3BVJA

Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with xmp
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
KELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Human Orotidine 5'-monophosphate Decarboxylase Complexed with XMP
rcsb
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Uridine 5'-monophosphate synthase
total genus 99
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2008-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3bvjA00
2ABBA 2GVJA 5D37A 1R47A 2BXVA 3UWYA 3P80A 2CLHA 4FNQA 3HGJA 2C16A 1NSJA 3EWZA 3W07A 2P10A 4L4MA 3O6YX 3MHUA 4JDBA 4M6VA 3L66A 1QPNA 2H90A 4LRSA 1X8FA 4PL1A 3W1AA 4M7TA 3PUEA 3UZ5A 2EF9A 4DPPA 3C8FA 4WZHA 1TPUA 1OX6A 3IRDA 1WAUA 1JQVA 3E0IA 2FFCA 5A5WA 5KITA 2Y7GA 5AB3A 4EF8A 2QUUA 1UJPA 8TIMA 1SW0A 1JULA 4XKYB 2QDHA 2ZTKA 3W1NA 4M19A 4DO4A 4JICA 3CU2A 1LTDA 3YPIA 2V2CA 5AYXA 4MY9A 1EP3A 4HNTA 7TIMA 5HULA 2NX3A 2AGKA 4RR4A 2OX1A 1XM3A 3PAJA 3LV6A 3STEA 1X6UA 3W83A 3C2RA 2TMDA 3LCHA 4UNKA 4FB7A 3PC0A 1ZHAA 1C8VA 2O7QA 4O1DA 4JTUA 4KWVA 1N55A 4K8EA 5BMWA 4LC8A 1IXPA 3FLUA 3GK0A 2C19A 4R33A 3T40A 4UMBA 4S2CA 3QPZA 2Y6ZA 3N3MA 4X9SA 2OCZA 1CI1A 1AW1A 5SWUA 4Q4KA 3QW3A 4JTLA 3TDFA 1WOAA 2YCEA 3W86A 3GR7A 5C54A 5HWJA 3UNDA 3GDRA 3SGUA 3E96A 5C5YA 3L67A 1NAL1 1PL9A 4UR8A 2JKEA 3HJZA 2ZYFA 3HGSA 1ZALA 4N4PA 1P5BA 1LBFA 4K37A 5EMUA 1QMLA 3FOKA 3PUDA 5AN7A 4XWUA 2V2DA 3G0UA 5G1TA 4AF0A 2QF7A 1KFCA 4HNNA 2YGYA 4WOQA 1YADA 1OFDA 4Q33A 1KA9F 1VH7A 2JKPA 2QR6A 4ORMA 5G2WA 4ML9A 4FEZA 3UY8A 3GDTA 1DJNA 2GQAA 2CZ5A 4NJIA 1OFOA 4H4IA 2PURA 3SY5A 3SJ3A 1I45A 4MZYA 5F2IA 3EKLA 1GG0A 1PE1A 2B4GA 2ZA1A 3W1MA 3R5EA 1QPRA 2C14A 4JNMA 4JTJA 2NLIA 1W54A 3W1TA 3W70A 5EL1A 3DKJA 4AAJA 1YDVA 3F1QA 1LBMA 1KBIA 3S5NA 1WOBA 1QFEA 3TXVA 3IGSA 4OWGA 1R2SA 4JS3A 3PG8A 4LUIA 4K6AA 2A85A 5LHEA 3DI1A 1OYBA 4HKPA 3S42A 4O1CA 4IXXA 4LU0A 1G6CA 1F05A 1JJKA 3P8JA 3S6DA 4RCXA 1DORA 3THQA 3WJYA 2CLOA 3NPXA 3DFSA 4K39A 2RHGA 5E1QA 2BX7A 