3BGJ | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	KELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structure of Human Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase Covalently Modified by 6-iodo-UMP rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
molecule keywords	Uridine 5'-monophosphate synthase
total genus	92
structure length	257
sequence length	257
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date	2007-11-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3bgjA00

3M9YA 4JGDA 3R12A 4AEOA 5D37A 1DQWA 2E5CA 1O95A 5HNRA 5SWUA 1W56A 4HKPA 4RZ4A 4YXGA 2YFNA 3W2LA 4UUIA 5U4NA 5HWMA 2C0AA 3SGZA 4WOQA 1LLZA 4UTWC 3AJXA 1JR1A 3P60A 1PV8A 3RMJA 4AMAA 4BR1A 5IBXC 2X1SA 5KZMA 4JDYA 4S2BA 2B7PA 2ZZ7A 4W9TA 4Z1BA 1P4CA 2FDSA 4NJIA 2ZQ0A 1GOXA 4GWEA 5H91A 2CW6A 2CLOA 3G1SA 1QPOA 3FYPA 2Y6ZA 3LCFA 1TQXA 3NDOA 3NYZA 1QPNA 4ICNA 5G1TA 3LHZA 1H61A 1WBJA 1RVGA 3ABSA 4QIUA 2NX9A 3PG9A 5HUPA 1F5ZA 4I7WA 5KINA 4HSNA 4NUWA 3EKZA 3O07A 2QAFA 5EA9A 1VCFA 2Z1BA 4U4MA 1KBJA 3RFAA 2V82A 1SW7A 2QDHA 4FNRA 4PCFA 1KV5A 4WY0B 3FA5A 4IOTA 4NXKA 2QKFA 1X8FA 3MP5A 2Y62A 4DPQA 1X1OA 2VEPA 2FFCA 3W87A 2ZTKA 1LBLA 1U83A 3PB2A 4WZHA 5F2LA 3IIZA 3ANYA 4AHOA 1SUXA 3KFTA 4IJBA 4JTHA 1JCMP 4MZYA 1X6UA 4XTDA 3OVPA 3DFTA 2BX7A 1KA9F 1K03A 5LKYA 3IIPA 2JGQA 3UZ5A 3PG8A 4K36A 1G4TA 1Z42A 2YYTA 5J5DA 4CQAA 5KSWA 1TPB1 2QUVA 1DHPA 3W2NA 3OVRA 1OVDA 5CKSA 3NZ1A 3UNDA 2NV2A 1H1ZA 3VCRA 4Y9AA 4ZZ9A 1L6YA 1W1ZA 1BWLA 2WO5A 1T99A 1JUEA 1OYAA 4FF7A 1FCUA 1GZGA 3C56A 4QSHA 1RQEA 5CPLA 4IPIA 5HQEA 3MI3A 1Q6RA 2C6QA 5BW6A 4Y6GA 2G96A 3QEZA 4UFJA 2VXNA 4LV9A 4FXRA 3DXIA 1ONRA 1W5QA 1NFBA 1ICPA 3STCA 2A7NA 1MZHA 3TAKA 1ZAIA 1S3HA 2DP3A 3OBKA 3EB2A 3KRSA 4JX5A 3UY7A 5I3FA 4JXCA 1PCWA 3LB0A 3PUEA 4FNQA 1G4SA 3FJ6A 1R46A 3IEBA 1Y0EA 2GJNA 3VKJA 1B9BA 4LVAA 1A5SA 2WSYA 4FXSA 4M6VA 1VGAA 1OX4B 1M7OA 4FX8A 1VHNA 3GNDA 3W2MA 1FWRA 1XCFA 2HTMA 1XFBA 3L0NA 3PF3A 3QSTA 4WUIA 4M5PA 3HGSA 1G69A 