3C52A

Class ii fructose-1,6-bisphosphate aldolase from helicobacter pylori in complex with phosphoglycolohydroxamic acid, a competitive inhibitor
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
307
structure length
296
Chain Sequence
MLVKGNEILLKAHKEGYGVGAFNFVNFEMLNAIFEAGNEENSPLFIQASEGAIKYMGIDMAVGMVKIMCERYPHIPVALHLDHGTTFESCEKAVKAGFTSVMIDASHHAFEENLELTSKVVKMAHNAGVSVEAELGRLMGIVLVNPKEAEQFVKESQVDYLAPAIGTSHGAFKFKGEPKLDFERLQEVKRLTNIPLVLHGASAIPDNVRKSYLDAGGDLKGSKGVPFEFLQESVKGGINKVNTDTDLRIAFIAEVRKVANEDKSQFDLRKFFSPAQLALKNVVKERMKLLGSANKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
publication title Synthesis and Biochemical Evaluation of Selective Inhibitors of Class II Fructose Bisphosphate Aldolases: Towards New Synthetic Antibiotics.
pubmed doi rcsb
source organism Helicobacter pylori
total genus 110
structure length 296
sequence length 307
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2008-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3c52A00
2A21A 1SO5A 4JIPA 2B4GA 1FWNA 3E9AA 2Q3OA 5FF4A 2H3BA 4DPQA 3MJYA 2YW4A 1TPH1 5AHNA 4OT7A 4O19A 1B3OA 3S1XA 4QISA 3GDTA 4JS3A 3HF3A 3SY5A 3W7NA 3IIOA 3FYPA 2OT0A 5AC6A 3W9ZA 3LBCA 4TO8A 3MP3A 4UIOA 3SW6A 4UTKA 1N7KA 4X9SA 3KVKA 1VLWA 1HO1A 1SW0A 1G6CA 4WD0A 3HO8A 1BWKA 4YMZA 1YYAA 2ISSA 4LS2A 5HUOA 3O6CA 4WY0B 4TIMA 5BMXA 1W5QA 1XBXA 1FQ0A 1THFD 1RQEA 3W1NA 3EX2A 3RNDA 3PWAA 3G24A 1OFPA 3TUUA 2ZZ4A 3FYOA 3VKJA 1TPWA 2EAWA 3K30A 4NNCA 1G4PA 3SJ3A 1X1OA 5C2XA 1C29A 1IIHA 1OK6A 4FX8A 3DGRA 3M1ZA 1OFBA 3MYPA 3OHIA 2A0NA 1S5TA 5F1UA 5EMUA 3TSBA 1W5OA 4CCDA 1T0OA 3NQ7A 5HULA 4POCA 5F2GA 3PR2A 4H4IA 3HGSA 6ALDA 3GR7A 4MYAA 1F76A 3FA5A 4NNBA 4DO4A 4KFPA 2E5CA 1VCVA 2NXHA 4UTTC 3EWXA 2CU0A 3G0UA 4FF7A 3LDVA 4MUZA 4NVTA 3W2KA 1JCXA 5DELA 5HINA 1SZNA 3P67A 3G0XA 3M5VA 4JR5A 4QNWA 3IRDA 4O1BA 1UASA 5K3VA 3LX9A 5F4XA 4WOZA 4O13A 1O60A 3NQGA 1OK4A 2YSWA 1LBFA 5LNUA 4FNSA 4XTDA 2ZZ6A 1RPXA 1RVGA 3FS2A 1JCNA 1GVOA 2YGYA 4JEQA 4KWVA 4O10A 2WKJA 4JD4A 3BLFA 3LV5A 3W1QA 4LVGA 4JTUA 2B7OA 1JULA 4A22A 1G7VA 2Y7GA 5D2VA 3LCWA 3S8HA 3OVQA 4LS0A 