3C56A

Class ii fructose-1,6-bisphosphate aldolase from helicobacter pylori in complex with n-(3-hydroxypropyl)-glycolohydroxamic acid bisphosphate, a competitive inhibitor
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
307
structure length
297
Chain Sequence
MLVKGNEILLKAHKEGYGVGAFNFVNFEMLNAIFEAGNEENSPLFIQASEGAIKYMGIDMAVGMVKIMCERYPHIPVALHLDHGTTFESCEKAVKAGFTSVMIDASHHAFEENLELTSKVVKMAHNAGVSVEAELGRLMGIAVLVNPKEAEQFVKESQVDYLAPAIGTSHGAFKFKGEPKLDFERLQEVKRLTNIPLVLHGASAIPDNVRKSYLDAGGDLKGSKGVPFEFLQESVKGGINKVNTDTDLRIAFIAEVRKVANEDKSQFDLRKFFSPAQLALKNVVKERMKLLGSANKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
publication title Synthesis and Biochemical Evaluation of Selective Inhibitors of Class II Fructose Bisphosphate Aldolases: Towards New Synthetic Antibiotics.
pubmed doi rcsb
source organism Helicobacter pylori
total genus 112
structure length 297
sequence length 307
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2008-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3c56A00
4NJJA 3NQMA 4XTDA 2B7NA 2A6NA 3HGSA 2A7RA 3MHUA 3HG3A 3IIXA 1TPH1 3FOKA 2ZRVA 2GVLA 4KFPA 1VH7A 1HFBA 3WJWA 4PTNA 3EXSA 2QCMA 2G95A 1SW7A 1NF7A 3W22A 5D02A 1HO1A 1K3UA 3PBWA 2HTMA 3WJXA 3A24A 3G24A 3ABRA 5HWNA 4JDYA 1AG1O 1JCJA 3UPWA 1OFEA 2Q8LA 1SO5A 5LGZA 5A8GA 4K7YA 1T8XA 3QW4B 1B9BA 2YW3A 3SY5A 1JCYA 2FDSA 1A53A 3IIVA 3EWBX 5IM51 4DF1A 5HMSA 1JRBA 3FYOA 3LBCA 3QF0A 3PBVA 3W07A 3FEMA 4LOCA 1KM4A 5D09A 4PCFA 1W5NA 4JDBA 4MYAA 1C8VA 1GVRA 3CM4A 2VEPA 1G4PA 1O4UA 1YXYA 3ZWTA 5BW6A 4X22A 3M1ZA 4RCXA 2CW6A 1KW1A 4O4WA 1JJKA 4R7JA 1B4EA 3W1AA 3TMQA 4LU0A 2ZZ3A 3R13A 1TPC1 3GVGA 5GVJA 1I45A 2VEIA 3VFLA 3MP4A 1W54A 1TV7A 4NXKA 4BI6A 1LROA 4LWWA 4IPIA 2GUUA 4QITA 1QOPA 3P67A 3NQCA 5IBXA 4O15A 5D2VA 5EYWA 3WK1A 2A7NA 3U2OA 2X1UA 1KFCA 3I68A 3SSJA 1JCNA 1WOAA 5K4XA 4WJEA 1MEIA 2QUVA 4X3ZA 3DGRA 4YL2A 3W1TA 3HPXA 5D03A 1O5KA 2CZFA 4ML9A 1XBYA 1TPDA 4OHQA 1PE1A 3UPBA 3L2IA 5CPOA 3S5OA 4HKPA 1S5TA 2Y85A 3NOEA 4GNJA 3LI0A 3I65A 3NQAA 4HSOA 4NU7A 3S5YA 3LERA 3M16A 2CLOA 1W5OA 4O1DA 4O11A 2FJKA 3CC1A 4FX7A 3S42A 