3BK0 | Genus

Total Genus 94

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	KELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structure of Human Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase Complexed with 5-CN-UMP rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
molecule keywords	Uridine 5'-monophosphate synthase
total genus	94
structure length	257
sequence length	257
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date	2007-12-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3bk0A00

1K3UA 3FYPA 3E12A 4AWUA 3EEGA 4DQWA 2PE4A 5SWUA 4BR1A 1KFCA 1XCFA 3M5YA 4O54A 1UCWA 3HPXA 3C0JA 3SZ8A 1D3GA 1R47A 3WJSA 1JCNA 4MPQA 4A2RA 3JRKA 1HFBA 2C0AA 1VCVA 2NUWA 5KITA 2VELA 4GUFA 3G1VA 1TTPA 2NUXA 4JTIA 2QCMA 1RVGA 1RQHA 2DU2A 1AK5A 3A9IA 5F1VA 5D02A 4MZ1A 1GVSA 1QFEA 1YPIA 3L21A 4UR8A 2X1TA 4NZFA 2ZTKA 4JX4A 4AH7A 1OX6A 1H1ZA 2GUUA 1KM1A 3S5ZA 3LI0A 4LW7A 1GT8A 4EVZA 3T4CA 1TPDA 1RR2A 2GOUA 4NZJA 3HGJA 4LY8A 1OVDA 3NL5A 4NJJA 2CLHA 5AHEA 5AOUA 1F6PA 1P0NA 4ZL1A 4ZZ9A 5HULA 1KV8A 1PCKA 1TPFA 4EF8A 1GVRA 3WJXA 2JBMA 1H63A 1TRIA 3VE7A 3E9AA 1I2PA 1N55A 4Y90A 3S8HA 1FWWA 4MOZA 3G0XA 3LDVA 1YTKA 1P4CA 3IEBA 4O28A 1W1ZA 1H62A 4AF0A 3I6RA 2YX0A 3TR2A 3LRLA 2JGQA 2FPTA 1F7BA 1H1YA 5EL1A 4WY0B 4FO4A 3STEA 3LHWA 4IX0A 4RK8A 4TMCA 2WO5A 3HQ1A 4N4QA 3NM1A 3QRHA 4QNWA 4M6VA 3E96A 5K4XA 2E5BA 4XBKA 2A6NA 1H7XA 3OVQA 1FWSA 1Q6QA 1WYIA 3NVTA 3W1MA 3W7QA 5K7JA 1K7EA 4K38A 2NX9A 2J24A 1OX4B 3OVPA 3DI0A 3RLVA 4E2BA 4WJEA 4LC6A 3P8IA 1A5BA 2ABBA 4MIMA 4DO4A 1VGAA 3NYZA 3W2KA 2VEKA 5E93A 3VE9A 3S1WA 4E38A 1OFPA 3HB9A 1QNVA 1VH7A 5F2MA 1BWLA 2OT0A 3A24A 4PC8A 1IIGA 1SW0A 1EIXA 4N9BA 2DZSA 2X1UA 4PODA 5EMUA 1YTEA 1GZGA 3R8RA 3KHJA 1LZOA 3PS7A 1GOXA 1LM1A 1DJNA 3W2JA 3W83A 3KRUA 1M7OA 4EF9A 4UTMA 2WQPA 3P61A 5FF4A 5LSMA 2YW3A 2B7QA 3CM4A 3G1XA 1XL9A 1K8ZA 4PL2A 3E49A 2JGYA 4UTTA 3QMTA 1Z42A 3W7MA 1TJRA 4GNJA 5BW6A 4HHPA 2CLKA 4PEKA 4CCEA 1W8SA 1AG1O 3PB2A 1SO6A 1JVNA 