWCA 3VIFA 3WH8A 1XRVA 3U7VA 1UWRA 3MMUA 4PUEA 1ZS2A 1CECA 5DO8A 4UQDA 2IUZA 1C91A 1OGBA 1IZJA 4W84A 3TTQA 3CHCA 5LYRA 2GDVA 2VR5A 2QMJA 3L4UA 4JAWA 1ITCA 4WLCA 2J7CA 3WD0A 1UD4A 2WYSA 4UZUA 1QBBA 1FH8A 2WVVA 1CENA 3OA5A 1XCWA 3QHOA 2GDUA 4GI6A 4U5IA 1WO2A 1G5AA 1CXIA 2CPUA 1QNRA 2WZIA 3WH9A 4CVUA 1V3KA 3WSUA 4JL1A 1ZJBA 1JI2A 4MJ4A 1XHGA 3N18A 1FH9A 3RPMA 2GJXA 1BAGA 3ARPA 2XWDA 3K4DA 2W5FA 4LQ1A 4PN2A 2V5CA 1C8YA 3K1DA 1JAKA 4D6GA 2NW0A 1W2VA 3VDCA 3AIRA 3ARXA 3VPLA 3OLGA 2EBNA 1UD5A 1B1YA 1JDDA 3WDPP 1E6XM 4MNJA 2DSZA 2CESA 3MSDA 4PTWA 4P7NA 4EAMA 2ZXBA 2XFRA 1UZ1A 3WNOA 1N82A 1JFHA 4X0NA 2J8FA 5CQ1A 1H3GA 5IFTA 3EMQA 4JKKA 4PRWA 1U2YA 4UFLA 1GQIA 3DHUA 4QCEA 4KMQA 1FH7A 1CBGA 4Z2KA 2X0HA 2QPSA 1ZU8A 2ZICA 4PMXA 1K9TA 1QNPA 4IUGA 3PTMA 3NDYA 1CXEA 4CU6A 1R7OA 3EBVA 3SCTA 1E0VA 1VRXA 4GQRA 5A69A 2EQDA 2WC4A 3O2LA 3W24A 3W82A 3G6LA 3PZTA 4XV0A 3B8SA 2A3CA 1JZ7A 2WLZA 3AYRA 1BLIA 3PZNA 1HT6A 1CGXA 3VU2A 1PIFA 1UUQA 1VFFA 4DWSA 2PF0A 1G0CA 4OUEA 3MKKA 1WKYA 5DEZA 4U2ZA 1EOKA 1PPIA 3BAYA 4CD6A 1GPFA 1KXVA 3WUBA 2CEQA 3L2MA 3GDBA 3VD4A 3WEZA 3MO4A 3SUTA 1MWOA 1GJUA 3WNNA 2X2YA 3GXIA 4F79A 4P7OA 3WL0A 1CTNA 5ABFA 1JZ3A 2VZSA 3BLPX 4J3WA 4DM1A 2UY2A 4RE2A 1NP0A 4PEEA 1KQYA 2Y4SA 2YIHA 3FHQA 3LMYA 1LG2A 1DEDA 4B9YA 3L4XA 2YOCA 3OZOA 4UFIA 1JDCA 3GNOA 5E6YA 3AIEA 1B3WA 2D0FA 4AIOA 1J0JA 3WDJA 2YL9A 3EYPA 3NYDA 1HJWA 2VX5A 4J27A 1V0LA 1QI5A 3VDAA 1B2YA 2QF8A 1H49A 5DMYA 2J75A 1VAHA 1BTCA 1J0KA 5TD4A 3EMCA 4CD8A 1Y7VA 2WNWA 4TVDA 3AQUA 4UNIA 3MMWA 4R27A 4U5KA 4AZ6A 1BYCA 4W88A 3SUSA 2VT0A 1EH9A 3WNLA 3FXYA 2ZUMA 1PX8A 1QHOA 4EKJA 1B9ZA 1K9FA 5A2BA 1XSJA 5AY7A 1VBUA 4GZEA 2W62A 2YLAA 4A3HA 5BYWA 4K68A 1JD7A 3CBWA 3GNRA 3UG4A 1L0PA 1KR0A 1R8LA 4XZWA 1E1EA 1Q6DA 4E8CA 1WE5A 4Y7EA 4PMRA 5KZ6A 4CGTA 4DUVA 3ZJ6A 3WELA 4ACYA 3PTQA 1CLXA 2WSKA 1VENA 3NJ3A 2OSWA 4JKMA 3A3HA 3W81A 4FLSA 6A3HA 1HNYA 1LG1A 3BMVA 2FH6A 1W1VA 1K9DA 3OGRA 2J78A 4TTGA 2WMHA 1UA7A 2ZX8A 1E6PA 4Z2IA 2VRKA 3KL5A 4BQ5A 3CH9A 2VR4A 