3C4U | Genus

Total Genus 109

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	109
sequence length	307
structure length	292
Chain Sequence	MLVKGNEILLKAHKEGYGVGAFNFVNFEMLNAIFEAGNEENSPLFIQASEGAIKYMGIDMAVGMVKIMCERYPHIPVALHLDHGTTFESCEKAVKAGFTSVMIDASHHAFEENLELTSKVVKMAHNAGVSVEAELGRVLVNPKEAEQFVKESQVDYLAPAIGTSHGAFKFKGEPKLDFERLQEVKRLTNIPLVLHGASAIPDNVRKSYLDAGGDLKGSKGVPFEFLQESVKGGINKVNTDTDLRIAFIAEVRKVANEDKSQFDLRKFFSPAQLALKNVVKERMKLLGSANKI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase
publication title	Synthesis and Biochemical Evaluation of Selective Inhibitors of Class II Fructose Bisphosphate Aldolases: Towards New Synthetic Antibiotics. pubmed doi rcsb
source organism	Helicobacter pylori
total genus	109
structure length	292
sequence length	307
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-01-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01116	F_bP_aldolase	Fructose-bisphosphate aldolase class-II

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3c4uA00

1CI1A 5D32A 2Z1BA 3TSMA 2CU0A 3PG8A 4IWWA 2CZ5A 1HG3A 5D2VA 3NQGA 2YDAA 4IPIA 3R8RA 4GBUA 2ZRVA 4IMGA 1D3GA 2DJLA 3K30A 2C14A 1LRQA 1LRTA 2A2IA 2QCNA 3DHDA 3NL3A 1UUMA 4FX7A 1D9EA 4JTFA 1KM2A 5ABTA 2H8ZA 4FNRA 1X1OA 3MBFA 4LRTA 2E6DA 2Q3RA 3NQ2A 3LCFA 1NF0A 5I3FA 4IUOA 2BX7A 2HTMA 2ZYFA 1THFD 5T26A 4GWEA 3S1UA 3IIXA 4JX5A 1KFKA 5F2IA 3S5OA 4X2RA 3LTSA 3DKLA 1ZENA 3PUDA 3EWXA 1TPEA 3GNNA 3NGJA 2P10A 4TX9A 5D38A 5FEPA 3PC0A 3O15A 1H63A 2ZA3A 3T7VA 3EKZA 1H60A 3BPWA 3EX1A 2WSRA 2BWGA 1HFBA 3LHYA 2DZPA 4NXSA 1RZMA 3LLDA 3NQ6A 4N9DA 1TO3A 3V1PA 1Q6OA 1PS9A 5H91A 3WK1A 1N55A 3LHWA 3STFA 2ZTKA 3PR2A 4JTSA 3G24A 2QUTA 4OV4A 4PODA 3B0UX 1XBYA 3SY5A 6TIMA 1HO4A 2A6LA 1ZAJA 1FDJA 1I2NA 4CCEA 5D37A 1L6YA 4UC5A 3ZR4A 5DCEA 3AO0A 3UXAA 5K9DA 3EWYA 1MEHA 1K8YA 1Z41A 3LCGA 5I3IA 2QUUA 4NJIA 4Q32A 1SZFA 4KKXA 4O18A 3HOJA 3UPBA 1DOSA 2VFGA 3MO7A 4U28A 1TYGA 1OX4B 5CZTA 5I3KA 1VLWA 3W2JA 1GTEA 5EYWA 3N9RA 1W5QA 1VJIA 4Z0SA 4JIQA 3SFKA 4Q4KA 4DBEA 3DKJA 2DZTA 1XDLA 4GJ1A 2Q8LA 3M0ZA 3W1QA 1J4EA 3S5YA 4TIMA 3UWQA 1OFQA 4HIBA 