3CUF | Genus

Total Genus 132

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	314
structure length	314
Chain Sequence	ATTLKEAADGAGRDFGFALDPNRLSEAQYKAIADSEFNLVVAENAMKWDATEPSQNSFSFGAGDRVASYAADTGKELYGHTLVWHSQLPDWAKNLNGSAFESAMVNHVTKVADHFEGKVASWDVVNEAFADGGGRRQDSAFQQKLGNGYIETAFRAARAADPTAKLCINDYNVEGINAKSNSLYDLVKDFKARGVPLDCVGFQSHLIVGQVPGDFRQNLQRFADLGVDVRITELDIRMRTPSDATKLATQAADYKKVVQACMQVTRCQGVTVWGITDKYSWVPDVFPGEGAALVWDASYAKKPAYAAVMEAFGA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Probing the binding sites of Family 10 and 11 Xylanases with extended Oligosaccharides rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Cellulomonas fimi
molecule keywords	Exo-beta-1,4-glucanase
total genus	132
structure length	314
sequence length	314
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2008-04-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3cufA00

1V3MA 4TXEA 1DWHM 3BMWA 1XHGA 5D8WA 1MW2A 2D23A 2UY5A 1H0IA 1VEPA 1H5VA 3VD7A 3VGGA 4AW7A 4MB3A 2IXUA 3PZVA 1E40A 1VFMA 3WH9A 4M29A 3UEQA 4AIUA 4N42A 1E5JA 1JNDA 1E43A 3OLGA 3WQVA 1MW0A 3VD9A 3AIRA 3WELA 3GH4A 2YBTA 2ZX5A 1BSIA 4UQEA 1CGUA 3WNLA 4H8UA 2D3NA 4H7VA 3OBAA 4ZEPA 3SUSA 1Q6CA 2CBIA 4QAWA 2VR4A 4UZUA 1WAWA 3VILA 2Y8VA 1PJ9A 1GQKA 4UOQA 1GOQA 4ACYA 2OWXA 3U7VA 1Q6EA 3OB8A 3ZSSA 1B1YA 1JD7A 2VVNA 1GHRA 4JL1A 2WHMA 1Q4NX 1XYZA 4Q7NA 3M46A 5I6SA 4J3XA 1VEMA 2EEXA 5EFFA 5A6LA 3AMDA 3J7HA 3GH5A 2WBGA 4JAWA 2E4TA 2OWCA 3W53A 1CXEA 2AAAA 2WMKA 3DHUA 4MTVA 1EA9C 4AZ5A 2XTKA 1AMYA 4HTYA 4TX6A 3IANA 2WCGA 2XM2A 1JZ6A 7TAAA 1DWIM 1JFHA 1VAHA 5A6KA 1V6YA 7A3HA 1EIBA 1E73M 4YPJA 3AXIA 3ZO9A 3L4ZA 4KWUA 1PEZA 2J8FA 2WMFA 5BCAA 3GBEA 1SMAA 1C7TA 3W28A 2GJXB 1CGVA 5JIPA 5CG0A 3ZJ6A 2ZUNA 3ARPA 2VT0A 3OGRA 1NH6A 4KGLA 3W38A 4X0VA 4Z2GA 2EO7A 4J3VA 3UESA 3WNMA 1UZ4A 2Y8KA 5CSUA 1XCXA 2WMIA 3VDAA 4CCDA 3RM9A 1CTNA 1JIBA 