3CMJA

Crystal structure of engineered beta-glucosidase from soil metagenome
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
441
structure length
441
Chain Sequence
KKFPEGFLWGAATSSYQIEGAWNEDGKGESIWDRFTRIPGKIKNGDSGDVACDHYHRYEQDLDLMRQLGLKTYRFSIAWARIQPDSSRQINQRGLDFYRRLVEGLHKRDILPMATLYHWDLPQWVEDEGGWLSRESASRFAEYTHALVAALGDQIPLWVTHNEPMVTVWAGYHMGLFAPGLKDPTLGGRVAHHLLLSHGQALQAFRALSPAGSQMGITLNFNTIYPVSAEPADVEAARRMHSFQNELFLEPLIRGQYNQATLMAYPNLPEFIAPEDMQTISAPIDFLGVNYYNPMRVKSSPQPPGIEVVQVESPVTAMGWEIAPEGLYDLLMGITRTYGKLPIYITENGAAFDDQPDQSGQVNDPQRVGYFQGHIGAARRALADGVDLRGYYAWSLLDNFEWAEGYSKRFGIIYVDFETQQRTLKQSAQWYRDVIANNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Crystal structure of engineered beta-glucosidase from a soil metagenome.
pubmed doi rcsb
source organism Uncultured bacterium
total genus 173
structure length 441
sequence length 441
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2008-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3cmjA00
4AXNA 3ZMRA 4JKMA 3D3AA 4TTGA 1Q6CA 3L4VA 4B15A 2DSWA 3SCTA 2VRJA 2C7FA 4M81A 2QHAA 2DPEA 5E09A 4MNMA 1LLOA 4W7WA 3SUUA 1NQ6A 4RE4A 5GNXA 3SUSA 4MDPA 3VILA 1JFHA 1TCMA 4H04A 1V6XA 3S2CA 4U2YA 3M7SA 2BY2A 3VPLA 5CPTA 1UR9A 1CGYA 2Y2WA 3WL0A 1GOKA 1R8LA 1WP6A 6A3HA 4PMXA 2WCAA 4B16A 4PMQA 5BXSA 1P6WA 1UD4A 4MB3A 1TMQA 1J10A 5AYIA 1L0PA 2BXZA 1LL7A 3AHXA 3VIKA 1E6XM 1BGGA 1V02A 3FAXA 3AZTA 1YQ2A 1WB0A 2CKSA 2Q8XA 4FK9A 1W32A 1J01A 3CUHA 4RL3A 4AZCB 3KWXA 2DIJA 1WKYA 2NW0A 1EH9A 5A6LA 4H41A 1EDGA 2GVYA 3F5LA 3CZGA 1W9PA 5I6SA 3A4XA 3FHAA 4J3UA 4MB4A 2VQTA 3U7BA 1OIMA 1J0HA 3WUBA 4H8VA 1FHLA 5A6SA 1GOOA 1R86A 4A3YA 1C90A 4FLOA 1JYWA 1B31A 4GI8A 3WDIA 1DHKA 3L4XA 4PMNA 4UQBA 4A3HA 3AYRA 4Z2GA 2UY2A 2O9RA 3OA5A 3GBDA 2YIHA 1OINA 5JBDA 1V6VA 2D0GA 3WH5A 2CHOA 4AD2A 4U5KA 3MMWA 1WNOA 1E6ZA 3TONA 3AIQA 1J0IA 4TVDA 3ECQA 1TA3A 4BQ2A 4GIAA 2D23A 2EBNA 