3S9YA 4FXRA 3R89A 1S5TA 1FCVA 1MO0A 1W1ZA 3HO8A 1ALDA 3BLFA 4JY8A 4JTKA 1C29A 2QDGA 3DFQA 2CLFA 1S5VA 3GK0A 4GRSA 3W7NA 3L65A 5TBOA 3FYOA 3L5AA 1VHNA 3TH6A 1SFJA 3W74A 1SPQA 5DY2A 3NQMA 3P74A 1GPWA 1K03A 2H6RA 2I14A 4IQLA 2Y89A 3GXNA 5SWUA 1TQXA 1KM3A 4RZ4A 1H1ZA 2DZXA 2LLEA 4QNWA 3A24A 2V82A 3M47A 4RV8A 1PL9A 5KZDA 3LHZA 4NQ1A 2E09A 3AJXA 5KITA 4QITA 3QW4B 3O6DA 3VE9A 1H7OA 4N9CA 1H7WA 4JTEA 3STCA 4K8HA 4AMAA 1TJRA 1LBLA 1QNVA 4HNNA 2TMDA 3CU2A 5K2ZA 3T44A 4QIUA 1JJKA 1OFAA 4A22A 4HNVA 1P4CA 4KFOA 3O6YX 1K7FA 3NVTA 4UTJA 5AC6A 3A23A 2WV8A 4QM1A 3R2GA 3PBYA 3KX6A 1H7NA 2C15A 1T0OA 2J88A 3QFEA 2D73A 3BW4A 1AMKA 2CZDA 2Y62A 4NUWA 3PBUA 4YMZA 1VCFA 1WOBA 1KV8A 3W72A 2E5BA 3HGOA 5I3HA 2QCDB 2YW3A 1ZJIA 2QJIA 3ABRA 5DELA 4NXKA 2XN0A 4O13A 4WY0F 3CPRA 4ZQRA 4FXSA 2E77A 3IEBA 3N3MA 1UASA 4WD0A 4DBDA 2NXHA 2Y7FA 3I68A 1SO4A 2V2HA 4GUGA 1KFBA 3W1AA 2NWRA 2YR1A 5HUPA 3GLCA 1VYSX 2NUWA 3P7YA 2ZRZA 4UTWA 3EKLA 4RR4A 4O1DA 3C6CA 1GVRA 3LBCA 5DLCA 3OVPA 3QJAA 3GKAA 1WQ5A 3F4WA 3MI2A 4QSHA 5KSWA 1JQVA 1WA3A 1LRNA 4AF0B 1OHLA 2JKAA 3E96A 2NV2A 4HPXA 1EA0A 3HF3A 3C2RA 2O7SA 2E68A 4GUJA 5CZSA 2AGKA 5CGQA 4YWIA 4HKPA 3FS2A 3G1DA 3G3MA 4R7JA 1VCVA 2WPBA 4JYEA 4LNYA 4IGHA 4Y8FA 3IIVA 5FEZA 1OK6A 5J5DA 4A3UA 1U5JA 3W75A 3GB6A 3L0KA 3NG3A 4RX0A 4N4PA 3EX3A 1JQXA 3IIOA 2OT1A 1Q6RA 4KFNA 4JX4A 5BOOA 2R91A 4Z1AA 4DF0A 3TK7A 1TJPA 5F2LA 5G1YA 4QAIA 1VZWA 4YCPA 1W5MA 3IGSA 3RNDA 3F4NA 1MEWA 4MZ1A 1LDCA 5FI8A 2VFEA 1XUZA 3HJZA 3THAA 3W86A 1PHQA 2TRSA 1H62A 3HMJG 3G1FA 1JUEA 3EWBX 3MP4A 3P67A 2VEIA 2Z2UA 4E2BA 1TTJA 5EKYA 2A4AA 3KVLA 5D09A 4H4IA 1L9WA 4AWUA 1V7YA 4WUIA 1PIIA 2ZZ5A 3QQ1A 2RH9A 3C2EA 3STEA 5AYZA 3EXTA 1G6CA 4IMDA 5E93A 1EP3A 3PF3A 1UBSA 4MIMA 4RZ6A 3FIGA 3L0NA 5IBXA 3L68A 4XTIA 2E5CA 1GZGA 1ZHAA 3Q37A 3QYQA 5HWNA 3LLFA 3MJYA 1RQHA 3HG4A 2ZDRA 5HJLA 1SSGA 2CLKA 3THQA 1EUNA 2QJGA 4NZFA 4O1AA 4LC8A 3LI1A 1XC4A 5G2HA 1HL2A 2ATMA 4H6KA 1W54A 2WSQA 4I7VA 3BW2A 1FX6A 2GPTA 4FNPA 5G1TA 3SECA 4M6QA 3B0VC 4WX2A 1DQXA 1SFLA 3G18A 3M44A 3Q58A 4ZMGA 4ONVA 4LV4A 1FWSA 1OX4A 1GG0A 4O12A 4BF9A 2RDWA 1XXXA 1OABA 1W3NA 