3BPWA

Crystal structure of p. falciparum orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with xmp
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
GLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNMES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of P. falciparum Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase Complexed with XMP
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 126
structure length 330
sequence length 330
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2007-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3bpwA00
2LLEA 3LCWA 4K39A 3CQ0A 4JY8A 4O19A 4GUIA 2HS6A 1AL7A 4MOZA 3SI9A 4OV4A 3NQ8A 1J2WA 2V82A 4AHPA 3BG3A 2ZZ7A 2V81A 3GB6A 3WK1A 2YYUA 4QQ3A 4WOQA 2CLOA 4ALDA 1KBJA 1PIIA 2W79A 2QCDB 2P10A 3W1MA 1XBXA 1TPDA 3EWXA 2CLHA 4WD0A 1O95A 1J5TA 1SQ7A 4ZMGA 3HGRA 2RDWA 4JNMA 1TIMA 4L4MA 1B57A 3ABOA 1MEHA 2CLIA 2DP3A 4HNVA 2BSLA 3A21A 3IIOA 1TPVA 2QJIA 1TJPA 4N9DA 3QJAA 5EL1A 3QMSA 3DHFA 5F1UA 2DZTA 4NX0A 3A24A 4O0KA 5HNRA 1XBYA 4NJJA 3SECA 1WAUA 1TPH1 3C2EA 4LWWA 1ALDA 2OCZA 4LVBA 1KV8A 4IMGA 4LT9A 5E1QA 2QUVA 3UD6A 4DEFA 3LXCA 1JCLA 5HUOA 4GJ1A 5DCBA 4IXXA 2PRHA 3BV4A 1NF0A 4UFJA 3IGXA 4IMDA 4N2YA 4LRTA 1DQXA 3C4UA 5FF4A 3S6DA 4O0ZA 1W3TA 4TMCA 3GVGA 1OX5A 3ABQA 1EUNA 1W5NA 3S5NA 3UXAA 5C55A 1A5CA 4UNLA 3IRDA 3DH7A 1Q6QA 2QDGA 4UFLA 3O8AA 5KMYA 3W88A 1H7PA 3FFSA 1OK4A 3TKFA 4P61A 2E5CA 1IIGA 2E77A 3EWZA 2Q8ZA 4GC4A 3C2OA 4Y96A 3O63A 3MW7A 4MLJA 3CWOX 4U28A 4HN4A 3TFXA 5D02A 1SW3A 3B04A 3LCIA 5E93A 1IIHA 1W56A 2C13A 4TO8A 1SZFA 3PBWA 2Y70A 3B0UX 1VRDA 4TR9A 3UXDA 1YPIA 4JY9A 4CCEA 3KVLA 3R13A 2FPTA 5CZ0A 3FYOA 1FWSA 1PHQA 2VFIA 4UTTC 1PCWA 1ICQA 5DBTA 2V5BA 5HR6A 2OT1A 4LS1A 3TNOA 3LHUA 5DCDA 3L9CA 3W2MA 3NDOA 2CZDA 3DU0A 3QZEA 4LVGA 1JUBA 1WX0A 3NR0A 2AAMA 3C2FA 2TPSA 3F4NA 4MVAA 1TQXA 4O17A 5AC8A 3RLVA 3P82A 3W2LA 1Q6LA 3G8EA 2OJPA 2JK2A 2NV2A 3KVMA 3FIGA 3W1RA 1W1ZA 3BG5A 2CLFA 2RDUA 1TB3A 4ZQMA 5AYXA 1P1XA 2C1HA 1GZGA 