3GAYA 1LOSA 3CC1A 1OFOA 4Y96A 3SGUA 3Q58A 4O0KA 1H7PA 2JKEA 4IPIA 1KM3A 5D03A 3W7EA 2Z6JA 2V2DA 3YPIA 1F73A 3TCEA 4M5PA 3TNOA 1O94A 3MW7A 4QNEA 3W2LA 1TV8A 4AWSA 2VKZG 4OV9A 3DBPA 2V82A 3G8RA 4NX0A 2ZZ1A 3A24A 1BTMA 3NO5A 1FCUA 2DZVA 1DQWA 3GDMA 3TV8A 2C18A 2QCMA 2QCDA 3E96A 3GNNA 3TXVA 3PAJA 4Z0SA 3TKFA 2DZUA 1ALDA 1IGSA 4UFKA 4NXSA 1KFCA 4BR1A 4OV4A 3NQ2A 1HTIA 1W56A 3P7YA 3ZS4A 1XUZA 4Y6GA 1IF2A 1OHLA 2AAMA 2OMAA 2ZRZA 4N9DA 3B04A 1KBJA 1Q3NA 4LY8A 4CQ9A 3BLEA 2YDAA 1R2RA 1XL9A 1EB3A 2H90A 4I7UA 3UWQA 2ZZ7A 3PG9A 3GDLA 4UFLA 2ZYFA 1Z41A 3EXRA 4IOTA 4I7WA 3W70A 1RQHA 3NQDA 2NX1A 1HL2A 1I45A 3O06A 1EUNA 2A6NA 4JX6A 4PC8A 2WPBA 5D37A 5EL1A 5G4WA 1ZAJA 2X1TA 1I2QA 2EF9A 1TPDA 3W7QA 5A5WA 2Y63A 4LC8A 4PFMA 3VNDA 4DELA 2ALDA 1ZALA 3P84A 3S6DA 2PRLA 3RLVA 1TRDA 3A22A 3P8JA 3HGOA 4ADTA 1RR2A 2FB3A 3EWBX 3HPZA 3ATZA 5U7SA 2NUXA 2YZRA 3ANYA 2CZEA 2GQ8A 4YCPA 3UWZA 4QAIA 1GTHA 1TREA 1UCWA 3E02A 4TR9A 4AH7A 1GG1A 4JDYA 3NL6A 3GZ3A 2YR1A 5H2ZA 1VCFA 1XC4A 3QQ0A 3C2EA 5CG7A 3STFA 5LSMA 4LT9A 3HPSA 5K9DA 2QUVA 3M7WA 4MPQA 3EX3A 4RV8A 2GVLA 4O1CA 1FCBA 5G2WA 5AYXA 2XFWA 1WDWA 3G8EA 1Z48A 4Y90A 4CQAA 1P5BA 3PG8A 1A5SA 1GZGA 3W3OA 3OG3A 1LOQA 4X2RA 2F84A 1PV8A 3G22A 4HSNA 2XN1A 3TE9A 3TROA 1A50A 2EKCA 4M6VA 4FNQA 4R34A 3V75A 4FIQA 1GG0A 3S1UA 5K4XA 3IIZA 1I2NA 5A8GA 4AF0B 4RJEA 1FX6A 3S1VA 5IBXC 2NXGA 3W22A 5FEXA 3BARA 3C3NA 1TV7A 2V81A 1UUMA 5IBXA 1M5WA 3O15A 2AQWA 3B0PA 3O05A 3T44A 1TQXA 7TIMA 2I14A 2QCNA 4MIMA 2RKXA 2VEIA 4RZ5A 1GJPA 5D30A 3QMRA 5C5YA 4JDBA 3SFKA 1ML1A 4RX0A 5EBUA 3KFTA 1TMHA 3DI0A 1YTEA 3L66A 2HMCA 2H8ZA 3STCA 3T55A 4A21A 5D02A 4Y8FA 2V9DA 1JR1A 1ZHAA 5G4EA 4O8RA 3KHJA 3S0CA 2D73A 3LCFA 3Q37A 4PH6A 2WV8A 3HGRA 5AHLA 5FESA 4O16A 3M5ZA 4O28A 3QW4B 4HNNA 5DCDA 1U5JA 2YPIA 3HPXA 2Y62A 5D2YA 1TYGA 2HS6A 3NL3A 4RK8A 4BFAA 1FY6A 2P10A 3ELFA 4H6KA 2VFIA 4U28A 4O11A 2VFEA 3NQ6A 4HIBA 3MBFA 2FIQA 2OZ0A 5KINA 5I3GA 3A23A 3F1QA 3I65A 3TSDA 2JKAA 4XZ9A 2WNQA 3NL5A 1DBTA 3OVPA 1B4KA 2X1UA 1WQ5A 4KFOA 1JUEA 3KVMA 2DZPA 3NQCA 5KSWA 2ZRXA 4N6FA 1ME7A 3PBWA 3EWWA 4BF9A 3TFXA 2CLMA 2ZRYA 