4K38A 4RZ6A 3NL3A 1G7VA 4O19A 1SSGA 4HNUA 4N9DA 1WYIA 1MZHA 2F7FA 2P10A 1R2TA 4AEOA 3W2NA 3P81A 4YXGA 1MEWA 1A5AA 1DBTA 2ISVA 3AJXA 4R34A 3C2VA 5HWJA 4AB4A 2AAMA 5K9DA 2FTPA 3PSWA 4WXZA 3Q58A 4NJGA 1TPB1 2VELA 2ZFAA 3W7HA 3DKLA 3DFNA 3BLEA 3QZEA 2ZRXA 3FIGA 4PL2A 1LLZA 1EP3A 4ZQOA 1VYPX 2CLHA 2ZRZA 2FFCA 3EX4A 2ALDA 2H8ZA 3LBMA 4N6EA 4UFLA 1K8ZA 3B4UA 4N9EA 4JIQA 4EOUA 4ALDA 4QM1A 3NQGA 1U83A 2I9EA 3CB8A 2Y7FA 4ORIA 1DJNA 2JKAA 3P82A 4C1LA 1OYBA 3C2EA 5I3KA 1AL7A 1I2QA 3WJZA 2WOQA 2NUYA 3BV4A 3TA6A 1HL2A 3E9AA 2CZ5A 4PA8A 3W23A 3DHDA 5J5RA 2X1TA 3W73A 1TJRA 2XFWA 1RVGA 2IQTA 4MLJA 1QPOA 4M6QA 3S5ZA 3W7DA 4UTWC 1ZENA 4BF9A 3PY2A 1ME9A 3PG9A 2R14A 3MUXA 4KFNA 1O94A 1GVSA 4NJHA 1LCOA 3TSBA 2W79A 3KVMA 3TW7A 5KZEA 1QDSA 2QUUA 1JCLA 4GBUA 4N4QA 2CWNA 4FF7A 5C55A 3N2XA 1V5XA 2E5BA 1RQEA 3GDLA 3NQ8A 3TAOA 1S3HA 1GYLA 4O4VA 5KSWA 3A23A 2QKFA 1ML1A 1OYCA 3SI9A 3SW6A 4PL1A 1KBIA 4U4MA 3LB0A 4QIUA 2PURA 1VCVA 3KFTA 4MZYA 3W76A 2EPHA 5G2HA 3GAYA 3RK8A 2J6XA 5HJLA 4OE7A 1N7KA 4JTFA 4LS0A 5EPDA 5D37A 4GFSA 1W1ZA 2FB2A 1F05A 1TPVA 3TIMA 2VFGA 1MSSA 2AQWA 3VE7A 2EGZA 3A5VA 3W1NA 5L9FA 1P0NA 2NXHA 1KFLA 3UNDA 3MHFA 1GJPA 2FPVA 1SW0A 2V5LA 2H3BA 5CZ0A 3HO8A 3LHZA 4TX9A 3P84A 1AW1A 3W7QA 1I2RA 1ZAHA 3KOFA 4AF0A 3LCGA 3L65A 3G0SA 2BXVA 1ZAJA 4WXYA 4AF0B 3LTPA 4UUIA 1F76A 4M6VA 2A7PA 3OA3A 5F4XA 1B3OA 4G1KA 3N3MA 4BFAA 2YGYA 3NQ2A 3E49A 3YPIA 3M41A 2Y88A 3NVTA 2OJPA 3A22A 1T96A 5I3FA 3S1XA 2JKPA 1FX6A 3S5NA 5FEPA 2VENA 3PS7A 4FHAA 1X1ZA 2QCGA 3CT7A 2W6RA 3M7WA 5FF0A 3RMJA 2DZSA 2G96A 1QPRA 1O60A 4JTSA 1P4CA 4JD4A 3NPWA 1OG0A 7TIMA 4UTKA 4JTHA 1ONRA 1PV8A 2YXGA 3LCXA 3ZFHA 3O05A 5D2WA 4N4PA 4JXCA 1OF6A 4O1AA 4MJMA 5LGXA 1VCFA 4AH7A 2QDGA 4IQLA 1TPFA 5K9CA 1TCDA 1QWGA 2YYTA 3CHVA 1Q3NA 1YTEA 4K8EA 3FYPA 3TAKA 1ZCOA 3LV6A 3NQFA 5G4EA 2JKEA 5LSMA 3GLCA 1UB3A 1ZY9A 4EVZA 3QM3A 3IGXA 5F2GA 4WZHA 3V1PA 1W8SA 2ZZ5A 3MHGA 1AW5A 2R8WA 1QAPA 5DCEA 4GJ1A 2BLEA 3CTLA 1XUZA 4FNPA 2FIQA 1C29A 1XUUA 5BRBA 3W87A 1PCKA 2QCEA 3OVRA 2DZWA 3ABSA 1FDYA 2C1HA 4RXFA 2GOUA 1NFBA 1H62A 5AYYA 3RFAA 4O1CA 4FIQA 4LS1A 2YDAA 3P74A 4UTTA 