1RZMA 2A0NA 4BWLC 1Q6LA 1QDSA 1SO3A 2YXGA 3GXNA 3LCGA 5H91A 4IPIA 5BMXA 3S5ZA 3WK3A 3LCIA 3TKFA 3PBYA 1A5CA 4HSNA 1PHWA 5A8GA 3KRUA 1B4EA 4ORIA 4N6FA 4YL2A 4AB4A 1QOPA 1K7FA 1JUEA 2X1RA 1G67A 1WQ5A 3LCFA 3MYPA 1A50A 2Y7DA 2NUYA 3S5OA 4JN6A 2DZPA 4M7SA 4N02A 4I7WA 3O1NA 4FNPA 3E12A 1F6PA 4MFEA 3NGJA 2QCMA 1EUNA 2JGYA 3C0JA 3M47A 3WK1A 2ZCGA 1DVJA 1VLIA 3LHWA 3MP5A 1W3IA 2HTMA 3DH7A 5K4XA 1TREA 2OT1A 4JTFA 5K2ZA 3CWOX 5AYZA 4FXRA 4MKNA 2Y7EA 2X16A 3LRMA 4OV9A 3BG3A 3DAQA 1R2TA 3PF3A 1DKWA 2YX0A 3UPBA 3EX3A 1ONRA 1FWSA 4UTUA 2YW4A 3UQNA 2ABAA 3RK8A 1S5WA 3FJ6A 2Y89A 5CG7A 5AHLA 2YR1A 1KV5A 1VR6A 2FPYA 3M6YA 5I3FA 1FXPA 3SZ8A 1IXNA 4CCCA 2QJHA 4UC5A 2J88A 3O07A 2DJXA 5LNVA 3TQVA 3OHIA 2QCGA 3LOTA 4DF2A 2VEMA 3S9YA 1O4UA 3KHJA 4JTTA 2TPSA 3W6YA 1H7XA 3O6DA 4FNUA 3W9ZA 3FJLA 4UMAA 3QPYA 5CZJA 4O15A 2VFFA 4Z1BA 5BNKA 3CIWA 2NUXA 5HJLA 2OT0A 2QCCA 4IXHA 2FTPA 3CWNA 2WNQA 1WBHA 3KXQA 1YPIA 3ABRA 4JEQA 3HPXA 1LP6A 4O14A 3HG5A 4MLJA 5DELA 3L0GA 3G1YA 1M7OA 3VE9A 2Z0IA 4AHOA 4ZQCA 1EA0A 4MLRA 6ALDA 1FXQA 4NNCA 3TNOA 1KLYA 1SO4A 2A2IA 2J24A 1VQTA 4MOZA 1ME9A 3BLIA 5HQEA 3UWZA 2XN1A 2R8WA 2GOUA 3P8IA 2KZHA 3W74A 1VLWA 5CPMA 1G4TA 3LTPA 3TQ0A 6TIMA 3BW2A 4NXKA 1MEIA 1TTPA 4WX2A 3HBLA 3GDMA 4M6QA 1XXXA 2ALDA 3BVJA 4AH7A 1QWGA 3DFTA 3BARA 1TQXA 5LNWA 4WJEA 3KX6A 4HHPA 3RNDA 4LS1A 1F7BA 3B4UA 3EXSA 2WV8A 3NZRA 2YFOA 4Z1CA 3QJAA 4FIRA 4OGZA 3LGEA 4N9DA 1FCVA 4JY9A 2JBMA 3OVRA 3HB9A 3G8RA 4PFMA 1R46A 5C2XA 1GVRA 3TMQA 3VE7A 1B9BA 2DU2A 3W7HA 3NEVA 3MW7A 5DXXA 3TR2A 3W7PA 1OYCA 2WSYA 1W5QA 3FIGA 1OX4A 4ADSA 4XTDA 3KOFA 3CC1A 2QJIA 1LROA 4NU7A 1BKSA 2NWSA 4IX0A 4Z1DA 1AL8A 3IEBA 1OABA 1FWRA 3EXRA 5F4SA 3TUUA 5DCEA 2EGZA 1G7UA 4CLMA 3W7DA 3L2IA 5KSWA 3EWWA 4WD0A 3TJXA 3W1RA 3UWWA 4PH6A 4O1BA 1OFAA 3NYZA 3GXPA 5LNRA 1XFBA 4A29A 2CWNA 2CLKA 1Q3NA 3C52A 1K8XA 1NEYA 4X3ZA 3ATZA 2C0AA 5G2HA 3F4NA 3W85A 2V8ZA 2CLIA 3GAKA 3CB8A 3W1PA 4LVDA 3VFLA 1BWLA 2E77A 2Y85A 5DY2A 1I2QA 3Q94A 