2GVJA 3GVGA 3TMQA 4FEZA 3TA6A 8TIMA 1E51A 4JTFA 1FDYA 3NQEA 1WV2A 5AYZA 3UZ5A 1VGAA 1OFQA 1G7UA 4AXKA 3N2XA 3A9IA 1D3HA 4JN6A 3CEPA 3W7PA 3FLUA 4PODA 4K6AA 1YLVA 3WJWA 4DPPA 1VYPX 1FCQA 4OE7A 1TPEA 4NJKA 1X1ZA 2ATMA 4ZVJA 2QDGA 4IMDA 3WK2A 4ZQNA 1YADA 1S3HA 3MHFA 4DF2A 2I9EA 3IVTA 3M6YA 3LHWA 4N02A 3GK0A 3O16A 1F6PA 3BVJA 3NA8A 2PE4A 1QOQA 3B0VC 4XKYA 1QAPA 1ZY9A 2HTMA 3WJSA 3IGSA 4LNYA 3MMTA 2Y85A 2CLKA 5CPLA 2Q3RA 3LTYA 1Q6LA 4UR7A 5HWJA 1SZEA 1O5XA 3C2FA 3M41A 1QNVA 3TXZA 2RDTA 1LDCA 1FXPA 3W1PA 4O1AA 5U4NA 3QPYA 3PF3A 4EF8A 2BWGA 2QKFA 3N34A 4JTJA 4WXYA 1Z44A 3TR2A 2FPVA 3M0ZA 3LHTA 4YXGA 1K3UA 3W86A 1TQJA 4WY0A 4HHPA 3IVUA 4LTSA 4KFNA 4WJEA 1MZHA 3DH7A 5D2TA 5H91A 4GRSA 1F05A 3NXFA 4UMAA 3JS3A 1KV8A 1R2SA 4D2JA 5I3KA 3W7OA 2CLOA 4LS1A 1AW2A 1QR7A 2Z2UA 4MY1A 4Z1CA 1OFEA 4E2BA 3PB0A 2YXGA 3M16A 1K03A 2ZQ0A 2XN2A 1GTEA 4C1KA 1QPOA 3TC7A 2C0AA 3ZWSA 1YPFA 1J5TA 3EX4A 4UMCA 2ISVA 4BI7A 3HQ1A 1SW7A 1XXXA 2X1RA 1TV5A 2W79A 2XN0A 3ZWTA 3PBUA 4DO5A 4CCEA 1YXDA 5KITA 4UMBA 3BO9A 3NZ1A 5AHMA 1QPRA 4S1FA 1SSGA 3QPZA 4IX0A 2WSRA 3HBLA 3PM6A 3N19B 4JICA 5IM51 3BW2A 3SSJA 3JR2A 1XDLA 5KMYA 3G3MA 1R2TA 1YXYA 1ICQA 1OYAA 2A2IA 3TK7A 1U83A 3TQKA 3L5AA 1WXJA 1UUOA 4CQ8A 3B4UA 1O95A 4R7JA 4DXVA 1LM1A 4AEOA 3W7MA 1OJXA 1YTKA 1ICSA 3CIWA 4MZ8A 2ZTJA 2BSLA 1A5BA 5BRBA 3KXQA 1H1ZA 4JTHA 1VYSX 3UWVA 2WSQA 2X2GA 3UYCA 4LRSA 2HS8A 1JCMP 4OQVA 2Y7DA 4FIRA 5DCEA 1LZOA 3IIPA 2CLFA 1DJNA 3FJ6A 1TSIA 2Z6IA 5LGZA 3KOFA 2W6RA 1TPC1 1KLYA 4JIQA 1HO4A 2YFOA 4HT3A 4NJJA 3CT7A 3BV4A 3CHVA 1OX4B 2A6LA 1GEQA 4EOUA 1LTDA 2ZDRA 1IIGA 2NLIA 2ZFAA 3HGJA 3OEXA 3EEGA 5HMSA 4ALDA 1EWDA 2Q8LA 4GNJA 1YDOA 3EXTA 1TPB1 2VFDA 2HSAA 3W1MA 1A53A 4N4PA 1S5VA 4JY9A 4X3ZA 4RXFA 3G0SA 3LERA 2C1HA 2OJPA 2YFNA 5FF0A 4LW7A 2C16A 3PULA 3PY2A 1I2PA 3WK1A 1QPQA 4QM1A 4LC6A 2C19A 3G1SA 2NV1A 4RZ4A 1L6SA 3BGJA 3O6YX 4NX5A 3LV6A 2OX1A 2RH9A 2DZTA 4IQLA 3L21A 4JTEA 5FF7A 3NQMA 3IV3A 1CW2A 1G4TA 2ZRVA 3MWAA 3N9SA 3QJAA 3R12A 3DFSA 1KTBA 5D2WA 4UTHA 2B7QA 3DI1A 3LB0A 3W7IA 1TCDA 5D33A 1F74A 3UY8A 1W31A 3RU6A 4MYXA 1W1ZA 2QUUA 4UFJA 1VR6A 2VEKA 