4TX6A 4ACZB 2ZX5A 3MU7A 2OYLA 1CWYA 4FLOA 1JXJA 3MV01 2OWXA 1E4IA 4P8WA 4V2XA 2D24A 4NSBA 4WSKA 4DWSD 3MV11 1DWHM 1VFMA 4CD7A 1KBBA 3CZKA 1O6IA 3N12A 1JNEA 3OGSA 2A3HA 3A4AA 3NIYA 2GVYA 4UFKA 2J7GA 1X1NA 4CN4A 2AAAA 1HVQA 5E0FA 1EHNA 4CCCA 3GTNA 2V38A 3D3AA 3VIIA 2F8QA 2XM2A 4AEEA 2RGMA 3GBEA 2FGLA 2GFTA 1E5JA 1CEOA 2E40A 1C93A 1E3ZA 2JEQA 5JIWA 4J28A 5HXMA 4HZ7A 3AMCA 4BA0A 2VUYA 2D23A 3O6AA 3ZT5A 4H04A 3VNYA 4PMQA 2BV9A 4GXPA 2G8ZA 2XWEA 3MMDA 4WKAA 2Z1KA 3VIPA 2YL5A 2VC9A 3WNKA 5FOOA 3MUIA 1UH2A 1ITXA 1AQHA 3BCFA 2DIJA 2VQTA 1GOOA 1MW2A 3RJXA 4JKLA 4AD3A 1ISYA 2CKRA 2VRJA 7CGTA 3U57A 4CD4A 2VL4A 3B9AA 3J7HA 2A3AA 3L4ZA 1KCLA 2ESCA 3AHYA 2ZUSA 4MPKA 1JF6A 3W38A 3FW6A 1G01A 4HA1A 2JALA 2PBOA 1JL8A 5A3HA 1NARA 1E40A 2WKGA 3W28A 1KQZA 4ZXLA 5A95A 2V3GA 5EMYA 2BXZA 4NI3A 2CITA 4R5EA 1DWAM 2FHCA 3L2LA 4AIEA 1EO5A 1G1YA 1H41A 2D3NA 2ZUVA 2WMIA 4BS0A 1H1NA 3TTSA 5CLTA 3WFLA 3GH5A 3WMBA 2OYMA 3WUGA 1R86A 3NSXA 1JG9A 1E73M 3WNPA 1J9YA 2ZUTA 4L4OA 4J3SA 3S6TA 1D3CA 2JF7A 4N0RA 2XVGA 1V0MA 3EDEA 1HJUA 3UESA 1ISWA 3W37A 2X09A 3SUWA 2J47A 3I3EA 4TTUA 5A6AA 5F7UA 1DTUA 1E43A 3VOCA 4DM2A 4DWSC 3QGVA 3MS8A 2DGAA 4RL3A 1GUVA 3CUJA 6TAAA 3WD4A 2WMKA 5FCZA 1DWJM 3CUGA 4W93A 4PMUA 3UERA 1BGAA 2VZUA 3HJEA 2VTFA 2WBGA 1UD2A 3MUAA 4GZJA 4BQ4A 2J4GA 4D6IA 3ARQA 1GORA 1H0IA 1QOXA 3W26A 2GJPA 3N9KA 1ZBWA 1XH2A 1E6RA 2ZWYA 3QR3A 2WKLA 2JIWA 3B9DA 1UQZA 3WDIA 5A6LA 2XVKA 4PMYA 4OOUA 4YN5A 1D2KA 3GXMA 2J79A 2YL6A 4GQQA 3BCDA 2CBUA 3CZLA 3N17A 1MW1A 4MB5A 4YHEA 1BYBA 1QI2A 2AMGA 1VEMA 3TONA 3CZEA 2WXDM 2BHYA 5AC5A 2W92A 3CHDA 3WF4A 4W5ZA 3BH4A 2X8RA 4YPJA 1BGGA 1E4NA 3WQVA 1QW8A 2J7EA 5E0CA 5AYIA 3WH5A 3TA9A 3CGTA 3AS2A 1KR1A 1R87A 4GI9A 2QV4A 4HOXA 3F4VA 5I79A 1VFUA 1F4HA 3RIKA 3IJ8A 3AROA 3FNDA 1XH0A 1IZKA 3AMKA 2DSWA 4HZ8A 1JYVA 1E6QM 1TZ7A 5HPOA 4LXFA 3WQ6A 3SCRA 2Q8XA 4P8VA 1BG9A 1HJQA 2D0GA 3CUFA 3LPPA 3OZPA 2WPGA 4GKLA 3DC0A 2YJQA 3W25A 1OSEA 1UQYA 5DF0A 1HXJA 2NT1A 2XUCA 2ZE0A 1NM9A 4ZFMA 1Z32X 3SCPA 1HP5A 