2DT2A 3ZSTA 4PUDA 3EMZA 5IFPA 3AIBA 1QHZA 2A3BA 3VKKA 5BXRA 1W1VA 3SUUA 2VURA 4QCEA 2JE8A 1HKJA 5A1AA 2VJXA 4F9DA 1HVQA 1E1EA 3O6AA 4GO9A 2DSWA 5EBAA 5HOSA 3DYOA 4B9YA 4D6CA 1UR4A 1W3HA 3WD1A 1BG4A 4PMOA 4YHEA 4CCCA 3MMWA 2YKKA 5CLTA 1WZKA 3IJ9A 3TONA 3SCOA 1HL9A 1HT6A 1QNQA 1AQ0A 1JZ7A 2WKLA 4AYSA 2O9TA 1BYAA 1IV8A 1UKPA 3VIFA 1HKKA 3AJ7A 3T0AA 1EH9A 5FL1A 3K8LA 1J18A 2DT1A 3L4UA 2E9MA 1ZB5A 4CN1A 3WUFA 2J75A 1FHDA 2ESCA 1XGZA 2XWEA 1TZ7A 1JZ2A 3LMYA 3HU7A 3WFZA 2J7CA 5E6ZA 3D5HA 1G1YA 1HVXA 3CHFA 1E72M 5FD0A 1GOOA 1UR9A 1BVZA 2PWFA 3W6LA 1C8YA 2QHAA 2ZUWA 3AHVA 4V28A 4JHOA 4ACZB 4WLCA 1UH4A 1ISYA 4W87A 4AD4A 4UR9A 3WDPP 1JF5A 1W1YA 3L4YA 4U33A 1UD8A 4FLSA 1XH1A 1C8XA 2DGAA 3VOCA 3MANA 5FCZA 2VOTA 1B31A 4GI6A 5GNZA 2RGLA 5FL0A 4DWSB 5ABEA 5A69A 2WMJA 4HMDA 3MMUA 2O9RA 5E6YA 3VM7A 1FHLA 1HF6A 4P7NA 3G6LA 1NP0A 5C71A 1GJUA 4PMUA 2VZSA 2XFYA 4AZHA 3N18A 1JXJA 2XFRA 4U3CA 2WANA 3NDZA 1GQJA 3N12A 2ZXAA 1OB0A 5ABFB 1WCGA 4MB1A 3MU7A 4W7VA 2GDUA 2WZIA 3DYMA 5JBDA 1FP8A 3WD3A 1PX3A 3ALFA 3ARWA 4PN2A 4HP5A 3POHA 1HJVA 3CMJA 4W8BA 3TOPA 2VTFA 3W4RA 3ZT7A 3QHNA 1E4NA 3DECA 4HA3A 4HPGA 3GBDA 4MDPA 1MVYA 1XH2A 1UR1A 2CBUA 3THDA 5A6BA 4NSBA 3AS2A 3UERA 1V0MA 3ECQA 2A3EA 2DT3A 1JAEA 5GNYA 2C8NA 2X09A 1HN1A 2BY0A 3AYSA 4H41A 4HOWA 2JEQA 1UOKA 2WZHA 2X1IA 3MUAA 4BQ3A 1VJSA 3WD4A 1UA3A 2IXVA 4MDOA 4MNJA 1JI1A 5IXEA 4DUVA 1K9FA 2GK1A 3A6OA 4CVUA 4ATLA 1DHKA 3PZOA 4HOZA 1VRXA 1RP9A 4H8VA 4JHZA 3VNYA 2CXGA 4XUYA 2YA1A 2XUCA 3VGEA 3DC0A 1E0WA 3MUY1 1BG9A 1VFFA 4DUXA 4UZSA 1GJWA 3T09A 1V6VA 2YL8A 2YIHA 4MB5A 4P8XA 4JFVA 5JBEA 1V3LA 2BY1A 4UFIA 1W1PA 3CZEA 1EQCA 4UOJA 3ZQ9A 1E6SM 1GUVA 1WDSA 2NT0A 4OKDA 4ZXOA 2VRQA 1WDRA 3WEOA 3B9EA 5E0FA 1B3WA 2GJPA 3IJ8A 4YN5A 2XIBA 4EE9A 3AISA 3EMCA 3A3HA 3LPGA 2D24A 1QOXA 4J3UA 2CNCA 4OOUA 5BROA 4CVWA 5I2UA 1XSIA 1NWUA 2X8RA 3BLKA 5DT7A 2AOSA 3THCA 4Z2HA 