3C52A

Class ii fructose-1,6-bisphosphate aldolase from helicobacter pylori in complex with phosphoglycolohydroxamic acid, a competitive inhibitor
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
307
structure length
296
Chain Sequence
MLVKGNEILLKAHKEGYGVGAFNFVNFEMLNAIFEAGNEENSPLFIQASEGAIKYMGIDMAVGMVKIMCERYPHIPVALHLDHGTTFESCEKAVKAGFTSVMIDASHHAFEENLELTSKVVKMAHNAGVSVEAELGRLMGIVLVNPKEAEQFVKESQVDYLAPAIGTSHGAFKFKGEPKLDFERLQEVKRLTNIPLVLHGASAIPDNVRKSYLDAGGDLKGSKGVPFEFLQESVKGGINKVNTDTDLRIAFIAEVRKVANEDKSQFDLRKFFSPAQLALKNVVKERMKLLGSANKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Synthesis and Biochemical Evaluation of Selective Inhibitors of Class II Fructose Bisphosphate Aldolases: Towards New Synthetic Antibiotics.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Helicobacter pylori
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
total genus 110
structure length 296
sequence length 307
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2008-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3c52A00
4O15A 3LV5A 4K37A 3EWWA 1OFRA 2QDGA 1UUOA 2XN2A 5EMUA 1L6YA 5AB3A 1KM6A 3M0ZA 1OX4A 4IXXA 4KKXA 5CKSA 2PCQA 2QR6A 1G4TA 1V5XA 3BO9A 3DHDA 2QAPA 1XM3A 1YADA 1KTNA 4PL1A 2ZZ7A 4WXZA 3NDOA 3EWZA 3Q2DA 3SI9A 3LTPA 2ZCGA 3VI2A 3W1NA 1PCKA 2QUUA 3L5AA 2XN0A 2RDTA 3E49A 3NAVA 4EIVA 3EWBX 3NQVA 3B0VC 3ABRA 1YDOA 3GB6A 1RQHA 3KHJA 1H1YA 1TTIA 3P5YA 2PE4A 4FF7A 5C54A 1QOQA 3N73A 4R53A 3IVTA 2R94A 4JDYA 2GVJA 1W8SA 3RLUA 3W1XA 2A2IA 1G4SA 1F2JA 1W31A 2Y7EA 3WJXA 4HPXA 1FCQA 1UB3A 1ZCOA 2AAMA 2XFWA 2GQAA 1OF6A 1SW3A 1VPXA 3FS2A 5EY5A 4IMGA 4LUJA 5C55A 1Z44A 3W7MA 5HJLA 3TA6A 4YXGA 3GAYA 1MEWA 5FF2A 1YXCA 2OX1A 3UXDA 4BR1A 4LT9A 4Z1CA 4HN4A 3LHTA 2BLEA 4CQ9A 1LZOA 3NPWA 1G7VA 1IXPA 2GJLA 2NX3A 4XBKA 1WBHA 1Q6LA 3CEUA 4LV9A 3KRZA 4QIUA 1ADOA 3PVFA 4ZL1A 4Y8FA 3SZ8A 1EX5A 3G1SA 3TC7A 2YCEA 4GNJA 1LROA 1B4KA 1EP2A 5AHNA 3O1NA 5CSRA 5DCEA 4M6PA 2Z2UA 1DHPA 4NT0A 4JGDA 2OMAA 1ZENA 4S2CA 4DXVA 4TMBA 2B0MA 3BARA 3STFA 1MSSA 3KVLA 1NVMA 1J5TA 3W6YA 1PCWA 4WX2A 4HT3A 5HR7A 3LERA 4MZYA 2CLKA 4QNWA 5HUPA 