3C56A

Class ii fructose-1,6-bisphosphate aldolase from helicobacter pylori in complex with n-(3-hydroxypropyl)-glycolohydroxamic acid bisphosphate, a competitive inhibitor
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
307
structure length
297
Chain Sequence
MLVKGNEILLKAHKEGYGVGAFNFVNFEMLNAIFEAGNEENSPLFIQASEGAIKYMGIDMAVGMVKIMCERYPHIPVALHLDHGTTFESCEKAVKAGFTSVMIDASHHAFEENLELTSKVVKMAHNAGVSVEAELGRLMGIAVLVNPKEAEQFVKESQVDYLAPAIGTSHGAFKFKGEPKLDFERLQEVKRLTNIPLVLHGASAIPDNVRKSYLDAGGDLKGSKGVPFEFLQESVKGGINKVNTDTDLRIAFIAEVRKVANEDKSQFDLRKFFSPAQLALKNVVKERMKLLGSANKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis and Biochemical Evaluation of Selective Inhibitors of Class II Fructose Bisphosphate Aldolases: Towards New Synthetic Antibiotics.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Helicobacter pylori
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
total genus 112
structure length 297
sequence length 307
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2008-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3c56A00
3W86A 1OHLA 3ZWSA 3GDRA 2ZZ6A 4UCGA 4FXSA 3A23A 1VPXA 3TNOA 4ORIA 1XL9A 4UXDA 4KFPA 4CCDA 3SFKA 4O53A 5CPLA 4M6VA 2WQPA 1FWWA 4O4WA 5HMSA 3PSWA 1C9DA 1F73A 2GQAA 1ZJIA 1H7RA 4CNNA 1LBFA 1QPQA 5D05A 3B03A 3SY5A 3W22A 1PCWA 2H90A 3KHJA 4LWWA 3W1TA 3ABOA 1BTMA 1XBXA 4UTMA 4CLMA 5K4ZA 3T4CA 4BI6A 4C1KA 4B5NA 4OU1A 5DY3A 2ZA3A 1ICQA 4QJ1A 2Y61A 1ADOA 3BG5A 3G8EA 3HG4A 1YDVA 3OVQA 1QDSA 4BFAA 3PUEA 3KVKA 1W37A 3T78A 1D3GA 4HNUA 1ME9A 1G69A 2CZEA 3MBDA 2BX7A 2ATMA 3G0UA 4MY9A 2NUXA 4OGZA 2FLIA 4FIQA 4ZQPA 1TO3A 1ZAIA 1LBLA 4XTIA 4IMEA 3M16A 2QJIA 1IIGA 1FCUA 4NXSA 2QCLA 1QPOA 3NPWA 1LBMA 3BG3A 4LVGA 1SQ7A 3NQ2A 3PAJA 1BEUA 4UUIA 2ZA2A 3LX9A 1JCLA 1HG3A 2V2CA 3G1AA 1W5MA 4O1AA 3PBVA 3GXNA 1GVOA 1OFPA 3O6YX 3O06A 3JRKA 4FO4A 3WFAA 1LDCA 5L9FA 5CZ0A 1XUUA 3RU6A 4ZQOA 4ZMGA 1SSGA 3B8DA 3TW7A 1DL3A 2EKCA 2DZTA 2OT0A 5I3GA 2WNZA 5K9CA 4MUZA 1Q6LA 3L5MA 4UFHA 4NJIA 2ABBA 1MSSA 1Z44A 4GUJA 4RXGA 3F4NA 3LERA 4DPQA 2DORA 2NLIA 3DFQA 5H2ZA 4Z0SA 4U4MA 5FEWA 4FX8A 2YFOA 5HQEA 4Y9AA 