4QIUA 1MO0A 2Y7GA 3MP3A 4TMBA 1SSDA 3OVPA 1U5JA 1TYGA 1A53A 1ZCOA 2ZFAA 3KVJA 3PUOA 2G5WA 1H5YA 1VYPX 3O6CA 4GWEA 2Y62A 1SO6A 4EF9A 3NYZA 3RU6A 3VI2A 4NXKA 1MEWA 3CEPA 2NZLA 2X1RA 4RCXA 4XZ9A 1I2QA 1HFBA 1UUOA 5E0KA 3NPUA 2W6RA 1F2JA 1KM2A 4PL2A 2V0TA 3BG9A 3H55A 5HJLA 2RDTA 4JYDA 2Y85A 3LRMA 4OT7A 4BI6A 4UUIA 4BFAA 5EA9A 2E68A 3N9SA 1G7VA 3NQ7A 3NQVA 3GKFA 2EPHA 3W2NA 2DZSA 4HNNA 1G7UA 3EWBX 1LRTA 4QNWA 3IV3A 2YR1A 2WQPA 4KKXA 2ZRWA 5I3GA 1YXYA 3GKAA 3IVUA 3W71A 2E09A 3QPZA 3O06A 4WZHA 1I2RA 2FJKA 5I3IA 3O1NA 3OIXA 4EOUA 3M44A 1WYIA 3L0KA 2FDSA 2CLMA 1TPC1 2CZ5A 2A85A 4NJKA 3CU2A 4D2JA 1FWNA 4JICA 1QDSA 1B3OA 4GXMA 3O6YX 1WOAA 3STFA 3PG8A 3Q2DA 3EX4A 3TQVA 2ZDRA 3FS2A 2QJHA 1H50A 2RFGA 3T44A 3LLFA 4X2RA 2VOMA 3GDKA 1LBMA 3MYOA 4UFIA 2ZTKA 1QWGA 2ZZ3A 2DZXA 3NEVA 2YFNA 5AHIA 3OVQA 5KZMA 3UZJA 5I3KA 1KV5A 4QM1A 3NPXA 2IQTA 3LM7A 3GK0A 1SR9A 2C18A 4NVTA 1OFOA 4NUWA 3FKRA 2O7QA 2BTMA 3STEA 1YADA 2QDHA 5AFDA 2J88A 4HPJA 4MYXA 5DCEA 3LLDA 1VC4A 3P84A 3EWUA 1EA0A 3HF3A 1DOSA 2YDAA 3H54A 3QMTA 4RXFA 1WV2A 5F2LA 4OGZA 3BGGA 2VENA 1DQWA 1JRBA 1KLZA 1JVNA 4LOCA 4EVZA 2H3DA 1A5AA 1NSJA 2HTMA 2DZPA 2Y63A 1ZNNA 1F6KA 1MZHA 4O54A 3W87A 3PR2A 1E51A 4LTSA 3O15A 3FOKA 2NX1A 2ZZ1A 4K7VA 1PVNA 3GDRA 1I8JA 3HG3A 2CLKA 4U4MA 1OFBA 1JRCA 1GOXA 2GQ8A 4GE8A 4O14A 4IOTA 1K7FA 1O5KA 2NXIA 2X1TA 3KVKA 3N2XA 4I9AA 1BKSA 5LGXA 1DORA 1QPNA 4ORMA 5K7JA 1TTIA 2B7OA 1OVDA 4K37A 3ZR4A 2A5HA 2ZZ6A 2FPYA 4MFDA 5CSRA 3AJXA 4JDBA 5J5DA 1SO5A 5CPOA 2G97A 1D9EA 1TRIA 3FA5A 2AQWA 1YTEA 1VHNA 5C5YA 5I3JA 3W83A 1VJIA 3INPA 4BF9A 1ZY9A 1KM1A 3LCGA 3E0IA 1ZAHA 3GNDA 4ZQCA 3CT7A 4WY0A 2C6QA 4PCFA 2ZBTA 4NNAA 3A5VA 1R2RA 2GQAA 2A7PA 2PRLA 4AB4A 2BWGA 2H90A 2NWSA 1EIXA 4Z1CA 1LOQA 5BMXA 2YGYA 3MHGA 2QCNA 4HSOA 1WOBA 2ZA1A 5FI8A 1EUAA 3NNTA 3G18A 4JTFA 5LHEA 3UNDA 1OFQA 1ZJIA 4GUGA 4HPXA 1H7XA 5EKYA 4E38A 4GBUA 5CZTA 2W0UA 2CU0A 1BWLA 2BZNA 1KLYA 2NX9A 3THQA 2V5LA 1WA3A 5LHFA 2ZYFA 5DBUA 5AC7A 1AK5A 3QSRA 2Y88A 3NXFA 1PL9A 1WBHA 