2VJXA 3WBEA 3WKZA 4JCMA 2BNJA 1R87A 4QLKA 4LYRA 1DWGM 3II1A 3DHPA 4HZ7A 1E1FA 3SCQA 2WVVB 4CVUA 4B9ZA 3L4UA 3ARQA 2ZUMA 3CPUA 3OLDA 3WH6A 1CDGA 3CMJA 1QNSA 3AXIA 3LPOA 3BSHA 2ZUNA 1SR0A 1TVNA 1FFRA 1KBKA 3VKKA 4F9JA 1Q6EA 4NSBA 3PN8A 3SIMA 5CG0A 3VDHA 2J7CA 1UUQA 3VGFA 5I5RA 1LG2A 4IPNB 1W9VA 1JF5A 1GHSA 1JDAA 1H4PA 5DMYA 2DT2A 2WVTA 4UFIA 3CZEA 3WD1A 3DECA 3GZAA 1QW9A 2O92A 1E4IA 3A4WA 1NWSA 5E6YA 2CESA 4GI9A 5C71A 1ISYA 2Y8KA 3LPFA 3GM8A 1JYVA 3AIWA 3WQ8A 4PTMA 2DT0A 3K46A 2GJXB 2J7FA 1I1WA 2BHUA 3VIOA 4U3CA 2FHBA 1C91A 3MUZ1 1CGWA 5M03A 4PMDA 2XFYA 7A3HA 2XJ7A 5A6KA 1UG6A 2WZEA 4UQAA 3ZT6A 1H5VA 4M82A 5BCAA 1R7OA 4R5EA 3MKKA 1MWOA 1VFUA 1ZS2A 3B9AA 1PX8A 2E8ZA 3OLEA 3RM9A 3MUAA 1JZ3A 5GPRA 3PTMA 3OZPA 1IZKA 3WD4A 3AS0A 1G94A 4V27A 2RGLA 4DWSA 4W85A 2CPUA 8CGTA 1XHGA 1B3VA 4CKQA 5I0DA 4UFJA 1SMDA 3HU7A 3BAKA 1UH2A 4FMVA 2IXUA 3PZUA 1JZ8A 1QHOA 2DSKA 3M6DA 4MNJA 3PZIA 1TA3B 1QOXA 1EO7A 3KL5A 3CGTA 1JI2A 2OLHA 1J18A 3W28A 1FH9A 3RIKA 3W6MA 4QDMA 1HJVA 2W61A 2BVTA 2E4TA 2WMIA 2D22A 3CLWA 2XHYA 4AISA 1V6UA 1PIGA 4W89A 1VEOA 3ZM8A 5LA1A 5M17A 5A6AA 1Y7VA 5M3WA 2V38A 4H2CA 4PTVA 3WENA 4QCEA 3B8SA 5BROA 1TR1A 4URIA 4AIEA 3MSGA 3TTQA 1QI5A 2CEQA 3VVGA 4PMRA 4MPKA 1J11A 1E73M 1V02E 2VOTA 1BVNP 3POCA 1J12A 2XWEA 1JD7A 3FAWA 4H8HA 1KXVA 2GJRA 1GQIA 5M5DA 3W29A 2EJ1A 4NF7A 4C7GA 1E6RA 2EPMX 5A8MA 2EQDA 1VFMA 4Z2KA 4AD0A 1F4HA 4GO8A 4GQRA 3M07A 3N9KA 1H3GA 2CIPA 1JDCA 1XH0A 5IHRA 3MMDA 4E2OA 5I77A 2FDMA 3W0KA 1G01A 1E1EA 1B2YA 1XH1A 3WQ5A 2CNCA 1D7FA 4M29A 1GUVA 1RD6A 1W2PA 1TVPA 4GZIA 5D9PA 4AD5A 1K9DA 2DDXA 4UOZA 2GK1A 1HL9A 2VX4A 3WEMA 1EXPA 2WCGA 3VDAA 2F8QA 3MUIA 2VR5A 1WO2A 1KWGA 2OSYA 1KGWA 3L4TA 2VCAA 1KB3A 4PSRA 3ZSTA 4MB1A 1UKSA 3AMGA 3B9DA 1E70M 2DSUA 3VD4A 1CEOA 4PBGA 1CZ1A 3SCNA 2ZXAA 1OB0A 1VFOA 1E4LA 2VRKA 1V0LA 1US2A 2DSZA 1MFUA 1KGXA 1C3FA 3BMWA 4HMEA 4C7DA 1BG9A 1HP4A 3DHUA 2CITA 4KGJA 