4PA8A 4OU1A 1MSSA 3HG2A 2CLFA 5K3VA 1TREA 4HT3A 3IVUA 1YTEA 2O7SA 3TFXA 3M5ZA 3A5VA 1A53A 3RNDA 1ZHAA 4LT9A 1IXPA 3BV4A 3GYEA 4NQ1A 2DORA 3TQ0A 1W3TA 4UCGA 2GJLA 4R7JA 4JICA 3DFSA 3EXTA 1TQJA 2PURA 3LXAA 3N9RA 3BGGA 3ABRA 1ALDA 3W1LA 1G4EA 2YX0A 1GJPA 4JDBA 4EOUA 4R33A 5D33A 2B7OA 3O16A 3OEXA 5F2GA 3STEA 1QFEA 1J5TA 1J4EA 1SPQA 2E5DA 4GUFA 1S5WA 5DXYA 2XN2A 4JTTA 2P0OA 4O8RA 2FIQA 4CCEA 3UWQA 2O7QA 4LC6A 5TBOA 3W6YA 4UTWA 2XFWA 4O17A 3TROA 4AF0A 5IBXA 4CQ8A 5I3HA 1JCYA 2Y88A 3W7QA 1DJQA 3VNDA 2Y85A 3UY8A 1TTJA 5CPNA 5AB3A 2VFHA 4X3ZA 4NXSA 5CPMA 1TTQA 1XM3A 3M0ZA 1D9EA 4K8HA 1B4KA 2VENA 3STGA 3C2VA 5AHIA 4FB7A 2CFFA 1SSGA 4ORIA 2E09A 3A23A 4I7UA 1RR2A 5EPDA 4UXDA 1YXYA 1TCDA 2NV1A 1L9WA 4N02A 3QPYA 1B57A 2DZXA 4O50A 1EWDA 1VCVA 1RQBA 2E6YA 2R14A 1QCWA 4AWTA 2P10A 3NGJA 3LTYA 4IMCA 2VEKA 4MJMA 1QPQA 2RDWA 3W1MA 3GDLA 3C3NA 3RU6A 3U6WA 1TIMA 1GT8A 3G1VA 3W71A 3BW2A 3PUDA 3PM6A 3EX6A 5DCDA 1O4UA 1A5BA 2VEMA 3C2EA 2NZLA 3IVSA 4O16A 4JS3A 3NOEA 1SZFA 3PBWA 3HGOA 1H50A 3IGUA 4IX0A 3CLMA 5K9DA 1NF7A 3GZ3A 3U2OA 4DBEA 1H51A 1UB3A 3DZ1A 1QO2A 3KVJA 1H7XA 1YYAA 2DZPA 4NX0A 2E1DA 4FIRA 5F2IA 1LORA 5LNSA 3C2FA 3P5YA 4WOZA 3NEVA 3TW6A 1PE1A 4UNKA 1IIGA 3G1DA 3GK0A 2ZZ6A 3DI1A 3R2GA 4E0CA 3G24A 3OA3A 3PSVA 3NQ6A 5AHLA 2Y7GA 3QRHA 1JULA 3LHTA 1A50A 2GOUA 3UPBA 1LP6A 1OFRA 3DKLA 1W5PA 3DHFA 3NPUA 2QJIA 3JR2A 3LHVA 3W7LA 1K8ZA 4MFEA 1XBZA 4ZMGA 2YGYA 2RDUA 3SIZA 4CLMA 3P82A 1KM4A 1R47A 3W85A 1K7EA 4BI7A 3I7SA 4FNPA 4MZ8A 2NUWA 1GVFA 2Q3RA 4OHQA 4N9CA 3LHWA 5FF2A 2JGYA 2A7RA 2QAPA 3E12A 4WY0A 2I9EA 3ATZA 2QCMA 2GQ8A 2ZZ4A 3G1AA 3O63A 6ALDA 3PVFA 3C4UA 2H3BA 1RZMA 5I3IA 1JVNA 3LTPA 3STFA 1FUYA 2CWNA 2GPTA 3W7CA 3TA6A 3GXPA 1TV8A 2J88A 1NF0A 4N9EA 4ML9A 5D2YA 4K37A 3R13A 1UUOA 3W2KA 2ZDRA 4CCCA 4YLWA 1NAL1 1LYXA 4EF9A 3KVKA 1KW1A 1QOPA 3UYCA 4UMBA 4MJZA 3LHYA 3FS2A 1TPFA 3TDFA 3C52A 3I7RA 2FPVA 2I14A 4NT0A 2EF9A 1I8JA 3M44A 5CZ0A 3W1UA 2V5LA 3S5YA 3HG3A 3MJYA 3TFCA 1ZJIA 4K7YA 3S0CA 