2TAAA 1EO7A 1M53A 1LJYA 1QNSA 3AS0A 4Z2LA 4LYRA 5CGMA 2WMFA 3VD7A 3CZGA 1UR1A 1W2PA 2FDMA 1U30A 1C8QA 1CGTA 5E70A 2UWFA 1BF2A 2VNCA 1VJZA 4DUWA 3AHXA 1BYDA 3T0BA 4PCSA 4W7VA 1ISXA 1E1FA 1E55A 1E9LA 3DECA 1NOWA 1OGGA 2FHBA 1H09A 1FOBA 4PTVA 4P8UA 3FHAA 3LPGA 1V0NA 4U3AA 3GNPA 1R7AA 1EQCA 2BFGA 1TR1A 1C7SA 4HMCA 1EA9C 3W4RA 2ZX6A 3WD2A 2O9TA 1J01A 1QI0A 3VIJA 4H8HA 3TP4A 5A6MA 5LA1A 1KGUA 3AOFA 1MW3A 1W9DM 4AZCA 2GK1B 4PTXA 2WZEA 3OLDA 3WKZA 1W1TA 3AS1A 3D5HA 2PBGA 2IXUA 1B31A 2VX7A 4JFVA 2XGBA 1UWIA 1OGSA 3BLKA 3W0KA 3N1AA 3UG5A 2WHLA 5FKYA 4IISA 3RM9A 4NRSA 2DSKA 1PX3A 5E09A 3U5YA 4M81A 1QI3A 3RCNA 3AHVA 3WEOA 1OB0A 1HKJA 1CXKA 2WVUA 3VGDA 3WUEA 3BAXA 1BSIA 1I75A 2J7HA 3WUFA 1J0ZA 3AIUA 1TA3B 2YBUA 2OWWA 2WBKA 1V6YA 1GONA 3RM8A 4W8AA 2EJ1A 5CPQA 3TTYA 3VUPA 4LYPA 2EXOA 4QLJA 4HOWA 5D9PA 4B9ZA 5GPRA 4MNMA 4QDMA 3L4YA 4U2YA 5ABFB 2VZVA 3ALGA 3EDDA 1RPKA 2V3FA 5AC4A 4AZHA 4D71A 2HISA 1J12A 2O92A 4P7LA 2DH2A 1GJWA 1XD1A 1WZKA 1W9XA 4EK7A 2WSPA 3AICA 1S46A 3MUY1 4Q22A 3KZSA 4UZSA 4HOZA 2XYLA 4ZE5A 2E8YA 3VM5A 1OM0A 3CIVA 1EQPA 5A6JA 1WCGA 1JYXA 5M17A 4AD1A 2E9MA 1GQJA 2WLYA 5I78A 4QAWA 3CMJA 3WF0A 4BCEA 1B3XA 4W8BA 4UQ9A 1JF5A 4BF7A 2DSUA 2PB1A 3NSNA 1ODZA 4MB1A 4KWUA 4ATLA 3AZSA 2ZWZA 2O9RA 3ARZA 4Z2HA 1GHRA 8A3HA 2B31A 5D4YA 3WBAA 2XTKA 2VCBA 3ZJ8A 3K46A 1EDQA 2X1IA 4AD5A 4MTVA 3WD1A 3POCA 2E9BA 4AMCA 4AYSA 4F66A 4UQCA 1JZ2A 4M8UA 2PWHA 1K9EA 1C90A 3T08A 1IV8A 4JFWA 2YL8A 2PWDA 2PWEA 3POHA 2WCSA 1VB9A 3THDA 3PZIA 1U33A 3L4VA 1PEZA 3AMGA 3VIMA 2DDXA 3OBAA 2ZXDA 3WD3A 4KGLA 2WZHA 2WMJA 1C8XA 1W91A 3VMNA 3M7SA 3T2PA 4N42A 2WC7A 2G3IA 2DT1A 3AJ7A 4UFJA 1QHZA 2JF6A 1RP9A 1VIWA 2WHMA 3EDKA 2OWCA 4HTYA 4Z2JA 2QLYA 1LL7A 2D20A 3GYCA 4PMVA 3WL1A 1V6UA 4PMZA 4MAVA 2EPNA 1TG7A 4QLLA 4YHGA 5ABEA 1CGVA 4L4PA 3APGA 1SFSA 3ALFA 3T2OA 4AC1X 2XVNA 4M82A 2A3BA 1B3YA 1EXPA 1Q6GA 1CZ1A 2XFFA 3K8LA 4MDPA 1V3JA 1GQKA 3F5LA 2IXVA 1JZ8A 1YQ2A 3W6MA 4B3LA 1VJSA 1WDSA 5FIPA 2X05A 5A8MA 2WHJA 2DQXA 4UOZA 3DYPA 1XC6A 