5BWFA 4LYPA 1CGTA 1GONA 3IK2A 3CLWA 1TCMA 2W61A 4U2ZA 2DQXA 2VRJA 3AZRA 3W81A 5JUVA 1KR0A 1M03A 1AQMA 1QW8A 3SCRA 2RGMA 2DPEA 2VZOA 1PPIA 3RO8A 2FHBA 2O9PA 2GVYA 3F5JA 4WK9A 2FH6A 4JKKA 1JL8A 2EJ1A 1UWQA 2WNWA 5AY7A 1XSKA 2YL5A 2DH2A 3VIPA 1BYBA 2JEPA 2DSKA 5CGMA 4JFSA 4WSKA 3AI0A 1P6WA 1CXHA 3PN8A 3GYCA 2J79A 2ZUSA 1FP9A 3K8KA 1QHPA 4UQDA 3VDHA 2VZUA 3GM8A 5A8QA 4D6JA 2J25A 4C7GA 4ZE5A 1CLVA 2E40A 3RILA 2O9OA 2ZX6A 3VIHA 3S2CA 4MNLA 4UFHA 2ZX8A 3BCDA 3VDCA 2WVTA 3WD0A 3BCFA 2XHYA 3AZSA 5ABGA 1J10A 4MADA 1KBBA 4GZEA 1KCKA 3ARYA 4PMYA 3WDRA 2DSVA 1UZ1A 4XZBA 4W5ZA 4WSJA 4CKQA 3AS3A 2V38A 5D9PA 5A94A 1QBBA 3L2MA 4J3TA 2WMGA 4UNIA 3FAXA 5KZ6A 1ZJBA 4JKMA 2VZVA 4PMRA 1KXQA 2XVPA 1TA3B 3SCNA 2WM0A 4U31A 4CD7A 1W9UA 3ARZA 1E4MM 1W2PA 3I3DA 3VD3A 3SCSA 3AQUA 2CEQA 1ZBKA 1MQQA 2VVSA 5LA0A 5M03A 1KCLA 4RE2A 1KFWA 1QVBA 1V3HA 5CSYA 1CGYA 1OT1A 3CZJA 4ZENA 4CU7A 1S46A 1B0IA 4W84A 3GH7A 2W5FA 4HA4A 3AS0A 4GKLA 1HIZA 2O92A 3RJYA 4NF7A 3N1AA 2PBGA 4HMEA 1KGUA 4KRTA 1GOIA 4TX8A 2DH3A 3APGA 3O2LA 4M8UA 5GQBA 2XVGA 3VGBA 3MO4A 1PX8A 2WHJA 5DEZA 3SCUA 1KWGA 3RPMA 2UY2A 5A6SA 3WN6A 3WDIA 1TR1A 2E8YA 3VIKA 3BAJA 5AYIA 3SCQA 3BAWA 3AMGA 2W63A 4Y7EA 2PF0A 1W3LA 3S6TA 3LPPA 1QNPA 5I24A 1LG1A 1MFUA 2VI0A 1JGIA 4GXPA 6A3HA 1JDDA 2VX6A 5A3HA 5BRPA 5A6AA 4J28A 3KL3A 3EBVA 1M7XA 3ARRA 3VIOA 2J78A 3OA5A 1VBRA 5TD4A 1CPUA 1LQ0A 2WC4A 3CZGA 5A6MA 1H4PA 3WH6A 4QLLA 4QDMA 2QLYA 5CPQA 2XVKA 1OIFA 5HDRA 4E4PA 3CZKA 4B3LA 1FH9A 1FFRA 5E09A 1HNYA 2UY3A 5I0DA 1C92A 1UKSA 3AZTA 2VQUA 3AICA 3ZR5A 4LX4A 4AIEA 5BRQA 1VFUA 5AYBA 2ZX9A 3BSHA 3UG4A 2G3NA 4M80A 2G4FA 2WHLA 1WZAA 2CIPA 2QV4A 4V27A 4IPNB 2OSWA 2J7EA 1JD9A 4A3HA 3ZOAA 2VQTA 4W89A 5DO8A 1RP8A 1B90A 3MV01 3WH8A 3F4VA 1OD0A 3K4AA 3BH4A 3FXYA 1R8LA 4AZCB 3E1F1 3CZLA 4F66A 2VCAA 1CXIA 4KH2A 1EDQA 2IUZA 4C7DA 3AOFA 5M17A 1H41A 2D0HA 1B3VA 2ZWYA 4KMQA 