2CZEA 3PUOA 2X2GA 4WOQA 3PAJA 3LXCA 2WNZA 3W6YA 1XXXA 4ADSA 5F4SA 4HSNA 3KVLA 3CWNA 3MWAA 3UWZA 3IV3A 5C55A 3PR2A 1W0MA 4AVFA 3LTYA 1VHCA 3HIJA 2ZZ6A 4IMDA 2A7NA 2YDAA 4YXGA 3DFTA 2NXIA 2JK2A 3W2NA 2AQWA 4MKNA 3O6CA 1HTIA 1QAPA 2E6DA 4AB4A 4Z1BA 3KVJA 1OFOA 3LHYA 3PSWA 1YDNA 2YSWA 1G67A 3W1PA 5L6UA 5E0KA 3UPWA 4KFOA 1KW1A 5HR7A 1AMKA 2J9YA 1GG1A 1KTBA 3NL3A 1ME9A 1TCDA 3W7GA 4ADTA 5A5WA 3CIXA 4D2JA 1ONRA 1ZNNA 3G0SA 1RD5A 2DZUA 5HINA 4ZQPA 1C29A 1Z44A 5D30A 3TNOA 3IGUA 4JDBA 3EWUA 4ZQRA 1Z41A 3ATZA 3BLIA 4UFJA 4K39A 2Y7GA 1TQJA 1OK4A 3L0GA 1KTNA 4GRSA 1I45A 5DLCA 1M5WA 2CZ5A 4O8RA 3LRMA 4P2VA 1FDJA 2Q3OA 3FIGA 5G4WA 4RZ5A 1BTMA 4X3ZA 4DF0A 1KFJA 3GKFA 2F7FA 2BXVA 3CQ0A 4O4VA 1W37A 3IVSA 2Y61A 3B0VC 2ABAA 4QAIA 4WUIA 5GVJA 3PUDA 2WV8A 2QUUA 1G7VA 5LGZA 2TYSA 1JCYA 3B03A 2R94A 4BWLA 4O52A 4RXFA 1EX5A 5HR6A 5DELA 3TFCA 2B0MA 3M7WA 1TPEA 4NNBA 5CGQA 4N9CA 1MSSA 3BW3A 4E2DA 5TIMA 5LNSA 1LDCA 3C56A 5D32A 1DL3A 4GBUA 4JEQA 3W74A 1JQXA 2X30A 4GC4A 3W23A 4O1AA 4GWEA 5IM51 1O4UA 3F4NA 4AAJA 1F74A 3O15A 1ZFJA 1W5MA 1OYAA 4P61A 1DQWA 1FBAA 2V81A 2RDWA 1DQXA 4M6QA 5D2TA 4HPJA 4O1BA 4TMBA 2BWGA 2EF9A 5F2IA 1BWKA 3L0KA 3S42A 1JCXA 4X22A 4EIVA 3SY5A 4LUIA 5D03A 1SW7A 1H5YA 4LV9A 4N9DA 4OGZA 5HWJA 1ZCOA 1XUZA 2I9EA 3LHZA 2J27A 2O7QA 4IGHA 2ZFAA 2ZTJA 3EX1A 4X9SA 3STGA 3PSVA 2VC6A 1DVJA 4DXVA 3W7PA 1DBTA 1FWTA 4JXCA 2WNQA 1IGSA 2TSYA 3TSDA 2EHHA 3DKJA 1PCWA 1K7FA 2GQ9A 3UNDA 3P74A 1Q6LA 1ICSA 3SGUA 2RHGA 3MI2A 2FPVA 2DZXA 4XKYA 3W75A 5HJLA 1IXQA 3IRDA 1J2WA 5EBUA 2A6LA 5J5DA 3H53A 1I2NA 1MXSA 4FHAA 4O19A 2GJLA 2C19A 3FJLA 3O07A 1KFEA 3S0CA 1FCQA 2NXGA 1IXNA 2YCEA 3Q2DA 1OFRA 1XBVA 3PBWA 2Q8LA 2FFCA 3QYQA 1JUEA 2NV1A 2IQTA 2NWSA 1GTHA 3NG3A 4IWWA 5AHFA 3DFQA 2Y62A 3GDKA 1FY6A 3G1HA 3TROA 4LVDA 4JYDA 3W1XA 4NT0A 4PL1A 4A29A 4I7WA 4UTTC 1G4SA 4N02A 3MUXA 1ZAHA 1C9DA 3I7QA 4FNUA 2ZA1A 3VKJA 5K9DA 1WBHA 1MEWA 5FEWA 4ONVA 2DORA 1FX6A 4IXXA 3MYOA 2PRMA 2PRHA 5D2WA 4K36A 4UTJA 4UFMA 1OF8A 3O06A 