2VZOA 2D0HA 1OD8A 1V02E 1CGYA 4M80A 4D1JA 3MSGA 1X6NA 3SCUA 3ZT7A 3VGEA 1HJVA 2WMGA 2UY5A 4AZ7A 3WF3A 1XV8A 3EDJA 1XGZA 3QHNA 5IHRA 2WC3A 2J74A 1A47A 3A4WA 1V6XA 2BY0A 3SIMA 1ZBVA 4ZXOA 3ARSA 4ATDA 3ARUA 3VVGA 5BXRA 1W9BM 1V03A 3FAXA 1HN1A 2ZXAA 3VIGA 2C0HA 1GOQA 4H2CA 1W1YA 4AWEA 4JL2A 2MANA 3GBDA 1P6WA 3CTTA 9CGTA 3CPUA 1KGXA 2V3EA 4M29A 1GQLA 1C7TA 5BXSA 2EPMX 2CBIA 5JIPA 1E0WA 1RD6A 1ZJAA 5GNYA 5I77A 1UH4A 2OSYA 2X0YA 5EBAA 4AW7A 1FP8A 5BXPA 4U33A 1J0HA 3OGVA 5FD0A 4FLRA 3ZJ7A 4Z2GA 3CO4A 2XHYA 1F4AA 1WNOA 3OIHA 2WANA 3WEMA 5GNXA 3QOMA 1G9HA 3I3BA 1FHLA 4QP0A 3WQ8A 1TVNA 1M7XA 1OIFA 2DH3A 3UEQA 1WDPA 1B0IA 4UOQA 1EOMA 3HMCA 1MW0A 2O9OA 1QNOA 3UETA 3SUVA 4CCEA 1AVAA 4ACZA 5I3DA 1W9PA 4FK9A 2W63A 2EPKX 3M6DA 5IDIA 1KGWA 2XG9A 1HJXA 3AFBA 4X9YA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UR9 A;  1EGZ A;  1I1W A;  1GVY A;  4FMV A;  4W86 A;  3ARV A;  3N11 A;  1XH1 A;  1YHT A;  1JGI A;  3PZG A;  1CYG A;  3WN6 A;  2CKS A;  2BY1 A;  1Q4N X;  4C7D A;  3IJ9 A;  1FHD A;  2WW5 A;  3CHE A;  4PSR A;  4WSJ A;  3VX1 A;  3A47 A;  2XSB A;  3FY1 A;  4MJ2 A;  3MAN A;  1M04 A;  4HPG A;  1W3K A;  4GPN A;  4BQ2 A;  1V6V A;  1BYA A;  2ZX7 A;  2XSA A;  2J7B A;  4OBR A;  1NWU A;  1E6N A;  1KWG A;  3SCN A;  3PTK A;  4WJX A;  1XD0 A;  4AZC B;  3GM8 A;  5JBD A;  4AEF A;  5FL1 A;  4D72 A;  3KL0 A;  2BS9 A;  1J11 A;  1E6S M;  1H0G A;  3FN9 A;  2OYK A;  1NWR A;  3WQW A;  1FP9 A;  3ARR A;  4WK9 A;  1AQ0 A;  2QMK A;  1JDA A;  1UHV A;  4QFU A;  3BAI A;  3RDK A;  2V3D A;  3VX0 A;  1KXQ A;  2WWC A;  3VIF A;  3WH8 A;  1XRV A;  3U7V A;  1UWR A;  3MMU A;  4PUE A;  1ZS2 A;  1CEC A;  5DO8 A;  4UQD A;  2IUZ A;  1C91 A;  1OGB A;  1IZJ A;  4W84 A;  3TTQ A;  3CHC A;  5LYR A;  2GDV A;  2VR5 A;  2QMJ A;  3L4U A;  4JAW A;  1ITC A;  4WLC A;  2J7C A;  3WD0 A;  1UD4 A;  2WYS A;  4UZU A;  1QBB A;  1FH8 A;  2WVV A;  1CEN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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