1PBGA 1E9LA 1V0KA 1UA3A 2CBVA 3NUKA 1AQHA 3K4DA 4FLQA 1GOQA 4IUGA 4JFWA 3N17A 1V3IA 3AZRA 3BAXA 3SUWA 3UR7A 2VQUA 5DF0A 4UQEA 1EHNA 3WF3A 4M1RA 3W27A 5JBFA 2HVMA 2CETA 3IJ7A 4QAWA 2E40A 2XM2A 2BY1A 3OZOA 2WMIB 4WKHA 2X0YA 1MQRA 3OLIA 1JZ5A 4CU8A 4JL2A 2X05A 2YL8A 4V28A 8A3HA 1E71M 4PMZA 1EO5A 1UWRA 4NZCA 2V3DA 4W84A 2X1IA 3QR3A 1ECEA 3NSXA 2UWFA 2JIWA 5HOSA 1OGSA 4AIOA 1WDSA 4CVWA 5A6JA 2WHKA 1UH4A 2WMFA 1C93A 3BSGA 3VIPA 3LPPA 3VMPA 2VUYA 5ABEA 1QNOA 5A8PA 2QPUA 2XVKA 1ISVA 4JFSA 3ZJ8A 2EEXA 4GQQA 3T0AA 4HZ8A 3VGHA 2DH2A 1XSKA 3MMUA 5IHSA 2ZX7A 2WKGA 5AC5A 3N12A 2OYMA 4LYPA 4UZUA 5DFAA 1E15A 1E4NA 3BAYA 4AZGA 4AC1X 4CD6A 3AMCA 5BYWA 1PIFA 1OWQA 3BCFA 1EHAA 2JEPA 1B90A 4W8LA 1GPFA 5HNNA 1GHRA 1E4MM 1VBRA 2ZIDA 3LMYA 2XPKA 1UR4A 5KEZA 4CUCA 2XVPA 1HKMA 4OBSA 4AZBA 1XD0A 1TE1A 2Y5EA 4JZ5A 3J7HA 3KEHA 3O9NA 1XSJA 1X1NA 1G1YA 2ZX9A 2J7DA 2Z1SA 3I3BA 4GXPA 5HPCA 1NOFA 1UA7A 2J7GA 4XZBA 3ZOAA 4TX8A 1QNPA 1NM9A 2V3FA 2ZWZA 3NIYA 1EDTA 4P7RA 1BQCA 1M01A 3AZSA 4AZIA 3CH9A 4MB5A 4W87A 4ZENA 2WHMA 4UFLA 2DIEA 1CXKA 3VD7A 3OIHA 4P7LA 2WW5A 1ISXA 4GZEA 4C7FA 1Q6DA 1UR8A 1QBBA 4XB3A 1C7SA 1DWHM 2PB1A 1S46A 2EPOA 4J28A 3EDEA 4YN5A 1ZBWA 5A6MA 3W26A 3N15A 2J62A 1OGBA 2XSBA 1HVQA 1V6WA 3IAQA 1UQZA 1WZAA 3ARXA 3EYPA 1LQ0A 3GNOA 1UWUA 1B3YA 5A2BA 1E72M 3AMKA 1V3JA 3L4YA 1JZ2A 4WIWA 3T0DA 1DWIM 4W88A 4WJXA 2XVLA 3DYMA 3BCDA 2GDVA 4UCFA 3HN3A 3OLGA 3VGBA 3CMGA 4CD7A 3TP4A 3WUFA 2PBOA 5CPSA 4AIUA 4F9DA 2DQXA 4Q22A 3BAJA 1UD5A 5D8ZA 3JUGA 2PI6A 1M04A 5LA2A 4R27A 3AS1A 1H41A 1GVYA 1BYBA 4QLJA 3WL1A 2IXVA 4D1JA 1W9UA 1HP5A 1ISWA 1E3XA 4AWEA 1HL8A 5IFTA 2VR4A 2A3BA 2NT0A 3QGVA 3VIJA 2YL6A 3B9EA 4UR9A 1TFVA 4CD8A 1FP8A 4DM1A 4OBRA 3WF0A 2GJXA 1TUXA 1W1PA 2GFTA 1H2JA 3SCPA 1CNVA 1E6NA 1E6QM 1KQYA 3A4AA 4ZXLA 3QOKA 1W1TA 3F5KA 4CD4A 3AIRA 3WELA 4AYSA 4UNIA 2BXYA 4PYSA 2WXDM 3EBVA 3RM4A 2FHCA 1GZJA 1MW3A 1U30A 3IJ9A 