5F2LA 3L0KA 2Y88A 4JTSA 3KRSA 5BMXA 1I4NA 3LXBA 4AMAA 3C2RA 3NGJA 3TJLA 5CPNA 1TTJA 4NNAA 3NA8A 5D02A 2CWNA 2G97A 2YW3A 3O15A 4NQ1A 2Y7FA 4MJZA 4W9TA 4ZQRA 4XBKA 4AWTA 5H91A 1H7WA 3W71A 1LRTA 5D30A 2ATSA 5F4WA 4UFIA 3C2OA 3W84A 3W72A 1KFKA 4TIMA 3NQ6A 3LHTA 4O57A 4NZFA 1JCJA 3M5VA 1A5BA 3ELFA 3LLFA 3W7JA 3W7HA 2P1FA 3QQ0A 1FXQA 2A1YA 3ABRA 3FA5A 3M7WA 1BWLA 1G4SA 3A24A 3GYEA 5CZSA 1EPXA 2O7QA 1O5XA 5DELA 1G4EA 2WNQA 5AC8A 3NQVA 1GJPA 5DXYA 5GVJA 1MXSA 2YZRA 3W2NA 1TPUA 5C5YA 3NM3A 1H63A 1IIHA 2BLEA 2ZRYA 2A85A 4O17A 4Z08A 1UCWA 1H1ZA 4O52A 3OIXA 3MI2A 1R2SA 4POCA 1YADA 3IRDA 3N14A 4JTEA 1OFBA 1QPNA 2QJHA 3ATZA 1TMHA 3M9YA 3EKZA 3NNTA 2Q8LA 1Q6RA 2A6LA 5I3IA 1XUZA 3FFSA 1YLVA 2E09A 2V2DA 1PHWA 2AGKA 1S5TA 3PVFA 3SR7A 4DO5A 4LV9A 4IMFA 4O12A 1IXNA 3LI1A 2Y70A 3W2MA 3USBA 1VH7A 4ICNA 4O16A 1ME8A 2V5BA 3L67A 4TX9A 4EWND 2ZCGA 3S5OA 2ZRZA 4PCFA 1THFD 1SPQA 4RCXA 3P8JA 4AB4A 3NEVA 1G6CA 1R46A 3LOTA 3F03K 4NXKA 3DENA 3G1DA 3O6DA 3RK8A 1EA0A 1EP2A 2Y6ZA 3H55A 1PS9A 4XBSA 1SFJA 1VRDA 4M7SA 3UNDA 1UBSA 4L4LA 3GNDA 3C2FA 4JEQA 2OMAA 1TV8A 3EWUA 3BLEA 4KFOA 3NL3A 1EB3A 5SWUA 1KM1A 5G2HA 2Q8ZA 3STFA 2A21A 2DZXA 3THQA 5LGZA 3GR8A 3T40A 2E6DA 1JRBA 2DU2A 4AWSA 2YGYA 2H8ZA 1TV5A 1EX5A 1TCDA 1DBTA 3ZWTA 4FB7A 4XTDA 2Z1BA 1AK5A 1QO2A 1VYRA 4NJGA 3QSTA 2QCCA 4O28A 3QMSA 4MPQA 4LC8A 3RF9A 2QKFA 1GPWA 3W7LA 1W3NA 3BO9A 2ZTKA 3R5EA 1YYAA 3QF0A 1RQHA 3EWXA 3LGEA 2R14A 4DBDA 2ZZ3A 4LUIA 4WOQA 4DO4A 2HS6A 7TIMA 1EEPA 3G24A 5J5RA 1H7OA 3TUUA 2QCGA 2X16A 1KFLA 3EX4A 4JN6A 2DJXA 1C8VA 1TPH1 3W88A 4MFDA 1LORA 3KXQA 3GKFA 2CFFA 3L66A 1OX6A 2HSAA 1TPDA 1OF6A 1EWEA 2VEMA 1QOQA 4XWUA 4A2SA 1LLWA 4RJEA 4NNCA 3CWNA 1J2WA 2X1UA 1H7XA 4ADSA 5EBUA 3GK0A 1Q6QA 1XKYA 2F7FA 3SW6A 4NX5A 3MP5A 4UTTC 4DQWA 3NO5A 2J88A 3Q37A 5E93A 3FYOA 2A7RA 3L5LA 4IPJA 2JBMA 4QISA 1YDNA 2C1HA 4HHPA 3IGXA 3NXFA 4YL2A 2TSYA 5BRBA 2FTPA 4UTKA 5KZEA 1K3UA 3CC1A 4UTJA 3LCHA 2PE4A 2R8WA 4FIRA 2E6YA 3LCXA 4IXHA 4HPJA 2YR1A 3EX3A 2B7OA 2ZA1A 2H6RA 1TQXA 4YWIA 4PTNA 1YDOA 1E51A 2GOUA 3G3MA 5D09A 1XFBA 3BW3A 1JUKA 1RPXA 3A5VA 4LVBA 3NPUA 5DY2A 3BW2A 3EEGA 1TB3A 3NVTA 