3GKFA 1XI3A 4O19A 1VC4A 1KM0A 2PC4A 4TIMA 3NQEA 3NA8A 1OFQA 4QQ3A 5AFDA 4IX2A 5FESA 3EWXA 5K9XA 4OBTA 1P0KA 2DZVA 4LVBA 4LS2A 3TMLA 1EEPA 3AJXA 4Z0JA 4UFHA 3N73A 2XN0A 1TPVA 2FJKA 3IIOA 2VFIA 2BWGA 4PA8A 3LERA 3P5YA 4UCGA 2CZFA 3CM4A 5F1UA 3LXAA 5EKYA 3FKRA 2O7SA 4EWND 5I3IA 3EX1A 3MI3A 2ZRYA 1BEUA 3QC3A 3NZ1A 3U6WA 3IGUA 4JYFA 3UXDA 2QCDB 1H62A 4YCPA 4UTWA 4O1AA 3W7GA 4RXFA 2J6XA 3LHTA 5U4NA 5EA9A 3QMSA 3IVTA 3IGXA 2G5WA 4XUGA 5D2VA 4OQVA 1JCLA 2OZ0A 1SU5A 4NVTA 2YZRA 5CGQA 1M7PA 1H61A 2X1UA 5AC8A 1SZFA 4JDYA 3MI6A 3W7OA 1YPFA 5HUOA 4OE7A 4S2BA 5KINA 3LXBA 2WJZA 4Q32A 4LUJA 2W79A 2CZDA 3DFPA 2DZXA 2A5HA 1NFBA 4UUIA 5FI8A 4NX5A 4UTTC 1FWTA 3MHFA 1EPXA 1UUMA 3OBKA 3ZWTA 3B8DA 1SSDA 4HNUA 1G7VA 4JYEA 1KM2A 1W0MA 1PCWA 3O63A 3C2EA 2V5BA 4BFAA 4QAIA 3LCLA 5TIMA 5LHFA 4DF0A 4P61A 3VCRA 2J9ZA 2B7PA 3BW4A 3K30A 2CLMA 5FF7A 1OJXA 1F73A 5C55A 2X2GA 2YW3A 5IM51 1EP2A 1MO0A 2Q8ZA 2ZDRA 1J2WA 3LDVA 1KV8A 3SSJA 4ZQRA 3W71A 1TPDA 1E51A 3NQ8A 1S5TA 4N4QA 2HSAA 4QNEA 1QO5A 3DFQA 3KVKA 1QR7A 3SECA 2RKXA 2GUUA 2A6LA 3ZR4A 1HTIA 4AXKA 3W84A 4A2RA 2QDGA 5CPOA 3W2UA 2ZZ7A 2FB2A 1LRQA 4ZMGA 1RR2A 3KVJA 3GDKA 3P61A 2NXIA 4O12A 4J9JA 1SZEA 5AHIA 3M5XA 4IMCA 3WK2A 3B0UX 2ISVA 5D09A 3MP4A 5F2MA 4O10A 1LYXA 5CPNA 1OFPA 3N2XA 1FCBA 4AHPA 3NQ2A 4MY1A 4NZJA 3UWUA 1HG3A 2QCEA 3W1UA 3S1WA 1Z41A 1DHPA 3EWYA 3W1QA 1HFBA 2VEKA 1K8ZA 4HNVA 1DQWA 3ABSA 3GNDA 5K9CA 2R94A 2QCLA 4IMEA 2NV1A 4GNJA 3QQ1A 1GVOA 1RPXA 1AW5A 3QM3A 3OVQA 4MVAA 3L0NA 3GNNA 4BI7A 3LI1A 3M5ZA 2JKAA 3B03A 1TRIA 3DGRA 2GPTA 4FNTA 2BSLA 3FA5A 3HQ1A 5K4ZA 5CZ0A 1F5ZA 2W0UA 2YSWA 1A5BA 3GXTA 3TROA 2EAWA 3MO7A 3W2KA 1UCWA 1SZGA 2QEZA 3VKJA 1TPFA 3DKLA 4JD4A 2V0TA 3W7RA 3FS2A 1HO4A 3GAYA 3OIXA 4A22A 5LGZA 5DBUA 2ZTJA 1ALDA 3BO9A 5HWMA 4LWWA 1F2JA 1EUAA 4X22A 5D04C 4IQLA 1J5TA 5KMYA 1P0NA 5J5DA 1VCFA 4RZ6A 3TC7A 2LLEA 3LXCA 4GC4A 5AYYA 4E38A 2NX1A 2ZRVA 1M5WA 3NQAA 1QAPA 4WY0A 4MIMA 4KFPA 2F84A 3THAA 1RQBA 1JCXA 2WSRA 4RK8A 3GB6A 