1KTNA 1N8FA 3N14A 3W7JA 2H3BA 4DO5A 3F1QA 4N9CA 5D2XA 1FCUA 3DKLA 3QEZA 4O50A 4MZ1A 3VKJA 1F05A 1KM5A 3LHTA 1IGSA 3GZ3A 4C1LA 2Y61A 2AGKA 4POCA 1F74A 4K36A 5KZEA 3NVTA 1A5BA 4M6PA 3S1XA 3M47A 1GVRA 4K8EA 1OYAA 1KBIA 2P0OA 4OV9A 2CLEA 5TBOA 1AG1O 3VCRA 2WO5A 2QUUA 4BR1A 3G1YA 4PH6A 1YTKA 4O4VA 3IIZA 3WJXA 3KFTA 2Y7EA 3PUEA 1P0KA 3NQGA 2R8WA 3C56A 1XCFA 1LYXA 4RK8A 1FBAA 3WJYA 3HOJA 4ZZ9A 1SZNA 1H51A 2ISVA 2YW4A 4KFOA 5F2GA 4BWLA 4O1CA 4Z0JA 3DFTA 4N9BA 3C3NA 4NJHA 4FX7A 3WJZA 2E6YA 3IEBA 3S9YA 1FWRA 4Y9AA 2FB2A 5KTLA 3HQ1A 5DN1A 4BK9A 4IPJA 2PE4A 2ZCGA 3EXRA 5EPDA 1A5SA 3N2MA 4AMAA 1DVJA 2R94A 3G8RA 3UWWA 1VR6A 3A22A 5CGQA 1O60A 2VFHA 4PC8A 2ZRUA 3W2UA 4DXVA 4YL2A 1DJNA 3UWVA 3HPXA 1XBZA 1RVGA 3RMJA 3LX9A 5BNKA 4JIPA 3UPWA 1JQVA 4JS3A 4DF0A 1K3UA 2JKPA 1HL2A 4JD4A 3E9AA 3E12A 1JCNA 2GJLA 5FF0A 2QR6A 5EMUA 3LRKA 2VFFA 3OA3A 5MHBA 3DI1A 1QOPA 2ZRYA 3QC3A 2E6DA 1H63A 5I3FA 4Z1BA 3LTYA 3W7HA 3MMTA 2VEMA 1FY6A 1JJKA 4CQ8A 1YLVA 3UY8A 4JTLA 3TAOA 4A21A 2WPBA 1NF7A 3NPWA 4Q4KA 4HHPA 3SSJA 1CW2A 3N34A 4ZQOA 3Q58A 3W7EA 2BXVA 4UTHA 1YDNA 4K6AA 5AHNA 3BLEA 5C6MA 5EY5A 1M5WA 5D05A 3W7QA 4IX0A 5DXXA 2VXNA 4OQVA 3W7IA 1MEIA 3IIPA 2H6RA 2FTPA 2NXGA 1G6CA 3BO9A 3GDMA 3LGEA 4MFEA 3NQDA 3ZFHA 3W1TA 2FIQA 4M7SA 5IBXC 1EP1A 4X22A 1OJXA 3CWNA 4MJZA 2A1YA 4FIRA 5F4SA 3HG2A 3W1QA 5LNSA 3TROA 3W7RA 4N6EA 3S1UA 2A2IA 1IXOA 4QNEA 4DF1A 1Z42A 3IVTA 2ZRVA 4UTUA 4LS2A 4XBSA 1ZHAA 1LOLA 3LI1A 3PY2A 1WDWA 1GVSA 3DGRA 5D2WA 3GAKA 3PSVA 4WOZA 4FX8A 4DQWA 1KM4A 3QW3A 2ZZ2A 1H7WA 1GG1A 4NNCA 3KX6A 3W7GA 3P62A 3BVJA 1DJQA 3PBUA 4CCCA 3M6YA 1GVFA 3EWWA 3WK0A 1OF6A 4JIQA 4WJEA 3UQNA 5AYYA 3W73A 3W1PA 1KFEA 1LM1A 4TIMA 1QCWA 3EB2A 3ATYA 1W31A 3QH2A 3OEXA 4FHAA 3SIZA 1H60A 3UWUA 1XC4A 4ML9A 1W5PA 4Y8FA 1AW5A 1VH7A 2X1SA 1XUZA 3HG4A 2PRMA 2TSYA 1LP6A 3DBPA 2A7NA 3A23A 3P67A 2TYSA 3NGJA 3G0SA 2FPVA 3EX6A 2GQ9A 3M5YA 5FF2A 2EAWA 4IPIA 3OG3A 4Z08A 3MHUA 1R2SA 2Y7DA 2X1UA 4BWLC 3FJLA 4DF2A 1UCWA 4WQ6A 1AW2A 2HMCA 2WSRA 4OU1A 