3UYCA 3S8HA 1Q6OA 1GPWA 1P5BA 5HR6A 2Y7DA 5LNVA 1W5QA 5LNUA 4IMGA 3G8RA 2A21A 3LCHA 4NXSA 2ZCGA 3E12A 3NQ7A 5LNWA 4RJEA 4S1FA 3W3OA 4M5PA 4W9TA 3L0NA 4Q32A 3DKJA 1LOQA 3ANYA 1T99A 4WQ6A 1VR6A 4QAIA 5DXXA 2A0NA 2NWRA 4UMAA 1XI3A 4UTLA 2C14A 1ADOA 3EX1A 1SU5A 2W0UA 2A85A 1VS1A 3R8RA 4ZQCA 4NX0A 2V2CA 1H7OA 1GVOA 5J5DA 3HG2A 3TXZA 3LHVA 4UNLA 3RF9A 3W7GA 4LVGA 1PIIA 1SZNA 4MKNA 3EX3A 3P7YA 1QCWA 4DELA 3UZJA 1LBMA 2E6FA 4UIOA 4Z0SA 3M6YA 2C6QA 3EWZA 3Q94A 2A1YA 3R12A 1UASA 5EA9A 3MBFA 1OF8A 4L4LA 1J5TA 2TSYA 3NAVA 4CCEA 4B5NA 1X8FA 3EX6A 3F1QA 3GB6A 3M47A 1G7UA 3B05A 5AFDA 1W5PA 3LCIA 1GTHA 2JGYA 1IXPA 1YXCA 3GXNA 3VNDA 3WJYA 4ORMA 1R46A 3VI2A 1FBAA 5I3GA 4HHPA 3M5XA 3TROA 3MO7A 4Q33A 3HB9A 3LX9A 4XZ9A 1IXQA 4FIRA 5E0KA 1RQHA 1SSDA 5D05A 2QCHA 4UFHA 3NPXA 4BI7A 4TMBA 3DI0A 4A3UA 2ATSA 3ATZA 5CPMA 3UWUA 3DFTA 4WUIA 3QQ0A 2WSYA 3P62A 3O8AA 5KZMA 4LVAA 5KMYA 4YCPA 2VC6A 2J9YA 4O0KA 1RQBA 3LXBA 3UY8A 4ONVA 2ZDRA 3TX9A 2E77A 1UBSA 2ZTKA 1ICSA 4DO6A 5BMXA 4FNUA 4NJKA 3CIXA 1PHQA 4I7VA 4A22A 5K3VA 2QAFA 1EWEA 4CCDA 4JEQA 4FEZA 3ZR4A 2ZZ7A 1GQNA 1NSJA 3C56A 4O14A 2ATMA 1I2NA 1SZGA 2OCZA 4CLMA 5K2ZA 2E5CA 3OVPA 1U5JA 1W3TA 3IVUA 3IVTA 4P2VA 2ZZ6A 3HPSA 1TTQA 1KFEA 1WAUA 4JTIA 3NL2A 5BOOA 4XBSA 1UJPA 2ZA3A 2ZBTA 4WY0A 3W7LA 1H1YA 1XCFA 3H55A 3O15A 4JTTA 3HMJG 3SIZA 4WY0B 3C2RA 3N9RA 3S0CA 1CX9A 1VCGA 4O1BA 2C16A 3C52A 3GDMA 4K6AA 3RU6A 3BG9A 4PH6A 3W7KA 1D3HA 5AC6A 3DXIA 4OBTA 4LT9A 4S2BA 3W6YA 2A2IA 3LHWA 5D32A 4MLRA 2FQIA 4JX4A 3W70A 1XFBA 4AWTA 5LHFA 2QUTA 4NNBA 1L6YA 1P1XA 3EB2A 5AHFA 5F4SA 2NUWA 1DORA 1XBVA 3GNDA 4XKYA 1TB3A 1BWLA 2YX0A 4XKYB 1K7XA 1SR9A 4IXXA 2WKJA 2UV8G 3NO5A 4IXHA 4O57A 3HQ1A 3UZ5A 3NZ1A 4K39A 4RKAA 4LUJA 1LTDA 5KINA 3BLIA 4JGDA 3TSDA 3OIXA 1ICPA 2LLEA 4JX5A 3QRHA 3TW6A 5FI8A 4M7TA 1N55A 1R2SA 1ZAIA 5AYZA 1KM2A 4OU1A 4I9AA 1DL3A 4Y96A 4E0CA 3GR8A 3NR0A 3DI1A 4MPQA 3DFOA 1UCWA 4OGZA 4Z0JA 2E09A 2VFHA 4IJBA 2J27A 1G4TA 4MIMA 4IWWA 5HR7A 1NF0A 4I7WA 1F2JA 3R5EA 1WQ5A 3N34A 1XC4A 3F4WA 3MW7A 3W1PA 6ALDA 3W74A 2XN1A 1DVJA 3DFQA 2ZTJA 1A5BA 1ALDA 1H63A 4K37A 1CI1A 1LBLA 2FPYA 2YSWA 