4O18A 4AEOA 1VCVA 4CNOA 3HMJG 4JTSA 1TV5A 4MYXA 3P60A 4FNRA 4NJJA 5G1YA 4N6EA 1S5VA 5FF4A 1SW7A 4GUJA 4CNNA 3VI2A 1A5SA 1LOQA 5AHMA 4Y90A 3I65A 4WQ6A 2YFNA 1VS1A 1PS9A 1XCFA 3EWUA 4UTJA 2C18A 2VFGA 5EYWA 3S8HA 2YYTA 3C2OA 3E02A 3HG3A 3NL6A 1FDJA 4GWEA 4Z1AA 4JX6A 4QM1A 4AHQA 1LRNA 1DL3A 1VJIA 3CPRA 3HOJA 4NJGA 3FYOA 4N9BA 1AK5A 4P2VA 4AVFA 1JQXA 4AMAA 1VHNA 4GBUA 1OF8A 3TFXA 4TO8A 2W6RA 1YTKA 2HS6A 5K3VA 1VGAA 4RV8A 3TV8A 1GOXA 4IWWA 3DHDA 3G1SA 2Y62A 2H6RA 3LBCA 1L6SA 2Z1BA 3BPWA 3QZEA 5HR6A 3PBUA 3T4CA 3LHUA 1JVNA 3L65A 4AF0B 4BR1A 1S3HA 3KAOA 1H7WA 1T8XA 1A5AA 4DF1A 3TSMA 3TK7A 4I9AA 2CZEA 1W1ZA 1TTQA 3PSWA 1V5XA 2A7RA 3O6CA 4WY0F 3NG3A 1I2RA 2G97A 4DBEA 3TH6A 2TRSA 2FPVA 4WXYA 1TIMA 1SPQA 1O95A 3CIXA 3UD6A 2V81A 3G1XA 4IMGA 3STFA 3HG2A 4JIQA 3SIZA 4FHAA 2PRMA 2X1SA 2R14A 4ZQPA 4O4VA 2QUTA 2VEPA 4LTSA 3QFEA 1LLWA 3RF9A 1FCQA 3MJYA 4Y6GA 2OMAA 3PBWA 4IMFA 2Y63A 1GG1A 4K38A 3G18A 1AL7A 3MHGA 4W9TA 1L2UA 1G4PA 3P67A 5I3KA 3W7IA 1VRDA 1JCYA 4JR5A 4JTEA 3UXAA 3L68A 3I7RA 2JGQA 4MYAA 1ADOA 1D9EA 4Y96A 5EY5A 3N19B 5J5RA 1ME7A 2ZRUA 2J27A 4YXGA 3NQDA 4LS0A 1XBZA 1IGSA 1ZAIA 2ZFAA 1EWDA 1RVGA 3IIXA 3SFKA 4BF9A 1ICQA 1TJPA 4K36A 3A5VA 2ZA2A 1LOSA 3NAVA 1P4CA 4HPJA 1EP1A 3L5LA 5F1VA 2UV8G 3BLFA 5D30A 5AC6A 1V7YA 4UFMA 4LVAA 3B06A 1OFEA 1JCJA 3PWAA 4TX9A 5CSSA 4LOCA 4QIUA 4A2SA 1H1ZA 1YXDA 1F74A 5GVJA 1DV7A 5C6MA 5LKYA 2ZQ0A 3TXZA 1W3NA 3USBA 1JCMP 1JUBA 4PODA 4QJ1A 4EIVA 3HF3A 2Y61A 5EPDA 3G3DA 1DJQA 2BZNA 4LV4A 4E0CA 5FEXA 4O52A 3LRLA 3GZ3A 4IGHA 1IIHA 1GPWA 4QISA 3EKZA 4LNYA 2XFWA 1I2PA 1LDCA 3C3NA 4O13A 3BV4A 5U7SA 3U8GA 4N2YA 1KM1A 4GJ1A 5FF0A 2CLLA 2QJGA 2QCFA 1OYAA 3IVUA 4RJEA 1X1ZA 4MZ1A 3TA6A 2QUVA 3LTSA 1G69A 1YDNA 2ZA3A 3T78A 3S1VA 1UB3A 1FDYA 1FCUA 4FX8A 1KLZA 3PY2A 4LC6A 4LT9A 3DFNA 4K7VA 2B7NA 4BWLA 1CW2A 3LRKA 1QCWA 3QMRA 1LZOA 1GWJA 3LM7A 2H8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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