1JCJA 3M5ZA 4LS0A 5HUPA 4MJMA 3DFSA 3NPUA 4ML9A 1PHWA 4AHPA 3GYEA 1KFBA 4IXHA 4FEZA 3F1QA 2E77A 3LGEA 1S5TA 1W5PA 3P84A 2HSAA 3UY7A 4JNMA 1Y0EA 5D37A 1VPXA 3O6YX 3QQ0A 5AC6A 4NJGA 4H6KA 1HO1A 2YFNA 5C6MA 1WBJA 3E0IA 4FNSA 4ORMA 1LBFA 2A5HA 3VFLA 4AWTA 4RLIA 1GWJA 2V5LA 3ZFHA 2Z6IA 2VXNA 5CSRA 2C18A 1J5TA 4JX6A 4WOZA 3B04A 1H7NA 3IGXA 2W6RA 4UFHA 4NXKA 3CB8A 3G1AA 3SECA 2OX1A 2QR6A 4QSHA 1X1ZA 2A7PA 4BFAA 3TCEA 3P8JA 2V9DA 4FNQA 4MLJA 4O0ZA 4Z0JA 4Y8FA 1H60A 1TREA 5T26A 3TC6A 3L67A 3M5XA 3LHUA 3PBUA 1ZAJA 4IPIA 1UB3A 3W87A 5F4XA 2VFDA 1I8JA 4WQ6A 3FKRA 4A3UA 2VENA 1TPUA 1TV7A 3P80A 5TQLA 3SGZA 3W88A 4MJZA 1MO0A 1D9EA 4JD4A 4FNRA 1NF0A 1JR1A 3QC3A 3QFEA 1KLYA 4MFEA 4K8EA 5DCEA 2QCNA 4LC8A 4LU0A 3BK0A 2VEPA 2E1DA 1W54A 2BX7A 5G2HA 1TIMA 3PG9A 1PHQA 1VQTA 3EXTA 2Z0IA 5IBXA 3KAOA 3O1NA 3W22A 1XBXA 4BWLC 4ICNA 3LHVA 2NX1A 4NX5A 1SW3A 4LV4A 4ZMGA 4MZYA 1KBIA 2CFFA 3EWXA 3W85A 4MY1A 1W31A 2TMDA 4AWSA 5K4ZA 4LS1A 2VOMA 2QCLA 4O4WA 1FXPA 1QPNA 4O1CA 2VEIA 4HNVA 2CWNA 3LRKA 2WJZA 2A85A 3LCHA 5DBUA 3S5OA 4YLWA 5C54A 3G22A 3W70A 2B7NA 3S5YA 1SFLA 1TV5A 2R8WA 2WSRA 5F4WA 3SI9A 3CIWA 2XN2A 4OQVA 4N2YA 1GYLA 3LHTA 1EP2A 1FWNA 2J9XA 1LRTA 3VCRA 1X1OA 5F2LA 3WK2A 4ZQMA 5LKYA 4RJEA 1VYSX 1NVMA 3W1RA 4NQ1A 4Z1CA 2ZDRA 2E09A 3IIXA 3HPZA 1YYAA 3TJLA 5AC7A 5I3FA 3BG5A 5KZMA 3W7DA 2WPBA 3GKAA 4IJBA 3V75A 1G4PA 2BZNA 1OFBA 4K8HA 4ZQOA 3HBLA 2H3DA 2YXGA 3AJXA 3LCXA 4M6PA 4TIMA 4XWUA 1TV8A 3C2VA 4XTIA 1O95A 4MYXA 6ALDA 3BO9A 3NL6A 1KV5A 2NUYA 3IGSA 3G1YA 4OBTA 1CI1A 3DBPA 5CPNA 2NV2A 3W84A 2E5DA 3NO5A 2Y85A 3HG5A 2ZQ0A 2ATSA 2Z1BA 4FB7A 1NF7A 3GDLA 1FCBA 2ZRWA 4JTHA 3Q94A 1L6SA 1SO3A 2R91A 5HWNA 3KFTA 5CPOA 5CSSA 2HS6A 4PFMA 3TJXA 4M7TA 1QOPA 3NR0A 2ALDA 4JY9A 4A22A 2YW4A 3HJZA 4BF9A 1WXJA 4TO8A 3HGOA 1XUUA 5ABTA 2CLOA 2QCDA 4R7JA 5CZJA 2AAMA 3PBYA 4M5PA 3LBMA 3W2MA 1KM6A 2NXHA 3MI3A 1BKSA 4CQAA 1XM3A 3PWAA 3TX9A 2E6YA 3C6CA 2QUTA 3M6YA 3STFA 1F2JA 3K30A 1YDOA 4I9AA 3MHFA 4HSOA 1OG0A 3TV8A 4JTLA 