3SIZA 3KX6A 4UTTA 4O15A 3W1RA 1H61A 1I4NA 3W72A 1TO3A 2E77A 1OYCA 3B06A 4M6QA 2V2CA 2R14A 1QWGA 4O4VA 2Z0IA 2VFHA 1QDSA 2R8WA 3HMJG 4O17A 3S42A 1OYBA 3MUXA 4GXMA 1DOSA 5D2XA 3QMSA 2YX0A 1JUBA 5LGXA 1OVDA 4CNOA 1VYRA 2C6QA 1WOAA 3W1AA 4MZYA 3LXAA 3TW6A 3LCHA 3DZ1A 4LU0A 1AK5A 3TQ0A 3HG5A 5DXYA 4GUHA 2UV8G 5F4WA 1ZJIA 1UB3A 3TJXA 2ZA2A 4FX6M 3L68A 5EKYA 2PCQA 1KFBA 5AB3A 1T96A 3NPWA 4HNUA 4ORMA 1EPXA 3SZ8A 3C4UA 4YCOA 2C13A 4OGZA 5TQLA 3N14A 3L2IA 5F4SA 3FOKA 1JCJA 1XBVA 2IQTA 3W1LA 4LWWA 3R8RA 3M5XA 5AHIA 3NQVA 3LI0A 4JXCA 4NZJA 3I6RA 3W7JA 4EWND 4GUIA 3BG5A 1TRIA 4U4MA 1KTNA 5CGQA 4JTKA 3UPBA 3QMTA 3G18A 2CLHA 2NZLA 2E1DA 4AF0A 1KM6A 4DF0A 4K8HA 1JJKA 2V8ZA 4ZQPA 4WUIA 1EEPA 5AC7A 3DHDA 4K7VA 4UNKA 3DU0A 2P0OA 1GVSA 2RDUA 2ZCGA 2J27A 5BNKA 3DENA 3GXTA 3KRUA 5KTLA 3SECA 4GFSA 1YPIA 1H60A 5TIMA 1AMKA 3UY7A 2DJLA 3NNTA 2Y88A 3UNDA 4MFDA 1L2UA 3W1UA 1WA3A 4ORIA 3W76A 5ABTA 1KFLA 5CKSA 4EVZA 1EP2A 3PBVA 3TH6A 2A5HA 2F7FA 4QITA 1FWSA 5D05A 4HPXA 4TMCA 5AHFA 1V7YA 4DF1A 3MHUA 1C8VA 2JBMA 4E38A 4LOCA 1XI3A 4NXKA 5CZSA 3NYZA 3QSRA 3PSVA 4JTTA 1TTIA 4Z1DA 2DZWA 3W2NA 2VOMA 1KBIA 5BMWA 5DXXA 3DKJA 4AHOA 2GQAA 3WJYA 3TDFA 1DL3A 3UQNA 5AC8A 3M47A 3L65A 3H53A 3QM3A 2PRMA 4ADSA 3NL2A 3LTSA 1MEHA 4DBDA 1W0MA 2VC6A 1KA9F 3JRKA 1X8FA 4S2CA 3GLCA 1KM0A 2DU2A 3LCIA 1W5NA 3A21A 2X30A 4LV4A 2A7PA 4AVFA 1WOBA 5HR7A 1W3TA 3R13A 3MI2A 1RV8A 3ZR4A 5FEWA 1FWWA 5K4ZA 2DZXA 1VRDA 2QCGA 4TX9A 4PEKA 3S5YA 1ADOA 1J2WA 3U8GA 3ABSA 1JQXA 1T99A 3L5MA 4JTIA 2NUWA 4UCGA 3NAVA 1VLIA 1KFJA 1SZGA 1FWTA 2OCZA 5K7JA 3TU9A 4ADUA 3G1XA 4I7VA 2Z1BA 3CM4A 3A5FA 1AG1O 4RR4A 4M7SA 3TX9A 3M9YA 2E5DA 3LRKA 3STEA 1PHWA 2LLEA 3KVJA 3BW3A 3NZRA 1I8JA 1T8XA 2FTPA 4UXDA 3BW4A 4LUJA 3NQFA 3G1VA 4NJGA 1Q6OA 4UTIA 2WSYA 1BEUA 3BLIA 3E0IA 4RKAA 3LHZA 5F2MA 3QH2A 3DFQA 4N2YA 1EP1A 2YW3A 3W75A 2ZRUA 3M43A 1UBSA 1TJRA 1SU5A 3BGGA 2A4AA 4M7TA 3P5ZA 2QJGA 3SGZA 3W83A 1F7BA 4CCCA 2Y70A 3TW7A 4ZMGA 1K02A 1LBMA 1JCYA 2QF7A 3GB6A 3QC3A 5FF2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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