3HGJA 2J9YA 1K7FA 1XBXA 4KWWA 1ME8A 2PE4A 4FNSA 1LRTA 3LLDA 3VE9A 3N73A 3B4UA 4MYXA 2FB2A 3CHVA 3NO5A 4RLIA 1WYIA 1IGSA 1ZENA 4OWGA 3B03A 2ISSA 3SJ3A 1P0NA 2J6XA 4UFMA 3FLUA 3RK8A 3NQMA 4Q32A 1OX4A 1HO1A 1LBFA 1SW0A 3U8GA 1AG1O 4O13A 4U28A 2ZZ3A 3B8DA 1QR7A 2WV8A 4DXVA 1IXQA 1FBAA 5E0KA 4LOCA 1N7KA 2GVLA 3HB9A 1PHQA 5D03A 3P5ZA 4ZQCA 2ZRWA 4BI6A 3QH2A 5DBTA 3O8AA 3LCWA 1VQTA 4LNYA 4X22A 3SFKA 2CLMA 1U5JA 4PH6A 2FJKA 3S5NA 2Z6JA 2HMCA 1LRNA 3LOTA 1ICSA 1F6KA 4ZQNA 5T26A 3NQ2A 3BO9A 4GE8A 3CC1A 3R8RA 4FEZA 2WSRA 4P2VA 2FLIA 2C16A 3BPWA 2BXVA 1D3GA 2EGZA 3GR8A 5K4XA 3MYPA 4JTFA 2B0MA 4O52A 3L65A 5L9FA 1IF2A 2VEIA 3NVTA 2AAMA 2PRHA 4HHPA 3W7HA 2E5BA 4J9JA 3B0PA 3DAQA 1TPVA 2E6AA 1HUVA 4HNNA 4O18A 2DU2A 5TQLA 3NQGA 3EWWA 1BKSA 4EVZA 1C9DA 3PBUA 3VFLA 2D73A 4KKXA 1DVJA 1UJPA 4RCXA 2OT1A 4DO5A 4IMDA 1W5OA 4P61A 5FF3A 2I1OA 2QUTA 3E9AA 1W3IA 2ZRZA 5KITA 1QNVA 5D30A 1W3NA 4DEFA 3BVJA 5CGQA 1A5CA 5AHEA 1KM0A 5AC7A 4N6FA 1RD5A 3G3DA 3P80A 5HMSA 1DQXA 1GG1A 4K6AA 1LTDA 1DBTA 2E6DA 1R2RA 2VKZG 3TNOA 2YR1A 5HR6A 2QCDB 4UFHA 3KRUA 4C1KA 4HN4A 1VLIA 3W07A 2CZFA 2LLEA 3W7GA 5U7SA 1SFJA 3FKRA 3IVTA 1EIXA 1O5XA 4NU7A 2J27A 3LCIA 3LV5A 4BWLC 4ZVJA 5KZEA 2X2GA 3DKJA 2OT0A 4O53A 1TV7A 5FF7A 3FOKA 3M47A 5LNUA 3TU9A 1Q6OA 4QM1A 4O4VA 1PL9A 4A22A 2OZ0A 3DU0A 4I7VA 3G18A 1I45A 3W22A 3ZWTA 1TPUA 2Y70A 4TO8A 4DELA 1KM2A 3W75A 1JRCA 1FCQA 1L6WA 2F7FA 1LM1A 3BGJA 2V2DA 5CPOA 1YLVA 4JX6A 1KLZA 4Z0JA 1SZGA 2E77A 3MP4A 3CU2A 3TW7A 5CZJA 2YSWA 3G1FA 4S2CA 3V1PA 4JYEA 2WNQA 5EKYA 3QZEA 3B06A 4XQ6A 3W1PA 4A29A 1P0KA 5BNKA 3IGSA 5LHFA 2CLKA 4K7VA 2QR6A 3B0UX 3HQ1A 1DORA 1LZOA 4WJEA 4NNAA 4MLRA 4H4IA 4RZ5A 2X1UA 3C0JA 5EBUA 3M5YA 1KTCA 4WXZA 1UASA 1X7FA 2NXHA 3MWAA 3O06A 4UMCA 3LTSA 2ISWA 5F2MA 3M43A 1O94A 1VC4A 1WA3A 3NA8A 1ML1A 3UZJA 4O19A 3L9CA 3V75A 2WNZA 4ZQRA 2Q8ZA 4S1FA 1I2OA 2QCHA 1OABA 3S9YA 1H7OA 1EUAA 1XBYA 5DY2A 1MEWA 3P84A 4FNUA 4O28A 3GNNA 1OYCA 1SQ7A 3W83A 1SU5A 3D0CA 4CNPA 2BZNA 1YDOA 4WXYA 