1OM0A 2VX4A 3VGDA 2GJXA 4PTXA 1OSEA 3KE0A 5KEZA 4URIA 1OCQA 1WDQA 4PSPA 2CKRA 2Y5EA 3GXMA 3AHXA 3PTMA 3PZIA 4AMCA 2DEPA 2CBJA 1CGWA 5I23A 1GZJA 1V0KA 2ZUVA 5LA1A 1C93A 2XJ7A 2OYKA 1ECEA 3MUZ1 1C90A 1ZBCA 2NT1A 2W66A 2J4GA 1UWIA 3K46A 3UCQA 1JZ8A 4HA1A 3AHZA 1EOKA 1EHAA 3RMEA 1Z32X 1K9DA 1LWJA 2WYSA 3WNPA 4D1JA 1XSJA 1GOWA 4QP0A 4IUGA 2D22A 1V6UA 3WBAA 2VC9A 3O9NA 1IZKA 4DWSC 2VUYA 2X2YA 4QLJA 1KGWA 1E6QM 1IZJA 2VL4A 2YJQA 1TVPA 4W8LA 1E0XA 1ODZA 1I1XA 1GQLA 3OLEA 5GPRA 4F8XA 2WZEA 5BXTA 1C8QA 1E55A 2WWDA 3GZAA 5CQ1A 1GNXA 1KXTA 1MXGA 4WIWA 4S3JA 3VGHA 1EOMA 2DSUA 3SURA 8A3HA 5A8OA 3MSDA 2W4XA 1YHTA 5DF0A 3GDBA 2D3LA 4W86A 1W9DM 4PMXA 2WLYA 5ABHA 2Y2WA 3CUJA 5CZKA 3W27A 1QNOA 2JF7A 1OINA 5A8PA 1RH9A 3N17A 3WMBA 2BHUA 3U7BA 1CNVA 1X1NA 4JFWA 1CECA 1FFQA 4UQ9A 1BQCA 1N82A 4CCEA 3L4WA 3BAYA 4HZ7A 1C3FA 3W25A 1QNSA 2QF8A 3WEZA 3WH7A 4ACZA 4AEFA 5M3WA 3GXFA 2FH8A 2VRKA 2QPUA 3DYPA 3MS8A 5A2BA 2E0PA 1BFNA 1F4AA 3L4VA 3DHPA 3AXHA 2J8GA 4GQQA 6TAAA 2YL9A 4FLQA 1UA7A 3MV11 2CCRA 3VU2A 1JYWA 2EQDA 1LL6A 4DWSA 4D6HA 1Y7VA 2PWDA 1UH2A 5D8ZA 1HJWA 3AIQA 4WJXA 3BLPX 3VNZA 4JZ5A 1ZS2A 4HOXA 1JG9A 1KGXA 1W3KA 1E6XM 4U5IA 1OGBA 1UWUA 2DIJA 2AMGA 1BF2A 1CDGA 1B3YA 2V3FA 2WB5A 5ABFA 5E9AA 4WKHA 3NSMA 4MPKA 4OBSA 1CYGA 1QI3A 4TVUA 1HXJA 2JF6A 1BGGA 1G94A 4D6FA 2VX7A 5F7UA 2XGBA 5ECUA 3OG2A 1SYTA 3ZJKA 2C7FA 3AROA 1BPLB 1LL4A 4AD2A 5HPCA 1NOFA 4JCLA 3MMDA 3VX0A 3PZUA 1YQ2A 1VJZA 1EO7A 3TTYA 3WL0A 2J7HA 3OZPA 4BCEA 4UTFA 4PMQA 2BNJA 1WDPA 3EDDA 4PTWA 1HP4A 4AD0A 3GXIA 1E6NA 3CBWA 1QNRA 1IT0A 3ZM8A 3RM4A 3VUPA 2CESA 2YLLA 3WF1A 2C0HA 4W93A 1V6XA 3WUGA 3TP4A 2EPNA 2BVYA 1E6ZA 2VR5A 2X0HA 5D9MA 1J0HA 3D3AA 1UD2A 4B16A 2PC8A 2ZWZA 2E8ZA 4CD5A 2WK2A 1G5AA 3WDHA 4AZ7A 2QMKA 1CXLA 1UR2A 4HZ6A 4M24A 1JZ5A 1US3A 4ATWA 1CLXA 4D71A 5CXPA 1MWOA 2V3EA 2JFEX 1EO5A 9CGTA 1CWYA 4PMZA 4GO8A 1EQPA 4FMVA 4J7RA 