3TX9A 4KWWA 3LCGA 4TU1A 5FF0A 1NVMA 2PC4A 4AWUA 4UC5A 2I9EA 3GB6A 1PVNA 3HBLA 3UPBA 4KWVA 4MLJA 3QRHA 2B7QA 5I3KA 3B4UA 1N8FA 4X9SA 5FEZA 2NV1A 1SW0A 1GWJA 1KBIA 1QOPA 5FEXA 1YXDA 3N9RA 3HGOA 4K8HA 3HPSA 4LOCA 3SIZA 1F05A 2OJPA 1QMLA 2BSLA 1A5SA 3LM7A 2Z2UA 2QAFA 3UY7A 1ZCOA 3TR2A 3RMJA 2VEPA 4WXZA 5LKYA 3RLUA 4Q32A 1QO5A 4UTHA 1G4TA 1ZALA 1M5WA 3G1XA 3EXSA 3PS7A 1NF7A 2VOMA 2WSQA 4UNKA 1SO4A 4AXKA 3MO7A 3W7PA 1GVSA 4IWWA 3G0SA 5EYWA 4IGHA 1TREA 4UTTA 2QEZA 1TRIA 4S2CA 2FPTA 3E49A 1GOXA 1IF2A 5AOUA 1P0KA 3GDTA 2E5DA 4LVDA 4UNLA 1FWSA 4N2YA 5F4XA 1X8FA 1W54A 3Q94A 1A53A 3LTPA 4DF1A 4YCPA 1ALDA 1FUYA 2V81A 1JQVA 1L6WA 4IX0A 3L0GA 3UWUA 3SZ8A 4LRTA 5FESA 2C14A 3M43A 5F4SA 4Y8FA 1SO6A 4ONVA 3A5FA 4N02A 1LM1A 4OE7A 2XN2A 3CHVA 2TPSA 3W7DA 4WD0A 4CNPA 3PC0A 3EB2A 4DF2A 2W6RA 4WOZA 3LRKA 3WK1A 1HTIA 2WNNA 3MUXA 5IBXC 1EWDA 4Y96A 5A5WA 4JY9A 5D2TA 2FQIA 4WX2A 3MHUA 3B0UX 1KV5A 1GEQA 2Z6IA 5AHFA 1W0MA 2NXHA 2ZDRA 3IVUA 1OJXA 4RX0A 3WJYA 1GVRA 3DZ1A 4AEOA 1WA3A 2P10A 4CNOA 1ONRA 5I3FA 5LGXA 2RDWA 1L6SA 3IIVA 1XI3A 3BARA 1NAL1 3G22A 3TFXA 4FXRA 3L21A 5LHEA 2OZ0A 2Z6JA 4XQ6A 5HUPA 2J9YA 3S1UA 4TR9A 5DCDA 3RNDA 1OYCA 4LS0A 3FLUA 2CZDA 3H54A 2LLEA 4JTLA 4JTUA 2A5HA 2QCDA 3G1SA 4HN4A 2YXGA 3C4UA 2OCZA 3BLFA 4Q33A 4WQ6A 2HMCA 5E0KA 1KM4A 1SW7A 1F7BA 1I2PA 1SO3A 4DEFA 3O1NA 2Z0IA 1FX6A 4XKYB 1DORA 1EP1A 4ZQCA 2RDUA 2WPBA 4OWGA 4PEKA 1SU5A 5DXXA 1B4KA 1WV2A 2QCHA 1H7NA 4I9AA 3TXVA 3MP3A 4ORMA 1WXJA 3LCLA 1X1OA 2W0UA 1LROA 5A8GA 1KM3A 3NZRA 1KLZA 1KM0A 5G4WA 4WY0B 2BWGA 1XBVA 3HIJA 3QSRA 4O18A 1T96A 3QPYA 1JRCA 5D33A 1OVDA 2GJLA 3W3OA 3EWYA 4O54A 1DOSA 1U5JA 4NNBA 2QCMA 4JDBA 4H4IA 1TSIA 3T7VA 3W76A 3IVTA 1CI1A 3N2XA 3W83A 2YSWA 2B0MA 2ZZ4A 2CLMA 4YLWA 4UR8A 1H1YA 1JCMP 4OT7A 2ZYFA 3E9AA 3FKKA 4K7VA 2VFDA 4LW7A 1P0NA 3LHWA 3C2VA 1DV7A 4O1CA 3VI2A 3TQVA 1S5WA 3M5ZA 4K37A 1VLIA 2J24A 2YYUA 1LZOA 2V82A 3R12A 4GUFA 1TJRA 5IBXA 4OBTA 4HPXA 4JTFA 4PODA 3M5XA 3A22A 4ZL1A 1LOSA 4AF0A 2YX0A 2ZZ1A 5F2GA 3LRMA 3UPWA 1JCNA 1RR2A 2Y89A 3IGSA 3UD6A 1VZWA 5LHFA 2FB3A 1TTQA 2C0AA 2VENA 3W7EA 5EMUA 5FF2A 1K8ZA 4RZ5A 3NZ1A 4JYEA 4U28A 