2WKJA 1FWSA 1F73A 4MPQA 3ZR4A 4DF1A 3IRDA 4DQWA 3P81A 3F03K 2OX1A 3W7KA 3I68A 5KMYA 3W1TA 3C2RA 4XBKA 5FF4A 3PSWA 4Y96A 4QAIA 4R34A 2DZTA 2TYSA 5CZTA 2ISVA 1YXCA 3S5ZA 1GTHA 3CQ0A 3PS7A 1C8VA 2QJHA 3A24A 3JS3A 2V5BA 1FDJA 4TR9A 3W2JA 2CZEA 4ADUA 2VC6A 2W79A 3NPXA 4JEQA 2CLLA 3G1XA 1VYSX 3NQAA 3W23A 3NL2A 1TV5A 3QFEA 4NZFA 3UXAA 3T7VA 4RJEA 4Y8FA 4OV9A 1IXNA 4GJ1A 4GNJA 4N9DA 2Y89A 3MHGA 3W7JA 2YFOA 3GLCA 2G95A 3WK0A 4OQVA 3A5FA 2X1RA 3QMTA 4LW7A 2A6NA 3HPZA 1TYGA 1YADA 3LXBA 3I7QA 2GVJA 1YDNA 5EYWA 1CI1A 3UWZA 2C14A 3TE9A 3LCHA 5CSSA 4M7SA 3YPIA 3WFAA 5G1YA 3LCXA 1F76A 1RPXA 4OV4A 2V30A 1W37A 3PUOA 2A21A 3GDKA 1JUKA 3GB6A 3TKFA 4XTIA 3SZ8A 3NR0A 2PC4A 3S5OA 1JUBA 2FQIA 3MUXA 1QO5A 3SY5A 3HG4A 3H55A 2R8WA 4OGZA 1XKYA 5K9CA 4UNLA 2IQTA 2GVGA 1XI3A 3TX9A 1SO5A 4BFAA 5L6UA 1ME9A 3LBCA 3TH6A 5K4ZA 4ZQMA 2A1YA 1OFPA 4PEKA 1V7YA 2OJPA 4YWIA 3EWXA 1OFOA 3O6YX 4BWLA 1RV8A 2NXGA 4O12A 3L66A 4IUOA 5D09A 4LVFA 3L67A 3WJWA 1K8XA 4CQ9A 2RDTA 3WJSA 2AQWA 4HPJA 1EX5A 4YCOA 1OK4A 3FIGA 3W7IA 2C15A 4IQLA 1FX6A 2A0NA 5FESA 2J9ZA 4MZ1A 6TIMA 4MLJA 4PC8A 4IXHA 2R91A 3LM7A 4O57A 3W73A 3E0IA 4L4LA 2WQPA 1K8YA 4UFLA 3BARA 2E68A 3CWNA 4FIQA 2E6FA 4ADSA 3IV3A 2Y7FA 3EEGA 3QW4B 1OF8A 4RXFA 1SR9A 2Y63A 1EWEA 1FWNA 1DJNA 1ZCOA 4MOZA 2DZVA 2B7NA 2XN1A 4UTTC 1FWTA 3ZS4A 4E2BA 2X16A 4JY8A 5LNWA 1BEUA 3GAKA 2YYUA 3HIJA 2WOQA 3K30A 3G1HA 3E49A 3DBPA 5AYXA 4LUJA 2TSYA 3W1XA 3LRLA 1XC4A 2QCDA 2PCQA 3NL3A 1FY6A 1H7NA 1KFLA 3UXDA 2ZA2A 2KZHA 2GQ9A 4PODA 2QCEA 1WQ5A 4IPJA 1K3UA 3M41A 3HOJA 1I2PA 3PC0A 4JY9A 5LGXA 4O0KA 1JQVA 5C6MA 1O60A 1AW5A 2B7QA 4O1AA 3T44A 5HWNA 5LSMA 2A7PA 5D2XA 2F84A 1WOBA 3W76A 5DLCA 2ABAA 2Y7DA 1TMHA 3TUUA 1HG3A 2J9XA 2H90A 1XUZA 3GKAA 2YCEA 1LRQA 3BG3A 4JTKA 3MO7A 1I4NA 4JN6A 1TPWA 4RK8A 3BG5A 3GIYA 4LTSA 3G3MA 3LRKA 2CLHA 2FPYA 4NNCA 3NNTA 3FEMA 3MYOA 1DL3A 4BK9A 2YW4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3BGJA

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