4HPHA 2MANA 4W88A 1DWGM 4UFMA 2XSBA 2F61A 4DM1A 3HN3A 2OSYA 4UFKA 3RCNA 1WO2A 1V3KA 4EAMA 1BYDA 2WMHA 2NW0A 5IDIA 1E5NA 4UQAA 2GUYA 4GQRA 4UCFA 4JCMA 5BXSA 4FLOA 1E15A 3ALGA 3PTKA 4TOQA 1HJUA 2XM1A 5C8BB 3WUEA 3EMQA 3UETA 2WVUA 3T0BA 4W7UA 3WF2A 1UWTA 1KWKA 3WMCA 3WF4A 3U57A 1EGZA 4OUEA 1FH8A 1I75A 5LYRA 3VINA 1UKQA 4W7WA 4X0NA 1D2KA 2D0GA 3FY1A 2FHCA 1VIWA 1H09A 1M01A 1DWAM 1R85A 4Q22A 3MSGA 1CZ1A 3WDQA 1NOUA 2A3AA 2UWFA 4S3KA 1KBKA 1L0PA 3NIYA 1MW1A 1CGXA 1W9PA 1BLIA 1LG2A 3N04A 3VMPA 4BF7A 3ZT5A 3W29A 2Q8XA 1MXDA 2HVMA 3U5YA 1HP5A 5FKYA 1C91A 3AMKA 4LPCA 1KR1A 1J9YA 1BTCA 1NWTA 1TG7A 3WFLA 5EB8A 3I3BA 4X9YA 1W9VA 4AD1A 1BAGA 1GOMA 2J7BA 3PZTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3VM5 A;  5HXM A;  4B3K A;  4KRU A;  5I78 A;  4MAZ A;  2Y24 A;  1NM9 A;  2EPO A;  3GNO A;  4ZE4 A;  3VVG A;  4MJ2 A;  2WCA A;  4JKL A;  3FAW A;  1K6A A;  5IHR A;  1VB9 A;  5CLW A;  3WNK A;  2GSJ A;  4DUW A;  2WVV A;  1UHV A;  1F4H A;  2WXD M;  3OGV A;  3M07 A;  3IAQ A;  4M82 A;  1R86 A;  2OYM A;  1UQZ A;  3SUT A;  2BXZ A;  1LLO A;  3L2L A;  1HL8 A;  4PRW A;  1A47 A;  1MQR A;  2EPM X;  4BQ4 A;  1PZ3 A;  1QPK A;  1J01 A;  3BMV A;  3WEN A;  4RL3 A;  5CGT A;  3NSX A;  1ISV A;  2X0Y A;  3OZO A;  3UG5 A;  1G0C A;  1XD1 A;  1B30 A;  3VO0 A;  3WQ6 A;  4D6G A;  2WSP A;  2V3G A;  4K68 A;  3GNP A;  3FND A;  1BVN P;  1V3J A;  3GNR A;  5GNX A;  1H2J A;  1SFS A;  1RD6 A;  3WY1 A;  1LF1 A;  1HJX A;  2YA0 A;  4U5K A;  2WKG A;  3T2O A;  1V0L A;  4C7F A;  3PZM A;  4TTU A;  3WF0 A;  2V3D A;  3CO4 A;  4QFU A;  4EK7 A;  2D1Z A;  4GIA A;  2CHN A;  7CGT A;  1ZU8 A;  4GZI A;  1W1T A;  4P8W A;  1R7O A;  4QLK A;  2D0F A;  1BYC A;  4GPN A;  4NI3 A;  4RE3 A;  4XZW A;  1V02 E;  4LYQ A;  1QI0 A;  3AHT A;  4ATD A;  1HJQ A;  4Z2J A;  4PCS A;  4JFU A;  4AXN A;  4LQ1 A;  1ZL1 A;  1W9X A;  1ZJA A;  3FN9 A;  4XV0 