3STGA 4LS2A 4S2BA 3HGSA 2GVLA 2JKPA 2GQ8A 4ALDA 3QC3A 3TKFA 3M1ZA 4DXVA 1ICPA 3P80A 4G1KA 3P62A 2XFWA 2DP3A 3R89A 4LVFA 1PV8A 4Z1AA 4XZ9A 4LNYA 1GYLA 4EOUA 1A5CA 3IV3A 4GXMA 1UUOA 5J5DA 3HO8A 3TAOA 2AAMA 3O07A 3UQNA 5D03A 3G1YA 3L65A 4GC4A 4LC6A 4Y90A 1F6PA 1FDZA 1SO5A 5HUOA 1MEHA 4MYXA 4TMCA 3M47A 1XBZA 4FX7A 3N2MA 2FFCA 4MZ8A 4YCOA 1W56A 1JCYA 1TRDA 1YXYA 1Z42A 5DBUA 1JULA 3NYZA 3G0XA 1FCQA 3LTYA 3ZFHA 3PWAA 4UFJA 1OABA 1ZNNA 4IMCA 3Q2DA 1ML1A 4X2RA 4QIUA 3AJXA 3W7NA 2ZRUA 4QITA 4UMCA 3PULA 3W7QA 5KMYA 3UWYA 3BG9A 1QR7A 3CB8A 2UV8G 4HSOA 5MHBA 2OX1A 1QWGA 2X1RA 3DKJA 3LI0A 5DBTA 1WDWA 4O19A 2TRSA 4GUHA 1OX5A 3CU2A 2NXGA 2BXVA 3P7YA 1EUNA 4JICA 5CG7A 3IGUA 3W23A 1MEIA 2PRHA 3VKJA 1OK6A 4PC8A 1IXOA 5CZJA 3HG2A 1I2NA 5EKYA 3LHVA 4I7VA 4NU7A 4IJBA 2QJGA 4UTWC 1QPRA 4M6PA 2QUVA 1ZAJA 5K2ZA 4K8EA 1Y0EA 2ABAA 3UXAA 3DI0A 3KRZA 3KOFA 2EPHA 1OX4A 3S1WA 5HR7A 3N34A 3LTSA 1PE1A 1G4PA 1KM5A 1SFLA 3DHDA 1GYNA 1TPWA 2W79A 4JIQA 4QQ3A 3UZ5A 2QF7A 2GVJA 4UFMA 1X7FA 4M7TA 3GZ3A 2WOQA 3QMRA 1H51A 3LCWA 3CPRA 3ABSA 3CEPA 1LYXA 2V5LA 4IOTA 2H3BA 3P5ZA 5K9XA 1W3IA 3PR2A 3F1QA 5DLCA 3FYPA 1TPB1 5HULA 2R94A 3G1VA 4ZVJA 1W5PA 3HGJA 3QJAA 3MYOA 5TIMA 3Q58A 3MW7A 1XDLA 1AG1O 1F76A 3QFEA 1HL2A 3INPA 1GT8A 1M7PA 4NJHA 3BPWA 4MY8A 5BMWA 2O7SA 3TIMA 3S6DA 3WJZA 1T99A 3GDKA 3CLMA 4BK9A 4JTHA 5KINA 1EP3A 5AHNA 3G1HA 3W6YA 5K7JA 3SGZA 3ABQA 4Q4KA 2DZUA 2VEKA 4O11A 1WOAA 2X1TA 3HQ1A 3GAYA 1RQBA 4N4QA 3W07A 4AH7A 2WSYA 1TPVA 2NX9A 1SZGA 4GBUA 1GG1A 1W1ZA 2A7PA 3LCFA 5CSSA 4CQAA 1VGAA 4NJJA 1SZFA 4R53A 4Z1CA 4O13A 3UWVA 1HUVA 1JUEA 4DELA 4M5PA 2ZQ0A 5FF7A 2VFIA 3L2IA 5KITA 3LXAA 4ZQMA 1JCXA 3QM3A 4EVZA 3HPXA 4N9DA 4I7WA 5TBOA 5E1QA 3U2OA 4O4VA 1OFOA 4UTWA 3TE9A 3E96A 5HWMA 1G67A 2PCQA 1UUMA 1TPC1 4OV9A 3W7MA 1V7YA 1P1XA 3B0VC 3WK2A 1IXPA 3W1MA 4MZYA 5FF4A 3VFLA 1VC4A 3STCA 1KLYA 2Q3OA 3W7RA 3S5ZA 2QDGA 4MOZA 3E12A 3OG3A 1Z41A 3W2LA 4PFMA 1W5NA 3STEA 3BK0A 3NQ7A 3NAVA 4JTJA 1TTIA 4J9JA 1MO0A 3I68A 4BI5A 2Y85A 1YTKA 1TIMA 2EHHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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