5E9AA 1BF2A 4QLLA 2XVNA 1E6PA 4HTYA 2XIBA 1MW0A 1NP0A 5JBEA 4HOXA 3VDBA 4F79A 3CHFA 1BTCA 1ZJAA 1EOMA 2WANA 3W25A 1EA9C 2ZXQA 2W92A 1HKKA 4IPLA 1UKQA 6TAAA 3PBGA 1MYRA 1GQLA 1UD2A 3AOFA 4X9YA 4D1IA 1JIBA 2Y4SA 1XSIA 3VMOA 1EGZA 1CXIA 1E3ZA 1IZJA 3TA9A 2YOCA 4Q7NA 4IM4A 5HXMA 1G0CA 1FOBA 1J0ZA 1VIWA 3RJYA 1UR1A 4UFHA 3O2LA 3WH9A 3WUEA 2OWWA 4BZYA 5EB8A 5CGMA 1GQKA 3DC0A 1IT0A 5GNZA 3W6LA 4OOZA 2GDUA 5GNYA 4FF5A 4KGLA 1VJSA 3RJXA 1CXFA 4OUEA 3WQWA 2WPGA 3GH4A 3AIUA 3CTTA 2YBTA 2WMGA 3POHA 1UD6A 1C8QA 1KXQA 2JF6A 4K68A 2PWHA 1NOUA 1RP8A 2EPNA 3AS3A 3GDBA 4UTFA 3FN9A 3SCSA 2ZICA 3WIJA 2W4XA 1BVZA 4J27A 4F66A 1BAGA 2G3IA 1QNQA 1KCLA 4P8XA 2X09A 4BA0A 1UWSA 5AYBA 5HDRA 2VMFA 4ZE5A 2XM1A 3PZMA 3WNNA 3E1F1 3GYCA 3AI0A 3IJ8A 4KH2A 2C8NA 2UY3A 4MJ2A 1MFVA 4PSPA 3RM8A 2WC4A 1PX3A 3ALFA 3WMSA 4DUXA 3ZR6A 3EDFA 3CZ8A 4PMVA 4OZOA 5DT7A 1H09A 3SEPA 1X6NA 5EFFA 4L4PA 4W93A 4BQ4A 4CN4A 4WF7A 1CECA 4QFUA 4MTVA 4GPNA 5EFDA 2WNWA 1E5NA 1I75A 1W3KA 1UKPA 1JYXA 2BY3A 2XSAA 3PTQA 1V0MA 3SCRA 3GH5A 4RE3A 4TVCA 3UCQA 3WD0A 1XV8A 2WAGA 4P8WA 5D9OA 1Q6GA 1EDQA 4BQ5A 1ODUA 5LA0A 1AMYA 3KZSA 1TG7A 1ZL1A 4Z2JA 5CXPA 4UQ9A 1W1YA 3WH7A 2BHYA 3TOPA 5ABHA 2PWEA 1DTUA 1W2VA 2A3AA 1E56A 2O9OA 3A3HA 2ZUSA 2J8GA 4MAZA 4NRSA 4UZSA 4ZE4A 5I24A 3WY1A 3AHZA 5HPOA 2WC3A 1JNDA 1MQPA 4E4PA 1PAMA 2YA0A 4GO9A 3AIBA 3EDJA 1LJYA 4U2ZA 4D6CA 1JXKA 1RPKA 3F4VA 2YA2A 1J0YA 1VJZA 2QV4A 5AC4A 4D6IA 2CYGA 1K9EA 1KR0A 5TD4A 1N82A 3ZSSA 1LL4A 1LG1A 3FY1A 4P8UA 4CD5A 1WDPA 3OBAA 3AISA 1ITCA 3VM5A 1ODZA 4PTXA 3UG4A 4XZWA 3T2QA 1WZKA 3BLKA 3SURA 2EPLX 3VNZA 2VZVA 3WQ6A 3MV11 1M03A 2WSPA 3WDPP 1JF6A 4HMDA 3W82A 2VI0A 4WSKA 1QI2A 3RCNA 2ZOXA 1BHGA 2OWXA 5EBAA 2Y8VA 1W3JA 3WF4A 1DWFM 2VL4A 2BVDA 1FH7A 4MADA 3UETA 1HNYA 3AHVA 5CSUA 2BY0A 1NOWA 2V5DA 4W86A 4W5ZA 2PWDA 1JDDA 4N0RA 1KGUA 3N1AA 2BFGA 1VFFA 3WDQA 2WC7A 3EDDA 3AQUA 4TVUA 3AXHA 4ML4A 2QMKA 