A;  2YLA A;  3SCT A;  4BA0 A;  2FGL A;  4KGJ A;  4PMV A;  1WB0 A;  2OLH A;  3WSU A;  3A4W A;  1KQZ A;  3N9K A;  4Z2L A;  4ZFM A;  3QOM A;  4GI8 A;  1UWR A;  1XCW A;  1JYN A;  3IJ7 A;  1JYX A;  3SCP A;  1H3G A;  1WZM A;  2BY2 A;  3OGS A;  3ZR6 A;  1FA2 A;  1CEO A;  4W85 A;  4MJ4 A;  2XG9 A;  4OIF A;  3CGT A;  1GW1 A;  2W92 A;  5IHS A;  2CKS A;  3UG3 A;  2G3M A;  3N15 A;  4P7R A;  3WIJ A;  2PBO A;  3WF3 A;  2WCS A;  3OIH A;  1HKI A;  1DTU A;  4TVD A;  1LL7 A;  3K1D A;  1B3X A;  4U3A A;  5EMY A;  4PBG A;  4HMC A;  3T2Q A;  3II1 A;  2CET A;  4AEE A;  2PWH A;  1D3C A;  4J27 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1NH6 A;  4PMJ A;  2OT1 A;  4J3V A;  1NJJ A;  2PP1 A;  3KBM A;  3S3G A;  2NQ5 A;  4GY0 A;  2WQD A;  1XCX A;  5C54 A;  3VK5 A;  3VDA A;  4RKA A;  1CTN A;  3GK0 A;  4L9Y A;  2FVL A;  1W1A 1;  3AIB A;  4GJJ A;  2ZRU A;  1XIS A;  1XL9 A;  3S9Y A;  3NOY A;  3N2T A;  3A24 A;  4LOC A;  2I9U A;  4L1X A;  1HVQ A;  5J5D A;  3K5X A;  3STE A;  2PE4 A;  5BU9 A;  2G96 A;  4B9Y A;  1W3H A;  2CZV A;  4DF1 A;  3IRD A;  4MIM A;  4YHE A;  3MMW A;  2YKK A;  5CLT A;  2HBV A;  3SCO A;  1QNQ A;  2WKL A;  3UYI A;  4GH1 A;  4O1E A;  2XN2 A;  1IV8 A;  3T0A A;  3H55 A;  1QWG A;  1EH9 A;  3ENL A;  3SN0 A;  1SFT A;  1VFL A;  2E6F A;  3K8L A;  1U1U A;  3IVS A;  2I14 A;  2E9M A;  5C2C A;  2J75 A;  2WJF A;  3ME3 A;  2ESC A;  4H00 A;  1XGZ A;  3UJS A;  3LMY A;  4F0M A;  2J7C A;  3ORW A;  3CAV A;  5FD0 A;  4AG0 A;  4S3C A;  4UTH A;  1BVZ A;  3VKC A;  3S2L A;  4FNP A;  1QAT A;  2G3F A;  2VFD A;  2HXU A;  4LFY A;  1DE6 A;  4WLC A;  2GGE A;  3M0M A;  1OFR A;  3TN4 A;  2WKJ A;  3PJW A;  3GR7 A;  3WDP P;  3NPU A;  3DG6 A;  2TRS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CUFA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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