3VE9A 3C2RA 2VELA 2VXNA 4JX6A 3CHVA 2E5BA 1XBXA 3DKLA 2CZFA 3GDLA 2YW3A 1SW0A 5K4ZA 3G0UA 3RLVA 1NFBA 1XBZA 4LC8A 3EWUA 3NYZA 3OA3A 1SZNA 1LOSA 3T55A 5KINA 3F4WA 3P7YA 3K30A 3GXPA 1Z42A 1K8YA 1ME9A 1QNVA 3ATZA 4ICNA 1VS1A 4UNLA 4AWUA 2YGYA 5E1QA 5HQEA 1WQ5A 2YFNA 4AHOA 6ALDA 3FYPA 3LBMA 3E96A 4XBSA 4UTKA 1KA9F 3MYPA 4UTTA 2NWRA 4BWLC 3EX4A 3P82A 4O19A 1TSIA 2V5BA 5DXYA 1LRQA 1JCMP 5CPNA 1GG0A 3B8DA 3KVJA 4OV4A 3AO0A 1XFBA 4O57A 5KITA 1CI1A 1IXOA 4Y96A 2J9YA 3IIOA 2WV8A 4ZQPA 2CLIA 3EX2A 1X6UA 4E2DA 3SR7A 1JRCA 1HG3A 3W71A 2CLMA 2FJKA 5CSSA 1LYXA 1T96A 1PIIA 4GJ1A 3G1AA 5L9FA 4Z1DA 1C9DA 1YXDA 1DOSA 3C2VA 3LM7A 1QO2A 4JIQA 3E12A 4I7UA 2E6DA 3LXCA 4GBUA 3MP4A 4GE8A 4AF0B 1YTEA 1H7PA 3C8FA 1LRTA 4RJEA 4N02A 3ZWTA 4OV9A 3TJLA 2A1YA 4JNMA 3GKAA 1XL9A 3MI6A 1MEHA 4M7TA 3G1XA 3IVSA 1JCNA 3M1ZA 1I2QA 1K7FA 3GVGA 3W74A 5DBUA 3TMQA 1Q3NA 3GDKA 1DQXA 2C18A 4P61A 5TQLA 3KX6A 4N4PA 3LHWA 4NNBA 4IQLA 5TIMA 4FB7A 3LI0A 1O95A 1XBVA 2BXVA 2A5HA 3T78A 5AFDA 5F2GA 3P60A 5EL1A 4MFEA 3L66A 3PBUA 3JRKA 2DZXA 3M5VA 4WD0A 3O16A 5LHEA 2DU2A 3GNNA 4JTGA 4QITA 4CQAA 3WFAA 2Y89A 4O1DA 3HG3A 2ZFAA 4HNUA 1O5KA 4FX6M 1G6CA 5AYYA 4L4LA 1IF2A 4KWVA 2ZDRA 5FF0A 4FNTA 4N2YA 2HS6A 4ALDA 3P8IA 1Z48A 1W5NA 3BGGA 5SWUA 4JX4A 4UMCA 2B7NA 4UIOA 4ZVJA 1Y0EA 2VEKA 1P1XA 3KOFA 3QJAA 3W72A 4WY0A 3P80A 2E6YA 3GAKA 3NQFA 3VFLA 1ZAHA 1MZHA 3L67A 3VNDA 2VC6A 5F4WA 4Z0JA 1DL3A 1KFKA 3MYOA 3PR2A 3NL6A 1NF0A 3W1LA 3LCLA 3T40A 2CLLA 4O14A 1G67A 1EB3A 3PUDA 1VLIA 1YTDA 3LHYA 1VZWA 3M44A 3W75A 1AL7A 4IWWA 3U8GA 3WJZA 1FWWA 1W5MA 5BMXA 3LTSA 3GKFA 5D05A 4DO4A 3QEZA 3A5FA 4ADUA 3PG8A 3WK0A 3E0IA 4UFMA 3W7GA 1TJPA 4IGHA 3GK0A 1KBIA 1LOQA 3NM3A 2YFOA 3BG9A 3FJ6A 4YL2A 1VGAA 5D2YA 3NNTA 1W54A 2QCDA 5I3KA 3G18A 3UWYA 4A2SA 4OGZA 1ME7A 2JGQA 2ZRUA 2E5DA 1P0KA 4MZ1A 2IQTA 1TMHA 2CWNA 4O1AA 1AW2A 4UTWA 3LHZA 3DFQA 1G69A 1XUUA 4PCFA 4Y9AA 2A7PA 4NU7A 5EPDA 2EHHA 3C3NA 4O12A 4LS2A 1PL9A 3CIXA 2YDAA 3IIZA 3WK1A 4LWWA 3OEXA 3HOJA 3PG9A 2GUUA 3MW7A 4UTJA 4I7VA 5KTLA 1TRIA 3ABSA 3UWUA 5D04C 2C15A 5U4NA 2VKZG 4GRSA 3TXZA 1PV8A 4IPJA 3O63A 2C1HA 2ZA1A 4LRTA 1TV8A 