3LHZA 3W7NA 1VGAA 1S5WA 2CLLA 4YMZA 2YXGA 3I65A 1ML1A 1Z48A 3KAOA 4PEKA 2QJGA 1ZAJA 3W7DA 2ZQ0A 4AXKA 3PM6A 3V1PA 2O7SA 1F7BA 4JTEA 2ABAA 3L5MA 2J9XA 4JX6A 2B7PA 2C3ZA 2QCEA 5D37A 3MP4A 1FXQA 2DZWA 2EKCA 3M0ZA 5D03A 1Z41A 3GR8A 3QPYA 1UUMA 4A22A 1FX6A 4O12A 3PS7A 3DFSA 4K7YA 3HIJA 2I14A 3M9YA 5D30A 4UIOA 4LU0A 3W84A 3JRKA 4N6FA 5LSMA 1BWKA 5D09A 5BRBA 1L9WA 1XBVA 4MUZA 3TQ0A 3DKJA 4I7UA 3M1ZA 1U83A 4EWND 4QITA 4JX5A 3W1XA 5CPLA 3UWQA 1GYLA 5ABTA 3L5LA 2QCHA 3MHFA 3PG9A 5K9XA 4G1KA 4O57A 3WK2A 3U8GA 3PBVA 2X16A 3IIXA 3EX3A 3NG3A 4JTSA 2GJNA 3KXQA 1TTPA 3IGUA 3T4CA 1MSSA 1B9BA 2B4GA 4JN6A 3P5YA 3HGSA 3GLCA 3MUXA 3MO7A 1OX4A 3HG5A 2CW6A 1SUXA 1CI1A 5G1TA 3GYEA 1O94A 4GUHA 3RK8A 1G69A 1EWDA 2QAFA 4FEZA 4GNJA 2ATSA 1RQHA 2ZA3A 1KA9F 1H7NA 5AHLA 1TJRA 3W7CA 5FEPA 4CQAA 3IVSA 3W74A 1FQ0A 1UASA 2WNZA 2YZRA 4IX2A 4N4QA 1LRNA 3UWZA 5L6UA 3H53A 3P7YA 1S5VA 3PC0A 1TV7A 4R34A 3NO5A 5K9CA 4XTIA 2H8ZA 2PCQA 4Q32A 4NXSA 4ADTA 1VQTA 3N19B 5K4ZA 2WKJA 2E6AA 4P2VA 3W3OA 3FKKA 4MY9A 2NWRA 5HQEA 3C8FA 1P5BA 1YPFA 1FCVA 3TSDA 1XI3A 1LTDA 1YTDA 5TQLA 2KZHA 1J4EA 2JGQA 4TX9A 4IGHA 3CHVA 1M6JA 3DHDA 1SZGA 3T78A 3MI3A 1XL9A 3ELFA 1KFJA 2TRSA 4UFKA 4O1AA 1G67A 4WXZA 4JYEA 4ADUA 3LDVA 3RFAA 3G1XA 4DBEA 4FXSA 2Y6ZA 2QCLA 3TK7A 1WQ5A 3DFOA 2TMDA 5AYZA 1I4NA 3QW4B 1ME7A 3ABSA 3QYQA 2B0MA 3TCEA 1C9DA 3G1AA 3G0UA 3LI0A 3GXNA 4XTDA 3W1AA 4K8HA 4KFNA 3IGSA 2D73A 5F4WA 1V5XA 3W9ZA 2WOQA 1QPQA 1Q6OA 2X30A 3C52A 2NXHA 3LHVA 2RKXA 3OBKA 3CM4A 1JCXA 4GFSA 4XBKA 1FXPA 3DI0A 5AC6A 1WXJA 4PTNA 2ISWA 2EGZA 3VE7A 4M6QA 4DPQA 1A50A 2YW3A 5D2TA 2QKFA 5D38A 3B05A 4OBTA 3NPVA 2HS8A 1FDYA 3CIWA 2QCFA 4XKYB 1KW1A 4M5PA 3FJ6A 3W7OA 1R46A 4GUFA 5D2VA 4FF7A 3TJLA 3TC7A 1XDMA 2XFWA 4LW7A 3ZWTA 5BOOA 3TMQA 1JUEA 3OHIA 5HULA 1QNVA 3T55A 4O15A 3UYCA 4QSHA 3PB0A 1SZEA 3L21A 3LTSA 4KFPA 4UFMA 2Y7FA 5D2YA 2DJLA 3CIXA 3JS3A 3L2IA 3BW2A 4UTLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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