1VLWA 3STCA 1JJKA 4YCPA 4BI5A 2X1RA 1XBZA 2DZWA 4JYEA 4HPXA 3QW4B 1FCVA 4QJ1A 4MYAA 1DKWA 4ZQNA 4JTFA 3P60A 2A7RA 4G1KA 3OVRA 3HOJA 1OABA 1EB3A 2FB3A 1K7XA 4ZQCA 3TE9A 1P0KA 5LNUA 3DHFA 4XZ9A 1LOLA 5H91A 3SR7A 2ZYFA 3TUUA 3HO8A 3N19B 4NJHA 2DZPA 3TC7A 3EX4A 5D2XA 1TPH1 1R2SA 4KFPA 1TPC1 3R12A 1VCFA 2QEZA 3TAOA 1SR9A 3R2GA 1JULA 4WD0A 1UBSA 3Q37A 3UXAA 3WK3A 2QCEA 1HO4A 3DXIA 3INPA 4LRTA 3O16A 1TTIA 3P62A 3B06A 1SO4A 2Y7DA 1TB3A 2Y7FA 3M9YA 3W07A 1FDYA 3ABOA 4QNEA 1SFJA 1W5OA 3NQ6A 1VRDA 2CLLA 4R53A 2VFEA 1LYXA 8TIMA 3P7YA 1VYRA 5CZSA 4Z0SA 5K9CA 2B7OA 2FQIA 3UD6A 5G2WA 4HNUA 4JTEA 2VEMA 3QMRA 3NEVA 1THFD 2VKZG 3NXFA 3BVJA 3I68A 1SZFA 3U6WA 1QMLA 1RQEA 2DJXA 5C5YA 4DO5A 1B3OA 2G95A 5IBXC 3TAKA 4UTKA 3MP3A 2UV8G 2C13A 2HS8A 5KINA 5DXYA 1Q6OA 4GJ1A 1JCLA 5DCDA 3N34A 2FPYA 3TDFA 3LBCA 3PBVA 3NZ1A 1KM2A 1R30A 3NQ2A 3W86A 4FX8A 3LCIA 3A21A 1O94A 1TJPA 4NJKA 1XDLA 1VC4A 5DY2A 2RDUA 4K6AA 4R34A 3KXQA 3EKZA 5DBTA 1F76A 1ME7A 4H3DA 2ZRXA 2BSLA 3W7RA 3FS2A 1JRBA 3G18A 4J9JA 2WOQA 3TQ0A 1ZAIA 1UUMA 3QPZA 3QSTA 1FWRA 1Q45A 4MUZA 3U2OA 2Z2UA 3W7LA 4GUIA 4UNKA 1EUAA 3IIVA 1VZWA 4FF7A 1ALDA 3M1ZA 1F05A 3PC0A 1SZGA 4S2BA 1W3TA 4HNNA 2V82A 1TYGA 3GDTA 3G0UA 1GVOA 3EX6A 1C8VA 2EPHA 2Q8ZA 4M19A 4DPQA 4LVBA 3EWYA 1G69A 3BGJA 4OE7A 3NOEA 3EWZA 1A50A 2A2IA 3QZEA 3N2XA 3GLCA 4C1KA 2Q3RA 3M41A 1X8FA 5FESA 3ABSA 5DCBA 3O63A 1KM5A 3H55A 3FKKA 3QPYA 1K8YA 3BV4A 3UPBA 4JR5A 4FX6M 3I65A 3MMTA 1H7RA 1KM4A 3GIYA 1Z48A 1ICQA 5AB3A 5L9FA 4CQ8A 3THAA 4FIRA 4CCCA 3TMLA 3ZR4A 3DZ1A 4UTWA 1QWGA 3CLMA 4GXMA 3QF0A 1VHNA 5BRBA 3TK7A 3T44A 4JIPA 3M0ZA 4O50A 4AEOA 4HKPA 1UJPA 3N9RA 3TW6A 3C8FA 2Y6ZA 2X1SA 4FNPA 3UQNA 3GR7A 3LI1A 2Y70A 4GUGA 2QCFA 1IXOA 3IIZA 3M44A 4UNLA 1N7KA 1TTQA 5AYZA 3UWQA 3P81A 2GVLA 1PS9A 1NEYA 2CLEA 1OX5A 3LLFA 3C2FA 4ZVJA 2VFIA 3W1QA 4IMEA 1H61A 1A5SA 1A53A 1R46A 1O5XA 3QJAA 4IPJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3BK0A

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