3N9RA 2Q3OA 3FFSA 4NJIA 3FKKA 2ZYFA 2NXIA 4MYXA 3A23A 3KVMA 1JUKA 3PBVA 1WV2A 3UY8A 3TFXA 2DORA 3S1VA 4YCPA 1H7OA 3W7KA 3W83A 1SO6A 3TJXA 4AHQA 1K3UA 1OYCA 2B7OA 1DBTA 1ME8A 5FESA 3S1WA 5F1UA 4LVFA 2FPYA 3IGXA 3NL2A 3GDTA 3NZRA 3I65A 4FXRA 1GOXA 4Y90A 2A4AA 1QCWA 4D2JA 3CTLA 1WOAA 3EX1A 4XUGA 2CZ5A 2VFGA 3DXIA 5AHIA 4LS1A 3L68A 4X3ZA 2TYSA 3MP3A 3M41A 5CPMA 5T26A 2QCFA 3RNDA 3TW6A 3EXRA 4HNNA 4RK8A 5K2ZA 1D9EA 4O16A 2DZPA 5D33A 5I3GA 3PBWA 1NAL1 3H54A 3W84A 1K03A 2VFIA 4UFJA 1TTJA 2QEZA 1FY6A 1FX6A 3HG2A 1LBMA 4ADTA 1GT8A 4I9AA 2TSYA 3D0CA 1O5XA 5FEPA 2HMCA 3O06A 3C4UA 3S5ZA 1OX5A 3QH2A 5DCDA 5CZTA 3I7QA 4K7YA 4RZ4A 1Q45A 3W7DA 1H5YA 4AXKA 4HKPA 3NA8A 3FKRA 3P61A 1GWJA 3N19B 3OVQA 1AMKA 3P62A 3WK3A 5D02A 2ABAA 2ALDA 2TMDA 1OFOA 1KM5A 1MEIA 1OYBA 3NQAA 5ABTA 1KLYA 1SQ7A 3S9YA 1HUVA 1K8XA 3ANYA 3GXNA 3L0KA 4NZFA 3I6RA 3FIGA 3OG3A 1R46A 2QCGA 4JD4A 4LTSA 4QQ3A 3W1AA 2ZBTA 1VC4A 2J24A 3C2OA 4RZ6A 1KM2A 2PRLA 3QSRA 3O15A 5F4XA 2X1RA 2Y7FA 1W56A 1GPWA 4NUWA 1FCUA 5AHMA 1YDVA 4ZZ9A 3G3DA 3L0GA 3GDRA 3CWOX 4Z08A 3ATYA 2O7SA 1XDMA 1LORA 2W79A 2C19A 4OU1A 4EOUA 3HMJG 1X7FA 4S2BA 3U6WA 2ZZ6A 5AN7A 1N7KA 1C29A 1W1ZA 1ML1A 2EAWA 4JYEA 5HWJA 2O7QA 4DELA 1W37A 2WSRA 1VLWA 1EWDA 5AHEA 3DHFA 1KBJA 2DZWA 4RR4A 3DH7A 1J4EA 3MP5A 3SGZA 3LLDA 3WK2A 3ZFHA 2V9DA 4MOZA 3P81A 3I68A 2VFFA 4XWUA 5F2MA 3LCIA 1Z41A 1KFEA 3CIWA 3RK8A 5LNVA 3INPA 3Q58A 2JKAA 4NNAA 5A8GA 5DELA 2PURA 3W73A 5G5IA 2CZDA 2BX7A 4XQ6A 2A7NA 3QQ1A 5EKYA 3W7IA 1WOBA 4JY8A 3W2UA 5LNWA 3GZ3A 1O60A 1I2NA 4UTTC 5F2LA 2ZRXA 2QJGA 2V30A 4YMZA 2E09A 3DFSA 1K8ZA 1ZY9A 5IBXA 2X1TA 1KLZA 3CQ0A 4UMBA 5HULA 3L9CA 4FX7A 3BG5A 4NJJA 4U28A 3PSVA 3NQGA 4LC6A 3JR2A 1TO3A 1P4CA 3W7PA 4UTMA 2KZHA 2NZLA 3FEMA 5HMSA 4UUIA 2ZZ5A 4LY8A 4MZ8A 4QISA 1WX0A 3RU6A 3W70A 2J88A 4GC4A 1QPQA 2X1UA 1OYAA 2DP3A 4JYFA 3TKFA 4GWEA 3W1TA 3P67A 3TDFA 4E2BA 3UZ5A 2RDWA 3TUUA 1Q6QA 2DZSA 5D37A 4CCEA 1SO5A 3MHFA 3GYEA 4AAJA 1XUZA 1G4EA 3WJWA 5F2IA 4IMEA 1QPRA 3P5ZA 3KRUA 4JYDA 3SGUA 3L5MA 2TRSA 4E0CA 1GQNA 4JR5A 3NL3A 1MO0A 3N9SA 4WJEA 1GVFA 4AF0A 1I8JA 3LGEA 3B0UX 5C5YA 5LZLA 1LOLA 