4YLWA 1JR1A 4L4MA 2C18A 2C13A 3DAQA 4HNUA 3KAOA 1HTIA 4IMCA 3G0XA 1XBVA 2EAWA 2R14A 3ATZA 2ZA2A 3LHUA 4MFDA 2WNZA 4UNKA 4JS3A 1ME8A 1R30A 3O8AA 3E12A 3INPA 3VKJA 2PRMA 1W56A 4FIRA 4XQ6A 3W9ZA 1Z48A 1O4UA 3KRSA 3W22A 3C0JA 4ZQOA 3TQKA 3BARA 4O1CA 3S6DA 3Q2DA 4KWWA 4ORIA 4N2YA 3G1SA 3P8IA 4CNOA 2G95A 3PWAA 4O0KA 2OJPA 3TSBA 1PHWA 3L9CA 4WOZA 2J9XA 3NAVA 3BVJA 4JYFA 2E6FA 4RCXA 3W1RA 4JTHA 1W8SA 2JKEA 2QCLA 4DPPA 1FDZA 3NQ8A 4TO8A 2RHGA 1B3OA 1UCWA 3LI0A 4K36A 3P8JA 2IQTA 3MP3A 4M6PA 1FWTA 1TIMA 5HULA 1OFRA 3HGSA 3TSDA 3P61A 4BI5A 3LXAA 4R33A 2YXGA 3LERA 4AXKA 5K4XA 3CEUA 2G5WA 3MW7A 4O0ZA 3TU9A 3DU0A 5D30A 4D2JA 3B03A 1GG1A 1ICSA 3QQ0A 5FF0A 3NDOA 1LYXA 4P61A 3G1YA 2DZWA 4E38A 4FNQA 4Z1CA 1M7OA 4Y9AA 1VC4A 4XWUA 1VR6A 4A21A 3W7PA 3W7HA 4O4WA 1VLIA 3W7KA 2B0MA 2EGZA 3DFNA 1FDYA 3JR2A 4QJ1A 2RKXA 3IGUA 3GVGA 4NU7A 1OYCA 3N19B 3NR0A 3LDVA 4MJMA 5DY3A 2VFIA 1P0KA 3NO5A 5HWMA 4ML9A 2QDHA 1KBJA 2CFFA 4IPJA 4O17A 4ZQNA 3NQAA 3MHGA 2HS6A 4C1KA 3NQEA 4UTKA 1OFOA 2BTMA 3HG5A 4NJHA 2A85A 4A2RA 5GVJA 2E1DA 3I7SA 3ABSA 1VYPX 2Y61A 1RV8A 4MY1A 3S1VA 3GYEA 2VENA 3NL2A 1LLZA 2NV1A 4BFAA 3B04A 2QCFA 1W0MA 2UV8G 1YDNA 1MSSA 1G69A 3DHFA 5F2GA 4AH7A 3ANYA 3OVQA 1O5KA 1XDMA 2A0NA 4NZJA 5AC7A 2GVJA 4W9TA 2RDUA 4WXYA 3LCLA 3OG3A 1QPRA 4PFMA 3UY8A 5K4ZA 2NX3A 2ALDA 3LXCA 5D2YA 5D2XA 2CZEA 2EF9A 4RXGA 1H5YA 4RK8A 2Y88A 1K3UA 4FX6M 3CWOX 2CWNA 1N7KA 2GOUA 4KFPA 4G1KA 4JTGA 1ICPA 3G22A 4ALDA 1Z42A 2PE4A 3L5LA 3T40A 3OBKA 4N9EA 2YSWA 1ZAIA 3P80A 4Y6GA 4UFLA 4HPJA 4CQ8A 6ALDA 1JCMP 1OG0A 5LKYA 4R34A 5D02A 1X7FA 5MHBA 1VS1A 4X3ZA 1IXOA 1FXPA 3VI2A 2X1SA 3UYCA 3KHJA 1VH7A 2ZZ3A 4WY0A 3GAKA 1VRDA 1F6PA 3PSVA 4MLJA 3ABOA 4JTJA 1W3TA 2E6AA 2O7QA 1IXQA 4PC8A 3GNDA 2E6YA 1TPH1 4K6AA 4BI7A 4UMCA 4UMBA 5AHEA 3CIXA 3KVMA 5A5WA 4EWND 3QC3A 2YYTA 5TIMA 3S5ZA 3QMTA 2H90A 2XN1A 1QWGA 3QH2A 2G96A 2ISVA 3O6CA 2B7OA 1I8JA 2NXGA 3W88A 2QUVA 2I9EA 3W1NA 1ZALA 1TRDA 3PY2A 3P5ZA 4DELA 3A5FA 2ZZ6A 3TW6A 4DO6A 1EX5A 5D2WA 3EB2A 1IXPA 3G3DA 4Z08A 1TV5A 3W2LA 1Q3NA 1SSDA 4XBKA 3H53A 3N73A 3W84A 2XFWA 3GIYA 4XBSA 3TW7A 3C3NA 2EPHA 5DCBA 