4XV0A 3ALGA 4ZXOA 4HA4A 4QCFA 3CZJA 2WBKA 5DT5A 4PMUA 4XX6A 2J79A 3SCWA 2YL9A 1NARA 1XD1A 3K4AA 4CN6A 4A4AA 5JUVA 5BRQA 2WZIA 2D3LA 3PZQA 5FD0A 2FGLA 2ZWYA 1O6IA 2XWDA 2J8FA 2XYLA 1HJWA 1HJUA 1E43A 2NT1A 3WN6A 4AMCA 3U7VA 1CLVA 1QHPA 3IK2A 4AD1A 1QI0A 1UWTA 2E8YA 3VD5A 1C8XA 1HJXA 3W24A 3N04A 4WKAA 3D5HA 2CHNA 4V2XA 1GOWA 3L2LA 1B30A 2UY5A 1ESWA 1HT6A 1US3A 2FH8A 4KRTA 1JG9A 3FHQA 1XH2A 5A2AA 2RGMA 2EXOA 4GINA 4IISA 3VOCA 3GBEA 3N13A 1W9DM 1G5AA 3BC9A 6CGTA 3WH8A 2DT3A 3BGAA 3OGSA 3SUTA 1FP9A 1W3LA 2B31A 3ARTA 4H7VA 3OGRA 4BCEA 5FKYA 1H49A 4Z2HA 3WD2A 4ATLA 4ZEPA 3VIFA 3UESA 3K8MA 1WPCA 2BS9A 4W8AA 1B0IA 3EMQA 2XIIA 2Y24A 1UWQA 1B1YA 2VTFA 1VEPA 2VVNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AXN A;  3ZMR A;  4JKM A;  3D3A A;  4TTG A;  1Q6C A;  3L4V A;  4B15 A;  2DSW A;  3SCT A;  2VRJ A;  2C7F A;  4M81 A;  2QHA A;  2DPE A;  5E09 A;  4MNM A;  1LLO A;  4W7W A;  3SUU A;  1NQ6 A;  4RE4 A;  5GNX A;  3SUS A;  4MDP A;  3VIL A;  1JFH A;  1TCM A;  4H04 A;  1V6X A;  3S2C A;  4U2Y A;  3M7S A;  2BY2 A;  3VPL A;  5CPT A;  1UR9 A;  1CGY A;  2Y2W A;  3WL0 A;  1GOK A;  1R8L A;  1WP6 A;  6A3H A;  4PMX A;  2WCA A;  4B16 A;  4PMQ A;  5BXS A;  1P6W A;  1UD4 A;  4MB3 A;  1TMQ A;  1J10 A;  5AYI A;  1L0P A;  2BXZ A;  1LL7 A;  3AHX A;  3VIK A;  1E6X M;  1BGG A;  1V02 A;  3FAX A;  3AZT A;  1YQ2 A;  1WB0 A;  2CKS A;  2Q8X A;  4FK9 A;  1W32 A;  1J01 A;  3CUH A;  4RL3 A;  4AZC B;  3KWX A;  2DIJ A;  1WKY A;  2NW0 A;  1EH9 A;  5A6L A;  4H41 A;  1EDG A;  2GVY A;  3F5L A;  3CZG A;  1W9P A;  5I6S A;  3A4X A;  3FHA A;  4J3U A;  4MB4 A;  2VQT A;  3U7B A;  1OIM A;  1J0H A;  3WUB A;  4H8V A;  1FHL A;  5A6S A;  1GOO A;  1R86 A;  4A3Y A;  1C90 A;  4FLO A;  1JYW A;  1B31 A;  4GI8 A;  3WDI A;  1DHK A;  3L4X A;  4PMN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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