2RHGA 3RFAA 1R47A 1FUYA 1QO5A 4FNRA 4O10A 3HPSA 1VCGA 5AHLA 2VEMA 4AH7A 2OCZA 1ICQA 1KTCA 4R33A 1HTIA 1OFEA 4TO8A 4BF9A 4BI7A 1XXXA 4UC5A 4JX5A 3BGJA 3HG4A 1QOPA 4Q32A 4WOZA 3IIVA 3DZ1A 3THAA 1OX6A 3F4NA 3TAKA 4WY0F 7TIMA 3DBPA 5FI8A 4UTUA 3FJLA 4MY9A 2CW6A 4B5NA 1OJXA 4H3DA 4PH6A 1N55A 1RQBA 4Y6GA 3TR2A 1DV7A 3M43A 4RXGA 3GR7A 2RFGA 3OVRA 2Z6JA 3HGRA 1XI3A 2QUTA 3NPUA 2DZUA 2NXHA 3T4CA 1QFEA 4A2RA 3G22A 3BPWA 5E0KA 3BV4A 1UASA 3QRHA 3TX9A 1I2OA 1WYIA 3CWNA 3DGRA 3ABQA 1F5ZA 5G2IA 4FXSA 3DENA 4IUOA 4JTUA 4IJBA 2NV2A 4H6KA 4AWTA 4GXMA 2BZNA 3TE9A 3LTYA 2Z6IA 4DF1A 2GOUA 1H61A 2YSWA 3TW7A 1BEUA 1UCWA 4M5PA 3TROA 2BWGA 1RZMA 5D2VA 1F73A 1VHCA 5BRBA 1VR6A 3NR0A 4M6VA 3UWVA 4RLIA 2J9XA 3M16A 2Z0IA 1SUXA 2FDSA 1TB3A 1XC4A 4ONVA 2WPBA 3EX3A 3LRKA 4JTHA 3QZEA 5K9XA 3UZJA 1SO3A 3HBLA 2ZQ0A 3LB0A 1DJQA 2P0OA 1AW1A 1L6SA 3V1PA 3W7RA 4IXHA 4TMCA 2J9ZA 4LW7A 4UTLA 2OZ0A 4K36A 3W85A 4ZQRA 3LDVA 2JK2A 4K7VA 4MLRA 3NPVA 3QSTA 2OT1A 3RMJA 2EPHA 3PC0A 4NXSA 3UY7A 5K7JA 3KRSA 1FDJA 2ZA3A 4L4MA 1Q6OA 4E38A 4HNVA 1GJPA 2ATMA 4GUFA 1GG1A 2NUYA 2P10A 3W1QA 5U7SA 5BW6A 1T8XA 1XKYA 2I9EA 5GVJA 5LNUA 5I3HA 1IXNA 3C52A 3W7NA 1EA0A 1LTDA 2QCCA 3LCHA 3P8JA 4NJKA 3GIYA 1UJPA 1VCFA 4K8HA 4X2RA 4GFSA 2WSYA 3NQ8A 4K39A 2NUXA 4K38A 4I7WA 2C6QA 1DORA 1TPH1 4U4MA 1EP3A 2GQ8A 4QM1A 1FQ0A 1GVOA 1W5OA 1W3IA 3KFTA 3PM6A 4O1BA 1R2SA 5AHFA 4AWSA 1QR7A 3TSMA 3IVUA 3GNDA 3NG3A 1ICSA 3G1HA 2A6NA 1TREA 3W23A 1M7OA 2QCMA 3A22A 4DBDA 1FDZA 3W2MA 3PAJA 1TPEA 1JQXA 4TIMA 2WQPA 3W7QA 2ZZ2A 1JCJA 1RR2A 2B7PA 2QJIA 1LBLA 4N9BA 4UTIA 5L6UA 2FTPA 3S6DA 3PBYA 3C2EA 2QF7A 2EF9A 5CZ0A 4DPQA 3STGA 4EWND 3CU2A 2A0NA 3HQ1A 3DFOA 1H51A 3W22A 1VYPX 3G0SA 1NF7A 2CFFA 3W7JA 4IMCA 4LV4A 2VFHA 1OK6A 1I45A 4TR9A 4O18A 1Q6RA 2H6RA 2LLEA 3HF3A 3NM1A 1KW1A 4HSNA 2WNZA 4KFNA 1S5VA 4FHAA 3W76A 4N6EA 1AL8A 3MO7A 2ISSA 4WUIA 3S8HA 4S1FA 2C16A 3B04A 3BLFA 3TU9A 3C61A 5I3FA 4CQ8A 3PUOA 2ATSA 5FEZA 4EF9A 4XKYB 4FEZA 2WOQA 4PL2A 3LCWA 2X2GA 3MHUA 1OK4A 4MY8A 3NQEA 3W2KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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