2B7QA 2XN2A 5FF4A 1VLIA 4DEFA 1AL8A 4JR5A 1WV2A 3FJ6A 3PBUA 1Z44A 3W75A 4UTUA 3LHTA 3IVSA 3I7RA 5C6MA 2DZTA 3BG3A 1OFOA 4UCGA 4NNCA 4DXVA 3MI6A 1KM6A 2NV2A 1YADA 4N2YA 1Q6QA 2HSAA 3NXFA 1VLWA 3PULA 4RK8A 2Y89A 3CQ0A 4LVFA 1KM1A 4HPXA 1XL9A 4ZZ9A 1K8YA 1VGAA 4FB7A 1TYGA 1BEUA 3TH6A 1YDVA 3ABOA 2WQPA 3EXTA 2ZA1A 3QEZA 1EWDA 5D30A 1D3GA 4MYXA 4AHQA 2YZRA 3L66A 1KM5A 3GYEA 5FF3A 3U8GA 1OFDA 3BW4A 5LKYA 5TIMA 1FUYA 2VFFA 1BKSA 5G2WA 3CIWA 3BGGA 4CQ9A 4JICA 4R33A 2A4AA 4O28A 3L67A 5KTLA 1PCWA 1IXNA 5A5WA 2XN0A 2DZXA 5DBUA 3ZS4A 4O13A 3LHYA 3T78A 1XXXA 1VRDA 4DBEA 3TNOA 5LNSA 4JTGA 5KZDA 1GEQA 3DH7A 3LRLA 2O7QA 4A2RA 1KTNA 3T40A 4NX5A 5SWUA 3UWQA 4IGHA 2NUXA 2ZYFA 2E5DA 4UFMA 1RZMA 4O17A 1LBFA 3W7EA 3OBKA 3W86A 4ICNA 1SFJA 2V5BA 3ATYA 2I14A 4CCCA 1W3NA 3LXCA 1GYNA 1JRCA 2DP3A 3W7JA 1I4NA 4O8RA 4FNQA 1W0MA 2JBMA 4JN6A 4Q4KA 3L9CA 4IMFA 3GIYA 3B04A 2Y7GA 2V30A 2OT0A 1DJQA 4TIMA 5H91A 1FCBA 4EF9A 1IF2A 3B8DA 3TDFA 5F1VA 4P61A 4XUGA 1V7YA 4ZQNA 4ZL1A 2V81A 4DF2A 1JCXA 3TXVA 3TK7A 5L6UA 4MOZA 1TQJA 1H7WA 1K8XA 3TJLA 4BWLA 3THAA 4MUZA 3CEUA 1SUXA 3P61A 3KRZA 5CZTA 3G1AA 1SZEA 3LOTA 2OZ0A 2DORA 2F84A 3TR2A 3EWWA 2GQ9A 2TYSA 4UC5A 3QQ1A 3WFAA 4O10A 3RLVA 3TC7A 4OV4A 1FQ0A 2QCNA 1FWWA 1SQ7A 4JY8A 3W2MA 4EF8A 1HTIA 3GZ3A 5G1YA 3P80A 1VHNA 1B57A 3V75A 2VFEA 4S2CA 4UTMA 4KFOA 2RKXA 5E93A 3O07A 4E38A 5FESA 3OVQA 2BZNA 2FLIA 1VHCA 3DZ1A 3PB0A 3G3DA 2P1FA 4LC8A 3L68A 2NX1A 1Y0EA 2I1OA 1Z42A 1LYXA 3PWAA 3LTYA 4QQ3A 5DELA 2RDWA 3C8FA 4GXMA 3OEXA 5IBXC 1EX5A 1LRNA 4X9SA 1F6PA 1Q45A 4UMCA 2C13A 1IIHA 2V2HA 3L5AA 3UWYA 3JRKA 3EX2A 1JR1A 4Z08A 3G8EA 5H2ZA 4UXDA 1E51A 4ADSA 1QOQA 3GR7A 2C18A 4NNAA 2TPSA 3I7SA 3P8IA 3LCFA 4I7UA 2YR1A 1J2WA 2Y7EA 3IGUA 2QF7A 2GVJA 4JNMA 4DF0A 5D33A 3FKKA 5HNRA 1KM3A 2V2DA 4TR9A 2J9ZA 4IOTA 1JUBA 3M0ZA 4DBDA 2KZHA 5DLCA 1TMHA 4GC4A 4NT0A 5HUPA 3CU2A 1K7FA 4XQ6A 3IIOA 4YLWA 3NM1A 2H6RA 2RDTA 4HNTA 3QH2A 5LZLA 5E1QA 3FKRA 5CPNA 3GK0A 3GNNA 1OFBA 3BK0A 4IX0A 1BTMA 1TSIA 4ADTA 2NX3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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