4LC6A 4LVFA 2NUYA 1VPXA 3GAYA 1ME7A 1RPXA 3N34A 1EWEA 3FJLA 2BSLA 4FNUA 4UR8A 5K9XA 1K8XA 1FCBA 5L6UA 2J9YA 2NX1A 3NOEA 4K39A 3P84A 4CQAA 3F03K 5AHMA 1L6SA 3JS3A 1LLWA 3JRKA 2DP3A 1GVSA 2ZRUA 5CPLA 1GEQA 3CTLA 4CLMA 3QW3A 5F2MA 1GVQA 5U7SA 4PA8A 4NNCA 3M16A 3TMQA 2QF7A 3BW3A 2G97A 3W6YA 5KZEA 4BK9A 5KZMA 2GQAA 2X1RA 1RQEA 1TV8A 3PBVA 1CW2A 2CLIA 3TIMA 1JUBA 3LTYA 4WQ6A 3GX9A 4O28A 2VC6A 3WK2A 1W37A 1R2TA 2X30A 1SW0A 4GC4A 3NL5A 2PCQA 1MEIA 4DPQA 1FBAA 4CQ9A 4MFEA 1EUAA 3DI1A 1BKSA 3QRHA 5FEWA 3TAKA 4OT7A 3DBPA 2AAMA 3UWYA 3T4CA 1KFJA 1EPXA 2C16A 4A2SA 1QOPA 1ZCOA 4JTIA 1P1XA 1I45A 4ZQCA 3EX2A 1W5PA 5HQEA 1EP1A 3M5VA 5LNSA 1F73A 1W3IA 1B57A 1SR9A 2EHHA 1DVJA 2X1TA 1YTKA 4YCOA 1GVOA 3QPYA 4TR9A 3RK8A 2TYSA 1F7BA 3M41A 1TTQA 4JDBA 4JN6A 2FPYA 3SI9A 1KM0A 1J2WA 1M5WA 1TSIA 1G4PA 1YADA 4DEFA 4UTHA 2NUXA 4FB7A 3WK3A 3O06A 3L66A 1KM6A 5LGZA 5KINA 3GDLA 1TPDA 3W3OA 4O11A 4HT3A 1LROA 2WKJA 1YDVA 3T78A 2VXNA 4UFJA 4JR5A 4DF2A 1B4KA 4YL2A 4O8RA 4Z0JA 1A5BA 2A7NA 3B8DA 2ZTJA 4OV9A 5EBUA 1DORA 3B0PA 5HMSA 2J27A 5AHFA 1KM4A 5BRBA 1HUVA 3UPWA 3RLVA 2Q8ZA 3SJ3A 4DQWA 3NPWA 3D0CA 3UZ5A 3CEPA 4GFSA 5G4WA 3W1PA 1GOXA 2VFDA 2XN2A 4RZ5A 3M6YA 4UTUA 1SU5A 2VEMA 4MPQA 4PCFA 1GYLA 1P5BA 1JULA 1KFEA 1TMHA 3DI0A 1QMLA 3IIZA 5CZ0A 1NSJA 1K7EA 1VGAA 2WO5A 2H3DA 1WAUA 1XI3A 1O95A 1F05A 3ZS4A 3UWZA 3CT7A 5AYXA 3CHVA 2CW6A 3TC6A 3W7DA 1OFDA 3CIWA 3TX9A 3W1MA 2OCZA 3PSWA 4LRSA 2TSYA 3S1WA 3CC1A 1UB3A 3PB2A 3TFCA 4EOUA 3M5XA 3DENA 3BGGA 4LVDA 3MI3A 1LOSA 5TQLA 3BO9A 2QCMA 2FLIA 1VHCA 3DZ1A 2P0OA 1L2UA 3IRDA 5EL1A 2QCHA 3IVUA 2NXIA 3HGJA 4S1FA 3NQDA 3VE7A 3RF9A 3RFAA 1JCNA 4S2BA 1PCKA 1TQJA 4HHPA 2DZUA 5DCDA 4WY0B 1TREA 5LHEA 1LZOA 1SO6A 2FPVA 2VEPA 2V2DA 3H55A 3LV5A 1GJPA 3TQ0A 4IMFA 1KM5A 2WQPA 3SW6A 1PVNA 4UTIA 3HG3A 3M9YA 3C2FA 4FO4A 1DQWA 3U8GA 3T55A 5BW6A 4C1LA 4MZ8A 3KFTA 1V5XA 2DZVA 3QPZA 4MYAA 1H7RA 1H61A 1SW3A 5AC8A 5HNRA 3CQ0A 2BXVA 3OA3A 1A5AA 4JICA 4DF1A 3O07A 3MHFA 3NM3A 2ZCGA 3NQFA 4M7SA 3WFAA 1SO5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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